Infectio

In memoriam Doctor Miguel Guzmán Urrego 1933-2019

Cost-effectiveness of ceftolozane/tazobactam for the treatment of complicated intraabdominal and urinary tract infections in Colombia

Abstract Objective: To evaluate the cost-effectiveness of ceftolozane/tazobactam + metronidazole (C/T+M) and ceftolozane/tazobactam (C/T) compared with 8 alternatives used in the treatment of complicated intraabdominal infection (cIAI) and complicated urinary tract infection (cUTI) respectively. Methods: A Monte Carlo simulation decision model was used for the estimation and comparison of treatment-related costs, and quality adjusted life years for patients with cIAI treated with C/T+M in comparison with cefepime + metronidazole, ciprofloxacin + metronidazole, doripenem, levofloxacin + metronidazole, meropenem, piperacillin/tazobactam, ceftazidime + metronidazole or imipenem/cilastatin and patients with cUTI treated with C/T in comparison with cefepime, ciprofloxacin, doripenem, levofloxacin, meropenem, piperacillin/tazobactam, ceftazidime or imipenem/cilastatin. Local costs were estimated using base cases identified by experts and consulting local databases. Sensitivity values of the PACTS (Program to Assess Ceftolozane/Tazobactam Susceptibility) study in Latin America were used in the model. Results: C/T+M and C/T obtained incremental cost-effectiveness ratios (ICER) that were below the Colombian cost-effectiveness threshold (3 GDP per capita) in most comparisons, and were dominated by meropenem, considering only gram-negative microorganisms. Sensitivity assessments were also carried out, in which only the population with P. aeruginosa infections was considered, showing positive results for C/T+M and C/T (cost-effective or dominant with regards to all comparators). Conclusions: C/T+M and C/T could be cost-effective alternatives in the treatment of CIAI and CUTI in Colombia, when there is an adequate and rational use of antibiotics. The results of the sensitivity analyses showed dominance and cost-effectiveness with regards to every comparator in patients infected with P. aeruginosa

Resumen Objetivo: Evaluar la costo-efectividad de ceftolozano/tazobactam + metronidazol (C/T + M) y ceftolozano/tazobactam (C/T) en comparación con 8 alternativas utilizadas en el tratamiento de las infecciones intraabdominales complicadas (IAAc) e infecciones del tracto urinario complicadas (ITUc) respectivamente. Métodos: Se usó un modelo de decisión de simulación de Monte Carlo para la estimación y comparación de los costos relacionados con el tratamiento y los años de vida ajustados por calidad para pacientes con IAAc tratados con C/T + M, en comparación con cefepima + metronidazol, ciprofloxacina + metronidazol, doripenem , levofloxacina + metronidazol, meropenem, piperacilina / tazobactam, ceftazidima + metronidazol o imipenem/cilastatina, y pacientes con ITUc tratados con C/T en comparación con cefepime, ciprofloxacina, doripenem, levofloxacina, meropenem, piperacilina / tazobactam, ceftazidima o imipenem/cilastatina . Los costos locales se estimaron por medio de casos base identificados por expertos y consultando bases de datos locales. Se utilizaron los valores de sensibilidad bacteriana del estudio PACTS (Programa para evaluar la susceptibilidad al ceftolozano/tazobactam) en América Latina para poblar el modelo. Resultados: C/T + M y C/T obtuvieron razones de costo-efectividad incrementales (RCEI) que estaban por debajo del umbral de costo-efectividad colombiano (3 PIB per cápita) en la mayoría de las comparaciones, y fueron dominados por meropenem, considerando solo microorganismos gran-negativos También se llevaron a cabo análisis de sensibilidad, en los que solo se consideró la población con infecciones por P. aeruginosa, mostrando resultados positivos para C/T + M y C/T (costo efectivo o dominante con respecto a todos los comparadores). Conclusiones: C/T + M y C/T podrían ser alternativas costo efectivas en el tratamiento de IAAc e ITUc en Colombia, cuando existe un uso adecuado y racional de antibióticos. Los resultados de los análisis de sensibilidad mostraron dominio y costo-efectividad en relación con todos los comparadores en pacientes infectados con P. aeruginosa.

Molecular detection of gestational and congenital syphilis

Resumen Objetivo: estandarizar una qPCR para la determinación de T. pallidum en muestras de suero de pacientes con sífilis gestacional y congénita. Materiales y métodos: se optimizó una qPCR con sonda para la amplificación del gen TpN47 en muestras de suero, se evaluó la sensibilidad, especificidad y eficiencia analítica de la técnica. Se comparó con pruebas serológicas (VDRL y TPPA) y se calculó índice de concordancia Kappa. Resultados: la qPCR mostró un límite de detección de 0.113 femtogramos, especificidad analítica del 100% y fidelidad de 104%. Se evidenció correlación optima en la prueba, sugerida por un r2 de 0.99 y un valor p <0,0001 de la qPCR. Se observó acuerdo entre las pruebas serológicas y moleculares. Conclusiones: se desarrolló una herramienta molecular prometedora con buena sensibilidad, óptima especificidad analítica y gran potencial diagnóstico para la detección y hallazgo de T. pallidum subsp. pallidum, a través de la amplificación del gen TpN47 en muestras clínicas de pacientes con diagnóstico presuntivo de sífilis gestacional y congénita.

Abstract Objective: to evaluate a qPCR to detect T.pallidum in serum samples from patients with gestational and congenital syphilis. Methodology: qPCR with probe was optimized for the amplification of the TpN47 gene in serum samples, the sensitivity, specificity and analytical efficiency of the technique were evaluated. It was compared with the serological tests (VDRL and TPPA) and the Kappa concordance index was calculated. Results: the qPCR showed a detection limit of 0.113 femtograms, an analytical specificity of 100% and an accuracy of 104%. Optimal correlation was evidenced in the test, suggested by an r2 of 0.99 and a p value <0.0001 of the qPCR. An agreement was observed between serological and molecular tests. Conclusion: a promising molecular tool was developed with good sensitivity, excellent analytical specificity and great diagnostic potential for the detection and finding of T. pallidum subsp. pallidum, through the amplification of the TpN47 gene in serum from patients with gestational and congenital syphilis.

Implementation of the new clinical practice guideline for the detection and management of precancerous lesions of the cervix in women from the city of Cali, Colombia

Resumen Objetivos del trabajo: Se determinaron los porcentajes de las lesiones precancerosas de cuello uterino en un grupo de mujeres diagnosticadas positivas por la prueba ADN-VPH. Materiales y métodos: El presente estudio es un análisis exploratorio descriptivo transversal de una base de datos con resultados de las pruebas de ADN-VPH (genotipo y tipo de infección), citología y colposcopia, realizadas en 58 mujeres de 30 años o más, para el periodo de octubre del 2018 a febrero del 2019. Resultados: De las 58 mujeres positivas para la prueba ADN-VPH, el 57% (n=33) fueron positivas para la prueba citológica cervical. De este grupo de mujeres fueron diagnosticadas negativas para LEI el 21% (n=7); para LEI-BG el 33% (n=11); y para LEI-AG el 45% (n=15) mediante la prueba de colposcopia. El VPH-16 mostró la mayor frecuencia relativa de detección en las LEI-AG con un 46,7% (n=7). Igualmente, los genotipos que cubre la vacuna Gardasil_4 fueron identificados en mayor porcentaje en las LEI-AG en comparación con los otros tipos histopatológicos diagnosticados, siendo esta asociación estadísticamente significativa, valor de p = 0,033. Conclusiones: La implementación de la nueva guía de práctica clínica para la detección y manejo de lesiones precancerosas de cuello uterino muestra resultados satisfactorios, siendo concordante la detección de ADN-VPH, con la identificación de anormalidades citológicas e histopatológicas, permitiendo la identificación precoz de mujeres en riesgo de desarrollar cáncer cervical.

Abstract Objectives of the study: To determine the percentages of precancerous lesions in the cervix in a group of women with positive diagnostic to the DNA-HPV test. Materials and methods: The present study is a cross-sectional exploratory analysis of a database with information on the results of DNA-HPV tests (genotype and type of infection), cytology and colposcopy, carried out on 58 women aged 30 or older, for the period from October 2018 to February 2019. Results: Of the 58 women positive for the DNA-HPV test, 57% (n=33) were positive for the cervical cytology test. Of this group of women, 21% (n=7) were diagnosed LEI-negative; for LEI-BG 33% (n=11); and for LEI-AG, 45% (n=15) using the colposcopy test. HPV-16 has a higher detection frequency in the LEI-AG with 46.7% (n=7). Likewise, the genotypes that cover the Gardasil_4 vaccine were members in a greater percentage in the LEI-AG in comparison with other diagnosed histopathological types, this association being statistically significant, value of p = 0.033. Conclusions: The implementation of the new clinical practice guideline for the detection and management of precancerous lesions of the cervix shows satisfactory results, the DNA-HPV detection being consistent, with the identification of cytological and histopathological abnormalities, allowing the early identification of women at risk to develop cervical cancer.

Molecular characterization of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii strains from a tertiary care center in South India

Abstract Objectives: Carbapenem resistantAcinetobacter baumannii is an important therapeutic and infection control challenge worldwide. In this study, we investigated the prevalence and distribution of molecular mechanisms of resistance among carbapenem resistant A. baumannii species at a tertiary care setting in South India. Materials and Methods: A total of 89 non-duplicate clinical isolates of carbapenem-resistantA. baumannii were collected from critical care units of St. John’s Medical College Hospital, Bengaluru, India. Polymerase chain reaction (PCR) was performed to detect blaOXA type carbapenemase blaOXA-51-like, blaOXA-23-like, blaOXA-24-like and bla OXA-58-like, MBL genes blaNDM, blaIMP, and blaVIM genes. Molecular typing of carbapenem-resistant A. baumannii strains was performed by using Rep-PCR. Results: Eighty-seven of the isolates were found to carry the blaOXA-51 gene and 81 (91%) isolates were found to have blaOXA-51-like gene and blaOXA-23, gene. The bla OXA-24 like gene was detected in two isolates of which one also carried blaOXA-51 like and one isolate carried blaVIM coding gene. The prevalence of blaNDM, blaIMP, bla VIM genes was 12(13%),14 (16%) and 57(64%) respectively. Cluster analyses revealed a 90% similarity and were divided into 5 clusters. Most of the isolates containing carbapenemases coding genes grouped under cluster A, C and UC. Considerable heterogeneity was observed within UC cluster indicating circulation of multiple strains of A. baumannii within our institution. Conclusions: Carbapenemase coding blaOXA-23, blaOXA-24 and blaOXA-51 -like were more common than blaVIM and blaNDM. The presence of blaNDM with other genes coding for carbapenemases indicate the ability of the strains to acquire novel genes despite having its share of the blaOXA like carbapenemase.

Resumen Objetivos: El Acinetobacter baumannii resistente a Carbapenem es un reto importante en todo el mundo para su tratamiento y para el control de infecciones hospitalarias. Nosotros estudiamos la prevalencia y los mecanismos de resistencia en aislados de un centro de atención terciario, en el sur de la India Materiales y Métodos: Se estudiaron 89 aislados clínicos de A. baumannii recolectados en unidades de cuidado crítico del Hospital St. John’s Medical College en Bengaluru, India. Se realizó amplificación por PCR (Reacción en Cadena de Polimerasa) y luego tipificación molecular con la técnica Rep-PCR (PCR de elementos repetitivos palindromicos) para detectar los genes de carbapenemasa blaOXA, blaOXA-51, blaOXA-23, blaOXA-24, blaOXA-58, MBL, blaNDM, blaIMP y blaVIM. Resultados: Se encontraron 87 aislados que llevaban el gen blaOXA-51 y de ellos en 81 (91%) se encontró blaOXA-51 y blaOXA-23. El blaOXA-24 se detectó en dos aislados de los cuales uno de ellos llevaba blaOXA-51 y otro blaVIM. Los genes blaNDM, blaIMP y blaVIM se encontraron en 12 (13%),14 (16%) y 57(64%) de los aislados, respectivamente. El análisis de agrupamiento reveló un 90% de similitud entre los aislados y que podían asignarse a 5 agrupamientos. La mayoría de aislados llevaban genes de carbapenemasas de los grupos A, C y UC. Se observó mucha heterogeneidad dentro del agrupamiento UC indicando que existe circulación de múltiples cepas de A. baumannii dentro de nuestra institución. Conclusiones: Las carbapenemasas que codifican para blaOXA-23, blaOXA-24 y blaOXA-51 son más comunes que blaVIM y blaNDM en nuestra institución. La presencia de NDM con otros genes codificando para carbapenemasas indica la capacidad que tienen este tipo de aislados para adquirir nuevos genes a pesar de contar con blaOXA.

What have we researched about HIV infection in Colombia? A bibliometric review 1983 - 2018

Abstract Objective: Our objective was to quantitatively describe the research on HIV infection carried out in Colombia. Materials and methods: A bibliometric review of all studies that included people infected or affected by HIV between January 1, 1983, and August 31, 2018, was performed. Results: 587 studies were identified. Most were descriptive studies. There are a lower number of studies in the fields of prevention, education and public health. Most of the published studies were carried out in 3 departments. 72% were published in Q3, Q4 or unclassified journals. Discussion: The research performed has given priority to the description of figures and is not enough to understand and know how to treat factors like late diagnosis, the stigma and the prevention of the disease. Conclusion: There does not seem to be a national strategy to define the research needs. There is a low dissemination of the results and a low cover of the research in the country.

Resumen Objetivo: Describir cuantitativamente la investigación sobre infección por VIH realizada en Colombia. Materiales y métodos: Se realizó una revisión bibliométrica de estudios que incluyeran personas infectadas o afectadas por el VIH entre el 1 de enero de 1983 y el 31 de agosto de 2018. Resultados: Se identificaron 587 estudios. La mayoría fueron descriptivos. Hay un menor número en los campos de prevención, educación y salud pública. La mayoría se llevaron a cabo en 3 departamentos. El 72% se publicaron en Q3, Q4 o revistas no clasificadas. Discusión: La investigación realizada ha dado prioridad a la descripción de las cifras y no es suficiente para comprender y saber cómo tratar factores como el diagnóstico tardío, el estigma y la prevención de la enfermedad. Conclusión: No parece haber una estrategia nacional para definir las necesidades de investigación. Hay una baja difusión de los resultados y una baja cobertura de la investigación en el país.

Clonal dissemination of KPC-2 in carbapenem resistant Klebsiella pneumoniae

Resumen Objetivo: Determinar los mecanismos de resistencia antibiótica y la epidemiología molecular de aislados clínicos de Klebsiella pneumoniae resistentes a carbapenémicos. Materiales y métodos: 30 aislados multirresistentes de K. pneumoniae fueron obtenidos a partir de: urocultivo, aspirado traqueal, secreción de herida, sonda vesical, hemocultivo, líquido peritoneal, punta de catéter, colección abdominal y secreción bronquial. Los aislados fueron colectados de noviembre de 2012 a abril de 2013. La identificación y susceptibilidad antibiótica fue determinada por el sistema automatizado VITEK 2. Para la amplificación de genes de resistencia se empleó PCR, la determinación de las Secuencias Tipo (ST) fue obtenida por tipificación multilocus de secuencias (MLST) y la relación clonal fue establecida por electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE). Resultados: Todos los aislados mostraron fenotipos multirresistentes, excepto a colistina y tigeciclina. El 100% de los aislados fue productor de la carbapenemasa KPC-2. La determinación de la presencia de genes codificantes de β-lactamasas de Espectro Extendido mostró que el 67% de los aislados fue positivo para el gen blaCTX-M, el 100% fue positivo para el gen blaSHV y 93% fue positivo para el gen blaTEM. El análisis de la relación clonal de los 30 aislados agrupó a 20 en un mismo pulso tipo. El análisis por MLST demostró que la ST predominante fue ST258 presente en el 60% de la población, seguida de ST1199 presente en el 20% de la población analizada. Conclusiones: Los resultados obtenidos demuestran la importancia de implementar y combinar estudios epidemiológicos, clínicos y moleculares para comprender la distribución de la resistencia entre bacterias de interés clínico.

Abstract Objective: To determine the mechanism of antibiotic resistance and molecular epidemiology of carbapenem resistant isolates of Klebsiella pneumoniae. Materials and Methods: 30 multidrug resistant isolates of K. pneumoniae were obtained from urine culture, tracheal aspirate, wound secretion, bladder catheter, blood culture, peritoneal fluid, catheter tip, abdominal collection, and bronchial secretion. K. pneumoniae isolates were collected between November 2012 and April 2013. Identification and susceptibility were determined by the VITEK 2 system. Resistance genes were identified by PCR, sequence type (ST) was established by multilocus sequence typing (MLST), and clonal relationship was defined by pulsed field gel electrophoresis (PFGE). Results: All isolates were multidrug resistant and susceptible to colistin and tigecycline. 100% of isolates produced KPC-2 carbapenemase. This study detected Extended Spectrum β-Lactamases enconding genes. 67% of isolates were positive for blaCTX-M, 100% were positive for blaSHV, and 93% of isolates were positive for blaTEM. Analysis of the clonal relationship clustered 20 isolates in the same clonal complex. Multilocus sequence typing showed the predominant sequence type ST 258 in 60% of population. ST 1199 were present in 20% of bacterial population. Conclusion: Molecular epidemiology, clinical research and molecular biology studies improve understanding of mechanisms of resistance distribution among bacteria of clinical interest.

Zika microcephaly a latent problem: Case Report and Molecular Aspects

Resumen Se presenta el caso de un paciente de 20 días de nacido, procedente de Cartagena (Bolívar), hospitalizado por presentar fiebre de 6 días de evolución asociado a sintomatología respiratoria con evaluación neurológica normal. La ecografía obstétrica evidenció una microcefalia con un percentil de perímetro cefálico <2, con hipoplasia del cuerpo calloso y tomografía axial computarizada de cráneo que reportó diámetros cefálicos disminuidos, finas calcificaciones residuales en región frontal-parietal y cambios atróficos cerebrales subcorticales. Se le inició terapia antibiótica por presentar sepsis neonatal, las pruebas serológicas y la PCR para Zika resultaron positivas. Se decidió dar el alta médica al 6 día por mejoría clínica y no presentar déficit neurológico aparente. Aunque no existe un tratamiento específico, el pilar del manejo de un recién nacido con microcefalia es el seguimiento y la vigilancia futura de las posibles comorbilidades, como epilepsia, parálisis cerebral o retraso cognitivo y motor.

Abstract We present the case of a 20-day-old patient from Cartagena (Bolívar), hospitalized for presenting a 6-day fever associated with respiratory symptoms with normal neurological evaluation. The obstetric ultrasound showed a microcephaly with a percentile of cephalic perimeter <2, with hypoplasia of the corpus callosum and computed tomography of the skull that reported decreased cephalic diameters, fine residual calcifications in the frontal-parietal region and atrophic subcortical cerebral changes. Antibiotic therapy was initiated due to neonatal sepsis, the serological tests and the PCR for Zika were positive. It was decided to discharge the hospital after 6 days due to clinical improvement and for not presenting apparent neurological deficit. Although there is no specific treatment, the pillar of the management of a newborn with microcephaly is the monitoring and future surveillance of possible comorbidities, such as epilepsy, cerebral palsy or cognitive and motor retardation.