Biomédica

Antimicrobial resistance: The biggest challenge for today’s infectology

The world's microbiology laboratories can be a global microbial sensor network

The microbes that infect us spread in global and local epidemics, and the resistance genes that block their treatment spread within and between them. All we can know about where they are to track and contain them comes from the only places that can see them, the world's microbiology laboratories, but most report each patient's microbe only to that patient's caregiver. Sensors, ranging from instruments to birdwatchers, are now being linked in electronic networks to monitor and interpret algorithmically in real-time ocean currents, atmospheric carbon, supply-chain inventory, bird migration, etc. To so link the world's microbiology laboratories as exquisite sensors in a truly lifesaving real-time network their data must be accessed and fully subtyped. Microbiology laboratories put individual reports into inaccessible paper or mutually incompatible electronic reporting systems, but those from more than 2,200 laboratories in more than 108 countries worldwide are now accessed and translated into compatible WHONET files. These increasingly web-based files could initiate a global microbial sensor network. Unused microbiology laboratory byproduct data, now from drug susceptibility and biochemical testing but increasingly from new technologies (genotyping, MALDI-TOF, etc.), can be reused to subtype microbes of each genus/species into sub-groupings that are discriminated and traced with greater sensitivity. Ongoing statistical delineation of subtypes from global sensor network data will improve detection of movement into any patient of a microbe or resistance gene from another patient, medical center or country. Growing data on clinical manifestations and global distributions of subtypes can automate comments for patient's reports, select microbes to genotype and alert responders.

Los microbios que nos afectan se diseminan por epidemias locales y globales, y los genes resistentes que bloquean los tratamientos disponibles para combatirlos se reproducen dentro de ellos y se transmiten de unos a otros. Todo lo que sabemos sobre dónde rastrearlos y cómo contenerlos proviene de los únicos lugares en donde es posible examinarlos: los laboratorios de microbiología del mundo. Sin embargo, la mayoría de estos laboratorios reportan el microorganismo que afecta a cada paciente específico solamente a los responsables de la atención de ese paciente en particular. Los sensores, que van desde instrumentos hasta observadores de aves, se encuentran hoy conectados por redes electrónicas destinadas a monitorizar e interpretar por medio de algoritmos y en tiempo real las corrientes oceánicas, el carbono de la atmósfera, los inventarios de las cadenas de suministro, la migración de las aves, etc. La vinculación de los laboratorios de microbiología del mundo para que actúen como refinados detectores en una red dedicada a salvar vidas, requiere, no obstante, que sus hallazgos sean sometidos a subtipificación y que sus datos se puedan consultar sin restricción. Los reportes de los laboratorios de microbiología generalmente son documentos en papel que son inaccesibles o están en sistemas electrónicos de notificación mutuamente incompatibles. No obstante, actualmente los resultados de más de 2.200 laboratorios en más de 108 países han sido traducidos a los archivos compatibles de WHONET y están disponibles para consulta. Con estos archivos en la internet se podría iniciar una red global de detección microbiana. Los subproductos de información provenientes de los laboratorios de microbiología que hoy no se utilizan, como los datos sobre sensibilidad a medicamentos y los de pruebas bioquímicas, y aquellos que próximamente comenzarán a generar las nuevas tecnologías (genotipificación, técnicas de ionización suave [ Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight, MALDI-TOF]), etc., pueden reutilizarse en la subtipificación de microorganismos de cada género y especie clasificados en subgrupos susceptibles de ser discriminados y rastreados con mayor precisión. La delineación estadística de los subtipos que actualmente se lleva a cabo con base en los datos de la red global de sensores mejorará la detección de la transmisión de cualquier microbio o gen resistente de un paciente a otro paciente, centro médico o país. La creciente cantidad de datos relativos a las manifestaciones clínicas y la distribución global de subtipos puede incluir la automatización de comentarios en las historias clínicas, la selección de microorganismos para la subtipificación y la notificación de alertas a los responsables de salud.

**Risk factors associated with the isolation of extended spectrum betalactamases producing Escherichia coli or Klebsiella pneumoniae in a tertiary care hospital in Colombia**

Introducción. Las betalactamasas de espectro extendido (BLEE) son un fenómeno de resistencia emergente de particular incidencia en América Latina. En Colombia existe poca información sobre los factores de riesgo asociados con su adquisición. Objetivo. Determinar los factores de riesgo que están asociados a la infección o colonización por Escherichia coli o Klebsiella pneumoniae productoras de BLEE en pacientes mayores de 18 años. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio de casos y controles con relación 1:1 en pacientes con aislamientos de E. coli o K. pneumoniae productoras de BLEE en cualquier tipo de muestra durante el periodo de enero de 2009 a noviembre de 2011 en el Hospital Universitario de San José. Resultados. Se estudiaron 110 casos y 110 controles; 62,7 % correspondió a E. coli y 37,3 %, a K. pneumoniae . Como factores de riesgo independiente en el análisis multivariado se encontraron la insuficiencia renal crónica (OR=2,99; IC 95% , 1,10-8,11; p=0,031), la cirugía urológica (OR=4,78; IC 95% , 1,35-16,87; p=0,015), el antecedente de uso de antibióticos en los tres meses anteriores (OR=2,24; IC 95% , 1,09-4,60; p=0,028), el origen hospitalario de la infección (OR=2,92; IC 95% , 1,39-6,13; p=0,004) y la hospitalización previa (OR=1,59; IC 95% , 1,03-2,46; p=0,036). Conclusión. Anticiparse al patrón de resistencia del microorganismo que infecta a un paciente con base en los factores de riesgo asociados permitiría la elección de un tratamiento antibiótico empírico apropiado, con el fin de lograr la disminución de la morbimortalidad de los pacientes.

Introduction: Extended-spectrum beta-lactamases (ESBL) are an emerging resistance phenomenon with particular incidence in Latin America. In Colombia there is very little information regarding the risk factors associated with its acquisition. Objective: To determine the risk factors that are associated with infection or colonization by Escherichia coli or Klebsiella pneumoniae producing ESBL in patients older than 18 years. Materials and methods: A case-control study, ratio 1:1, in patients with an isolate from any sample of E. coli or K. pneumoniae producing ESBL in the period from January 2009 to November 2011 at San José University Hospital in Bogotá (Colombia). Results: We studied 110 cases and 110 controls, 62,7% were E. coli and 37,3% K. pneumoniae . In the multivariate analysis the independent risk factors found were: chronic renal failure (odds ratio OR 2.99, confidence interval 95% [95% CI] 1.10-8.11, p=0.031), urologic surgery (OR 4.78 95% CI 1.35 to 16.87, p=0.015), history of antibiotic use in the previous three months (OR 2.24, 95% CI 1.09 - 4.60, p=0.028), nosocomial origin of infection (OR=2.92 95% CI 1.39 - 6.13, p=0.004) and previous hospitalization (OR 1,59, 95% CI=1.03 - 2.46, p=0,036). Conclusion: Anticipating the resistance pattern of the organism infecting a patient based on risk factors may allow the choice of appropriate empirical antibiotic therapy, which will have an impact on reducing patients' morbidity and mortality.

Antibiotic susceptibility patterns of bacteria isolated from keratitis and intraocular infections at Fundación Oftalmológica de Santander (FOSCAL), Floridablanca, Colombia

Introducción. La resistencia bacteriana es crítica para la selección de los antibióticos en el tratamiento de las infecciones, por ello es vital conocer su estado actual en nuestro medio. Objetivo. Determinar la sensibilidad antibiótica bacteriana in vitro obtenida de los cultivos de queratitis e infecciones intraoculares. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio retrospectivo en la Fundación Oftalmológica de Santander (FOSCAL), entre junio de 2011 y enero de 2012. Resultados. Se examinaron 92 muestras. Se identificaron 110 bacterias, 27 hongos y 12 amebas de vida libre. Del total de bacterias Gram positivas, 1,1 %, 0 %, 1,1 %, 16,9 %, 29,3 % y 85 % fue resistente a imipenem, moxifloxacina, gatifloxacina, levofloxacina, ciprofloxacina y tobramicina, respectivamente, mientras que la resistencia a estos mismos fármacos se presentó, respectivamente, en 0 %, 8,3 %, 0 %, 0 %, 18,2 % y 27,3 % de las bacterias Gram negativas. Los porcentajes de resistencia de los estafilococos positivos para coagulasa resistentes a la meticilina fueron 0 %, 0 %, 0 %, 7 %, 17 % y 100 %, respectivamente, y los porcentajes de los estafilococos negativos para coagulasa resistentes a la meticilina fueron 3 %, 0 %, 0 %, 24 %, 44 % y 100 %, respectivamente. Los porcentajes de resistencia bacteriana globales (tanto para bacterias Gram positivas como para Gram negativas) a imipenem, moxifloxacina, gatifloxacina, levofloxacina, ciprofloxacina y tobramicina fueron 1 %, 1 %, 1 %, 15,1 %, 28 % y 64,5 %, respectivamente. Conclusiones. Los niveles de resistencia bacteriana para imipenem, moxifloxacina y gatifloxacina fueron menores que para levofloxacina, ciprofloxacina y tobramicina. Los niveles de resistencia para la tobramicina fueron muy altos, lo que pone en duda su utilidad clínica en las infecciones oculares en nuestro medio.

Introduction: Bacterial resistance is critical for the selection of antibiotics in the treatment of infections, so it is vital to know its current status in our geographical area. Objective: To determine in vitro antibiotic susceptibility of bacterial isolates obtained from keratitis and intraocular infections. Materials and methods: A retrospective study of microbiological tests in Fundación Oftalmológica de Santander (FOSCAL) was carried out between June, 2011, and January, 2012. Results: A total of 92 samples were examined and 110 bacteria, 27 fungi and 12 free-living amoebae were identified. Polymicrobial infections constituted 50% of the total; 1.1%, 0%, 1.1%, 16.9%, 29.3% and 85% of Gram-positive bacteria were resistant to imipenem, moxifloxacin, gatifloxacin, levofloxacin, ciprofloxacin and tobramycin, respectively, while 0%, 8.3%, 0%, 0%, 18.2% and 27.3% of Gram-negative bacteria were resistant to imipenem, moxifloxacin, gatifloxacin, levofloxacin, ciprofloxacin and tobramycin, respectively. For methicillin-resistant coagulase-positive staphylococci, resistance percentages to imipenem, moxifloxacin, gatifloxacin, levofloxacin, ciprofloxacin and tobramycin were 0%, 0%, 0%, 7%, 17% and 100%, respectively. For methicillin-resistant coagulase-negative staphylococci, resistance percentages to imipenem, moxifloxacin, gatifloxacin, levofloxacin, ciprofloxacin and tobramycin were 3%, 0%, 0%, 24%, 44% and 100%, respectively. Overall bacterial resistance to imipenem, moxifloxacin, gatifloxacin, levofloxacin, ciprofloxacin and tobramycin, for both Gram-positive and Gram-negative, was 1%, 1%, 1%, 15.1%, 28% and 64.5%, respectively. Conclusions: The levels of bacterial resistance to imipenem, moxifloxacin and gatifloxacin were lower than for levofloxacin, ciprofloxacin and tobramycin. The levels of resistance to tobramycin were very high, which calls into question its usefulness in this region of our country.

**Changes over time in the distribution of dominant clonal complexes of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Medellín, Colombia**

Introducción. Parte del éxito de Staphylococcus aureus resistente a la meticilina (SARM) como patógeno se debe a la rápida diseminación de linajes pandémicos con perfiles variables de virulencia y sensibilidad antimicrobiana. En Colombia se han identificado clones asociados al hospital como el pediátrico (CC5-ST5-SCC mec IV), el brasilero (CC8-ST239-SCC mec III) y el chileno/cordobés (CC5-ST5-SCC mec I). Asimismo, se describió el USA300 (CC8-ST8-SCC mec IV), tradicionalmente asociado a la comunidad, causante de infecciones hospitalarias . Objetivo. Describir el comportamiento en el tiempo de los clones de SARM provenientes de un hospital universitario de Medellín en aislamientos recolectados con una década de diferencia. Materiales y métodos. Se analizaron 398 aislamientos de SARM, 67 recolectados en 1994 y 331 recolectados entre 2008 y 2010. La identificación y la sensibilidad a la meticilina se confirmaron mediante los genes nuc y mec A. La caracterización molecular incluyó la tipificación de spa , SCC mec , la electroforesis en gel de campo pulsado ( Pulsed Field Gel Electrophoresis, PFGE), y la tipificación por secuenciación de locus múltiples ( Multilocus Sequence Typing , MLST). Resultados. Al analizar los aislamientos de SARM de 1994 se encontró que pertenecían a un único linaje, el CC5-SCC mec IV, mientras que los aislamientos de 2008 a 2010 presentaron dos linajes dominantes: el CC8-SCC mec IVc, con cepas de los tipos spa t008 y t1610, estrechamente relacionadas con el clon USA 300, y el CC5-SCC mec I, con las de tipo spa t149, relacionadas con el clon chileno; no se detectaron cepas del linaje encontrado en 1994. Conclusiones. En este estudio se demuestra una dinámica en el tiempo de las cepas de S. aureus , y se señala la importancia de la vigilancia local y la difusión de los resultados, sobre todo en países como el nuestro, donde SARM es prevalente y la comprensión de su epidemiología es limitada.

Introduction: Part of the success of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) as a pathogen responds to the rapid spread of pandemic lineages with diverse virulence and antimicrobial susceptibility profiles. In Colombia, several healthcare-associated MRSA (HA-MRSA) clones have been found, including the pediatric clone (CC5-ST5-SCC mec IV), the Brazilian clone (CC8-ST239-SCC mec III), and the Chilean/Cordobés clone (CC5-ST5-SCC mec I). Moreover, the community-associated MRSA (CA-MRSA) clone USA300 has been reported as causing hospital-acquired infections. Objective: To describe the changes over time in the distribution of MRSA clones from a university hospital in Medellín collected at two time points a decade apart. Materials and methods: A total of 398 MRSA strains were analyzed. Of these, 67 strains were collected in 1994, while the remaining 331 strains were collected between 2008 and 2010. Species identification and methicillin resistance were confirmed by detection of nuc and mec A genes, respectively. Molecular characterization included spa typing, SCC mec typing, PFGE and MLST. Results: Analysis of the MRSA strains collected in 1994 revealed that they belonged to a single clone, the CC5-SCC mec IV, whereas among the isolates from 2008-2010, two dominant clones were identified: CC8-SCC mec IVc, which included spa types t008 and t1610 and is closely related to the USA 300 clone, and CC5-SCC mec I ( spa type t149), related to the Chilean clone. The ST5-SCC mec IV clone from 1994 was not detected. Conclusions: This study identifies temporal dynamics in MRSA clone diversity, and highlights the importance of local surveillance and dissemination of results, especially in countries like Colombia where MRSA is prevalent and knowledge regarding its epidemiology is still insufficient.

Impairing methylations at ribosome RNA, a point mutation-dependent strategy for aminoglycoside resistance: **The rsmG case**

Introduction: Aminoglycosides like streptomycin are well-known for binding at specific regions of ribosome RNA and then acting as translation inhibitors. Nowadays, several pathogens have been detected to acquire an undefined strategy involving mutation at non structural ribosome genes like those acting as RNA methylases. rsmG is one of those genes which encodes an AdoMet-dependent methyltransferase responsible for the synthesis of m 7 G527 in the 530 loop of bacterial 16S rRNA. This loop is universally conserved, plays a key role in ribosomal accuracy, and is a target for streptomycin binding. Loss of the m 7 G527 modification confers low-level streptomycin resistance and may affect ribosomal functioning. Objectives: After taking into account genetic information indicating that some clinical isolates of human pathogens show streptomycin resistance associated with mutations at rsmG , we decided to explore new hot spots for mutation capable of impairing the RsmG in vivo function and of promoting low-level streptomycin resistance. Materials and methods: To gain insights into the molecular and genetic mechanism of acquiring this aminoglycoside resistance phenotype and the emergence of high-level streptomycin resistance in rsmG mutants, we mutated Escherichia coli rsmG and also performed a genotyping study on rpsL from several isolates showing the ability to grow at higher streptomycin concentrations than parental strains. Results: We found that the mutations at rpsL were preferentially present in these mutants, and we observed a clear synergy between rsmG and rpsL genes to induce streptomycin resistance. Conclusion: We contribute to understand a common mechanism that is probably transferable to other ribosome RNA methylase genes responsible for modifications at central sites for ribosome function.

Introducción. Los aminoglucósidos son moléculas antibióticas capaces de inhibir la síntesis de proteínas bacterianas tras su unión al ribosoma procariota. La resistencia a aminoglucósidos está clásicamente asociada a mutaciones en genes estructurales del ribosoma bacteriano; sin embargo, varios estudios recientes han demostrado, de forma recurrente, la presencia de un nuevo mecanismo dependiente de mutación que no involucra genes estructurales. El gen rsmG es uno de ellos y se caracteriza por codificar una metiltransferasa que sintetiza el nucleósido m 7 G527 localizado en el loop 530 del ribosoma bacteriano, este último caracterizado como sitio preferencial al cual se une la estreptomicina. Objetivo. Partiendo de las recientes asociaciones clínicas entre las mutaciones en el gen rsmG y la resistencia a estreptomicina, este estudio se propuso la caracterización de nuevos puntos calientes de mutación en este gen que puedan causar resistencia a estreptomicina usando Escherichia coli como modelo de estudio. Materiales y métodos. Se indagó sobre el mecanismo genético y molecular por el cual se adquiere la resistencia a estreptomicina y su transición a la resistencia a altas dosis mediante mutagénesis dirigida del gen rsmG y genotipificación del gen rpsL . Resultados. Se encontró que la mutación N39A en rsmG inactiva la proteína y se reportó un nuevo conjunto de mutaciones en rpsL que confieren resistencia a altas dosis de estreptomicina. Conclusiones. Aunque los mecanismos genéticos subyacentes permanecen sin esclarecer, se concluyó que dichos patrones secuenciales de mutación podrían tener lugar en otros genes modificadores del ARN bacteriano debido a la conservación evolutiva y al papel crítico que juegan tales modificaciones en la síntesis de proteínas.

In vitro **antimicrobial susceptibility in Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium isolated from hospitalized patients**

Introducción. Actualmente se considera a Enterococcus spp. como uno de los agentes de infección hospitalaria más importantes, siendo su resistencia a los antibióticos un problema importante en los centros de salud. Objetivos. Caracterizar la resistencia antimicrobiana en 50 cepas de Enterococcus spp. aisladas de muestras clínicas de pacientes hospitalizados . Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio de tipo descriptivo observacional de corte transversal en 50 aislamientos clínicos de estas especies microbianas. Se trabajó un aislamiento por paciente. La identificación y la sensibilidad a los antibióticos se realizaron por métodos automatizados y convencionales. El análisis fenotípico de los mecanismos de resistencia a glucopéptidos se hizo según las recomendaciones de la Sociedad Española de Enfermedades Infecciosas y Microbiología Clínica. Resultados. De 50 aislamientos, 30 (60,0 %) y 20 (40,0 %) pertenecían a las especies de Enterococcus faecalis y Enterococcus faecium , respectivamente. La resistencia global expresada por este género fue de 38/50 (76,0 %) para ampicilina; 33/50 (66,0 %) para gentamicina de alto nivel; 34/50 (68,0 %) para estreptomicina de alto nivel; 26/50 (52,0 %) para ciprofloxacina; 4/50 (8,0 %) para linezolid; 17/50 (34,0 %) para teicoplanina; 25/50 (50,0 %) para vancomicina; 31/50 (62,0 %) para minociclina; 34/50 (68,0 %) para tetraciclina y 9/50 (18,0 %) para nitrofurantoina. Frente a los glucopéptidos, 25/50 (50,0 %) y 10/50 (20,0 %) de los aislamientos presentaron los mecanismos Van A y Van B, respectivamente. Conclusiones. Podemos concluir que la mayoría de las veces, las cepas aisladas en el Hospital Hermanos Ameijeiras mostraron porcentajes de resistencia por encima de lo reportado en la literatura científica consultada. El alto porcentaje de cepas con resistencia a la vancomicina podría influir en la aparición de otros gérmenes Gram positivos con resistencia a este fármaco. Se reporta por primera vez en un hospital cubano resistencia de E. faecium a linezolid.

Introduction: Enterococcus spp is currently considered as one of the most important nosocomial pathogens . The antibiotic resistance of this group of bacteria is a particularly important problem in health centers. Objective: To characterize the antibiotic resistance of 50 Enterococcus spp strains isolated from hospitalized patients clinical samples. Materials and methods: We conducted a cross-sectional descriptive observational study in 50 clinical isolates of Enterococcus spp. Only one isolate per patient was analyzed . The identification and antibiotic susceptibility were studied by conventional and automated methods . The phenotypic analysis of glycopeptide resistance mechanisms was performed as recommended by the Spanish Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases . Results: Of 50 isolates obtained from clinical samples, 30 ( 60.0%) belonged to Enterococcus faecalis and 20 (40.0 %) to Enterococcus faecium . The global resistance expressed by this genre was as follows: Ampicillin, 38/50 ( 76.0%); high-level gentamicin , 33/50 ( 66.0%); high-level streptomycin, 34/50 (68.0 %) ; ciprofloxacin, 26/50 (52.0 %); linezolid, 4/50 (8.0 %); teicoplanin, 17/50 ( 34.0%); vancomycin, 25/50 (50.0 %); minocycline, 31/50 ( 62.0%); tetracycline, 34/50 (68.0 %); nitrofurantoin, 9/50 ( 18.0%). As regards glycopeptides, 25/50 (50.0%) showed a Van A mechanism and 10/50 (20.0 %) a Van B mechanism . Conclusions: The isolates obtained at Hospital Hermanos Ameijeiras showed higher resistance rates than those reported in the consulted literature. The high percentage of vancomycin-resistant strains might have influenced the development of other Gram-positive bacteria resistant to this drug. This is the first report on Enterococcus faecium resistant to linezolid in a Cuban hospital.

**Effect of adequate initial antimicrobi al therapy on mortality in critical patients with Pseudomonas aeruginosa bacteremia**

Introducción. La bacteriemia es una de las infecciones hospitalarias de mayor mortalidad, especialmente en las unidades de cuidados intensivos, donde es más frecuente. Pseudomonas aeruginosa es uno de los causantes de bacteriemia más agresivos. Objetivo. Evaluar la asociación entre el tratamiento antibiótico inicial y la mortalidad hospitalaria en estos pacientes. Materiales y métodos. Se trata de un estudio de cohorte retrospectivo multicéntrico realizado entre 2005 y 2008. Se consideró tratamiento adecuado aquel iniciado en las primeras 48 horas del diagnóstico que incluyera, al menos, una dosis de antibiótico intravenoso al que P. aeruginosa fuera sensible y hubiera sido suministrado en la dosis y frecuencia recomendadas. El desenlace principal fue la mortalidad hospitalaria en un lapso de 30 días. Se hizo pareo según grado de exposición usando índices de propensión y, posteriormente, análisis paramétrico de supervivencia. Resultados. Se incluyeron 164 pacientes. La mediana de edad y la clasificación del APACHE II ( Acute Physiology and Chronic Health Evaluation II ) fue de 56 y 13, respectivamente. Se identificó la fuente de la bacteriemia en 68,3 % de los casos, y la más frecuente fue el tracto respiratorio; 44 % de los pacientes recibió tratamiento inadecuado, y la resistencia bacteriana fue la principal variable asociada. La proporción de incidencia de sepsis grave, choque séptico, falla orgánica múltiple y muerte en el lapso de 30 días fue de 67,7, 50, 41,5 y 43,9 %, respectivamente. El tratamiento adecuado se asoció a una prolongación del tiempo hasta el evento (razón de tiempo ajustada, 2,95, IC 95% , 1,63 a 5,33). Conclusión. El tratamiento antibiótico inicial adecuado es un factor protector contra la mortalidad hospitalaria en pacientes con bacteriemia por P. aeruginosa .

Introduction: Among hospital-acquired infections, bacteremia is one of the leading causes of mortality worldwide, especially among intensive care unit patients, where it is more frequent. Pseudomonas aeruginosa is one of the most aggressive agents causing bacteremia. Objective: To evaluate the association between initial antimicrobial therapy and hospital mortality in these patients. Materials and methods: A multicenter and retrospective cohort study was conducted between 2005 and 2008. Antimicrobial therapy was considered adequate if it included at least one intravenous antibiotic to which the P. aeruginosa isolate was susceptible in vitro , was administered at the recommended dose and frequency for bacteremia, and initiated within the first 48 hours from diagnosis. The main outcome was 30-day hospital mortality. Patients were paired according to exposure level using propensity score matching, and then a parametric survival model was fitted. Results: One hundred and sixty four patients were included. Median age and the APACHE II score were 56 and 13, respectively. The source of bacteremia was identified in 68.3 % of cases, the respiratory tract being the most frequent. Forty-four percent of patients received inadequate therapy, with bacterial resistance as the main associated variable. The incidence of severe sepsis, septic shock, multiple organ failure and death within the first 30 days was 67.7, 50, 41.5 and 43.9%, respectively. Adequate therapy was associated with a longer time to the event (adjusted time ratio, 2.95, 95% CI, 1.63 to 5.33). Conclusion: Adequate initial antimicrobial therapy is a protective factor against hospital mortality in patients with P. aeruginosa bacteremia.

Surveillance of healthcare associated infections, bacterial resistance and antibiotic consumption in high-complexity hospitals in Colombia, 2011

Introducción. Prevenir las infecciones adquiridas en los hospitales, en especial las causadas por microorganismos resistentes, es una prioridad. Por esta razón, Colombia inició la vigilancia nacional de estos eventos realizando una prueba piloto. Objetivo. Describir el comportamiento de las infecciones asociadas a dispositivos, resistencia bacteriana y consumo de antibióticos en instituciones con unidades de cuidados intensivos durante el 2011. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio observacional descriptivo en 10 instituciones de salud de Antioquia, Valle del Cauca y Bogotá. Se diseñaron protocolos de vigilancia para cada evento, implementados por profesionales de salud entrenados. Se diseñó una herramienta en línea para la notificación y análisis de tasas de infección, porcentajes de utilización de dispositivos y dosis diarias definidas de antibióticos. Mediante el software Whonet 5.6 se reportaron y analizaron los perfiles y fenotipos de resistencia bacteriana. Resultados. La infección del torrente sanguíneo fue la más frecuente (tasa mayor de 4,8 por 1.000 días-catéter), seguida de la neumonía asociada al respirador e infección urinaria asociada a catéter, con amplia variación entre instituciones. Se observó un mayor consumo de meropenem en las unidades de cuidados intensivos (dosis diarias definidas, 22,5 por 100 camas-día), resistencia elevada a carbapenémicos (>11,6 %) y cefalosporinas de tercera generación (>25,6 %) en enterobacterias en las unidades de cuidados intensivos y en otras áreas de hospitalización. El porcentaje de Staphylococcus aureus resistente a la meticilina fue mayor en otras áreas de hospitalización (34,3 %). Conclusiones. Se trata de la primera aproximación integral a la problemática de estos eventos en Colombia. Es necesario implementar la vigilancia nacional que permita orientar acciones gubernamentales e institucionales para la prevención y control de infecciones, contención de la resistencia y promoción del uso prudente de antibióticos acompañados de un proceso de seguimiento y supervisión.

Introduction: Preventing healthcare associated infections, especially for resistant microorganisms, is a priority. In Colombia, the surveillance of such events was started through a national pilot study. Objective: To describe the epidemiology of device-associated infections, bacterial resistance and antibiotic consumption patterns in institutions with intensive care units (ICU), 2011. Materials and methods: Descriptive observational study in 10 health institutions from three Colombian provinces: Antioquia, Valle del Cauca, and Bogotá. Surveillance protocols were designed and implemented by trained health professionals in each hospital. A web tool was designed for data reporting and analysis. Infection rates, device-use percentages and antibiotics defined daily dose (DDD) were calculated. Bacterial resistance phenotypes and profiles were reported and analyzed using Whonet 5.6. Results: The most common event was bloodstream infection (rate > 4.8/1000 catheter-days) followed by ventilator-associated pneumonia (VAP) and catheter-related urinary tract infection, showing a wide variability among institutions. A high consumption of meropenem in the ICU (DDD 22.5/100 beds-day) was observed, as well as a high carbapenem resistance (> 11.6%) and a high frequency of third generation cephalosporins resistance (> 25.6%) in Enterobacteriaceae in ICUs and hospitalization wards. The percentage of methicillin-resistant Staphylococcus aureus was higher in hospitalization wards (34.3%). Conclusions: This is the first experience in measuring these events in Colombia. It is necessary to implement a national surveillance system aimed at guiding governmental and institutional actions oriented to infection prevention and control, to resistance management and to the promotion of antibiotics rational use, along with a follow-up and monitoring process.

**Prevalence of Gram-negative bacteria harboring bla KPC gene in Colombian hospitals**

Introducción. Las enzimas carbapenemasas de tipo KPC tienen gran capacidad de diseminación, son causantes de epidemias y se asocian a mayor mortalidad y estancia hospitalaria. En Colombia se han venido reportando cada vez más desde 2007, pero se desconoce la prevalencia hospitalaria. Objetivo. Estimar la prevalencia hospitalaria del gen bla KPC . Materiales y métodos. Se evaluó la presencia del gen bla KPC y su 'clonalidad' en aislamientos de enterobacterias y Pseudomonas aeruginosa de pacientes hospitalizados. Resultados. De los 424 aislamientos evaluados durante el periodo de estudio, 273 cumplieron con criterios de elegibilidad, 31,1 % fue positivo para el gen bla KPC y, al ajustar por 'clonalidad', la positividad fue de 12,8 %. El gen bla KPC se encontró con mayor frecuencia en Klebsiella pneumoniae seguido de P. aeruginosa y otras enterobacterias. A pesar de que la unidad de cuidados intensivos aportó el mayor número de aislamientos, no se encontró un patrón más prevalente del gen bla KPC en las ellas que en las otras salas. El aparato respiratorio fue el sitio anatómico de origen con la mayor prevalencia . No se presentó estacionalidad en la frecuencia de los aislamientos portadores del gen bla KPC. Conclusión. Este estudio reveló la alta prevalencia del gen bla KPC en diferentes microorganismos aislados en varias instituciones hospitalarias del país. La extraordinaria capacidad de propagación del gen bla KPC , las dificultades del diagnóstico y la limitada disponibilidad de antibióticos plantean la apremiante necesidad de fortalecer los sistemas de vigilancia epidemiológica y ajustar oportunamente las políticas institucionales de uso racional de antibióticos con el fin de contener su diseminación a otras instituciones de salud del país.

Introduction: KPC enzymes are carbapenemases with a great capability to disseminate and to cause epidemics. They are frequently associated with higher mortality rates and prolonged hospital stay. In Colombia, they have been progressively reported since 2007; however, its prevalence in hospitals is not known. Objective: To estimate the prevalence of bla KPC gene in hospitals. Methods and materials: The presence of bla KPC gene and its clonality were evaluated in clinical isolates of Enterobacteriacea and Pseudomonas aeruginosa in hospitalized patients. Results: Of the 424 isolates tested during the study period, 273 met eligibility criteria, and 31.1% were positive for bla KPC gene; after clonality adjustment, positivity was 12.8%. The bla KPC gene was more frequent in Klebsiella pneumonia, followed by P. aeruginosa and other Enterobacteriacea . Although intensive care units (ICU) provided the majority of the isolates, the bla KPC pattern was not more prevalent in ICUs than in other wards. The respiratory tract was the anatomic source with the highest prevalence. No seasonality was observed associated with the frequency of isolation of microorganisms carrying bla KPC gene. Conclusion: This study revealed a high prevalence of bla KPC gene in microorganisms isolated from different hospitals in Colombia. The extraordinary ability of bla KPC gene to spread, the difficulties for its diagnosis and the limited antibiotics available for its treatment pose the urgent need to strengthen epidemiological surveillance systems, and to timely adjust institutional policies for rational use of antibiotics in order to limit its dissemination to other institutions in the country.

Evolution of antimicrobial resistance in Gram negative bacilli from intensive care units in Colombia

Introducción. La evolución de la resistencia bacteriana constituye una amenaza para la salud pública mundial. Los sistemas de vigilancia epidemiológica han integrado técnicas de biología molecular para mejorar las estrategias de control. Objetivo. Describir los perfiles moleculares y fenotípicos de los bacilos Gram negativos en unidades de cuidados intensivos de 23 hospitales de Colombia entre 2009 y 2012. Materiales y métodos. Se diseñó un estudio descriptivo en 23 hospitales del Grupo para el Estudio de la Resistencia Nosocomial (sic.) en Colombia. Se analizaron 38.048 aislamientos usando WHONET durante el periodo descrito. Se describieron perfiles de resistencia para Escherichia coli , Klebsiella pneumoniae , Pseudomonas aeruginosa y Acinetobacter baumannii. En 1.248 cepas se realizó reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para detectar las carbapenemasas clínicamente más relevantes. Resultados. Escherichia coli fue el microorganismo más frecuente (promedio=14,8 %); la frecuencia de aislamientos de K. pneumoniae aumentó de 11 % en 2009 a 15 % en 2012 (p<0,001). La tendencia de los perfiles de multirresistencia aumentó en todas las especies estudiadas. De los aislamientos de K. pneumoniae evaluados, 68,4 % fue positivo para KPC ( Klebsiella pneumoniae Carbapenemase ), mientras que la VIM ( Verona Integron-encoded Metallo-betalactamase ) en P. aeruginosa se observó en 46,5 %. Conclusiones. Se observó un incremento en la tendencia de los microorganismos hacia la multirresistencia y una amplia distribución de las carbapenemasas. La articulación de la biología molecular con los sistemas de vigilancia permitió integrar el análisis del fenotipo con los mecanismos de resistencia involucrados en las bacterias estudiadas. Este análisis permitirá la elaboración de guías para el uso adecuado de antimicrobianos y contribuirá a la contención de estas bacterias multirresistentes en Colombia.

Introduction: The continuous evolution of antimicrobial resistance poses a major threat to public health worldwide. Molecular biology techniques have been integrated to epidemiological surveillance systems to improve the control strategies of this phenomenon. Objective: To describe the phenotypic and molecular profiles of the most important Gram negative bacilli from intensive care units in 23 Colombian hospitals during the study period 2009-2012. Materials and methods: A descriptive study was conducted in 23 hospitals belonging to the Colombian Nosocomial Resistance Study Group. A total of 38.048 bacterial isolates were analyzed using WHONET over a four-year period. The antimicrobial resistant profiles were described for Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, and Acinetobacter baumannii . Polymerase chain reaction was performed in 1.248 strains to detect the most clinically relevant carbapenemases. Results: Escherichia coli was the most frequently isolated organism (mean=14.8%). Frequency of K. pneumoniae increased significantly from 11% in 2009 to 15% in 2012 (p<0.001). All screened isolates had rising trends of multidrug-resistant profiles. KPC ( Klebsiella pneumoniae carbapenemase) was detected in 68.4% of K. pneumoniae isolates while VIM (Verona integron-encoded metallo-betalactamase) was present in 46.5% of them. Conclusion: In this study, an increase in the trend of multidrug-resistant organisms and a wide distribution of carbapenemases was observed. The integration of molecular biology to surveillance systems allowed the compilation of this data, which will aid in the construction of guidelines on antimicrobial stewardship for prevention in Colombia.

**Phenotypic characterization of Acinetobacter baumannii isolates in a high-complexity healthcare institution in the city of Cali**

Introducción. La caracterización fenotípica de las bacterias del género Acinetobacter mediante pruebas bioquímicas y microscópicas es posible. Varios estudios han demostrado que los aislamientos provenientes de infecciones asociadas a la atención en salud presentan una elevada resistencia a los antibióticos de primera elección. Objetivo. Describir los patrones de resistencia de los aislamientos de Acinetobacter baumannii obtenidos en una institución de salud, así como sus características fenotípicas y los posibles mecanismos de resistencia. Materiales y métodos. Se realizó un estudio descriptivo de corte transversal con 28 informes de muestras tomadas a pacientes hospitalizados con infección por A. baumannii . Las pruebas de sensibilidad para ceftazidime, cefepime, meropenem, amikacina y ciprofloxacina se realizaron con el sistema automatizado Vitek ® y la clasificación de sensible, intermedia y resistente se hizo con base en el protocolo establecido por el Clinical and Laboratory Standards Institute para el año 2007. Resultados. El mayor porcentaje de aislamientos correspondió al sexo masculino (53,6 %), a la sala de infectología (28,5 %) y al mes de septiembre (21,4 %); el tipo de muestra más frecuente fue el de secreción endotraqueal (53,6 %). A partir de los patrones de los perfiles de sensibilidad a los antibióticos empleados se obtuvieron 13 filotipos. Conclusión. Acinetobacter baumannii es un agente patógeno resistente a múltiples antimicrobianos, involucrado en brotes de infecciones asociadas a la atención en salud. Los patrones de los perfiles de resistencia permiten inferir que los posibles mecanismos de resistencia presentes en la mayoría de los aislamientos son la producción de betalactamasas de espectro extendido, las enzimas modificadoras del antibiótico y la modificación del sitio diana.

Introduction: Phenotypic characterization of the Acinetobacter genus bacteria through biochemical and microscopic tests is possible. Studies have shown that the isolates from health-care associated infections show high resistance to first-line antibiotics. Objective: To describe the resistance patterns of the A. baumannii isolates obtained in a health care institution, the phenotypic characteristics of the isolates, and the possible resistance mechanisms. Materials and methods: A descriptive cross-sectional study was conducted with 28 reports of samples taken from patients hospitalized with infection by A. baumannii . Susceptibility testing for ceftazidime, cefepime, meropenem, amikacin, and ciprofloxacin was performed with the Vitek ™ automated system and the susceptible, intermediate, and resistant classification was based on the protocol established by the Clinical and Laboratory Standards Institute for 2007. Results: The highest percentage of isolates corresponded to males (53.6 %), to the infectology ward (28.5 %), and to the month of September (21.4 %); the most frequent sample site were endotracheal secretions (53.6 %). From the profile patterns for susceptibility to antibiotics used, 13 phylotypes were obtained. Conclusion: Acinetobacter baumannii is a pathogen resistant to multiple antimicrobial agents involved in outbreaks of health-care associated infections. The resistance profile patterns allow inferring that the possible resistance mechanisms present in the majority of the isolates are: Production of extended-spectrum b -lactamases, antibiotic modifying enzymes, and target site modification.

Surveillance of antituberculosis-drug resistance in Cuba, 2010-2011

Introducción. La vigilancia de la resistencia a medicamentos antituberculosos permite alertar sobre el hallazgo de aislamientos de Mycobacterium tuberculosis multirresistentes y extremadamente resistentes . Objetivo. Determinar los patrones de resistencia de los aislamientos de M. tuberculosis recuperados en Cuba entre los años 2010 y 2011 y demostrar el desempeño del Laboratorio Nacional de Referencia en la ejecución de las pruebas de sensibilidad. Materiales y métodos. Se realizó un estudio prospectivo longitudinal en el que se incluyeron 657 aislamientos de M. tuberculosis recibidos de todo el país. Se empleó el método de la nitrato reductasa para detectar resistencia a isoniacida y rifampicina, y el método de las proporciones para corroborar la resistencia a dichos medicamentos e investigar la sensibilidad a estreptomicina, etambutol, ofloxacina, kanamicina y capreomicina en aislamientos multirresistentes. Como parte del control de calidad externo de las pruebas de sensibilidad, se evaluaron dos paneles de cepas de M. tuberculosis . Resultados. En 95,69 % de los aislamientos recuperados de casos nuevos de tuberculosis y en 72,64 % de los recuperados de casos previamente tratados, se encontró sensibilidad a isoniacida y rifampicina, siendo la multirresistencia de 1,03 y 10,38 %, respectivamente. Se encontraron dos aislamientos extremadamente resistentes. Con la excepción del etambutol y la capreomicina, para todos los medicamentos la eficiencia fue de 100% en el control de calidad externo. Conclusiones. Se confirmó la baja prevalencia de aislamientos de M. tuberculosis multirresistentes en Cuba, resultado avalado por el excelente desempeño demostrado en el control de calidad externo de las pruebas de sensibilidad.

Introduction: Antituberculosis-drug resistance surveillance is very important to identify multidrug-resistant and extensively drug-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates. Objective: To determine the prevalence of resistance in M. tuberculosis strains isolated between 2010 and 2011, and to demonstrate the laboratory performance in the external quality control of drug susceptibility testing. Materials and methods: A prospective longitudinal study was carried out to determine antituberculosis-drug resistance in 657 M. tuberculosis isolates obtained throughout the country. The nitrate reductase assay was used to detect resistance to isoniazid and rifampin. The proportion method was performed to confirm resistance to these drugs and to further investigate in multidrug-resistant isolates their susceptibility to streptomycin, ethambutol, ofloxacin, kanamycin and capreomycin. Additionally, as part of external quality control, susceptibility was evaluated in two M. tuberculosis strain panels. Results: In 95.69% of the isolates recovered from new tuberculosis cases, and in 72.64 % of isolates from previously treated patients we found susceptibility to isoniazid and rifampicin; multidrug resistance was 1,03 and 10.38%, respectively. We found two extensively resistant isolates. Except for ethambutol and capreomycin, the efficiency of all other drugs was 100% in the external quality control. Conclusion: The study confirmed the low prevalence of M. tuberculosis multidrug-resistant isolates in Cuba. This result was confirmed by the external quality control of drug susceptibility testing.

Actividad inhibitoria de dihidroxifenil propenona sobre betalactamasas de Enterobacter cloacae: estudio preliminar en el desarrollo de fármacos para enfrentar la resistencia bacteriana

Introducción . Los microorganismos patógenos como Enterobacter cloacae producen betalactamasas que les confieren resistencia frente a los antibióticos betalactámicos; se ha identificado, además, la actividad limitada de los inhibidores enzimáticos, de modo que la única posibilidad de enfrentar la resistencia es el diseño de nuevos fármacos y su uso racional. Objetivo. Evaluar el efecto de la chalcona dihidroxifenil propenona sobre un aislamiento clínico de E. cloacae y sobre la betalactamasa aislada a partir de este microorganismo resistente como un aporte en la búsqueda de compuestos inhibidores de las betalactamasas. Materiales y métodos. Se sintetizó la chalcona dihidroxifenil propenona y se evaluó su efecto sobre el aislamiento clínico de E. cloacae para determinar la concentración inhibitoria mínima mediante el método de microdilución en caldo y con la betalactamasa purificada mediante cromatografía de afinidad se realizaron estudios espectrofotométricos de cinética enzimática. Resultados. La concentración inhibitoria mínima de la dihidroxifenil propenona sobre E. cloacae fue de 35 µg/ml; el porcentaje de recuperación de la betalactamasa a partir del microorganismo fue de 31,75 %; en el estudio cinético se evidenció actividad inhibitoria de acuerdo con los parámetros cinéticos de V max =1,7 x 10 -3 µM/minuto y K M´ =2330 µM. Conclusión. La chalcona dihidroxifenil propenona ejerce su actividad inhibitoria por medio de la interacción con la betalactamasa y, de esta manera, protege la integridad estructural de los antibióticos betalactámicos; dicho efecto sinérgico la convierte en un compuesto promisorio en la búsqueda de alternativas para enfrentar la resistencia bacteriana.

Introduction: Enterobacter cloacae is a pathogenic microorganism with the ability to produce betalactamase enzymes, which makes them resistant to betalactamic antibiotics. Additionally, the limited activity of enzymatic inhibitors has been identified, and, therefore, the design of new drugs and the promotion of their rational use are the only possibilities to overcome this problem. Objective: The aim of this research was to evaluate the effect of dihydroxy-phenyl-propenone on a clinical isolate of E. cloacae , as well as its activity on a betalactamase isolated from this resistant microorganism in order to contribute to the search for new betalactamase inhibitors. Materials and methods: Dihydroxy-phenyl-propenone chalcone was synthesized and evaluated on a clinical isolate of E. cloacae to determine the minimum inhibitory concentration by broth microdilution; once the betalactamase enzyme was purified by affinity chromatography, a spectrophotometric analysis was done to evaluate its kinetic activity. Results: The minimum inhibitory concentration value of dihydroxy-phenyl-propenone on E. cloacae was 35 µg/ml; the recovery percentage of the betalactamase from the microorganism was 31.75% and the kinetic parameters were V max =1.7 x 10 -3 µM/min and K M = 2330 µM, which show an important inhibitory activity. Conclusion: Dihydroxy-phenyl-propenone has shown inhibitory activity on betalactamase enzymes and the ability to protect the chemical integrity of betalactamic antibiotics; this synergistic effect turns it into a promising compound in the search for new alternatives to overcome bacterial resistance.

**Methicillin-sensitive Staphylococcus aureus isolates related to USA300 clone: Origin of community-genotype MRSA in Colombia?**

Introducción. USA300 es un linaje genético que se encuentra en aislamientos de Staphylococcus aureus sensibles (SASM) y resistentes a meticilina (SARM). Actualmente, en Colombia las infecciones por SARM en hospitales y en la comunidad son causadas principalmente por un clon con genotipo comunitario (SARM-GC) relacionado genéticamente con el clon USA300. El origen de esta variante es aún desconocido. Objetivo. Identificar y caracterizar aislamientos de S. aureus resistentes y sensibles a meticilina con el fin de aportar información para establecer un posible origen de los aislamientos SARM-GC en Colombia. Materiales y métodos. Se realizó una caracterización de aislamientos SASM relacionados con el clon USA300 detectados a partir de un análisis de 184 aislamientos de S. aureus (90 SARM y 94 SASM) causantes de infecciones. La relación genética de los aislamientos se determinó por electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE), tipificación de secuencias multilocus (MLST) y tipificación del gen de la proteína A ( spa ). Resultados. De los 184 aislamientos, 27 (14,7 %) presentaron características moleculares y relación genética con el clon USA300, y de ellos, 18 fueron SARM y nueve fueron SASM. Todos los aislamientos SARM relacionados con este clon albergaban un casete estafilocócico cromosómico mec (SCC mec ) IVc (3.1.2). En ningún aislamiento SASM se detectaron secuencias remanentes de SCC mec o una duplicación del sitio att B que evidenciaran la pérdida del casete. Conclusión. El origen de los aislamientos SARM-GC en Colombia probablemente se encuentre en la diseminación de clones SASM relacionados con el clon USA300 que adquirieron el SCC mec IVc posteriormente.

Introduction: USA300 is a genetic lineage found both in methicillin-resistant (MRSA) and methicillin-sensitive Staphylococcus aureus (MSSA) isolates. In Colombia, hospital and community MRSA infections are caused by a USA300-related community genotype MRSA (CG-MRSA) clone. The genetic origin of this clone is unknown yet. Objective: To identify and characterize methicillin-resistant (MRSA) and methicillin-sensitive S. aureus (MSSA) isolates in order to improve the information about the origin of the CG-MRSA isolates in Colombia. Materials and methods: USA300-related MSSA isolates were detected and characterized from a study of 184 S. aureus isolates (90 MRSA and 94 MSSA) recovered from infections. The genetic relatedness of the isolates was established by means of pulsed field gel electrophoresis (PFGE), multilocus sequence typing (MLST) and protein A gene typification ( spa typing). Results: Among 184 isolates, 27 (14.7%) showed molecular characteristics and genetic relationship with the USA300 clone, of which 18 were MRSA and nine were MSSA. All USA300-related MRSA harbored Staphylococcal cassette chromosome mec (SCC mec ) IVc (3.1.2). In the MSSA isolates, SCC mec remnants or att B duplicate sites were not detected. Conclusions: In Colombia, the CG-MRSA isolates probably originated in the dissemination of an USA300-related MSSA clone which later acquired SCC mec IVc.

**Is drug-resistant Mycobacterium leprae a real cause for concern?: First approach to molecular monitoring of multibacillary Colombian patients with and without previous leprosy treatment**

Introduction: There is no information in Colombia on Mycobacterium leprae primary and secondary drug resistance in regards to the WHO-multidrug therapy regime. On the other hand, public health authorities around the world have issued various recommendations, one of which prompts for the immediate organization of resistance surveillance through simple molecular methods. Objective: To determine the prevalence of Mycobacterium leprae drug resistance to rifampicin, ofloxacin and dapsone in untreated and previously treated patients at the Centro Dermatológico Federico Lleras Acosta during the 1985-2004 period. Materials and methods: We conducted a retrospective study which included multibacillary patient biopsies through elective sampling: 381 of them from new patients and 560 from previously treated patients. Using a microtome, we obtained six slides from each skin biopsy preserved in paraffin, and we extracted M. leprae DNA. We amplified three molecular targets through PCR and obtained the patterns of drug resistance to dapsone, rifampicin and ofloxacin by reverse hybridization. Finally, we collected epidemiological, clinical and demographical data for analyses. Results: From 941 samples under study, 4.14% of them were resistant to one or more drugs, and 5.77 and 3.04% had resistant genotypes in new and previously treated patients, respectively. Total resistance for each drug was 0.43% for dapsone, 3.19% for rifampicin and 1.17% for ofloxacin. We found statistically significant differences for rifampicin and for the total population when comparing the results from untreated versus previously treated patients. Two thirds of the resistant samples were resistant to rifampicin alone or combined. Conclusions: The standard multidrug therapy schemes continue being effective for leprosy cases; however, it is necessary to guarantee adherence and regularity. Surveillance to drug resistance in new and previously treated leprosy cases should be established.

Introducción. Colombia no dispone de información sobre farmacorresistencia primaria y secundaria de Mycobacterium leprae al esquema de terapia múltiple de la Organización Mundial de la Salud (OMS) y las autoridades de salud pública del mundo han emitido varias recomendaciones, entre las cuales está organizar de inmediato la vigilancia a la resistencia empleando métodos moleculares simples. Objetivo. Determinar la prevalencia de la resistencia de M. leprae a rifampicina, ofloxacina y dapsona en pacientes del Centro Dermatológico Federico Lleras Acosta con tratamiento previo y sin él durante el período de 1985 a 2004. Materiales y métodos. Se realizó un estudio retrospectivo. Mediante muestreo electivo se incluyeron biopsias de pacientes multibacilares: 381 de pacientes nuevos y 560 de pacientes previamente tratados. Se obtuvieron con micrótomo seis cortes de cada biopsia de piel incluida en parafina, y se realizó la extracción de ADN de M. leprae. Se llevó a cabo la amplificación de tres blancos moleculares mediante PCR y se obtuvieron los patrones de resistencia a los medicamentos dapsona, rifampicina y ofloxacina por hibridación inversa. Se recolectaron datos epidemiológicos, clínicos y demográficos para llevar a cabo los análisis. Resultados. De las 941 muestras estudiadas, 4,14 % era resistente a uno o más fármacos, y se detectaron 5,77 y 3,04 % con genotipos resistentes en pacientes nuevos y previamente tratados, respectivamente. La resistencia total para cada fármaco fue de 0,43 % a dapsona, 3,19 % a rifampicina y 1,17 % a ofloxacina. Se encontró una diferencia estadísticamente significativa para rifampicina y para la población total al comparar los resultados de los pacientes no tratados con los de los pacientes tratados previamente. Dos tercios de las muestras resistentes lo fueron a rifampicina sola o combinada. Conclusiones. Los esquemas de terapia múltiple estándar siguen siendo efectivos para los casos de lepra; sin embargo, es necesario garantizar el cumplimiento y la regularidad y establecer la vigilancia de la farmacorresistencia en pacientes nuevos y previamente tratados.

Mortality risk factors associated with healthcare infections in a tertiary level university hospital in Colombia

Introducción. Las infecciones hospitalarias son una amenaza para la salud pública. A pesar de los esfuerzos para contenerlas, su incidencia sigue siendo grande y genera altos costos en la atención en salud. Objetivo. Determinar los factores asociados a mortalidad en pacientes con diagnóstico de infecciones hospitalarias en nuestra institución. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio prospectivo de cohortes entre enero y diciembre del 2011 por medio de la observación de 1.015 pacientes con diagnóstico de infección de acuerdo a los criterios del sistema de vigilancia hospitalaria sugeridos por los Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Se excluyó a quienes no tenían cultivo microbiológico de la infección o habían tenido reingresos hospitalarios en menos de un año. Se evaluaron variables sociodemográficas y clínicas, perfiles de resistencia microbiológica y uso de antibióticos. La variable de desenlace fue la muerte. Se realizó un análisis de supervivencia para cada variable, estableciendo significación estadística con la prueba de log-rank , así como un análisis multivariado mediante regresión de Cox. Se consideraron significativos los valores de p menores de 0,05. Resultados. El promedio de edad fue de 43 años (57 % hombres y 43 % mujeres); 53 % de los pacientes tuvo diagnóstico clínico y 47 %, quirúrgico; 54 % de las infecciones se presentó en la herida quirúrgica y 62 % de ellas se asociaron a microorganismos Gram negativos. La mortalidad durante el seguimiento fue de 24,4 %. En el análisis multivariado se encontró asociación con mortalidad para las variables de estancia en cuidado intensivo ( hazard ratio (HR)=1,51; IC 95% 1,13-2,01), uso inapropiado de antibióticos (HR=3,05; IC 95% 2,34-3,98) y uso de antibiótico genérico o copia (HR=1,91; IC IC 95% 1,43-2,55). Conclusiones. El empleo de moléculas genéricas y el uso inadecuado de antibióticos en pacientes con infecciones hospitalarias son factores que pueden modificarse para disminuir la mortalidad.

Introduction: Nosocomial infections are a public health threat. Despite multiple efforts, its incidence is still significant and it generates high costs in health care. Objective: To determine risk factors associated with mortality in patients with healthcare infections in a tertiary level hospital in Colombia. Materials and methods: A prospective cohort observational study was performed between January and December 2011. One thousand one hundred and fifteen patients with health care infections using the CDC definition criteria were included. Exclusion criteria were those patients with no microbiologic isolate associated with the infection or hospital readmissions in the last year. Socio-demographic and clinical variables, bacterial resistance profiles and antibiotic use were evaluated. Death was the primary outcome. Survival analysis for each variable was performed using statistical significance defined by the log-rank test. Multivariate and Cox regression analyses were done. Values of p less than 0.05 were considered statistically significant. Results: Mean age was 43 years old (57% men and 47% women); 53% of patients had a medical condition and 47% surgical diagnosis; 54% of health care infections were surgical site infections and 62% were associated to Gram-negative bacilli. The mortality rate during follow-up was 24.4%. On multivariate analysis we found an association with intensive care stay (HR=1.51; 95% CI: 1.13-2.01), inappropriate use of antibiotics (HR=3.05; 95% CI: 2.34-3.98) and use of generic antibiotics or copies (HR=1.91; 95%CI: 1.43-2.55). Conclusions: The use of generic molecules of antibiotics and inappropriate antibiotic treatments in patients with health care infections are modifiable factors to decrease mortality.

**Determination of single nucleotide mutations in the 23S rRNA gene of Helicobacter pylori related to clarithromycin resistance in a population from Cauca, Colombia**

Introducción. La terapia antibiótica combinada para la erradicación de Helicobacter pylori debería basarse en los patrones locales de resistencia. Objetivo. Determinar la resistencia de H. pylori a claritromicina en una población del departamento del Cauca mediante la identificación de mutaciones en el gen 23S r RNA en ADN obtenido de biopsias gástricas. Materiales y métodos. Se incluyeron en el estudio 162 pacientes con dispepsia funcional. El gen 23S rRNA se amplificó por PCR y el patrón de mutaciones se identificó por secuenciación directa. Resultados. La frecuencia de resistencia a claritromicina fue de 4 %. La mutación A2143G del gen se encontró en cuatro pacientes (2,46 %) y la mutación A2142G, en tres pacientes (1,85 %). Conclusiones. El estudio encontró que el genotipo más frecuente en los especímenes positivos para H. pylori fue 2143G, seguido por A2142G. La prevalencia observada de resistencia de H. pylori fue baja; por lo tanto, se considera que el tratamiento con claritromicina es una opción válida para la erradicación de H. pylori en la población objeto de estudio.

Introduction: Antibiotic combination therapy for the eradication of Helicobacter pylori should be based on local resistance patterns. Objective: To d etermine the resistance of H. pylori to clarithromycin in a population from Cauca province, through the identification of mutations in the 23S rRNA gene in DNA from gastric biopsies. Materials and methods: A total of 162 patients with functional dyspepsia were included in the study. The 23S rRNA gene and the DNA from 162 gastric specimens were amplified by PCR, and the mutation pattern was identified by direct sequencing. Results: The frequency of clarithromycin resistance was 4%. A2143G mutation was found in four patients (2.46%) and A2142G mutation was found in three patients (1.85%). Conclusions: Our study shows that the most frequent genotype in H. pylori -positive specimens was A2143G, followed by A2142G. The observed resistance prevalence of H. pylori was low; thus, we consider that clarithromycin treatment is a valid option for H. pylori eradication in the study population.

**Methicillin-resistant Staphylococcus aureus causes both c ommunity-associated and health care-associated infections in children at the Hospital Universitario de Santander**

Introduction: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a frequent cause of infection in the pediatric population. Initially, MRSA was restricted to hospitals; however, outbreaks in the community among people without health care-related risk factors have been reported worldwide. Currently, MRSA is a frequent cause of both hospital and community-associated infections. Objective: To describe the relationships between the molecular characteristics of MRSA isolates (staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) type and Panton-Valentine leukocidin (PVL) carriage) and the characteristics of infection (the origin and localization of infection) in pediatric patients at the Hospital Universitario de Santander in Bucaramanga, Colombia. Materials and methods: A total of 43 MRSA isolates were obtained from hospitalized pediatric patients. SCCmec typing (I-V), SCCmec IV subtyping and PVL carriage were determined and related to the clinical characteristics. Results: Among the MRSA isolates studied, SCCmec IVc was present in 77%, followed by 16% for SCCmec I and 2% for SCCmec IVa. Two isolates were not typeable (NT). PVL genes were carried by 88% of the MRSA isolates, including the SCCmec IVc/IVa and SCCmec I isolates. SCCmec IV caused both community-acquired infection (CAI) (47%) and nosocomial infection (HAI) (53%). SCCmec IV, PVL-positive MRSA was associated with both CAI (47%) and HAI (53%) and caused mostly SSTI and osteoarticular infection. Conclusions: These findings suggest that the presence of community-associated MRSA (CA-MRSA) (SCCmec IV and PVL positive) causes both health care-associated infection (HCAI) and nosocomial infection (HAI) in pediatric patients in Colombia.

Introducción. Staphylococcus aureus resistente a la meticilina (SARM) es un agente frecuente de infección en la población pediátrica. Aunque inicialmente las cepas de SARM estaban restringidas a los hospitales, se han reportado a nivel mundial brotes de infección por SARM en individuos sin factores de riesgo y, actualmente, SARM es una causa frecuente de infecciones hospitalarias y comunitarias. Objetivo. Describir la relación entre las características moleculares de aislamientos de SARM (casete cromosómico estafilocócico mec SCCmec y leucocidina Panton-Valentine) y el origen de la infección y su presentación clínica en pacientes pediátricos del Hospital Universitario de Santander en Bucaramanga, Colombia. Materiales y métodos. Se incluyeron 43 aislamientos de SARM obtenidos de niños hospitalizados. La clasificación del SCCmec (I-V) y la subclasificación del SCCmec-IV se realizaron en todos los aislamientos. Además, los genes de la leucocidina Panton-Valentine se detectaron mediante amplificación por PCR. Las características moleculares fueron asociadas con las características clínicas de cada paciente. Resultados. Entre los 43 SARM tipificados, el SCCmec-IVc fue el más frecuente con 77 %, seguido por el SCCmec-I con 16 % y el SCCmec-IVa con 2 %. Tres aislamientos no pudieron ser tipificados. Los genes de la leucocidina Panton Valentine se detectaron en 88 % de los SARM en aislamientos portadores del SCCmec-IVc/IVa y el SCCmec-I. Los SARM SCCmec-IV positivos para la leucocidina Panton-Valentine se asociaron con infecciones adquiridas en la comunidad (47 %) y en el hospital (53 %) con compromiso de piel y tejidos blandos, y en los casos más graves, con compromiso osteoarticular. Conclusiones. Estos resultados sugieren la presencia de cepas SARM-CO (SCCmec-IV positiva para PVL) causantes de infecciones adquiridas en la comunidad y en el medio hospitalario en pacientes pediátricos en Colombia.

**Behavior of carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae cases in cancer patients at a third level hospital in Bogotá, D.C.**

Introducción. La presencia en los hospitales de enterobacterias productoras de carbapenemasas es cada vez más frecuente. Los pacientes con cáncer en estado avanzado requieren medios invasivos para el diagnóstico, el tratamiento o los cuidados paliativos, así como el uso de antimicrobianos de amplio espectro para tratar infecciones secundarias, lo cual aumenta su propensión a las infecciones causadas por estas bacterias. Objetivo. Informar el comportamiento de Klebsiella pneumoniae productora de carbapenemasas de tipo KPC en el Instituto Nacional de Cancerología de Bogotá, entre enero de 2010 y diciembre de 2012. Materiales y métodos. Mediante el análisis de la base de datos y de los registros de los pacientes con aislamientos de K. pneumoniae productores de carbapenemasas de tipo KPC, a cargo del comité de infecciones de la institución, se identificaron y describieron las características epidemiológicas de los casos detectados. La determinación de brotes se efectuó con herramientas de control estadístico de calidad. Resultados. Entre enero de 2010 y diciembre de 2012 se identificaron 45 pacientes con aislamiento de K. pneumoniae productor de carbapenemasas de tipo KPC en alguna muestra. Hubo más aislamientos en pacientes de cáncer con tumores sólidos. La identificación se logró más frecuentemente en muestras de orina; el 17,7 % de los casos correspondió a colonización y el 82,3 %, a infección; 35,5 % (16/45) de los pacientes sobrevivió. Durante este periodo se identificaron dos brotes que se controlaron aplicando una estrategia multimodal. Conclusiones. Se encontró que la presencia de KPC fue más frecuente en infecciones que en colonizaciones. Durante estos dos años ocurrieron dos brotes que fueron controlados limitando la transmisión cruzada de bacterias multirresistentes por medio de estrategias de control convencionales.

Introduction: The presence of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae in hospitals is increasingly common. Patients with advanced cancer who require invasive means for diagnosis, treatment or palliative care, and the use of broad-spectrum antimicrobials to treat secondary infections show increased susceptibility to infections caused by these bacteria. Objective: To report the behavior of carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae (CPKP) isolates at the Instituto Nacional de Cancerología in Bogotá between January 2010 and December 2012. Materials and methods: By analyzing the database kept by the infection committee of the institution, as well as the records of patients with CPKC isolates, we identified and described the epidemiology of detected cases. Outbreaks were determined by using quality control statistical tools. Results: Between January 2010 and December 2012, we found 45 patients with CPKC isolates recovered from any sample. There were more isolates from patients with malignant solid tumors. CPKC isolates from urine samples were more often recovered; 17.7% of CPKC isolates corresponded to colonization, and 82.3% to infection; 35.5% of patients (16/45) survived. We identified two outbreaks during this period, which were controlled using a multimodal approach. Conclusions: This study found that CPKC presence is more frequent as infection than as colonization. During the two years of the study we detected two outbreaks, which were controlled by limiting multi-resistant bacteria cross transmission using conventional control strategies.

Evolution of bacterial resistance to antibiotics in México, 1973-2013

Introducción. La resistencia bacteriana a los antibióticos es un problema de salud mundial. Las investigaciones relacionadas con este problema emergente son indispensables para reconocer y desarrollar programas para su vigilancia y control. Objetivo. Revisar y comentar las contribuciones de los investigadores mexicanos en el área de la resistencia bacteriana a los antibióticos. Materiales y métodos. Se realizó una búsqueda de la literatura científica relacionada con la resistencia bacteriana a los antibióticos producida por investigadores mexicanos y registrada en Medline-PubMed entre 1973 y julio de 2013. Resultados. En 66 publicaciones, las contribuciones de investigadores mexicanos incluyeron datos sobre la resistencia de agentes patógenos entéricos como Salmonella Typhi, múltiples contribuciones sobre la producción de betalactamasas de espectro extendido, de metalobetalactamasas y de carbapenemasas, los mecanismos de resistencia en Pseudomonas aeruginosa y la evolución de la resistencia en cocos Gram positivos como Streptococcus pneumoniae , Staphylococcus aureus y Enterococcus spp., entre otros. Conclusiones. Los datos publicados en los últimos 40 años son fuente adecuada para entender la evolución de la resistencia bacteriana a los antibióticos y desarrollar programas para su control.

Introduction: Bacterial resistance to antibiotics is a worldwide public health concern. Research priorities for the study and control of this emerging problem include country-wide surveillance. Objective: To review and comment on the contributions by Mexican investigators towards a greater understanding of the mechanisms of bacterial antibiotic resistance. Materials and methods: A comprehensive search of the medical literature on Medline/PubMed between 1973 and July 2013 was performed. Results: The contributions of Mexican investigators have included descriptions of resistance in enteric pathogens, such as Salmonella Typhi, publications on the production of extended spectrum beta-lactamases, metallo-beta-lactamases, and carbapenemases, resistance mechanisms of Pseudomonas aeruginosa , and the evolution of resistance in Gram-positive pathogens, including Streptococcus pneumoniae , Staphylococcus aureus , and Enterococcus spp. Conclusion: The Mexican literature on mechanisms of bacterial resistance is relevant for the development of plans to control the antibiotic resistance crisis.

Resistance to "last resort" antibiotics in Gram-positive cocci: The post-vancomycin era

En los últimos años se han desarrollado nuevas alternativas para el tratamiento de infecciones por patógenos Gram positivos multirresistentes, entre los cuales Staphylococcus aureus resistente a la meticilina (SARM) y los enterococos resistentes a la vancomicina (ERV) se consideran un verdadero reto terapéutico, y aunque el uso de la vancomicina en infecciones graves causadas por SARM ha generado serias dudas en los últimos años, continúa siendo escasa la información clínica de respaldo al uso de agentes terapéuticos que la superen en eficacia. El linezolid, la daptomicina y la tigeciclina son agentes que tienen actividad contra los cocos Gram positivos y que fueron aprobados e introducidos en la terapia clínica en la década pasada. Además, se han probado o están en las fases finales de desarrollo otros agentes como las cefalosporinas de última generación (ceftarolina y ceftobiprol). El propósito de esta revisión fue describir las nuevas alternativas terapéuticas, particularmente en la era posterior a la vancomicina, y repasar las características químicas más relevantes de los compuestos y su espectro de actividad, haciendo énfasis en sus mecanismos de acción y resistencia.

New therapeutic alternatives have been developed in the last years for the treatment of multidrug-resistant Gram-positive infections. Infections caused by methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and vancomycin-resistant enterococci (VRE) are considered a therapeutic challenge due to failures and lack of reliable antimicrobial options. Despite concerns related to the use of vancomycin in the treatment of severe MRSA infections in specific clinical scenarios, there is a paucity of solid clinical evidence that support the use of alternative agents (when compared to vancomycin). Linezolid, daptomycin and tigecycline are antibiotics approved in the last decade and newer cephalosporins (such as ceftaroline and ceftobiprole) and novel glycopeptides (dalvavancin, telavancin and oritavancin) have reached clinical approval or are in the late stages of clinical development. This review focuses on discussing these newer antibiotics used in the "post-vancomycin" era with emphasis on relevant chemical characteristics, spectrum of antimicrobial activity, mechanisms of action and resistance, as well as their clinical utility.

**Mobile genetic elements associated with erythromycin-resistant isolates of Streptococcus pneumoniae in Colombia**

Introducción. La resistencia a macrólidos está aumentando en Streptococcus pneumoniae y se ha asociado con la presencia de elementos genéticos móviles. Objetivo. Determinar la distribución de transposones en aislamientos invasivos de S. pneumoniae resistentes a eritromicina en Colombia entre 1994 y 2011. Materiales y métodos. Se analizaron 225 aislamientos de S. pneumoniae resistentes a eritromicina. Los aislamientos tenían datos epidemiológicos, serotipo y sensibilidad antimicrobiana. Se determinaron los fenotipos con la prueba de doble disco y la presencia de transposones por medio de dos PCR múltiples para identificar los genes erm (B), mef (A), mef (E), tet M, cat , Aph3 -III, int -Tn 916 , xis -Tn 916 , TnpA -Tn 917 , Tnp R-Tn 917 e int- Tn 5252. Las relaciones 'clonales´ se establecieron por electroforesis en campo pulsado. Resultados. Del total de aislamientos, 62,7, 2,7 y 34,6 % presentaron fenotipos cMLS B , iMLS B y M, respectivamente. Se observó multirresistencia en 69,3 % de estos aislamientos. Los elementos genéticos más comunes en aislamientos con fenotipo MLS B fueron: Tn 5253 (34 %), principalmente en aislamientos con serotipo 6B relacionado con el clon España 6B -ST90; Tn 1545 (18,4 % ), en aislamientos con el serotipo 19A relacionado con ST276, y Tn 3872 (14,9 %), en aislamientos con serotipo 6B y 14. Otros siete transposones (32,7 %) se asociaron con diferentes serotipos. El elemento mega ( Macrolide Efflux Genetic Assembly ) (62,8 %) se asoció con el serotipo 6A y el ST473 en aislamientos con fenotipo M. Conclusiones. La mayoría de los aislamientos de S. pneumoniae resistentes a eritromicina en Colombia presentaron el fenotipo cMLS B y se asociaron con la presencia de transposones que contienen determinantes de resistencia a otros antibióticos. Además, los aislamientos con fenotipo M contienen el gen mef (E) en el elemento mega.

Introduction: Resistance to macrolide antibiotics is increasing in clinical isolates of Streptococcus pneumoniae and is associated with the presence of mobile genetic elements. Objetive: The aim of this study was to determine the distribution of serotypes and transposons among macrolide-resistant invasive isolates of S. pneumoniae in Colombia from 1994 to 2011. Materials and methods: A total of 225 macrolide-resistant S. pneumoniae isolates were analyzed. The isolates had epidemiological data, serotyping and antimicrobial susceptibility patterns. The phenotypes were tested by erythromycin-clindamycin double-disk test. We investigated the presence of transposons by several multiplex PCRs to identify the genes erm (B), mef(A), mef(E), tet M, Cat , Aph3 -III, int -Tn 916 , xis -Tn 916 , TnpA -Tn 917 , TnpR -Tn 917 and int -Tn 5252 . Results: Of all isolates, 62.7%, 2.7% and 34.6% of isolates exhibited cMLS B , iMLS B , and M phenotypes, respectively. Multiresistance was observed in 69.3% of these strains. The most prevalent genetic elements in MLS B were the Tn 5253 (34%), mostly carried in serotype 6B isolates and found to be related to the international clone Spain-ST90; Tn 1545 (18.4%), carried by serotype 19A and related to ST276, and Tn 3872 (14.9%), mainly detected in capsular types 6B and 14. Other seven transposons (32.7%) were associated with different serotypes. The mega element (62.8%) was associated to serotype 6A and ST473 in M phenotype. Conclusions: The majority of erythromycin-resistance isolates of S. pneumoniae in Colombia had the cMLS B phenotype and was associated with the presence of transposons, which carry multiple resistance determinants for other antibiotics. Moreover, isolates with M phenotype carried the gene mef( E) in the mega element.

**Characterization of isolates of carbapenemase-producing Pseudomonas aeruginosa from seven Colombian provinces**

Introducción. Pseudomonas aeruginosa es un patógeno oportunista causante de múltiples infecciones en pacientes hospitalizados. Este microorganismo desarrolla fácilmente resistencia a diversos antimicrobianos, incluidos los carbapenémicos, considerados como la última opción terapéutica frente a estas infecciones. En P. aeruginosa la resistencia a los carbapenémicos está mediada por diferentes mecanismos: carbapenemasas de clases B (MBL) y A, alteraciones en la expresión de OprD e hiperexpresión de las bombas de expulsión Mex. Objetivo. Describir la presencia de carbapenemasas en aislamientos de P. aeruginosa resistentes a carbapenémicos procedentes de siete departamentos . Materiales y métodos. De septiembre de 2012 a marzo de 2013 se recibieron 57 aislamientos de P. aeruginosa en el Grupo de Microbiología del Instituto Nacional de Salud. Su identificación y perfil de sensibilidad se confirmó por Vitek2 ® y técnica de difusión de disco (Kirby-Bauer) y los resultados se interpretaron según las guías del Clinical and Laboratory Standards Institute del 2013. Las carbapenemasas se detectaron fenotípicamente con el test modificado de Hodge y la prueba de sinergia para MBL usando los inhibidores EDTA-SMA, y genotípicamente con PCR convencional para los genes bla KPC, bla VIM, bla IMP y bla NDM. Resultados. De los 57 aislamientos remitidos, dos fueron sensibles a carbapenémicos y, de los 55 restantes, en 43 se confirmó la presencia de carbapenemasas; el mayor porcentaje de sensibilidad se presentó frente a la colistina (96,4 %; n=53). Los 43 aislamientos productores de carbapenemasas presentaron perfil de multirresistencia: 76,7 % fue positivo con el test modificado de Hodge y 79,1 % presentó sinergia con MBL. Treinta y tres aislamientos fueron positivos para bla VIM, nueve para bla KPC y un aislamiento fue productor tanto de carbapenemasas KPC como de VIM. Ningún aislamiento amplificó para bla IMP y bla NDM. Conclusiones. La carbapenemasa más frecuente fue la VIM seguida de la KPC en una relación aproximada de 3:1.

Introduction: Pse udomonas aeruginosa is an opportunistic pathogen that causes multiple infections in hospitalized patients. This microorganism has developed resistance to several antimicrobial agents, including carbapenems, which are considered to be the last therapeutic option against these infections. Carbapenem resistance of P. aeruginosa is mediated by different mechanisms: Carbapenemases class B (MBL) and A, alterations in the OprD expression and overexpression of the Mex efflux pump. Objective: To describe the presence of carbapenemases in P. aeruginosa isolates from seven Colombian provinces. Materials and methods: A total of 57 P. aeruginosa isolates were collected between September 2012 and March 2013 from national surveillance in Colombia and were sent to the Grupo de Microbiología at the Instituto Nacional de Salud (INS) for evaluation. Iidentification and antimicrobial susceptibility were confirmed through automated method (Vitek ® 2) and disk diffusion (Kirby-Bauer) according to the Clinical and Laboratory Standards Institute, CLSI, 2013. Phenotypic and genotypic confirmation was determined using the modified Hodge test (MHT), a synergism test using imipenem, EDTA-SMA and meropenem, and conventional PCR to detect the bla KPC, bla VIM, bla IMP and bla NDM genes. Results: Of the 57 isolates, two showed sensitivity to carbapenems. Forty-three isolates were positive for carbapenemases with a high percentage of sensitivity to colistin (76.4%, n=42). The 43 isolates producing carbapenemases showed multiple drug resistance: 72.1% were positive in the MHT and 79.1% showed MBL synergism. PCR amplification confirmed that 33 isolates were positive for bla VIM, nine were positive for bla KPC and one isolate expressed both KPC and VIM carbapenemases. No isolates showed amplified products with bla IMP and bla NDM primers. Conclusions: The most frequent carbapenemase was VIM, followed by KPC in an approximate ratio of 3:1.

**The spread of KPC-3 Klebsiella pneumoniae in hospitals in Bogotá over a three-year period (2008-2010)**

Introducción. Uno de los principales problemas de salud pública a nivel mundial son las infecciones producidas por enterobacterias resistentes a los carbapenémicos, entre las cuales Klebsiella pneumoniae es uno de los patógenos que con mayor frecuencia causa infecciones en el ámbito hospitalario. Objetivo. El objetivo del estudio fue describir la diseminación de aislamientos clínicos de K. pneumoniae productores de la enzima KPC-3 recuperados en hospitales de Bogotá. Materiales y métodos. Se analizaron 82 aislamientos de K. pneumoniae resistentes a antibióticos carbapenémicos recuperados entre el 2008 y el 2010 en 10 hospitales, a los cuales se les realizaron pruebas de detección fenotípica de enzimas por difusión de disco y microdilución, y de detección genotípica por PCR. La determinación de perfiles de sensibilidad frente a 13 antimicrobianos se realizó por métodos automatizados y manuales. La relación genética de los aislamientos se obtuvo por la técnica de PFGE. Resultados. Este estudio presenta el panorama del comportamiento de las enterobacterias resistentes a los carbapenémicos diseminadas en el curso de tres años en 10 hospitales de la ciudad, con características de resistencia a múltiples familias de antibióticos y pertenecientes a varios grupos de clones, cada uno con diferentes subtipos. Conclusiones. La diseminación de aislamientos clínicos de K. pneumoniae productores de enzima KPC-3 en Bogotá plantea la necesidad de fortalecer las acciones de vigilancia epidemiológica frente a este tipo de microorganismos y el desarrollo prioritario de actividades específicas de prevención y control de infecciones.

Introduction : One of the major worldwide public health problems today are the infections caused by carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE), among which carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae (CRKP), constitutes one of the most common pathogens causing nosocomial infection. Objective: This study was aimed at describing the dissemination of KPC-3 enzyme-producing Klebsiella pneumoniae in clinical isolates from hospitals in Bogotá. Materials and methods: Eighty-two CRKP isolates collected from 10 hospitals in Bogotá from 2008-2010 were analysed; disk diffusion and microdilution were used for phenotypic detection of enzymes and PCR for genotyping. Automated and manual methods were used for determining profiles for antimicrobial susceptibility testing (AST) with 13 agents. PFGE was used for obtaining the isolates´ genetic relationship. Results: This study gives an overview of CRKP patterns in 10 hospitals in Bogota which were found to present resistance to multiple antibiotic families. The CRKPs were grouped in different clones, each having different subtypes, and were spread in the 10 hospitals over the three-year period (2008-2010). Conclusions: The dissemination of KPC-3-producing Klebsiella pneumoniae nosocomial isolates in Bogota highlights the need for strengthening epidemiological surveillance against this type of microorganism and the development of specific priority activities for preventing and controlling such infection.

The usefulness of the nitrate reductase assay for detecting drug-resistant Mycobacterium tuberculosis

Introducción. La detección temprana de la resistencia en Mycobacterium tuberculosis es de gran importancia para el manejo del paciente y el control de la infección. Objetivo. Evaluar el rendimiento de la prueba de la nitrato reductasa para la determinación de la resistencia de M. tuberculosis a los siguientes medicamentos antituberculosos de primera línea: rifampicina, isoniacida, estreptomicina y etambutol. Materiales y métodos. Se comparó la utilidad de la prueba de la nitrato reductasa con el método de las proporciones múltiples para determinar la resistencia de aislamientos de M. tuberculosis . Resultados. Comparada con la del método de las proporciones múltiples, la sensibilidad de la prueba de la nitrato reductasa para rifampicina, isoniacida, estreptomicina y etambutol fue de 92, 91, 63 y 80 %, respectivamente, en tanto que la especificidad fue de 100, 100, 100 y 98 %, respectivamente. Los valores pronósticos positivos fueron, en su orden, 100, 100, 100 y 80 % para rifampicina, isoniacida, estreptomicina y etambutol, y los valores pronósticos negativos fueron 97, 93, 73 y 98 %, respectivamente. El tiempo medio de obtención de resultados fue menor cuando se uso la prueba de la nitrato reductasa (10 días) comparado con el del método de proporciones múltiples (28 días). Se observó una excelente concordancia entre los dos métodos fenotípicos de 98, 96, 81 y 96 % para rifampicina, isoniacida, estreptomicina y etambutol, respectivamente. Conclusiones. Los resultados demostraron que la prueba de la nitrato reductasa es útil para la detección precoz de farmacorresistencia y una herramienta valiosa para la detección rápida de la susceptibilidad de M. tuberculosis a los fármacos antituberculosos en países con bajos recursos.

Introduction: The early detection of resistance in Mycobacterium tuberculosis is of primary importance for both patient management and infection control. Objective: To evaluate nitrate reductase assay (NRA) performance for the testing of Mycobacterium tuberculosis drug-resistance against first-line anti-tuberculosis drugs, such as rifampicin (RIF), isoniazid (INH), streptomycin (STR) and ethambutol (EMB). Materials and methods: Fifty isolates were tested by using both the proportion method and the nitrate reductase assay. Results: RIF, INH, STR and EMB sensitivity was found to be 92%, 91%, 63% and 80% and 100%, respectively, and a corresponding specificity of 100%, 100%, 100% and 98% by comparing NRA results to those obtained with the gold standard (i.e., the proportion method). The positive predictive values for RIF, INH, STR and EMB were 100%, 100%, 100% and 80% and the negative predictive values were 97%, 93%, 73% and 98%, respectively. The mean time for obtaining results was shorter when using the nitrate reductase assay (10 days) compared to using the proportion method (28 days). Excellent agreement was observed between both phenotypic tests: 98%, 96%, 81% and 96% for RIF, INH, STR and EMB, respectively . Conclusions: The results showed that the nitrate reductase assay is suitable for the early determination of multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) and is a useful tool for the quick and accurate determination of a rapid M. tuberculosis drug-sensitivity test in countries having low resources.

Biomédica

Antimicrobial resistance: The biggest challenge for today’s infectology

The world's microbiology laboratories can be a global microbial sensor network

Risk factors associated with the isolation of extended spectrum betalactamases producing Escherichia coli or Klebsiella pneumoniae in a tertiary care hospital in Colombia

Antibiotic susceptibility patterns of bacteria isolated from keratitis and intraocular infections at Fundación Oftalmológica de Santander (FOSCAL), Floridablanca, Colombia

Changes over time in the distribution of dominant clonal complexes of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in Medellín, Colombia

Impairing methylations at ribosome RNA, a point mutation-dependent strategy for aminoglycoside resistance: The rsmG case

In vitro antimicrobial susceptibility in Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium isolated from hospitalized patients

Effect of adequate initial antimicrobi al therapy on mortality in critical patients with Pseudomonas aeruginosa bacteremia

Surveillance of healthcare associated infections, bacterial resistance and antibiotic consumption in high-complexity hospitals in Colombia, 2011

Prevalence of Gram-negative bacteria harboring bla KPC gene in Colombian hospitals