Biomédica

Lecciones aprendidas en salud pública frente a la COVID-19: una mirada hacia futuras epidemias y pandemias

Inmunohistochemical detection of pandemic SARS-CoV-2 antigens in lung tissue

Abstract The COVID-19 pandemic caused by the SARS-CoV-2 virus has generated globally more than 110.7 million infections and 2.4 million deaths. The severity of this infection can range from asymptomatic, mild to severe. To know the possible associations between the presence of the virus and histopathological alterations found in tissues of fatal cases of COVID-19, the presence of the virus in the lung tissue of a patient with a clinical history of SARS-CoV-2 infection was evaluated. Lung tissue was histologically processed for immunohistochemical detection of SARS- CoV-2. In the histopathological study, morphological changes associated with pneumonitis of viral origin were observed. Likewise, the location of the SARS-CoV-2 virus was observed mainly in the cytoplasm of the cells of the inflammatory infiltrate.

Resumen La pandemia de COVID-19 causada por el virus SARS-CoV-2 ha generado más de 110,7 millones de infecciones y 2,4 millones de muertes a nivel mundial. Esta infección puede ser asintomática y sus manifestaciones clínicas pueden variar entre leves y graves. Para conocer las posibles asociaciones entre la presencia del virus y las alteraciones histopatológicas encontradas en los tejidos de casos fatales de COVID-19, se evaluó la presencia del virus en el tejido pulmonar de un paciente con antecedentes clínicos de infección por SARS-CoV-2. La muestra se procesó para la detección inmunohistoquímica del virus. En el estudio histopatológico, se observaron cambios morfológicos asociados con neumonitis de origen viral. Asimismo, el virus se localizó principalmente en el citoplasma de las células del infiltrado inflamatorio.

A call for implementation of the Law 2120 against junk food during pandemic times in Colombia

Resumen Durante dos años y medio, tanto en Colombia como en el resto del mundo, hemos enfrentado la pandemia generada por el SARS-CoV-2, agudizando los múltiples problemas de salud pública que venían cursando a manera de sindemias. Tal es el caso de las enfermedades crónicas no transmisibles asociadas, entre otros factores, a los malos hábitos alimenticios, especialmente por el gran consumo de alimentos ultraprocesados y bebidas azucaradas. En julio del 2021, se aprobó la Ley 2120, por medio de la cual se adoptaron medidas para fomentar entornos alimentarios saludables. Entre estas medidas, también se promueve que los alimentos empacados, procesados y que afectan negativamente la salud humana, tengan un sello que identifique sus componentes y valor nutricional para informar a los consumidores sobre el producto que están comprando o consumiendo. Entre las enfermedades más prevalentes en Colombia que afectan la salud bucal, se encuentran las caries y las periodontitis, ambas con factores de riesgo comunes con las enfermedades crónicas no transmisibles. Dados sus costos y prevalencia, dichas enfermedades crónicas no transmisibles resultan primordiales desde un enfoque de gestión del riesgo en salud pública, siendo, quizá, su gravedad mayor durante la pandemia generada por el SARS CoV-2. Asimismo, se especula que la población confinada pudo llegar a consumir más comida chatarra durante la pandemia del COVID-19 en comparación con otros períodos, además, porque en aquellos con enfermedades crónicas no transmisibles, el confinamiento obligado se asocia con mayor sedentarismo y con un menor número de controles médicos regulares, asuntos que se han reportado previamente. La promulgación de la ley de comida chatarra no va a cambiar los hábitos de alimentación de los colombianos “de la noche a la mañana” y, por esto, se necesita con urgencia implementar procesos de educación y sensibilización frente a los efectos adversos de los alimentos procesados y ultraprocesados en la salud.

Abstract For more than one year and a half, Colombia and the world have been facing the effects caused by the pandemics of SARS CoV-2 with concomitant and aggravating deterioration of multiple public health problems such as noncommunicable diseases. Noncommunicable diseases are frequently associated with poor eating habits and regular consumption of processed and ultra-processed foods, among other important risk factors related to culture, genetics, and sedentarism. In July, 2021, Colombia ratified the Law 2120 that promotes healthy food habits and recreational environments, by forcing food producers to include nutritional advertisement seals on processed food packages, with explanatory guidelines for consumers about calories and nutritional value. This editorial note highlights the importance in Odontology of promoting and implementing this Law through education and sensitization of populations, in order to cope with some of the adverse risk factors of the hypercaloric diet.

Efficacy and safety of four COVID-19 vaccines in preventing SARS-CoV-2 infection: A rapid review

Abstract Introduction: Since the emergence of the SARS-CoV-2, there have been efforts to develop vaccines to control the COVID-19 pandemic. Objective: The present study assessed the efficacy and safety of the BNT162b2, mRNA-1273, ChAdOx1/AZD1222 and Gam-COVID-Vac rAd26-S/rAd5-S vaccines against the SARS-CoV-2. Materials and methods: We searched PubMed/MEDLINE, Google Scholar, Cochrane, and the WHO International Clinical Trials Registry Platform on March 15, 2021. The search terms used were: "vaccine" OR "vaccination" AND "covid19" OR "coronavirus" OR "sarscov2" AND "bnt162b2" OR "chadox1-S" OR "azd1222" OR "sputnik" OR "Gam-COVID-Vac" OR "mrna" OR "mRNA-1273" . We measured the risk of bias of the studies and the quality of the evidence using GRADE profiles. A qualitative and quantitative analysis of the results of clinical trials is presented. Results: Of the 74 identified studies, 4 were finally included in this review. The efficacies of the BNT162b2, mRNA-1273, ChAdOx1/AZD1222 and Gam-COVID-VacrAd26-S/rAd5-S vaccines against symptomatic COVID-19 were 95,0% (CI95% 90,3-97,6), 94,1% (CI95% 89,3-96,8), 66,7% (CI95% 57,4-74,0), and 91,1% (CI95% 83,8-95,1), respectively. There°was moderate certainty of the evidence due to serious indirectness, when we measured the risk of bias of the studies and the quality of the evidence using GRADE profile. The safety profiles were acceptable, and data on serious adverse events (summary RR=0,93; CI95% 0,77-1,12; p=0,16) and deaths from all causes (summary RR=0,70; CI95% 0,33-1,50; p=0°90) showed no significant differences. Conclusion: The results of this review support the level of evidence for the efficacy and safety of the COVID-19 vaccines analysed.

Resumen Introducción. Desde que surgió el virus SARS-CoV-2, se han realizado esfuerzos para desarrollar vacunas para controlar la pandemia por COVID-19. Objetivo. Evaluar los datos de la eficacia y seguridad de las vacunas BNT162b2, mRNA-1273, ChAdOx1/AZD1222 y Gam-COVID-Vac rAd26-S/rAd5-S contra el SARS-CoV-2. Materiales y métodos. Se realizaron búsquedas en PubMed/MEDLINE, Google Scholar, Cochrane y la Plataforma de Registro Internacional de Ensayos Clínicos de la OMS el 15 de marzo de 2021. Los términos usados fueron: "vaccine" OR "vaccination" AND "covid19" OR "coronavirus" OR "sarscov2" AND "bnt162b2" OR "chadox1-S" OR "azd1222" OR "sputnik" OR "Gam-COVID-Vac" OR "mrna" OR "mRNA-1273'.' Se midió el riesgo de sesgo de los estudios y la calidad de la información por medio de los perfiles GRADE. Se presenta un análisis cualitativo y cuantitativo de los resultados de los estudios clínicos. Resultados. Se identificaron 74 estudios y se incluyeron 4 en la revisión. La eficacia de las vacunas BNT162b2, mRNA-1273, ChAdOx1/AZD1222 y Gam-COVID-VacrAd26-S/rAd5-S contra la COVID-19 sintomática fue del 95,0 % (IC95% 90,3-97,6), 94,1 % (IC95% 89,3-96,8), 66,7 % (IC95% 57,4-74,0) y 91,1 % (IC95% 83,8-95,1), respectivamente, y hubo una certeza moderada de la información debido a la falta de evidencia directa. Los perfiles de seguridad fueron aceptables, y los eventos adversos graves (RR resumido=0,93; IC95% 0,77-1,12; p=0,16) y muerte por todas las causas (RR resumido=0,70; IC95% 0,33-1,50; p=0,90) no mostraron diferencias significativas. Conclusión. Los resultados de esta revisión respaldan el nivel de evidencia de la eficacia y seguridad de las vacunas COVID-19 que fueron analizadas.

Preventive measures focused on the urban-rural interface protect rural food-producing communities from SARS-CoV-2

Abstract Introduction: Rural food-producing communities are fundamental for the development of economic activities associated with sustainability and food security. However, despite the importance of rurality in Colombia, preventive strategies continue to be implemented homogeneously, without considering the dynamics of SARS-CoV-2 in rural food-producing communities. Objective: To model real areas in Colombia involving rural and urban populations that have intrinsic SARS-CoV-2 transmission dynamics. Characterize rural-urban interactions by means of a parameter that provides different scenarios and allows us to identify interactions capable of preventing SARS-CoV-2 transmission in rural food-producing communities. Materials and methods: The dynamics of SARS-CoV-2 infection was modeled in five case studies (Boyacá, Caquetá, Cundinamarca, Santander and Sucre) considering urban and rural areas and their interaction (connectivity) in the urban-rural interface. For this purpose, an epidemiological compartmental model considering a classification of individuals according to their economic activity and their epidemiological status was assessed. Results: Preventive measures focused on the urban-rural interface impact the number of deaths in rural areas. Hence, it is possible to assume that the dynamics of the disease in rural areas depend on the constant interaction with infected individuals from urban areas, which occurs due to the food production dynamics in the urban-rural interface. Conclusions: Preventive measures should focus on places of high transmissibility and risk for rural communities, such as the urban-rural interface. This work highlights the importance of national heterogeneous preventive measures and the protection of rural communities from the social and economic impacts of SARS-CoV-2.

Resumen Introducción. Las comunidades rurales productoras de alimentos son fundamentales para el desarrollo de actividades económicas asociadas a la sostenibilidad y la seguridad alimentaria. Sin embargo, a pesar de la importancia de la ruralidad en Colombia, las estrategias de prevención continúan siendo implementadas homogéneamente, sin considerar la dinámica del SARS-CoV-2 en estas comunidades. Objetivo. Modelar la dinámica del SARS-CoV-2 en poblaciones rurales colombianas. Se quiso caracterizar la interacción rural-urbana mediante un parámetro que proporciona diferentes contextos y permite identificar una interacción rural-urbana capaz de prevenir la transmisión del SARS-CoV-2 en comunidades rurales productoras de alimentos. Materiales y métodos. La dinámica de transmisión del SARS-CoV-2 se modeló en cinco estudios de caso (Boyacá, Caquetá, Cundinamarca, Santander y Sucre) considerando áreas urbanas y rurales, así como su interacción (conectividad) en la interfaz urbano-rural. Para ello, se empleó un modelo epidemiológico compartimental que considera una clasificación de los individuos según su actividad económica y su estado epidemiológico. Resultados. Las medidas preventivas enfocadas en la interfaz urbano-rural impactan el número de muertes en áreas rurales. Por lo tanto, es posible asumir que la dinámica de la enfermedad en las áreas rurales depende del contacto constante con los individuos infectados de las áreas urbanas, lo que ocurre debido a la dinámica de los sistemas de producción de alimentos en la interfaz urbano-rural. Conclusiones. Las medidas de prevención deben enfocarse en lugares con gran transmisibilidad y riesgo para las comunidades rurales, como la interfaz urbano-rural. En este trabajo se destaca la importancia de las medidas preventivas heterogéneas y la protección de las comunidades rurales contra los impactos sociales y económicos del SARS-CoV-2.

Natural SARS-CoV- 2 infection in domestic cats and dogs of humans diagnosed with COVID-19 in Valle de Aburrá, Antioquia

Resumen Introducción. El síndrome respiratorio agudo grave causado por el nuevo coronavirus SARS-CoV-2 es causa de la emergencia sanitaria por la pandemia de COVID-19. Si bien el humano es el principal huésped vulnerable, en estudios experimentales y reportes de infección natural, se han encontrado casos de zoonosis inversa de SARS-CoV-2 en animales. Objetivo. Evaluar la infección natural por SARS-CoV-2 en gatos y perros de propietarios con diagnóstico de COVID-19 en el Valle de Aburrá, Antioquia, Colombia. Materiales y métodos. La circulación del SARS-CoV-2 se evaluó por RT-qPCR y RT-PCR en muestras de frotis nasofaríngeos y orofaríngeos de gatos y perros cuyos propietarios se encontraban dentro del periodo de los 14 días de aislamiento. Los casos positivos se verificaron amplificando fragmentos de los genes RdRp, N y E; se secuenció el gen RdRp y se analizó filogenéticamente. Resultados. De 80 animales evaluados, seis gatos y tres perros fueron casos confirmados de infección natural por SARS-CoV-2. Los animales no presentaron signos clínicos y sus propietarios, que padecían la infección, reportaron únicamente signos leves de la enfermedad sin complicaciones clínicas. En el análisis de una de las secuencias, se encontró un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) con un cambio en la posición 647, con sustitución del aminoácido serina (S) por una isoleucina (I). Los casos se presentaron en los municipios de Caldas, Medellín y Envigado. Conclusiones. Se infiere que la infección natural en los gatos y perros se asocia al contacto directo con un paciente con COVID-19. No obstante, no es posible determinar la virulencia del virus en este huésped, ni su capacidad de transmisión zoonótica o entre especie.

Abstract Introduction: The severe acute respiratory syndrome caused by the new coronavirus SARS-CoV-2 is the cause of the health emergency due to the COVID-19 pandemic. Although humans are the main susceptible host, experimental studies and reported cases of natural infection have evidenced scenarios of SARS-CoV-2 reverse zoonosis in animals. Objective: To evaluate the natural infection of SARS-CoV-2 in cats and dogs with owners diagnosed with COVID-19 in the Valle de Aburrá subregion in Antioquia, Colombia. Materials and methods. The circulation of SARS-CoV-2 was evaluated by RT-qPCR and RT-PCR in samples of nasopharyngeal and oropharyngeal smears from cats and dogs whose owners presented latent COVID-19 infection. Positive cases were verified through amplification of N, E and RdRp gene fragments; with the latter being sequenced and the phylogenetically analyzed Results. From 80 tested animals, 6 cats and 3 dogs resulted positive for natural SARS-CoV-2 infection. These animals did not show any clinical signs; and their infected owners only reported mild signs of COVID-19, without clinical complications. Regarding analysis of one of the sequences, a single nucleotide polymorphism (SNP) was found, with a substitution in position 647, resulting in the change of the amino acid serine (S) for isoleucine (I). The cases occurred in the municipalities of Caldas, Medellín and Envigado. Conclusions. It is inferred that natural infection in cats and dogs is associated with direct contact with a positive COVID-19 patient.

Clinical validation of the isothermal RT-LAMP test for rapid diagnosis of SARS-CoV-2

Resumen Introducción. Desde el primer reporte en la provincia de Wuhan (China) en el año 2019, el SARS-CoV-2 se ha diseminado por todo el mundo, provocando un enorme impacto en la salud pública. Para su diagnóstico, la Organización Mundial de la Salud ha incentivado el desarrollo de pruebas rápidas, de simple ejecución, sensibles y específicas, que complementan la RT-qPCR como prueba de referencia. La prueba RT-LAMP ha mostrado ser una excelente alternativa para la detección del SARS-CoV-2 en diferentes biofluidos. Objetivo. Validar la técnica RT-LAMP colorimétrica en muestras de hisopado nasofaríngeo previamente confirmadas por RT-qPCR, usando el protocolo Charité, Berlín, Alemania. Materiales y métodos. Un total de 153 muestras de hisopado nasofaríngeo de individuos con sospecha de COVID-19 se sometieron a RT-qPCR y RT-LAMP, usando un estuche comercial colorimétrico (NEB, Germany). La RT-LAMP se practicó con las muestras de ARN extraídas del hisopado nasofaríngeo y con muestras crudas sin previa extracción de ARN. El resultado fue evaluado por un simple cambio de color en la reacción. Resultados. La sensibilidad y especificidad de la técnica RT-LAMP para detectar el gen N del SARS-CoV-2 mediante un set de cebadores previamente reportados (set de Broughton), arrojó valores de 0,97 (0,85-1,00) y 0,81 (0,65-0,92), respectivamente, con un intervalo de confianza del 95%. Otro set de cebadores dirigidos contra otra región del mismo gen (set de Lalli) arrojó valores de sensibilidad y especificidad de 0,96 (0,78-1,00) y 0,77 (0,55-0,92), respectivamente. Sin previa extracción de ARN, se encontró que la sensibilidad fue del 0,95 (0,74-1,00) y la especificidad del 0,88 (0,64-0,99). Conclusiones. Estos resultados evidencian que la técnica RT-LAMP podría considerarse una prueba diagnóstica rápida, de fácil ejecución, libre de equipos sofisticados, sensible y específica, para el diagnóstico del SARS-CoV-2 en muestras de hisopados nasofaríngeos.

Abstract Introduction: Since the first report in Wuhan (China) in 2019, the SARS-CoV-2 virus has spread throughout the world, with a significant impact in public health. To contain its transmission, the WHO has encouraged the development of rapid, simple, sensitive and specific tests that complement qRT-PCR, as the gold standard. RT-LAMP has shown to be a good alternative to detect SARS-CoV-2 in different fluid samples. Objective: To validate the colorimetric RT-LAMP technique using two sets of primers targeting N gene of SARS-CoV-2 in 117 nasopharyngeal swab samples previously confirmed by RT-qPCR, using the Charité/Berlin protocol. Material and methods: A total of 153 nasopharyngeal swab samples from individuals with suspected COVID-19 were subjected to qRT-PCR and RT-LAMP using a commercial colorimetric kit (NEB, Germany). RT-LAMP was performed using both extracted RNA samples and raw samples without prior RNA extraction, and the result was assessed by a simple color change in the reaction. Results: Sensitivity and specificity for the previously reported RT-LAMP primers (Broughton set) targeting N gene of SARS-CoV-2 were 0.97 (0.85-1.00) and 0.81 (0.65-0.92) respectively, with CI95%. The Lalli primers targeting another region of the N gene used showed a sensitivity value of 0.96 (0.78-1.00) and a specificity of 0.77 (0.55-0.92). Without RNA extraction we found a sensitivity value of 0.95 (0.74, 1.00) and a specificity of 0.88 (0.64, 0.99). A sensitivity value of 0.95 (0.74-1.00) and a specificity 0.88 (0.64-0.99) were found without prior RNA extraction. Conclusion: Taking together, the results showed that RT-LAMP technique could be considered as a rapid diagnostic test, easy to perform, free of sophisticated equipment, sensitive and specific to diagnose SARS-CoV-2 in nasopharyngeal swabs with and without prior RNA extraction, allowing its implementation in places with scarce resources.

Incidence of acute respiratory symptoms and COVID-19 infection in children in public schools in Bogotá, Colombia, from July to November, 2020

Abstract Introduction: More than 90% of children infected with COVID-19 worldwide developed mild to moderate disease. In Colombia, during 2020, COVID-19 infections in children stayed below 9.2% of the total cases, with no trends for age group or sex. Objective: To estimate the incidence of acute respiratory symptoms and COVID-19 in children from public schools in Bogotá, Colombia during the second semester of 2020. Material and methods: A telephone survey was conducted in over 5,000 scholar children. Antecedents and use of health services were informed. Descriptive statistics were used. Results: A total of 151.470 persons per day accounting for an IR of 157,8 per 100,000 people; almost three times the rate reported by the official surveillance system in the city. Conclusion: A lack of diagnosis and consultation in children was found compared to the general population. Further research is needed to elucidate the true burden of the disease in children.

Resumen Introducción. Más del 90% de los niños infectados con COVID-19 en el mundo, desarrollaron enfermedad leve a moderada. En Colombia, durante el 2020, la infección del COVID-19 en niños se mantuvo por debajo de 9,2 % del total de los casos sin tendencias por grupo de edad o sexo. Objetivo. Estimar la incidencia de síntomas respiratorios agudos y COVID19 en niños de escuelas públicas en Bogotá (Colombia) durante el segundo semestre de 2020. Materiales y métodos. Se hizo una encuesta telefónica en más de 5.000 escolares. Se recolectó información de antecedentes médicos y uso de servicios de salud. La información obtenida se describió mediante estadística descriptiva. Resultados. Se contabilizó un total de 151.470 personas al día para una tasa de incidencia de 157,8 en 100.000 personas, casi tres veces la tasa reportada por el sistema de vigilancia oficial de la ciudad. Conclusión. Se encontraron deficiencias en el diagnóstico y consulta de los niños, al compararlos con la población general. Se necesita más investigación para dilucidar la verdadera carga de la enfermedad en la población infantil.

Controversies in neuroimmunology: multiple sclerosis, vaccination, SARS-CoV-2 and other dilemas

Resumen La neuroinmunología es una disciplina que cada vez amplía más sus horizontes en la comprensión de las enfermedades neurológicas. Contemporáneamente, y a la luz de los nexos fisiopatológicos de las enfermedades neurológicas y la inmunología, se han planteado enfoques diagnósticos y terapéuticos específicos. A pesar de los importantes avances de esta disciplina, existen múltiples dilemas que le conciernen y se filtran en la práctica clínica. En esta revisión, se presentan y discuten 15 controversias, las cuales se construyen con la información clínica disponible más actualizada. Los temas incluidos son: disminución de esteroides en recaídas de esclerosis múltiple; recomendaciones terapéuticas en esclerosis múltiple a la luz de la pandemia por el SARS-CoV-2; evidencia de vacunación en esclerosis múltiple y en otras enfermedades desmielinizantes; panorama actual del síndrome clínico y radiológico aislado; y fallas terapéuticas en esclerosis múltiple; además, criterios para suspender las terapias modificadoras de la enfermedad; evidencia del manejo en recaídas leves; recomendaciones para la profilaxis contra Strongyloides stercolaris; utilidad de un segundo ciclo de inmunoglobulina en el síndrome de Guillain-Barré; criterios para diferenciar una polineuropatía crónica desmielinizante inflamatoria de inicio agudo de un síndrome de Guillain-Barré y, utilidad de la enzima convertidora de angiotensina en neurosarcoidosis. En cada una de las controversias, se presenta la problemática general y se ofrecen recomendaciones específicas que pueden adoptarse en la práctica clínica diaria.

Abstract Neuroimmunology is a discipline that increasingly broadens its horizons in the understanding of neurological diseases. At the same time, and in front of the pathophysiological links of neurological diseases and immunology, specific diagnostic and therapeutic approaches have been proposed. Despite the important advances in this discipline, there are multiple dilemmas that concern and filter into clinical practice. This article presents 15 controversies and a discussion about them, which are built with the most up-to-date evidence available. The topics included in this review are: steroid decline in relapses of multiple sclerosis; therapeutic recommendations in MS in light of the SARS-CoV-2 pandemic; evidence of vaccination in multiple sclerosis and other demyelinating diseases; overview current situation of isolated clinical and radiological syndrome; therapeutic failure in multiple sclerosis, as well as criteria for suspension of disease-modifying therapies; evidence of the management of mild relapses in multiple sclerosis; recommendations for prophylaxis against Strongyloides stercolaris; usefulness of a second course of immunoglobulin in the Guillain-Barré syndrome; criteria to differentiate an acute-onset inflammatory demyelinating chronic polyneuropathy versus Guillain-Barré syndrome; and, the utility of angiotensin-converting enzyme in neurosarcoidosis. In each of the controversies, the general problem is presented, and specific recommendations are offered that can be adopted in daily clinical practice.