Infectio

Neglected tropic diseases: a reflexion in times of pandemic about how to intervene under the optics of one health

Direct costs of hospital care according to coinfection in adult COVID-19 patients

Abstract Objective: To estimate the direct costs of hospital care according to coinfection in adult COVID-19 patients. Materials and methods: A retrospective follow-up study of adult patients hospitalized for COVID-19 between March and August 2020 at the San Vicente Foundation Hospitals (Medellín and Rionegro, Colombia). Patients whose diagnosis of SARS-Cov2 pneumonia was confirmed by RT-PCR test were included. Death from any cause and length of stay were considered outcome variables. Costs were estimated in 20 20 US dollars. Results: 365 patients with an average age of 60 years (IQR: 46-71), 40% female, were analyzed. 60.5% required an Intensive Care Unit (ICU). All-cause mortality was 2.87 per 100 patient-days. Patients admitted to the ICU who developed coinfection had an average length of stay of 27.8 days (SD:17.1) and an average cost of $23,935.7 (SD: $16,808.2); patients admitted to the ICU who did not develop a coinfection had an average length of stay of 14.7 days (SD:8.6) and an average cost of $9,968.5 (SD: $8,054.0). Conclusion: A high percentage of patients required intensive care, and there was a high mortality due to COVID-19. In addition, a higher cost of care was observed for those patients who developed coinfection and were admitted to ICU.

Resumen Objetivo: Estimar los costos directos de la atención hospitalaria según coinfección en pacientes adultos con COVID-19. Materiales y métodos: Estudio de seguimiento retrospectivo de pacientes adultos hospitalizados por COVID-19 entre marzo y agosto de 2020 en los Hospitales Fundación San Vicente (Medellín y Rionegro, Colombia). Se incluyeron pacientes con diagnóstico de neumonía por SARS-Cov2 confirmado por RT-PCR. La muerte por cualquier causa y la duración de la estancia se consideraron variables de resultado. Los costos se estimaron en dólares estadounidenses de 2020. Resultados: Se analizaron 365 pacientes con una edad promedio de 60 años (RIC: 46-71), 40% mujeres. El 60,5% requirió unidad de cuidado intensivo (UCI). La mortalidad por todas las causas fue de 2,87 por 100 pacientes-día. Los pacientes ingresados a UCI que desarrollaron coinfección tuvieron una estancia media de 27,8 días (DE:17,1) y un costo medio de $23.935,7 (DE: $16.808,2); los pacientes ingresados a UCI que no desarrollaron coinfección tuvieron estancia media de 14,7 días (DE:8,6) y costo medio de $9.968,5 (DE: $8.054,0). Conclusión: Un alto porcentaje de pacientes requirió cuidados intensivos y hubo alta mortalidad por COVID-19. Además, se observó un mayor costo de atención para aquellos pacientes que desarrollaron coinfección y fueron ingresados a UCI.

High frequency of clinically important Gram-negative bacilli resistant to beta-lactams in hospital wastewater effluents.

Resumen Introducción: La resistencia bacteriana es una problemática multifactorial, donde otros escenarios diferentes al hospitalario han cobrado gran importancia. Objetivo: Determinar la presencia de bacilos Gram negativos resistentes a betalactámicos de importancia clínica en aguas residuales de un hospital de alta complejidad de la ciudad de Medellín, Antioquia. Materialesy métodos: Estudio descriptivo de corte transversal. Entre noviembre y diciembre de 2018 se realizaron dos muestreos en dos efluentes de agua residual de un hospital de alta complejidad. Las bacterias fueron aisladas empleando medios cromogénicos y posteriormente se realizó caracterización molecular de betalactamasas empleando PCR. La identificación bacteriana y la susceptibilidad se llevaron a cabo por métodos automatizados. Resultados: Noventa aislados fueron obtenidos, de los cuales el 78,90% (n=71) portaban al menos un gen que codificaba para BLEE ó penicilinasas; y el 78,90% (n=71) al menos un gen para carbapenemasas. Citrobacter freundii fue la bacteria predominante (30% n=12), seguida de Klebsiella pneumoniae (25% n=10). En todos los aislados seleccionados se encontró Multidrogorresistencia (MDR) (100% n=40). Conclusión: La alta presencia de bacterias resistentes a betalactámicos en aguas residuales hospitalarias evidencia la necesidad de implementar estrategias de manejo de estos desechos, dado el riesgo potencial para la transmisión y diseminación de bacterias resistentes.

Abstract Introduction: Bacterial resistance is a multifactorial phenomenon, where scenarios other than the hospital setting have gained significant importance. Objective: To determine the presence of beta-lactam-resistant Gramnegative bacilli of clinical importance in wastewater from a highly complex hospital in Medellín, Antioquia. Materials and methods: A descriptive cross-sectional study was carried out. Two wastewater samples were taken from two effluents from a highly complex hospital between November and December 2018. Bacteria were isolated from chromogenic agar, and subsequently, molecular PCR characterization of beta-lactamases of clinical importance was performed. Bacterial identification and susceptibility were determinate by automatized method. Results: Ninety isolates from hospital effluents were obtained, of which 78.90% (n=71) had at least one gene that encoded for ESBL or penicillinase; and 78.90% (n=71) at least one gene coding for carbapenemases. Citrobacter freundii was the predominant bacteria in the evaluated isolates (30% n=12), followed by Klebsiella pneumoniae (25% n = 10). In the isolates selected for susceptibility determination, all (100% n=40) were found to have multidrug resistance (MDR). Conclusion: The high presence of bacteria resistant to beta-lactams in wastewater from hospital, evidences the need to implement management strategies for these wastes, given the potential risk for the transmission and spread of resistant bacteria.

Evaluation of BioFire Filmarray panel for respiratory pathogens: a demographic and clinical analysis in Istanbul, Turkey

Abstract We aimed to analyze the distribution of respiratory pathogens(RP) detected by a multiplex PCR-based method (BioFire Diagnostics, USA) among patients with suspected respiratory tract infections (RTI) and to evaluate the demographic, clinical and radiological characteristics of infected individuals . RP were detected in 1621/6376 (25.4%) of the samples in the years 2018-2020. Rhinovirus/enterovirus (RV/EV) were the most commonly detected pathogens (38.1%) followed by influenza A and B viruses (21%) and parainfluenza virus (PIV) (9.5%). Single pathogen was detected in 1361 (84%) and multi pathogens in 260 (16%) of 1621 samples. At least one comorbidity was present in 379 (30.5%) of the patients. Fever was the most common sign followed by cough and dyspnea. Thorax CT was present in 426 of 1243 RP positive patients (34.3%). Any radiological findings was found significantly related for a specific pathogen. No medication was given to 52.9% whereas antibiotics in 35.7% and antivirals in 3.8% of the patients. Film Array panel as a multiplex PCR test is not used rationally in our hospital and results were not dramatically improve management of RTI. A better communication between clinician and microbiologist is required for efficient use of laboratory and rational use of antimicrobials.

Resumen Nuestro objetivo fue analizar la distribución de patógenos respiratorios (RP) detectados por un método basado en PCR multiplex (BioFire Diagnostics, EE. UU.) entre pacientes con sospecha de infecciones del tracto respiratorio (ITR) y evaluar las características demográficas, clínicas y radiológicas de los individuos infectados. Se detectaron RP en 1621/6376 (25,4%) de las muestras en los años 2018-2020. Los rinovirus/enterovirus (RV/EV) fueron los patógenos detectados con mayor frecuencia (38,1 %), seguidos de los virus de la influenza A y B (21 %) y el virus de la parainfluenza (PIV) (9,5 %). Se detectó un solo patógeno en 1361 (84%) y múltiples patógenos en 260 (16%) de 1621 muestras. Al menos una comorbilidad estaba presente en 379 (30,5%) de los pacientes. La fiebre fue el signo más frecuente seguido de tos y disnea. La TC de tórax estuvo presente en 426 de 1243 pacientes positivos para RP (34,3%). Cualquier hallazgo radiológico se encontró significativamente relacionado con un patógeno específico. No se administró medicación al 52,9%, mientras que al 35,7% se le administraron antibióticos y al 3,8% antivirales. El panel Film Array como una prueba de PCR multiplex no se usa racionalmente en nuestro hospital y los resultados no mejoraron drásticamente el manejo de las ITR. Se requiere una mejor comunicación entre el médico y el microbiólogo para el uso eficiente del laboratorio y el uso racional de los antimicrobianos.

Frequency of antibiotic prescribing in adults hospitalized for SARS-CoV-2 in a high complexity institution in Santiago de Cali, Colombia

Resumen Objetivo: Determinar la frecuencia del uso de antibióticos y conocer qué variables clínicas y socio-demográficas se relacionaban con la probabilidad de sufrir infecciones asociadas a COVID-19. Métodos: Se evaluaron adultos hospitalizados por COVID-19 quienes recibieron uno o más antibióticos durante su internación. Se realizó un análisis descriptivo de las variables en la población general, análisis bivariado en dos grupos (infección documentada vs infección presunta) y regresión logística multivariada de factores asociados a mortalidad. Resultados: Se determinó que el 60,4% de los adultos hospitalizados por COVID-19, recibieron antibióticos. Se documentó coinfección en el 6,2% y sobreinfección en el 23,3%. El 75,8% de los cultivos reportaron gérmenes gramnegativos, 17,8% hongos y 14,2% grampositivos. Variables como edad, comorbilidades, UCI, anemia, esteroides, ventilación mecánica, hemofiltración se relacionaron de forma estadísticamente significativa con infección documentada. La cánula de alto flujo se asoció como factor protector. La mortalidad en general fue del 43.9%, 57.8% en el primer grupo y 38.1% en el segundo (p=0.002). Conclusión: Existe una frecuencia considerable del uso de antibióticos en sujetos hospitalizados por COVID-19, particularmente relacionada con hallazgos relevantes de sobreinfección bacteriana, en aquellos con comorbilidades, como la diabetes mellitus, estados de inmunosupresión, anemia y fragilidad, en quienes el comportamiento de la enfermedad cursa con mayor severidad y letalidad.

Abstract Objective: To determine the frequency of antibiotic use and to know which clinical and socio-demographic variables were related to the probability of suffering infections associated with COVID-19. Methods: Adults hospitalized for COVID-19 who received one or more antibiotics during hospitalization were evaluated. We performed a descriptive analysis of variables in the general population' bivariate analysis in two groups (documented vs. suspected infection) and multivariate logistic regression of factors associated with mortality. Results: It was determined that 60.4% of adults hospitalized for COVID-19 received antibiotics. Coinfection was documented in 6.2% and superinfection in 23.3%. Gram-negative germs were reported in 75.8% of cultures, fungi in 17.8% and gram-positive in 14.2%. Variables such as age, comorbidities, ICU, anemia, steroids, mechanical ventilation, hemofiltration were statistically significantly related to documented infection. High-flow cannula was associated as a protective factor. Overall mortality was 43.9%, 57.8% in the first group and 38.1% in the second (p=0.002). Conclusion: There is a considerable frequency of antibiotic use in subjects hospitalized for COVID-19, particularly related to relevant findings of bacterial superinfection, in those with comorbidities, such as diabetes mellitus, immunosuppression, anemia and fragility, in whom the behavior of the disease is more severe and lethal.

Expert consensus for antimicrobial treatment of multi-resistent gram negative bacilos infections in adult patients

Resumen La resistencia bacteriana es un fenómeno de alto impacto para la salud pública mundial. A pesar de que se han construido redes de vigilancia y se han desarrollado nuevas tecnologías para la caracterización de este fenómeno; aún existen diferentes retos por abordar. El uso indiscriminado y desinformado de los antibióticos aporta de manera sustancial al fenómeno de la resistencia; por esta razón es indispensable que se desarrollen estrategias que favorezcan el aumento del conocimiento de los profesionales sanitarios para la prescripción de los antibióticos de acuerdo con diferentes factores entre ellos la epidemiología local, el sitio de infección, las condiciones clínicas de los pacientes y la mejor evidencia disponible. El objetivo de este documento es presentar recomendaciones para el tratamiento de infecciones causadas por microrganismos Gram negativos multirresistentes en el contexto hospitalario de Colombia. Se presenta una guía con 26 recomendaciones basadas en la evidencia; la metodología desarrollada se basó en la búsqueda de la literatura, evaluación de la evidencia, síntesis de información y consenso de expertos para asignar nivel de recomendación.

Abstract Bacterial resistance is a high-impact phenomenon for global public health. Although surveillance networks have been built and new technologies have been developed for the resistance phenomenon characterization, there are still several challenges to be addressed. The indiscriminate and uninformed use of antibiotics contributes substantially to the phenomenon of resistance. For this reason, it is essential to develop strategies that increase health professionals' knowledge of prescribing antibiotics according to different factors, including local epidemiology, the infection location, clinical conditions of the patients and better available evidence. This document aims to present recommendations for treating infections caused by multi-drug resistant Gram-negative microorganisms in the hospital context of Colombia. A guideline with 26 evidence-based recommendations is given; the methodology developed was based on a literature search, evidence evaluation, synthesis of information, and expert consensus to assign a level of recommendation.

Colombian Clinical Practice Guideline for the treatment of bacterial skin and superficial soft tissue infections in pediatric patients

Resumen En el año 2019 se publicó la guía de práctica clínica para el diagnóstico y manejo de las infecciones de piel y tejidos blandos en Colombia. Dicha guía excluía a la población pediátrica por sus consideraciones especiales. Teniendo en cuenta que estas infecciones representan un motivo de consulta frecuente en pediatría y que la emergencia del Staphylococcus aureus resistente a meticilina generan la necesidad de actualizar conocimientos y estrategias para el manejo de las infecciones de piel y tejidos blandos superficiales, se presenta esta guía de práctica clínica que da respuesta basada en la evidencia a 12 preguntas. Dicha evidencia fue adaptada y graduada bajo el sistema GRADE posterior a un proceso de adaptación de tres guías publicadas. Adicionalmente, se realizó una actualización de la evidencia científica bajo una búsqueda sistemática. Por último, se realizó un consenso de expertos para la evaluación de las potenciales barreras para la implementación de las recomendaciones en el contexto local.

Abstract In 2019, the practice guideline for the diagnosis and management of skin and soft tissue infections in Colombia was published. This guideline excluded the pe-diatric population because of special considerations regarding their care. Taking into account that these infections represent a frequent reason for consultation in pediatrics and that the emergence of methicillin resistant Staphylococcus aureus increases there is a need to update knowledge and strategies for the management of superficial skin and soft tissue infections. Hence, we present this clinical practice guideline which provides evidence-based answers to 12 key questions. This evidence was adapted and graded using the GRADE system after an adaptation process of three published guidelines. Additionally, an update of the scientific evidence was carried out by means of a systematic review. Finally, we carried out an expert consensus to evaluate the potential barriers to the implementation of the recommendations in the local context.

Case report: Multisystem Inflammatory Syndrome in Adults Associated with SARS-CoV-2 Infection

Resumen Pocos meses después de haber empezado la pandemia por COVID19 se describió en niños una entidad llamada síndrome inflamatorio con compromiso multisistémico, cuyas principales manifestaciones incluyen fiebre, compromiso cardiaco, neurológico, gastrointestinal y mucocutáneo, asociado a elevación de reactantes de fase aguda. Estas manifestaciones se presentan típicamente algunas semanas después de la infección. Posteriormente en diferentes partes del mundo, se empezaron a publicar casos en adultos. El tratamiento está dirigido principalmente a modular la respuesta inmune e hiperinflamación asociada, con respuesta y desenlaces variables según el grado de compromiso multisistémico. Presentamos dos casos de adultos atendidos en nuestra institución que cumplieron criterios para esta complicación.

Abstract A few months after the COVID-19 pandemic began, an entity called inflammatory syndrome with multisystem involvement was described in children, whose main manifestations include fever, cardiac, neurological, gastrointestinal, and mucocutaneous involvement, associated with elevated acute-phase reactants. These manifestations typically present a few weeks after infection. Later, in different parts of the world, cases in adults began to be published. Treatment is mainly aimed at modulating the immune response and associated hyperinflammation, with variable response and outcomes depending on the degree of multisystem involvement. We present two cases of adults treated at our institution.

Osteomyelitis due to Pantoea spp in a non-immunosuppressed patient associated with trauma: case report and review of the literature

Resumen El trauma abierto es una de las principales urgencias que se presentan en el servicio de Ortopedia y trauma. Dentro de este campo y cuando hay progresión a infección, usualmente existe un grupo de microorganismos a tener en cuenta de acuerdo con la epidemiología local; sin embargo, la presencia de material vegetal, común en agricultores y militares, orienta a considerar microorganismos diferentes. Dentro de ellos se encuentra Pantoea spp causante comúnmente de artritis séptica, pero, sin relación clara con osteomielitis y/o infección periprotésica, más comúnmente se ha documentado por este microorganismo endocarditis infecciosa, sepsis asociada a catéter y neumonía asociada a ventilador, entre otras. A continuación, se presenta el caso de un paciente de 21 años de edad con antecedente de osteosíntesis en radio y cúbito del antebrazo derecho, quien después de una fractura abierta se aisla este microorganismo y requiere de terapia dirigida, se presenta su diagnóstico y evolución.

Abstract Open trauma is one of the main emergencies that occur in the Orthopedics and trauma service. Within this field and when there is progression to infection, there is usually a group of microorganisms to take into account according to local epidemiology; however, the presence of plant material, common in farmers and military, leads to consider different microorganisms. Among them is Pantoea spp, which commonly causes septic arthritis, but without a clear relationship with osteomyelitis and/or periprosthetic infection. Infectious endocarditis, catheter-associated sepsis, and ventilator associated pneumonia, among others, have been documented more commonly by this microorganism. Here, the case of a 21-year-old patient with a history of osteosynthesis in the radius and ulna of the right forearm is presented, who after having an open fracture, in the surgical washout was isolated this microorganism and required targeted therapy. His diagnosis and evolution are presented.

Recurrence of multisystem inflammatory syndrome associated with Covid-19 infection: case report

Resumen La pandemia de COVID-19 ha dejado millones de casos y muertes en todo el mundo, en niños la infección es menos severa y tiene baja mortalidad. Se describe una entidad post infecciosa denominada Síndrome Multinflamatorio Sistémico (MIS-C) asociado a infección por COVID-19 que tiene una tasa de mortalidad diez veces mayor que la infección aguda en niños. El MIS-C es caracterizado por manifestaciones inflamatorias sistémicas sostenidas asociado a fiebre y compromiso de múltiples sistemas. Se presenta el caso de una escolar con diagnóstico de MIS-C que presenta buena respuesta al manejo y 11 meses después cursa con un segundo episodio que igualmente responde al tratamiento. Hasta el momento no encontramos en la literatura el reporte de recurrencia de MIS-C en niños como el caso presentado por nosotros por lo que marca un antecedente importante invitando a contemplar la recurrencia como posibilidad ante un cuadro clínico similar.

Abstract The COVID-19 pandemic has left millions of cases and deaths worldwide, in children the infection is less severe and has low mortality. A post-infectious entity called Systemic Multiinflammatory Syndrome (MIS-C) associated with COVID-19 infection is described, which has a mortality rate ten times higher than acute infection in children. MIS-C is characterized by sustained systemic inflammatory manifestations associated with fever and multiple system involvement. We present the case of a schoolgirl who presented a diagnosis of MIS-C with a good response to management and 11 months later, she presented a second episode that also responded to treatment. To date, we have not found in the literature the report of recurrence of MIS-C in children, such as the case presented by us, it marks an important precedent, inviting us to consider recurrence as a possibility in the case of a similar clinical presentation.