Infectio

Yellow Fever: still of concern for travelers of Colombia?

Coxiella burnetii infection in sheep and goats: a public risk health, Colombia

Abstract Objective. The aim of this study was to provide molecular evidence of C. burnetii in sheep and goats from some herds of Valledupar, Cesar, Colombia. Materials and methods. Fifteen herds of sheep and goats were chosen by convenience to investigate the infection by C. burnetii, during March and April of 2013. 328 female goats and 66 sheep from 15 herds were included in this study. Milk from ewes and vaginal mucus samples from goats were analyzed by Polymerase Chain Reaction for DNA detection of transposase gene (IS1111) of C. burnetii. Results. DNA of C. burnetii in 6% (4/66) of sheep’s milk and 0.6% (2/328) vaginal mucus from goats was found. 13% (2/15) of the herds had at least one infected animal. Discussion. Our findings suggest the circulation of C. burnetii in sheep and goats from some herds of Valledupar, Colombia, and it highlights the possibility of occurrence of infections in humans and animals. Conclusions. The detection of C. burnetii in sheep milk could represent a public health risk factor for people who consuming raw milk, cheeses or people associated to agriculture and livestock handling. Further studies are necessary to evaluate other routes such as tick’s bite, feces, milk from goats and vaginal mucus from sheep of this region of Colombia.

Resumen Objetivo. El objetivo de este estudio fue proporcionar evidencia molecular de infección por C. burnetii en ovinos y caprinos de algunos rebaños de Valledupar, Cesar, Colombia. Materiales y métodos. Quince rebaños de ovinos y caprinos fueron seleccionados a conveniencia para investigar la infección por C. burnetii, durante marzo y abril de 2013. En este estudio se incluyeron 328 caprinos y 66 ovinos de 15 rebaños. La leche procedente de ovinos y muestras de moco vaginal de caprinos fueron analizados mediante PCR (Reacción en Cadena de Polimerasa) para la detección de ADN del gen transposasa (IS1111) de C. burnetii. Resultados. Se encontró ADN de C. burnetii en 6% (4/66) de leche de oveja y 0,6% (2/328) de moco vaginal de cabras. El 13% (2/15) de los rebaños tenían al menos un animal infectado. Discusión. Nuestros hallazgos sugieren la circulación de C. burnetii en ovinos y caprinos de algunos rebaños de Valledupar, Colombia, y destaca la posibilidad de ocurrencia de infecciones en humanos y animales. Conclusiones. La detección de C. burnetii en la leche de oveja podría representar un factor de riesgo para la salud pública de las personas que consumen con frecuencia leche cruda, quesos o personas que trabajan en la agricultura y manipulación de ganado. Otros estudios son necesarios para evaluar otras rutas como la mordedura de la garrapata, las heces, la leche de las cabras y el moco vaginal de las ovejas de esta región de Colombia.

Determination of S315T mutation within the katG gene in isoniazid-resistant Mycobacterium tuberculosis isolate by PCR-RFLP

Resumen Objetivo: determinar la mutación S315T del gen katG en aislados de Mycobacterium tuberculosis resistentes a isoniacida mediante la técnica PCR-RFLP. Materiales y métodos: A partir de 68 aislados de Mycobacterium tuberculosis se realizó el análisis de polimorfismo en productos de amplificación de 1054 y 630 pb que contenían la mutación S315T del gen katG mediante PCR-RFLP empleando las enzimas de restricción MspI y SatI. Mediante SPSS se determinó sensibilidad, especificidad, valores predictivo positivo y negativo, coeficientes de probabilidad positivo y negativo. Resultados: El 74,46% de aislados fenotípicamente resistentes y 4,76% fenotípicamente sensibles presentaron la mutación del gen katG S315T. La PCR-RFLP para S315T del gen katG presentó 85,4% de sensibilidad y 95,2% de especificidad con MspI y 85,4% de sensibilidad y 94,4% de especificidad con SatI. Discusión: La PCR-RFLP tiene una alta capacidad resolutiva que depende de la enzima que se emplee como se observó en estudios previos. La presencia de la mutación S315T en pacientes vírgenes al tratamiento sugiere la circulación de aislados resistentes a Isoniacida. Conclusión: La PCR-RFLP resultó una alternativa válida y rápida para el diagnóstico de la resistencia a isoniacida, mediante la detección de la mutación S315T del gen katG en comparación con el método convencional de las proporciones.

Abstract Objetive: To determine the S315T mutation of the katG gene in Mycobacterium tuberculosis isoniazid-resistant isolates by PCR-RFLP. Materials and Methods: Polymorphism analysis of 1054 and 630 bp products containing the S315T mutation of the katG gene was performed by PCR-RFLP using the MspI and SatI restriction enzymes from 68 Mycobacterium tuberculosis isolates. Sensitivity, specificity, positive and negative predictive values, positive and negative likelihood ratio were determined using SPSS. Results: 74.46% of isoniazid-resistant and 4.76% of isoniazid-sensitive isolates showed the S315T mutation in katG gene. The PCR-RFLP for S315T of the katG gene had 85.4% sensitivity and 95.2% specificity with MspI and 85.4% sensitivity and 94.4% specificity with SatI. Discussion: The PCR-RFLP has a high resolutive capacity that depends on the enzyme that is used as it was observed in previous studies. The presence of the S315T mutation in treatment-naive patients suggests the circulation of isolates resistant to isoniazid. Conclusion: PCR-RFLP is a valid and rapid alternative for the diagnosis of isoniazid resistance, by detection of S315T mutation in the katG gene compared to the conventional method of proportions.

Cost-effectiveness of diagnostic tests in soil-transmitted helminth infections: a systematic review of literature

Resumen Introducción: Existen diversas pruebas para el diagnóstico de las geohelmintiasis, con múltiples estudios que demuestran la heterogeneidad en su validez diagnóstica y pocos que aluden su costo-efectividad. Objetivo: Sistematizar las evaluaciones económicas sobre las pruebas aplicadas en el diagnóstico de geohelmintos. Métodos: Revisión sistemática en seis bases de datos con 24 estrategias de búsqueda. Se aplicó un protocolo de selección de estudios, garantizando exhaustividad, reproducibilidad y evaluación de la calidad metodológica. Se realizó síntesis cualitativa de la información. Resultados: En la literatura científica mundial sólo se dispone de cuatro evaluaciones económicas completas para el diagnóstico de geo-helmintos, en la modalidad de estudios de costo-efectividad; en éstas se evaluaron cinco pruebas en 247 adultos y 6.708 niños. En los desenlaces en salud empleados se encontraron la proporción de pacientes positivos y algunos parámetros de validez diagnóstica como la sensibilidad y la especificidad, mientras que los costos se circunscribieron a insumos y salarios. Estos hallazgos ponen de manifiesto la baja aplicación de los recursos teóricos y metodológicos de la economía de la salud en el diagnóstico de las geohelmintiasis. Conclusión: Las evaluaciones económicas de pruebas para el diagnóstico de geohelmintos y parásitos intestinales en general son exiguas en el ámbito mundial y los pocos estudios disponibles presentan limitaciones de validez interna y externa que impiden la aplicación de sus resultados a otros ámbitos.

Abstract Introduction: The tests for diagnosis of the geohelmintiasis are diverse, with multiple studies that demonstrate heterogeneity in its diagnostic validity and few about its cost-effectiveness. Objective: To systematize the economic evaluations on the tests applied in the diagnosis of geohelminths. Methods: Systematic review in six databases with 24 search strategies. A protocol for the selection of the studies was applied, guaranteeing completeness, reproducibility and evaluation of methodological quality. Qualitative synthesis of the information was made. Results: In the scientific literature there are four complete economic evaluations (cost-effectiveness studies) for the diagnosis of geo-helminths; in these, five tests were evaluated in 247 adults and 6,708 children. In the health outcomes the studies employed the proportion of positive patients and some diagnostic validity parameters such as sensitivity and specificity, while costs were limited to inputs and salaries. These findings show the low application of the theoretical and methodological resources of health economics in the diagnosis of soil-transmitted helminth infections. Conclusion: The economic evaluations of tests for the diagnosis of geohelminths and intestinal parasites in general are meager worldwide and the few available studies have limitations of internal and external validity that prevent the application of their results to other areas.

Comparison of tridimensional test with multiplex PCR for detecction of carbapenemases

Resumen Objetivo: Comparar la prueba fenotípica para la detección de carbapenemasas (Prueba Tridimensional -THT), con la prueba de biología molecular, reacción de polimerasa en cadena (PCR múltiple), para la detección de genes de resistencia. Materiales y métodos: De un total de 118 aislamientos de cepas de bacterias Gram negativas, del programa de vigilancia de multirresistencia en un hospital de tercer nivel, fueron evaluadas para la detección de carbapenemasas por Test de Hodge tridimensional (THT) y PCR Múltiple. Se hicieron cálculos de sensibilidad, especificidad, VPP, VPN, índice de validez e índice de Youden (IY), con sus intervalos de confianza. Resultados: Se observó que la prueba THT en comparación con PCR, presentó una sensibilidad de 98,41% (IC 95% 94,53 - 100), la especificidad fue de 83,64% (IC 95% 72,95 - 94,32) y los valores predictivos positivo y negativo fueron respectivamente 87,32 (IC 95% 78,88 - 95,77) y 97,87 (IC 95% 92,68 - 100). El índice de Youden fue 0,82 (IC 95% 0,72 - 0,92) y el índice de validez 91,53% (IC 95% 86,08 - 96,97) Conclusión: La prueba tridimensional de Hodge (THT), para detección de resistencia a carbapenémicos, puede ser una prueba de rutina útil en el laboratorio para sugerir resistencia por carbapenemasas

Abstract Objective: To compare the phenotypic test for detection of carbapenemases (Three-dimensional Test - THT), with molecular biology test (Multiplex PCR), for the detection of resistance genes. Methods: A total of 118 isolates of Gram-negative bacteria strains from the multiresistant surveillance program at a third-level hospital were evaluated for the detection of carbapenemases by three-dimensional test (THT) and the molecular biology PCR Multiple method . We calculated sensitivity, specificity, PPV, NPV, validity index and Youden index (IY), with their confidence intervals. Results: THT test compared to the multiple PCR test had a sensitivity of 98.41% (95% CI 94.53 - 100), specificity was 83.64% (95% CI 72.95 - 94 , 32) and positive and negative predictive values were respectively 87.32 (95% CI 78.88 - 95.77) and 97.87 (95% CI 92.68 - 100). Conclusion: The Hodge three-dimensional test (THT), for detection of carbapenem resistance, may be a useful routine laboratory test to suggest resistance by carbapenemases.

Artemeter-Lumefantrine therapeutic efficacy, safety and plasma levels in patients with uncomplicated falciparum malaria from the Colombian Pacific region

Abstract Introduction: In Colombia, the published studies for the treatment of uncomplicated Plasmodium falciparum malaria with Artemether-Lumefantrine are scarce. The aim of the study was to evaluate the therapeutic efficacy and safety profile of this combination. Methods: A clinical trial was performed in adults with uncomplicated P. falciparum malaria using the 28‑day World Health Organization validated protocol. Patients received supervised antimalarial treatment and the primary efficacy endpoint was the clinical and parasitological response. Safety was assessed through adverse events surveillance and plasmatic levels of antimalarial drugs were measured. Results: 88 patients were included. Adequate clinical and parasitological response rate of 100% on day 28 was achieved in 84 patients, diagnosed by thick blood smear examination. There were four parasitological therapeutic failures (5%) detected by polymerase chain reaction. Discusion: Therapeutic efficacy similar to previous studies was established with a slight increase in therapeutic failure. The serum levels of the antimalarials were adequate and the few cases of therapeutic failure were not related. Conclusion: Treatment of uncomplicated P. falciparum malaria with Artemeter-Lumefantrine was effective and safe in the study population. All patients reached adequate plasma concentrations of the drugs; therapeutic failures were not associated with low blood levels of the drug clinical trial.

Resumen Introducción: Son escasos los estudios en Colombia sobre eficacia del tratamiento para Plasmodium falciparum con la combinación Artemeter-Lumefantrina. El objetivo de este estudio fue evaluar la eficacia terapéutica y el perfil de seguridad de este tratamiento combinado. Métodos: Se realizó un ensayo clínico en adultos con malaria por P. falciparum no complicada, utilizando el esquema de 28 días recomendado por la Organización Mundial de la Salud (OMS). Los pacientes recibieron el tratamiento supervisado y el desenlace primario evaluado fue la respuesta clínica y parasitológica. La seguridad fue evaluada a través de vigilancia de efectos adversos y medición de niveles plasmáticos del medicamento. Resultados: Se incluyeron 88 pacientes. La tasa de curación clínica y parasitológica fue del 100% en 84 pacientes que tuvieron examen de gota gruesa al día 28. Hubo cuatro (5%) fallas parasitológicas detectada por reacción en cadena de polimerasa. Discusión: La eficacia terapéutica fue similar a la reportada en estudios previos con un ligero aumento de falla terapéutica. Los niveles plasmáticos de los antimalaricos fueron adecuados y no relacionados con la falla terapéutica. Conclusión: El tratamiento de malaria por P. falciparum no complicada con Artemeter-Lumefantrina fue efectiva y segura en la población estudiada. Todos los pacientes alcanzaron niveles en plasma adecuados y no se encontró asociación de falla terapéutica con bajos niveles en sangre.

Presence of anisakid larvae in commercial fishes landed in the Pacific coast of Ecuador and Colombia

Abstract Introduction: Anisakidosis is a zoonotic disease caused by the consumption of raw or undercooked fish or crustaceans parasitized by nematode larvae of the Anisakidae family. In this study, the presence of anisakid larvae was identified in fish species of consumer of the Pacific coast in Ecuador and Colombia. Methods: We obtained 438 samples grouped into twenty species of fish caught in the fishing ports of Manta, Santa Rosa, Buenaventura and Tumaco. The morphological identification of the larvae was made by taxonomy and the percentage of infection, were calculated. For the identification of species, a multiplex PCR was carried. Results: The taxonomic review identified eight species of fish as hosts of the genders Anisakis and Pseudoterranova. The larvae were isolated mainly from the intestine with a percentage of infection between 18 and 100%. The percentage of infection and identification of anisakids in these fish will aid in the prevention and control of anisakiasis as a possible emerging disease for this area of the Pacific. With the multiplex PCR, A. pegreffii, A. physeteris, and P. decipiens were identified. Conclusion: The identification of these species is reported for the first time in this geographical area, providing the basis for future research into the Anisakidae family.

Resumen Introducción: La anisakidosis es una enfermedad zoonótica causada por el consumo de pescado o crustáceos crudos o poco cocinados parasitados por las larvas de nematodos de la familia Anisakidae. En este estudio, se identificó la presencia de larvas de anisakidos en especies de peces de consumo de la costa del Pacífico en Ecuador y Colombia. Métodos: Obtuvimos 438 muestras agrupadas en veinte especies de peces capturados en los puertos pesqueros de Manta, Santa Rosa, Buenaventura y Tumaco. La identificación morfológica de las larvas se realizó por taxonomía y se calculó el porcentaje de infección. Para la identificación de las especies, se llevó a cabo una PCR múltiplex. Resultados: La revisión taxonómica identificó ocho especies de peces como huéspedes de los géneros Anisakis y Pseudoterranova. Las larvas se aislaron principalmente del intestino con un porcentaje de infección entre 18 y 100%. El porcentaje de infección e identificación de anisakidos en estos peces ayudará a prevenir y controlar la anisakiasis como una posible enfermedad emergente en esta área del Pacífico. Con la PCR múltiplex, se identifico A. pegreffii, A. physeteris y P. decipiens. Conclusión: La identificación de estas especies se informa por primera vez en esta área geográfica, proporcionando la base para futuras investigaciones sobre la familia Anisakidae.

The viruses in the human oncogenesis

Abstract Based on epidemiological associations and experimentation, relationships between viruses and cancer have been established. For more than 14 million new cases of cancer per year, it is estimated that 15% are related to viral agents. Epithelial, hematolymphoid and mesenchymal malignancies related to different viruses have been document such as Epstein Barr, Kaposi’s sarcoma, hepatitis B and C, human lymphotropic type 1, Merkel’s carcinoma and human papilloma. New virus with oncogenic potential such as cytomegalovirus, JC polyoma virus and BK have been described. The interaction of the viruses with the host induces oncogene activation, inhibition of tumor suppressor genes and activation of miRNAs, as determining factors in the development of cancer. The pathology is initiated with the infection that induces the deregulation of cell signaling. The Epstein Barr virus is the oncogenic prototype, with 1% of the human cancers related to it.

Resumen Con base en asociaciones epidemiológicas y experimentación, se ha logrado establecer relaciones entre los virus y el cáncer. Para los más de 14 millones de casos nuevos de cáncer por año, se estima que el 15% se relacionan con agentes virales. Se han documentado malignidades epiteliales, hematolinfoides y mesenquimales, relacionadas con diferentes virus: Epstein Barr, sarcoma de Kaposi, hepatitis B y C, linfotrófico humano tipo 1, carcinoma de Merkel y papiloma humano; se plantean nuevos virus con potencial oncogénico como citomegalovirus, poliomavirus JC y BK. La interacción de los virus con el hospedero muestra activación de oncogenes, inhibición de supresores tumorales y activación de miRNAs, como factores determinantes en el desarrollo de cáncer. La patología se inicia con la infección que induce la desregulación de la señalización celular. El virus de Epstein Barr es el prototipo oncogénico, el 1% de los tipos de cáncer humanos se relacionan con él.

Leclercia adecarboxylata, a rare cause of soft tissue infections in immunocompromised patients, case report and review of the literature

Abstract Leclercia adecarboxylata is a member of the Enterobacteriaceae family that has been isolated from several environmental and animal specimens, however it rarely causes diseases in human beings. It has natural resistance to several antibiotics, and has shown the ability to harbor and produce enzymes capable of hydrolyzing most of the antibiotics used in daily clinical practice, making its treatment a challenge when a strain with such characteristics causes disease. Here we report the first known case of infection by Leclercia adecarboxylata after a trauma with plant material, in a 69-year-old male patient, with poorly controlled Diabetes Mellitus type 2.

Resumen Leclercia adecarboxylata es un miembro de la familia Enterobacteriaceae que ha sido aislada tanto de muestras de animales como medioambientales, sin embargo raramente produce enfermedad en seres humanos. Tiene resistencia natural a varios antibióticos y se ha encontrado que tiene enzimas capaces de hidrolizar la mayoría de los antibióticos utilizados en la práctica clínica, lo cual hace un verdadero tratar una infección por este microorganismo en humanos. Aquí reportamos el primer caso de infección por Leclercia adecarboxylata luego de un trauma con material vegetal, en un paciente de 69 años y con una diabetes tipo 2, mal controlada.