Biomédica

Investigación científica prioritaria en Latinoamérica para orientar la prevención y el control de la COVID-19

Nota editorial en tiempos de la pandemia por SARS-CoV-2

Pandemic's glossary: The ABC of coronavirus concepts

Resumen Actualmente, el mundo se enfrenta a la pandemia generada por el SARS-CoV-2, infección para la cual no hay medidas farmacológicas de prevención ni tratamiento. Hasta el momento, ha dejado más de 4'880.000 casos confirmados y 322.000 muertes. Se han propuesto diferentes estrategias para el control de la enfermedad que implican la participación de diferentes sectores de la sociedad con acciones guiadas por lineamientos jurídicos y basados en medidas de salud pública, entre ellas, la contención, la mitigación, el aislamiento físico y la cuarentena. Dado que se trata de una situación de dimensión poblacional, la información tiene un papel fundamental; sin embargo, la proliferación de términos nuevos, muchas veces usados erróneamente, causa confusión y desinformación y, en consecuencia, limitan la participación ciudanía. En ese contexto, en el presente documento se hizo una revisión de los términos utilizados en epidemias y pandemias de enfermedades infecciosas, con énfasis en la COVID-19, para facilitar al público general la comprensión de los términos relevantes sobre el comportamiento de los agentes patógenos y de su ciclo epidémico y pandémico, así como los criterios para la adopción de las decisiones pertinentes en salud pública. Se aspira a que el glosario resultante ayude al uso correcto de los términos y a homogenizar la información.

Abstract Currently, the world is facing the pandemic generated by SARS-CoV-2. There are no no pharmacological measures for the prevention or treatment of this infection and, so far, it has caused more than 4'880.000 confirmed cases and 322.000 deaths. The different strategies for the control of the disease that have been proposed involve the participation of different actors. Such participation, guided by legal guidelines based on public health measures, include containment, mitigation, physical isolation, and quarantine. As this is a population-based problem, information plays a primary role; however, the many new terms hat have arisen and their misuse confuse and, therefore, misinform thus limiting citizen participation. For this reason, we conducted a review of the terms used in epidemics and pandemics of infectious diseases, particularly COVID-19. We considered and differentiated the relevant terms to facilitate the understanding of pathogen's behavior and epidemic and pandemic cycles, as well as the criteria for public health decision-making for the general public. This glossary should facilitate the use of the terms and standardize the information.

Incidental findings of COVID-19 in F18-FDG PET/CT from asymptomatic patients with cancer in two healthcare institutions in Bogotá, Colombia

Resumen La COVID-19 es la infección viral causada por el SARS-CoV-2 y declarada por la Organización Mundial de la Salud (OMS) como pandemia. Los pacientes con cáncer tienen un mayor riesgo de adquirir la infección y un peor pronóstico, ya que deben asistir a visitas médicas en diferentes centros hospitalarios, reciben tratamientos médicos y quirúrgicos y deben someterse a estudios diagnósticos como la PET/CT en servicios de medicina nuclear, lo que es ocasión para el hallazgo incidental de la infección. Se presentan las imágenes de tomografías computarizadas por emisión de positrones con 18-fluorodesoxiglucosa (F18) (Positron Emission Tomography and Computed Tomography with 2-deoxy-2-[fluorine-18]fluoro-D-glucose, PET/CT F18-FDG) en las que se evidenció la COVID-19 en pacientes con diversas enfermedades oncológicas, pero sin sintomatología respiratoria.

Abstract COVID-19 is the viral infection caused by SARS-CoV-2 declared by the World Health Organization (WHO) as a pandemic. Patients with cancer have a higher risk to acquire the infection and worse prognosis as they have to attend more medical visits in healthcare institutions, receive medical and surgical treatments, and be subjected to diagnostic studies such as PET/CT in nuclear medicine services where the infection may be an incidental finding. We present here F18-FDG PET/CT (Positron Emission Tomography and Computed Tomography with 2-deoxy-2-[fluorine-18]fluoro-D-glucose), images with findings of COVID-19 from patients with different oncological conditions but no respiratory symptoms.

SARS-CoV-2 and rhinovirus/enterovirus co-infection in a critically ill young adult patient in Colombia

Resumen La actual pandemia por SARS-CoV-2 ha ocasionado un enorme problema de salud pública mundial. Se reporta el caso de una paciente adulta joven con SARS-CoV-2 confirmado por laboratorio. Se describe la identificación del virus y el curso clínico, el diagnóstico y el tratamiento de la infección. La paciente tuvo un rápido deterioro clínico a partir de síntomas iniciales leves que progresaron a una neumonía multilobar que requirió su hospitalización en la unidad de cuidados intensivos. Se destaca la importancia de establecer un diagnóstico basado en la clínica y los antecedentes del paciente, y considerando los posibles síntomas gastrointestinales además de los respiratorios. Asimismo, debe indagarse sobre la presencia de factores de riesgo, en este caso, la obesidad. También se señalan las limitaciones en las pruebas diagnósticas y la posibilidad de infección concomitante con otros agentes patógenos respiratorios, así como los hallazgos en las imágenes diagnósticas, los exámenes de laboratorio y el tratamiento en el marco de la limitada información con que se cuenta actualmente.

Abstract The current SARS-CoV-2 pandemic has caused a huge global public health problem. We report the case of a young adult patient with laboratory-confirmed SARS-CoV-2. We describe the identification of the virus and the clinical course, diagnosis, and treatment of the infection including her rapid clinical deterioration from the mild initial symptoms, which progressed to multilobar pneumonia requiring admission to the intensive care unit. This case highlights the importance of establishing a diagnosis based on the clinical findings and the patient's history bearing in mind the possibility of gastrointestinal symptoms in addition to respiratory ones. Besides, the presence of risk factors should be investigated; in this case, we proposed obesity as a possible risk factor. Furthermore, limitations in diagnostic tests and the possibility of co-infection with other respiratory pathogens are highlighted. We describe the imaging, laboratory findings, and treatment taking into account the limited current evidence.

Neonatal late-onset infection with SARS CoV-2

Resumen Durante la pandemia por SARS CoV-2 la gran mayoría de pacientes ha presentado afectación pulmonar como síntoma cardinal. En los niños, especialmente en recién nacidos, la sintomatología debida al efecto en otros sistemas diferentes al respiratorio puede dificultar el diagnóstico. Se reportan tres casos de recién nacidos atendidos durante la fase de mitigación de la pandemia por SARS CoV-2 en el servicio de urgencias de un hospital materno-infantil en Barranquilla, Colombia, por presentar cuadros febriles que afectaban su estado general. En su evolución clínica predominó la sintomatología gastrointestinal sin que desarrollaran nunca manifestaciones respiratorias. La investigación epidemiológica no evidenció contacto con casos sospechosos o positivos para COVID-19. Sus madres no habían tenido síntomas respiratorios en los 45 días transcurridos desde la declaración de la emergencia en salud pública en el país. La ausencia de manifestaciones clínicas respiratorias en este grupo de pacientes con COVID-19 debe llamar la atención de los clínicos sobre la necesidad de sospechar la infección por SARS CoV-2 en recién nacidos con estados febriles.

Abstract During the SARS COV-2 pandemic, the vast majority of infected patients are showing symptoms related to lung damage. At pediatric ages, especially newborns, symptoms from other organ systems without respiratory illness could make COVID-19 hard to diagnose. We are reporting three cases of newborns who were attended in the course of the mitigation phase in the emergency service of a maternal hospital in Barranquilla, Colombia, for high temperature and general compromised condition. During their clinical course, they developed gastrointestinal symptoms without showing any respiratory manifestations. They were not epidemiologically linked to a contact suspected to be a COVID-19 case and their mothers had had no respiratory symptoms since the public health emergency in our country was declared 45 days before. The absence of clinical respiratory manifestations in this group of patients with COVID-19 should draw clinicians' attention to the need to suspect SARS CoV-2 infection in febrile newborns.

COVID-19 in hemodialysis patients in Colombia: Report of seven cases

Resumen A finales del 2019 se inició en Wuhan, China, el brote de un nuevo coronavirus que se dispersó por todo el mundo infectando y cobrando miles de vidas. Se ha encontrado que ciertas comorbilidades constituyen factores de riesgo para resultados poco satisfactorios de la enfermedad, pero es poco lo que se ha descrito sobre pacientes en hemodiálisis, a pesar de tratarse de una población de alto riesgo de infección, complicaciones y muerte. En este artículo se describe el curso clínico, las manifestaciones clínicas y las complicaciones de la COVID-19 en siete pacientes en hemodiálisis permanente y se hacen recomendaciones para el manejo de pacientes con enfermedad renal crónica.

Abstract At the end of 2019, in Wuhan, China, the outbreak of a new coronavirus began and quickly spread throughout the world infecting and claiming thousands of lives. To date, certain comorbidities are known to be risk factors for unsatisfactory disease outcomes, but little has been reported regarding hemodialysis patients despite being a population at high risk of infection, complications, and death. Here we describe the clinical course, clinical manifestations and complications of COVID-19 in seven patients on permanent hemodialysis. We also make recommendations for the management of patients with chronic kidney disease.

Recommendations for the response against COVID-19 in migratory contexts under a closed border: The case of Colombia

Abstract Despite the positive response of Colombia's health system to the arrival of Venezuelan migrants, the new challenges that accompany the COVID-19 pandemic have triggered a closed-borders response that runs the risk of encouraging a negative view of migrants and increasing their health risks. This manuscript discusses the recommendations that could be proposed in the case of a country with limited resources such as Colombia to respond to the needs of the Venezuelan mixed migrant flows.

Resumen A pesar de la respuesta positiva del sistema de salud de Colombia a la llegada de migrantes venezolanos, los nuevos desafíos que acompañan la pandemia de COVID-19 han desencadenado una respuesta de fronteras cerradas, con lo que se corre el riesgo de alentar una visión negativa de los migrantes e incrementar sus riesgos en salud. Este manuscrito discute las recomendaciones que podrían proponerse en el caso de un país con recursos limitados, como Colombia, para responder a las necesidades de una población vulnerable como la conformada por los flujos de migrantes mixtos venezolanos.

Epidemiology of self-care beyond the individual and the sanitary spheres

Resumen En medio de la crisis pandémica a nivel global, la preocupación internacional ha girado en torno a la adopción de medidas de control y prevención orientadas a la reducción de la velocidad de propagación del virus en espera de que se disponga de una medida sanitaria radical como la vacuna. El esfuerzo gubernamental y social ha tenido un gran impacto en diversos sectores de la sociedad y las consecuencias han superado el ámbito sanitario. En este ensayo se discute su alcance en el sentido de la apropiación de las medidas de control del riesgo y se propone el método epidemiológico como una alternativa que va más allá de la cuantificación de los riesgos y la atribución de responsabilidades. Por último, se plantea la necesidad de fomentar procesos de socialización de la información que ayuden a la comprensión de las consecuencias de los actos individuales y favorezcan la superación de la expectativa de control pandémico únicamente basada en el uso de medidas coercitivas.

Abstract Amid the global pandemic crisis, international concern has centered on the control and prevention measures aimed at reducing the speed of the virus transmission while a more radical sanitary measure, such as vaccines, is achieved. Governmental and social efforts have had great impact on various sectors of society and their consequences have exceeded the sphere of health. This essay discusses the scope of specific measures in the sense of the appropriation of risk control measures and proposes the epidemiological method as an alternative that goes beyond the quantification of risks and the attribution of responsibilities. To conclude, the emphasis is placed on the need to promote information about socialization processes to better understand the consequences of individual acts favoring alternatives other than pandemic control based on the use of coercive measures.

Telehealth in Colombia, challenges associated with COVID-19

Abstract The COVID-19 pandemic has generated a revolution of such magnitude that no aspect of human life will be the same from now on. The provision of health services and health education are not unrelated to this new normality imposed by the disease, and its consequences have been reflected in the need to use protocols and resources based on virtuality that most of us had not valued in their real dimension. Telehealth and telemedicine will be basic tools for professionals and teachers and it is our obligation to know them, apply them, and innovate to adapt to this reality.

Resumo La pandemia de COVID-19 ha generado una revolución de tal magnitud que ningún aspecto de la vida del ser humano será igual a partir de ahora. La prestación de los servicios de salud y la educación en salud no son ajenas a esta nueva normalidad impuesta por la enfermedad, y sus consecuencias se han visto reflejadas en la necesidad de utilizar protocolos y recursos basados en la virtualidad que la mayoría no habíamos valorado en su real dimensión. La telesalud y la telemedicina serán herramientas básicas para profesionales y docentes y es nuestra obligación conocerlas, aplicarlas e innovar para adaptarnos a esta realidad.

Chloroquine and its derivatives in the management of COVID-19: A scoping review

Resumen Introducción. Recientemente, investigadores chinos y franceses reportaron la eficacia de la cloroquina y la hidroxicloroquina para inhibir la replicación in vitro del virus SARS-CoV-2. La diseminación oportuna de la información científica es clave en tiempos de pandemia. Es urgente contar con una revisión sistemática sobre el efecto y la seguridad de estos medicamentos en la COVID-19. Objetivo. Describir el estado actual de la literatura científica publicada hasta el 25 de marzo de 2020 sobre el uso de la cloroquina o sus derivados en el manejo de pacientes con COVID-19. Materiales y métodos. Se hizo una revisión sistemática exploratoria en PubMed, Embase, Lilacs y 15 bases de datos de la Plataforma de Registros Internacionales de Ensayos Clínicos de la Organización Mundial de la Salud (OMS). Se incluyeron publicaciones empíricas y teóricas en inglés, español, italiano, francés o portugués, y se hizo una síntesis narrativa de los resultados. Resultados. Se incluyeron 19 documentos y 24 registros de ensayos clínicos (n=43) de 18.059 pacientes. El 66 % (16/24) de los ensayos están registrados en China. Nueve ensayos evalúan la cloroquina exclusivamente y ocho, la hidroxicloroquina. Los documentos son comentarios (n=9), estudios in vitro (n=3), revisiones narrativas (n=2), guías de práctica clínica (n=2), así como una revisión sistemática, un consenso de expertos y un ensayo controlado. Conclusiones. Un ensayo clínico pequeño (n=26), no aleatorizado y defectuoso, respalda el uso de la hidroxicloroquina en pacientes con COVID-19. Se requiere de manera urgente tener acceso a los resultados de otros ensayos clínicos para determinar la efectividad y la seguridad de la cloroquina y sus derivados en pacientes con COVID-19.

Abstract Introduction: Recently, researchers from China and France reported on the effectiveness of chloroquine and hydroxychloroquine for the inhibition of SARS-CoV-2 viral replication in vitro. Timely dissemination of scientific information is key in times of pandemic. A systematic review of the effect and safety of these drugs on COVID-19 is urgently needed. Objective: To map published studies until March 25, 2020, on the use of chloroquine and its derivates in patients with COVID-19. Materials and methods: We searched on PubMed, Embase, Lilacs, and 15 registries from the World Health Organization's International Clinical Trials Registry Platform for theoretical and empirical research in English, Spanish, Italian, French, or Portuguese until March 25, 2020, and made a narrative synthesis of the results. Results: We included 19 records and 24 trial registries (n=43) including 18,059 patients. China registered 66% (16/24) of the trials. Nine trials evaluate chloroquine exclusively and eight hydroxychloroquine. The records are comments (n=9), in vitro studies (n=3), narrative reviews (n=2), clinical guidelines (n=2), as well as a systematic review, an expert consensus, and a clinical trial. Conclusions: One small (n=26), non-randomized, and flawed clinical trial supports hydroxychloroquine use in patients with COVID-19. There is an urgent need for more clinical trial results to determine the effect and safety of chloroquine and hydroxychloroquine on COVID-19.

Performance of the Colombian surveillance system during the COVID-19 pandemic: A rapid evaluation of the first 50 days

Resumen Introducción. La pandemia de COVID es un desafío para la vigilancia en salud pública y una oportunidad para evaluar sus fortalezas y debilidades en aras de mejorar la respuesta. Objetivo. Evaluar el desempeño del sistema de vigilancia en salud pública colombiano durante los primeros 50 días de la pandemia de COVID-19 en el país. Materiales y métodos. Se analizaron los datos publicados entre el 6 de marzo y el 24 de abril de 2020 por el Instituto Nacional de Salud y la Organización Mundial de Salud (OMS). Se consideraron en la evaluación: i) la calidad de los datos según la ley de Benford y ii) la oportunidad de la información, medida como la diferencia en fechas entre los datos generados en el Instituto Nacional de Salud y los recogidos en el informe situacional de la OMS. La variabilidad en el cumplimiento de la ley de Benford se evaluó con los valores de p en las pruebas de razón del logaritmo de la verosimilitud, ji al cuadrado o exacta de Moreno. Resultados. Hasta el 24 de abril hubo 4.881 casos de COVID-19 en Colombia. En la mayoría de los primeros 50 días se cumplió la ley de Benford, excepto en los primeros días de la epidemia. La diferencia entre los informes del Instituto Nacional de Salud y la OMS ha dependido, en gran medida, de la diferencia en los horarios de cierre de la información. Conclusión. En general, el sistema de vigilancia en salud pública colombiano cumplió con la ley de Benford, lo cual sugiere que hubo calidad en los datos. En futuros estudios que comparen el desempeño de los departamentos y distritos se podrá mejorar el diagnóstico de la vigilancia en salud pública del país.

Abstract Introduction: The COVID pandemic is a challenge for public health surveillance and an opportunity to assess its strengths and weaknesses to improve the response. Objective: To evaluate the performance of the Colombian public health surveillance system during the first 50 days of the COVID-19 pandemic in the country. Materials and methods: We analyzed the data published between March 6 and April 24, 2020, by the Instituto Nacional de Salud and the World Health Organization (WHO). We evaluated: i) the quality of the data according to the fulfillment of Benford's law, and ii) the timeliness of the information measured as the difference in dates between the data generated by the Instituto Nacional de Salud and WHO's situational reports. We assessed the fulfillment of Benford's law using the p values of the log-likelihood ratio, the chi square or Moreno's exact tests. Results: Until April 24 there were 4,881 cases of COVID-19 in Colombia. During most of the first 50 days of the pandemic, Benford's law was fulfilled except the first days of the epidemic. The difference between Instituto Nacional de Salud and WHO reports largely depends on the different reporting times. Conclusion: In general, the Colombian public health surveillance system fulfilled Benford's law suggesting that there was quality in the data. Future studies comparing the performance of the departments and districts will improve the diagnosis of the Colombian surveillance system.

Bibliometric evaluation of Latin American contributions on COVID-19

Resumen Introducción. La propagación de la COVID-19, una enfermedad infecciosa causada por el nuevo coronavirus SARS-CoV-2, se ha convertido en una pandemia que, a la par de su rápida diseminación a nivel mundial, ha traído consigo un aumento exponencial de la cantidad de estudios relacionados con el tema, fenómeno en el que los investigadores de Latinoamérica han participado activamente. Objetivo. Llevar a cabo un estudio bibliométrico descriptivo para identificar las tendencias de la investigación sobre COVID-19 producida en Latinoamérica. Materiales y métodos. Se recurrió a las bases de datos Web of Science, Scopus y Pubmed para recuperar la producción científica latinoamericana sobre COVID-19. Se analizaron los indicadores bibliométricos de producción, visibilidad, impacto y colaboración para evaluar la participación regional en la investigación sobre el tema. Resultados. El análisis de 142 documentos evidenció un crecimiento exponencial de la producción científica en el corto periodo analizado, una significativa colaboración internacional (51,4 %), y el liderazgo de las instituciones regionales (71 %) en la investigación con aportes en revistas de alta visibilidad, especialmente de Colombia, Brasil y México. Conclusiones. El estudio evidenció resultados relevantes sobre la participación regional en la investigación sobre COVID-19, no solo en cuanto a la cantidad y el crecimiento exponencial, sino también a su calidad y excelencia, con una elevada tasa de colaboración internacional y de publicación en revistas de reconocido prestigio, lo que, además de ser clave para la visibilidad de los países, es un considerable aporte a las investigaciones que se realizan en otros contextos geográficos.

Abstract Introduction: The propagation of COVID-19, an infectious disease caused by the novel SARS-CoV-2 coronavirus, has become a pandemic which, along with its rapid dissemination worldwide, has brought about an exponential increase in the amount of research related to the subject to which Latin American researchers have contributed actively. Objective: To conduct a descriptive bibliometric study of the main trends in research on COVID-19 produced in Latin America. Materials and methods: We searched in the Web of Science, Scopus, and Pubmed databases to retrieve the Latin American scientific production on COVID-19. Bibliometric indicators of production, visibility, impact, and collaboration were analyzed to assess the regional participation in studies on the subject. Results: The analysis of 142 documents evidenced an exponential growth of scientific production in the period analyzed, an important level of international collaboration (51.4%) in scientific production, and the leadership of regional institutions (71%) in the research with publications in high-visibility jounals especially in Colombia, Brazil, and México. Conclusions: The results regarding the regional participation in the research on COVID-19 were relevant not only in relation to its quantity and exponential growth during the period analyzed but also in terms of its quality and excellence with a high rate of international collaboration and publications in important scientific journals, which besides their visibility, represent a considerable contribution to the research compared to the other geographical contexts.

Prognostic factors in hospitalized patients diagnosed with SARS-CoV-2 infection, Bogotá, Colombia

Resumen Introducción. La infección por el nuevo coronavirus SARS-Cov-2 es una emergencia de salud pública en todo el mundo; su diagnóstico se basa en pruebas moleculares, en tanto que su pronóstico depende de los antecedentes del paciente y de algunos exámenes paraclínicos. En Colombia aún no se cuenta con datos de pronóstico en una población local. Objetivo. Evaluar los factores asociados con el desarrollo de la enfermedad grave en pacientes hospitalizados con diagnóstico de infección por SARS-CoV-2, así como los factores pronósticos de la mortalidad. Materiales y métodos. Se hizo un estudio de cohorte ambispectivo en pacientes hospitalizados en la Fundación Cardioinfantil entre marzo y junio de 2020. Resultados. De los 104 pacientes analizados, en el 31,7 % (n=33) la infección fue grave y en el 9,6 % (n=10) se produjo la muerte. El factor pronóstico más importante de la mortalidad fue el desarrollo de la enfermedad grave, seguido de una edad de más de 60 años y la desnutrición. Para el desarrollo de la enfermedad grave los factores pronósticos fueron los antecedentes de hemodiálisis (hazard ratio, HR=135), diabetes (HR=4,4) y el aumento en el nivel de la lactato deshidrogenasa (LDH) (HR=1,004), en tanto que un conteo de linfocitos superior a 1.064 fue un factor protector (HR=0,9). El puntaje del National Early Warning Score (NEWS2) correspondiente a las categorías de alto y bajo riesgo fue el que mejor rendimiento tuvo. No hubo diferencia entre los tratamientos administrados. Conclusiones. Los factores pronósticos más importantes para la mortalidad fueron tener más de 60 años, hipertensión, diabetes y cirrosis, en tanto que para el desarrollo de la enfermedad grave fueron la enfermedad renal crónica con hemodiálisis, un puntaje de NEWS2 de alto riesgo al ingreso, y aumento en los niveles de LDH y proteína C reactiva, y leucocitosis.

Abstract Introduction: Infection with the new SARS-Cov-2 coronavirus is a worldwide public health emergency; its diagnosis is based on molecular tests, while its prognosis depends on the patient's history and on some paraclinical tests. In Colombia, forecasts are not yet counted. Objective: To assess the factors associated with the development of severe disease in hospitalized patients diagnosed with SARS-CoV-2 infection, as well as the prognostic factors for the outcome of mortality. Materials and methods: We conducted an ambispective cohort study in hospitalized patients at the Fundación Cadioinfantil from March to June, 2020. Results: Of the 104 patients analyzed, 31.7% (n=33) had a severe presentation and 9.6% (n=10) had a mortality outcome. For mortality, the most important prognostic factor was the development of severe disease followed by age over 60 years and malnutrition. For the development of the severe disease, prognostic factors were a history of hemodialysis (HR=135), diabetes (HR=4.4), and an increased level of lactate dehydrogenase (LDH) (HR=1,004), while the lymphocyte count over 1,064 was a protective factor (HR=0.9). In the classification of patients, the National Early Warning Score (NEWS2) score in the high and low-risk categories corresponded to the best performance. There was no difference between the treatments administered. Conclusions: The most important prognostic factors for mortality were being over 60 years of age, hypertension, diabetes, and cirrhosis, while for the development of severe disease they were chronic kidney disease with hemodialysis, NEWS2 with high risk at admission, increased levels of LDH and C reactive protein (CRP), and leukocytosis.

Benchmarking of public health surveillance of COVID-19 in Colombia: First semester

Resumen Introducción. La vigilancia en salud pública y las decisiones sanitarias recomendadas son fundamentales para el manejo adecuado de la pandemia de SARS-CoV-2. Objetivo. Hacer una evaluación comparativa del desempeño de los departamentos colombianos de este atributo del sistema de vigilancia con base en la calidad de los datos y construir la clasificación nacional según el desempeño. Materiales y métodos. Se analizaron los casos acumulados publicados por el Instituto Nacional de Salud entre el 6 de marzo y el 1° de septiembre de 2020. Para la comparación, los análisis consideraron el día en que se diagnosticó el primer caso como la primera fecha de análisis de cada departamento. El cumplimiento de la ley de Benford se evaluó con los valores de p en las pruebas de razón del logaritmo de la verosimilitud o ji al cuadrado. Se completó el análisis del atributo de calidad del dato con la letalidad observada en cada departamento, y se estableció la clasificación según el desempeño. Resultados. La ciudad de Bogotá y el departamento del Valle del Cauca tuvieron un desempeño óptimo en la vigilancia en salud pública durante todo el periodo observado. Los datos sugieren que los departamentos de Antioquia, Nariño y Tolima tuvieron una buena contención y una adecuada vigilancia en salud pública después de la apertura económica iniciada el 1° de junio de 2020. Conclusión. Se obtuvo una clasificación de los departamentos y de Bogotá según la calidad de los datos de vigilancia en salud pública. Los mejores cinco entes territoriales pueden ser casos de estudio para determinar los elementos asociados con el buen desempeño.

Abstract Introduction: Public health surveillance together with good sanitary decisions is essential for the proper management of the SARS-CoV-2 pandemic. Objective: To compare the performance of Colombian departments based on the quality of the data and to build the national ranking. Materials and methods: We analyzed the accumulated cases published between March 6 and September 1, 2020, by the Instituto Nacional de Salud. To achieve comparability, the analyses considered the day the first case was diagnosed as the first analysis date for each department. The fulfillment of Benford's law was assessed with p-values in the log-likelihood ratio or chi-square tests. The analysis was completed with the lethality observed in each department and then the performance ranking was established. Results: Bogotá and Valle del Cauca had optimal public health surveillance performance all along. The data suggest that Antioquia, Nariño, and Tolima had good containment and adequate public health surveillance after the economic opening beginning on June 1, 2020. Conclusion: We obtained the ranking of the departments regarding the quality of public health surveillance data. The best five departments can be case studies to identify the elements associated with good performance.

Performance of rapid IgM-IgG combined antibody tests in the occupational surveillance of COVID-19 in Colombian enterprises

Resumen Introducción. Las pruebas combinadas de IgM e IgG rápidas pueden tener un papel importante en la vigilancia de la COVID-19 y en su diagnóstico, así como en la evaluación de la respuesta inmunológica y la verificación de los avances hacia la inmunidad de rebaño. Objetivo. Evaluar el desempeño de las pruebas rápidas de anticuerpos en la vigilancia ocupacional de la COVID-19 en un grupo de empresas colombianas. Materiales y métodos. Se usaron datos de la vigilancia ocupacional de empresas que hicieron pruebas serológicas periódicas a todo el personal desde finales de abril hasta comienzos de julio de 2020. Los trabajadores laboraban en grupos pequeños ("burbujas sociales") para evitar brotes y optimizar la vigilancia. La sensibilidad se estimó como si el muestreo respondiera a un diseño prospectivo. Se describieron, asimismo, los cambios en las pruebas serológicas por medio de rondas periódicas. Resultados. Se obtuvieron datos de 4.740 trabajadores, de los cuales solo 23 eran sintomáticos. En ellos se evidenciaron cambios de IgM(-)/IgG(-) a IgM(+), y luego a IgM(+)/ IgG(+) e IgG(+). La sensibilidad fue de 40,94 % para las IgM(+) y 47,95 % para las IgM(+)/ IgG(+), lo que implica que se pudo detectar un poco menos de la mitad de los casos. Conclusión. Las pruebas rápidas de anticuerpos tienen un papel en el proceso diagnóstico de la infección y deben evaluarse teniendo en cuenta el momento de la epidemia, el tipo de prueba comprada y las poblaciones de riesgo, dado que sus resultados dependen del número de contagios y de casos. En el contexto de la presente crisis sanitaria pueden optimizarse si se organizan los trabajadores en "burbujas sociales".

Abstract Introduction: Rapid IgM-IgG combined antibody tests can play an important role in the COVID-19 surveillance by supporting the diagnosis of infection, assessing the immune response, and verifying the progress towards herd immunity. Objective: To evaluate the performance of rapid IgM-IgG combined antibody tests in COVID-19 occupational surveillance in a group of Colombian enterprises. Materials and methods: We used the occupational surveillance data from companies that had performed periodic serological tests on all personnel from the end of April to the beginning of July, 2020. Workers were organized in small groups ("social bubbles") to prevent outbreaks and optimize surveillance. The sensitivity was estimated as if the sampling had a prospective design. We describe here the changes in serological testing through periodic rounds. Results: Data were obtained from 4,740 workers, of whom only 23 were symptomatic showing changes from IgM(-)/IgG(-) to IgM(+) and then to IgM(+)/IgG(+) and IgG(+). The sensitivity was 40.94% for IgM(+) and 47.95% for IgM(+)/IgG(+). This implies that a little less than half of the cases can be detected. Conclusion: Antibody rapid tests have a role in the diagnostic process of infection and they must be evaluated taking into account the moment of the epidemic, the type of test purchased, and the populations at risk since their results depend on the number of infections and cases. In the context of a health crisis, they can be optimized by organizing workers into "social bubbles".

Isolation and characterization of an early SARS-CoV-2 isolate from the 2020 epidemic in Medellín, Colombia

Resumen Introducción. El nuevo coronavirus causante de un brote de enfermedad respiratoria aguda en China en diciembre de 2019 se identificó como SARS-CoV-2. La enfermedad, denominada COVID-19, fue declarada pandemia por la Organización Mundial de la Salud (OMS). El primer caso de COVID-19 en Colombia se reportó el 6 de marzo de 2020; en este estudio se caracterizó un aislamiento temprano del virus SARS-CoV-2 de una muestra recolectada en abril de 2020. Objetivos. Describir y caracterizar una cepa temprana a partir de un aislamiento de SARS-CoV-2 durante la pandemia en Colombia. Materiales y métodos. Se obtuvo una muestra de un paciente con COVID-19 confirmada por qRT-PCR; la muestra fue inoculada en diferentes líneas celulares hasta la aparición del efecto citopático. Para confirmar la presencia de SARS-CoV-2 en el cultivo, se utilizó la qRT-PCR a partir de los sobrenadantes, la inmunofluorescencia indirecta (IFI) en células Vero-E6, así como microscopía electrónica y secuenciación de nueva generación (next-generation sequencing). Resultados. Se confirmó el aislamiento de SARS-CoV-2 en células Vero-E6 por la aparición del efecto citopático tres días después de la infección, así como mediante la qRT-PCR y la IFI positiva con suero de paciente convaleciente positivo para SARS-CoV-2. Además, en las imágenes de microscopía electrónica de trasmisión y de barrido de células infectadas se observaron estructuras compatibles con viriones de SARS-CoV-2. Por último, se obtuvo la secuencia completa del genoma, lo que permitió clasificar el aislamiento como linaje B.1.5. Conclusiones. La evidencia presentada en este artículo permite confirmar el primer aislamiento de SARS-CoV-2 en Colombia. Además, muestra que esta cepa se comporta en cultivo celular de manera similar a lo reportado en la literatura para otros aislamientos y que su composición genética está acorde con la variante predominante en el mundo. Finalmente, se resalta la importancia que tiene el aislamiento viral para la detección de anticuerpos, para la caracterización genotípica y fenotípica de la cepa y para probar compuestos con potencial antiviral.

Abstract Introduction: SARS-CoV-2 has been identified as the new coronavirus causing an outbreak of acute respiratory disease in China in December, 2019. This disease, currently named COVID-19, has been declared as a pandemic by the World Health Organization (WHO). The first case of COVID-19 in Colombia was reported on March 6, 2020. Here we characterize an early SARS-CoV-2 isolate from the pandemic recovered in April, 2020. Objective: To describe the isolation and characterization of an early SARS-CoV-2 isolate from the epidemic in Colombia. Materials and methods: A nasopharyngeal specimen from a COVID-19 positive patient was inoculated on different cell lines. To confirm the presence of SARS-CoV-2 on cultures we used qRT-PCR, indirect immunofluorescence assay, transmission and scanning electron microscopy, and next-generation sequencing. Results: We determined the isolation of SARS-CoV-2 in Vero-E6 cells by the appearance of the cytopathic effect three days post-infection and confirmed it by the positive results in the qRT-PCR and the immunofluorescence with convalescent serum. Transmission and scanning electron microscopy images obtained from infected cells showed the presence of structures compatible with SARS-CoV-2. Finally, a complete genome sequence obtained by next-generation sequencing allowed classifying the isolate as B.1.5 lineage. Conclusion: The evidence presented in this article confirms the first isolation of SARS-CoV-2 in Colombia. In addition, it shows that this strain behaves in cell culture in a similar way to that reported in the literature for other isolates and that its genetic composition is consistent with the predominant variant in the world. Finally, points out the importance of viral isolation for the detection of neutralizing antibodies, for the genotypic and phenotypic characterization of the strain and for testing compounds with antiviral potential.

Citywide preparedness for a pandemic: A cross-sectional survey of knowledge, attitudes, and practices about respiratory infection prevention in Bogotá, Colombia

Abstract Introduction: Healthcare personnel plays an important role in the prevention of acute respiratory infections in hospital settings. Objective: Our aim was to establish the level of knowledge about respiratory virus infections and the attitudes and practices among healthcare workers, leaders of infection control committees in hospitals of Bogotá, Colombia. Materials and methods: We used a self-administered questionnaire of 28 items during the monthly meeting sponsored by the local health authority. "Yes or no" and "true or false" questions were applied to measure knowledge. Attitudes and practices were measured with a Likert-type scale according to the agreement degree. Results: We surveyed 70 healthcare workers. Respondents demonstrated a good level of knowledge as 80% of them answered correctly more than five questions. A total of 54.4% showed a low degree of agreement when asked if their institutions have the policy to stay home when they are sick with respiratory symptoms and 67.1% never or rarely remain at home under such conditions. Conclusion: Healthcare worker leaders of infection control committees in Bogotá's hospitals have adequate knowledge about the prevention of seasonal respiratory viruses. There is a need for implementing urgent sick leave policies as a measure to prevent the spread of potential coronavirus infections in hospitals.

Resumen Introducción. El personal de salud juega un papel importante en la prevención de la diseminación de los virus respiratorios en los hospitales. Objetivo. Establecer el nivel de conocimiento y determinar las actitudes y prácticas en relación con los virus respiratorios entre los encargados de los comités de infecciones de los hospitales de Bogotá. Materiales y métodos. Los participantes respondieron una encuesta de 28 ítems durante una de las sesiones mensuales del comité de infecciones de la ciudad. Se midió el conocimiento y se formularon preguntas sobre las actitudes y las prácticas utilizando una escala de tipo Likert para evaluar la conformidad. Resultados. Se encuestaron 70 trabajadores de salud. Los participantes tenían un buen nivel de conocimiento, ya que el 80 % de los respondientes tuvieron cinco o más respuestas correctas. El 54,4 % mostró un bajo nivel de conformidad en cuanto a si sus instituciones tenían una política de quedarse en casa en caso de síntomas respiratorios y 64,1 % nunca o casi nunca se queda en casa cuando presenta dichos síntomas. Conclusión. Los trabajadores de la salud que encabezan los comités de infecciones de los hospitales de Bogotá tienen un adecuado conocimiento de la prevención de los virus respiratorios. Deben implementarse políticas de quedarse en casa para el personal con síntomas gripales, con el fin de prevenir la potencial diseminación de virus en los hospitales.

SARS-CoV-2 and RT-PCR in asymptomatic patients: Results of a cohort of workers at El Dorado International Airport in Bogotá, 2020

Resumen Introducción. La pandemia de COVID-19 ha ocasionado cerca de 25 millones de casos en el mundo. Se ha descrito que los pacientes asintomáticos pueden ser fuentes de transmisión. Sin embargo, es difícil detectarlos y no es claro su papel en la dinámica de transmisión del virus, lo que obstaculiza la implementación de estrategias para la prevención. Objetivo. Describir el comportamiento de la infección asintomática por SARS-CoV-2 en una cohorte de trabajadores del Aeropuerto Internacional El Dorado "Luis Carlos Galán Sarmiento" de Bogotá, Colombia. Materiales y métodos. Se diseñó una cohorte prospectiva de trabajadores del Aeropuerto El Dorado. El seguimiento se inició en junio de 2020 con una encuesta a cada trabajador para caracterizar sus condiciones de salud y trabajo. Cada 21 días se tomó una muestra de hisopado nasofaríngeo para detectar la presencia del SARS-CoV-2 mediante reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR). Se analizó el comportamiento del umbral del ciclo (cycle threshold) de los genes ORFlab y N según el día de seguimiento. Resultados. En los primeros tres seguimientos de la cohorte se encontró una incidencia de la infección por SARS-CoV-2 del 16,51 %. La proporción de contactos positivos fue del 14,08 %. La mediana del umbral del ciclo fue de 33,53. Conclusión. Se determinaron las características de la infección asintomática por el SARS-CoV-2 en una cohorte de trabajadores. La detección de infectados asintomáticos sigue siendo un reto para los sistemas de vigilancia epidemiológica.

Abstract Introduction: The 2019 coronavirus pandemic (COVID-19) has caused around 25 million cases worldwide. Asymptomatic patients have been described as potential sources of transmission. However, there are difficulties to detect them and to establish their role in the dynamics of virus transmission, which hinders the implementation of prevention strategies. Objective: To describe the behavior of asymptomatic SARS-CoV-2 virus infection in a cohort of workers at the El Dorado "Luis Carlos Galán Sarmiento" International Airport in Bogotá, Colombia. Materials and methods: A prospective cohort of 212 workers from the El Dorado airport was designed. The follow-up began in June, 2020. A survey was used to characterize health and work conditions. Every 21 day, a nasopharyngeal swab was taken to identify the presence of SARS-CoV-2 using RT-PCR. We analyzed the behavior of the cycle threshold (ORFlab and N genes) according to the day of follow-up. Results: In the first three follow-ups of the cohort, we found an incidence of SARS-CoV-2 infection of 16.51%. The proportion of positive contacts was 14.08%. The median threshold for cycle threshold was 33.53. Conclusion: We characterized the asymptomatic SARS-CoV-2 infection in a cohort of workers. The identification of asymptomatic infected persons continues to be a challenge for epidemiological surveillance systems.

Effects of the severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) and the Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) on the nervous system. What can we expect from SARS -CoV-2?

Resumen Los coronavirus son una familia de virus que se caracterizan por producir afectaciones respiratorias y gastrointestinales en animales y en seres humanos. El actual SARS-CoV-2, agente infeccioso de la COVID-19, pertenece a un subgrupo denominado betacoronavirus del que hacen parte el SARS-CoV y MERS-CoV, virus responsables de epidemias en el 2002 y el 2012, respectivamente. Estos virus también pueden infectar el sistema nervioso debido a su afinidad con la enzima convertidora de angiotensina humana 2 (ACE2), la cual se expresa en neuronas y células gliales. Se ha demostrado que las infecciones con SARS-CoV y MERS-CoV, y ahora también con el SARS-CoV-2, ocasionan condiciones neurológicas como la enfermedad cerebrovascular aguda, la conciencia alterada y las lesiones musculares, así como mareos, hipogeusia, hiposmia, hipoxia, neuralgia y encefalopatía hipóxica. Por ello debe prestarse mucha atención a las manifestaciones neurológicas de los pacientes de COVID-19.

Abstract Coronaviruses cause respiratory and gastrointestinal disorders in animals and humans. The current SARS-CoV-2, the COVID-19 infectious agent, belongs to a subgroup called betacoronavirus including the SARS-CoV and MERS-CoV responsible for epidemics in 2002 and 2012, respectively. These viruses can also infect the nervous system due to their affinity for the human angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) expressed in neurons and glial cells. Infections with SARS-CoV, MERS-CoV, and now SARS-CoV-2 also produce neurological signs such as acute cerebrovascular disease, impaired consciousness, and muscle injury, as well as dizziness, hypogeusia, hyposmia, hypoxia, neuralgia, and hypoxic encephalopathy. For this reason, close attention should be paid to the neurological manifestations of COVID-19 patients.

Ethical guidelines on cardiopulmonary resuscitation in the context of the COVID-19 pandemic in Colombia

Resumen La pandemia de COVID-19 se ha asociado con un incremento en el número de casos de paro cardiorrespiratorio y con ello han aumentado las inquietudes éticas en torno a la exigencia de la reanimación cardiopulmonar, así como sobre las condiciones para realizarla. El riesgo de contagio por aerosoles y las incertidumbres clínicas sobre la eficacia, las potenciales secuelas y las circunstancias que podrían justificar la limitación del procedimiento durante la pandemia, han multiplicado las dudas éticas sobre cómo proceder en estos casos. Con base en fundamentos éticos y jurídicos, en el presente artículo se ofrece una guía práctica sobre cómo proceder en los casos de paro cardiopulmonar en el contexto de la pandemia. Los criterios de justicia, beneficio, no daño, respeto a la autonomía, precaución, integridad y transparencia, se presentan de forma organizada y práctica para la adopción de decisiones en materia de reanimación cardiopulmonar.

Abstract The pandemic caused by COVID19 is associated with an increase in the number of cases of cardiorespiratory arrest, which has resulted in ethical concerns regarding the enforceability of cardiopulmonary resuscitation, as well as the conditions to carry it out. The risk of aerosol transmission and the clinical uncertainties about the efficacy, the potential sequelae, and the circumstances that could justify limiting this procedure during the pandemic have multiplied the ethical doubts on how to proceed in these cases. Based on ethical and legal grounds, this paper offers a practical guide on how to proceed in the clinical setting in cases of cardiopulmonary arrest during the pandemic. The criteria of justice, benefit, no harm, respect for autonomy, precaution, integrity, and transparency are asserted in an organized and practical framework for decision-making regarding cardiopulmonary resuscitation.

SARS-CoV-2 sequencing: The technological initiative to strengthen early warning systems for public health emergencies in Latin America and the Caribbean

Resumen La pandemia de COVID-19 causada por el SARS-CoV-2 es un problema de salud pública sin precedentes en los últimos 100 años, así como la respuesta centrada en la caracterización genómica del SARS-CoV-2 prácticamente en todas las regiones del planeta. Esta pandemia surgió durante la era de la epidemiología genómica impulsada por los continuos avances en la secuenciación de próxima generación. Desde su reciente aparición, la epidemiología genómica permitió la identificación precisa de nuevos linajes o especies de agentes patógenos y la reconstrucción de su variabilidad genética en tiempo real, lo que se hizo evidente en los brotes de influenza H1N1, MERS y SARS. Sin embargo, la escala global y descontrolada de esta pandemia ha generado una situación que obligó a utilizar de forma masiva herramientas de la epidemiología genómica como la rápida identificación del SARS-CoV-2 y el registro de nuevos linajes y su vigilancia activa en todo el mundo. Antes de la pandemia de COVID-19 la disponibilidad de datos genómicos de agentes patógenos circulantes en varios países de Latinoamérica y el Caribe era escasa o nula. Con la llegada del SARS-CoV-2 dicha situación cambió significativamente, aunque la cantidad de información disponible sigue siendo escasa y, en países como Colombia, Brasil, Argentina y Chile, la información genómica del SARS-CoV-2 provino principalmente de grupos de investigación en epidemiología genómica más que como producto de una política o programa de vigilancia en salud pública. Ello evidencia la necesidad de establecer políticas de salud pública orientadas a la implementación de la epidemiología genómica como herramienta para fortalecer los sistemas de vigilancia y alerta temprana frente a amenazas para la salud pública en la región.

Abstract The COVID-19 pandemic caused by SARS-CoV-2 is a public health problem on a scale unprecedented in the last 100 years, as has been the response focused on the rapid genomic characterization of SARS-CoV-2 in virtually all regions of the planet. This pandemic emerged during the era of genomic epidemiology, a science fueled by continued advances in next-generation sequencing. Since its recent appearance, genomic epidemiology included the precise identification of new lineages or species of pathogens and the reconstruction of their genetic variability in real time, evidenced in past outbreaks of influenza H1N1, MERS, and SARS. However, the global and uncontrolled scale of this pandemic created a scenario where genomic epidemiology was put into practice en masse, from the rapid identification of SARS-CoV-2 to the registration of new lineages and their active surveillance throughout the world. Prior to the COVID-19 pandemic, the availability of genomic data on circulating pathogens in several Latin America and the Caribbean countries was scarce or nil. With the arrival of SARS-CoV-2, this scenario changed significantly, although the amount of available information remains scarce and, in countries such as Colombia, Brazil, Argentina, and Chile, the genomic information of SARS-CoV-2 was obtained mainly by research groups in genomic epidemiology rather than the product of a public health surveillance policy or program. This indicates the need to establish public health policies aimed at implementing genomic epidemiology as a tool to strengthen surveillance and early warning systems against threats to public health in the region.