Revista Colombiana de Ciencias Pecuarias

Editorial

Genetic and environmental relationships among milk yield, persistency of milk yield, somatic cell count and calving interval in Holstein cows

Abstract Background: Fertility and health traits, other than production traits, have a major role in the profitability of dairy cattle. Therefore, it seems necessary to include the afore mentioned traits in breeding programs. Hence, genetic parameters are needed to establish breeding plans. Objective: To estimate heritabilities as well as genetic and environmental relationships among total milk yield (TMY), persistency of milk yield (PMY), mean somatic cell count (SCC), mean loge somatic cell count (LnSCC), standard deviation of somatic cell count (stdSCC), and calving interval (CI) using two-trait and multi-trait analyses in Iranian Holstein. Methods: The dataset consisted of 25,883 first lactation records collected from 2002 to 2007 in 97 Holstein dairy herds in Iran. Four criteria of persistency of milk yield (PMY) were calculated using the Wood’s gamma function. The WOMBAT1.0 software was used to estimate the (co)variance components using the Average Information Restricted Maximum Likelihood algorithm. Results: Total milk yield (TMY) resulted in the highest heritability estimate (0.29). Heritability estimates for different criteria of persistency of milk yield (PMY) ranged from 0.05 to 0.10. The unfavorable genetic correlation between TMY and calving interval (CI) was 0.71, while that of PMY with CI was 0.46. The estimated environmental correlations were lower than the genetic correlations for all traits, but the trends were generally similar. Conclusion: The results indicate that including PMY in the breeding goals could increase TMY and CI, and decrease somatic cell count (SCC).

Resumen Antecedentes: Las características de fertilidad y salud, además de las de producción, tienen un papel importante en la rentabilidad de los hatos lecheros. Por lo tanto, parece necesario incluir los rasgos mencionados en los sistemas de mejoramiento. Por ende, los parámetros genéticos son necesarios para establecer planes de cría. Objetivo: Estimar la heredabilidad, así como las relaciones genéticas y ambientales entre el rendimiento total de leche (TMY), la persistencia del rendimiento lechero (PMY), el recuento medio de células somáticas (SCC), el recuento de células somáticas de loge promedio (LnSCC), la desviación estándar del recuento de células somáticas (stdSCC) y el intervalo de partos (CI) en vacas Holstein mediante análisis de dos rasgos y análisis múltiples. Métodos: Se analizaron registros de primera lactancia de 25.883 vacas Holstein, recolectados entre 2002 y 2007 en 97 rebaños lecheros de Irán. Se calcularon cuatro criterios de persistencia del rendimiento lácteo utilizando la función gamma de Wood. El software Wombat1.0 se utilizó para estimar los componentes de (co)varianza que emplean el algoritmo de máxima verosimilitud restringida de información promedio. Resultados: El rendimiento de leche (TMY) obtuvo la mayor heredabilidad estimada (0,29). Las estimaciones de heredabilidad para diferentes criterios de persistencia del rendimiento de la leche variaron de 0,05 a 0,10. La correlación genética desfavorable entre TMY e intervalo entre partos fue 0,71, mientras que la de PMY con el CI fue de 0,46. Las correlaciones ambientales estimadas fueron inferiores a las correlaciones genéticas para todos los rasgos, pero las tendencias fueron, en general, similares. Conclusión: Incluir el PMY en la meta de cría podría aumentar el TMY y CI, además de disminuir el recuento de células somáticas (SCC).

Resumo Antecedentes: As características de fertilidade e saúde, além das características de produção, têmum papel importante narentabilidade das vacas leiteiras. Por isso, parece necessário incluir as características já mencionadas nos sistemas de melhoramento genético. Assim, são necessários parâmetros genéticos para estabelecer planos de melhoramento genético. Objetivo: Estimar herdabilidade, bem como as relações genéticas e ambientais entre a produção total de leite (TMY), persistância da produção de leite (PMY), contagem médiade células somáticas (SCC), contagem média de células somáticas loge (LnSCC), desviopadrao da contagem média de células somáticas (stdSCC) e intervalo de pertosem (CI) vacas Holstein por duas análises de características e traços multiplos. Métodos: O conjunto de dados consistiuem registros de 25.883 vacas Holstein de primeira lactação coletadas de 2002 a 2007 em 97 rebanhos leiteiros em Iran. Foram calculados quatrocritérios de persistência da produção de leite utilizando a função gama de Wood. O software Wombat1.0 foi usado para estimar os componentes de (co)variância que empregam o algoritmo de máxima verossimilhança com informações restritas. Resultados: A maior herdabilidade (0,29) foi estimada para produção de leite. As estimativas de herdabilidade para diferentes critérios de persisténcia da produção de leite variaram 0,05 a 0,10. A correlação genética desfavorável entre o intervalo TMY eo intervalo de parto foi de 0,71 enquanto que a de PMY com CI foi de 0,46. As correlações ambientais estimadas foram inferiores às correlações genéticas para todos os traços, mas as tendencias foram geralmente semelhantes. Conclusão: Os resultados indicaram que a inclusão de PMY na meta de reprodução poderia aumentar TMY e CI, no entanto, diminuir a contagem de células somáticas.

**Genetic diversity in oocyte donors used in in vitro bovine embryo production programs in Brazil**

Abstract Background: Current reproductive management of bovine elite populations involves the use of assisted reproductive technologies (ARTs), aiming to obtain the greatest genetic gain. However, inadequate use of ARTs may lead to loss of genetic diversity in the offspring. Objective: To assess the genetic diversity in elite female cattle populations used in commercial in vitro embryo production. Methods: Using genetic and ecological approaches for the study of populations based on microsatellite markers, we assessed the genetic diversity between and within populations of cows used in commercial in vitro embryo production programs in Brazil. Results: Endogamy within populations varied from zero to 9.1%, while heterozygosity between populations (FST) was <0.05 in the different population interactions. AMOVA showed 1% variation between populations, 8% between individuals and 91% within individuals. The dimensionality reduction method utilized indicated a lack of structure in the populations analyzed, identifying two main clusters in the three populations. Conclusions: Low genetic diversity between cow populations associated with commercial programs of in vitro embryo production in Brazil was evidenced. Variable levels of endogamy within the populations were observed. Approaches of population genetics as well as ecological diversity can be implemented to more thoroughly estimate genetic diversity in livestock populations.

Resumen Antecedentes: El actual manejo reproductivo en poblaciones de bovinos de élite incluye la utilización de tecnologías de reproducción asistida (ARTs) con el fin de obtener mayor ganancia genética. Sin embargo, el uso inadecuado de las ART puede llevar a la pérdida de diversidad genética en los descendientes. Objetivo: Evaluar la diversidad genética en poblaciones de vacas de élite utilizadas en la producción comercial de embriones bovinos in vitro. Métodos: Utilizando abordajes de la genética y ecología de poblaciones basados en marcadores microsatélites, evaluamos la diversidad genética entre y dentro de poblaciones de vacas participantes de programas comerciales de producción de embriones in vitro en Brasil. Resultados: La endogamia dentro de las poblaciones varió de cero a 9,1%, mientras que la heterocigosidad entre poblaciones (FST) fue <0,05 en las diferentes interacciones de la población. El AMOVA mostró variación del 1% entre poblaciones, 8% entre individuos y 91% dentro de individuos. El método de reducción de dimensionalidad utilizado indicó una falta de estructura en las poblaciones analizadas, identificando dos grupos principales en las tres poblaciones. Conclusiones: Se evidenció una baja diversidad genética entre las poblaciones de vacas asociadas a programas comerciales de producción de embriones in vitro en Brasil. Se evidenciaron niveles variables de endogamia entre las poblaciones. Abordajes de la genética poblacional, así como de diversidad ecológica pueden ser implementados para estimar de manera más amplia la diversidad genética en poblaciones animales de interés pecuario.

Resumo Antecedentes: O atual manejo reprodutivo das populações de elite em bovinos envolve o uso de tecnologias de reprodução assistida (ARTs), visando obter o maior ganho genético. No entanto, o uso inadequado de ARTs pode levar à perda de diversidade genética na prole. Objetivo: Avaliar a diversidade genética em populações de vacas de elite utilizadas na produção comercial de embriões bovinos in vitro. Métodos: Utilizando abordagens da genética e ecologia de populações baseadas em marcadores microssatélites, foi avaliada a diversidade genética entre e dentro das populações de vacas participantes de programas comercias de produção in vitro de embriões. Resultados: A endogamia dentro das populações variou de zero a 9,1%, enquanto a heterozigosidade entre populações (FST) foi <0,05 nas diferentes interações populacionais. AMOVA mostrou variação de 1% entre populações, 8% entre indivíduos e 91% dentro de indivíduos. O método de redução de dimensionalidade utilizado indicou uma falta de estrutura nas populações analisadas, identificando dois clusters principais nas três populações. Conclusões: Baixa diversidade genética entre populações de vacas associadas a programas de produção in vitro de embriões foi evidenciada. Níveis de endogamia variáveis dentro das populações foram observados. Abordagens da genética populacional assim como de diversidade ecológica podem ser implementadas na tentativa de estimar de maneira mais abrangente a diversidade genética em populações animais de interesse pecuário.

Genetic parameters for milk yield and lactation persistency in the three first parities of Iranian Holstein cows

Abstract Background: Lactation persistency influences cow health and reproduction and has an impact on the feed costs of dairy farms. Objective: To estimate (co)variance components and genetic parameters of 100- and 305-d milk yield, and lactation persistency in Holstein cows in Iran. Methods: Records collected from January 2000 to December 2012 by the Animal Breeding Center of Iran (Karaj, Iran) were used. The following four measures of lactation persistency were used: P21: Ratio of milk yield in the second 100-d in milk (DIM) divided by that of the first 100-d. P31: Ratios of milk yield in the third100-d divided by that of the first 100-d. PW: The persistency measure derived from the incomplete gamma function. PJ: The difference between milk yield in day 60th and 280th of lactation. Results: The estimated heritability of lactation persistency for the three first parities (first, second, and third lactation) ranged from 0.01 to 0.06, 0.02 to 0.10, and 0.01 to 0.12, respectively. Genetic correlations among lactation persistency measures for the three first parities ranged from 0.77 to 0.98, 0.65 to 0.98, and 0.58 to 0.98, respectively; while corresponding values for genetic correlations among lactation persistency with 305-d milk production ranged from 0.18 to 0.63, 0.32 to 0.75, and 0.41 to 0.71, respectively. The estimated repeatability for lactation persistency measures ranged from 0.06 to 0.20. Conclusion: The moderate positive genetic correlation between lactation persistency and 305-d milk yield indicates that selection for increasing milk yield can slightly improve lactation persistency.

Resumen Antecedentes: La persistencia de la lactancia tiene una gran influencia en la salud, la reproducción y los costos de alimentación de las granjas lecheras. Objetivo: Estimar los componentes de (co)varianza y los parámetros genéticos de la producción de leche a 100 y 305 d, asi como la persistencia de la lactancia en vacas Holstein en Irán. Métodos: Se utilizaron registros recopilados entre enero de 2000 y diciembre de 2012 por el Centro de cría de animales de Irán (Karaj, Irán). Se utilizaron las siguientes cuatro medidas de persistencia de la lactancia: P21: Proporción de producción de leche en los segundos 100-d en leche (DIM) dividida por la de los primeros 100-d. P31: Proporcion de producción de leche en los terceros 100-d dividido por el de los primeros 100-d. PW: medida de persistencia derivada de la función gamma incompleta. PJ: diferencia entre el rendimiento de leche en el 60 y el 280 día de lactancia. Resultados: La heredabilidad estimada de la persistencia de la lactancia para los tres primeros partos (primera, segunda y tercera lactancia) varió de 0,01 a 0,06; 0,02 a 0,10; y 0,01 a 0,12, respectivamente. Las correlaciones genéticas entre las medidas de persistencia de lactancia para los tres primeros partos variaron de 0,77 a 0,98; 0,65 a 0,98; y 0,58 a 0,98, respectivamente; mientras que los valores correspondientes para las correlaciones genéticas entre la persistencia de la lactancia con la producción de leche a 305 d variaron de 0,18 a 0,63; 0,32 a 0,75; y 0,41 a 0,71, respectivamente. La repetibilidad estimada para las medidas de persistencia de la lactancia varió de 0,06 a 0,20. Conclusión: La correlación genética positiva moderada entre la persistencia de la lactancia y la producción de leche a 305-d indica que la selección para aumentar la producción de leche puede mejorar ligeramente la persistencia de la lactancia.

Resumo Antecedentes: A persistência da lactação tem grande influência nos custos de saúde, reprodução e alimentação em fazendas leiteiras. Objetivo: Estimar os componentes da variância (co)variância e os parâmetros genéticos da produção de leite de 100 e 305 d e a persistência da lactação em vacas Holandesas no Irã. Métodos: Os dados utilizados foram registros coletados de janeiro de 2000 a dezembro de 2012 pelo Centro de Criação de Animais do Irã (Karaj, Irã). As seguintes quatro medidas de persistência de lactação foram utilizadas: P21: Razão da produção de leite no segundo 100-d em leite (DIM) dividido pelo primeiro 100-d. P31: Razões da produção de leite na terceira 100d dividida pela da primeira 100-d. PW: A medida de persistência derivada da função gama incompleta. PJ: A diferença entre a produção de leite no 60º e 280º dia de lactação. Resultados: A hereditariedade estimada da persistência da lactação para as três primeiras paridades (primeira, segunda e terceira lactação) variou de 0,01 a 0,06; 0,02 a 0,10; e 0,01 a 0,12, respectivamente. As correlações genéticas entre as medidas de persistência da lactação para as três primeiras paridades variaram de 0,77 a 0,98; 0,65 a 0,98; e 0,58 a 0,98, respectivamente; enquanto os valores correspondentes para correlações genéticas entre a persistência da lactação com produção de leite de 305d variaram de 0,18 a 0,63; 0,32 a 0,75; e 0,41 a 0,71, respectivamente. A repetibilidade estimada para medidas de persistência de lactação variou de 0,06 a 0,20. Conclusão: A correlação genética positiva moderada entre a persistência da lactação e a produção de leite de 305d indicou que a seleção para aumentar a produção de leite melhoraria ligeiramente a persistência da lactação.

Effects of genetic polymorphism in Pit1, GH, GHR and KCN3 on milk yield and body weight of Khuzestan (Iran) water buffaloes

Abstract Background: Genetic information is necessary to devise strategic plans aimed to improve the genetic merit of buffalos. Objective: To assess the effect of genetic polymorphisms in GH, Pit-1, GHR, GHRHR, and KCN3 genes on milk production and body weight of Khuzestan water buffaloes. Methods: Blood samples were collected from 60 buffaloes from the Khuzestan province, Iran. Using the PCR-RFLP technique, the amplified and digested fragments of GH/AluI, GHR/AluI, GHRHR/ HaeIII, Pit1/HinfI, and KCN3/HindIII were genotyped. Results: All animals were monomorphic for GHRHR. The frequency of mutant alleles for GH, GHR, KCN3, and Pit1 was 47.5, 74.2, 49.2, and 51.7%, respectively. There were significant differences (p<0.0001) in the genotypic frequencies of GH, GHR, and Pit1 between high and low milk-yielding buffaloes. The GH (p=0.0002), GHR (p<0.0001) and Pit1 (p<0.0001) polymorphisms also had significant effects on body weight. Sequencing results revealed the presence of C496A, G495A, G498A and C1501T SNPs in the GH, and G1702T in the GHR gene of Khuzestan buffalos. Conclusion: This study highlights the importance of GH, GHR, and Pit1 on milk production and body weight of Khuzestan buffaloes. The results suggest that devising an integrated breeding plan in Khuzestan water buffalos can considerably benefit from the very high diversity in candidate genes.

Resumen Antecedentes: La información genética es necesaria para diseñar planes estratégicos con el objeto de mejorar el mérito genético de los búfalos. Objetivo: Evaluar el efecto de los polimorfismos genéticos en los genes GH, Pit-1, GHR, GHRHR y KCN3 sobre la producción láctea y peso corporal de búfalos de agua de la provincia de Juzestán, Iran. Métodos: Se recolectaron 60 muestras de sangre de búfalos de la provincia de Juzestán, en Irán. Los fragmentos amplificados y digeridos de GH/AluI, GHR/AluI, GHRHR/HaeIII, Pit1/HinfI y KCN3/HindIII fueron clasificados genotípicamente, utilizando la técnica PCR-RFLP. Resultados: Todos los animales fueron monomórficos para el gen GHRHR. La frecuencia alélica de alelos mutantes para los genes GH, GHR, KCN3 y Pit1 fue 47,5, 74,2, 49,2 y 51,7%, respectivamente. Se encontraron diferencias significativas (p<0,0001) en las frecuencias genotípicas de GH, GHR y Pit1 entre búfalos de alta y baja producción. El efecto del polimorfismo GH (p=0,0002), GHR (p<0,0001) y Pit1 (p<0,0001) también fue significativo para peso corporal. Los resultados de la secuenciación revelaron la presencia de SNPs C496A, G495A, G498A y C1501T en GH, y G1702T en el gen GHR. Conclusiones: Este estudio resalta la importancia de los genes GH, GHR y Pit1 sobre la producción de leche y el peso corporal de búfalos de Juzestán. Los resultados sugieren que la elaboración de un plan de cruzamiento integrado en búfalos de agua de Juzestán puede beneficiarse considerablemente de la gran diversidad de genes candidatos.

Resumo Antecedentes: Determinação informações genéticas é o passo crítico para elaborar planos estratégicos com o objetivo de melhorar o mérito genético dos búfalos. Objetivo: Avaliar o efeito de polimorfismos genéticos nos genes GH, Pit-1, GHR, GHRHR e KCN3 na produção de leite e no peso corporal dos búfalos de água do Cuzistão, Irã. Métodos: Amostras de sangue foram coletadas de 60 búfalos da província de Cuzistão, no Irã. Utilizando a técnica PCR-RFLP, os fragmentos amplificados e digeridos de GH/AluI, GHR/AluI, GHRHR/HaeIII, Pit1/HinfI e KCN3/ HindIII foram genotipados. Resultados: Todos os animais eram monomórficos para o gene GHRHR. A freqüência alélica de alelos mutantes para os genes GH, GHR, KCN3 e Pit1 foi 47,5, 74,2, 49,2 e 51,7%, respectivamente. Uma diferença significativa (p<0,0001) foi encontrada nas freqüências genotípicas de os genes GH, GHR e Pit1 entre búfalos de alta e baixa produção. O efeito do polimorfismo GH (p=0,0002), GHR (p<0,0001) e Pit1 (p<0,0001) também foi significativo para o peso corporal. Os resultados da sequenciação revelaram a presença de SNPs C496A, G495A, G498A e C1501T no GH, e G1702T no gene GHR dos buffalos do Cuzistão. Conclusões: Este estudo destacou a importância da GH, GHR e Pit1 na produção de leite e no peso corporal de buffalos do Cuzistão. Os resultados sugerem que a elaboração de um plano de melhoramiento genético integrado em búfalos de água do Cuzistão pode beneficiar consideravelmente da grande diversidade de genes candidatos.

Isolation, biochemical characterization, and phylogeny of a cellulose-degrading ruminal bacterium

Abstract Background: The isolation of cellulolytic bacteria, which hydrolyze cellulose to cellobiose and glucose, can provide useful information about rumen diversity. Objective: To identify and characterize a microorganism capable of hydrolyzing cellulose, isolated from a cow rumen. Methods: Anaerobic culture techniques were used for isolating cellulose-degrading rumen bacteria. Congo red staining was used to evaluate β-D-glucanase activity, and carbohydrate fermentation pattern was obtained with the kit API 50CHB/E. DNA extraction was performed and the 16S rDNA gene was amplified using 8F (5’-AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG-3’), and 1492R (5’ GGT TAC CTT GTT ACG ACT T 3’) primers. The phylogenetic tree was reconstructed with the algorithm of maximum parsimony (bootstrap 5000), and 16S rDNA sequence was deposited in the NCBI database (accession number: KM094184). Results: The isolated bacterium showed cellulolytic activity detected with Congo red; besides, glycerol, ribose, xylose, sucrose, galactose and glucose were fermented by this bacterium. However, biochemical tests did not identify the bacteria because no match was found at database of API WEB Software. The phylogenetic inference indicated that this bacterium belongs to Shigella genus, with 98% maximal identity respect to the other taxonomic species. Conclusions: Phylogenetic analysis of 16S rRNA genes showed that the rumen isolated bacterium was a member of the genus Shigella, which, under mesophilic conditions, is an interesting candidate for obtaining oligosaccharides from lignocellulosic biomass.

Resumen Antecedentes: El aislamiento de las bacterias celulolíticas, que hidrolizan la celulosa a celobiosa y glucosa, proporciona valiosa información sobre la diversidad del rumen. Objetivo: Identificar y caracterizar un microorganismo capaz de hidrolizar celulosa, aislado de un rumen vacuno. Métodos: Se utilizaron técnicas de cultivo anaeróbico para aislar bacterias ruminales que degradan celulosa. La tinción con rojo Congo se usó para evaluar la actividad β-D-glucanasa y el patrón de fermentación de carbohidratos se obtuvo con el kit API 50CHB/E. Se realizó la extracción de DNA y se amplificó el gen de 16S rDNA utilizando los cebadores 8F (5’-AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG-3’), y 1492R (5’ GGT TAC CTT GTT ACG ACT T 3’). El árbol filogenético se reconstruyó con el algoritmo de máxima parsimonia (replicas 5000) y la secuencia 16S rDNA se depositó en la base de datos del NCBI (número de acceso: KM094184). Resultados: La bacteria aislada mostró actividad celulolítica detectada con la tinción de rojo Congo; además, esta bacteria fermenta glicerol, ribosa, xilosa, sacarosa, galactosa y glucosa. Sin embargo, las pruebas bioquímicas no permitieron identificar a la bacteria aislada, por no encontrar coincidencias en la base de datos del software API WEB. La inferencia filogenética indicó que esta bacteria pertenece al género Shigella, con 98% de identidad máxima respecto a las otras especies taxonómicas. Conclusiones: El análisis filogenético del gen 16S rRNA mostró que la bacteria aislada del rumen es un miembro del género Shigella que, en condiciones mesófilas, es un candidato interesante para obtener oligosacáridos a partir de biomasa lignocelulósica.

Resumo Antecedentes: As bactérias celulolíticas hidrolizam a celulosa em celobiose e glicose, e o isolamento desses microrganismos fornece informações sobre a diversidade do rúmen. Objetivo: Identificar e caracterizar um microorganismo isolada do rúmen de uma vaca, com capacidade para hidrolisar a celulose. Métodos: Técnicas de cultura anaeróbica foram utilizadas para isolar bactérias ruminais que degradam a celulose. A atividade β-D-glucanase foi mostrada utilizando mancha de vermelho Congo, e o padrão de fermentação de carbohidratos foi obtida com o kit API 50CHB/E. A extracção foi realizada de DNA e amplificou-se os genes 16S rDNA utilizando os iniciadores 8F (AGA GTT TGA 5’-TCC TGG CTC AG-3’), e 1492R (5’ CTT GGT TAC GTT ACG TCA T 3’). A árvore filogenética foi reconstruída com o algoritmo de máxima parcimônia (réplicas 5000). A sequência de rDNA 16S foi depositada no banco de dados do NCBI (número de acesso: KM094184). Resultados: O isolado mostrou uma atividade celulolítica com coloração vermelho Congo; además esta bactéria fermentação de glicerol, ribose, xilose, sacarose, galactose e glicose. No entanto, com as provas bioquímicas não se identificou a bactérias isolada, já que não se encontrou na base de dados do software API WEB. A inferência filogenética indicou que esta bactéria pertence ao género Shigella, com 98% de identidade de máximo respeito para outras espécies taxonômicas. Conclusão: A análise filogenética do gene 16S rRNA mostrou as bactérias isoladas do ambiente ruminal como um membro do género Shigella, que condições mesofilicas é um candidato atraente para obter oligossacarídeos da biomassa lignocelulósica.

Relationship between forage neutral detergent fiber and non-fibrous carbohydrates on ruminal fermentation products and neutral detergent fiber digestibility in goats

Abstract Background: There is a comprehensive understanding of the role of dietary fiber as a nutrient and its function during digestion in cattle. On the other hand, the role of fiber digestion in goats has not received similar attention. Objective: To evaluate the effects of different ratios of forage neutral detergent fiber (fNDF) and non-fibrous carbohydrates (NFC) on ruminal fermentation products, and in vitro neutral detergent fiber (NDF) digestibility in goats. Methods: A 3 × 5 factorial arrangement in a completely randomized design with three fNDF levels (100, 190, and 290 g/kg) and five NFC levels (350, 400, 450, 500, and 550 g/kg) was used. The experiment was performed in vitro. Two ruminally fistulated goats were used as rumen liquid donors. Results: The ratios between fNDF and NFC affected all ruminal parameters (p<0.05). Increasing NFC levels in diets containing 100 and 290 g/kg fNDF resulted in linear increase (p<0.05) in ammonia concentration after 48 h fermentation. There was no adjustment of linear models (p>0.05) for pH values. Total volatile fatty acids (VFA) and their individual molar proportions were affected (p<0.05) at all fNDF and NFC levels. The NDF digestibility was not affected (p>0.05) by fNDF or NFC levels, except for diets containing 290 g/kg fNDF, which were fit to a quadratic model (p<0.05). Conclusion: The relationship between fNDF and NFC concentrations affect the fermentation end products and in vitro NDF digestibility. NFC plays a more consistent role than fNDF in the ruminal microbial ecosystem of goats during in vitro fermentation.

Resumen Antecedentes: Aunque hay una amplia comprensión del papel que juega la fibra dietética como nutriente y su función durante la digestión en el ganado vacuno, el papel de la digestión de la fibra en las cabras no ha recibido una atención similar. Objetivo: Evaluar los efectos de diferentes proporciones de fibra detergente neutra proveniente del forraje (fNDF) y carbohidratos no fibrosos (NFC) sobre los productos de la fermentación ruminal y la digestibilidad in vitro de la fibra detergente neutra (NDF) en cabras. Métodos: Se utilizó un arreglo factorial de 3 × 5, distribuidos en un diseño completamente aleatorizado con tres niveles de fNDF (100, 190 y 290 g/kg) y cinco niveles de NFC (350, 400, 450, 500 y 550 g/kg). El experimento se realizó in vitro. Se utilizaron dos cabras fistuladas en rumen como donantes de líquido ruminal. Resultados: La relacion entre fNDF y NFC afectó todos los parámetros ruminales estudiados (p<0,05). El aumento de los niveles de NFC en dietas con 100 y 290 g/kg de fNDF resultó en aumento lineal (p<0,05) de la concentración de amoníaco después de 48 h de fermentación. No hubo ajuste de modelos lineales (p>0,05) para valores de pH. Los ácidos grasos volátiles totales y sus proporciones molares individuales se afectaron (p<0,05) en todos los niveles de fNDF y NFC. La digestibilidad de NDF no fue afectada (p>0,05) por los niveles de fNDF ni NFC, con excepción de las dietas con 290 g/kg fNDF, que se ajustaron a un modelo cuadrático (p<0,05). Conclusión: La relación entre las concentraciones de fNDF y NFC afecta los productos finales de fermentación y la digestibilidad in vitro de NDF. Los niveles de NFC juegan un papel más consistente que fNDF en el ecosistema microbiano ruminal de la cabra durante la fermentación in vitro.

Resumo Antecedentes: Embora exista um compreensível entendimento do papel que a fibra dietética desempenha como nutriente e sua função durante a digestão em bovinos, o papel da digestão das fibras em caprinos não recebeu atenção semelhante. Objetivo: Avaliar os efeitos de diferentes relações da fibra em detergente neutro advindo de forragem (fNDF) e carboidratos não-fibrosos (NFC) sobre produtos da fermentação ruminal e digestibilidade in vitro da fibra em detergente neutro (NDF) em caprinos. Métodos: Utilizou-se um esquema fatorial de 3 × 5 distribuídos em um delineamento inteiramente casualizado com três níveis de fNDF (100, 190 e 290 g/kg) e cinco níveis de NFC (350, 400, 450, 500 e 550 g/kg). O experimento foi realizado in vitro. Duas cabras fistuladas no rúmen foram utilizadas como doadoras de líquido ruminal. Resultados: As relações entre fNDF e NFC impactaram todos os parâmetros ruminais estudados (p<0,05). O aumento dos níveis de NFC em dietas contendo 100 e 290 g/kg de fNDF resultou em um aumento linear (p<0,05) na concentração de amônia após 48 h de fermentação. Não houve ajuste de modelos lineares (p>0,05) para valores de pH. Os ácidos graxos voláteis totais e suas proporções molares individuais foram afetados (p<0,05) em todos os níveis de fNDF e NFC. A digestibilidade NDF não foi afetada (p>0,05) pelos níveis de fNDF e NFC, com exceção de dietas experimentais contendo 290 g/kg fNDF, que foram ajustadas a um modelo quadrático (p<0,05). Conclusão: A relação entre as concentrações de fNDF e NFC afeta os produtos finais de fermentação e a digestibilidade in vitro de NDF de dietas experimentais. Os níveis de NFC desempenham um papel mais consistente do que o fNDF no ecossistema microbiano ruminal de cabras durante a fermentação in vitro.

Genetic diversity of Piracanjuba populations in fish stocking programs in the Tietê River, Brazil

Abstract Background: Piracanjuba (Brycon orbignyanus) is a fish species highly affected by anthropogenic actions such as overfishing, water pollution, and hydroelectric developments. This species is currently considered in danger of extinction. Objective: To analyze the genetic diversity of a natural population (NP) and two captive broodstocks (SA and SB) of B. orbignyanus. Methods: Samples of caudal fins (NP: 24, SA: 30, and SB: 30) were collected. DNA was extracted and amplified for six RAPD primers and four microsatellite loci. Results: Sixty polymorphic fragments and 17 microsatellite alleles were detected. High intrapopulation heterozygosity (NP: 0.692, SA: 0.724, and SB: 0.686) was observed. Thirty-eight fragments and six alleles were shared among NP, SA, and SB. The FIS and Shannon’s Index of diversity revealed a lack of inbreeding within groups. AMOVA analyses and FST indicated very high (NP vs SA and SB) and small (SA vs SB) genetic differentiation, confirmed by genetic distance and identity, number of migrants and a dendrogram, which revealed the formation of two genetic groups. Conclusions: The two marker types showed similar variability. The groups have adequate genetic variability, with high differentiation between NP and SA-SB, and similarity between broodstocks.

Resumen Antecedentes: Piracanjuba (Brycon orbignyanus) es una especie de pez fuertemente impactada por acciones antrópicas como sobrepesca, contaminación del agua y proyectos hidroeléctricos. Esta especie está considerada en peligro de extinción. Objetivo: Analizar la diversidad genética de una población natural (NP) y de dos lotes de reproductores (SA y SB) de B. orbignyanus en cautiverio. Métodos: Se colectaron 84 muestras de aleta caudal (NP: 24, SA: 30 y SB: 30). El ADN fue extraído y amplificado para seis cebadores RAPD y cuatro loci microsatélites. Resultados: Se obtuvieron 60 fragmentos polimórficos y 17 alelos microsatélites. Se observó alta heterocigosidad intra-poblacional (NP: 0,692; SA: 0,724 y SB: 0,686). Treinta y ocho fragmentos y seis alelos fueron compartidos entre NP, SA y SB. Los valores de FIS e índice de Shannon mostraron ausencia de endogamia entre los grupos. Los análisis de ANOVA y FST indicaron alta (NP vs SA y SB) y pequeña (SA vs SB) diferenciación genética; resultados confirmados por la distancia e identidad genética, número de migrantes y dendograma, evidenciando la formación de dos grupos genéticos. Conclusiones: Los grupos poseen adecuada variabilidad genética, con alta diferenciación entre NP vs SA-SB y similitud entre los lotes de reproductores.

Resumo Antecedentes: Piracanjuba (Brycon orbignyanus) é uma espécie peixe fortemente impactada por ações antrópicas como sobrepesca, poluição e construção de hidrelétricas. Atualmente, essa espécie engloba a lista de peixes que correm perigo de extinção. Objetivo: Analisar a diversidade genética de uma população natural (NP) e de dois estoques de reprodutores em cativeiro (SA e SB) de B. orbignyanus. Métodos: Foram coletadas amostras de nadadeira caudal de 84 indivíduos (NP: 24, SA: 30 e SB: 30). O DNA foi extraido e amplificado para seis primers RAPD e quatro loci microssatélites. Resultados: Foram obtidos 60 fragmentos polimórficos e 17 alelos microssatélites. Foi observada uma alta heterozigosidade intra-populacional (NP: 0,692; SA: 0,724 e SB: 0,686). Trinta e oito fragmentos e seis alelos foram compartilhados entre NP, SA e SB. Os valores de FIS e índice de Shannon demonstraram ausência de endogamia entre os grupos. As análises de AMOVA e FST indicaram alta (NP vs SA e SB) e pequena (SA vs SB) diferenciação genética, resultados confirmados pela distância e identidade genética, número de migrantes e dendrograma, que evidenciaram a formação de dois grupamentos genéticos. Conclusões: Os grupos possuem adequada variabilidade genética, com alta diferenciação entre NP e SA-SB e similaridade entre os estoques de reprodutores.

**Presence of Paragonimus species within secondary crustacean hosts in Bogotá, Colombia**

Abstract Background: Paragonimus spp. are trematode parasites that infect human populations worldwide. It is believed that infection rates within Asia reach five to ten percent of the total population. Three of the largest areas of possible infection are Asia, Central and South America as well as Africa, where the total population at risk is estimated to be 293 million people. Humans are infected via ingestion of raw or undercooked decapod crustaceans. Objective: To identify the presence of Paragonimus spp. in crabs from Bogotá, Colombia. Methods: The native crab Neostrengeria macropa and the aquatic invasive crayfish Procambarus clarkii in Bogotá, Colombia, were collected from local markets, pet stores and waterways and dissected to assess the presence of Paragonimus spp. Results: The native crab species, N. macropa (n=29) had an infection prevalence of 17.2%, while the invasive crayfish species, P. clarkii (n=22), had a prevalence of 36.4% combined from both field captured animals and purchased samples. Conclusion: Although the estimated prevalence is lower compared to previous studies in other cities of Colombia, Paragonimus represent a risk to human health. Several environmental factors may contribute to the difference in prevalence including collecting season, rainfall, temperature, altitude and the El Niño Southern Oscillation.

Resumen Antecedentes: Los Paragonimus spp. constituyen un grupo de parásitos tremátodos que infectan a humanos en todo el mundo. Se considera que entre 5 y 10% de la población humana de Asia está infectada. Las áreas con mayor posibilidad de infección son Asia, Centro y Sur América, así como África. Se estima que 293 millones de personas están en riesgo de infección. Los humanos se pueden infectar al consumir crustáceos decápodos crudos. Objetivo: Identificar la presencia de Paragonimus spp. en crustáceos en Bogotá, Colombia. Métodos: Una muestra de cangrejos nativos Neostrengeria macropa y de decápodos invasores Procambarus clarkii fue colectada tanto en mercados locales de Bogotá, como en tiendas de mascotas, ríos, y quebradas. Posteriromente fueron diseccionados para detectar la presencia de Paragonimus spp. Resultados: La prevalencia de la infección en N. macropa (n=29) fue de 17,2%, y en la especie invasora, P. clarkii (n=22), fue de 36,4% (porcentaje combinado de los animales colectados en el campo y los comprados en tiendas). Conclusión: Aunque la prevalencia en este estudio fue más baja que la de otras investigaciones relacionadas, se considera que existe riesgo para la salud humana. Es probable que algunos factores medio ambientales hayan contribuido a la diferencia, incluyendo: temporada de colecta, nivel de lluvias, temperatura, altura, y el fenómeno El Niño.