Biomédica

El abordaje integral de las enfermedades tropicales desatendidas en América Latina y el Caribe: un imperativo ético para alcanzar la justicia y la equidad social

**Left-sided infective endocarditis caused by Pseudomonas aeruginosa treated medically**

La endocarditis infecciosa por Pseudomonas aeruginosa es una entidad poco frecuente, de difícil diagnóstico y alta mortalidad. Se presenta a continuación el caso de un hombre de 51 años, sin antecedentes de uso de drogas intravenosas ni enfermedad valvular, con antecedentes de colecistectomía en el mes anterior, quien se presentó a urgencias con un cuadro febril asociado a síntomas gastrointestinales, y, posteriormente mostró signos de embolismo a distancia, hemocultivos positivos para P. aeruginosa y desarrollo de múltiples complicaciones propias de la enfermedad. La presentación clínica de la endocarditis infecciosa es inespecífica, lo cual genera diagnósticos tardíos que impiden la instauración de un tratamiento precoz y eficaz, como el reemplazo valvular, indicado en endocarditis por hongos o por gérmenes como P. aeruginosa. Este caso es fortuito por su resolución solamente con tratamiento médico combinado, con amikacina y meropenem, ya que tuvo varias complicaciones que contraindicaron el manejo quirúrgico.

Infective endocarditis due to Pseudomonas aeruginosa is a rare clinical condition, difficult to diagnose and associated with high mortality. Herein we present a case of a 51 years old male without history of intravenous drug use or valvular disease, with past medical history of cholecystectomy in the previous month, who presented to the emergency department with fever, gastrointestinal symptoms, and subsequent signs of distant embolization, positive blood cultures for P. aeruginosa and development of multiple complications of the disease. The clinical presentation of infective endocarditis is nonspecific, leading to delayed diagnosis, and preventing early and effective treatment. Valvular replacement is indicated in fungal or P. aeruginosa endocarditis. This case is notable because of the resolution with amikacin combined with meropenem, in a patient with several complications that contraindicated surgery.

Bioinformatics in Colombia: state of the art and perspectives

La bioinformática, como la conocemos hoy en día, es una de las ciencias con mayor proyección en la adquisición de conocimiento científico. Contrario a lo que se piensa, esta ciencia tuvo sus inicios en los años 50, pero no fue sino hasta hace un par de décadas cuando tuvo su verdadero auge con la creación de las primeras bases de datos y el desarrollo de algoritmos computacionales diseñados para el análisis de secuencia. El desarrollo científico y tecnológico alcanzado a nivel mundial, constantemente nos lleva a evaluar las posibilidades de transferencia de esos logros a nuestra sociedad científica. En este punto, la bioinformática se ha sumado a la larga lista de retrasos científicos de los cuales padece constantemente nuestra sociedad. No obstante, las nuevas proyecciones y políticas de investigación y desarrollo logradas recientemente en nuestro país, han abierto definitivamente el camino para la aplicación y desarrollo de la bioinformática, la cual durante años ha sido mantenida tímidamente como objeto de estudio por pocos grupos de investigación de nuestro país. Una vez fueron propuestos los actuales modelos de sostenimiento y desarrollo con base biotecnológica, se ha dado un salto generacional en la investigación computacional en Colombia y nuestros objetivos científicos, aunque a largo plazo, están trazados al mismo nivel de países como Chile, Argentina, Brasil y México, que son los referentes inmediatos para la región. En este breve ensayo queremos resaltar la situación actual en la investigación bioinformática llevada a cabo en nuestro país, así como también, plantear las perspectivas que se esperan para esta ciencia de gran impacto a nivel mundial.

Bioinformatics emerged about 50 years ago, but it was developed greatly during the early 1980s by robust databases such as GenBank, EMBL, and DNA Database of Japan (DDBJ). Bioinformatic routines were rapidly adapted once the main algorithms for sequence analysis became available worldwide. As in other science fields, bioinformatics had minimal impact in low-income countries of Latin America until the last decade. We revised the bioinformatics state of art in Colombia and found a few bioinformatics groups carrying out basic computational biology research. Nowadays, bioinformatics in Colombia has a hopeful scenario thanks to recent science policies adopted by the Colombian Government. Such policies have been adopted in order to establish a new model of sustainable scientific research. In this brief report we revise the bioinformatics state of the art in Colombia. Finally, we conclude with some considerations for the proposed science model and we describe different perspectives of interest for the Colombian scientific community.

Malaria and social health determinants: a new heuristic framework from the perspective of Latin American social medicine

Tradicionalmente, la investigación y el estudio de la malaria se han hecho bajo el paradigma positivista de la ciencia y su concepción biomédica de la enfermedad. Desde esta perspectiva se han diseñado las diversas acciones y estrategias para contrarrestarla. Sin embargo, a pesar de un siglo de experiencia científica, y de la profundidad y minuciosidad logradas en el campo de conocimiento de malaria, esto no se ha traducido en una disminución constante y progresiva de su carga epidemiológica. Este ensayo plantea la necesidad de un cambio en la concepción de la malaria, configurándola como un proceso de carácter biológico y social, en el cual las posibilidades genotípicas y fenotípicas de la relación entre huésped y parásito y de la expresión clínica de la enfermedad, se articulen a las dinámicas históricas y sociales de los espacios donde se presentan. Además, se propone replantear la investigación epidemiológica de esta entidad tomando como base la visualización del carácter dinámico, heterogéneo, dialéctico y complejo de las organizaciones biosociales que constituyen la realidad de la malaria, desde la estructura social hasta el nivel genético y fenotípico de los individuos parasitarios, vectoriales y humanos. Para esto se sugiere: 1) asumir el enfoque latinoamericano de factores determinantes sociales de la salud, 2) incorporar nuevas categorías analíticas (por ejemplo, territorio social de la malaria) y nuevas herramientas de investigación (matrices de procesos críticos de la determinación social), y 3) reinterpretar las categorías epidemiológicas convencionales de las enfermedades infecciosas, como la transmisión y la contagiosidad.

Traditionally, malaria research and study have followed the positivist scientific paradigm and its biomedical conception of disease. From this perspective, diverse control actions and strategies have been designed. However, despite a century of scientific experience and the depth and thoroughness achieved in the knowledge of malaria, this has not been translated into a constant and progressive decrease of its epidemiological burden. This essay argues for the need for a change in malaria conception, reconfiguring it as a process of biological and social character, where the geno-phenotypical possibilities of the host-parasite relationship and of the diseases clinical expression are articulated with the historic and social dynamics of the spaces in which they occur. In addition, it proposes rethinking the epidemiological research of this entity on the basis of the visualization of the dynamic, heterogeneous, dialectic and complex character of biosocial organizations that constitute the reality of malaria (from the social structure to the genetic and phenotypic level of parasite individuals, vectors and humans). To achieve this, it is suggested that: 1) the Latin American perspective on the social determinants of health be adopted; 2) new analytical categories (for instance, malaria social territory) and new investigation tools (matrices of critical processes of social determination) be incorporated, and 3) the conventional epidemiological categories of infectious diseases such as the transmission and infectiousness be reinterpreted.

A view of clinical engineering from scientific publications

El objetivo de este trabajo es hacer una caracterización del estado de la ingeniería clínica desde las publicaciones científicas. En primer lugar, se exponen brevemente los factores más significativos que influyen en el cambio y en la evolución de los sistemas sanitarios. Luego, se define el concepto de ingeniería clínica, sus funciones fundamentales y su evolución dentro del desarrollo de los sistemas sanitarios. Finalmente, se expone el estado de la especialidad, dando una mirada desde las publicaciones científicas. Se puede observar una aparente falta de interés en la comunidad de ingenieros por publicar trabajos de investigación científica. Esto se puede constatar por la franca tendencia al decrecimiento del número de citaciones y el número de publicaciones (en volumen o en cantidad) en las principales revistas del gremio científico. Finalmente, se exponen, a criterio del autor, los retos actuales y los futuros desarrollos que tiene que enfrentar la especialidad para poder posicionarse en el mundo de las publicaciones.

The aim of this paper was to characterize clinical engineering from the perspective of scientific publications. First of all, the most significant factors that influence the change in health systems are briefly exposed. Then, clinical engineering is defined and its main functions and evolution within the development of the health system is explained. Finally, the author describes the state of the field from the viewpoint of the scientific publications; an apparent lack of interest in the engineering community to publish scientific research was observed. This behavior can be seen in the clear declining tendency in the number of citations and the number of publications (in volume or quantity) in major scientific journals in the field. Finally, current challenges and future developments must be addressed to accomplish a better positioning of the specialty in the publishing world.

Genetic characterization of the interleukin 1 b polymorphisms -511, -31 y +3954 in a Colombian population with dyspepsia

Introducción. Varios estudios sugieren que algunos polimorfismos del gen de la interleucina-1β humana (IL-1β), como -511, -31 y +3954, están asociados al cáncer gástrico, debido al efecto inhibidor que esta citocina tiene sobre la secreción ácida del estómago, lo cual facilita la colonización e infección por agentes como Helicobacter pylori, así como la génesis de estados preneoplásicos que pueden conducir al desarrollo de cáncer. Objetivo. Genotipificar los polimorfismos +3954,-511 y -31 de la IL-1β y establecer sus frecuencias en una población de pacientes con diferente sintomatología gástrica. Materiales y métodos. Se analizaron 111 biopsias del antro gástrico obtenidas de pacientes con sintomatología de alguna alteración gástrica. La detección de H. pylori en las muestras se realizó mediante PCR empleando iniciadores específicos para cada región y la genotipificación de las regiones polimórficas de la IL-1β se realizó por RFLP empleando las enzimas Aval, Alul y Taql para -511, -31 y +3954, respectivamente. Resultados. Se detectó H. pylori en 59,5% de las biopsias gástricas, mientras que el estudio histopatológico reveló que 82,9% de los pacientes padecía alguna enfermedad. La caracterización de las regiones polimórficas del gen de la IL-1β, seguida de la tipificación por RFLP, permitió evidenciar los tres posibles genotipos de cada uno de los polimorfismos en la población. En los pacientes infectados por H. pylori se encontró con mayor frecuencia (28,6%) el genotipo CC en la región polimórfica -31. Conclusión. No se encontraron diferencias significativas en los genotipos de los individuos infectados y los no infectados por H. pylori, a excepción del genotipo CC en la región polimórfica -31, el cual se encontró con mayor frecuencia en los pacientes con enfermedades benignas.

Introduction. The human interleukin-1b gen (IL-1 b) polymorphisms such as -511, -31 and +3954 have been associated with the presence of gastric cancer, due to the inhibitor effect that this protein has on acid secretion in the stomach. Thisfacility can enhance the colonization and infection by agents like Helicobactor. pylori and the genesis of preneoplastic states that can lead to cancer development. Objective. Three polymorphisms of IL-1β (+3954, -511 and -31) will be genetically characterized and their frequencies established in a population of patients with gastric symptoms. Materials and methods. Gastric antrum biopsies were obtained from 111 patients that showed signs of gastric disorder. A PCR was done to detect the H. pylori presence; a PCR using designed primers for specific regions was done to define the three polymorphic regions of IL-1β, and a RFLP was carried out using Aval, Alul and TaqI for the position -511, -231 and +3954 for each case. Results.Helicobacter pylori was detected in 59.5% of the evaluated gastric while the histopathology study revealed that 82.9% of patients had some pathology. Characterization of polymorphic regions of IL-1β gen were joined to RFLP typing evidenced that all descfribed genotypes were present in the study population. However, patients with benign pathologies infected with H. pylori had a high frequency of the CC genotype (28.6%) in the -31 polymorphic regions. Conclusion. No significant differences were found between the genotype frequenciess of the H. pylori-infected and the non-infected populations with one exception. The CC genotype in the -31 polymorphic region was associated with benign pathologies.

**Genetic differentiation of three Colombian populations of Triatoma dimidiata (Heteroptera: Reduviidae) by ND4 mitochondrial gene molecular analysis**

Introducción. Triatoma dimidiata es el segundo vector más importante de la enfermedad de Chagas en Colombia, después de Rhodnius prolixus. El conocimiento de la composición genética y la diferenciación de poblaciones es fundamental para el adecuado diseño e implementación de estrategias de control y vigilancia vectorial. Objetivo. Determinar el nivel de variabilidad y diferenciación genética en tres poblaciones colombianas de T. dimidiata provenientes de distintas localidades y hábitats, mediante el análisis molecular de un fragmento del gen mitocondrial ND4. Materiales y métodos. Se analizó el nivel de polimorfismo y la estructura genética de dos poblaciones silvestres de los departamentos de La Guajira (n=10) y Santander (n=10), y de una población intradomiciliaria (n=15) y peridomiciliaria (n=5) del Cesar. Para tal fin, se analizaron las secuencias de nucleótidos de un fragmento del gen mitocondrial ND4. Resultados. T. dimidiata en Colombia demostró tener gran diversidad genética, tanto a nivel de nucleótidos (π: 0,034) como de haplotipo (Hd: 0,863), además de una significativa estructuración de población (fST: 0,761) con un bajo número de migrantes (Nm: 0,157). Las distancias genéticas y las diferencias en los niveles de variabilidad genética entre las tres poblaciones fueron coherentes con una posible subdivisión de población. Conclusión. Este trabajo demostró diferenciación genética entre las poblaciones de T. dimidiata de La Guajira, Cesar y Santander. Se sugiere una posible relación entre tal subdivisión y algunas características eco-epidemiológicas que posee T. dimidiata en el centro-oriente y en el norte de Colombia. Finalmente, este trabajo describe, por primera vez, la utilidad del ND4 como un marcador molecular para el estudio de poblaciones naturales de T. dimidiata.

Introduction. Triatoma dimidiata is the second most important vector of Chagas disease in Colombia after Rhodnius prolixus. Population genetic studies are essential for the adequate design and implementation of vector control and surveillance strategies. Objective. The level of genetic variability and population differentiation was surveyed among three Colombian populations of T. dimidiata from different geographic locations and ecotopes, using ND4 mitochondrial gene. Materials and methods. Genetic comparison was made between two wild populations from La Guajira (n=10) and Santander (n=10) provinces, and one intra (n=15) and one peridomiciliary (n=5) population from the Cesar province. The polymorphism frequencies of the ND4 mitochondrial gene sequence were analyzed to deduce population structure based on the 40 samples. Results. Colombian T. dimidiata showed a high nucleotide (π: 0.034) and haplotype diversity (Hd: 0.863), as well as significant population subdivision (fST: 0.761) and a low migration rate (Nm: 0.157). Genetic distances and variability differences among populations indicate distinct population subdivision amongst the three provinces. Conclusion. ND4 proved useful in elucidating the significant genetic differentiation that has occurred among T. dimidiata populations from La Guajira, Cesar and Santander. The analysis suggested a relationship between population subdivision and some eco-epidemiological attributes of this vector from the central eastern and northwestern regions of Colombia.

Tungiasis in native Amerindians in Vaupés province: epidemiology, clinical aspects, treatment, and prevention

Introducción. La tungiasis, o infestación cutánea por la pulga Tunga penetrans, ocurre en comunidades muy pobres. Objetivo. Presentar la entidad en indígenas del Vaupés. Métodos. En primer lugar, se revisó el tema. Luego, se describió el área y la vivienda de los pacientes afectados; se detectaron los animales infestados con la zoonosis. Se iIustró el aspecto clínico y sus complicaciones y, posteriormente, se trataron los pacientes con creolina. Se logró hacer modificaciones en el piso de las malocas de dos comunidades, con humedad y arcilla, y se impartió educación a la comunidad sobre esta parasitosis. Resultados. El 95% de los 33.000 habitantes del Vaupés son indígenas. Algunos moran en viviendas de piso arenoso, seco, con detritos alimenticios y perros con tungiasis. Entre 1996 y 2007 confirmamos 942 casos del parasitismo. De los indígenas estudiados, 3 a 8 de cada 1.000 y 62% de los perros, presentaban tungiasis. Los pies se vieron afectados en 98% de los pacientes. Se presentaron casos graves con más de 20 lesiones, en niños y ancianos. Como complicaciones, se presentaron: infección secundaria, dolor, anoniquia, deformación y amputación de los dedos de los pies e imposibilidad para la marcha. Hubo sepsis mortal en tres pacientes. No se presentaron casos de tétanos. Los baños con creolina y la extracción del parásito fueron curativos, en hombres y animales. La modificación de los pisos redujo a cero la enfermedad en una comunidad. Conclusiones. La enfermedad es intradomiciliaria. El piso de la vivienda y la convivencia con perros infestados son ideales para adquirirla. La creolina, la humectación del piso y el cubrirlo con arcilla controlaron un foco de la enfermedad, actividad que podría generalizarse. Ésta es la primera investigación colombiana sobre la tungiasis, entidad conocida en Colombia desde que afectó a los soldados de Gonzalo Jiménez de Quesada, fundador de Santafé de Bogotá en 1538.

Introduction. Tungiasis, the skin infestation with the flea Tunga penetrans, occurs in poor communities. Objective. To present a study of this condition among native Amerindians from Vaupés (Colombia). Methods. After reviewing this topic, we present a description of the geographic area and the housing of the affected subjects; animal carriers infected with this zoonosis were also detected. We illustrate the clinical aspects and complications. Patients were treated with creolin (liquid cresol). We modified the floor of malocas in two communities using wet clay, and we educated the community on this parasite. Results. About 95% of the 33,000 inhabitants of Vaupés are native Amerindians. Some households have dry sandy floors, where food leftovers attract dogs infested with tungiasis. From 1996 to 2007 we confirmed 942 human cases of this parasitic disease. Among the native communities, 3 to 8 per 1,000 persons and 62% of the dogs have tungiasis. Feet were affected in 98% of the patients. Severe cases, with more than 20 lesions, occurred among children and the elderly. Complications included secondary infections, pain, anonychia (loss of toenails), toe deformities, amputation of toes and walking problems. Three patients died as a result of sepsis originating from toe infections. Topic use of liquid creolin and extraction of the parasite cured the problem in humans and dogs. Floor modifications eradicated the problem in one community. Conclusions. Tungiasis is an intradomiciliary disease. Favorable conditions for infestations include dry sandy floors and infected dogs. Treatment of the floors with creolin and wet clay resulted in control of one focus of the disease; this method could be applied more widely. This is the first known research study on tungiasis in Colombia, a disease that affected the soldiers of the Spanish Conquistador Gonzalo Jiménez de Quesada in the 1500s.

Active search and assessment of cardiovascular risk factors in young adults, Cartagena de Indias, 2007

Introducción. Algunos estudios de gran alcance sugieren que los individuos con alto riesgo cardiovascular en la mediana edad pueden ser identificados por una mayor presencia de factores de riesgo en edades tempranas. Objetivos. Estimar la prevalencia y la agrupación de factores de riesgo biológicos y de comportamiento de enfermedad cardiovascular en adultos jóvenes en un barrio de Cartagena de Indias. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio descriptivo de corte transversal en 207 personas de 20 a 44 años, con aplicación de entrevistas, mediciones antropométricas y tomas de muestras sanguíneas para evaluar la glucemia y el perfil lipídico. Resultados. El 80% (IC95% 73,6-86,4) presentó historia familiar de enfermedades cardiovasculares. Se halló una prevalencia de 37% (IC95% 30,4-43,6) para factores de riesgo conductuales, como la inactividad física, y de 66% (IC95% 59,5-72,5) para el consumo de dieta aterogénica. El consumo de alcohol y tabaco fue significativamente mayor en los varones. La prevalencia de factores de riesgo biológicos fue de 42% (IC95% 35,3-48,7) para cHDL (high-density lipid cholesterol) bajo, de 39% (IC95% 32,4-45,6) para hipertrigliceridemia, de 34% (IC95% 27,5-40,5) para cLDL (low density lipid cholesterol) elevado y de 21% (IC95% 15,5-26,5) para síndrome metabólico. Se observó presencia de tres o más factores de riesgo biológico en el 30% (IC95% 23,8-36,2); de uno o dos, en el 54% (IC95% 47,2-60,8), y el 16% (IC95 % 11,0-21,0) de los participantes no presentó ninguno de ellos. Conclusión. La alta prevalencia de factores de riesgo cardiovascular en adultos jóvenes subraya la importancia de las políticas encaminadas a reducirlos mediante estrategias de prevención.

Introduction. Extensive clinical and statistical studies suggest that individuals with high overall cardiovascular risk in midlife can be identified by their relatively higher values of risk factors at younger ages. Objectives. To estimate the prevalence and clustering of recognized biological and behavioral cardiovascular disease risk factors among young adults in a neighborhood in Cartagena de Indias. Methods. A cross-sectional descriptive study was performed. A sample of 207 young adults were interviewed in order to obtain information regarding their anthropometric and behavioral characteristics. Each individuals standardized glucaemia and serum lipids were measured. Results. In 80 % (95%CI: 73.6-86.4) family history of cardiovascular disease was present; 37% (95%CI: 30.4-43.6) had behavioral risk factors including physical inactivity, and in 66% (95%CI: 59.5-72.5) atherogenic diet. Alcohol and tobacco consumption were significantly higher in males. Biological risk factor prevalence was 42% (35.3-48.7) for low cHDL, 39% (IC95%: 32.4-45.6) for hypertriglyceridemia, 34% (IC95%: 27.5-40.5), high cLDL, and 21% (IC95%: 15.5-26.5) for metabolic syndrome. The presence of three or more biological risk factors occurred in 30% (IC95%: 23.8-36.2); one or two in 54% (IC95%: 47.2-60.8), and 16% (IC95%: 11.0-21.0) of the participants presented no risk factors. Conclusion. The high prevalence of cardiovascular risk factors in young adults underscores the importance of policies aimed at reducing these factors by prevention strategies.

Isovaleramide, an anticonvulsant molecule isolated from Valeriana pavonii

Introducción. El fraccionamiento fitoquímico de Valeriana pavonii, especie vegetal nativa utilizada tradicionalmente en Colombia con fines tranquilizantes, condujo al aislamiento e identificación de la isovaleramida, uno de los principios responsables de su actividad sobre el sistema nervioso central como anticonvulsivo. Objetivo. Reportar la identificación de la isovaleramida, metabolito de V. pavonii activo sobre el sistema nervioso central. Materiales y métodos. La purificación de la isovaleramida se realizó mediante técnicas cromatográficas. Su estrucutra se determinó por experimentos de resonancia magnética y espectrometría de masas. Se emplearon las pruebas de convulsión máxima inducida eléctricamente en ratones como ensayo farmacológico in vivo y el ensayo in vitro de unión al sitio de las benzodiacepinas sobre el receptor GABA-A. Resultados. En el modelo de convulsión máxima inducida eléctricamente en ratones, la isovaleramida, aislada de la fracción más activa de V. pavonii, confirió un índice de protección de 90% en una dosis de 100 mg/kg, por vía oral, comparable al agente de referencia utilizado: fenitoína sódica (20 mg/kg, por vía oral, 100%) y superior al control (vehículo, 20%). En el ensayo in vitro, la isovaleramida presentó un 42% de inhibición del sitio de unión de flunitracepam con tritio. Conclusión. La isovaleramida es uno de los principios activos anticonvulsivos de V. pavonii, por primera vez reportado en esta especie. Estos resultados dan soporte al uso tradicional de V. pavonii y a su interés como fuente de principios útiles en terapéutica.

Introduction. Fractioning of an extract of Valeriana pavonii, a native species used in Colombian folk medicine as tranquilizer, led to the isolation and identification of isovaleramide, one of the active constituents responsible for its central nervous system activity as anticonvulsant. Objective. Description of the isolation and identification of isovaleramide, an active principle on central nervous system from Valeriana pavonii. Materials and methods. The purification of isovaleramide was carried out by chromatographic techniques. Its structural elucidation was determined by nuclear magnetic resonance and mass spectrometry. Maximal electroshock seizure was used as in vivo pharmacological test, additionally in vitro GABA-A/BDZ-binding site studies were performed. Results. Isovaleramide was isolated from the most active fraction of Valeriana pavonii. This compound, at 100 mg/Kg, p.o, evidenced a 90% index protection against the maximal electroshock seizure in mice (MES), comparable to the reference agent: sodium phenytoin (20 mg/kg, p.o, 100%). In the in vitro assay, isovaleramide (300 µM) exhibited a 42% of inhibition of the binding of ³H-FNZ to its sites. Conclusion. Isovaleramide is one of the active anticonvulsant constituents of Valeriana pavonii, for the first time reported in this species. These results support the traditional use of Valeriana pavonii and its interest as a therapeutic source.

**Variation in the number of EPIYA-C repeats in CagA protein from Colombian Helicobacter pylori strains and its ability middle to induce hummingbird phenotype in gastric epithelial cells**

Introduction. Studies using Western Helicobacter pylori strains have shown that a risk factor for gastric cancer is the number of EPIYA-C motifs in the cytotoxin-associated A protein. CagA is delivered into epithelial cells, where it becomes tyrosine phosphorylated in their EPIYA repeats and induces cytoskeleton rearrangements. Objectives. The objective of this study was to evaluate H. pylori cagA positive strains isolated from Colombian patients with gastroduodenal diseases for the number of EPIYA-C repeats in cagA and their ability to induce cytoskeleton rearrangements in epithelial cells. Materials and methods. We analyzed the 3´ EPIYA repeats region of cagA by PCR in 93 H. pylori cagA positive strains from 49 patients with gastritis, 17 with gastric cancer, and 24 with duodenal ulcer. AGS cells exposed to the various H. pylori isolates were evaluated for rearrangements in their cytoskeleton. Results. Strains with one EPIYA-C were the most frequent in gastritis and duodenal ulcer patients. Strains with three EPIYA-C were mainly found in gastric cancer. We found a significantly higher risk of gastric cancer for individuals infected with strains harboring three EPIYA-C motifs (OR=12.4, CI95%: 2.32-66.3). Strains from gastric cancer showed significantly higher percentages of induction of cytoskeleton rearrangements in comparison with those from gastritis (p Mann-Whitney<0.005). Conclusions. H. pylori strains with three EPIYA-C repeats can confer an increased risk of cancer to infected individuals.

Introducción. En los aislamientos de Helicobacter pylori del hemisferio occidental, se ha observado que el número de repeticiones EPIYA-C en la proteína CagA es un factor de riesgo para cáncer gástrico. La proteína CagA es introducida en la célula epitelial y, posteriormente, es fosforilada en las tirosinas presentes en los motivos EPIYA e induce rearreglos en el citoesqueleto. Objetivos. Nuestro propósito fue evaluar el número de repeticiones EPIYA-C y la habilidad para inducir rearreglos en el citoesqueleto en los aislamientos de H. pylori positivos para cagA, provenientes de pacientes colombianos con enfermedad gastroduodenal. Materiales y métodos. Mediante PCR, se analizó la región 3´ que contiene las repeticiones EPIYA-C, en 93 aislamientos de H. pylori positivos para cagA provenientes de 49 pacientes con gastritis, 17 con cáncer gástrico y 24 con úlcera duodenal. Los rearreglos del citoesqueleto se evaluaron mediante cultivos simultáneos de células AGS con las cepas de H. pylori. Resultados. En gastritis y úlcera duodenal se observó la mayor frecuencia de aislamientos con EPIYA C; los aislamientos con tres repeticiones EPIYA-C se encontraron con mayor frecuencia en cáncer gástrico. Encontramos un riesgo de cáncer gástrico significativamente mayor para individuos infectados con cepas con tres repeticiones EPIYA-C (OR=12,4; IC95% 2,32-66,3). Los aislamientos provenientes de cáncer gástrico mostraron mayores porcentajes de inducción de rearreglos en el citoesqueleto que los observados con aislamientos provenientes de gastritis (prueba de Mann-Whitney menor de 0,005). Conclusiones. La infección con cepas de H. pylori con tres repeticiones EPIYA-C puede conferir un mayor riesgo de desarrollar cáncer gástrico.

**Homocysteine levels and polymorphisms of MTHFR and CBS genes in Colombian patients with superficial and deep venous thrombosis**

Introducción. Se produce trombosis cuando en el sistema hemostático se desequilibran los mecanismos procoagulantes, anticoagulantes y fibrinolíticos, y se forman coágulos dentro de los vasos sanguíneos. Los factores de riesgo para el desarrollo de esta enfermedad pueden ser adquiridos o genéticos, polimorfismos o mutaciones en genes que conducen a hiperhomocisteinemia o que están comprometidos en las vías de coagulación. Objetivos. Analizar, en una población colombiana con diagnóstico de trombosis venosa el perfil lipídico, los niveles de glucosa y homocisteína, y calcular las frecuencias alélicas y genotípicas de los polimorfismos c.677C>T del gen de la metilen-tetra-hidrofolato reductasa (MTHFR) y c. 699C>T, c.1080 C>T, c.844ins68 del gen de la cistationina betasintasa (CBS). Materiales y métodos. Se estudiaron 33 pacientes con sus respectivos controles. Las pruebas bioquímicas se realizaron por métodos colorimétricos y de inmunoensayo. Se utilizó la técnica de fragmentos de longitud polimórfica para la identificación de los polimorfismos mencionados. El estudio de asociación se hizo mediante la prueba de de ji al cuadrado. Resultados. Se confirmó el papel de algunos factores de riesgo ya establecidos para el desarrollo de enfermedad trombótica venosa y se encontró un efecto protector del polimorfismo CBS c.699C>T para el riesgo de hipercolesterolemia con diferencia estadísticamente significativa en el grupo de los casos al compararlo con los controles. Por otra parte, se encontró una tendencia estadística que podría indicar un efecto protector del polimorfismo 844ins68 para el desarrollo de enfermedad trombótica venosa. Conclusiones. No se encontraron diferencias estadísticamente significativas en los niveles de homocisteína entre el grupo de casos y de controles. Sin embargo, la variabilidad en las concentraciones plasmáticas fue mayor en los casos.

Introduction. Thrombosis develops when the hemostatic system is incorrectly activated due to the unbalance between procoagulant, anticoagulant and fibrinolytic mechanisms allowing the formation of a clot within a blood vessel. The risk factors of this pathology can be acquired or can be genetic. Objectives. To analyze in a Colombian population with diagnosis of venous thrombosis, lipid profile, glucose and homocystein levels, to calculate the alleles and genotypic frequencies of polymorphisms c.699 C>T, c.1080 C>T, c.844ins68 of the cystathionine ß synthase and the c.677 C>T of the methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) genes. Materials and methods. Thirty three patients and their controls were studied. The biochemical test was carried out by colorimetric methods and immunoassay. In this survey we used the restriction fragments longitude polymorphism (RLFP) technique to identify the polymorphisms mentioned. The association study was performed through the chi square test. Results. We confirmed that gene alterations increase risk for pathology; we found statistically significant differences in the group with hypercholesterolemia in presence of the polymorphism c.699 C>T in the CBS gene, showing a protective effect in the individuals carrying this genetic variation. Likewise, we found a statistical trend for an eventual protective effect of the CBS c.844ins68 polymorphism to venous thrombotic disease. Conclusions. There were not any statistically significant differences in homocystein levels between cases and controls; nevertheless, the variability in the plasma concentrations was greater in the group of cases.

**Evaluation of a rapid water-surface sweeping method to accurately estimate numbers of Aedes aegypti (Diptera: Culicidae) late larval stages in large water-storage containers: comparison with pupal estimates**

Introduction. Since the methodologies used to calculate Stegomyia indices have been shown to be inadequate for assessing the risk of dengue virus transmission and targeting Aedes aegypti control strategies, new surveillance methods are needed. Objective. To evaluate the water-surface sweeping method in combination with calibration factors to estimate the total number of Ae. aegypti late larval stages (L3/L4) in large water-storage containers at different temperatures at which transmission of dengue virus occurs. Materials and methods. Calibration factors were derived based on the proportion of L3/L4 recovered from a predetermined number of larvae using a net of specific dimensions and water-storage containers of different capacities and water levels in semi-field conditions and at four different altitudes (14, 358, 998 and 1,630 meters above sea level). The calibration factors obtained at 14 masl were then fully validated in a field study site at this altitude. Results. Four calibration factors were derived at 14 masl (28-30°C) that were used to estimate the total L3/L4 numbers in large water storage containers greater than 20 L (n=478) at 1/3, 2/3 and full water-levels. This methodology was accurate and robust within and between the 10 pairs of field workers who applied it. Different calibration factors were, however, derived to accurately estimate the total L3/L4 numbers at each of the study sites located at 358, 998 and 1,630 masl, where average temperatures were 19°C, 24°C, and 26°C respectively. Conclusions. The accurate estimates of L3/L4 numbers calculated using the water surface sweeping method can be useful for evaluating intervention strategies directed against the larval stages.

Introducción. Las metodologías usadas para calcular los índices de Stegomyia son inadecuadas para evaluar el riesgo de transmisión del virus del dengue y, tampoco, permiten enfocar estrategias de control de Aedes aegypti, por lo cual se requiere desarrollar nuevos métodos para la vigilancia. Objetivo. Evaluar el método de barrido del agua superficial combinado con factores de calibración para estimar el número total estadios larvarios tardíos (L3/L4) de Ae. aegypti en depósitos de grandes capacidades a diferentes temperaturas de transmisión del virus del dengue. Materiales y métodos. Los factores de calibración se derivaron de la proporción de L3/L4 recolectadas con una malla de dimensiones específicas y a partir de un número conocido de larvas, en depósitos de diferentes capacidades y niveles de agua, en condiciones de campo simuladas y a cuatro altitudes diferentes (14, 358, 998 y 1.630 metros sobre el nivel del mar). Los factores de calibración obtenidos a 14 msnm fueron plenamente validados en el campo a esa altitud. Resultados. Se derivaron cuatro factores de calibración a 14 msnm (28°C-30°C) los cuales se emplearon para estimar el número total de L3/L4 en depósitos con capacidades mayores a 20 L (n=478) y a niveles de agua de un tercio, dos tercios y lleno. Esta metodología fue precisa y sólida en los 10 pares de trabajadores que aplicaron el método y entre ellos. Sin embargo, diferentes factores de calibración fueron derivados para estimar con precisión los números totales de L3/L4 en cada uno de los sitios de estudio localizados a 358, 998 y 1.630 msnm, donde las temperaturas promedio fueron de 19°C, 24°C y 26°C, respectivamente. Conclusión. La estimación precisa del número total de L3/L4 usando el barrido descrito permite proponer el uso de este método para evaluar estrategias de control dirigido a contra estados larvarios.

Standardization of a method for concentration and detection of enteric viruses from drinking water

Introducción. Los virus entéricos se han visto implicados en brotes de enfermedad diarreica aguda, enfermedades transmitidas por alimentos, hepatitis A y meningitis aséptica, en los que el vehículo de transmisión del agente ha sido el agua. Objetivo. Estandarizar un método de concentración para la detección de virus entéricos en aguas de consumo. Materiales y métodos. Se concentraron 20 litros de agua a un volumen de 6 ml mediante filtración y ultrafiltración tangencial. Como controles positivos se prepararon soluciones de 20 litros a concentraciones virales de 1, 10, 50 y 100 TCID50 (Tissue Culture Infectious Dose 50%) de Poliovirus Sabin de tipo 1. Las partículas virales fueron recuperadas por cultivo en células sensibles a la infección e identificadas por amplificación del genoma viral mediante reacción en cadena de la polimerasa, siguiendo los estándares internacionales de los Centers for Disease Control and Prevention (CDC) de Atlanta. Resultados. Todos los controles positivos causaron efecto citopático en células de rabdomiosarcoma y L20B y fueron detectados por RT- PCR (Real Time- PCR) convencional, directamente de las muestras. Los controles negativos no mostraron efecto citopático ni amplificación viral por RT-PCR. Conclusiones. La ultrafiltración tangencial mostró ser un método rápido y eficaz al recuperar virus desde una TCID50, además de ser reproducible y sencillo. Tiene la ventaja de permitir la detección de su capacidad de contagiosidad viral por el cultivo celular, y la identificación por RT-PCR.

Introduction. Enteric viruses have been implicated in acute diarrheal disease, food-borne disease, hepatitis A and meningitis outbreaks, in which water was the vehicle of transmission. Objective. A concentration method was standardized for the detection of enteric viruses in drinking water. Materials and methods. Twenty liters of water were concentrated to 6 ml by filtration and tangential ultrafiltration. Viral solutions of 20 L each were prepared at 1, 10, 50 and 100 TCID50 of Sabin poliovirus type 1 as positive controls. Viral particles were recovered by tissue culture and detected by conventional polymerase chain reaction (PCR), according to the international standards recommended by the Enterovirus Laboratory at the Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, GA. Results. All positive controls showed cytopathic effect on L20B and RD cells and were amplified by conventional PCR directly from samples. Negative controls did not show any amplification or viral cytopathic effect. Conclusions. Tangential ultrafiltration for concentrating viruses proved to be a fast, efficient recovery and reproducible. It has the advantage of allowing the detection (at the 1 TCID50 level) and identification of viruses by RT-PCR and the demonstration of viral infectivity by tissue culture.

Alterations in recruitment and activation of Rab proteins during mycobacterial infection

En el fagosoma, Mycobacterium spp. altera la activación y reclutamiento de diferentes proteínas "del gen Ras de cerebro de rata", comúnmente conocidas como Rab. En este manuscrito se revisa una serie de reportes que han demostrado que los fagosomas que contienen micobacterias tienen una expresión mayor y sostenida de Rab5, Rab11, Rab14 y Rab22a, y menor o ninguna expresión de Rab7, Rab9 y Rab6. Esto se correlaciona con aumento de la fusión de estos fagosomas con endosomas tempranos y de reciclaje, lo que les permite mantener ciertas características de compartimentos tempranos, permite que las bacterias obtengan acceso a nutrientes y previene la activación de mecanismos contra la micobacteria. La expresión de mutantes constitutivamente activos de las Rab de endosomas tempranos impide la maduración de fagosomas que contienen esferas de látex o micobacterias inactivadas por calor. Mientras que su silenciamiento, mediante ARN de interferencia o mediante dominantes negativos, induce la maduración de fagosomas micobacterianos. Los mecanismos exactos por los que las micobacterias alteran la dinámica de expresión de estas GTPasas, afectando la maduración fagolisosómica, no se han establecido. El problema podría explicarse por defectos en el reclutamiento de las proteínas que interactúan con Rab, como la cinasa-3 del fosfatidilinositol y el antígeno endosómico temprano 1. La identificación de los mecanismos empleados por Mycobacterium spp. para interrumpir el ciclo de activación de las Rab, será esencial para comprender la fisiopatología de la infección micobacteriana y útil como posibles blancos farmacológicos.

At the phagosome level, Mycobacterium spp. alters activation and recruitment of several "Ras gene from rat brain" proteins, commonly known as Rab. Mycobacterial phagosomes have a greater and sustained expression of Rab5, Rab11, Rab14 and Rab22a, and lowered or no expression of Rab7, Rab9 and Rab6. This correlates with increased fusion of the phagosomes with early and recycling endosomes acquiring some features of early phogosomes, allowing the bacteria to gain access to nutrients and preventing the activation of anti-mycobacterial mechanisms. The expression of constitutively active mutants of Rab from the early stage endosomes prevents the maturation of phagosomes containing latex beads or heat-inactivated mycobacteria. Silencing of these mutants by interference RNA or dominant negative forms induces the maturation of mycobacterial phagosomes. The mechanisms have not been established by which mycobacteria alter the expression of these GTPases and thereby shift the phagolysosomal maturation. The problem can be explained by alterations in the recruitment of proteins that interact with Rab, such as phosphoinositide 3-kinases and early endosomal antigen 1. Identifying the mechanisms used by Mycobacterium spp. to disrupt the cycle of Rab activation will be essential to understand the pathophysiology of mycobacterial infections and usefully to potential drug targets.