ORINOQUIA

Scientific journals in Colombia

A new method for quantifying endoglucanase activity based on Congo red-carboxymethyl cellulosecomplex depolymerisation

El objetivo de este trabajo fue establecer un método de cuantificación para la actividad endoglucanasa basado en la despolimerización del complejo polisacárido-rojo Congo, con este fin se describió el comportamiento matemático de la viscosidad y la absorbancia del medio de cultivo carboximetilcelulosarojo Congo. Para medir el impacto de un hongo celulolítico como Trichoderma viride sobre el medio, se realizó el seguimiento de la viscosidad y la absorbancia del medio de cultivo inoculado por 8 días. El cálculo de la concentración de enzima se realizó correlacionando los resultados de pruebas de azúcares reductores por DNS con la pérdida de absorbancia del medio de cultivo CMC. Para evaluar la aplicabilidad de la técnica se probaron cuatro cepas de deuteromicetos celulolíticos y se encontró que el uso de la variable pérdida de absorbancia del medio CMC, fue efectiva para diferenciar la actividad endoglucanasa de las cepas. El método basado en rojo Congo-CMC es más rápido y sensible que el DNS. Se recomienda aplicar este nuevo método en los screening para la bioprospección de hongos celulolíticos.

The aim of this work was to establish a method for quantifying endoglucanase activity based on the depolymerisation of the Congo red-polysaccharide complex. The mathematical viscosity and absorbance patternsforCongo red-carboxymethylcellulose(CMC) culture media were thus described. The inoculated media'sviscosity and absorbance were monitored for 8 daysto measure the impact of a cellulolytic fungus such as Trichodermaviride on the media. Enzymeconcentration was calculated by correlating reducing sugars'absorbance test results using3,5-dinitrosalicylic acid (DNS) with loss of CMC culture mediaabsorbance. Four cellulolytic deuteromycetesstrains were testedto assess the technique'sapplicability;it was found that usingCMC media absorbancelosswas effective for differentiatingstrains'endoglucanase activity. The Congored-CMC method was faster and more sensitive than the DNS method. This new method should thusbe appliedin screening assays when bioprospecting cellulolytic fungi in soil.

Experiences in the capture of combustion gases of rice husk with alkaline solutions

El presente trabajo se orienta al estudio de los procesos de captura de los gases de combustión de la cascarilla de arroz con soluciones alcalinas de hidróxido de sodio (NaOH), hidróxido de calcio Ca(OH)2 e hidróxido de Potasio (KOH) y su posterior transformación en carbonato de calcio (CaCO3), sustancia útil en labores agrícolas, por adición de cloruro de calcio (CaCl2) en solución acuosa. Se determinaron las características básicas del proceso de captura de los gases: tiempo de reacción, pH, la masa y el rendimiento del carbonato de calcio (CaCO3) obtenido.

The present work is aimed at studying the processes of capture of combustion gases of rice husk with alkaline solutions of sodium hydroxide (NaOH) and potassium hydroxide (KOH) and its subsequent transformation into calcium carbonate (CaCO3), a substance useful in agriculture, by adding calcium chloride (CaCl2) in aqueous solution. Was determined the basic characteristics of the process of capture of combustion gases such as reaction time, pH, mass and performance of calcium carbonate (CaCO3) obtained.

Impact of wastewater discharge from an oil company on the phytoperiphyton community of Acacias river (Meta, Colombia) during raining season

Con el fin de determinar los efectos del agua asociada a la producción de la industria petrolera, vertida al río Acacias en el Departamento del Meta - Colombia, sobre la abundancia y riqueza de la comunidad fitoperifítica, así como sus efectos sobre las variables físicas y químicas del agua del afluente, se realizaron muestreos de las comunidades asociadas a sustratos rocosos durante la época de lluvias (Julio 27 - Agosto 10 de 2009), seleccionando tres puntos principales: ca. 200 m antes del vertimiento, en el sitio de vertimiento y sobre el lecho del río después de la zona de mezcla del vertimiento (ca. 200 m), evaluándose los parámetros físicos y químicos y el componente abiótico. Se encontraron diferencias altamente significativas (P<0.001) para los factores bióticos como riqueza y abundancia en el lugar del vertimiento, así como en las variables físicas y químicas del mismo sitio, lo cual permite inferir la existencia de eventuales efectos deletéreos de estos vertimientos sobre el ecosistema acuático, favoreciendo el afloramiento de algas Cyanophycecae en el lugar del vertimiento.

The aim of this study was to determine the effects of water associated with the oil industry production, which is discharged into the Acacias River, Meta - Colombia. For this purpose, the abundance and richness of the phytoperyphyton community and the effects on physical and chemical water variables of the tributary receiving the wastewater discharges were evaluated throughout an evaluation of the algae communities associated with rocky substrates during the rainy season (July 27 to August 10, 2009). Three main points were selected: ca. 200 m before the wastewater discharge, the wastewater discharges site and, the river after the mixing of wastewater discharge (ca. 200 m after the mixing). The physical and chemical parameters and the abiotic component were evaluated in each site. Highly significant differences (P<0.001) for biotic factors, such as richness of algae and abundance, and also physical and chemical variables in the wastewater discharges site were observed. These results could infer the possible deleterious effects of these wastewater discharges on the aquatic ecosystem allowing the higher abundance of Cyanophycecae in this site.

Otocinclus spectabilis fecundity

La fecundidad en peces, es la estimación de la cantidad de ovocitos que una hembra podría expulsar en un desove, siendo uno de los indicadores más utilizados para evaluar el potencial reproductivo de una especie y sus posibilidades para la piscicultura. Para aportar al conocimiento de este criterio, se estudiaron los ovarios de hembras silvestres maduras, las cuales fueron pesadas individualmente al igual que sus ovarios y calculado el Índice gonadosómatico (IGS). Luego cada ovario fue digerido en solución Gilson durante 20 días y luego tamizado en malla de 500 μm y los ovocitos retenidos fueron contados y obtenida la fecundidad. La fecundidad relativa a peso (FRP) también fue calculada así como los diámetros ovocitarios medidos bajo estereoscopio. Una decima parte de cinco ovarios fueron procesados para histología convencional H & E y una vez analizados, deducido el desarrollo de los ovocitos y el tipo de desove comparando la información obtenida. Se obtuvo una fecundidad de 62 ± 8 ovocitos / hembra y una FRP = 91 ± 10 ovocitos g-¹ peso total, el IGS fue de 13,2 ± 1,1 %, y el diámetro ovocitario de los ovocitos maduros fue de 1.366,5 ± 203,8 μm, siendo que las frecuencias de los diámetros de los ovocitos mayores de 500 μm encontradas en conjunto con las placas histológicas estudiadas, mostraron dos grupos de ovocitos en crecimiento, lo que permite concluir que el desarrollo del ovario es asincrónico y el desove parcial.

Fecundity is the estimated number of oocytes which a female could be expected to expel during one spawning; this is thus one of the most used indicators for evaluating fish species'reproductive potential and their farming potential. The ovaries of mature wild female fish were studied to contribute towards knowledge regarding this criterion. Fish and ovaries were weighted individually and the gonadosomatic index (GSI) was calculated. Each ovary was digested in Gilson's solution for 20 days and then screened through a 500 μm mesh; the retained oocytes were counted (by stereomicroscope) and fecundity was thus estimated. The relative fecundity to weight (RFW) ratio was also calculated and oocyte diameters were measured. Atenth part of five ovaries was processed by conventional histology (haematoxylin and eosion- H & E - stain) to study oocyte development and types of spawning. This led to 62 ± 8 oocytes / female fecundity and 91 ± 10 oocytes g-¹ total weight RFW being obtained; the GSI was 13.2 ± 1.1 % and mature ovaries'oocyte diameter was 1,366.5 ± 203.8 μm. Oocyte diameter frequency and the histological slides revealed two oocyte growth groups having greater than 500 μm, thereby leading to the observation that ovarian development was asynchronous and spawning was partial in this sample.

Carbon dynamics in aquaculture ponds

En la dinámica del carbono en estanques dedicados a la piscicultura intervienen actividades físicas, químicas y biológicas las cuales transforman el carbono agregado en forma de alimento o de fertilizaciones orgánicas e inorgánicas. La intensificación de la producción de peces, está acompañada del incremento de las entradas de carbono, en forma de alimento. Estas entradas, han excedido la capacidad metabólica del estanque lo que en consecuencia ha derivado en la acumulación de compuestos orgánicos y deterioro de la calidad del agua. Algunas investigaciones muestran que la calidad del agua, ha pasado a constituir la principal limitante en la búsqueda de una mayor intensificación de la producción piscícola. La mayor salida de carbono del sistema productivo está asociada con la evasión gaseosa en forma de CO2, situación que ubica a los sistemas productivos no como sumideros sino como generadores de huella de carbono. El principal medio de retención del CO2 en los estanques de peces, es el fitoplancton. En términos generales el balance de carbono en los sistemas productivos acuícolas es positivo, no obstante es posible lograr una mayor recuperación siendo necesario realizar ajustes a las prácticas de manejo y profundizar en la investigación de la dinámica del mismo. Entre los factores que inciden en la dinámica del Carbono en estanques están las características del alimento y las prácticas de alimentación, la especie cultivada, el recambio de agua, la aireación, la profundidad del estanque y los microorganismos presentes.

Aquaculture ponds'carbon dynamicsare dominated by physical, chemical and biological transformations in feed and organic and inorganic fertilisation. Increasedfish productionhas been associated with an increase incarbon inputin the form of fish-feed exceeding ponds'metabolic capacity,thereby leading to water quality deteriorating due toan accumulationof organic compounds. Water quality is a major constraint in terms of increasedfish crop density. The most important carbon loss within aproduction system is associated with CO2evaporation;this makes aquaculture ponds become carbon footprints instead of carbon sinks. Phytoplankton is the major means of CO2 retentionas it captures both that produced by the respiration of all organisms within a particularpond and within the atmosphere. Aquaculture production systemsusually have a negativeorganic carbon balance; however,higher carbon recovery is possible but this involves adjusting management practiceand increasedresearch into the pertinent dynamics. Feed, feedingpractices, the speciesbeing cultivated, water exchange, aeration, pond depth and the microorganisms living in a pondare factorswhich affect the biogeochemical carboncycle in aquaculture ponds.

**The Moriche palm(Mauritia flexuosa L. f) represents astrategic ecosystem**

Con esta revisión se busca recoger los aspectos generales que se han investigado, especialmente en lo concerniente a la biología, la ecología y los usos, en los países donde se encuentra distribuida la especie. La palma de moriche (Mauritia flexuosa L. f) presenta una amplia distribución desde la cuenca amazónica hasta la isla de Trinidad. La especie presenta una gran adaptación a suelos con baja fertilidad, además es parte integral del sistema natural regional porque se ha convertido en un elemento fundamental, para la conservación de las fuentes hídricas y la biodiversidad. En el caso de algunas economías locales es usada como un recurso que genera alimento, fibras y madera. Su importancia económica varía entre las diferentes regiones geográficas, en Colombia es escasamente comercializada, mientras que en zonas como Iquitos (Perú), comienzan a seleccionar ecotipos para el cultivo comercial de la especie, ya que existe una red económica basada en sus productos.

This review was mainly aimed at bringing togethergeneral aspects concerningthis speciewhichhave been investigated to date, especially regardingits biology, ecology and use in the countries where the specie is located. The Moriche palm(Mauritia flexuosa L.f) has a wide distribution, ranging from the Amazon Rever basin to the island of Trinidad. The specie has excellent adaptation to low-fertilitysoil; it is also an integral part of regional natural systems because it has become a fundamental elementin preserving hydric resources and biodiversity. It is being used as a resource generating food, fibres and woodin some local economies. Its economic importance variesamongst different geographical regions;it is barely commercialisedin Colombia while in zones like Iquitos (Peru), ecotypes have begunto be selected for the specie's commercial cultivation and exploitation as an economic network based on its productsalready exists.

**Antibiotic resistance in Salmonella enterica serovar Typhimurium isolated from hogfarms in the department of Tolim**a

La salmonelosis es una enfermedad causada por bacterias del género Salmonella, familia Enterobacteriaceae; siendo de gran importancia en los cerdos, la presencia de Salmonella enterica serovar Typhimurium que ocasiona enterocolitis necrosante y la Salmonella choleraesuis que provoca la forma septicémica caracterizada por hepatitis, neumonía y vasculitis cerebral. El uso indebido de antibióticos, incluyendo la subdosificación así como la terapia con un único principio activo y en algunos casos la utilización de antibióticos como preventivos principalmente mediante la inclusión del mismo en el alimento ha conllevado al desarrollo de resistencia a antimicrobianos en bacterias asociadas a animales de consumo. El presente trabajo tiene por objetivo determinar la resistencia a antibióticos de la Salmonella enterica serovar Typhimurium aisladas en producciones producción porcícolas del Departamento del Tolima, en diferentes etapas del ciclo de producción.

Salmonellosis is a disease caused by bacteria, genera Salmonella, famlily Enterobacteriaceae; which is important in pigs. The presence of Salmonella enterica serovar Typhimurium causes necrotizing enterocolitis and Salmonella choleraesuis causes septicemic form characterized by hepatitis, pneumonia and cerebral vasculitis. Incorrect use of antibiotics, including subdosifying as well as unique therapy and in other cases preventive use of antibiotics has lead to the development of antibiotic resistance. The aim of this work is assess the antibiotic resistance of Salmonella enterica serovar Typhimurium isolated from pig farms at different production steps in the Department of Tolima.

Pulmonary hypertension syndrome ¿does it have a genetic origin in broiler chickens?

La identificación de por lo menos el 83 % de polimorfismos de nucleótido simple de tipo no sinónimo en líneas comerciales de alto rendimiento como el pollo para asadero, ponedoras y gallinas de plumaje sedoso, proporcionan información acerca de la tasa de variación en la secuencia de nucleótidos del genoma del pollo, la cual ocurre cada 5 x 10-3 nucleótidos. Es importante encontrar asociaciones entre dichas variantes con características fenotípicas de interés como la susceptibilidad o la resistencia a enfermedades y tal es el caso de la hipertensión arterial pulmonar, síndrome ampliamente reconocido en pollos de engorde, que ocasiona hasta un 30 % de la mortalidad en líneas comerciales de rápido crecimiento. Un paso hacia la identificación de estas asociaciones es el empleo tanto de herramientas moleculares como de modelos estadísticos que permitan obtener en corto tiempo los resultados necesarios para iniciar un plan adecuado de selección y mejoramiento. El presente documento describe la metodología de secuenciación del genoma del pollo doméstico, el uso de técnicas de identificación de polimorfismos de genes candidatos en pollos comerciales susceptibles al Síndrome de Hipertensión Pulmonar y las implicaciones actuales generadas por la implementación de técnicas de genética molecular en busca de un mayor conocimiento del genoma de las especies domésticas nativas.

At least 83 % of non-synonimous polymorphisms which are of the simple nucleotide type have been identified in high performance commercial birds, such as Broiler, Layer and Silkie. This has allowed the collection of information about the variation rate in the nucleotide sequence in the chicken genome. The abovementioned variation occurs at 5 x 10-3 intervals in the nucleotide chain. It is important to look for associations among those variations, related to key phenotype characters, such as disease resistance or susceptibility. An example is the pulmonary arterial hypertension in meat-type broilers, a syndrome which accounts for nearly 30 % of mortality. A step toward the identification of these associations has been implemented by using both molecular technologies and statistical models that allow the generation of quick results useful in the implementation of breeding and selection programs. The present document describes both, the methodology for sequencing the domestic chicken genome and the polymorphism identification within candidate genes of susceptible broiler chickens prone to develop hypoxic pulmonary hypertension. Current implications to increase the knowledge about native species genome related to the use of molecular genetics are also discussed.

Designing an electronic identification system and its potential use inbeeftraceability

Se diseñó un sistema de identificación electrónica para ganado y su potencial uso en la trazabilidad de la carne bovina. Se utilizó la tecnología RFID, junto con un sistema de información orientado a web donde se involucraron los diferentes actores de la cadena cárnica. El dispositivo lector RFID fue probado y funcionó bajo condiciones reales, obteniendo lecturas correctas a una distancia de la piel del animal entre 5-10 cm, aunque presentó limitaciones en la ergonomía podrían ser mejoradas, permitiendo una mayor facilidad de uso.

An electronic identification (EID) system was designed for livestock and its potential use in beef traceability was considered. Radio-frequency identification (RFID) technology was used, along with a web-orientated information system involving the different actors in the meat chain. The RFID reader device was tested and operated in real conditions, accurate readings beingobtainedat a 5-10 cm distance from an animal's skin. Although there were some limitations regarding the ergonomics involved in its use, the secould be improved, allowing itsgreater ease of use.

Del Cerrado a la Altillanura: peligros y retos

The traditional packaged consumer goodstradein Colombia: consumer mobility

El crecimiento acelerado de las grandes superficies tanto nacionales como extranjeras en Colombia a partir de mediados de la década del noventa y acorde con las teorías que intentan explicar la evolución del comercio minorista hizo suponer que los pequeños comerciantes de productos de gran consumo se extinguirían en el corto tiempo. El dinamismo del comercio, adaptándose a la evolución de la sociedad, como afirma Rebollo (1993), convierte rápidamente en obsoletas las clasificaciones al recoger características o funciones que ya no son útiles, sin embargo en el país el fenómeno, en lo referente a las tiendas de barrio, lejos de perder vigencia, se han convertido, en conjunto, en el principal competidor de las grandes cadenas de supermercados.

The rapid growth of large-scale domestic and foreign sales coverage in many parts of Colombia since the mid-1990s, in line with theories explaining retail trade evolution, presumed that the small-scale consumer packaged goods traders would become extinct within a short time. The dynamism of trade adapting to society's evolution, as stated by Rebollo (1993), has quickly made obsolete those classifications grouping features or functions which are no longer use ful. However, the social phenomenon in Colombia regarding corner shops, shows that far from becoming obsolete, they have become, collectively, the main competitor for large supermarket chains.