Biomédica

De la microscopía a la metagenómica: evolución y retos de la microbiología clínica

Brucella melitensis infection with osteoarticular involvement: First reported cases in Colombia

Resumen La brucelosis es la zoonosis más común en el mundo y Brucella melitensis es la especie más frecuentemente aislada. Pese a ello, en Colombia tan solo se han descrito dos casos de infección por este agente patógeno, ninguno de ellos con compromiso osteoarticular. A continuación, se describen tres casos de infección por B. melitensis que se manifestó inicialmente como espondilodiscitis, monoartritis y mielitis, respectivamente, y recibieron terapia antibiótica combinada asociada con tratamiento quirúrgico, lográndose la resolución clínica. Estos casos resaltan la presencia de B. melitensis en Colombia y plantean la posibilidad del subdiagnóstico de una especie que antes del 2020 se consideraba ausente en el país.

Abstract Brucellosis is the most common zoonosis in the world, with Brucella melitensis being the main isolated species. Despite this, only two cases of infection by this pathogen have been described in Colombia, none of them with osteoarticular involvement. We describe three cases of B. melitensis infection that debuted with spondylodiscitis, arthritis and myelitis, respectively, managed with combined antibiotic therapy and associated with surgical treatment, achieving clinical cure. This highlights the presence of B. melitensis in Colombia and raises the possibility of underdiagnosis of a species that before 2020 was considered absent in the country.

Small bowel perforation due to cytomegalovirus infection in a patient with HIV

Resumen El citomegalovirus puede causar enfermedad diseminada o localizada en personas con HIV e inmunosupresión avanzada, quienes, por lo general, son aquellos con un número de linfocitos T CD4+ menor de 50 células/mm3 que no reciben, no cumplen o no responden a la terapia antirretroviral. Este artículo reporta el caso de un paciente con HIV sin terapia antirretroviral, que fue admitido al servicio de urgencias por dolor abdominal. Durante la laparotomía, se encontró perforación del íleon, que requirió hemicolectomía derecha, anastomosis ileotransversa y drenaje por peritonitis fecaloide. En el estudio de histopatología, se documentaron múltiples inclusiones citomegálicas en células del estroma, epiteliales y endoteliales, con predomino en el íleon, en la zona de la perforación. Aunque la enfermedad por citomegalovirus del aparato digestivo es una de las complicaciones más comunes del sida, la perforación del íleon es una manifestación inusual con gran mortalidad.

Abstract Cytomegalovirus can cause disseminated or localized disease in people living with HIV with advanced immunosuppression, usually those with CD4+ T-lymphocyte cell counts <50 cells/ mm3 who do not receive, complies, or does not respond to antiretroviral therapy. We report on the case of a patient living with HIV without antiretroviral therapy who was admitted to the emergency department for abdominal pain. During laparotomy, perforation of the ileum was found, requiring right hemicolectomy, ileotransverse anastomosis, and drainage due to fecaloid peritonitis. The report of histopathology documented multiple cytomegalic inclusions in stromal, epithelial, and endothelial cells, predominantly in the ileum, at the level of the perforation area. Although cytomegalovirus disease in the gastrointestinal tract is one of the most common complications of HIV, ileal perforation is an unusual manifestation with high mortality.

Unusual gastrointestinal histoplasmosis with jejunal perforation in a 57-year-old patient from Bogotá: Case report

Abstract Histoplasmosis is an endemic fungal infection caused by Histoplasma species. Disseminated forms, although rare, often involve the gastrointestinal tract and primarily affect immunocompromised patients. This article presents an unusual case of gastrointestinal histoplasmosis with jejunal perforation. A 57-year-old man presented with chronic abdominal pain, intermittent fever, cough, diaphoresis, nausea, and rapid weight loss. Findings on computed tomography scans showed thickening and malignant lesions in the intestine, further evaluated through laparotomy, in addition to pulmonary involvement. Jejunal perforation and septic shock were identified and treated with antibiotics. The clinical course was unfavorable, resulting in patient’s death. Peritoneal liquid cultures and hemocultures were negative, but the biopsy histological analysis revealed the presence of intracellular yeasts compatible with Histoplasma spp. This case highlights the importance of considering invasive fungal infections in apparently immunocompetent critically ill patients and reassessing diagnostic methods to ensure timely and effective treatment.

Resumen La histoplasmosis es una infección fúngica endémica causada por especies de Histoplasma. Las formas diseminadas, aunque raras, a menudo comprometen el tubo digestivo y afectan principalmente a pacientes inmunocomprometidos. En este trabajo se presenta un caso poco frecuente de histoplasmosis gastrointestinal con perforación del yeyuno. Un paciente de sexo masculino de 57 años presentó dolor abdominal crónico, fiebre intermitente, tos, diaforesis, náuseas y pérdida acelerada de peso. Las tomografías computarizadas revelaron engrosamiento del intestino y lesiones malignas, posteriormente evaluadas mediante laparotomía, además de compromiso pulmonar. Se identificó perforación del yeyuno y choque séptico, el cual se trató con antibióticos. La evolución clínica fue desfavorable y el paciente falleció. Los cultivos de líquido peritoneal y los hemocultivos fueron negativos, pero los análisis histológicos de la biopsia revelaron la presencia de levaduras intracelulares indicativas de Histoplasma. Este caso resalta la importancia de considerar las infecciones fúngicas invasivas en pacientes críticos aparentemente inmunocompetentes y revaluar los métodos de diagnóstico para lograr un tratamiento oportuno y eficaz.

Associated factors of microorganisms causing lower respiratory tract infections in children hospitalized between 2019 and 2022 in a private hospital in Lima, Perú

Resumen Introducción. La infección de las vías respiratorias inferiores es la causa principal de muerte infantil en el mundo. Los agentes etiológicos mostraron variación estacional, geográfica y relacionada con la pandemia de la COVID-19. Objetivo. Determinar los factores asociados con los agentes patógenos y sus manifestaciones clínicas en niños con infección de las vías respiratorias inferiores, hospitalizados antes, durante y después de la pandemia en un hospital privado de Lima, Perú. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio retrospectivo de cohorte de pacientes menores de 13 años hospitalizados por infecciones de las vías respiratorias inferiores. Se utilizaron dos pruebas de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) múltiple, CLART Fast PneumoVir™ y PneumoCLART Bacteria™ para identificar los agentes patógenos. Se determinaron los factores asociados con la hospitalización prolongada según los agentes patógenos que resultaron positivos y las manifestaciones clínicas generales. Resultados. Se analizaron 612 registros de pacientes. La edad promedio fue de 2,89 años. Se identificó el virus sincitial respiratorio en el 33,66 % (206/612) de los casos, el de la influenza A en el 26,31 % (161/612) y Haemophilus spp. en el 19,28 % (118/612). Antes de la pandemia de COVID-19, el 48,87 % (217/444) de los pacientes tuvo un agente etiológico viral y, en la después de la pandemia, el 87,78 % (115/131). En la prepandemia, el 17,34 % (77/444) tuvo más de un microorganismo, siendo frecuentes las coinfecciones del virus sincitial respiratorio con Haemophilus spp. (10,78 %) (66/612) y del virus sincitial respiratorio con el virus de la influenza A (8,82 %) (54/612). Además, la identificación del virus sincitial respiratorio se asoció con una estancia hospitalaria de 6 o más días (p = 0,005). Conclusiones. En este estudio, se encontró que los agentes etiológicos virales fueron predominantes antes y después de la pandemia. Las coinfecciones entre bacterias y virus fueron frecuentes. El virus sincitial respiratorio fue el más frecuente y se asoció con coinfecciones y estancia hospitalaria prolongada.

Abstract Introduction. Lower respiratory tract infection is the leading cause of childhood death wordwide. Etiological agents showed seasonal, geographic, and pandemic-related variation. Objective. To determine the clinical manifestations of respiratory pathogens in children hospitalized due to lower respiratory tract infection before, during, and after the pandemic in a private hospital in Lima, Perú. Materials and methods. This is a retrospective cohort study of patients under 13 years of age hospitalized with lower respiratory tract infection. Two multiplex polymerase chain reaction (PCR) tests, CLART Fast PneumoVir™ and PneumoCLART Bacteria®, were used to identify pathogens. We identified factors associated with prolonged hospitalization based on general characteristics and the presence of pathogens. Results. A total of 612 patient records were analyzed. The average age was 2.89 years. Respiratory syncytial virus was identified in 33.66% (206/612) of cases, influenza A in 26.31% (161/612), and Haemophilus sp. in 19.28% (118/612). Before the COVID-19 pandemic, 48.9% of patients had a viral etiologic agent, and 87.78% (115/131) had one after the pandemic. During the pre-pandemic period, 17.34% (77/444) of patients had more than one microorganism, with frequent coinfections of respiratory syncytial virus with Haemophilus sp. (10.78%) (66/612) and respiratory syncytial virus with influenza A virus (8.82%) (54/612). Additionally, the identification of respiratory syncytial virus was associated with prolonged hospital stays of more than 6 days (p = 0.005). Conclusions. This study found that viral etiologic agents were predominant before and after the pandemic. Furthermore, coinfections between bacteria and viruses were frequent. The respiratory syncytial virus was the most common and was associated with coinfections and prolonged hospital stays.

Omadacycline for community-acquired infections: A systematic review and single-arm meta-analysis

Abstract Introduction. Community-acquired infections have a significant burden on healthcare systems and are caused by a variety of pathogens with different severities. Increasing microbial resistance complicates treatment, highlighting the need for new therapies. Omadacycline, a novel antibiotic, has broad-spectrum activity against both Gram-positive and Gram-negative pathogens, particularly those involved in community-acquired infections. Objective. To evaluate omadacycline’s efficacy and safety for treating community-acquired infections. Materials and methods. We searched PubMed, Embase, and Cochrane for randomized and non-randomized studies about omadacycline for community-acquired infections, with no time restrictions. Primary outcomes were clinical success at the end of treatment and post-treatment evaluation. Secondary outcomes included the risk of adverse events. Statistical analysis was performed using R software. Results. We analyzed data from 10 studies involving 1666 patients, addressing infections such as pneumonia, wound infections, cellulitis, major abscesses, lower extremity ulcers, erysipelas, cystitis, and bone or joint infections. The analysis showed a 90% (1138 of 1264 patients; 95% CI: 88 - 91) clinical success rate at the end of treatment and 84% (1288 of 1534 patients; 95% CI: 82 - 86) success rate at post-treatment evaluation. Adverse events occurred in 45% (747 of 1662; 95% CI: 32 - 59), with 18% [181 of 1008; 95% CI: 13 - 24] experiencing gastrointestinal issues. The mortality rate was 0% (0,8%) (13 patients; 95% CI: 0 - 1). Conclusions. Omadacycline is a promising option for treating community-acquired infections.

Resumen Introducción. Las infecciones adquiridas en la comunidad suponen una carga considerable para los sistemas de salud y son causadas por diversos agentes patógenos que pueden presentar distintos grados de gravedad. El aumento de la resistencia microbiana complica el tratamiento, lo que destaca la necesidad de nuevas terapias. La omadaciclina, un nuevo antibiótico, tiene una actividad de amplio espectro contra agentes patógenos tanto grampositivos como gramnegativos, en particular los implicados en infecciones adquiridas en la comunidad. Objetivo. Evaluar la eficacia y seguridad de la omadaciclina para el tratamiento de infecciones adquiridas en la comunidad. Materiales y métodos. Se buscaron estudios aleatorizados y no aleatorizados sobre omadaciclina para infecciones adquiridas en la comunidad, en PubMed, Embase y Cochrane, sin restricciones de tiempo. Los resultados primarios fueron el éxito clínico al final del tratamiento y la evaluación posterior al tratamiento. Los resultados secundarios incluyeron el riesgo de eventos adversos. El análisis estadístico se hizo con el software R. Resultados. Se analizaron datos de diez estudios que incluyeron 1666 pacientes y que abordaron infecciones como neumonía, infecciones de heridas, celulitis, abscesos importantes, úlceras de las extremidades inferiores, erisipela, cistitis e infecciones óseas o articulares. El análisis mostró una tasa de éxito clínico del 90 % (1138 de 1264 pacientes; IC95%: 88 - 91) al final del tratamiento y del 84 % (1288 de 1534 pacientes; IC95%: 82 - 86) postratamiento. Ocurrieron eventos adversos en el 45 % de los casos (747 de 1662; IC95%: 32 - 59), con un 18 % que experimentaron problemas gastrointestinales (181 de 1008; IC95%: 13 - 24). La tasa de mortalidad fue del 0 % (0,8%) (13 pacientes; IC95%: 0 - 1). Conclusión. La omadaciclina es una opción prometedora para el tratamiento de las infecciones adquiridas en la comunidad.

Prevalence of methicillin-resistant Staphylococcus aureus carriers in dental care staff: A systematic review and meta-analysis

Resumen Introducción. Staphylococcus aureus resistente a la meticilina es un agente patógeno transmitido en hospitales y comunidades. Aunque la presencia en personal médico y de enfermería ha sido ampliamente estudiada, existe poca información sobre su presencia en personal odontológico. Objetivo. Estimar la prevalencia de portadores sanos de este agente patógeno en el personal odontológico. Materiales y métodos. Se buscaron artículos en PubMed, ScienceDirect, Scopus, BVS y Google Scholar, en inglés, portugués y español. Tres revisores extrajeron los datos de los estudios transversales publicados hasta diciembre del 2024. El riesgo de sesgo se evaluó con la herramienta Joanna Briggs Institute. La prevalencia agrupada y los subanálisis se calcularon mediante un modelo de efectos aleatorios con estimación de máxima verosimilitud, utilizando Stata 18.0™. El protocolo fue registrado en PROSPERO (CRD42024563164). Resultados. Se incluyeron 17 artículos en la revisión sistemática y 6 en el metaanálisis. La prevalencia general de presencia nasal de S. aureus resistente a la meticilina en personal odontológico fue del 2,28 % (IC95%: 0,78-6,4), de un total de 1256 participantes. En odontólogos, la prevalencia fue del 3,63 % (IC95%: 0,98-10,57); en asistentes dentales, del 1,45 % (IC95%: 0,11-11); y en estudiantes en prácticas clínicas, del 2,0 % (IC95%: 0,36-8,0). No se observaron diferencias significativas entre los grupos (p = 0,87). Conclusiones. Los estudios de prevalencia de portadores sanos de S. aureus resistente a la meticilina en personal odontológico son escasos y sin representatividad poblacional. A pesar de una baja prevalencia, la vigilancia rigurosa de todos los proveedores de atención médica permite el monitoreo de su transmisión epidemiológica y los factores de riesgo predisponentes.

Abstract Introduction. Methicillin-resistant Staphylococcus aureus is a pathogen transmitted both in hospital and community settings. Although carriage among medical and nursing personnel has been widely studied, information regarding its presence among dental healthcare workers is limited. Objective. To estimate the prevalence of healthy methicillin-resistant S. aureus carriers among dental personnel. Materials and methods. We searched for articles in PubMed, ScienceDirect, Scopus, BVS, and Google Scholar in English, Portuguese, and Spanish. Three reviewers selected and extracted data from cross-sectional studies published up to December 2024. We assessed risk of bias using the Joanna Briggs Institute tool. We calculated pooled prevalence and conducted subgroup analyses using a random-effects model with maximum likelihood estimation in Stata 18.0™. The protocol was registered in PROSPERO (CRD42024563164). Results. We included 17 articles in the systematic review and six in the meta-analysis. The overall prevalence of nasal methicillin-resistant S. aureus carriage among dental personnel was 2.28% (95% CI: 0.78-6.4) in a combined sample of 1256 participants. Among dentists, prevalence was 3.63% (95% CI: 0.98-10.57); among dental assistants, 1.45% (95% CI: 0.11-11), and among dental students in clinical training, 2.0% (95% CI: 0.36-8.0). Differences between groups were not statistically significant (p = 0.87). Conclusions. Evidence on methicillin-resistant S. aureus carriage among dental personnel is scarce and lacks population representativeness. Although prevalence appears low, continued surveillance among all dental Healthcare providers is recommended to monitor epidemiological transmission and associated risk factors.

Docking prediction, molecular dynamics and antibiofilm effect of linalool against Candida albicans strains from vulvovaginal secretions

Abstract Introduction. Vulvovaginal candidiasis is a prevalent fungal infection, predominantly caused by Candida albicans. Biofilm formation plays a central role in disease persistence and therapeutic failure by enhancing fungal tolerance to conventional antifungal agents. Objective. To evaluate the antibiofilm activity of linalool against C. albicans strains isolated from vulvovaginal secretions and to investigate its potential molecular interactions with 1,3-β-glucano synthase, a key enzyme involved in fungal cell wall biosynthesis. Materials and methods. The antibiofilm effect of linalool was assessed in vitro using the crystal violet assay against a clinical isolate (C. albicans LM 129) and a reference strain (C. albicans ATCC 76485). Nystatin was included as a comparator antifungal. In parallel, molecular docking analyses were performed using AutoDock 4.2, followed by molecular dynamics simulations conducted in GROMACS 2022.3 to evaluate the stability of the linalool-enzyme complex. Results. Linalool significantly reduced biofilm formation in both C. albicans strains, with an average inhibition of 74.65%, whereas nystatin exhibited limited antibiofilm activity. Docking studies revealed that linalool interacts with the active site of 1,3-β-glucano synthase, presenting a binding free energy (ΔG) of -6.0 kcal/mol, comparable to the control ligand castanospermine (-7.0 kcal/mol). Molecular dynamics simulations demonstrated structural stability of the linalool-enzyme complex over a 30 ns trajectory, supporting the persistence of these interactions under dynamic conditions. Conclusions. Linalool exhibits relevant antibiofilm activity against C. albicans and shows stable interactions with 1,3-β-glucano synthase, suggesting a plausible inhibitory mechanism. These findings support the potential of linalool as a natural scaffold for the development of alternative therapeutic strategies for vulvovaginal candidiasis.

Resumen Introducción. La candidiasis vulvovaginal es una infección fúngica frecuente causada principalmente por Candida albicans. La formación de biopelículas constituye un factor clave en la persistencia de la infección y en la disminución de la eficacia de los tratamientos antifúngicos convencionales. Objetivo. Evaluar la actividad anti-biopelícula del linalol frente a cepas de C. albicans aisladas de secreciones vulvovaginales e investigar sus posibles interacciones moleculares con la enzima 1,3-β-glucano sintasa, esencial para la biosíntesis de la pared celular fúngica. Materiales y métodos. La actividad anti-biopelícula del linalol se evaluó mediante pruebas in vitro con cristal violeta frente a una cepa clínica (C. albicans LM 129) y una cepa de referencia (C. albicans ATCC 76485). La nistatina se utilizó como antifúngico comparador. Además, se realizaron estudios de acoplamiento molecular utilizando AutoDock 4.2, seguidos de simulaciones de dinámica molecular en GROMACS 2022.3 para analizar la estabilidad del complejo ligando-enzima. Resultados. El linalol redujo significativamente la formación de biopelículas en ambas cepas de C. albicans, con una inhibición promedio del 74,65 %, mientras que la nistatina mostró una actividad limitada. Los estudios de acoplamiento indicaron que el linalol interactúa con el sitio activo de la 1,3-β-glucano sintasa, presentando una energía libre de unión (ΔG) de -6,0 kcal/mol, comparable a la del ligando de control castanospermine (-7,0 kcal/mol). Las simulaciones de dinámica molecular confirmaron la estabilidad estructural del complejo durante 30 ns. Conclusiones. El linalol presenta una actividad anti-biopelícula relevante frente a C. albicans y establece interacciones estables con la enzima 1,3-β-glucano sintasa, lo que sugiere un posible mecanismo inhibitorio. Estos resultados respaldan su potencial como compuesto natural para el desarrollo de estrategias terapéuticas alternativas contra la candidiasis vulvovaginal.

Bacteremia by viridans group streptococci in children with leukemia: Epidemiology and variables associated with recurrence

Resumen Introducción. Las infecciones por estreptococos del grupo viridans en pacientes oncológicos pueden ser graves, con una gran mortalidad. Objetivo. Describir las características clínicas, microbiológicas y evolutivas de los pacientes pediátricos con bacteriemia por estreptococos del grupo viridans y leucemia aguda en un hospital de alta complejidad e identificar las variables asociadas con la recurrencia. Materiales y métodos. Se trata de un estudio retrospectivo de cohorte. Se incluyeron 108 pacientes de 1 mes hasta 18 años con leucemia aguda y con bacteriemia por estreptococos del grupo viridans entre el 2016 y el 2022. Se describieron las características de la cohorte y se hizo un análisis univariado, comparando las características de los pacientes que presentaron un primer o único episodio de bacteriemia con las de aquellos con recurrencia. Resultados. Se estudiaron 108 episodios correspondientes a 85 (79 %) pacientes que presentaron un primer o único episodio y a 23 (21 %) que presentaron recurrencias. La mediana de edad fue de 68 meses. Las especies más frecuente fueron Streptococcus mitis y S. oralis en ambos grupos. Se asoció con recurrencia de la bacteriemia: el uso de antibióticos en los 30 días previos [n = 20 (87 %) vs. n = 52 (61 %), p = 0,03], una mayor duración del tratamiento antibiótico previo, el uso de carbapenem, la gastroenteritis aguda como foco clínico de infección y la etapa de consolidación de la quimioterapia. Conclusiones. La bacteriemia por estreptococos del grupo viridans predominó en niños con leucemia mieloide aguda. El 21 % fueron recurrencias. La recurrencia se asoció con el uso previo de antibióticos, la gastroenteritis como foco clínico y la etapa de consolidación de la quimioterapia.

Abstract Introduction. Infections caused by viridans group streptococci in pediatric oncology patients can be severe and are associated with high mortality. Objective. To describe the clinical, microbiological, and outcome characteristics of pediatric patients with viridans group streptococci bacteremia and acute leukemia in a high- complexity hospital, and to identify variables associated with recurrence. Materials and methods. We conducted a retrospective cohort study including patients aged 1 month to 18 years with acute leukemia and viridans group streptococci bacteremia between 2016 and 2022. Patients and episode characteristics were described, and a univariate analysis was performed comparing those with a single bacteremia episode to those with recurrent episodes. Results. A total of 108 episodes were identified, of which 85 (79%) were first or isolated episodes and 23 (21%) were recurrences. The median age was 68 months. Streptoccocus mitis and S. oralis were the most frequently identified species in both groups. Recurrent bacteremia was significantly associated with prior antibiotic use within the preceding 30 days, longer duration of prior antibiotic treatment, use of carbapenems, presence of acute gastroenteritis as the clinical focus of infection, and the consolidation phase of treatment. Conclusions. Viridans group streptococci bacteremia predominantly occurred in children with acute myeloid leukemia. Recurrence accounted for 21% of episodes and was associated with prior antibiotic exposure, gastroenteritis as the clinical focus, and the consolidation phase of chemotherapy.

Genetic diversity of Listeria monocytogenes isolates in Colombia from 2010 until 2017 and comparison against the PulseNet regional surveillance network

Abstract Introduction. Listeriosis is a food-borne disease associated with Listeria monocytogenes, with high mortality in individuals with weakened immune systems. In Colombia, notification of the disease is not mandatory. Objective. To characterize phenotypically and genomically the clinical isolates of L. monocytogenes isolated from 2010 to 2017 in Colombia. Materials and methods. A total of 63 of the 443 isolates of L. monocytogenes were analyzed by laboratory surveillance of the Grupo de Microbiología at the Instituto Nacional de Salud. Antimicrobial susceptibility, serological test (O-H) antigens and PCR, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE)-ApaI enzyme as well as whole genome sequencing (WGS) were performed. Fatalities attributed to L. monocytogenes were identified using SIVIGILA. Results. An estimated 50.73% of the isolates were females, in adults ≥ 15 years old (54%) and were recovered from blood cultures (58.7%), sensitive to penicillin and to trimethoprim sulfamethoxazole. Of the isolates, 77.8% were of the complex serogroup 4b-4d-4e; 42 patterns PFGE-ApaI were determined. Genomic sequencing of five isolates identified multilocus sequencing typing (MLST) ST1, ST2, ribosomal MLST (rMLST) 15992, 15983, 15959, 98481, clonal complex CC1, CC2, lineage I, and serotype 4b in silico. Virulence genes identified included pathogenicity island LIPI-1, LIPI-3 and internalins. Resistance genes included fosX, fosS-2, lin, norB and mprF. The plasmid J1776, and prophages vB_LmoS_293, LP_030_2, LP_030_3, A118 were identified. Global phylogenetic analysis identified that the closest sequences belonged to lineage I, and were from France, Chile, Perú and India. Conclusions. Strengthening epidemiological and laboratory surveillance would improve the control measures in public health.

Resumen Introducción. La listeriosis es una enfermedad transmitida por alimentos asociada con la infección por Listeria monocytogenes, con gran mortalidad en individuos con el sistema inmunológico debilitado. En Colombia, no es obligatorio notificar la enfermedad. Objetivo. Caracterizar fenotípica y genómicamente los aislamientos clínicos de L. monocytogenes realizados entre el 2010 y el 2017 en Colombia. Materiales y métodos. Se analizaron 63 de 443 aislamientos de L. monocytogenes de la Vigilancia por Laboratorio del Grupo de Microbiología del Instituto Nacional de Salud. Se practicaron pruebas de sensibilidad antimicrobiana, serología para antígenos (O-H) y PCR, PFGE-ApaI, así como secuenciación del genoma completo. Los casos fatales atribuidos a L. monocytogenes fueron identificados en el Sistema Nacional de Vigilancia en Salud Pública (SIVIGILA). Resultados. De los aislamientos, la mayoría correspondió al sexo femenino (n = 32; 50,7%). En cuanto a la distribución por edad, la mayoría de los casos se presentó en el grupo de 15 a 54 años (n = 21; 33,3%). La mayoría de los aislamientos provino de hemocultivos (n = 37; 58,7%), con sensibilidad a la penicilina y al trimetoprim-sulfametoxazol. El 77,8% de los aislamientos correspondió al complejo serogrupo 4b-4d-4e; se determinaron 42 patrones PFGE-ApaI. La secuenciación genómica de cinco aislamientos permitió identificar, mediante tipificación por secuenciación multilocus (MLST), los tipos ST1 y ST2; mediante MLST ribosómico (rMLST), los tipos 15992,15983,15959 y 98481; los complejos clónales CC1 y CC2; el linaje I y el serotipo 4b in silico. Los genes de virulencia identificados incluyeron islas de pathogencidad LIPI-1, LIPI-3 e internalinas; los genes de resistencia fueron fosX. fosS-2, Un, norB y mprF. Se identificaron el plásmido J1776 y los profagos vB_LmoS_293, LP_030_2, LP_030_3 y Al 18. El análisis filogenético global mostró que las secuencias más cercanas pertenecen al linaje I y provienen de Francia, Chile, Perú e India. Conclusión. El fortalecimiento en el seguimiento epidemiológico y la tipificación permiten mejorar las medidas de control en salud pública.

Respiratory infectious diseases in intensive care units’ patients during 2024, in two hospitals in Guayaquil, Ecuador

Resumen Introducción. Las infecciones virales, bacterianas y fúngicas constituyen un importante problema de salud, asociado a un incremento significativo de la morbimortalidad de las enfermedades respiratorias. Objetivo. Caracterizar las infecciones respiratorias y sus agentes etiológicos en pacientes de los dos hospitales de tercer nivel de Guayaquil (Ecuador) durante los primeros seis meses del 2024. Materiales y métodos. Estudio observacional, transversal y prospectivo de dos hospitales, entre el 1° de enero y el 30 de junio del 2024. Se recopilaron los datos demográficos, clínicos y microbiológicos (fechas, edad, sexo, tipo de muestra, resultados y diagnósticos), los cuales fueron analizados mediante el programa estadístico IBM SPSS™ Statistics 27.0. Resultados. De los 56 pacientes incluidos, 35 presentaron infecciones respiratorias, con predominio del sexo femenino y con una edad promedio de 49 años. Se identificaron los siguientes agentes: rinovirus-enterovirus, virus de la influenza A, coronavirus, virus de la parainfluenza y virus respiratorio sincitial. Entre las bacterias más frecuentes se encontraron: Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Haemophilus influenzae, Enterobacter cloacae, Escherichia coli, Proteus spp., Stenotrophomonas maltophilia, Serratia marcescens, Streptococcus agalactiae y Streptococcus pneumoniae. Asimismo, se detectaron genes de resistencia de las bacterias como CTX-M, KPC, mecA/mecC y MREJ, NDM, Oxa48-like y VIM. En el caso de infecciones fúngicas, se aislaron Candida albicans y C. glabrata. La mayoría de los pacientes con enfermedad respiratoria evolucionaron a neumonía intrahospitalaria. Conclusión. Durante el período estudiado, las infecciones respiratorias en las unidades de cuidados intensivos se asociaron principalmente con bacterias patógenas, destacándose la gran frecuencia de neumonías intrahospitalarias y la detección de genes de resistencia antimicrobiana.

Abstract Introduction. Viral, bacterial, and fungal infections represent a major health concern, contributing significantly to increased morbidity and mortality in respiratory diseases. Objective. To characterize respiratory infections and their etiological agents in patients admitted to intensive care units during the first six months of 2024. Materials and methods. An observational, cross-sectional, prospective study was conducted in two hospitals between January 1st. and June 30th., 2024. Clinical and microbiological data were collected (dates, age, sex, type of sample, results, and diagnoses) and analyzed using IBM SPSS™ Statistics 27.0. Results. Of the 56 patients admitted, 35 presented respiratory infections, predominantly in females, with a mean age of 49 years. The following agents were identified: rhinovirus/ enterovirus, influenza A, coronavirus, parainfluenza, and respiratory syncytial virus. Among the most frequent bacteria found were: Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Haemophilus influenzae, Enterobacter cloacae, Escherichia coli, Proteus spp., Stenotrophomonas maltophilia, Serratia marcescens, Streptococcus agalactiae and S. pneumoniae. Bacterial resistance genes such as CTX-M, KPC, mecA/mecC, and MREJ, NDM, Oxa48-like, and VIM were also detected. In the case of fungal infections, Candida albicans and Candida glabrata were isolated. Most patients with respiratory illness progressed to hospital-acquired pneumonia. Conclusion. During the study period, respiratory infections in the intensive care units were mainly associated with bacterial pathogens, with a high frequency of hospital-acquired pneumonia and the detection of antimicrobial resistance genes.

Implementing the CRISPR 2.1 array for genotyping enhances identification of uropathogenic Escherichia coli in Colombian pediatric patients

Abstract Introduction. The emergence of antibiotic resistance in Escherichia coli has contributed to the increasing incidence and lethality of urinary tract infections. Objective. To characterize uropathogenic E. coli isolates obtained from patients with urinary tract infections in two hospitals in Bucaramanga, Colombia. Specifically, we assessed the significance of CRISPR 2.1 locus elements as a target for genotyping. Materials and methods. We combined phylotyping based on the Clermont classification, antimicrobial susceptibility testing approaches, and PCR amplification of the CRISPR 2.1 array. Results. We found that the variation in the CRISPR 2.1 array, along with the presence of resistance and virulence genes, phylogroups, and antibiotic sensitivity patterns provide significant and reliable data for epidemiological studies. The analysis of 72 isolates revealed considerable resistance to ampicillin and trimethoprim/sulfamethoxazole, with rates of 80% and 60%, respectively. The isolates also demonstrated the occurrence of bla CTX-M” bla TEM” and bla SHV genes in 54.55, 18.18, and 4.17% of the cases, respectively. According to the Clermont classification, groups D and B2 accounted for 65.2% of all isolates. The CRISPR 2.1 array was present in most isolates except those in group B2 and exhibited length polymorphism. Conclusions. Our results emphasized the utility of CRISPR 2.1 array polymorphism in reliably identifying uropathogenic E. coli and enhancing distinction, which is a noteworthy advance in regional epidemiological monitoring systems.

Resumen Introducción. La aparición de resistencia a los antibióticos en Escherichia coli ha contribuido a la creciente incidencia y letalidad de las infecciones urinarias. Objetivos. Caracterizar aislamientos de cepas uropatógenas de E. coli obtenidos de pacientes con infecciones urinarias de dos hospitales de Bucaramanga, Colombia. Se evaluó específicamente la relevancia del locus CRISPR 2.1 como elemento informativo para la genotipificación. Materiales y métodos. Se combinó la filotipificación basada en la clasificación de Clermont y los antibiogramas, junto con la amplificación por PCR del arreglo CRIPSR 2.1. Resultados. Se encontró que la variación del arreglo CRISPR 2.1, así como la presencia de genes de resistencia y virulencia, filogrupos y patrones de sensibilidad a los antibióticos, proporcionan datos significativos y confiables para los estudios epidemiológicos. El análisis de 72 aislamientos reveló una resistencia significativa a la ampicilina y al trimetoprim sulfametoxazol, con tasas del 80 y el 60 %, respectivamente. Además, los aislamientos demostraron la presencia de los genes bla CTX-M” bla TEM ” y bla SHV en el 54,55, 18,18 y 4,17 % de los casos, respectivamente. Los grupos D y B2 comprendieron el 65,2 % de los aislamientos según la clasificación de Clermont. El arreglo CRISPR 2.1 se encontró en la mayoría de los aislamientos, excepto en los del grupo B2, y exhibió polimorfismo de longitud. Conclusiones. Los resultados enfatizan la utilidad del polimorfismo presentado por el arreglo CRISPR 2.1 en la subtipificación de las cepas de E. coli uropatógenas, lo que contribuye a mejorar la identificación bacteriana y supone un avance notable en el establecimiento de sistemas regionales de vigilancia epidemiológica.

Histoplasma antigen detection: A laboratory-based retrospective review of routine testing from 2021 to 2023

Abstract Introduction. Progressive disseminated histoplasmosis is associated with high mortality in people with advanced HIV (Human Immunodeficiency Virus) disease or severe immunosuppression. The World Health Organization (WHO) recommends antigen testing for progressive disseminated histoplasmosis diagnosis. Objective. To assess the positivity of the Histoplasma antigen test in urine specimens referred to SYNLAB. Materials and methods. A retrospective analysis of SYNLAB’s database included specimens referred from February 2021 to August 2023. Specimens were tested using the Clarus Histoplasma GM Enzyme Immunoassay™. Results. A total of 2442 urine samples were tested, of which 282 (12%) were positive, with a higher positivity rate in adults older than 18 years (12%), compared to patients younger than 18 years (4%). The median Histoplasma antigen concentration was 9.25 EIA (Enzyme Immuno-Assay) units, significantly higher in adult patients (9.6 EIA units) than in patients younger than 18 years (1.45 EIA units). Testing rates increased over time, peaking in the first quarter of 2023 with 358 tests done, including 25 specimens that tested positive (7%). Conclusion. Overall, we found that one in four patients tested positive. Higher positivity and antigen concentration were observed in adults. These findings highlight the importance of antigen testing in diagnosing progressive disseminated histoplasmosis, particularly in high-risk populations.

Resumen Introducción. La histoplasmosis diseminada progresiva está asociada con la mortalidad de personas con HIV (Human Immunodeficiency Virus) en etapas avanzadas o en pacientes con inmunosupresión grave. La Organización Mundial de la Salud (OMS) recomienda practicar pruebas de detección del antígeno para el diagnóstico de la histoplasmosis diseminada progresiva. Objetivo. Evaluar la positividad de la prueba de detección del antígeno para Histoplasma en muestras de orina remitidas al SYNLAB. Materiales y métodos. Se realizó un análisis retrospectivo de la base de datos del SYNLAB con las muestras remitidas entre febrero del 2021 y agosto del 2023. Las muestras fueron analizadas utilizando el inmunoensayo enzimático Clarus Histoplasma GM™. Resultados. Se analizaron 2442 muestras de orina, de las cuales 282 (12 %) fueron positivas, con una mayor tasa de positividad en los pacientes mayores de 18 años (12 %) en comparación con los menores de 18 años (4 %). La mediana de concentración del antígeno para Histoplasma fue de 9,25 unidades EIA (Enzyme Immuno-Assay), significativamente mayor en pacientes adultos (9,6 unidades EIA) que en los menores de 18 años (1,45 unidades EIA). Las tasas de pruebas aumentaron con el tiempo, alcanzando su punto máximo en el primer trimestre del 2023 con 358 pruebas realizadas, incluidas 25 muestras positivas (7 %). Conclusión. En general, se encontró que uno de cada cuatro pacientes analizados resultó positivo. Se observó una mayor positividad y concentración del antígeno en adultos. Estos hallazgos destacan la importancia de las pruebas para detectar el antígeno en el diagnóstico de la histoplasmosis diseminada progresiva, particularmente en poblaciones de alto riesgo.