Infectio

The changing landscape of acute respiratory infections in the post-pandemic era

Long-term survival and factors associated with mortality in patients with Community-Acquired Pneumonia and COVID-19: A retrospective cohort study

Abstract Introduction: Community-acquired pneumonia (CAP) is a leading cause of infectious deaths globally (1). In the United States, the estimated incidence of CAP ranges from 106 cases to 164 cases per 10,000 inhabitants. The main objective of this study was to evaluate the survival rates and factors associated with mortality in patients diagnosed with Community-Acquired Pneumonia (CAP) and Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) following their hospitalization in Colombia. Materials and methods: A retrospective cohort study was conducted to assess 12-month survival in patients with CAP and COVID-19 using the Kaplan-Meier method. Stratifications were performed according to age, sex, comorbidities, and disease severity. Additionally, a multivariate analysis using Cox regression was conducted to investigate the risk factors that may have influenced 12-month survival. Results: A total of 4697 patients were included, with 52.5% having CAP (2464/4697), 32.5% having COVID-19 (1528/4697), and 15% having neither CAP nor COVID-19 (705/4697). The 12-month survival rate was 46.2% for patients with CAP, 74.9% for patients with COVID-19, and 64.4% for patients with neither con dition. Cox regression analysis revealed that being male (HR:1.142;95%CI:1.042-1.252;p=0.004), age > 65 years (HR:2.622;95%CI:2.324-2.959;p<0.001), Charlson Comorbidity Index ≥3 (HR:1.770;95%CI:1.604-1.954;p<0.001), CURB-65 ≥2 (HR:2.081;95%CI:1.874-2.313;p<0.001), and a history of CAP (HR:1.569; 95%CI:1.420- 1.735;p<0.001) were associated with increased mortality at 12 months. Discussion: Survival among patients with CAP at 12 months of follow-up was lower, with identified factors associated with increased mortality, including being male, over 65 years of age, comorbidities, and disease severity as measured by CURB-65.

Resumen Introducción: La neumonía adquirida en la comunidad (NAC) se ha convertido en la principal causa de muerte infecciosa a nivel mundial1. En Estados Unidos, la incidencia estimada de NAC oscila entre 106 y 164 casos por 10.000 habitantes. El objetivo principal de este estudio es evaluar las tasas de supervivencia y los factores asociados con la mortalidad en pacientes diagnosticados con Neumonía Adquirida en la Comunidad (NAC) y Enfermedad por Coronavirus 2019 (COVID-19) tras su hospitalización en Colombia. Materiales y métodos: Se llevó a cabo un estudio de cohorte retrospectivo para evaluar la supervivencia a 12 meses en pacientes con NAC y COVID-19, utilizando el método de Kaplan-Meier. Se realizaron estratificaciones por edad, sexo, comorbilidades y gravedad de la enfermedad. Además, se realizó un análisis multivariado utilizando regresión de Cox para investigar los factores de riesgo que pueden haber influido en la supervivencia a 12 meses. Resultados: Se incluyó a un total de 4697 pacientes, de los cuales el 52,5% tenía NAC (2464/4697), el 32,5% tenía COVID-19 (1528/4697) y el 15% no presentaba ni NAC ni COVID-19 (705/4697). La tasa de supervivencia a 12 meses fue del 46,2% para los pacientes con NAC, del 74.9% para los pacientes con COVID-19 y del 64,4% para los pacientes sin ninguna de las condiciones. El análisis de regresión de Cox reveló que ser hombre (HR: 1,142; IC del 95%: 1,042-1,252; p=0,004), tener más de 65 años (HR: 2,622; IC del 95%: 2,324-2,959; p<0,001), un Índice de Comorbilidad de Charlson ≥3 (HR: 1,770; IC del 95%: 1,604-1,954; p<0,001), CURB-65 ≥2 (HR: 2,081; IC del 95%: 1,874-2,313; p<0,001) y tener antecedentes de NAC (HR: 1,569; IC del 95%: 1,420-1,735; p<0,001) se asociaron con una mayor mortalidad a los 12 meses. Discusión: La supervivencia entre los pacientes con NAC a los 12 meses de seguimiento fue más baja, con factores identificados asociados a una mayor mortalidad, incluyendo ser hombre, tener más de 65 años, presentar comorbilidades y la gravedad de la enfermedad medida por CURB-65.

Epidemiological surveillance and incidence of respiratory viruses in Chile: Before and after COVID-19

Abstract Objective: During the COVID-19 pandemic, various measures, such as lockdowns and travel restrictions, were implemented to curb the spread of SARS-CoV-2, significantly impacting case numbers. These interventions also influenced the incidence of other respiratory viruses, including respiratory syncytial virus (RSV) and influenza A (InfA). Materials and methods: This study examines the effect of SARS-CoV-2 on the circulation of major respiratory viruses by analyzing epidemiological data from Chile between 2015 and 2023. Results: Data analysis revealed that during the pandemic, RSV, InfA, adenoviruses (ADV), and human metapneumovirus (HMPV) reached historically low levels. However, the relaxation of restrictions in 2021 led to a surge in respiratory virus infections, with RSV cases approaching pre-pandemic levels by 2022. Notably, in 2022 and 2023, infections caused by these viruses exceeded pre-pandemic numbers. Conclusions: These findings align with epidemiological predictions regarding shifts in infection patterns due to preventive measures. Understanding these trends, particularly during lockdowns, is crucial for planning future outbreak response strategies. The insights gained from this analysis have recently informed proactive measures for Chile's upcoming winter season, helping mitigate an anticipated rise in respiratory emergencies, especially among children in regions with high humidity and low temperatures.

Resumen Objetivo: Durante la pandemia de COVID-19, se implementaron diversas medidas, como confinamientos y restricciones de viaje, para frenar la propagación del SARS-CoV-2, lo que tuvo un impacto significativo en el número de casos. Estas intervenciones también influyeron en la incidencia de otros virus respiratorios, como el virus respiratorio sincitial (RSV) y la influenza A (InfA). Materiales y métodos: Este estudio examina el efecto del SARS-CoV-2 en la circulación de los principales virus respiratorios mediante el análisis de datos epidemiológicos de Chile entre 2015 y 2023. Resultados: El análisis de datos reveló que, durante la pandemia, los niveles de RSV, InfA, adenovirus (ADV) y metapneumovirus humano (HMPV) alcanzaron mínimos históricos. Sin embargo, la relajación de las restricciones en 2021 provocó un aumento en las infecciones por virus respiratorios, con casos de RSV acercándose a los niveles previos a la pandemia en 2022. Notablemente, en 2022 y 2023, las infecciones causadas por estos virus superaron los números pre-pandemia. Conclusiones: Estos hallazgos coinciden con las predicciones epidemiológicas sobre los cambios en los patrones de infección debido a las medidas preventivas. Comprender estas tendencias, especialmente durante los confinamientos, es crucial para planificar estrategias de respuesta ante futuros brotes. Los conocimientos obtenidos a partir de este análisis han permitido recientemente la implementación de medidas proactivas para la próxima temporada invernal en Chile, ayudando a mitigar un aumento esperado en las emergencias respiratorias, especialmente en niños de regiones con alta humedad y bajas temperaturas.

Wave behavior of multisystem inflammatory syndrome associated with COVID-19 in a Colombian tertiary care institution

Resumen Introducción: El síndrome inflamatorio multisistémico asociado al COVID-19 (MIS-C) se presenta usualmente 4 semanas post-infección por SARS-CoV2. Hay pocos reportes sobre su comportamiento en las diferentes olas de la pandemia. El objetivo de este trabajo es evaluar las características del MIS-C en una institución colombiana de tercer nivel durante las tres primeras olas. Materiales y métodos: Estudio observacional de cohorte histórica con pacientes pediátricos atendidos por MIS-C. Resultados: La incidencia de MIS-C decreció luego de la segunda ola (34%, 47% y 20%). Se analizaron 80 casos, siendo la mayoría menores de 10 años y de sexo masculino. Un tercio mostraron fenotipo Kawasaki incompleto. La fiebre (92%) y el dolor abdominal (64%) fueron los síntomas más frecuentes. Hubo infección activa por COVID-19 en el 21%. La PCR, ferritina, el dímero D y el fibrinógeno se elevaron en todas las olas. Hubo uso decreciente de la inmunoglobulina y anticoagulantes. El uso de esteroides y de aspirina fue más estable. Un 20% de niños requirió hospitalización en UCIP. La estancia promedio fue de 10 días. Discusión: La evolución histórica del MIS-C ha mostrado una incidencia más baja y menos casos severos con cada ola. La población estudiada exhibió un patrón similar. Conclusión: El MIS-C tiene espectro clínico amplio y complejo.

Abstract Introduction: Multisystem inflammatory syndrome associated with COVID-19 (MIS-C) usually occurs around 4 weeks post SARS-CoV2 infection. There are few reports on its behavior during the different waves of the pandemic. The aim of this study was to evaluate the characteristics of the MIS-C in a tertiary-level Colombian institution during the first three waves. Materials and methods: This was an observational study of a retrospective cohort of pediatric patients treated for MIS-C. Results: The incidence of MIS-C decreased after the second wave (34%, 47%, and 20%, respectively). Eighty cases were analyzed, most of which were under 10 years of age and male. One-third of the cases showed an incomplete Kawasaki phenotype. Fever (92%) and abdominal pain (64%) were the most common symptoms reported. Active COVID-19 infection was present in 21% of the patients, and PCR, ferritin, D-dimer, and fibrinogen levels were elevated in all pandemic waves evaluated. A decrease in the use of immunoglobulins and anticoagulants was documented, while the use of steroids and aspirin was more consistent. Approximately 20% of children were admitted to ICU. The average length of hospitalization was 10 days. Discussion: The historical evolution of MIS-C has shown a lower incidence and fewer severe cases in each wave. The study population exhibited a similar pattern. Conclusions: MIS-C has a complex and broad clinical spectrum.

Performance of the FilmArray® Pneumonia Panel compared to bacterial culture in patients who were requested both diagnostic methods

Abstract Introduction: Pneumonia is one of the most frequent infections with the highest mortality and morbidity rates, and the aim of this study was to evaluate the diagnostic utility of the FilmArray® Pneumonia Panel (FPP) in the detection of a wide range of pathogens, including 15 bacterial species, in samples obtained from bronchoalveolar lavage (BAL) and orotracheal secretions (OTS). Materials and methods: A total of 190 respiratory samples were collected from patients who underwent both FPP testing and culture. Standard laboratory procedures, including Gram staining and quantitative bacterial counting, were performed on various agar media. Microorganisms were identified using the Vitek-MS system and susceptibility testing was conducted according to the guidelines of the Clinical and Laboratory Standards Institute. Results: The most frequently detected microorganisms were Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, and Klebsiella pneumoniae. FPP demonstrated high sensitivity (95%) but lower specificity (48%) than culture. The panel detected more pathogens, including Acinetobacter calcoaceticus-baumannii and Streptococcus agalactiae, and identified antibiotic resistance genes KPC and VIM, providing valuable information on pathogen resistance. Discussion: The FPP is a promising diagnostic tool for identifying respiratory pathogens and antimicrobial resistance genes in pneumonia patients. FPP demonstrated high sensitivity, which can significantly reduce the time required for diagnosis and treatment decisions. However, its lower specificity indicates that it should be used in conjunction with culture to confirm results and prevent overdiagnosis.

Resumen Introducción: La neumonía es una de las infecciones más frecuentes con mayor tasa de mortalidad y morbilidad, y el objetivo de este estudio fue evaluar la utilidad diagnóstica del FilmArray® Pneumonia Panel (FPP) en la detección de una amplia gama de patógenos, incluidas 15 especies bacterianas, en muestras obtenidas de lavado broncoalveolar (BAL) y secreciones orotraqueales (OTS). Materiales y métodos: Se recogieron 190 muestras respiratorias de pacientes a los que se les realizó tanto la prueba de FPP como el cultivo. Se realizaron procedimientos de laboratorio estándar, incluida la tinción de Gram y el recuento bacteriano cuantitativo, en varios medios de agar. Los microorganismos se identificaron utilizando el sistema Vitek-MS y se realizaron pruebas de susceptibilidad de acuerdo con las directrices del Clinical and Laboratory Standards Institute. Resultados: Los microorganismos detectados con mayor frecuencia fueron Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus y Klebsiella pneumoniae. El FPP demostró una alta sensibilidad (95%) pero una menor especificidad (48%) que el cultivo. El panel detectó más patógenos, incluidos Acinetobacter calcoaceticus-baumannii y Streptococcus agalactiae, e identificó los genes de resistencia a los antibióticos KPC y VIM, lo que proporcionó información valiosa sobre la resistencia a los patógenos. Discusión: La prueba FPP es una herramienta de diagnóstico prometedora para identificar patógenos respiratorios y genes de resistencia a los antimicrobianos en pacientes con neumonía. La prueba FPP demostró una alta sensibilidad, lo que puede reducir significativamente el tiempo necesario para el diagnóstico y las decisiones de tratamiento. Sin embargo, su menor especificidad indica que debe usarse junto con el cultivo para confirmar los resultados y prevenir el sobrediagnóstico.

Factors associated with treatment adherence and clinical outcomes in tuberculosis patients in the Department of Atlántico, Colombia (2021-2023)

Resumen Introducción: La tuberculosis (TB) sigue siendo una de las principales causas de morbilidad y mortalidad a nivel mundial, a pesar de los esfuerzos globales para su control y erradicación. El objetivo de este estudio es caracterizar la TB en el Departamento del Atlántico (2021-2023), analizando factores sociodemográficos, clínicos y adherencia terapéutica para informar la toma de decisiones en salud pública. Materiales y Métodos: Estudio observacional, retrospectivo y analítico en pacientes mayores de 18 años con diagnóstico microbiológico confirmado de TB. Se analizaron variables sociodemográficas, clínicas, adherencia terapéutica y comorbilidades mediante estadísticas descriptivas y modelos de regresión logística multivariada. Resultados: Se incluyeron 1133 pacientes, el 62% hombres, con una mediana de edad de 42 años. El 69% pertenecían al régimen subsidiado. Las comorbilidades más frecuentes fueron desnutrición (18%) y coinfección por VIH (12%). La adherencia terapéutica fue del 89%, menor en pacientes sin aseguramiento y con TB pulmonar. La trombocitopenia y la coinfección por VIH se asociaron con peores desenlaces clínicos. Discusión: La TB sigue siendo un reto significativo en el Atlántico. Es prioritario optimizar estrategias de adherencia terapéutica y manejo de comorbilidades para reducir la mortalidad y mejorar los resultados clínicos.

Abstract Introduction: Tuberculosis (TB) remains one of the leading causes of morbidity and mortality worldwide, despite global efforts for its control and eradication. The aim of this study was to characterize TB in the Department of Atlántico (2021-2023) and analyze sociodemographic factors, clinical factors, and treatment adherence to inform public health decision-making. Materials and Methods: Observational, retrospective, and analytical study of patients over 18 years old with microbiologically confirmed TB. Sociodemographic and clinical variables, treatment adherence, and comorbidities were analyzed using descriptive statistics and multivariate logistic regression models. Results: A total of 1,133 patients were included, 62% of whom were male, with a median age of 42 years. Of these, 69% were enrolled in the subsidized health system. The most common comorbidities were malnutrition (18%) and HIV coinfection (12%). Treatment adherence was 89%, lower among patients without insurance and those with pulmonary TB. Thrombocytopenia and HIV coinfection were associated with worse clinical outcomes. Discussion: TB remains a significant challenge in Atlántico. It is crucial to optimize strategies for improving treatment adherence and managing comorbidities to reduce mortality and enhance clinical outcomes.

Histoplasmosis: An endemic mycosis. Overview of epidemiology, clinical features, diagnosis, and treatment

Abstract Histoplasmosis is an endemic fungal disease in America caused by a dimorphic fungus, Histoplasma capsulatum, which affects immunocompetent individuals and, more significantly, those with immune system impairments or at the extremes of age. Children are particularly susceptible to disseminated disease and severe forms, with high lethality if left untreated. The most common symptoms include fever, weight loss, and visceromegaly, although the disease can often be completely asymptomatic, depending on host factors and the initial inoculum size. Histopathology, antigen and antibody measurement, culture, and molecular techniques are fundamental in diagnosing histoplasmosis, with varying effectiveness across different clinical forms. When treatment is indicated, international guidelines recommend intensive induction therapy with Amphotericin B for 2 to 4 weeks, followed by itraconazole for 12 months as maintenance therapy in disseminated forms. Follow-up should ensure clinical and microbiological cure and a decrease in antigenuria levels to prevent relapse and ensure therapeutic success.

Resumen La histoplasmosis es una enfermedad fúngica endémica en América causada por un hongo dimórfico, Histoplasma capsulatum, que afecta a individuos inmunocompetentes y, de manera más significativa, a aquellos con déficits en el sistema inmunológico o en los extremos de la edad. Los niños son particularmente susceptibles a la enfermedad diseminada y a formas severas, con alta letalidad si no se tratan. Los síntomas más comunes incluyen fiebre, pérdida de peso y visceromegalia, aunque la enfermedad puede ser completamente asintomática, dependiendo de factores del huésped y del tamaño del inóculo inicial. La histopatología, la medición de antígenos y anticuerpos, el cultivo y las técnicas moleculares son fundamentales en el diagnóstico de la histoplasmosis, con eficacia variable en las diferentes formas clínicas. Cuando se indica tratamiento, las guías internacionales recomiendan una terapia de inducción intensiva con anfotericina B durante 2 a 4 semanas, seguida de itraconazol durante 12 meses como terapia de mantenimiento en formas diseminadas. El seguimiento debe asegurar la cura clínica y microbiológica y una disminución de los niveles de antigenuria para prevenir recaídas y garantizar el éxito terapéutico.

Unusual encounter: Isolation of Carnobacterium divergens in an immunocompetent patient with a meat grinder Injury. Case report

Abstract The genus Carnobacterium belongs to lactic acid bacteria, this group are composed by 12 species. These microorganisms are associated with mucosal surface, present in food-related habitats including plant, wine, milk, and meat environments. In humans, evidence of Carnobacterium spp., about the disease spectrum remains unknown. Current work is about a 25-year-old male, was admitted to the emergency room for transmetacarpal traumatic amputation of his left hand caused by a meat grinder. In deep soft tissue samples obtained from surgery, Carnobacterium divergens was isolated. He was treated with piperacillin-tazobactam and was switched to amoxicillin-clavulanate for five more days with clinical success. Written informed consent was obtained from the participating patient for publication of this case report and any accompanying images. Therefore, the pathogenic role of Carnobacterium spp., remains unknown and classically is not considered pathogenic to humans. However, in previous cases where was associated with infection, the described outcomes were good. The misidentification showed that conventional identification methods are not accurate.

Resumen El género Carnobacterium pertenece a las bacterias ácido lácticas, este grupo está compuesto por 12 especies. Estos microorganismos están asociados a la superficie de las mucosas, presentes en hábitats relacionados con los alimentos, incluidos los entornos de las plantas, vino, leche y carne. En humanos, la evidencia de Carnobacterium spp, sobre el espectro de la enfermedad sigue siendo desconocida. El presente trabajo se trata de un varón de 25 años ingresó en urgencias por amputación traumática transmetacarpiana de la mano izquierda causada por una picadora de carne. En muestras profundas de tejidos blandos obtenidas en la cirugía, se aisló Carnobacterium divergens. Fue tratado con piperacilinatazobactam y se le cambió a amoxicilina-clavulánico durante cinco días más con éxito clínico. Se obtuvo el consentimiento informado por escrito del paciente participante para la publicación de este informe de caso y de las imágenes que lo acompañan. Por lo tanto, el rol de Carnobacterium spp., permanece incierto y clásicamente no se considera patógeno para el ser humano. Sin embargo, en casos anteriores en los que se asoció a infección, los decensales clinicos no se asociaron a morbilidad o mortalidad. La identificación errónea demostró que los métodos convencionales de identificación no son precisos.

Rare Case of Melioidosis in Colombia: Community-Acquired Pneumonia, Bacteremia, and Septic Shock Caused by Burkholderia pseudomallei

Resumen La melioidosis es una enfermedad tropical subdiagnosticada en muchas zonas geográficas. En Sudamérica, Colombia el segundo lugar con mayor frecuencia de reportes de melioidosis. Sus manifestaciones clínicas son inespecíficas, de allí que se denomine "la Gran imitadora". La técnica más utilizada para la identificación de la Burkholderia pseudomallei en regiones sin acceso a pruebas moleculares es el frotis directo o cultivo. Los factores de riesgos asociados son enfermedades crónicas, sexo masculino, uso de glucocorticoides, trabajar en arrozales, mayor exposición al suelo y al agua. Reportamos el caso clínico de un paciente adulto de 96 años quien desarrollo neumonía adquirida en la comunidad, bacteriemia y choque séptico causado por Burkholderia pseudomallei, sin nexo epidemiológico claro de infección.

Abstract Melioidosis is an under-diagnosed tropical disease in many geographic areas. Colombia ranks second in the frequency of reported melioidosis cases in South America. Its clinical manifestations are nonspecific, which is why it is referred to as "the Great Mimicker." The most commonly used method for identifying Burkholderia pseudomallei in regions without access to molecular testing is direct smear or culture. Risk factors associated with this disease include chronic illnesses, male sex, glucocorticoid use, working in rice fields, and increased exposure to soil and water. We report a clinical case of a 96-year-old adult patient who developed community-acquired pneumonia, bacteremia, and septic shock caused by Burkholderia pseudomallei without a clear epidemiological link to infection.

Brucella anthropi bacteremia in an immunocompromised patient due to severe burn infection

Abstract We present a clinical case of Brucella anthropi bacteremia associated with a central line catheter in an immunocompetent patient with a long hospital stay owing to complications from a burn injury. This is a man in his 20s who was admitted several days after being burned with oil (chicken fat) on the chest, upper limbs, genital area, and thighs, affecting 12% of the total body surface. The patient underwent various surgical procedures and subsequent skin grafting. The patient's progress was good after infection associated with the central venous catheter was treated, and the lesions were covered.

Resumen Presentamos un caso clínico de bacteriemia por Brucella anthropi asociada a catéter venoso central en un paciente inmunocompetente con ingreso prolongado por complicaciones asociadas a una lesion por quemadura. Se trata de un varón en sus veintes, que ingresó varios días después de sufrir una quemadura por aceite (aceite de pollo), que afectó fundamentalmente tórax, miembros superiores, zona genital y muslos, comprometiendo el 12% de superficie corporal total, por lo que fue sometido a varios procedimientos quirúrgicos y a injertos cutáneos. El paciente evolucionó favorablemente tras el tratamiento de la infección asociada al catéter venoso central y la cobertura de sus lesiones.

Cervical adenopathy due to Burkholderia pseudomallei: Diagnostic and Therapeutic Challenges in a Case of Pediatric Melioidosis

Resumen La melioidosis es una enfermedad infecciosa emergente en países tropicales causada por Burkholderia pseudomallei. Su incidencia está subestimada en los países no endémicos; sin embargo, se estima una incidencia de aproximadamente 165.000 casos a nivel mundial, de los cuales 89.000 se asocian a alta mortalidad. Clínicamente puede pasar desapercibida mimetizando cuadros comunes como la neumonía, por lo que su identificación y diagnóstico es complejo. La melioidosis requiere un abordaje terapéutico prolongado con antibioticoterapia endovenosa y oral para prevenir recaídas. Se presenta el caso de una paciente con adenitis cervical asociada a melioidosis, su enfoque diagnóstico y revisión de la literatura.

Abstract Melioidosis is an emerging infectious disease caused by Burkholderia pseudomallei in tropical countries. Its incidence is underestimated in non-endemic countries; however, it is estimated to be approximately 165,000 cases worldwide, of which 89,000 are associated with high mortality. Clinically, it can go unnoticed by mimicking common conditions such as pneumonia; therefore, its identification and diagnosis are complex. Melioidosis requires prolonged therapeutic management with specific intravenous and oral antibiotic therapies to prevent relapse. We present the case of a patient with cervical adenitis associated with melioidosis, its diagnostic approach and literature review.