Biomédica

Medical microbiology: The backbone of infectology diseases

Successful treatment of hemophagocytic lymphohistiocytosis and disseminated intravascular coagulation secondary to histoplasmosis in a patient with HIV/AIDS

La linfohistiocitosis hemofagocítica es un síndrome poco frecuente que resulta de una activación incontrolada de los macrófagos y linfocitos, la cual compromete múltiples órganos y es potencialmente fatal sin el tratamiento oportuno. El síndrome puede ser de origen hereditario o secundario a procesos infecciosos, neoplásicos o autoinmunitarios. Se presenta el caso de un paciente con HIV/sida que desarrolló linfohistiocitosis hemofagocítica y coagulación intravascular diseminada asociadas a histoplasmosis, y que fue exitosamente tratado con anfotericina B, esteroides y tratamiento dialítico transitorio.

Haemophagocytic lymphohistiocytosis is an uncommon syndrome that results from an uncontrolled activation of macrophages and lymphocytes resulting in the compromise of multiple organs that is potentially fatal without timely treatment. It can be hereditary or a secondary result of infectious processes, neoplasms or autoimmune conditions. We present the case of a patient with HIV/AIDS who developed hemophagocytic lymphohistiocytosis as well as disseminated intravascular coagulation associated with histoplasmosis and who was successfully treated with amphotericin B, steroids and transitory dialytic support.

Orofacial infection by Conidiobolus coronatus

La entomoftoromicosis es un tipo de micosis subcutánea en el cual se incluyen la basidiobolomicosis y la conidiobolomicosis; esta última es causada principalmente por Conidiobolus coronatus , un hongo saprobio que habita el suelo en países tropicales y genera una afección rinofacial que compromete los tejidos blandos de la cara, los senos paranasales y la orofaringe, y tiene la capacidad de deformar el rostro en personas sin inmunodeficiencia aparente. La infección tiene un curso crónico con tendencia a la formación de granulomas que se pueden observar en el estudio histopatológico. Se presenta el caso de un agricultor de 28 años con un cuadro clínico de tumefacción rinofacial, obstrucción nasal y escurrimiento posterior, de seis meses de evolución, a quien se le diagnosticó conidiobolomicosis a partir de un cultivo de tejido después de múltiples biopsias de tejidos del área facial. El paciente recibió tratamiento antifúngico con anfotericina B y posteriomente con itraconazol, con lo cual su mejoría fue notable, por lo que no requirió tratamiento quirúrgico. El tratamiento con itraconazol se extendió por un año, al cabo del cual no había evidencia de recaída. Dada la poca frecuencia de esta enfermedad, no hay una estrategia de tratamiento establecida; sin embargo, el uso de azoles, como el itraconazol, se señala cada vez más en los diferentes reportes de caso, haya habido tratamiento quirúrgico adyuvante o no. En este reporte de caso se describe, además, la respuesta clínica y terapéutica a largo plazo de esta micosis infrecuente en Colombia.

Conidiobolus , itraconazol, informes de casos, Colombia.

Entomophtoramycosis is a type of subcutaneous mycosis which includes both basidiobolomycosis and conidiobolomycosis; the latter is caused by Conidiobolus coronatus , a saprophytic fungus which lives in tropical soils. This mycosis characteristically affects the paranasal sinuses and oropharynx, with the potential to deform the face in patients without apparent immunodeficiency. It has a chronic course of infection with a tendency to form granulomas visible using histology. We present the case of a 28 year-old male agricultural worker, with a clinical profile of 6 months´ evolution of rhinofacial tumefaction, nasal obstruction and post-nasal drip who was diagnosed with conidiobolomycosis by means of tissue culture after multiple biopsies of the facial area. The patient received antifungal treatment with amphotericin B and subsequently with itraconazol, resulting in a dramatic improvement without the need for surgical treatment; itraconazol was administered for one year and there was no evidence of relapse at the end of this period. Due to the low frequency of this disease there is no established treatment strategy; however, the use of azoles such as itraconazol with or without adjuvant surgical treatment is increasingly seen in case reports. The present report adds to the clinical experience in Colombia of this rare mycosis and also describes the long-term clinical and therapeutic response.

Tuberculous pyomyositis in an immunosuppressed patient

La piomiositis tuberculosa es una manifestación poco frecuente de la tuberculosis extrapulmonar que se presenta más comúnmente en pacientes inmunosuprimidos, con manifestaciones clínicas similares a las de la piomiositis de otras etiologías, pero a una edad más temprana. Los factores de riesgo más usuales son la infección tuberculosa previa y la inmunosupresión farmacológica. El diagnóstico depende de la sospecha clínica en una población expuesta, ya que en muchas ocasiones el aislamiento microbiológico no es posible. La respuesta al tratamiento y el pronóstico son buenos. El caso que se presenta es llamativo dada la rareza de esta manifestación de la tuberculosis y la lenta mejoría con el tratamiento antituberculoso de primera línea en este paciente con infección por HIV y recaída, a pesar de que el aislamiento microbiológico resultó sensible.

Tuberculous pyomyositis is a rare manifestation of extrapulmonary tuberculosis, most common in immunosuppressed patients, with clinical manifestations similar to pyomyositis of other etiologies, although with a lower age of presentation; notable risk factors include prior tuberculosis infection and pharmacological immunosuppression. Diagnosis depends on a high clinical suspicion of the infection in a susceptible population, given that microbiological isolation is often impossible. The response to treatment and prognosis are good. The case presented here is noteworthy given the rarity of this manifestation of tuberculosis and the slow response to first-line TB management in an HIV patient, despite susceptible microbiological isolation.

Positive 14-3-3 and tau proteins in a sporadic Creutzfeldt-Jakob disease case and a brief perspective of prion diseases in Colombia

Prion diseases are rare neurodegenerative disorders occurring worldwide and affecting both humans and animals. Herein, we present the case of a patient diagnosed with definite sporadic Creutzfeldt-Jakob disease in Cali, Colombia. Besides neurological examination, 14-3-3 and tau proteins were valuable tools supporting the diagnosis. We also present a brief perspective of the prion diseases reported in Colombia to date. Although the incidence of prion diseases is unknown in Colombia, our literature review revealed that one case of scrapie in 1981 and 29 human sporadic cases of Creutzfeldt-Jakob disease have been documented and published in our country.

Las enfermedades priónicas son alteraciones neurodegenerativas raras que ocurren en todo el mundo y afectan tanto a humanos como a animales. En el presente artículo, se reporta un caso con diagnóstico confirmado de enfermedad esporádica de Creutzfeldt-Jakob. Además del examen neuropatológico, las proteínas 14-3-3 y tau fueron herramientas valiosas que ayudaron en el diagnóstico. También, se presenta una breve reseña de las enfermedades priónicas reportadas en Colombia hasta la fecha. Aunque en el país se desconoce la incidencia de las enfermedades priónicas, nuestra búsqueda en la literatura científica reveló informes publicados sobre un caso de tembladera de las ovejas ( scrapie o encefalopatía espongiforme ovina) en 1981 y 29 casos esporádicos de Creutzfeldt-Jakob en el país.

**Molecular identification of Leishmania spp. in clinical isolates from Colombia based on hsp 70 gene**

Introducción. La leishmaniasis es una enfermedad de gran prevalencia en Colombia, donde al menos seis especies diferentes la originan en el ser humano, con un amplio rango de características clínicas. La tipificación de la especie es importante, no solo desde el punto de vista epidemiológico, sino para el diagnóstico, dado que el tratamiento puede variar dependiendo de la especie identificada. En la identificación se han utilizado varias alternativas metodológicas con diferentes niveles de poder discriminatorio. Objetivo. Identificar especies de Leishmania mediante la amplificación molecular de un fragmento del gen hsp 70. Materiales y métodos. Se amplificó un fragmento del gen hsp 70 mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR- hsp 70) y se hizo el análisis de los polimorfismos de la longitud ( Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP) de los fragmentos de restricción de 81 aislamientos clínicos de Leishmania spp. de pacientes con leishmaniasis cutánea y mucocutánea para la identificación de las especies presentes. Resultados. Se obtuvo un solo amplicón para todas las muestras analizadas. La restricción enzimática de los 81 productos permitió la identificación de 70 con dos patrones de bandas que correspondían a dos alelos de Leishmania braziliensis (62 y ocho aislamientos, respectivamente), nueve aislamientos compatibles con L. panamensis y dos con L. guyanensis . El origen geográfico de los aislamientos coincidió con el de reportes previos sobre la distribución de dichas especies en Colombia. Conclusiones. La técnica de la PCR- hsp 70 y el análisis de RFLP fueron útiles para identificar las especies de Leishmania aisladas de muestras clínicas de Colombia y pueden aplicarse también en el estudio de cepas de vectores y reservorios de importancia epidemiológica.

Introduction: Leishmaniasis is highly prevalent in Colombia, where at least six different species can cause disease of varying clinical presentations in humans. The identification of the infecting species is quite important for prognosis, therapeutics and epidemiology. Different techniques with variable discriminatory power have been used for the identification. Objective: To carry out the molecular identification of Leishmania species through the amplification of a fragment of the hsp 70 gene. Materials and methods: Molecular amplification of the hsp 70 gene fragment (PCR- hsp 70) followed by restriction fragment length polymorphism analysis (RFLP) was done for identification purposes using DNA from 81 clinical isolates of Leishmania . Results: A single amplicon was obtained for all samples analyzed. The enzymatic restrictions of the 81 PCR products identified 70 with a banding pattern corresponding to L. braziliensis with two different patterns (62 and eight isolates, respectively), nine isolates compatible with L. panamensis and two with L. guyanensis . The geographical origin of the isolates is consistent with previous reports about the distribution of the corresponding species in Colombia. Conclusions: The PCR- hsp 70/RFLP technique used is a valid tool for the identification of Leishmania species isolated from clinical samples of patients in Colombia, which may also be applicable to the study of strains obtained from vectors and reservoirs with epidemiological significance.

**Molecular evidence of Rickettsia typhi infection in dogs from a rural community in Yucatán, México**

Introducción. Rickettsia typhi es la bacteria causante del tifus múrido o endémico, el cual es transmitido al ser humano principalmente por medio de las heces infectadas de pulgas y en cuyo ciclo de infección se encuentran involucrados distintos animales sinantrópicos y domésticos. En la comunidad rural de Bolmay, Yucatán, México, se reportaron casos de tifus múrido en seres humanos durante el periodo 2007-2010. Objetivo. Identificar la presencia de R . typhi y estimar la frecuencia de infección en perros de Bolmay, México. Materiales y métodos. Se tomaron muestras de sangre completa de 128 perros, se les extrajo el ADN total y se analizaron mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para amplificar los fragmentos del gen de 17 kDa y omp B , y confirmar la presencia de Rickettsia spp. Los productos de las reacciones se enviaron a secuenciación y se les hizo un análisis de alineamiento con Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). Resultados. Se encontró una frecuencia de infección de 5,5 % (7/128). El alineamiento demostró 99 % de homologación para el gen de 17 kDa y 100 % para el gen omp B en R . typhi . Conclusión. Se detectó la presencia de R . typhi pero una baja frecuencia de infección en perros de la comunidad de estudio; sin embargo, la especie podría representar un riesgo de transmisión para los seres humanos.

Introduction: Rickettsia typhi causes murine or endemic typhus, which is transmitted to humans primarily through flea bites contaminated with feces. Synanthropic and domestic animals also contribute to the infection cycle of R. typhi . Cases of murine typhus in humans were reported in the rural community of Bolmay, Yucatán, México, between 2007 and 2010. Objective: To identify the presence of R . typhi and estimate the frequency of infection in dogs from Bolmay, México, a locality with previous reports of murine typhus in humans. Materials and methods: Whole blood samples were taken from 128 dogs. Total DNA was extracted for use in the polymerase chain reaction (PCR) to amplify fragments of the 17 kDa and omp B genes and confirms the presence of Rickettsia spp. The reaction products were sequenced, and alignment analysis was performed using the BLAST tool. Results: The frequency of R. typhi infection in dogs was 5.5 % (7/128). The alignment identified 99% and 100% homology to the R . typhi 17 kDa and omp B genes, respectively. Conclusion: We confirmed the presence of R . typhi in dogs in the studied community but at a low frequency. However, there is potential risk of transmission to humans.

Risk factors, representations and practices associated with emerging urban human visceral leishmaniasis in Posadas, Argentina

Introducción. La leishmaniasis visceral es una enfermedad desatendida de alta letalidad que amerita que se profundice en los estudios locales para diseñar estrategias efectivas de control. En América, su transmisión ya se ha evidenciado en las zonas urbanas, en donde el reservorio principal es el perro doméstico. Las condiciones socioeconómicas, así como las representaciones y las prácticas de los grupos domésticos podrían desempeñar un papel crucial y poco conocido en su transmisión. Objetivo. Analizar las representaciones y las prácticas de prevención y afrontamiento de la leishmaniasis visceral humana y canina, así como los factores socioeconómicos de riesgo. Materiales y métodos. Se hizo un estudio transversal de casos y controles. Se definió´caso´ como un grupo doméstico en el que, al menos, un integrante tuviera antecedentes de leishmaniasis visceral humana y hubiera sido notificado por el Ministerio de Salud Pública. El´control´ se definió como un grupo doméstico sin integrantes con antecedentes de la enfermedad. A partir de la información primaria, se caracterizó demográfica y socialmente a la población, se estableció la calidad de las viviendas, se hizo una clasificación de los conocimientos y las actitudes en torno a la enfermedad, y se describieron las prácticas asociadas al riesgo y la presencia de leishmaniasis visceral canina. Resultados. La mala calidad de la vivienda (p=0,001), las personas del grupo doméstico que permanecían fuera de esta después de las 18 horas (razón de momios, OR ( odds ratio) =4,5; IC 95% 1,69-12,18), la reproducción sin control de la raza canina (OR=15,7; IC 95% 3,91-63,2) y la presencia de leishmaniasis visceral canina en el domicilio (OR=120,3; IC 95% 18,51-728,3), se asociaron positivamente o incrementaron el riesgo de contraer leishmaniasis visceral humana. Conclusión. Se observó que la pobreza estructural constituía un factor social determinante del riesgo, y que aumentaba la probabilidad de contacto entre humanos y vectores por la mala calidad de la vivienda y el hacinamiento. El factor de riesgo más importante para la leishmaniasis visceral humana fue la tenencia en el domicilio de perros con la enfermedad.

Introduction: Visceral leishmaniasis is an often overlooked disease with high lethality rates about which there is need of additional local studies to inform the design of effective control strategies. The urbanization of its transmission has already been verified in America, with domestic dogs being the primary reservoirs and vectors of the disease. Socio-economic conditions, demographics and practices of domestic groups typically present in urban settings may play a specific role in the transmission of the infection, which is still poorly understood. Objective: To analyze the sociodemographic characteristics, risk factors and overall practices concerning prevention and coping strategies of visceral leishmaniasis, in both human beings and canines. Materials and methods: This study utilized a cross-sectional case-control design. Cases were defined as a domestic group where the Public Health Ministry had at least one record of a member with human visceral leishmaniasis. Control cases were defined as a domestic group without a clinical record of the disease. The populations were characterized demographically and socially using primary information sources. Measures of household quality and a ranking of knowledge and attitudes towards visceral leishmaniasis were constructed, and practices associated with the presence, and the risk for canine visceral leishmaniasis were described. Results: Low household quality (p=0.001), a member of the domestic group out of the household after 6:00 pm (OR=4.4; 95% CI: 1.69-12.18), the uncontrolled racial breeding of dogs (OR=15.7; 95% CI: 3.91-63.2), and the presence of infected dogs infected in the household (OR=120.3; 95% CI: 18.51-728.3) were variables positively associated with the risk of infection. Conclusion: We observed certain social risk factors, primarily low household quality and overcrowding, associated with structural poverty that could increase human-vector contact probability. The most important risk factor for human visceral leishmaniasis was the possession of infected dogs in the household.

Evaluation of modified Dennis parasitological technique for diagnosis of bovine fascioliasis

Introducción. La fasciolosis bovina genera cuantiosas pérdidas económicas, que en Colombia se estiman en COP$12.483 millones anuales, y tiene una prevalencia de 25 % en vacunos lecheros. La enfermedad se diagnostica mediante pruebas parasitológicas. En el país se utiliza la técnica de Dennis modificada en el 2002, pero su sensibilidad, especificidad y validez se desconocen. Objetivo. Evaluar la validez y el desempeño de la técnica modificada de Dennis para el diagnóstico de fasciolosis bovina, usando como prueba de referencia la observación de parásitos en el hígado. Materiales y métodos. Se hizo un estudio de evaluación diagnóstica. Se seleccionaron por conveniencia bóvidos de descarte sacrificados entre marzo y junio de 2013 en Frigocolanta; de cada ejemplar se recolectaron 25 g de heces y se examinaron los conductos biliares y el hígado en busca de Fasciola hepatica . Se estimaron los valores de sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo, valor predictivo negativo e índice de validez, con intervalos de confianza de 95 %. Como prueba de referencia se usó la evaluación post mortem . Resultados. Se analizaron 180 bóvidos. La sensibilidad y la especificidad de la técnica modificada de Dennis fueron de 73,2 % (IC 95% 58,4-87,9) y 84,2 % (IC 95% 77,7-90,6), respectivamente. El valor predictivo positivo fue de 57,7 % (IC 95% 43,3-72,1) y el negativo fue de 91,4 % (IC 95% 86,2-96,6). La prevalencia de fasciolosis bovina fue de 22,8 % (IC 95% 16,4-29,2). Conclusión. La validez y el desempeño de la técnica modificada de Dennis fueron superiores a los de la técnica tradicional, por lo que constituye una buena heramienta de tamización para el diagnóstico de la fasciolosis en estudios poblacionales y de prevalencia, así como en jornadas de salud animal.

Introduction: Bovine fascioliasis causes important economic losses, estimated at COP$ 12,483 billion per year; its prevalence is 25% in dairy cattle. Parasitological techniques are required for it diagnosis. The Dennis technique, modified in 2002, is the one used in Colombia, but its sensitivity, specificity and validity are not known. Objective: To evaluate the validity and performance of the modified Dennis technique for diagnosis of bovine fascioliasis using as reference test the observation of parasites in the liver. Materials and methods: We conducted a diagnostic evaluation study. We selected a convenience sample of discarded bovines sacrificed between March and June, 2013, in Frigocolanta for the study. We collected 25 g of feces from each animal and their liver and bile ducts were examined for Fasciola hepatica . The sensitivity, specificity, predictive positive value, predictive negative value, and validity index were calculated with 95% confidence intervals. The post-mortem evaluation was used as the gold standard. Results: We analyzed 180 bovines. The sensitivity and specificity of the modified Dennis technique were 73.2% (95% CI=58.4% - 87.9%) and 84.2% (95% CI= 77.7% - 90.6%), respectively. The positive predictive value was 57.7% (95% CI= 43.3% - 72.1%) and the negative one 91.4% (95% CI= 86.2% - 96.6%). The prevalence of bovine fascioliasis was 22.8% (95% CI= 16.4% - 29.2%). Conclusion: The validity and the performance of the modified Dennis technique were higher than those of the traditional one, which makes it a good screening test for diagnosing fascioliasis for population and prevalence studies and during animal health campaigns.

**Risk factors for hospital-acquired bacteremia due to carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa in a Colombian hospital**

Introducción. Las bacteriemias por Pseudomonas aeruginosa resistentes a carbapenémicos son un problema de salud pública por las pocas alternativas de tratamiento disponibles, el aumento de la estancia hospitalaria, los costos que genera y el aumento en el riesgo de mortalidad. Objetivo. Evaluar los factores de riesgo de bacteriemia por P. aeruginosa resistente a carbapenémicos adquirida en el Hospital Universitario San Ignacio, durante el periodo comprendido entre enero de 2008 y junio de 2014. Materiales y métodos. Se hizo un estudio de casos y controles. Los casos eran de pacientes que presentaban bacteriemia por P. aeruginosa resistente a carbapenémicos y los controles eran pacientes con P. aeruginosa sensible a este grupo de antibióticos. Se midieron variables como el uso de meropenem o ertapenem, la inmunosupresión y la neoplasia, y se determinaron la mortalidad y el tiempo de estancia hospitalaria. Resultados. Se evaluaron 168 pacientes, 42 casos y 126 controles. En el modelo multivariado se encontraron los siguientes factores de riesgo relacionados con la bacteriemia por P. aeruginosa resistente a carbapenémicos y adquirida en el hospital: uso de nutrición parenteral ( odds ratio , OR=8,28; IC 95% 2,56-26,79; p=0), uso de meropenem (OR=1,15; IC 95% 1,03-1,28; p=0,01) y uso de ciprofloxacina (OR=81,99; IC 95% 1,14-5884; p=0,043). Conclusión. Para el control de la aparición de P. aeruginosa resistente a carbapenémicos, se deben fortalecer los programas de control de antimicrobianos, promover el uso prudente de carbapenémicos y quinolonas, y vigilar el uso adecuado de la nutrición parenteral.

Introduction: Bacteremia due to Pseudomonas aeruginosa resistant to carbapenems is a public health problem due to the limitations it places on therapeutic options, as well as the increased time patients must spend in hospital, costs and the risk of mortality. Objective: To evaluate the risk factors for presentation of bacteremia due to carbapenem-resistant P. aeruginosa acquired in the Hospital Universitario San Ignacio between January 2008 and June 2014. Materials and methods: This was a case control study in which the case patients presented bacteremia due to P. aeruginosa resistant to carbapenems and the control group included patients with P. aeruginosa susceptible to this group of antibiotics. Variables such as the previous use of meropenem and ertapenem, immunosuppression and neoplasia were measured. Mortality and duration of hospital were also described. Results: In all, 168 patients were evaluated, of which 42 were cases and 126 controls. Using a multivariate model, the risk factors related to bacteremia due to carbapenem-resistant P. aeruginosa acquired in hospital were the following: use of parenteral nutrition (OR=8.28; 95% CI: 2.56-26.79; p=0); use of meropenem (OR=1.15; 95% CI: 1.03-1.28; p=0.01); and use of ciprofloxacin (OR=81.99; 95% CI: 1.14-5884; p=0.043). Conclusion: In order to prevent the emergence of carbapenem-resistant P. aeruginosa , antimicrobial control programs should be strengthened by promoting the prudent administration of carbapenems and quinolones. The correct use of parenteral nutrition should also be monitored.

Molecular diagnosis of extrapulmonary tuberculosis and sensitivity to rifampicin with an automated real-time method

Introducción. La tuberculosis continúa siendo un problema de salud pública mundial, y la forma extrapulmonar representa entre 10 y 20 % del total de casos en personas inmunocompetentes, porcentaje que se incrementa en los portadores del virus de la inmunodeficiencia humana (HIV). Su diagnóstico es difícil con los métodos convencionales por la naturaleza paucibacilar de las muestras. La prueba Xpert ® MTB/RIF ha significado un importante avance en la detección molecular de Mycobacterium tuberculosis y hoy se utiliza en una variedad de muestras clínicas obtenidas de sitios diferentes a las vías respiratorias. Objetivo. Determinar la utilidad de la prueba Xpert ® MTB/RIF en la detección de M. tuberculosis y la sensibilidad a la rifampicina en pacientes con sospecha de tuberculosis extrapulmonar, atendidos en el Hospital Universitario de San Vicente Fundación de Medellín entre 2013 y 2014. Materiales y métodos. Se hizo un estudio descriptivo de corte transversal retrospectivo y prospectivo en 372 muestras consecutivas provenientes de 301 pacientes con sospecha de tuberculosis extrapulmonar, las cuales se analizaron mediante baciloscopia, cultivo en medio de Ogawa-Kudoh y prueba molecular Xpert ® MTB/RIF. Resultados. De los pacientes estudiados, 182 eran hombres (60 %) y la condición de base más frecuentemente diagnosticada fue la infección por HIV. Al tomar como referencia el cultivo, la sensibilidad y la especificidad general de la prueba molecular fueron de 94 % (IC 95% 83-100) y 97 % (IC 95% 95-99), respectivamente, y para la baciloscopia, fueron de 38,71 % (IC 95% 19-57) y 100 % (IC 95% 99-100), respectivamente. En el análisis estratificado por muestras se encontraron sensibilidades mayores de 75 %; 37 aislamientos fueron sensibles a la rifampicina y uno fue resistente. Conclusión. La prueba Xpert ® MTB/RIF tuvo un buen desempeño en muestras de diferentes tejidos y líquidos, y constituye un avance significativo como apoyo para el diagnóstico de la tuberculosis extrapulmonar en términos de tiempo y porcentaje de positividad.

Introduction: Tuberculosis continues to be a global public health problem, the extrapulmonary form being estimated to occur in 10-20% of immunocompetent individuals, increasing in patients who are carriers of the human immunodeficiency virus (HIV); its diagnosis is difficult with conventional methods due to the paucibacillary nature of samples. The Xpert ® MTB/RIF test represents an important development in the molecular detection of Mycobacterium tuberculosis and has been used with a variety of non-respiratory clinical samples. Objective: To determine the effectiveness of Xpert ® MTB/RIF in the detection of M. tuberculosis and sensitivity to rifampicin in patients with suspected extrapulmonary tuberculosis attending Hospital Universitario de San Vicente Fundación in Medellín in 2013-2014. Materials and methods: This was a descriptive, cross-sectional ambispective study of 372 consecutive samples from 301 patients with suspected extrapulmonary tuberculosis, who were subjected to bacilloscopy, followed by culture in Ogawa Kudoh and the Xpert ® MTB/RIF molecular test. Results: The most frequent base diagnosis (60%) for the 182 patients was infection with HIV. Using the culture as reference, the sensitivity and general specificity of the molecular test was 94% (95% CI: 83-100) and 97% (95% CI: 95-99), respectively; for bacilloscopy it was 38.71(95% CI: 19-57) and 100% (95% CI: 99-100), respectively. Sensitivities higher than 75% were found in analyses stratified by samples. Thirty-seven of the isolates were sensitive and one resistant to rifampicin. Conclusion: Xpert ® MTB/RIF performed well in samples from different tissues and liquids, representing a significant advance in support of extrapulmonary tuberculosis diagnosis in terms of time and percentage positivity.

**Prevalence of anti- Trypanosoma cruzi antibodies in women of childbearing age in Socotá, Boyacá, 2014**

Introducción. La enfermedad de Chagas es una parasitosis causada por el protozoo Trypanosoma cruzi . Los factores de riesgo epidemiológico están asociados con las condiciones socioeconómicas y, actualmente, la enfermedad constituye un importante problema de salud pública; hay reportes en los que se ha registrado en regiones endémicas situadas hasta los 2.000 metros sobre el nivel del mar. Objetivo. Determinar la prevalencia de anticuerpos anti- T. cruzi y los posibles factores asociados a esta condición en mujeres en edad fértil del municipio de Socotá, Boyacá. Materiales y métodos. Se hizo un estudio observacional, descriptivo y de corte transversal en una población de mujeres en edad fértil del municipio de Socotá, Boyacá. Las muestras se analizaron mediante las pruebas serológicas ELISA IgG e IgM para Chagas y de hemaglutinación indirecta. Se consideraron como confirmados aquellos casos con resultados positivos en ambas pruebas. Se hizo un análisis univariado y una asociación estadística de variables. Resultados. Se halló una prevalencia confirmada de 1,4 % (2/138) en este municipio. La tenencia de animales en la casa y el contacto con el vector se detectaron entre los factores asociados, aunque sin significación estadística. Conclusiones. Con base en los resultados del presente estudio, se sugiere una búsqueda activa de casos de la enfermedad de Chagas en zonas no endémicas de Colombia que presenten los factores de riesgo para la adquisición de la enfermedad, aun cuando las condiciones climáticas y la altura sobre el nivel del mar sean diferentes a las descritas en la literatura científica.

Introduction: Chagas´ disease is a parasitic disease caused by the protozoan Trypanosoma cruzi. This condition presents epidemiological risk factors associated with socioeconomic conditions and is currently considered an important public health problem. Its presence has been reported in endemic regions at elevations of up to 2,000 meters above sea level. Objective: To determine the prevalence of anti- T. cruzi antibodies and the possible risk factors associated with this condition in women of childbearing age from the town of Socotá, Boyacá. Materials and methods: An observational, descriptive cross-sectional study was conducted in a population of women of childbearing age from Socotá, Boyacá. The samples were analyzed by Chagas ELISA IgG and IgM test and indirect hemagglutination test. A univariate analysis and statistical association of variables were performed. Results: A confirmed prevalence of 2/138 (1.4%) was found in this town. Having pets or a history of contact with vectors were possible associated risk factors although without statistical significance. Conclusions: From the results obtained in the present study, it is suggested that more active research be carried out for cases of Chagas´ disease in non-endemic areas in Colombia that present risk factors for acquiring the disease, even when the environmental conditions and elevation differ from those described in the literature.

Production of recombinant proteins from Plasmodium falciparum in Escherichia coli

Introduction: The production of recombinant proteins is essential for the characterization and functional study of proteins from Plasmodium falciparum . However, the proteins of P . falciparum are among the most challenging to express, and when expression is achieved, the recombinant proteins usually fold incorrectly and lead to the formation of inclusion bodies. Objective: To obtain and purify four recombinant proteins and to use them as antigens to produce polyclonal antibodies. The production efficiency and solubility were evaluated as the proteins were expressed in two genetically modified strains of Escherichia coli to favor the production of heterologous proteins (BL21-CodonPlus (DE3)-RIL and BL21-pG-KJE8). Materials and methods: The four recombinant P. falciparum proteins corresponding to partial sequences of PfMyoA (Myosin A) and PfGAP50 (gliding associated protein 50), and the complete sequences of PfMTIP (myosin tail interacting protein) and PfGAP45 (gliding associated protein 45), were produced as glutathione S-transferase-fusion proteins, purified and used for immunizing mice. Results: The protein expression was much more efficient in BL21-CodonPlus, the strain that contains tRNAs that are rare in wild-type E. coli , compared to the expression in BL21-pG-KJE8. In spite of the fact that BL21-pG-KJE8 overexpresses chaperones, this strain did not minimize the formation of inclusion bodies. Conclusion: The use of genetically modified strains of E . coli was essential to achieve high expression levels of the four evaluated P . falciparum proteins and lead to improved solubility of two of them. The approach used here allowed us to obtain and purify four P . falciparum proteins in enough quantity to produce polyclonal antibodies in mice, and a fair amount of two pure and soluble recombinant proteins for future assays.

Introducción. La producción de proteínas recombinantes es fundamental para el estudio funcional de las proteínas de Plasmodium falciparum . Sin embargo, las proteínas recombinantes de P . falciparum están entre las más difíciles de expresar y, cuando lo hacen, usualmente se agregan dentro de cuerpos de inclusión insolubles. Objetivo. Evaluar la producción de cuatro proteínas de P. falciparum usando como sistema de expresión dos cepas de Escherichia coli genéticamente modificadas para favorecer la producción de proteínas heterólogas y establecer una reserva de proteínas recombinantes puras y solubles, y producir anticuerpos policlonales a partir de ellas. Materiales y métodos. Las proteínas recombinantes, las cuales correspondían a secuencias parciales de PfMyoA (Miosina-A) y PfGAP50 (proteína-asociada a glideosoma de 50 kDa) y a las secuencias completas de PfMTIP (proteína de interacción con miosina-A) y PfGAP45 (proteína asociada a glideosoma de 45 kDa), fueron expresadas como proteínas de fusión con la glutatión S-transferasa y luego purificadas y usadas para producir anticuerpos policlonales en ratón. Resultados. La expresión de las proteínas recombinantes fue mucho más eficiente en la cepa BL21-CodonPlus (la cual expresa tRNAs escasos en las bacterias silvestres), que en la cepa BL21-pG-KJE8. Por el contrario, aunque la cepa BL21-pG-KJE sobreexpresa chaperonas, no redujo la formación de cuerpos de inclusión. Conclusión. El uso de cepas de E . coli genéticamente modificadas fue fundamental para alcanzar altos niveles de expresión de las cuatro proteínas recombinantes evaluadas y permitió obtener dos de ellas en forma soluble. La estrategia utilizada permitió expresar cuatro proteínas recombinantes de P . falciparum en cantidad suficiente para inmunizar ratones y producir anticuerpos policlonales y, además, conservar proteína pura y soluble de dos de ellas para ensayos futuros.

**Prevalence of Borrelia burgdorferi sensu lato in synanthropic rodents in two rural communities of Yucatán, México**

Introducción. La enfermedad de Lyme es una zoonosis multisistémica causada por Borrelia burgdorferi sensu lato. Esta espiroqueta circula en un ciclo enzoótico entre un reservorio vertebrado primario y las garrapatas. Se ha encontrado que varias especies de roedores son eficientes reservorios naturales de B. burgdorferi s.l. Objetivo. Estimar la prevalencia de B. burgdorferi s.l. en roedores sinantrópicos en dos comunidades rurales de Yucatán, México. Materiales y métodos. Se capturaron 123 roedores (94 Mus musculus y 29 Rattus rattus ) para obtener muestras de tejidos de oreja y vejiga. Para la detección de B. burgdorferi s.l. en las muestras, se amplificaron los genes de la flagelina B ( fla B ) y las lipoproteínas de membrana externa, ospC y p66 , mediante reacción en cadena de la polimerasa, y se secuenciaron los amplicones obtenidos. Resultados. La frecuencia de infección por B. burgdorferi s.l. en roedores fue de 36,5 % para flaB (45/123), de 10,5 % (13/123) para p66 y de 3,2 % (4/123) para ospC . En R. rattus la frecuencia de infección fue de 17,2 % y en M. musculus fue de 42,5 %. La frecuencia de infección de B. burgdorferi s.l. en los tejidos estudiados fue de 11,3 % (14/123) en muestras de tejido de vejiga y de 17,0 % (21/123) en las de oreja. No se encontraron diferencias estadísticas (p>0,05) en la frecuencia de infección entre los dos tipos de muestras de tejido utilizadas para el diagnóstico. El gen ospC presentó 98 % de homología con la especie Borrelia garinii , una de las especies heterogéneas del complejo B. burgdorferi s.l. Conclusiones. Los roedores presentaron una alta prevalencia de infección con B. burgdorferi s.l.; las especies M. musculus y R. rattus podrían jugar un papel importante en la continuidad de la presencia de esta bacteria en comunidades rurales de Yucatán, México.

Introduction: Lyme disease is a multisystemic zoonotic disease caused by Borrelia burgdorferi sensu lato. This spirochete circulates in an enzootic cycle between the primary vertebrate reservoir and its tick vectors. Different species of rodents are known to be efficient natural reservoirs for B. burgdorferi s.l. Objective: To estimate the prevalence of B. burgdorferi s.l. in synanthropic rodents from two rural communities of Yucatán, México. Materials and methods: A total of 123 rodents (94 Mus musculus and 29 Rattus rattus ) were trapped, and ear and bladder samples were collected. Flagelin B ( flaB ) genes and outer membrane lipoproteins ospC y p66 were amplified in order to detect B. burgdorferi s.l. presence in the samples. The obtained amplicons were sequenced. Results: The overall infection rates in rodents were 36.5% for flaB (45/123), 10.5% (13/123) for p66, and 3.2% (4/123) for ospC . Rattus rattus had 17.2% of infection and M. musculus , 42.5%. From all examined tissue, 11.3% (14/123) of bladders, and 17.0% (21/123) of ears were infected with the spirochete Borrelia burgdorferi s.l. No statistical differences (p>0.05) were found between the two tissue samples used for diagnosis. The ospC gen was 98% homologous to Borrelia garinii , one species of the B. burgdorferi s.l. complex. Conclusions: We concluded that rodents have a high prevalence of B. burgdorferi s.l. infection, and both species of rodents, M. musculus and R. rattus, might be playing an important role in the maintenance of this bacterium in rural communities of Yucatán, México.

**Identification of enteropathogenic Escherichia coli in children with acute diarrheic syndrome from Sucre State, Venezuela**

Introducción. Escherichia coli es uno de los principales agentes causales del síndrome diarreico agudo. Objetivo. Identificar grupos clonales de E. coli enteropatógena en 485 casos de diarrea aguda en niños entre 0 y 10 años de edad atendidos en centros de salud de los municipios de Arismendi, Benítez y Sucre del estado Sucre, Venezuela, entre marzo y diciembre de 2011. Materiales y métodos. Previo consentimiento informado, se recolectaron muestras fecales y se identificó E. coli mediante coprocultivo estándar y serología con antisueros polivalentes y monovalentes. Se aisló el ADN y se amplificaron los genes eae (intimina) y bfpA (bundlina) mediante dos pruebas de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) múltiples. Resultados. En 39,6 % de los coprocultivos se determinó la presencia de infección bacteriana. La prevalencia de E. coli fue de 54,7 %; 82,9 % de estas cepas fue positivo por serología para los serogrupos y el serotipo evaluados, principalmente en niños entre los 0 y los 2 años (37,9 %). El 48,6 % de las cepas de E. coli amplificaron para el gen eae y, de estas, 58,8 % se clasificó como cepas de E. coli enteropatógena típica ( eae + y bfp +). El ECEP II fue el serogrupo más frecuente (38,7 %), con predominio de bacterias E. coli enteropatógenas típicas (60 %). El alelo β de la intimina fue el más identificado (74,5 %) en las cepas positivas para el gen eae . Solo se identificaron cuatro cepas con el serotipo O157:H7 utilizando antisueros, las cuales no amplificaron mediante PCR para los genes eae y bfpA . Conclusiones. Este estudio demostró la importancia de aplicar pruebas moleculares en la identificación de las cepas de E. coli causantes de diarrea de diversa gravedad.

Introduction: Diarrheagenic Escherichia coli is an important causative agent of acute diarrheic syndrome. Objective: To identify clonal groups of enteropathogenic E. coli (EPEC), in 485 children with acute diarrhea aged 0 to 10 years attending health care centers in Arismendi, Benítez and Sucre municipalities, Sucre state, Venezuela, from March to December, 2011. Materials and methods: After obtaining the informed consent, stool samples were collected. Escherichia coli was identified using standard coproculture methods and serology with polyvalent and monovalent antisera. DNA was isolated, and eae (intimin) and bfpA (bundlin) genes were amplified through two multiplex polymerase chain reactions (PCR). Results: The presence of bacterial infection was determined in 39.6% of coprocultures. The prevalence of E. coli was 54.7%; 82.9% of these isolates were positive by serology for the evaluated serogroups and serotypes, which were mostly identified in children between 0 and 2 years (37.9%); 48.6% of E. coli strains amplified the eae gene; of these, 58.8% were classified as typical EPEC ( eae + y bfp +). EPEC II was the most common serogroup (38.7%), with predominance of typical EPEC (60%). In positive strains for eae gene, the β intimin allele was the most frequently identified (74.5%). Only four strains with O157:H7 serotype were identified, which showed no PCR amplification of the eae and bfpA genes. Conclusion: This study showed the importance of molecular tests to identify diarrheagenic E. coli strains causing clinical conditions of varying severity.

Partial inhibition of two genes that encode spliceosomal proteins in Giardia intestinalis

Introducción. Giardia intestinalis es un organismo tempranamente divergente en el que recientemente se demostró la presencia de intrones. La maquinaria responsable de la remoción de intrones en organismos eucariotas superiores es el empalmosoma, el cual está conformado por cinco ribonucleoproteínas, cada una de las cuales tiene un ARN pequeño nuclear, un set de siete proteínas Sm (B, D1, D2, D3, E, F y G) y varias proteínas específicas. En G. intestinalis se han identificado los genes de algunas proteínas del empalmosoma por bioinformática. Aunque se asume que este es el responsable del empalme en el parásito, su caracterización bioquímica no se ha hecho. Objetivo. Inhibir dos genes que codifican para proteínas del empalmosoma de G. intestinalis con el fin de determinar si esta inhibición afecta el crecimiento o el enquistamiento del parásito. Materiales y métodos. En un vector específico para G. intestinalis se clonaron secuencias antisentido de los genes que codifican para las proteínas SmB y SmD3 del empalmosoma del parásito. Posteriormente, se transfectó G. intestinalis con los vectores recombinantes y se seleccionaron aquellos parásitos que lo incorporaron. Se confirmó la disminución del mensajero mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en tiempo real, y se evaluaron el crecimiento y el enquistamiento en parásitos silvestres y transfectados. Resultados. Se observó una disminución de 40 y 70 % en el ARNm de SmB y SmD3, respectivamente. El crecimiento y el enquistamiento no se vieron afectados en estos parásitos. Conclusión. La disminución de SmB y SmD3 no afectó al parásito, lo que indica que el empalmosoma sigue siendo funcional, o que el empalme no es una función vital del parásito.

Introduction. Giardia intestinalis is an early divergent organism that was recently shown to have introns. The machinery responsible for the removal of introns in higher eukaryotes is the spliceosome, which consists of five ribonucleoproteins. Each of these ribonucleoproteins has a small nuclear RNA, a set of seven Sm proteins (B, D1, D2, D3, E, F and G) and several specific proteins. Some genes that encode spliceosome proteins have been bioinformatically identified in the parasite genome. Although it is assumed that the spliceosome is responsible for splicing in this parasite, biochemical characterization is lacking. Objective. To inhibit two G. intestinalis spliceosome protein genes in order to determine whether this inhibition affects parasite growth or encystation. Materials and methods. Antisense sequences of the genes encoding the spliceosomal parasite proteins SmB and SmD3 were cloned into a specific G. intestinalis vector. G. intestinalis individuals were subsequently transfected with the recombinant vectors and those parasites that incorporated the vector were selected. A decrease in mRNA levels by real-time PCR was confirmed and the growth and encystation in wild and transfected parasites was assessed. Results. A decrease of 40% and 70% of SmB and SmD3 mRNA levels, respectively, was observed. Growth and encystation in these parasites were not affected. Conclusion. Decrease of SmB and SmD3 mRNA levels does not affect the parasite, indicating that the spliceosome remains functional or that splicing is not essential for parasite viability.