Biomédica

Significative changes in the management and control of HIV/AIDS

Melioidosis in Colombia, description of a clinical case and epidemiological considerations

Resumen La melioidosis es una enfermedad infecciosa causada por Burkholderia pseudomallei cuyo diagnóstico clínico puede ser difícil debido a su variada presentación clínica y a las dificultades del diagnóstico microbiológico, por lo cual pueden requerirse técnicas moleculares para su adecuada identificación una vez se sospecha su presencia. Son pocos los antibióticos disponibles para el tratamiento de esta enfermedad y, además, deben usarse durante un tiempo prolongado. Aunque se conoce por ser endémica en Tailandia, Malasia, Singapur, Vietnam y Australia, en Colombia se han reportado algunos pocos casos. Se presenta un caso de melioidosis en la región norte de Colombia, se hace una revisión de las características clínicas y el tratamiento, y se describe la epidemiología local de esta enfermedad.

Abstract Melioidosis is an infectious disease caused by Burkholderia pseudomallei whose clinical diagnosis can be difficult due not only to its varied clinical presentation but also to the difficulties in the microbiological diagnosis.Thus, it may be necessary to use molecular techniques for its proper identification once it is suspected. There are few antibiotics available for the treatment of this disease, which must be used over a long period of time. Although it is known to be endemic in Thailand, Malaysia, Singapore, Vietnam, and Australia, in Colombia there are few reported cases. We describe a case of melioidosis in the northern region of Colombia. Additionally, we review its clinical characteristics and treatment and we describe the local epidemiology of this disease.

Epidemiological characterization of Leptospira spp. infection in working horses and in an occupationally exposed population in six Colombian police stations

Resumen Introducción. Los caballos de trabajo de la Policía Nacional tienen un estrecho contacto con sus manejadores y la población en general durante las actividades recreativas y de patrullaje, lo cual puede favorecer la transmisión de la leptospirosis en los caballos y el personal ocupacionalmente expuesto. Objetivo. Caracterizar epidemiológicamente la leptospirosis mediante pruebas de serología, urocultivo y reacción en cadena de la polimerasa (Polymerase Chain Reaction, PCR) en caballos de trabajo y personal con riesgo ocupacional pertenecientes a seis unidades de la Policía Nacional de Colombia. Materiales y métodos. Se evaluaron 153 caballos machos castrados y 123 personas en las seis unidades en los municipios de Manizales, Pereira, Armenia, Ibagué, Tuluá y Cali. Se utilizaron tres formatos estructurados para recabar información y se obtuvieron muestras sanguíneas de las personas y de los caballos, las cuales se procesaron con la prueba de aglutinación microscópica (Macroscopic Agglutination Test, MAT) para 24 serogrupos. Se practicó el examen clínico de los caballos y se obtuvieron muestras de orina para el urocultivo y la PCR convencional. Resultados. La seroprevalencia de Leptospira spp. fue de 3,25 % (n=4) en las personas y de 85 % (n=130) en los caballos. Entre los caballos, los serogrupos Djasiman y Shermani fueron los más prevalentes. El urocultivo fue positivo en el 64,7 % (99/153) de las muestras, en tanto que los análisis de PCR fueron negativos. Se encontró una asociación estadísticamente significativa de la frecuencia de salida de las instalaciones (p=0,009) y la presencia de fauna silvestre (p=0,051) con la infección por el serogrupo Shermani. Conclusión. Las características epidemiológicas de la leptospirosis en los caballos sugieren una presentación endémica de la infección y su papel como reservorios de la bacteria; sin embargo, debe dilucidarse la patogenia de la enfermedad con estudios complementarios.

Abstract Introduction: Police working horses are in close contact with their managers and the general population during recreational and patrol activities, which can favor the transmission of leptospirosis among the horses and the occupationally exposed personnel. Objective. To characterize epidemiologically leptospirosis through serology, urine culture and PCR in working horses and in the occupationally exposed population in six police stations in Colombia. Materials and methods. We tested 153 castrated male horses and 123 people in six police stations in the municipalities of Manizales, Pereira, Armenia, Ibagué, Tuluá, and Cali. Three structured formats were applied and blood samples were obtained from people and horses, which were processed with the Macroscopic Agglutination Test, (MAT) for 24 serogroups. Horses were subject to a clinical examination, and urine samples were obtained for urine culture and conventional PCR. Results. The seroprevalence of human Leptospira spp. was 3.25% (n=4) while in horses it was 85% (n=130). Among the horses, serogroups Djasiman and Shermani were the most prevalent. The urine culture was positive in 64.7% (99/153) of the samples, whereas PCR analyzes were negative. A statistically significant association was found between the frequency of exiting the facilities (p=0.009) and the presence of wildlife (p=0.0051) with the infection by serogroup Shermani. Conclusion. The epidemiological characteristics of leptospirosis in horses suggest an endemic presentation of the infection and its role as reservoirs of the bacteria; however, it is necessary to elucidate the pathogenesis of the disease with complementary studies.

Direct medical costs of urinary tract infections by Gram-negative bacilli resistant to beta-lactams in a tertiary care hospital in Medellín, Colombia

Resumen Introducción. Las infecciones del tracto urinario son muy frecuentes en el ámbito hospitalario. Debido a la aparición de la resistencia antimicrobiana, la complejidad de los procesos de atención ha aumentado y, con ello, la demanda de recursos. Objetivo. Describir y comparar el exceso de los costos médicos directos de las infecciones del tracto urinario por Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae y Pseudomonas aeruginosa resistentes a betalactámicos. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio de cohorte en una institución de tercer nivel de Medellín, Colombia, entre octubre del 2014 y septiembre del 2015. Se incluyeron los pacientes con infección urinaria, unos por bacterias sensibles a los antibióticos betalactámicos, y otros por bacterias resistentes a las cefalosporinas de tercera y cuarta generación y a los antibióticos carbapenémicos. Los costos se analizaron desde la perspectiva del sistema de salud. La información clínico-epidemiológica se obtuvo de las historias clínicas y los costos se calcularon utilizando los manuales tarifarios estándar. El exceso de costos se estimó mediante análisis multivariados. Resultados. Se incluyeron 141 pacientes con infección urinaria: 55 (39 %) por bacterias sensibles a los betalactámicos, 54 (38,3 %) por bacterias resistentes a las cefalosporinas y 32 (22,7 %) por bacterias resistentes a los carbapenémicos. El exceso de costos totales ajustado de los 86 pacientes con infecciones del tracto urinario por bacterias resistentes a las cefalosporinas y a los carbapenémicos, fue de USD$ 193 (IC95% -347 a 734) y USD$ 633 (IC95% -50 a 1.316), respectivamente comparados con el grupo de 55 pacientes por bacterias sensibles a los betalactámicos. Las diferencias se presentaron principalmente en el uso de antibióticos de amplio espectro, como el meropenem, la colistina y la fosfomicina. Conclusión. Los resultados evidenciaron un incremento sustancial de los costos médicos directos de los pacientes con infecciones del tracto urinario por bacterias resistentes a las cefalosporinas o a los carbapenémicos. Esta situación genera especial preocupación en los países endémicos como Colombia, donde la alta frecuencia de infecciones del tracto urinario y de resistencia a los betalactámicos puede causar un mayor impacto económico en el sector de la salud.

Abstract Introduction: Urinary tract infections are very frequent in the hospital environment and given the emergence of antimicrobial resistance, they have made care processes more complex and have placed additional pressure on available healthcare resources. Objective: To describe and compare excess direct medical costs of urinary tract infections due to Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae and Pseudomonas aeruginosa resistant to beta-lactams. Materials and methods: A cohort study was conducted in a third level hospital in Medellín, Colombia, from October, 2014, to September, 2015. It included patients with urinary tract infections caused by beta-lactam-susceptible bacteria, third and fourth generation cephalosporin-resistant, as well as carbapenem-resistant. Costs were analyzed from the perspective of the health system. Clinical-epidemiological information was obtained from medical records and the costs were calculated using standard tariff manuals. Excess costs were estimated with multivariate analyses. Results: We included 141 patients: 55 (39%) were sensitive to beta-lactams, 54 (38.3%) were resistant to cephalosporins and 32 (22.7%) to carbapenems. The excess total adjusted costs of patients with urinary tract infections due to cephalosporin- and carbapenem-resistant bacteria were US$ 193 (95% confidence interval (CI): US$ -347-734) and US$ 633 (95% CI: US$ -50-1316), respectively, compared to the group of patients with beta-lactam sensitive urinary tract infections. The differences were mainly found in the use of broad-spectrum antibiotics such as meropenem, colistin, and fosfomycin. Conclusion: Our results show a substantial increase in the direct medical costs of patients with urinary tract infections caused by beta-lactam-resistant Gram-negative bacilli (cephalosporins and carbapenems). This situation is of particular concern in endemic countries such as Colombia, where the high frequencies of urinary tract infections and the resistance to beta-lactam antibiotics can generate a greater economic impact on the health sector.

A common Salmonella Enteritidis sequence type from poultry and human gastroenteritis in Ibagué, Colombia

Abstract Introduction: Salmonella Enteritidis is a major cause of human salmonellosis in the world, with contaminated eggs and raw chicken meat as the main routes of infection. The main Salmonella spp. serovars circulating in laying hen farms, the surface of eggs, and in raw chicken carcasses have been identified in Ibagué, Colombia. However, it is unknown whether those serovars are responsible for human gastroenteritis. Objective: To evaluate the genetic relationship between gastroenteritis and Salmonella Enteritidis isolates from poultry and humans using multilocus sequence typing (MLST). Materials and methods: Salmonella spp. was isolated from clinical cases of gastroenteritis (n=110). Antibiotic susceptibility tests, followed by serotyping and MLST were conducted and S. Enteritidis was compared to those from laying hen farms and marketed eggs. Results: Ten isolates of Salmonella spp. were obtained from the stools of people with gastroenteritis. The prevalence of Salmonella spp. in human stools was 9.09%, and S. Enteritidis (n=4), S. Typhymurium (n=2), S. Newport (n=1), S. Uganda (n=1), S. Grupensis (n=1), and S. Braenderup (n=1) were the main serotypes. MLST indicated that a common S. Enteritidis sequence type (ST11) was present in all three sources and showed the same antibiotic resistance pattern. Conclusion: Salmonella Enteritidis ST11 constitutes a link between consumption and manipulation of contaminated eggs and human gastroenteritis in Ibagué. Additional studies would be required to establish if other Salmonella serovars isolated from raw chicken meat are also associated with human gastroenteritis.

Resumen Introducción. Salmonella Enteritidis es una de las mayores causas de salmonelosis en el mundo; los huevos contaminados y la carne de pollo cruda son sus principales fuentes de infección. En Ibagué, Colombia, se han identificado los principales serovares que circulan en granjas, superficies de huevos y canales de pollo, pero se desconoce si esos serovares son responsables de la gastroenteritis. Objetivo. Evaluar la relación genética entre los aislamientos de Salmonella Enteritidis de aves de corral y de humanos con la gastroenteritis mediante tipificación de multiloci de secuencias (Multilocus Sequence Typing, MLST). Materiales y métodos. Se aisló Salmonella spp. de casos clínicos de gastroenteritis (n=110). Se hizo la prueba de sensibilidad antibiótica, así como la serotipificación y la tipificación mediante MLST, y se comparó S. Enteritidis de humanos con la hallada en granjas de gallinas ponedoras y en huevo comercializado (n=6). Resultados. Se aislaron 10 cepas de Salmonella spp. a partir de heces de humanos con gastroenteritis. Se obtuvo una prevalencia de Salmonella spp. de 9,09%, y se identificaron los serotipos S. Enteritidis (n=4), S. Typhymurium (n=2), S. Newport (n=1), S. Grupensis (n=1), S. Uganda (n=1) y S. Braenderup presentes en pacientes con gastroenteritis. Mediante la MLST, se comprobó que un tipo de secuencia común (ST11) de S. Enteritidis estuvo presente en todas las tres fuentes y presentó el mismo patrón de resistencia antibiótica. Conclusión. Salmonella Enteritidis ST11 constituye un vínculo entre el consumo y la manipulación de huevos contaminados, y la gastroenteritis en humanos en Ibagué. Se requieren estudios complementarios para conocer si otros serovares de Salmonella aislados de carne de pollo cruda también se asocian con la gastroenteritis en humanos.

Clostridium difficile infection: Description of NAP1/027 and non NAP1/027 strains in a high complexity center in Cali, Colombia, 2012-2015

Resumen Introducción. Clostridium difficile ocasiona infecciones hospitalarias que resultan en altas tasas de morbilidad y mortalidad. La cepa NAP1/027 se ha asociado con una mayor producción de toxinas y con una mayor gravedad, lo que aumenta la carga de la enfermedad. Objetivo. Describir la epidemiología de las infecciones asociadas con C. difficile y las características de la cepa NAP1/027. Materiales y métodos. Se hizo un estudio observacional basado en la revisión de las historias clínicas de los pacientes con muestras de heces positivas para C. difficile identificadas mediante la prueba Xpert™ entre el 2012 y el 2015 en un hospital de alta complejidad. La gravedad de la enfermedad se evaluó con el índice ATLAS. Resultados. Se incluyeron 42 casos de pacientes infectados, 9 de los cuales fueron positivos para la cepa NAP1/027. El uso de antibióticos antes de la infección durante más de siete días fue más frecuente en los casos de pacientes con muestras negativas para NAP1/027. En la mitad de los pacientes, la duración de la diarrea fue mayor de cinco días y no hubo diferencias según el tipo de cepa (p>0,05). Los casos de pacientes positivos para la cepa NAP1/027 se caracterizaron por presentar deposiciones fétidas y sanguinolentas. La gravedad de la infección fue similar entre los grupos. Conclusión. Se comprobó la circulación de la cepa NAP1/027, pero su presencia no supuso diferencias clínicas significativas con respecto a otras cepas, lo cual podría deberse al limitado número de pacientes en este estudio. Sin embargo, su presencia debe alertar a los médicos y a las instituciones de salud, dada su frecuente asociación con la gravedad de la infección y la mortalidad.

Abstract Introduction: Clostridium difficile causes nosocomial infections leading to high morbidity and mortality. The NAP1/027 strain is associated with a higher toxin production and disease severity, which increases the load of the disease. Objective: To describe the epidemiology of the infections associated with C. difficile and the characteristics related to the NAP1/027 strain. Materials and methods: This was an observational study based on the revision of clinical registries of patients with fecal samples that were positive for C. difficile identified by the Xpert test™ between 2012 and 2015 in a high complexity institution. The severity of the disease was evaluated by means of the ATLAS score. Results: We included 42 infected cases, 9 of which were positive for the NAP1/027strain. The use of antibiotics previous to the infection for more than seven days was more frequent in patients with negative results for NAP1/027. The duration of diarrhea in half of the patients was longer than five days and there were no differences according to the type of strain (p>0.05). Positive cases for the NAP1/027 strain were characterized by presenting fetid and bloody stools. The severity of the infection was similar between the groups. Conclusions: In Colombia, the NAP1/027 strain circulates without significant clinical differences, which could be due to the limited number of patients. Nevertheless, the existence of NAP1/027 should alert physicians and health institutions because of its high association with severity and mortality.

MIRU-VNTR genotyping of Mycobacterium tuberculosis in a population of patients in Cali, Colombia, 2013-2015

Resumen Introducción. La tuberculosis continúa siendo uno de los problemas de salud más importantes a nivel mundial y, con la infección por el virus de la inmunodeficiencia humana (HIV), constituye la principal causa de muerte por infecciones. En el 2016, se notificaron 6,3 millones de casos nuevos de la enfermedad. Objetivo. Describir los patrones genéticos determinados mediante la genotipificación del número variable de repeticiones en tándem de unidades repetitivas interespaciadas de micobacterias (Mycobacterial Interspersed Repetitive Units - Variable Number of Tandem Repeats, MIRU-VNTR) en la población de estudio y compararlos con los hallados en otros estudios locales e internacionales. Materiales y métodos. Mediante MIRU-VNTR, entre el 2013 y el 2015 se hizo la genotipificación de 105 muestras de ADN extraídas del esputo o de aislamientos en cultivo de M. tuberculosis provenientes de pacientes residentes en Cali con diagnóstico de tuberculosis pulmonar. La amplificación de 24 loci MIRU-VNTR se hizo por medio de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Los amplicones resultantes se visualizaron por electroforesis en geles de agarosa (2 %) teñidos con SYBR Safe™. La asignación de los alelos se hizo con un análisis gráfico con el programa GelAnalyzer 2010. Los resultados obtenidos se analizaron con el algoritmo UPGMA y se compararon con las bases de datos internacionales MIRU-VNTRplus y SITVITWEB. Resultados. Se genotipificaron por completo 62 de las muestras y se obtuvieron 58 perfiles diferentes de MIRU-VNTR. Al comparar con las bases de datos internacionales, su distribución por linajes fue la siguiente: 54,8 % para el LAM, 25,8 % para el Haarlem, 14,5 % para el S, 3,2 % para el Beijing y 1,6 % para el Cameroon. Los patrones MIRU-VNTR correspondieron a 20 tipos internacionales de MIRU (MIRU International Types, MIT) diferentes, y los más frecuentes fueron el MIT 190 y el MIT 110, con 22,6 y 6,5 %, respectivamente. Conclusión. Estos resultados confirmaron hallazgos previos sobre el predominio de los linajes LAM y Haarlem en la ciudad y la presencia de los MIT encontrados en otra ciudad de Colombia.

Abstract Introduction: Tuberculosis continues to be one of the main public health problems in the world. Together with the HIV infection, it is one of the main causes of death due to infections worldwide. In 2016, 6.3 million new cases of the disease were reported. Objective: To describe the genetic patterns determined by genotyping using variable-number tandem repeats of mycobacterial interspersed repetitive units (MIRU-VNTR) in the study population and compare them with other studies carried out in Cali, Colombia, and the world. Materials and methods: We genotyped a total of 105 DNA samples extracted from sputum or culture isolates of the Mycobacterium tuberculosis complex, which were obtained from pulmonary tuberculosis diagnosed patients over the period 2013-2015, in Cali. We performed PCR amplification of 24 loci by MIRU-VNTR on the DNA extracted from the samples. The amplicons were visualized in agarose gel electrophoresis (2%) with SYBR Safe™ staining. Then, the alleles were designated by graphical analysis using the GelAnalyzer 2010 software. These results were analyzed using the UPGMA logarithm and compared with the registers from the MIRU-VNTR plus and SITVITWEB databases. Results: We genotyped 62 of the samples completely and we obtained 58 different MIRU-VNTR profiles. By comparing with the international databases, we determined the following distributions per lineage: LAM, 54.8%; Haarlem,25.8%; S, 14.5%; Beijing, 3.2%, and Cameroon, 1.6%. The MIRU-VNTR patterns corresponded to 17 different MITs; the most frequent were MIT 190 and MIT 110, with 22.6% and 6.5%, respectively. Conclusions: These results demonstrated previous observations about the predominance of the LAM and Haarlem lineages in the city, and the presence of the MITs found in another city of Colombia.

Characterization of patients with bacteremia by methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a high-complexity military hospital

Resumen Introducción. En las Fuerzas Militares de Colombia, cerca de 500.000 de sus miembros asisten a consulta en los establecimientos sanitarios militares. En esta población, Staphylococcus aureus resistente a la meticilina (SAMR) se ha convertido en un agente patógeno de gran incidencia. Objetivo. Caracterizar los pacientes con diagnóstico de bacteriemia por SAMR en el Hospital Militar Central entre el 2012 y el 2015. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio observacional descriptivo de revisión retrospectiva de historias clínicas de pacientes mayores de 18 años, hospitalizados y con hemocultivos positivos para S. aureus resistente a la meticilina. Para la identificación de los pacientes se empleó el sistema Whonet, version 5.6. Resultados. De los 177 cultivos positivos para S. aureus, el 24,8 % (n=44) correspondió a SAMR, con mayor prevalencia en pacientes militares activos(n=20m 45,4 %). Se observó una frecuencia similar para la bacteriemia por SAMR adquirida en la comunidad y la adquirida en el hospital, siendo más frecuente (n=37, 84 %) el fenotipo de la comunidad en ambos grupos. El principal foco infeccioso fueron los tejidos blandos, seguidos por el tejido pulmonar. Se presentaron mayores tasas de complicaciones (61%, n=13) en la bacteriemia adquirida en el hospital; 34,9 % (n=15),de los pacientes tuvieron una estancia hospitalaria prolongada atribuible a las complicaciones desencadenadas por la bacteriemia. Conclusiones. La población más afectada por SAMR fueron los pacientes militares activos (n=20, 45,4 %), con una frecuencia similar de la bacteriemia adquirida en la comunidad (n=18, 43,2 %) y la adquirida en el hospital (n=25, 56,8 %), y el principal foco infeccioso fueron los tejidos blandos. Dados estos resultados, es necesario adelantar estudios para establecer la prevalencia de infecciones por SAMR en la piel.

Abstract Introduction: In Colombia, there are about 500,000 members in the national armed forces who consult military health institutions. In this population, methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) has become a high-incidence pathogen. Objective: The aim of this study was to characterize patients with MRSA bacteremia in the Hospital Militar Central between 2012 and 2015. Materials and methods: This was an observational descriptive study with a retrospective review of clinical histories of hospitalized patients older than 18 years of age with positive blood cultures for methicillin-resistant S. aureus. The identification of the patients was made using the Whonet system, version 5.6. Results: From cultures positive for S. aureus, 24.8% were methicillin-resistant strains, with a higher prevalence in active military personnel. A similar frequency was observed for community-acquired MRSA bacteremias and those acquired at the hospital, with the community phenotype being the most frequent in both groups. The main infectious focus related to the development of bacteremia was soft tissue, followed by pulmonary tissue. There were higher complication rates in nosocomial bacteremias; 34.9% of the patients had prolonged stays attributable to complications triggered by the bacteremia. Conclusions: Active military personnel was the most affected population by MRSA, with a similar frequency in community-acquired and nosocomial bacteremias. The main infectious focus was soft tissue. Taking into account these data, studies that establish the prevalence of skin infections by MRSA should be carried out.

Multidrug resistance and risk factors associated with community-acquired urinary tract infections caused by Escherichia coli in Venezuela

Abstract Introduction: The treatment of urinary tract infections has become more challenging due to the increasing frequency of multidrug-resistant Escherichia coli in human populations. Objective: To characterize multidrug-resistant E. coli isolates causing community-acquired urinary tract infections in Cumaná, Venezuela, and associate possible risk factors for infection by extended-spectrum beta-lactamases (ESBL)-producing isolates. Materials and methods: We included all the patients with urinary tract infections attending the urology outpatient consultation and emergency unit in the Hospital de Cumaná, Estado Sucre, Venezuela, from January through June, 2014. blaTEM, blaSHV and blaCTX-M genes detection was carried out by PCR. Results: We found a high prevalence of multidrug-resistant E. coli (25.2%) with 20.4% of the isolates producing ESBL. The ESBL-producing isolates showed a high frequency (66.7%) of simultaneous resistance to trimethoprim-sulphamethoxazole, fluoroquinolones and aminoglycosides compared to non-producing isolates (2.4%). Of the resistant isolates, 65.4% carried the blaTEM gene, 34.6% the blaCTX-M and 23.1% the blaSHV. The blaCTX-M genes detected belonged to the CTX-M-1 and CTX-M-2 groups. Plasmid transfer was demonstrated by in vitro conjugation in 17 of the 26 ESBL-producing isolates. All three genes detected were transferred to the transconjugants. Age over 60 years, complicated urinary tract infections and previous use of a catheter predisposed patients to infection by ESBL-producing E. coli. Conclusions: The high frequency of multidrug-resistant ESBL-producing isolates should alert the regional health authorities to take measures to reduce the risk of outbreaks caused by these types of bacteria in the community.

Resumen Introducción. El tratamiento de las infecciones urinarias constituye un reto creciente por el aumento de Escherichia coli proveniente de la comunidad multirresistente a los medicamentos. Objetivo. Caracterizar aislamientos de E. coli multirresistente causantes de infecciones urinarias adquiridas en la comunidad en Cumaná, Venezuela, y detectar los posibles riesgos de infección por aislamientos productores de betalactamasas de espectro extendido (BLEE). Materiales y métodos. Se incluyeron todos los pacientes atendidos en la consulta externa de urología y en urgencias del Hospital de Cumaná entre enero y junio de 2014 y que evidenciaban infecciones urinarias. La detección de los genes blaTEM, blaSHV y blaCTX-M se hizo mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Resultados. Se encontró una alta prevalencia de E. coli multirresistente a los medicamentos (25,2 %), con 20,4 % de aislamientos productores de BLEE y una gran frecuencia de resistencia simultánea a trimetoprim-sulfametoxazol, fluoroquinolonas y aminoglucósidos (66,7 %) comparados con los no productores (2,4 %). En el 65,4 % de los aislamientos resistentes, se encontró el gen blaTEM; en 34,6 %, el blaCTX-M, y en 23,1 %, el blaSHV. Los genes blaCTX-M detectados pertenecían a los grupos CTX-M-1 y CTX-M-2. Se demostró la transferencia in vitro de plásmidos por conjugación en 17 de los 26 aislamientos productores de BLEE. Los tres tipos de genes detectados se transfirieron a los transconjugantes. La edad mayor de 60 años, las infecciones urinarias con complicaciones y el uso previo de catéter, predispusieron a la infección por cepas de E. coli productoras de BLEE. Conclusiones. La gran frecuencia de aislamientos multirresistentes productores de BLEE debería alertar a las autoridades sanitarias para tomar medidas que reduzcan el riesgo de epidemias causadas por este tipo de bacterias en la comunidad.

Clinical characterization of patients with severe leptospirosis in a tertiary hospital in Cali, Colombia, 2010-2016

Resumen Introducción. La leptospirosis es una infección bacteriana endémica en Colombia. Su curso clínico puede ser variable y, en ocasiones, fatal. Hay pocos estudios en el país sobre los casos graves de esta enfermedad. Objetivo. Describir las características demográficas y clínicas de los pacientes con diagnóstico de leptospirosis grave hospitalizados en salas generales o atendidos en la unidad de cuidados intensivos de un hospital de cuarto nivel. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio observacional descriptivo de los pacientes adultos y niños con diagnóstico serológico de leptospirosis entre el 2010 y el 2016. Resultados. Se analizaron las historias clínicas de 87 pacientes, 74 % de los cuales correspondía a hombres y, el 84 %, a mayores de 18 años. El 35 % tenía alguna comorbilidad y la hipertensión arterial sistémica (16 %) y la diabetes mellitus (9 %) fueron las más comunes. Los síntomas más frecuentes fueron: fiebre, náuseas, astenia, mialgias, artralgias y dolor abdominal. El 34 % requirió atención en la unidad de cuidados intensivos, con una mediana de estancia de 5 días. El 61 % requirió hospitalización en sala general, con una mediana de estancia de 6 días. Todos los casos recibieron tratamiento antibiótico con ceftriaxona o doxiciclina. La tasa de letalidad fue del 1,1 % (n=1). Conclusiones. La infección por Leptospira spp. tiene el riesgo de diagnosticarse de manera tardía por su presentación clínica inespecífica, lo que implica considerar un gran número de diagnósticos diferenciales. La atención temprana de los pacientes con cuadros graves de esta enfermedad en la unidad de cuidados intensivos, puede evitar una mayor incidencia de complicaciones y disminuir la mortalidad.

Abstract Introduction: Leptospirosis is an endemic bacterial infection in Colombia. Its clinical course can be variable and occasionally fatal. There are few studies in the country about severe cases of leptospirosis. Objectives: To describe the demographic and clinical characteristics of patients with a diagnosis of leptospirosis, and their management in a high complexity hospital. Materials and methods: This was a descriptive retrospective study of patients with a serologic diagnosis of leptospirosis between 2010 and 2016. Results: We analyzed 87 patients, 74% of them were men, and 84% were older than 18 years; 35% had a comorbidity, the most common being arterial hypertension (16%) and diabetes mellitus (9%). The most frequent symptoms were fever, nausea, fatigue, myalgia, arthralgia, and abdominal pain. The majority of patients required hospitalization in general wards (61%), with a median stay of six days; 34% required management in the intensive care unit, with a median stay of five days. Mortality was 1.1% (n=1). All patients received treatment with either ceftriaxone or doxycycline. Conclusions: There is a risk of leptospira infections having a late diagnosis given their unspecific clinical presentation, which generates a high number of differential diagnoses. The early management in the intensive care unit could decrease the incidence of complications and the mortality of patients with leptospirosis.

Importance of investigating Mycobacterium bovis in clinical samples of human origin

Resumen Introducción. La tuberculosis es una enfermedad infectocontagiosa que continúa siendo un problema mundial de salud pública. Es la principal causa de mortalidad en personas con HIV. Objetivo. Identificar la presencia de Mycobacterium bovis como agente etiológico de tuberculosis humana en muestras de esputo con baciloscopia positiva, mediante la prueba Genotype MTBC™. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio descriptivo de 88 muestras de esputo remitidas al Grupo de Micobacterias del Instituto Nacional de Salud entre enero y noviembre de 2015. Se hizo el análisis microbiológico convencional y se empleó la prueba molecular de Genotype MTBC™ para diferenciar las especies del complejo M. tuberculosis. Resultados. Sesenta y dos casos (70,5 %) correspondían a pacientes de sexo masculino; los grupos más afectados fueron el de 24 a 34 años, el de residentes en las cabeceras municipales, y el de afiliados al régimen subsidiado. En el 50 % (44) de las muestras con resultados en la prueba de identificación de la especie, se detectó el complejo M. tuberculosis. Conclusiones. La mayor carga de la enfermedad se registró en la población masculina y en edad productiva. La prueba de identificación para especies del complejo, solo demostró la presencia de M. tuberculosis. Sin embargo, con estos datos no es posible descartar M. bovis en humanos con tuberculosis en Colombia. La identificación diferencial de la especie debería implementarse de forma rutinaria en los casos de tuberculosis en los grupos de riesgo y en las zonas donde se conoce la circulación de esta micobacteria en bovinos.

Abstract Introduction: Tuberculosis is an infectious disease that still represents a major public health problem worldwide. It is one of the main causes of mortality in people with HIV. Objective: To identify the presence of M. bovis as an etiological agent of human tuberculosis in sputum smear positive samples using the test Genotype MTBC™. Materials and methods: We conducted a descriptive study, 88 sputum samples were submitted to the Grupo de Micobacterias of the Instituto Nacional de Salud between January and November, 2015. We used the conventional microbiological analysis and the molecular test Genotype MTBC™ to identify the M. tuberculosis complex species. Results: Sixty two (70.5%) were males; the most affected groups were those between 24 and 34 years old, those residing in the municipal seats and those affiliated to the subsidized health plans. In 50.0% (44) of the samples with a result in the species identification test, we detected M. tuberculosis. Conclusion: The highest burden of the disease was recorded among the male population in productive ages. The identification test for species of the complex showed all were M. tuberculosis. However, it is not possible to discard the presence of M. bovis in humans in Colombia. The differential identification of species should be done in risk groups and in areas where the circulation of this mycobacterium in cattle is known.

Helicobacter pylori: Multiple resistance in patients from Bogotá, Colombia

Resumen Introducción. La resistencia a los antibióticos es la principal causa del fracaso del tratamiento contra Helicobacter pylori; la claritromicina y el metronidazol son los antibióticos que generan mayor resistencia. En Colombia, la resistencia primaria a estos dos antibióticos y el uso excesivo de levofloxacina han alcanzado los límites aceptados (13,6, 83 y 16 %, respectivamente). A pesar de ello, se usa el tratamiento empírico combinando estos antibióticos en pacientes en los que ha fallado anteriormente. Objetivo. Determinar la resistencia a los antibióticos en pacientes previamente tratados para H. pylori en Bogotá, Colombia. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio descriptivo en el que se evaluó mediante dilución en agar la resistencia a la amoxicilina, la claritromicina, la levofloxacina y el metronidazol en 10 aislamientos provenientes de 5 pacientes con tres o cuatro tratamientos fallidos para H. pylori. La resistencia a los antibióticos se confirmó mediante secuenciación de ADN (Magrogen, Korea). Resultados. Ocho de los aislamientos presentaron resistencia a dos o más antibióticos y todos fueron resistentes a la levofloxacina. Los patrones de sensibilidad de los aislamientos provenientes del antro pilórico y del cuerpo del estómago, fueron diferentes en tres de los pacientes. Conclusión. Hasta donde se sabe, esta es la primera evidencia de resistencia múltiple de H. pylori en Colombia en pacientes previamente tratados. Los resultados evidenciaron las consecuencias del uso de un esquema ineficaz de tratamiento antibiótico y la necesidad de evaluar la sensibilidad a los antibióticos en diferentes sitios anatómicos del estómago. La resistencia múltiple limita el número de antibióticos útiles para erradicar H. pylori.

Abstract Introduction: The main cause for Helicobacter pylori infection treatment failure is antibiotic resistance, where clarithromycin and metronidazole play the main role. In Colombia, primary resistance as a consequence of the use of these two antibiotics and excessive levofloxacin use is above the accepted limit (13.6%, 83%, and 16%, respectively). Despite this fact, empirical therapies that include the combination of these antibiotics are used in patients with previous therapeutic failure. Objective: To determine antibiotic resistance in patients previously treated for H. pylori in Bogotá, Colombia. Materials and methods: We conducted a descriptive study that included ten isolates obtained from five patients with three or four previous failed treatments for H. pylori. Antibiotic resistance to amoxicillin, clarithromycin, levofloxacin, and metronidazole was investigated by agar dilution and confirmed by DNA sequencing (Magrogen, Korea). Results: Eight isolates were resistant to two or more antibiotics. All isolates were resistant to levofloxacin. Susceptibility patterns in isolates from the gastric antrum and the body of the stomach were different in three patients. Conclusion: As far as we know, this is the first evidence of multiple H. pylori resistance in Colombia in previously treated patients. Results demonstrated the consequences of using an ineffective antibiotic scheme and the need to assess antibiotic susceptibility in different anatomical sites of the stomach. The consequences of multiple resistance decrease possible antibiotic effectiveness to eradicate H. pylori in the future.

Detection of multidrug-resistant Enterobacteriaceae isolated from river waters flowing to the Guanabara Bay and from clinical samples of hospitals in Rio de Janeiro, Brazil

Abstract Introduction: The use of antibiotics in humans, animal husbandry and veterinary activities induces selective pressure leading to the colonization and infection by resistant strains. Objective: We evaluated water samples collected from rivers of the Guanabara Bay, which have suffered minor and major environmental degradation, and clinical samples of hospital origin to detect evidence of the presence of resistance genes to aminoglycosides, beta-lactam antibiotics and fluoroquinolones in strains of Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae, K. pneumoniae subsp. ozaenae and Escherichia coli. Materials and methods: For isolation of the water strains we employed culture media containing 32 μg/ml cephalotin and 8 μg/ml gentamicin. The strains from clinical materials were selected using culture media containing 8 μg/ml gentamicin. The strains were identified and subjected to antimicrobial susceptibility testing (AST), plasmid DNA extraction and polymerase chain reaction (PCR) to detect genes encoding enzymes modifying aminoglycosides (EMA), extended-spectrum beta-lactamases (ESBL) and plasmid mechanisms of quinolone resistance (PMQR). Results: The AST of the isolates recovered from water samples showed multidrug-resistance profiles similar to those found in isolates recovered from clinical materials. All isolates from water samples and 90% of the isolates from clinical samples showed at least one plasmid band. In the PCR assays, 7.4% of the isolates recovered from water samples and 20% of those from clinical materials showed amplification products for the three antimicrobial classes. Conclusion: We believe that the detection of microorganisms presenting genetic elements in environments such as water is necessary for the prevention and control of their dissemination with potential to infect humans and other animals in eventual contact with these environments.

Resumen Introducción. El uso de antibióticos en seres humanos, en la industria pecuaria y en las actividades veterinarias induce una presión selectiva que resulta en la colonización e infección con cepas resistentes. Objetivo. Determinar la presencia de genes de resistencia a aminoglucósidos, betalactámicos y fluoroquinolonas en cepas de Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae, K. pneumoniae subsp. ozaenae y Escherichia coli, obtenidas de muestras de agua de los ríos que desembocan en la bahía de Guanabara y de muestras clínicas de hospitales de Río de Janeiro. Materiales y métodos. En la selección de las cepas resistentes obtenidas de las muestras de agua de los ríos, se emplearon medios de cultivo que contenían 32 μg/ml de cefalotina y 8 μg/ ml de gentamicina. En el caso de las muestras de especímenes clínicos, se usaron medios de cultivo que contenían 8 μg/ml de gentamicina. Las cepas se identificaron y se sometieron a pruebas de sensibilidad antimicrobiana, extracción de ADN plasmídico y pruebas de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para detectar los genes que codifican aquellas enzimas que modifican los aminoglucósidos, las betalactamasas de espectro extendido (BLEE) y los mecanismos de resistencia a las quinolonas mediados por plásmidos. Resultados. Se encontraron perfiles de resistencia a los antimicrobianos similares en los dos grupos. En todas las bacterias obtenidas de las muestras de agua y en 90 % de las muestras clínicas, se evidenciaron bandas de plásmidos asociados con la transferencia de genes de resistencia. En las pruebas de PCR, se obtuvieron productos de amplificación de los genes de resistencia para las tres clases de antimicrobianos analizados, en el 7,4 % de las bacterias recuperadas de las muestras de agua y en el 20 % de aquellas recuperadas de las muestras clínicas. Conclusión. La detección de microorganismos con elementos genéticos que confieren resistencia a los antibióticos en ambientes como el agua, es una estrategia necesaria para prevenir y controlar la diseminación de estos agentes patógenos con potencial para infectar a humanos y a otros animales en dichos ambientes.

Incidence and underreporting of leptospirosis comparing three diagnostic methods in the endemic region of Urabá, Colombia

Resumen Introducción. La leptospirosis representa un problema de salud pública y es una causa importante de morbimortalidad en la región de Urabá, cuya notificación se ve afectada por las deficiencias en el diagnóstico. Objetivo. Establecer la incidencia de la leptospirosis en los municipios del llamado ‘eje bananero’ de la región de Urabá, documentar la magnitud del subregistro y proponer orientaciones para el diagnóstico por laboratorio por parte de la red de salud pública. Materiales y métodos. Se compararon dos fuentes de información sobre la leptospirosis: el sistema oficial nacional de vigilancia y un estudio transversal de 479 pacientes febriles, llevado a cabo entre abril de 2010 y mayo de 2012. El diagnóstico se hizo con base en tres pruebas: inmunofluorescencia indirecta, microaglutinación y hemocultivo. La exhaustividad de cada fuente de información se estimó mediante el método de captura y recaptura. Resultados. El 58 % (278/479) de los pacientes fueron positivos para leptospirosis, por lo menos, en una de las pruebas y, el 10,43 % (29/278), en las tres. La inclusión de una cepa nativa en el panel de la prueba de microaglutinación aumentó el porcentaje de positividad en 15 %. La tasa acumulada de incidencia fue de 66,5 por 100.000 habitantes y la proporción de letalidad fue de 2,15 %. El subregistro de la morbilidad por leptospirosis en la región de Urabá, fue de 27,8 % y, el de la mortalidad, de 66,6 %. Conclusión. El subregistro de leptospirosis en la región reitera la necesidad de usar más de una prueba diagnóstica para identificar Leptospira spp. en pacientes de zonas endémicas. Este subregistro podría ser una situación común en todo el país.

Abstract Introduction: Leptospirosis represents a public health problem and is a significant cause of morbidity and mortality in the region of Urabá. However, its notification reveals diagnostic limitations. Objective: To establish the incidence of leptospirosis in the municipalities of the so-called eje bananero in the Urabá region, to describe the magnitude of underreporting, and to propose guidelines for laboratory diagnosis by the public health network. Materials and methods: Two leptospirosis information sources were used: The national official surveillance system and a cross-sectional study of 479 acute-phase patients from April, 2010, to May, 2012. The diagnosis was made using three different tests: Indirect immunofluorescence, microagglutination test, and blood cultures. The exhaustiveness percentage of each information source was calculatedusing thecapture and recapture test. Results: From the total number of cases, 58% (278/479) were positive for leptospirosis at least by a test and 10.43% (29/278) of cases were positive by all three methods. The inclusion of a native strain in the microagglutination test panel increased the percentage of positivity by 15%. The cumulative incidence rate was 66.5/100,000 inhabitants and the case fatality ratio was 2.15%. The underreporting rates of leptospirosis in the Urabá region were 27.8% in morbidity and 66.6% in mortality. Conclusion: Under-registration of leptospirosis in the region highlights the necessity to use more than one diagnostic test to identify Leptospira in patients from endemic areas. Under-registration could be a common situation throughout the country.

Seroreactivity and prevalence of syphilis in donors at a blood bank in Barranquilla, Colombia

Resumen Introducción. La sífilis es una enfermedad de interés en salud pública por sus elevadas tasas de morbilidad y mortalidad. Objetivo. Determinar la serorreacción y la seroprevalencia de sífilis según las variables sociodemográficas de los donantes de un banco de sangre del distrito de Barranquilla, Colombia, durante 2015 y 2016. Materiales y métodos. Se hizo un estudio descriptivo de corte transversal basado en los resultados de las pruebas treponémicas y no treponémicas. Se analizaron las variables sociodemográficas de la población estudiada y se hizo un análisis univariado en el que se determinaron las frecuencias absoluta y relativa de cada una de las variables categóricas. Se determinó la serorreacción a Treponema pallidum y la prevalencia de la infección activa. Se utilizó la prueba de ji al cuadrado de Pearson para evaluar las diferencias entre las proporciones. Resultados. Se encontró una serorreacción de 1,86 % para la infección previa con T. pallidum y una prevalencia de 0,93 % para la infección activa, las cuales fueron más altas en hombres adultos y en adultos mayores, viudos, desempleados y personas residentes en otros municipios del departamento de Atlántico diferentes de Barranquilla y su área metropolitana. Se encontró una asociación significativa entre la sífilis y las variables de sexo y ocupación. Conclusión. Se registró una serorreacción elevada a T. pallidum en donantes de sangre, comparada con el promedio nacional. Se encontró asociación entre la sífilis, y las variables sociodemográficas de sexo y ocupación, principalmente.

Abstract Introduction: Syphilis is a public health concern given its high impact on morbidity and mortality. Objective: We aimed to determine the association of syphilis seroreactivity and seroprevalence with sociodemographic variables of donors at a blood bank in the district of Barranquilla, Colombia, during 2015 and 2016. Materials and methods: We conducted a descriptive cross-sectional study based on the results of the treponemal and nontreponemal tests and the sociodemographic variables of the study population. We performed a univariate analysis to determine the absolute and relative frequencies for each categorical variable. We determined the seroreactivity against Treponema pallidum and the prevalence of active syphilis infection, and we used Pearson’s chi-square test to evaluate the differences between the proportions. Results: We found a seroreactivity of 1.86% in individuals with previous T. pallidum infection, and a prevalence of 0.93% in those with active T. pallidum infection. These values were higher in adult men and older adults, widowers, the unemployed, and people living in municipalities of the Department of Atlántico other than Barranquilla and its metropolitan area. The incidence of syphilis infection showed a significant association with sex and occupation. Conclusion: In comparison to the national average, syphilis seroreactivity was high among blood donors. There was an association between syphilis infection incidence and sociodemographic variables such as sex and occupation.

Francisco Campos-Rivadeneira and Roberto Levi- Castillo: Their lives and contributions to the study of mosquitoes (Diptera: Culicidae) in Ecuador

Abstract The study of mosquitoes is important in the prevention of vector-borne diseases. In Ecuador, the study of local mosquito biodiversity was pioneered by two entomologists whose contributions span through the first half of the 20th century, Francisco Campos- Rivadeneira and Roberto Levi-Castillo. Both of them contributed to general aspects of Entomology and to particular insights in mosquito taxonomy. Their publications and discoveries were recognized by the international scientific community but went unnoticed in South America during their time. Today, very few citizens remember the names and contributions of these two scientists. Here, we provide an overview of their lives, a summary of their contributions, and we conclude with a broader outlook on the practice of science in Latin America during their time.

Resumen El estudio de los mosquitos es una importante tarea en la prevención de las enfermedades transmitidas por vectores. En Ecuador, el conocimiento de la biodiversidad local de mosquitos se inició con dos entomólogos pioneros que trabajaron a inicios del siglo XX: Francisco Campos-Rivadeneira y Roberto Levi-Castillo. Ambos hicieron importantes contribuciones en el campo de la Entomología en general y de la taxonomía de los mosquitos en particular. En su época, sus aportes fueron reconocidos por la comunidad científica internacional, pero pasaron desapercibidos en la región suramericana. Hoy en día, son muy pocos los que recuerdan los nombres y los aportes de estos dos hombres de ciencia. En este artículo, se presenta una breve biografía de ambos científicos y un resumen de sus contribuciones, y se establece en perspectiva la situación de la práctica de la ciencia en Latinoamérica durante la época.

Distribution and molecular characterization of beta-lactamases in Gram-negative bacteria in Colombia, 2001-2016

Resumen Las betalactamasas, enzimas con capacidad hidrolítica frente a los antibióticos betalactámicos, son responsables del principal mecanismo de resistencia en bacterias Gram negativas; las de mayor impacto clínico y epidemiológico en los hospitales, son las betalactamasas de espectro extendido (BLEE), las de tipo AmpC y las carbapenemasas. El incremento en su frecuencia y su diseminación a nivel mundial ha limitado cada vez más las opciones terapéuticas tanto en infecciones adquiridas en los hospitales como las que se generan en la comunidad. En Colombia, las redes de vigilancia y los grupos de investigación iniciaron su estudio desde finales de los años 90 y, así, se logró la caracterización molecular de las diferentes variantes; además, se reportó una gran prevalencia y diseminación en los hospitales de mediana y alta complejidad, y se describió el impacto clínico de las infecciones que causan. Dichos estudios han evidenciado el alto grado de endemia de algunas de estas betalactamasas y, en consecuencia, la necesidad de una inmediata implementación de programas para inducir el uso prudente de los antibióticos y de medidas de vigilancia, que permitan controlar y prevenir su diseminación, con el fin de disminuir la morbimortalidad en los pacientes y preservar las opciones terapéuticas disponibles en la actualidad. En esta revisión, se recopiló la información sobre las variantes, la distribución geográfica y la caracterización molecular de las betalactamasas en Colombia, así como los estudios llevados a cabo desde finales de la década de 90 hasta el 2016, lo cual permitió tener un panorama de las betalactamasas que circulan en diferentes regiones, su incremento en el tiempo y sus implicaciones clínicas.

Abstract Beta-lactamases are enzymes with hydrolytic activity over beta-lactam antibiotics and they are the main resistance mechanism in Gram-negative bacteria. Extended-spectrum beta-lactamases (ESBL), AmpC, and carbapenemases have the greatest clinical and epidemiological impact in hospital settings. The increasing frequency and worldwide spread of these enzymes have limited the therapeutic options in hospital-acquired infections and those originating in the community. In Colombia, surveillance networks and research groups began studying them in the late 90s. Different variants of these enzymes have been molecularly characterized and their high prevalence and dissemination in medium and high complexity hospitals, along with a high clinical impact, have been reported. Furthermore, many studies in Colombia have evidenced high endemicity for some of these beta-lactamases, which requires an urgent implementation of antimicrobial stewardship programs in order to preserve the few therapeutic options and infection control strategies to prevent and limit their dissemination. In this publication, we carried out a review of the different enzyme variants, geographic distribution, and molecular characterization of these beta-lactamases in Colombia. Additionally, we describe the available information in the literature regarding studies conducted between the late 1990s and 2016, which provide an overview of the beta-lactamases circulating in different regions of Colombia, their increase over time, and their clinical implications.

Miguel Antonio Guzmán Urrego 1933-2019