Biomédica

Ángela Restrepo Moreno 1931-2022

Las infecciones fúngicas: una amenaza creciente

Haga usted el diagnóstico. Primera parte

The relevance of clinical and epidemiological correlation in the early diagnosis of histoplasmosis: report of two clinical cases in Popayán, Colombia

Resumen: La histoplasmosis es una micosis endémica en Colombia. Se presentan dos casos del departamento del Cauca, para mostrar el impacto clínico que conlleva un retraso en su diagnóstico y tratamiento. Se obtuvo el consentimiento informado para revisar las historias clínicas de los pacientes y publicar los casos. El primer caso se trata de un paciente con infección por el virus de inmunodeficiencia humana (Human Immunodeficiency Virus, HIV), quien presentaba lesiones cutáneas generalizadas atribuidas inicialmente al virus del herpes; post mortem y mediante el cultivo para hongos de muestras de las lesiones dérmicas, se confirmó el diagnóstico de histoplasmosis. El segundo caso es un paciente inmunocompetente con sintomatología pulmonar, a quien se le diagnosticó tuberculosis clínicamente y se le instauró tratamiento; sin embargo, ante la nula mejoría y teniendo en cuenta el antecedente de ingreso a una cueva de murciélagos, se enfocó como una posible histoplasmosis pulmonar y se obtuvo mejoría con el tratamiento. Se revisó la literatura sobre las pruebas de laboratorio y los datos epidemiológicos de histoplasmosis que deben considerar los profesionales de la salud. Se concluyó que las instituciones de salud deben disponer de pruebas rápidas (por ejemplo, antigénicas) para el diagnóstico y tratamiento adecuado de esta micosis, además de adoptar los correctivos necesarios para minimizar la exposición a Histoplasma.

Abstract Histoplasmosis is an endemic mycosis in Colombia. Here we present two cases in the Cauca department, to indicate the clinical impact of histoplasmosis delayed diagnosis and treatment when its epidemiology is unknown. Informed consent was requested to review patients’ medical records and case report publication. The first case was a patient diagnosed with human immunodeficiency virus and generalized presence of skin lesions. Initially, these lesions were diagnosed as herpes, but a postmortem diagnosis confirmed histoplasmosis through fungal cultures of tissues from the skin lesions. The second case is an immunocompetent patient with pulmonary symptoms diagnosed and treated for tuberculosis. However, given the lack of improvement and considering the bat cave entrance history, the patient was treated for possible pulmonary histoplasmosis with an adequate response. We made a review of laboratory tests and histoplasmosis epidemiological data relevant to health professionals. We concluded that health institutions must provide rapid tests, such as antigen ones, to adequately diagnose and treat this mycosis; and also take corrective measures to minimize exposure to Histoplasma.

Geotrichosis: fungemia in a patient with acute lymphoblastic leukemia

Resumen: La fungemia por Geotrichum spp. es poco frecuente y altamente letal. En el Instituto Nacional de Cancerología de Bogotá solo se han reportado dos casos: uno entre el 2001 y el 2007, y el otro entre el 2012 y el 2018. Este tipo de infección es más común en pacientes con algún grado de compromiso del sistema inmunitario, por lo que puede presentarse en pacientes con neoplasias hematológicas malignas. Se presenta el caso de un hombre de 27 años con recaída de leucemia linfoblástica aguda, que ingresó con poliartralgias de cinco días de duración. También cursaba con neutropenia febril, celulitis sin abscesos y bacteriemia por Staphylococcus aureus resistente a la meticilina para lo cual recibió terapia con oxacilina y cefepime. Sin embargo, persistía la neutropenia febril por lo que se sospechó una infección fúngica invasora. Se tomó un nuevo set de hemocultivos y se inició tratamiento antifúngico. En los hemocultivos se identificaron artroconidias y mediante espectrometría de masas por láser de matriz asistida de ionización-desorción se confirmó la presencia de Geotrichum spp. Se ajustó el tratamiento antifúngico con deoxicolato de anfotericina B por 14 días y voriconazol por cuatro semanas. Luego de una estancia prolongada se le dio de alta. Aunque la incidencia de la fungemia por Geotrichum spp. es baja, en pacientes con neoplasias hematológicas malignas debe considerarse en el contexto de una neutropenia febril que es persistente a pesar del tratamiento antimicrobiano de amplio espectro. La identificación de los agentes causantes de fungemias con herramientas de proteómica, como la espectrometría de masas mencionada, permite ajustar el tratamiento dirigido y reducir las complicaciones, la estancia hospitalaria y la mortalidad.

Abstract Fungemia caused by Geotrichum spp. is rare and highly lethal. The Instituto Nacional de Cancerología in Bogotá reported just two cases: one in the period 2001-2007 and the other in 2012-2018. This type of infection is more common in any kind of immunocompromised patients, so it can occur in those with hematological malignancies. Here we present the case of a 27-year-old man, diagnosed with acute lymphoblastic leukemia in relapse and admitted with polyarthralgia for five days, febrile neutropenia, non- abscessed cellulitis, and bacteremia due to methicillin-sensitive Staphylococcus aureus. The patient received therapy with oxacillin and cefepime, but the febrile neutropenia persisted. A new set of blood cultures was taken, and antifungal treatment was started because of the suspicion of invasive fungal infection. Arthroconidia were identified in blood cultures and Geotrichum spp. was confirmed using matrix-assisted laser desorption-ionization mass spectrometry. The antifungal treatment was adjusted with amphotericin B deoxycholate for 14 days and voriconazole for four weeks, and after a prolonged stay, the patient was discharged. Although the incidence of fungemia caused by Geotrichum spp. is low, it must be considered in patients with hematological malignancies and persistent febrile neutropenia despite the broadspectrum antimicrobial treatment. The confirmation of fungemia causing agents, with proteomic tools such as the mentioned mass spectrometry, allows treatment adjustment and decreases complications, hospital stay, and mortality.

Fusariosis in cancer patients: 13 case series report and literature review

Resumen La fusariosis es una micosis oportunista producida por Fusarium spp. Su presentación clínica depende del estado inmunológico del huésped, especialmente, el de aquellos con enfermedades hematooncológicas, cuyas manifestaciones varían desde formas localizadas hasta infección fúngica invasora. El cultivo de piel o de sangre permite orientar el tratamiento antifúngico combinado con anfotericina B y voriconazol. Se presentan 13 casos de pacientes con cáncer en un periodo de once años que desarrollaron fusariosis diseminada; asimismo, se hizo con una revisión extensa de la literatura. En esta serie de casos, la mortalidad fue del 61,5 % (8/13), a pesar del uso del antifúngico. De los 13 pacientes, 11 tenían neoplasia hematológica y 2 neoplasia sólida. El factor de riesgo más importante fue la neutropenia profunda. El compromiso de la piel y los hemocultivos positivos facilitaron la prescripción del tratamiento combinado en la mayoría de los casos. La neutropenia febril persistente asociada a lesiones cutáneas, la onicomicosis, los nódulos o las masas pulmonares permitieron sospechar una infección fúngica invasora por Fusarium spp. El objetivo de la presentación de esta serie de casos es recordar el diagnóstico de fusariosis a la comunidad médica en contacto con pacientes oncológicos, con neutropenia febril profunda y persistentes.

Abstract The fusariosis is an opportunistic mycosis caused by Fusarium spp. Its clinical presentation depends on the immunological status of the host, especially in patients with hemato-oncological diseases, whose manifestations vary from localized to invasive fungal infections. Skin or blood culture helps to guide combined antifungal treatment with amphotericin B and voriconazole. Here, we present 13 cases in a period of eleven years of patients with cancer who developed disseminated fusariosis and their outcomes, together with a review of the related literature. In this series of cases, mortality was 61.5 % (8/13), despite the use of the antifungal. Out of the 13 cases, 11 had hematological neoplasia and 2 solid neoplasia. The most determinant risk factor was profound neutropenia. Skin involvement and positive blood cultures in most cases allowed combined treatment prescription. Persistent febrile neutropenia associated with skin lesions, onychomycosis, nodules, or lung masses lead to suspicion of Fusarium spp. fungal invasive infection. The aim of this series of cases is to remind healthcare professionals that oncological patients with deep and persistent febrile neutropenia can develop fusariosis.

An outbreak of trichophytic tinea capitis in a group of schoolchildren in a rural area of the department of Cauca, Colombia

Resumen Introducción. La tiña de la cabeza es una micosis que se presenta en el tejido queratinizado, afecta al cuero cabelludo y puede causar alopecia, prurito y descamación. Este tipo de micosis es más frecuente en niños de edad escolar, por lo que puede desencadenar un problema de salud pública. En Colombia, los principales agentes etiológicos reportados son los dermatofitos zoofílicos. Objetivo. En el presente estudio se buscó caracterizar un brote de tinea capitis en 32 niños de un colegio de la zona rural del departamento del Cauca. Materiales y métodos. Se llevó a cabo una investigación epidemiológica de campo en la que se aplicó una encuesta estructurada para caracterizar aspectos sociodemográficos y factores predisponentes para su ocurrencia. Se recolectaron muestras de escamas de cuero cabelludo y cabellos afectados para estudios micológicos. Finalmente, por medio de la Secretaría Departamental del Cauca y del hospital local, se manejó el brote de tinea capitis y se hicieron recomendaciones a los niños, los padres de familia y la población en general para prevenir estas micosis. Este estudio contó con el consentimiento informado verbal por parte de los padres de familia y los niños. Resultados. El agente etiológico aislado en el 63 % de las muestras recolectadas fue Trichophyton tonsurans y el principal factor predisponente para esta micosis fue compartir máquinas rasuradoras (87,5 %). El agente etiológico de este brote de tinea capitis no inflamatoria fue un dermatofito antropofílico. Conclusión. Idealmente, se deben practicar los estudios micológicos con el fin de establecer el agente etiológico y, así, plantear las terapéuticas y recomendaciones según las guías de manejo. Además, se debe realizar un trabajo multidisciplinario para el control del brote y la educación de la población respecto a esta micosis.

Abstract Introduction. Tinea capitis is a mycosis of keratinized tissue, which affects the scalp and may cause alopecia, pruritus, and desquamation. This type of mycosis is more frequent in school-age children, and it may represent a public health problem; the main etiological agents reported for Colombia are zoophilic dermatophytes. Objective. To characterize an outbreak of Tinea capitis in 32 children from a rural school in the department of Cauca. Materials and methods. We conducted an epidemiological field study using a structured survey to characterize sociodemographic aspects and predisposing factors for this mycosis. We collected samples of affected scalp scales and hair for mycological studies. The children and the general population received recommendations, about these mycoses’ prevention, from Cauca’s health authorities and the local hospital. The parents verbally approved the informed consent. Results. The etiological agent isolated in 63% of the collected samples was Trichophyton tonsurans, an anthropophilic dermatophyte, and the main predisposing factor was sharing razors (87.5%). Conclusions. Ideally, mycological studies define the etiological agent to propose therapeutics and recommendations in agreement with management guidelines. Implementation of multidisciplinary measures to control the outbreak and educate the population is required.

Pseudoepitheliomatous hyperplasia: Squamous cell carcinoma versus oral paracoccidioidomycosis, a case from a dermatological perspective

Resumen La paracoccidioidomicosis es una micosis sistémica endémica en Latinoamérica. La presentación más frecuente compromete crónicamente los pulmones, la piel y las mucosas. Al inicio, este paciente presentó, por varios años, una lesión única en la mucosa oral que, en ausencia de otros síntomas, se relacionó con una neoplasia maligna, específicamente con un carcinoma escamocelular. La diferenciación entre los dos diagnósticos se hace mediante un examen directo, un estudio histopatológico y cultivos iniciales y subsecuentes. Sin embargo, tales estudios no fueron concluyentes. Después de varias consultas y pruebas, con los resultados del examen directo, la inmunodifusión y la PCR en tiempo real se confirmó el diagnóstico de paracoccidioidomicosis crónica multifocal. Este caso alerta sobre la ausencia de sospecha clínica de micosis endémicas, dada la presencia de lesiones mucocutaneas que pueden ser producidas por hongos como Paracoccidioides spp, y la importancia de considerarlas entre los diagnósticos diferenciales.

Abstract Paracoccidioidomycosis is a systemic mycosis endemic in Latin America. The most frequent form involves a chronic compromise of the lungs, skin, and mucosa. The patient started with a single oral lesion that lasted for several years. The absence of other symptoms pointed out a possible malignant neoplasm, specifically a squamous cell carcinoma. Differentiation between both diagnoses-fungal infection and carcinoma-depends on the results of the direct examination, the histopathological study, and the initial and subsequent cultures. However, in this case, those findings were not conclusive. The coexistence of both diagnoses is frequent and increases the diagnostic challenge. After several consultations and tests, direct examination, immunodiffusion and real-time PCR findings the multifocal chronic paracoccidioidomycosis diagnosis was confirmed. This case warns about a systematical absence of clinical suspicion of endemic mycoses before the appereance of mucocutaneous lesions, which can be produced by fungi like Paracoccidioides spp, and the importance of considering those mycoses among the differential diagnoses.

Assessment of biofilms formation of bacterial and fungal isolates using qualitative Congo red agar and semiquantitative crystal violet microtiter methods

Resumen Introducción. El 65 % de las infecciones humanas son producidas por bacterias o levaduras, cuya capacidad de formar biopelículas las hace más resistentes a los antimicrobianos y antifúngicos. Objetivo. Determinar la capacidad de formación de biopelículas en aislamientos bacterianos y fúngicos por medio de los métodos cuantitativo de microtitulación con cristal violeta y cualitativo de cultivo en agar con rojo Congo. Materiales y métodos. Con el método cuantitativo, se utilizaron los medios de cultivo infusión cerebro-corazón, tripticasa de soya y Müeller-Hinton para aislamientos bacterianos; para levaduras, se usaron caldo infusión cerebro-corazón y Sabouraud dextrosa. Para el método cualitativo de cultivo en agar, se utilizaron los mismos medios de cultivo más una solución con 3 % de rojo Congo y 10 % de dextrosa. Cómo método de referencia, se utilizó la propuesta de Stepanovic et al. Resultados. Se evaluaron 103 aislamientos bacterianos y 108 de levaduras. No es recomendable sustituir el caldo infusión cerebro-corazón por los caldos tripticasa de soya y Müeller-Hinton en el método cuantitativo, para evaluar la formación de biopelículas en los aislamientos bacterianos. El medio Sabouraud dextrosa, en caldo y agar, puede sustituir al de infusión de cerebro-corazón para evaluar la formación de biopelículas en levaduras, tanto por el método cuantitativo como por el cualitativo. Conclusión. El estudio de las biopelículas en el laboratorio de microbiología, a partir del método cualitativo de cultivo en agar con rojo Congo, es un procedimiento sencillo, rápido y de bajo costo, que proporciona información útil para el diagnóstico y la terapéutica de infecciones persistentes causadas por bacterias y levaduras.

Abstract Introduction. Sixty-five percent of human infections are caused by bacteria or yeasts able to form biofilms. This feature makes them more resistant to antimicrobials and antifungals. Objective. To determine biofilm formation capacity of bacterial and fungal isolates by quantitative crystal violet microtiter and qualitative Congo red agar methods. Materials and methods. Brain-heart infusion, trypticase soy broth and Müeller-Hinton culture media were used in bacterial isolates for the quantitative method; brain-heart infusion broth and Sabouraud dextrose were used for yeasts. The same culture media plus 3% Congo red and 10% dextrose were used to apply the qualitative method in agar. The proposal by Stepanovic, et al. was used as a reference method. Results. We evaluated 103 bacterial isolates and 108 yeasts isolates. We did not recommend substitute brain-heart infusion broth for trypticase soy and Müeller-Hinton broths for biofilm formation assessment in bacterial isolates using the quantitative method. Sabouraud dextrose medium, both broth and agar, can replace brain-heart infusion to assess biofilm formation in yeasts, quantitatively and qualitatively. Conclusion. The study of biofilms in the microbiology laboratory, using Congo red agar qualitative method, is a simple, fast, and inexpensive procedure that provides precise information for the diagnosis and treatment of persistent infections caused by bacteria and yeasts.

Phospholipase and proteinase activities of isolates of colonizing Candida spp. causing vulvovaginitis in pregnant women

Resumen Introducción. Las proteasas y las fosfolipasas son factores de virulencia de Candida spp. que cumplen un papel importante en la invasión de los tejidos. Entre los factores relacionados con el huésped, se encuentran algunos asociados con las características ambientales y otros con la colonización. Objetivo. Determinar la actividad de fosfolipasas y proteasas en aislamientos de especies colonizadoras y patógenas de Candida spp., aisladas de mujeres gestantes de Cartagena de Indias. Materiales y métodos. Se determinó la actividad de fosfolipasas y proteasas en 56 aislamientos mediante degradación del sustrato y cálculo del coeficiente de actividad enzimática. Se compararon las actividades de fosfolipasas y proteasas, entre los aislamientos colonizadores y los patógenos. Resultados. La actividad de la fosfolipasa fue "muy alta" (< 0,69) en 34 aislamientos e, igualmente, la de la proteasa en 14. No hubo diferencias significativas al comparar las actividades de las fosfolipasas y de las de las proteasas, entre los aislamientos colonizadores y los patógenos. Conclusiones. La actividad de las fosfolipasas predominó como factor de virulencia en los aislamientos estudiados. No obstante, no se encontró una diferencia significativa entre los grupos de aislamientos colonizadores y los patógenos, en cuanto a las actividades de fosfolipasas y proteasas.

Abstract Introduction. Proteases and phospholipases are virulence factors of Candida spp. that play an important role in tissue invasion. Among the factors related to the host some are associated with environmental characteristics and others with Candida colonization. Objectives. To determine phospholipase and protease activities in colonizing and pathogenic strains, isolated from pregnant women in Cartagena de Indias. Materials and methods. Phospholipase and protease activity was determined in 56 isolates, evaluating substrate degradation and calculating the enzyme activity coefficient. Phospholipase and protease activities were compared between colonizing and pathogenic strains. Results. "Very high" (<0.69) phospholipase and protease activity was found in 34 and 14 isolates, respectively. There was no significant difference when comparing phospholipase and protease activities between colonizing and pathogenic isolates. Conclusions. Phospholipase activity predominated as a virulence factor in the studied strains, but no significant difference was found between colonizing and pathogenic strains for phospholipase and protease activities.

Mixed oral candidiasis in type 2 diabetic patients: Identification and spectrum of sensitivity

Resumen Introducción. Los pacientes con diabetes mellitus de tipo 2 son propensos a adquirir infecciones por Candida spp., en ocasiones, causadas por más de una especie. La resistencia de algunas de ellas puede resultar en complicaciones médicas por falla del tratamiento. Objetivos. Determinar la frecuencia y las variedades clínicas de la candidiasis oral mixta en pacientes con diabetes mellitus de tipo 2, las especies de Candida involucradas y sus espectros de sensibilidad a los antifúngicos utilizados como tratamiento. Material y métodos. Se hizo un estudio transversal analítico en pacientes con diabetes mellitus de tipo 2, hiperglucemia (superior o igual al 7 % de la hemoglobina glucosilada, HbA1C) y con diagnóstico clínico de candidiasis oral. Mediante técnicas microbiológicas, se identificaron las especies causales de la candidiasis oral. Las pruebas de sensibilidad se llevaron a cabo con el método de difusión en placa con tiras (E-test®). Resultados. Se incluyeron 72 pacientes: 32 (44 %) hombres y 40 (56 %) mujeres, clasificados en tres grupos de edad: jóvenes adultos (17 %), adultos (74 %) y ancianos (9 %), con una media de 51 años. No se encontraron diferencias significativas en la candidiasis oral según los grupos de sexo y edad, ni entre las candidiasis orales mixtas y el sexo, el porcentaje de HbA1C, el tratamiento antihiperglucemiante o el tiempo de diagnóstico de la diabetes mellitus de tipo 2. En el grupo etario de adultos, se encontró una correlación con las candidiasis mixtas o simples. Se encontraron 8 (13 %) casos de candidiasis mixtas: siete con coinfección por dos especies de Candida y uno con coinfección por tres especies. Las especies identificadas en ellos, fueron: Candida albicans, C. glabrata, C. dubliniensis, C. kefyr, C. tropicalis y C. krusei. La mayoría de estas especies presentó sensibilidad a ketoconazol y fluconazol, y mayor resistencia a itraconazol. Conclusiones. Las candidiasis orales mixtas se presentan, aproximadamente, en el 10 % de los pacientes con diabetes mellitus de tipo 2 y el tratamiento puede ser ineficaz cuando no se identifica el agente etiológico.

Abstract Introduction. Patients with type 2 diabetes mellitus are susceptible to acquire Candida spp. infections, sometimes involving more than one species. The resistance of some species to antimycotic agents can cause treatment failure. Objectives. To determine the frequency and clinical varieties of mixed oral candidiasis in patients with type 2 diabetes mellitus, the involved species, and its sensitivity spectra when exposed to antifungals used as candidiasis treatment. Material and methods. We developed an analytical cross-sectional study with 72 patients with type 2 diabetes mellitus with hyperglycemia (HbAIC s 7%) and an oral candidiasis diagnosis. The causal species of oral candidiasis were identified through microbiological techniques, and sensitivity tests were carried out using the diffusion method in a plate with strips (E-test ®). Results. We included 72 patients in the study, 32 (44%) males and 40 (56%) females. Patients were divided into three age groups: young adults (17%), adults (74%), and older adults (9%). The mean age of the patients was 51 years. No significant differences were found between mixed oral candidiasis and groups (sex and age), or between mixed oral candidiasis and gender, glycosylated hemoglobin level (HbA1C), antihyperglycemic treatment, or type 2 diabetes mellitus time of diagnosis. We found a correlation between the adult group and development of mixed or simple oral candidiasis. The results showed eight (13%) cases of mixed oral candidiasis: seven with a coinfection of two species and one with a coinfection of three species. The identified species were Candida albicans, C. glabrata, C. dubliniensis, C. kefyr, C. tropicalis, and C. krusei. Most of these species presented sensitivity against ketoconazole and fluconazole, and higher resistance to itraconazole. Conclusions. Mixed oral candidiasis occurs in approximately 10% of the patients with type 2 diabetes mellitus and its treatment can be ineffective when the etiological agent is not identified.

Sporotrichosis in Argentina: clinical and epidemiological analysis

Resumen Introducción. La esporotricosis es una micosis de implantación causada por Sporothrix spp. Este se encuentra distribuido mundialmente y se puede encontrar en la vegetación y en el suelo. La ruta más frecuente de adquisición de la infección es por traumatismos con elementos contaminados con propágulos del hongo. Los gatos domésticos son los animales más afectados y pueden transmitirla a los humanos, por lo que es considerada una zoonosis. Las formas clínicas incluyen: la linfangítica nodular, la cutánea fija, la pulmonar (poco habitual) y la diseminada (excepcional). Objetivo. Analizar la epidemiología de la esporotricosis en Argentina entre los años 2010 y 2022. Describir la presentación clínica, los métodos de diagnóstico y el tratamiento de los casos diagnosticados en este período. Conocer los genotipos circulantes y observar su relación con el lugar geográfico de adquisición de la infección. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio analítico, retrospectivo y observacional, en el que se analizaron las historias clínicas de los pacientes con esporotricosis de 12 instituciones de salud de Argentina, entre los años 2010 y 2022. Resultados. Se presentan 54 casos en los que la forma clínica más frecuente fue la linfangítica nodular y el tratamiento de elección fue el itraconazol. En todos los casos se realizó diagnóstico convencional. El cultivo de las muestras clínicas resultó más sensible que el examen directo, ya que permitió el desarrollo de Sporothrix spp. en los 54 casos. En 22 casos se hizo identificación molecular y Sporothrix schenkii sensu stricto fue la especie más frecuentemente aislada. Conclusiones. Este estudio permitió conocer la epidemiología de esta micosis en Argentina, así como la disponibilidad de métodos diagnósticos y el tratamiento de elección.

Abstract Introduction. Sporotrichosis is an implantation mycosis caused by Sporothrix spp. It is distributed worldwide and can be found in vegetation and soil. The most frequent route of infection is by trauma with elements contaminated with fungal propagules. Since domestic cats are the most affected animals and can transmit this infection to humans, sporotrichosis is considered a zoonosis. Clinical presentations include nodular lymphangitis, fixed cutaneous, pulmonary (rare), and disseminated (exceptional). Objectives. To analyze the epidemiology of sporotrichosis in Argentina during 2010 and 2022. To describe the clinical presentation, diagnostic methods, and treatment of cases diagnosed during this period. To know the circulating genotypes and to observe possible associations with the geographic location where the infection was acquired. Materials and methods. Analytical, retrospective, and observational study. We analyzed the medical records of patients with sporotrichosis from 12 health institutions in Argentina, between 2010 and 2022. Results. We present 54 cases in which the most frequent clinical form was nodular lymphangitis, and the treatment of choice was itraconazole. Conventional diagnosis was made in all cases. Culture of clinical samples was more sensitive than direct examination because it allowed the isolation of Sporothrix spp. in all 54 cases. Molecular identification was performed in 22 cases, with Sporothrix schenkii sensu stricto being the most frequently isolated species. Conclusions. This study allowed to know the epidemiology of this mycosis in Argentina, as well as the availability of diagnostic methods and the treatment of choice.

In vitro sensitivity of Malassezia furfur isolates from HIV-positive and negative patients to antifungal agents

Abstract Introduction. Malassezia is a lipophilic and lipid-dependent yeast genus belonging to the skin microbiota of humans and other animals. However, due to dysbiosis processes or other factors in the host, this yeast can cause different pathologies, ranging from skin diseases, such as seborrheic dermatitis, to fungemia. Isolation of Malassezia furfur has been reported in HIV-positive patients with or without skin lesions. Due to its opportunistic nature and its variable resistance to antifungal compounds, it is relevant to know the Malassezia sensitivity profiles. Objective. To determine the sensitivity to different antifungal agents, of clinical isolates of M. furfur obtained from HIV-positive or negative patients, with or without seborrheic dermatitis. Materials and methods. Assessment of isolates sensitivity to itraconazole, voriconazole, fluconazole, and amphotericin B was performed by two techniques: (1) Broth microdilution using Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) protocol M27-A3 with modifications; and (2) agar tests using Etest®. Results. Isolates obtained from HIV patients showed an increase in the minimum inhibitory concentration of fluconazole, voriconazole, and amphotericin B, compared with those of non-HIV patients. Itraconazole was the antifungal with the lowest minimum inhibitory concentration (MIC) in most isolates. Conclusion. We observed differences in the sensitivity profiles of M. furfur isolates according to the context of the patient. High MIC of antifungals like fluconazole, commonly used for treating pathologies caused by Malassezia, were identified.

Resumen Introducción. Malassezia es un género de levaduras lipofílicas que dependen de los lípidos y hacen parte de la microbiota de la piel de humanos y otros animales. No obstante, debido a procesos de disbiosis u otros factores en el huésped, esta levadura puede llegar a causar diferentes enfermedades: desde cutáneas (como dermatitis seborreica) hasta fungemias. Se han reportado aislamientos de Malassezia furfur en pacientes positivos para HIV, con lesiones cutáneas o sin ellas. Por su carácter oportunista y sensibilidad variable a los compuestos antifúngicos, es relevante conocer los perfiles de sensibilidad. Objetivo. Determinar la sensibilidad a diferentes antifúngicos de aislamientos clínicos de M. furfur obtenidos de pacientes positivos o negativos para HIV, con dermatitis seborreica o sin ella. Materiales y métodos. La sensibilidad de los aislamientos a itraconazol, voriconazol, fluconazol y anfotericina B, se determinó mediante dos técnicas: microdilución en caldo según el protocolo M27-A3 del Clinical & Laboratory Standards Institute (CLSI), con modificaciones, y pruebas en agar mediante Etest®. Resultados. Los aislamientos obtenidos de pacientes con HIV mostraron aumento de la concentración inhibitoria mínima a fluconazol, voriconazol y anfotericina B, en comparación con los de pacientes sin HIV. Por otro lado, al evaluar la mayoría de los aislamientos, el itraconazol fue el antifúngico con la menor concentración inhibitoria mínima. Conclusión. Se evidencian diferencias en los perfiles de sensibilidad de los aislamientos de M. furfur, según el contexto del paciente, y elevadas concentraciones inhibitorias mínimas de antifúngicos como el fluconazol, usados comúnmente para el tratamiento de las enfermedades causadas por Malassezia spp.

Mycological diagnosis of paracoccidioidomycosis in a hospital from a nonendemic area: classical and molecular methods

Resumen Introducción. La paracoccidioidomicosis es una micosis sistémica y endémica en Latinoamérica. El cambio climático y el movimiento migratorio del huésped enfatizan la necesidad de optimizar el diagnóstico de esta infección. Objetivo. Evaluar la implementación de la detección de ADN de Paracoccidioides spp. al diagnóstico micológico de pacientes con sospecha de paracoccidioidomicosis. Materiales y métodos. Estudio retrospectivo con datos de laboratorio de pacientes con sospecha de paracoccidioidomicosis en un hospital de área no endémica. Resultados. Se analizaron los resultados de las muestras de 19 pacientes con sospecha clínica de paracoccidioidomicosis. El 90 % de los pacientes había nacido o visitado un área endémica de esta micosis en Latinoamérica. En 14 pacientes varones adultos se confirmó paracoccidioidomicosis por diagnóstico convencional. El examen directo fue positivo en 12 pacientes con enfermedad comprobada y en 4 de ellos se obtuvo crecimiento del hongo. Se detectaron anticuerpos contra Paracoccidioides spp. en ocho pacientes con la enfermedad. Se realizó PCR anidada con muestras de 14 pacientes para detectar ADN de Paracoccidioides spp. En 9 de los 10 pacientes con diagnóstico convencional de paracoccidioidomicosis se obtuvo una prueba de PCR positiva. Conclusiones. La implementación de técnicas moleculares para detectar ADN de Paracoccidioides spp. complementa el diagnóstico convencional de paracoccidioidomicosis y permite instaurar el tratamiento antifúngico, sobre todo en los casos clínicos donde no se observa la presencia del hongo en las muestras clínicas. La migración actual de poblaciones humanas dificulta el diagnóstico de paracoccidioidiomicosis y otras infecciones endémicas, por lo que se requiere optimizar el diagnostico micológico en los laboratorios clínicos para tratar pacientes con este tipo micosis desatendida.

Abstract Introduction. Paracoccidioidomycosis is a systemic mycosis endemic in Latin America. Climate change and host migration emphasize the need to optimize this infection diagnosis. Objective. To evaluate the implementation of Paracoccidioides spp. DNA detection in the mycological diagnosis of patients with suspected paracoccidioidomycosis. Materials and methods. It is a retrospective study with laboratory data from patients with clinical suspicion of paracoccidioidomycosis, who consulted a university hospital from a non-endemic area. Results. We analyzed the laboratory results of samples from 19 patients with suspected paracoccidioidomycosis. Seventeen out of 19 patients were born in or had visited an endemic area in Latin America. Fourteen adult male patients were confirmed to have paracoccidioidomycosis by conventional diagnosis: the direct examination was positive in 12 samples while fungal growth was found only in 4. Anti-Paracoccidioides spp. antibodies were detected in 10 patients, 8 of them with proven paracoccidioidomycosis. Nested PCR for Paracoccidioides spp. detection was performed on clinical samples from 14 patients, and positive results were obtained for 9 out of 10 patients with the conventional diagnosis of paracoccidioidomycosis. Conclusions. The incorporation of molecular techniques to detect Paracoccidioides spp. DNA complements the conventional diagnosis of paracoccidioidomycosis. This tool allows the prescription of antifungal treatment in those cases where the fungus is not observed in the clinical samples. Current human migrations difficult the mycological diagnosis of paracoccidioidomycosis and other fungal infections. For this reason, it is necessary to improve mycological diagnosis in clinical laboratories to adequately treat patients with this neglected mycosis.

Expression of ERG11, ERG3, MDR1 and CDR1 genes in Candida tropicalis

Abstract Introduction. Drug resistance to azoles is a growing problem in the Candida genus. Objective. To analyze molecularly the genes responsible for fluconazole resistance in Candida tropicalis strains. Materials and methods. Nineteen strains, with and without exposure to fluconazole, were selected for this study. The expression of MDR1, CDR1, ERG11, and ERG3 genes was analyzed in sensitive, dose-dependent sensitive, and resistant strains exposed to different concentrations of the antifungal drug. Results. MDR1, ERG11 and ERG3 genes were significantly overexpressed in the different sensitivity groups. CDR1 gene expression was not statistically significant among the studied groups. Seven of the eight fluconazole-resistant strains showed overexpression of one or more of the analyzed genes. In some dose-dependent sensitive strains, we found overexpression of CDR1, ERG11, and ERG3. Conclusion. The frequency of overexpression of ERG11 and ERG3 genes indicates that they are related to resistance. However, the finding of dose-dependent resistant/sensitive strains without overexpression of these genes suggests that they are not exclusive to this phenomenon. More basic research is needed to study other potentially involved genes in the resistance mechanism to fluconazole.

Resumen Introducción. La farmacorresistencia a los azoles es un problema creciente en el género Candida. Objetivo. Analizar molecularmente los genes responsables de la resistencia a fluconazol en cepas de Candida tropicalis. Materiales y métodos. Para este estudio, se seleccionaron 19 cepas, con exposición a fluconazol y sin ella. Se analizó la expresión de los genes MDR1, CDR1, ERG11 y ERG3 en cepas sensibles, sensibles dependiente de la dosis, y resistentes, previamente expuestas a diferentes concentraciones del fármaco antifúngico. Resultados. Se encontró que los genes MDR1, ERG11 y ERG3 estaban significativamente sobreexpresados en los diferentes grupos de sensibilidad. La expresión del gen CDR1 no fue estadísticamente significativa entre los grupos estudiados. Siete de las ocho cepas resistentes a fluconazol mostraron sobreexpresión de uno o más de los genes analizados. En algunas cepas sensibles dependientes de la dosis, se encontró sobreexpresión de CDR1, ERG11 y ERG3. Conclusión. La sobreexpresión de los genes ERG11 y ERG3 indica que están relacionados con la resistencia de las cepas de Candida. Sin embargo, el hallazgo de cepas resistentes o sensibles según la dosis, sin sobreexpresión de estos genes, sugiere que pueden existir otros genes involucrados en este fenómeno. Se necesitan más investigaciones básicas que contribuyan al estudio de otros genes potencialmente involucrados en el mecanismo de resistencia al fluconazol.

In vitro and Quantitative and Structure Activity Relationship (QSAR) evaluation of the antifungal activity of terpenoid constituents of essential oils against Alternaria alternata and Fusarium oxysporum

Abstract Introducción. Los géneros Alternaria y Fusarium contienen especies patógenas para los humanos y los cultivos. Para su control, se han utilizado diversos antifúngicos. Sin embargo, su uso desmedido ha contribuido al desarrollo de agentes patógenos resistentes. Una alternativa para buscar y desarrollar nuevos agentes antimicóticos son los aceites esenciales y sus componentes principales, los cuales poseen diversas actividades biológicas de interés para la medicina y en la preservación de alimentos. Objetivo. Evaluar in vitro e in silico las actividades antifúngicas de terpenoides contra Alternaria alternata y Fusarium oxysporum. Materiales y métodos. Se evaluaron in vitro las concentraciones inhibitorias mínimas y las concentraciones fungicidas mínimas de 27 constituyentes de aceites esenciales contra A. alternata y F. oxysporum. Además, mediante algoritmos genéticos, se crearon modelos cuantitativos de la relación estructura-actividad para determinar las propiedades estructurales y fisicoquímicas relacionadas con la actividad antifúngica. Resultados. Los compuestos evaluados mostraron ser antifúngicos activos. El timol fue el compuesto con mayor actividad, con un valor de concentración inhibitoria mínima de 91.6 ± 28.8 pg/ml, tanto para Alternarla alternata como para Fusarium oxysporum. Los modelos cuantitativos de la relación estructura-actividad incluyeron la avidez por los lípidos y los fenoles como los principales grupos funcionales que contribuyen en la actividad antifúngica. Conclusión. Los terpenoides poseen actividades antifúngicas relevantes para ser incorporados en el estudio de la química medicinal. La inclusión de pruebas in silico a la evaluación in vitro es una herramienta útil para la búsqueda y el diseño racional de derivados terpénicos como posibles agentes antifúngicos.

Resumen Introduction. Fungal genera Alternaría and Fusarium include human and plant pathogenic species. Several antifungals have been used for their control, hut excessive use has contributed to resistance development in pathogens. An alternative to searching for and developing new antifungal agents is using essential oils and their main components, which have biological activities of interest in medicine and food production. Objective. To evaluate in vitro and in silico the antifungal activities of terpenoids against Alternaria alternata and Fusarium oxysporum. Materials and methods. The minimum inhibitory concentration and minimum fungicidal concentration values of 27 constituents of essential oils used against Alternaria alternata and Fusarium oxysporum were evaluated in vitro. In addition, using genetic algorithms, quantitative models of the structure-activity relationship were used to identify the structural and physicochemical properties related to antifungal activity. Results. The evaluated compounds proved to be effective antifungals. Thymol was the most active with a minimum inhibitory concentration of 91.6 ± 28.8 pg/ml for A. alternata and F. oxysporum. Quantitative structure-activity relationship models revealed the octanol-water cleavage ratio as the molecular property, and the phenols as the main functional group contributing to antifungal activity. Conclusion. Terpenoids exhibit relevant antifungal activities that should be incorporated into the study of medicinal chemistry. Inclusion of in silico assays in the in vitro evaluation is a valuable tool in the search for and rational design of terpene derivatives as new potential antifungal agents.

Fast and cost-effective protocol to produce Paracoccidioides spp. antigens

Abstract Introduction. The existing methods for Paracoccidioides spp. antigen production are problematic in terms of standardization, specificity, stability, repeatability, and reproducibility. Objective. To optimize the methodology for Paracoccidioides spp. antigen production and evaluate its applicability in paracoccidioidomycosis immunodiagnosis. Materials and methods. The antigens were obtained from Paracoccidioides lutzii isolates (01, 66, and 8334), Paracoccidioides brasiliensis sensu stricto (113), and Paracoccidioides restripiensis (B-339). These fungi were grown at 36 °C ± 1 °C, on modified Fava-Netto agar, according to Freitas et al. (2018). Paracoccidioides lutzii antigens were obtained after 5, 10, and 20 days of culture, whereas P. brasiliensis and P. restripiensis antigens were obtained after 10 days. Antigens were evaluated in natura, 10 and 20 times concentrated. Antigenic capacity was evaluated using a double immunodiffusion assay against serum samples from patients with paracoccidioidomycosis, histoplasmosis, and aspergillosis, and random blood donors. Results. Cross-reactivity between Paracoccidioides spp. antigens was observed when P. brasiliensis, P. restrepiensis antigens, and P. lutzii antigens were evaluated with the polyclonal antibodies against P. lutzii and P. brasiliensis, respectively. No cross-reactivity was obtained for polyclonal antibodies against Histoplasma capsulatum, Aspergillus fumigatus, and random blood donors. The proposed protocol allowed stable, repeatable, and reproducible genus-specific antigen production at a low cost and in a short cultivation time. Conclusion. The proposed protocol allowed us to obtain genus-specific antigens that can be developed and reproduced in all laboratories in Brazil and South America, where paracoccidioidomycosis is a neglected disease, contributing to an early diagnosis, especially in endemic regions, regardless of the species.

Resumen Introducción. Los métodos existentes para la producción de los antígenos de Paracoccidioides spp. son problemáticos en su estandarización, especificidad, estabilidad, repetibilidad y reproducibilidad. Objetivo. Optimizar la metodología para la producción de antígenos de Paracoccidioides spp. y evaluar su aplicabilidad en el inmunodiagnóstico de la paracoccidioidomicosis. Materiales y métodos. Los antígenos se obtuvieron de aislamientos de P. lutzii (01, 66 y 8334), P. brasiliensis sensu stricto (113) y P. restripiensis (B-339). Estos hongos se cultivaron a 36 °C ± 1 °C en agar Fava-Netto modificado, según Freitas et al. (2018). Los antígenos de P. lutzii se obtuvieron a los 5, 10 y 20 días de cultivo y los antígenos de P. brasiliensis y P. restripiensis se obtuvieron a los 10 días. Los antígenos se evaluaron in natura, concentrados 10 y 20 veces. La capacidad antigénica se evaluó mediante un ensayo de inmunodifusión doble con muestras de suero de pacientes con paracoccidioidomicosis, histoplasmosis, aspergilosis y donantes de sangre aleatorios. Resultados. Se observó reacción cruzada con Paracoccidioides spp. cuando se evaluaron los antígenos de P. brasiliensis, P. restrepiensis y P. lutzii frente a los anticuerpos policlonales contra P. lutzii y P. brasiliensis, respectivamente. No hubo reactividad cruzada con los anticuerpos policlonales contra Histoplasma capsulatum y Aspergillus fumigatus, ni contra los donantes de sangre aleatorios. El protocolo propuesto permitió la producción estable, repetible y reproducible de antígenos dirigidos de un género específico (Paracoccidiodes) en un tiempo corto de cultivo y a un menor costo. Conclusión. El protocolo propuesto permitió obtener antígenos específicos de un género, que pueden ser desarrollados y reproducidos en todos los laboratorios de Antígenos de Paracoccidioides spp.: protocolo rápido Brasil y Surámerica donde la paracoccidioidomicosis es una enfermedad endémica y desatendida. Estos antígenos pueden contribuir al diagnóstico precoz de la infección, independientemente de la especie.

Description of the colonizing mycobiota of endotracheal tubes from patients admitted to two intensive care units in Bogotá, Colombia

Resumen Introducción. La colonización por microorganismos patógenos de los dispositivos médicos usados en las unidades de cuidados intensivos es un factor de riesgo para el aumento de infecciones asociadas con la atención en salud y, por lo tanto, al de la morbilidad y la mortalidad de los pacientes intubados. En Colombia, no se ha descrito la colonización por hongos de los tubos endotraqueales, con lo cual se podrían considerar nuevas opciones terapéuticas para el beneficio de los pacientes. Objetivo. Describir los hongos que colonizan los tubos endotraqueales de los pacientes en unidades de cuidados intensivos, junto con su perfil de sensibilidad a los antifúngicos. Materiales y métodos. Se realizó un estudio observacional, descriptivo, en dos centros hospitalarios durante 12 meses. Se recolectaron tubos endotraqueales de pacientes de las unidades de cuidados intensivos. Estos fueron procesados para cultivar e identificar hongos, y para establecer su perfil de sensibilidad a los antifúngicos. Resultados. Se analizaron 121 tubos endotraqueales obtenidos de 113 pacientes. De estos, el 41,32 % se encontró colonizado por los hongos Candida albicans (64,61 %), C. no-albicans (30,77 %), Cryptococcus spp. (3,08 %) o mohos (1,54 %). Todos los hongos evaluados presentaron una gran sensibilidad a los antifúngicos, con un promedio del 91 %. Conclusión. Se encontró colonización fúngica en los tubos endotraqueales de pacientes con asistencia respiratoria mecánica. El perfil de sensibilidad en estos pacientes fue favorable. Se requiere un estudio clínico para correlacionar los microorganismos colonizadores y su capacidad de generar infección.

Abstract Introduction. Medical device colonization by pathogenic microorganisms is a risk factor for increasing infections associated with health care and, consequently, the morbidity and mortality of intubated patients. In Colombia, fungal colonization of endotracheal tubes has not been described, and this information could lead to new therapeutic options for the benefit of patients. Objective. To describe the colonizing fungi of the endotracheal tubes from patients in the intensive care unit, along with its antifungal sensitivity profile. Materials and methods. We conducted a descriptive, observational study in two health centers for 12 months. Endotracheal tubes were collected from patients in intensive care units. Samples were processed for culture, fungi identification, and antifungal sensitivity profile assessment. Results. A total of 121 endotracheal tubes, obtained from 113 patients, were analyzed: 41.32 % of the tubes were colonized by Candida albicans (64.62%), C. non-albicans (30.77%), Cryptococcus spp. (3.08%) or molds (1.54%). All fungi evaluated showed a high sensitivity to antifungals, with a mean of 91%. Conclusion. Fungal colonization was found in the endotracheal tubes of patients under invasive mechanical ventilation. The antifungal sensitivity profile in these patients was favorable. A clinical study is required to find possible correlations between the colonizing microorganisms and infectivity.

Biochemical typing and evaluation of pathogenicity in vulvovaginal isolates of Candida albicans complex

Resumen Introducción. Candida albicans, C. dubliniensis y C. africana forman el complejo Candida albicans. Objetivo. Identificar las características fenotípicas y patogénicas de aislamientos del complejo C. albicans conservados en una colección. Materiales y métodos. Se evaluaron 300 aislamientos identificados presuntivamente como del complejo C. albicans, utilizando CHROMagarTM Candida. Se determinó la producción del tubo germinal mediante tres métodos, se evaluó la producción de clamidosporas, se caracterizaron las colonias en agares artesanales (Rosmarinus officinalis y Nicotiana tabacum) y se utilizó MALDI-TOF como prueba de referencia para la identificación. Para detectar factores de patogenicidad, se evaluó la actividad hemolítica de los aislamientos independientes y en cocultivo con Staphylococcus aureus, la producción de enzima coagulasa y la formación de biopelículas. Resultados. El 43,7 % de los aislamientos produjo tubo germinal en caldo de medio infusión de cerebro-corazón y el 47 % generó clamidosporas. En los medios artesanales, en el 6 % de los aislamientos se obtuvieron colonias de color café en agar romero y, en el 5 %, en agar tabaco. Ninguna de las cepas hemolizó el agar sangre comercial (ni en presencia o ausencia de S. aureus), mientras que el 50 % hemolizó el agar papa dextrosa suplementado con sangre. Todos los aislamientos produjeron enzima coagulasa y la producción de biopelículas fue variable. Para la producción de tubo germinal, el método de suero humano mostró igual positividad que el de caldo de leche. Todos los aislamientos fueron identificados como C. albicans por MALDITOF. Conclusiones. Se requieren herramientas de proteómica y pruebas moleculares, o la combinación de métodos, para poder discriminar entre especies.

Abstract Introduction. Candida albicans, C. dubliniensis, and C. africana form the Candida albicans complex. Objective. To identify the phenotypic and pathogenic characteristics of isolates of the C. albicans complex preserved in a collection. Materials and methods. Three hundred presumptive strains of the C. albicans complex were evaluated using CHROMagarTM Candida. Germ tube production was determined by three methods, chlamydospores formation was assessed and colonies were characterized in artisanal agars (Rosmarinus officinalis and Nicotiana tabacum). MALDI-TOF was used as the gold standard identification test. To detect pathogenicity factors, we evaluated the hemolytic activity of each isolate and cocultured with Staphylococcus aureus, coagulase enzyme production, and biofilm formation. Results. Out of the 300 isolates, 43.7% produced germ tube in the heart-brain infusion broth and 47% of the isolates produced chlamydospores. In the artisan media, 6% of the isolates produced brown colonies on rosemary agar and 5% did so on tobacco agar. None of the strains hemolyzed the blood agar alone or cocultured with S. aureus. However, 50% of the isolates hemolyzed the potato dextrose agar supplemented with blood. All strains were coagulase producers, and biofilm production was variable. For germ tube production, the human serum method showed the same positivity as the milk broth method. All isolates were identified as C. albicans by MALDI-TOF. Conclusions. The use of proteomics, molecular tests or a combination of methods is required for species identification.

Meningeal cryptococcosis and SARS-CoV-2 infection in people living with HIV/AIDS

Abstract Introduction. Fungal infections in patients with COVID-19 was one of the most debated topics during the pandemic. Objectives. To analyze the clinical characteristics and evolution of people living with HIV/ AIDS and coinfection with cryptococcus and COVID-19 (group A) or without it (group B). Materials and methods. This is an analytical and retrospective study. We reviewed medical records of patients with meningeal cryptococcosis between April 2020 and May 2021. Results. We studied 65 people living with HIV/AIDS and with cryptococcosis infection diagnosed from April 2020 to May 2021. Fifteen patients with HIV/AIDS suffered from cryptococcosis and COVID-19, and out of these, 14 presented meningitis (group A), while 28 suffered from meningeal cryptococcosis, but did not have COVID-19 (group B). Conclusions. No statistically significant differences were observed between the two groups (A and B) considering: intracranial hypertension, presence of Cryptococcus antigens in cerebrospinal fluid, sensorium deterioration or mortality. The detection of Cryptococcus antigens in serum by lateral flow assay was highly effective to rapidly diagnose cryptococcosis in patients with HIV/AIDS who also developed COVID-19. Patients of both groups consulted for cryptoccocosis sometime after, in comparison with the pre-pandemic cases related to this infection.

Resumen Introducción. Las infecciones fúngicas en pacientes con COVID-19 fue uno de los temas más debatidos durante la pandemia. Objetivo. Analizar las características clínicas y la evolución de personas con VIH/SIDA que presentaron la asociación de criptococosis meníngea y COVID-19 (grupo A), y compararlas con aquellas personas con VIH/SIDA que padecieron criptococosis meníngea, pero sin infección de COVID-19 (grupo B). Materiales y métodos. Se realizó un estudio analítico y retrospectivo en el que se revisaron las historias clínicas de pacientes que padecieron criptococosis meníngea entre abril de 2020 y mayo de 2021. Resultados. Se estudiaron 65 pacientes con HIV/SIDA y con criptococosis, diagnosticados entre abril de 2020 y mayo de 2021 (63 habían desarrollado sida y 2 eran negativos para VIH). De estos, 15 de los pacientes con sida padecían criptococosis y COVID-19, y 14 presentaban meningitis (grupo A), mientras que 28 pacientes padecieron criptococosis meníngea, pero no tuvieron COVID-19 (grupo B). Conclusiones. No se observaron diferencias estadísticamente significativas, entre los dos grupos, respecto a la hipertensión intracraneal, la presencia de antígenos de criptoccoco en líquido cefalorraquídeo, el deterioro del sensorio o la mortalidad. La detección de antígenos de Cryptococcus en suero por ensayo de flujo lateral fue efectiva para diagnosticar rápidamente criptococosis en personas con VIH/sida y con infección de COVID-19. Se observó que los pacientes de ambos grupos consultaron tarde por criptococosis en comparación con los casos prepandémicos de esta infección.

Phenotypic and genotypic characterization of Colombian clinical isolates of Sporothrix spp.

Abstract Introduction. For over a century, Sporothrix schenckii was considered the sole species responsible for sporotrichosis. In 2007, scientific community confirmed the disease could be caused by various Sporothrix species. These species differed in their virulence factors and their antifungal sensitivity. Objective. This study aims to characterize 42 Colombian clinical isolates of Sporothrix spp. phenotypically and genotypically. Material and methods. Forty-two clinical isolates were characterized using phenotypic methods. It involved various culture media to determine their growth range at different temperatures and to assess the type and distribution of pigment and colony texture. Microscopic morphology was evaluated through microcultures, as well as the conidia diameter, type of sporulation, and morphology. Additionally, the assimilation of carbohydrates was selected as a physiological trait for species identification. Genotyping of 40 isolates was performed through partial amplification of the calmodulin gene, followed by sequence analysis. Results. Molecular studies enabled the identification of 32 isolates of S. schenckii and 8 isolates of S. globosa. The combination of phenotypic and genotypic methods eased these species characterizations and the recognition keys development based on parameters such as growth diameter at 25 and 30 °C, colony texture (membranous or velvety) on potato dextrose agar, and microscopic morphology with predominance of pigmented triangular, elongated oval globose, or subglobose conidia. Conclusions. Confirmation of the phenotypic characteristics and molecular analysis is crucial for identifying Sporothrix species and determining adequate treatment. This study represents the first phenotypical and genotypical characterization of clinical isolates of Sporothrix spp. reported in Colombia.

Resumen Introducción. Por más de un siglo se creyó que Sporothrix schenckii era la única especie responsable de la esporotricosis. Sin embargo, en el 2007, se consideró que podría ser causada por diferentes especies de Sporothrix, que difieren en sus factores de virulencia y su sensibilidad a los antifúngicos. Objetivo. Caracterizar fenotípica y genotípicamente 42 aislamientos clínicos colombianos de Sporothrix spp. Materiales y métodos. Se caracterizaron 42 aislamientos clínicos mediante métodos fenotípicos. Se usaron varios medios de cultivo para determinar el rango de crecimiento a diferentes temperaturas, el tipo y la distribución del pigmento, y la textura de las colonias. Se evaluó la morfología microscópica por microcultivos mediante la determinación del diámetro, el tipo de esporulación y la morfología de las conidias. La asimilación de carbohidratos se usó como una característica fisiológica para identificar las especies. La genotipificación de los 40 aislamientos se llevó a cabo mediante la amplificación parcial del gen que codifica para la calmodulina y se confirmó por secuenciación. Resultados. Mediante estudios moleculares, se identificaron 32 aislamientos de S. schenckii y ocho de S. globosa. La combinación de métodos fenotípicos y genotípicos permitió caracterizar las especies y construir claves para su reconocimiento, con base en parámetros como el diámetro de crecimiento a 25 y 30 °C, la textura de las colonias (membranosa, aterciopelada) en agar papa dextrosa y la morfología microscópica con predominio de conidias (triangulares pigmentadas, ovales globosas elongadas, subglobosas). Conclusiones. La caracterización fenotípica y los análisis moleculares son necesarios para identificar las especies de Sporothrix y, de esta forma, elegir el tratamiento indicado. Esta es la primera caracterización fenotípica y genotípica reportada de aislamientos clínicos colombianos de Sporothrix spp.

Method validation for the quantification of fluconazole and its organic impurities in raw material using high-performance liquid chromatography

Resumen Introducción. La eficiencia de una metodología para analizar una sustancia farmacológica puede verse afectada por las condiciones reales del laboratorio de cada país, incluyendo el clima. Por esta razón, se requiere validar el método con las pautas recomendadas para ello y optimizar el proceso, para asegurar el éxito y la confianza en los resultados. Objetivo. Validar una metodología para la cuantificación simultánea del fluconazol (materia prima) y sus impurezas orgánicas mediante cromatografía líquida de alta resolución con detector de arreglo de diodos en condiciones de clima tropical y con todos los requisitos normativos. Materiales y métodos. Se hicieron pruebas previas a la validación del método: idoneidad del sistema, estudio de filtros, límite de cuantificación, ausencia del error sistemático, estudios de degradación forzada y estabilidad de las soluciones. Además, se validaron: la especificidad, la linealidad, la exactitud, la precisión y la robustez. Resultados. La pureza espectral del método se logró al obtener la separación de los productos de degradación de los picos de los analitos. La estabilidad de las soluciones no se vio afectada, en la frecuencia evaluada de 24 horas, a temperatura ambiente y de refrigeración. Se obtuvo una linealidad con coeficientes de correlación mayores o iguales a 0,999 para la valoración y mayores o iguales a 0,997 para las impurezas. La recuperación estuvo en el rango de 98 a 102,0 % de fluconazol, con una exactitud entre el 80 y el 120 % para las impurezas. El factor de repetibilidad y reproducibilidad no superó la desviación estándar relativa del 2,0 % para la valoración y, la del 5,0 %, para las impurezas, lo cual mostró una solidez adecuada del método. Además, se obtuvo un tiempo corto de ejecución del análisis, lo que permitió la rápida determinación de la calidad de la materia prima. Conclusión. Se demostró que el método de cuantificación de fluconazol, validado por cromatografía líquida de alta resolución con detector de arreglo de diodos, es lo suficientemente selectivo, preciso, exacto, lineal y robusto; además, es capaz de generar resultados analíticos veraces en condiciones de uso reales, incluyendo el clima tropical de Colombia.

Abstract Introduction. The real laboratory conditions of each country, including climate, can affect the method's efficiency in analyzing a pharmacological substance. Thus, it is necessary to validate the process according to the corresponding guidelines and optimize it to ensure success and confidence in the results. Objective. The objective was to validate a methodology for fluconazole and its organic impurities quantification in raw material using high-performance liquid chromatography, with a diode array detector, under tropical climate conditions, and complying with all regulatory requirements. Materials and methods. We performed pre-validation tests of the method consisting of system adequacy, filters study, quantification limit, absence of systematic error, forced degradation studies, and solutions stability. In addition, we validated the specificity, linearity, accuracy, precision, and robustness of the system. Results. Separation of the degradation products from the analyte peaks allowed the achievement of the method's spectral purity. The solution's stability was not affected during the evaluated time (24 hours) at room temperature and under refrigeration. Linearity resulted in correlation coefficients greater than or equal to 0.999 for the evaluation and greater than or equal to 0.997 for impurities. We obtained a fluconazole recovery varying from 98 to 102% with an accuracy between 80 to 120% for impurities detection. The repeatability and reproducibility factor did not exceed a relative standard deviation of 2.0% for the evaluation and of 5.0% for the impurities, demonstrating the adequate robustness of the method. In addition, a short analysis execution time allowed the quick determination of the raw material quality. Conclusion. We demonstrated that the fluconazole quantification method validated by high-performance liquid chromatography is sufficiently selective, precise, exact, linear, and robust to generate accurate analytical results under real conditions, including the tropical climate of Colombia.

Tinea capitis outbreak and other superficial mycosis in an urban community of Medellín

Resumen Introducción. Las dermatofitosis son infecciones fúngicas superficiales de epitelios queratinizados. La tinea capitis es una de ellas y afecta a poblaciones escolares vulnerables. Carpinelo es un barrio del área periférica de Medellín con precarias condiciones socioeconómicas. Ante la sospecha de un brote de dermatofitosis, los afectados fueron evaluados. Objetivo. Evaluar clínica y microbiológicamente pacientes del barrio Carpinelo con sospecha de micosis cutáneas para determinar la presencia de un brote por dermatofitos. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio descriptivo, de corte longitudinal, con muestreo a conveniencia. Se hizo una búsqueda activa de casos en el Jardín Educativo Buen Comienzo de Carpinelo en niños de la institución y sus familiares. Se evaluaron clínicamente y se tomaron muestras de escamas y cabellos para exámenes directos y cultivos microbiológicos. Se analizó el perfil demográfico, clínico y micológico, con el programa estadístico SPSS™, versión 25. Resultados. Se estudiaron 57 pacientes, 47 eran menores de edad con una media de edad de seis años; se observó una proporción de hombres y mujeres de 2:1. Los pacientes con resultados positivos se diagnosticaron con tinea capitis (78,95 %), tinea faciei (15,79 %) y tinea corporis (10,52 %). El 75,43 % de los pacientes recibió tratamiento previo y de estos el 69,73 % fue con esteroides. El examen directo fue positivo en el 53,84 % y los cultivos en el 46,5 % de los casos. Los agentes aislados fueron: Microsporum canis (77,77 %), Trichophyton spp. (11,11 %), Trichophyton rubrum (5,55 %) y Malassezia spp. (5,55 %). Conclusión. Tinea capitis fue la presentación clínica más común y M. canis el dermatofito más frecuentemente aislado. Llamó la atención el uso de esteroides como primera y única opción del tratamiento empírico, lo cual resalta la importancia del diagnóstico microbiológico para proporcionar la terapia apropiada.

Abstract Introduction. Dermatophytoses are superficial fungal infections of the keratinized epithelium like tinea capitis. The latte mainly affects school-vulnerable populations. Carpinelo is a peripheral neighborhood in Medellín with poor socioeconomic conditions and where a suspected tinea capitis outbreak took place. Objective. To study and characterize, clinically and microbiologically, patients with suspected dermatophytosis in Carpinelo. Material and methods. We carried out a descriptive and longitudinal study with an active case search of tinea capitis in children and their relatives from the Jardín Educativo Buen Comienzo community in Carpinelo. Patients were clinically evaluated, and samples of scales and hair were taken to perform mycological studies with a 10 % potassium hydroxide and culture in Sabouraud and Mycosel agar. We analyzed the data with the statistical program SPSS™. 25 version. Results. Fifty-seven individuals were studied: 47 were children with a mean age of six years and a ratio of 2:1 male to female. Patients with confirmed diagnosis presented the following clinical forms: tinea capitis (78.95%), tinea faciei (15.79%) or tinea corporis (10.52%). Out of the total, 69.76% of the patients had previous treatment with steroids. The direct test was positive in 53.84% of the samples, and 46.15% had positive cultures. The isolated species were: Microsporum canis (77.77%), Trichophyton spp. (11.11%), Trichophyton rubrum (5.55%), and Malassezia spp. (5.55 %). Conclusion. Tinea capitis was the most common clinical form, and M. canis was the most frequently isolated species. The use of steroids as the first and only option for empiric treatment was worth of notice. The findings of this study point out the importance of microbiological diagnosis in choosing the best treatment for the patients.

The conventional diagnosis challenge: Real-time PCR and nested PCR correlation with the scoring system for individuals at high-risk of Pneumocystis jirovecii pneumonia

Abstract Introduction. Pneumocystis jirovecii is an opportunistic fungus that affects mainly people living with HIV (CD4 cell count lower than 200 cells/ml) and other immunosuppressed patients. Since P. jirovecii does not grow on routine mycological media, diagnosis of P. jirovecii pneumonia relies on indirect evidence of its presence in respiratory samples. Objectives. To associate the results of direct immunofluorescence and two molecular methods with a score to predict P. jirovecii pneumonia in patients with AIDS. Materials and methods. A prospective study was conducted with 40 patients. A respiratory sample collected before treatment was subjected to direct immunofluorescence using the Merifluor kit, to nested PCR targeting the mitochondrial large subunit ribosomal RNA, and to the VIASURE real-time PCR kit. Results. These three techniques revealed P. jirovecii in 6, 12, and 15 samples, respectively. All positive samples by direct immunofluorescence were positive by nested PCR, and all positive samples by nested PCR amplified by real-time PCR. There was a statistically significant association between the P. jirovecii pneumonia score and the molecular methods. Two patients were early diagnosed and responded well to treatment. Conclusion. Molecular methods, especially real-time PCR, are recommended for early diagnosis of P. jirovecii pneumonia in AIDS patients.

Resumen Introducción. Pneumocystis jirovecii es un hongo oportunista que afecta principalmente a personas con HIV (recuento de CD4 menor de 200 células/ml) y a otros pacientes inmunosuprimidos. Como P. jirovecii no crece en los medios micológicos de rutina, el diagnóstico de neumonía por P. jirovecii se basa en la evidencia presente en muestras respiratorias. Objetivos. Asociar los resultados de la inmunofluorescencia directa y los de dos métodos moleculares con un puntaje para predecir la neumonía causada por P. jirovecii en pacientes con sida. Materiales y métodos. Se realizó un estudio prospectivo de 40 pacientes. Se recolectó una muestra respiratoria antes del inicio de tratamiento y se sometió a una prueba de inmunofluorescencia directa con el kit Merifluor, una PCR anidada para la amplificación de la subunidad larga del ribosoma mitocondrial y una PCR en tiempo real usando el kit VIASURE. Resultados. Estas tres técnicas evidenciaron la presencia de P. jirovecii en 6, 12 y 15 muestras, respectivamente. Todas las muestras positivas por inmunofluorescencia directa fueron positivas en la PCR anidada y todas las muestras positivas en la PCR anidada amplificaron por PCR en tiempo real. Se encontró una asociación estadística entre los valores de la neumonía causada por P. jirovecii y los métodos moleculares. Dos pacientes con diagnóstico temprano respondieron satisfactoriamente al tratamiento. Conclusión. Se recomiendan los métodos moleculares, especialmente la PCR en tiempo real, para el diagnóstico temprano de neumonía causada por P. jirovecii en pacientes con sida.

Disaster mycology

Abstract Natural and human-made disasters have long played a role in shaping the environment and microbial communities, also affecting non-microbial life on Earth. Disaster microbiology is a new concept based on the notion that a disaster changes the environment causing adaptation or alteration of microbial populations-growth, death, transportation to a new area, development traits, or resistance-that can have downstream effects on the affected ecosystem. Such downstream effects include blooms of microbial populations and the ability to colonize a new niche or host, cause disease, or survive in former extreme conditions. Throughout history, fungal populations have been affected by disasters. There are prehistoric archeological records of fungal blooms after asteroid impacts and fungi implicated in the fall of the dinosaurs. In recent times, drought and dust storms have caused disturbance of soil fungi, and hurricanes have induced the growth of molds on wet surfaces, resulting in an increased incidence of fungal disease. Probably, the anticipated increase in extreme heat would force fungi adaptation to survive at high temperatures, like those in the human body, and thus be able to infect mammals. This may lead to a drastic rise of new fungal diseases in humans.

Resumen Los desastres naturales o los causados por el hombre impactan la formación de ecosistemas y comunidades microbianas, y también afectan las formas de vida no microbianas. Este concepto es conocido como “microbiología de desastres”, una subespecialización de la microbiología, basada en los cambios ambientales generados por un desastre y las posibles adaptaciones o alteraciones de las poblaciones microbianas -crecimiento, muerte, trasporte a una nueva región, o adquisición de resistencia o de nuevas características- que influirán en el moldeamiento del ecosistema transformado. Algunos de los efectos de estas adaptaciones pueden ser: el surgimiento de poblaciones microbianas, la habilidad de colonizar nuevos nichos u huéspedes, la generación de nuevas enfermedades, o el crecimiento de microorganismos en condiciones que antes eran “extremas” para ellos. A lo largo de la historia, varias poblaciones de hongos han sido afectadas por desastres. Existen registros arqueológicos prehistóricos que evidencian la presencia y el crecimiento de hongos luego del impacto de asteroides, y otros de hongos relacionados con la extinción de los dinosaurios. Actualmente, las sequías y las tormentas de polvo causan perturbaciones en las comunidades de hongos del suelo, y los huracanes inducen el crecimiento de hongos filamentosos en superficies húmedas, lo que aumenta la cantidad de enfermedades por hongos. Además, con el aumento de las temperaturas extremas es posible que los hongos puedan adaptarse para sobrevivir a temperaturas más altas, equivalentes a las temperaturas corporales, y nuevas especies puedan infectar mamíferos. Esto puede llevar a un aumento drástico de las infecciones fúngicas en humanos.

Candida auris: a global pathogen that has taken root in Colombia

Abstract Candida auris has been recognized as an emerging multidrug-resistant pathogen with a significant public health burden, causing cases of invasive infection and colonization due to its persistence on inanimate surfaces, ability to colonize skin of some patients, and high transmissibility in healthcare settings. The first sporadic report of the isolation of this species from the ear canal of a patient in Asia was in 2009 and reports from other regions of the world soon followed. However, it was not until 2015 that global epidemiological alerts were communicated as a result of an increasing number of reports of invasive infections caused by C. auris in several countries. Colombia was soon added to this list in 2016 after an unusual increase in the number of C. haemulonii isolates was reported, later confirmed as C. auris. Since the issuing of a national alert by the Colombian National Institute of Health together with the Ministry of Health in 2016, the number of cases reported reached over 2,000 by 2022. Colombian isolates have not shown pan resistance to available antifungals, unlike C. auris strains reported in other regions of the world, which leaves patients in Colombia with therapeutic options for these infections. However, increasing fluconazole resistance is being observed. Whole-genome sequencing of Colombian C. auris isolates has enhanced molecular epidemiological data, grouping Colombian isolates in clade IV together with other South American isolates. Data from Colombia showed that public health authorities, scientific community, and the general public need to be aware of fungal diseases as they present an often-deadly threat to patients.

Resumen Candida auris ha sido reconocido como un agente patógeno multirresistente emergente con una carga significativa en la salud pública. Genera casos de infección invasiva y colonización debido a su persistencia en superficies inanimadas, su capacidad para colonizar fácilmente la piel de algunos pacientes y su alta transmisibilidad en el ambiente hospitalario. El primer reporte esporádico de esta especie fue en Asia en el 2009 cuando se realizó su aislamiento a partir del conducto auditivo de un paciente, y pronto le siguieron reportes en otras regiones del mundo. Sin embargo, no fue hasta 2015 que se conocieron las alertas epidemiológicas a nivel mundial debido a un aumento en el número de casos de infecciones causadas por C. auris en varios países. Colombia se sumó a la lista en 2016 luego de un aumento inusual en el número de aislamientos de C. haemulonii informados, que luego se confirmaron como C. auris. Desde que el Instituto Nacional de Salud junto con el Ministerio de Salud emitieron la Alerta Nacional en el 2016, el número de casos reportados superó los 2.000 en el 2022. Los aislamientos colombianos no han mostrado resistencia generalizada a los antifúngicos disponibles, contrario a lo reportado para cepas de C. auris en algunas regiones del mundo, por lo que los pacientes en Colombia aún cuentan con opciones terapéuticas para estas infecciones. No obstante, se ha observado un aumento en la resistencia al fluconazol. La secuenciación del genoma completo agrupó los aislamientos colombianos en el Ciado IV, junto con otros sudamericanos de C. auris, y aportó al conocimiento de los datos epidemiológicos moleculares de esta especie. Los datos de Colombia evidencian que las autoridades de salud pública, la comunidad científica y el público en general deben ser conscientes de las enfermedades fúngicas, ya que a menudo representan una amenaza mortal para los pacientes.

Fungal taxonomy: A puzzle with many missing pieces

Resumen Los hongos son organismos polifacéticos presentes en casi todos los ecosistemas de la tierra, donde establecen diversos tipos de simbiosis con otros seres vivos. A pesar de ser reconocidos por los humanos desde la antigüedad -y de la cantidad de trabajos que han profundizado sobre su biología y ecología-, aún falta mucho por conocer sobre estos organismos. Algunos de los criterios que clásicamente se han utilizado para su estudio, hoy resultan limitados y hasta cierto punto permiten un agrupamiento de los aislamientos según algunas características, pero generan confusión en su clasificación y, más aún, cuando se pretende comprender sus relaciones genealógicas. Los caracteres fenotípicos no son suficientes para identificar una especie de hongos y, menos aún, para construir una filogenia amplia o de un grupo particular. Hay grandes vacíos que hacen que los árboles generados sean inestables y fácilmente debatidos. Para los profesionales de la salud, parece que la identificación de los hongos hasta niveles inferiores como género y especie es suficiente para elegir el tratamiento más adecuado para su control, comprender la epidemiología de los cuadros clínicos asociados y reconocer los brotes y los factores determinantes de la resistencia a los antimicrobianos. No obstante, la ubicación taxonómica dentro del reino permitiría establecer relaciones filogenéticas entre los taxones fúngicos, facilitando la comprensión de su biología, su distribución en la naturaleza y la evolución de su potencial patogénico. Los avances de las técnicas de biología molecular y las ciencias de la computación en los últimos 30 años han permitido cambios importantes dirigidos a establecer los criterios para definir una especie fúngica y alcanzar una construcción filogenética más o menos estable. Sin embargo, el camino por recorrer aún es largo, y supone un trabajo mancomunado de la comunidad científica a nivel global y el apoyo a la investigación básica.

Abstract Fungi are multifaceted organisms found in almost all ecosystems on Earth, where they establish various types of symbiosis with other living beings. Despite being recognized by humans since ancient times, and the high number of works delving into their biology and ecology, much is still unknown about these organisms. Some criteria classically used for their study are nowadays limited, generating confusion in categorizing them, and even more, when trying to understand their genealogical relationships. To identify species within Fungi, phenotypic characters to date are not sufficient, and to construct a broad phylogeny or a phylogeny of a particular group, there are still gaps affecting the generated trees, making them unstable and easily debated. For health professionals, fungal identification at lower levels such as genus and species, is enough to select the most appropriate therapy for their control, understand the epidemiology of clinical pictures associated, and recognize outbreaks and antimicrobial resistance. However, the taxonomic location within the kingdom, information with apparently little relevance, can allow phylogenetic relationships to be established between fungal taxa, facilitating the understanding of their biology, distribution in nature, and pathogenic potential evolution. Advances in molecular biology and computer science techniques from the last 30 years have led to crucial changes aiming to establish the criteria to define a fungal species, allowing us to reach a kind of stable phylogenetic construction. However, there is still a long way to go, and it requires the joint work of the scientific community at a global level and support for basic research.

Haga usted el diagnóstico. Segunda parte