Infectio

Micosis in Colombia

Histoplasmosis in AIDS patients: A cohort study in Medellín, Colombia

Introducción: la histoplasmosis es una micosis endémica en nuestro país y una complicación relativamente frecuente de los pacientes con sida. El objetivo del estudio era identificar las características clínicas, epidemiológicas y los factores de riesgo asociados a la mortalidad en pacientes con sida coinfectados con histoplasmosis. Materiales y métodos: se realizó un estudio de cohorte retrospectivo en el Hospital Universitario San Vicente de Paúl, en Medellín, con 1177 pacientes con VIH atendidos en un programa especializado de sida. Se identificaron los pacientes con histoplasmosis confirmada por aislamiento del hongo, o identificaci&oacut compatibles con Histoplasma capsulatum, mediante microscopía. Se analizaron variables demográficas, clínicas, de laboratorio, comorbilidad, tratamiento recibido y mortalidad. Resultados: La histoplasmosis afectó a 44 de 709 pacientes con sida (6,2%). Entre éstos, el 95,4% tuvo fiebre, el 54,5% enfermedad diseminada e;n de levaduras intracelulares y el 61,3% compromiso pulmonar. El cultivo fue positivo en el 89,3% y la histopatología en el 93,3%. Se encontró tuberculosis concomitante en el 15,9% y neumocistosis en el 11,4%. La mortalidad fue del 22,7%. El riesgo de morir fue mayor en pacientes con formas diseminadas (todas las muertes ocurrieron en sujetos con este tipo de compromiso), disnea (RR 13; IC95% 1,8-93,8), hipotensión (RR 4,5; IC95% 1,6-13,1), deshidrogenasa láctica (DHL) >2 veces (RR 5,2; IC95% 1,2-22,5), y fue menor en quienes recibieron Anfotericina B (RR 0,3; IC95% 0,1-0,8). Discusión: en la región, la histoplasmosis es frecuente en pacientes con sida, y el rendimiento diagnóstico de las técnicas de rutina para H. capsulatum es alto, por lo que deben solicitarse en cualquier caso compatible. Demostrar la comorbilidad sida-histoplasmosis no descarta otras infecciones oportunistas. Los pacientes con formas diseminadas, disnea, hipotensión y DHL alta tienen mayor riesgo de muerte. El tratamiento con anfotericina B se asoció con una mayor sobrevida.

Introduction: histoplasmosis is an endemic mycosis in Colombia and a relatively common complication in HIV patients. The aim of this study was to identify clinical and epidemiological characteristics and mortality risk factors in patients infected with histoplasmosis and HIV. Materials and methods: a retrospective cohort study was carried out at Hospital Universitario San Vicente de Paúl in Medellín with 1177 HIVpositive patients. Patients with histoplasmosis were confirmed by isolation of Histoplasma capsulatum from culture or by identification of intracellular yeasts through microscopy. Data collected from patients included demographic and clinical variables, laboratory values, treatment, and survival. Results: histoplasmosis affected 44/709 patients with AIDS (6.2%). Out of those, 95.4% had fever, 54.5% disseminated illness, and 61.3% pulmonary disease. Culture was positive in 89.3%, and histopathology in 93.3%. Concomitant tuberculosis and Pneumocystis jirovecii infection were diagnosed in 15.9% and 11.4%, respectively. General mortality was 22.7%. Mortality was higher in patients with disseminated forms (all 10 deaths occurred in this fashion), dyspnea (RR 13; 95% CI 1.8-93.8), hypotension (RR 4.5; 95% CI 1.6-13.1), lactate dehydrogenase >2 times the upper limit of the normal range (RR 5.2; 95% CI 1.2-22.5), and it was lower among patients treated with amphotericine B (RR 0.3; 95% CI 0.1-0.8). Discusion: histoplasmosis is frequent in AIDS patients in the region. As the diagnosis yield of routine techniques to identify H. capsulatum is high, they must be required in any compatible setting. Many patients with AIDS-histoplasmosis co-infection acquire other opportunistic infections. Patients with disseminated forms, dyspnea, hypotension, and high levels of DHL have a higher mortality risk. Exposure to amphotericine B is associated with longer survival.

CLSI microdilution M27-A2 and EUCAST method comparison for Candida spp. in patients with cancer

Objetivo: comparar los métodos de referencia de microdilución en caldo de la CLSI M27-A2 y EUCAST, identificando la utilidad y las principales diferencias de cada uno de ellos para los agentes antifúngicos anfotericina B (1), fluconazol (FCZ) e itraconazol (ITZ), contra aislamientos clínicos de Candidaspp. de pacientes con cáncer. Materiales y métodos: se estudiaron 136 aislamientos de C. albicans, 36 de C. tropicalis y 17 de Candidaspp. Se utilizó el índice Kappa ponderado para medir el grado de acuerdo entre los dos métodos. Resultados: se estableció que el grado de concordancia entre los dos métodos para el total de los aislamientos fue alto con AB (κ: 1) y FCZ (κ: 0.74) y bajo al utilizar ITZ (κ: 0.49). La concordancia fue variable y especie-específica: para ITZ y FCZ en C. albicans fue de 0,45 y 0,64; en C. tropicalis, de 0,48 y 0,91; y en Candidaspp. de 0,73 y 0,87, respectivamente. Discusión: este estudio sugiere que las pruebas de sensibilidad antifúngica para los dos métodos son equivalentes en lo esencial. Deben considerarse las diferencias y discrepancias asociadas a la especie implicada, el tipo de antifúngico utilizado y los tiempos de incubación, que puede producir variaciones al interpretar los resultados obtenidos de acuerdo con la metodología empleada.

Objective: compare the broth microdilution testing reference standards CLSI M27-A2 and EUCAST, identifying the usefulness of each one of them and their main differences, against the antifungal agents amphotericin B (1), fluconazole (FCZ), and itraconazole (ITZ) using clinical isolates of Candidaspp. in cancer patients. Methods: isolates of C. albicans (n=136), C. tropicalis (n=36), and Candidaspp. (n=17) were tested by the two methods. The Kappa index was used to establish the degree of agreement between the methods. Results: the degree of agreement between the two methods was high for AB (κ: 1) and FCZ (κ: 0.74) and was low for ITZ (κ: 0.49). Agreement was variable and specific for the various species: for ITZ and FCZ in C. albicans, it was 0.45 and 0.64, respectively. In C. tropicalis, it was of 0.48 and 0.91, and in Candidaspp., it was 0.73 and 0.87 respectively. Discussion: this study suggests that antifungal susceptibility testing using both methods is equivalent. Attention should be focused on differences and discrepancies associated with the species tested, the type of antifungal agent, and the incubation times, which can cause variations at the moment of interpreting the results obtained.

in vitro susceptibility of clinical isolates of filamentous fungi in patients with cancer in the Instituto Nacional de Cancerología

Introducción: la sensibilidad antifúngica in vitro en hongos filamentosos no ha tenido el mismo desarrollo que en levaduras. Se dispone de limitada información sobre la susceptibilidad en este tipo de aislamientos en Colombia. Materiales y métodos: se determinó la actividad in vitro de fluconazol, voriconazol, itraconazol, anfotericina B y caspofungina mediante el método de E-Test, de los géneros Aspergillus (36 A. fumigatus, 12 A. flavus, 9 A. niger, 6 A. terreus, 4 A. nidulans y 1 A. versicolor) e hifomicetes hialinos (9 Fusarium sp., 2 Geotrichum sp. y 2 Paecilomyces sp.), provenientes en su mayoría de lavados broncoalveolares (30%) y biopsias pulmonares (36%); 9% provenían de hemocultivos. Resultados: el perfil de resistencia general fue 28% para itraconazol, 15% para caspofungina, 14% para anfotericina B y 5% para voriconazol. En general, todos los aislamientos presentaron una sensibilidad disminuida para fluconazol e itraconazol. La mejor actividad farmacológica la presentaron voriconazol, caspofungina y anfotericina B. Fusarium sp. presentó una mayor actividad con el voriconazol. Se encontraron diferencias entre el tipo de micelio (Aspergillus vs no Aspergillus) y la susceptibilidad a voriconazol, anfotericina B y caspofungina. Conclusión: en general, los antimicóticos disponibles para el tratamiento de infecciones por miceliales muestran una sensibilidad disminuida in vitro en relación con el género y la especie identificada.

Introduction: fungal susceptibility against micelial fungi has not been developed at the same pace as susceptibility against yeasts. Scarce information is available about that kind of isolates in Colombia. Materials and methods: in vitro susceptibility against micelial isolates from patients with cancer was determined. The E-test method was used to find out susceptibility against fluconazole, voriconazole, itraconazole, amphotericin B, and caspofungin. Isolates of the genera Aspergillus (36 A. fumigatus, 12 A. flavus, 9 A. niger, 6 A. terreus, 4 A. nidulans and one A. versicolor isolate), Fusarium (n=9), Geotrichum and Paecilomyces (n=2 each one) obtained from patients with cancer were tested. These isolates were obtained from bronchoalveolar lavage (30%), pulmonary biopsies (36%) and bloodstream infections (9%). Results: The general pattern of resistance was 28% against intraconazole, 15% against caspofungin, 14% against amphotericin B, and 5% against voriconazole. In general, susceptibility against fluconazole and itraconazole showed a diminishing trend. Voriconazole, caspofungin, and amphotericin B showed the best pharmacologic potency. Fusarium sp. presented a higher activity level against voriconazole. There were differences in the susceptibility against voriconazole, anphotericin B, and caspofungin depending on the type of micelial isolate (Aspergillus vs. Non- Aspergillus). Conclusion: In general, the available antifungal treatments against mycelial fungi identified in the cancer center show diminished susceptibility.

Molecular typing of the Cryptococcus neoformans/Cryptococcus gattii species complex

La tipificación molecular de los aislamientos del complejo C. neoformans/C. gattii constituye hoy en día una nueva herramienta para la vigilancia de este importante patógeno oportunista. Por medio de esta comunicación queremos dar a conocer al cuerpo médico y de laboratorio en Colombia, la importancia de la PCR huella digital en el estudio de la diversidad genética de los aislamientos del complejo C. neoformans/C. gattii obtenidos en el país. Adicionalmente, los resultados obtenidos a partir de la tipificación molecular nos permiten complementar la información recolectada en la encuesta nacional sobre la criptococosis liderada por el Grupo de Microbiología del Instituto Nacional de Salud. Los aislamientos del complejo se pueden clasificar en ocho patrones moleculares de acuerdo con la técnica de PCR huella digital con iniciadores universales, que permite agrupar a los miembros del complejo según su especie, en el caso de C. neoformans, de acuerdo con su variedad. Realizar la vigilancia molecular de los aislamientos del complejo C. neoformans/C. gattii es una herramienta epidemiológica de gran valor, teniendo en cuenta que la criptococosis ha adquirido en los últimos años un gran interés debido al creciente número de pacientes inmunosuprimidos.

The molecular typing of the Cryptococcus neoformans/Cryptococcus gattii species complex is an useful tool for the molecular surveillance of this important opportunistic pathogen. The aim of this short communication is to inform physicians and laboratory personnel in Colombia about the importance of PCR fingerprinting in the comprehensive study of the genetic diversity of the C. neoformans/C. gattii species complex in the country. Furthermore, the results obtained from this molecular typing will enable us t complement the information gathered during the National Survey about cryptococcosis lead by the Microbiology Group of the Instituto Nacional de Salud. Isolates of the complex can be classified in 8 molecular patterns according to PCR fingerprinting using universal primers, which allows grouping the members of the complex according to species and, for C. neoformans, according to variety. The molecular surveillance of the C. neoformans/ C. gattii species complex isolates has become an epidemiological tool of great value since cryptococcosis has gained an important relevance in recent years due to the increasing number of immune-suppressed patients.

Aspergillosis update with focus in invasive aspergillosis

El género Aspergillus es ubicuo en la naturaleza y de distribución universal. Por esta razón, el contacto con este hongo incluye hospederos inmunocompetentes e inmunosuprimidos. La vía aérea es la forma más frecuente de adquirir este hongo y sus manifestaciones clínicas y localización topográfica se relacionan con la interacción del hongo y la capacidad inmunológica del hospedero. La principal manifestación clínica de este hongo es a nivel respiratorio, con un impacto muy importante en mortalidad y morbilidad, especialmente en el paciente inmunosuprimido. Los pacientes con tumores hematológicos, trasplantes de corazón, pulmón y con sida son más susceptibles de presentar invasión tisular y vascular por este hongo, que en tales casos se manifiesta como Aspergilosis Invasora (AI). La AI ofrece dificultades diagnósticas en el hospedero inmunosuprimido por lo que en este grupo de pacientes el uso de métodos de diagnóstico no invasores permite guiar el abordaje terapéutico. En la actualidad se dispone de medicamentos antifúngicos del grupo de los azoles (voriconazol) y de las equinocandinas (caspofungina) que han mejorado el resultado de la AI. En este artículo se actualiza la literatura en cuanto al diagnóstico y tratamiento de la AI.

The genus Aspergillus is ubiquitous in nature and has universal distribution; for this reason contact with this fungus includes immunocompetent and non-immunocompetent hosts. The most common form of acquiring this fungus is through air, and its clinical manifestations and topographic location correspond to the interaction of the fungus and its host's immune capacity. The main clinical manifestation of this fungus is a breathing condition and has a very significant impact on mortality and morbidity, especially in non-immunocompetent patients. Patients with haematological malignancies, heart or lung transplant surgeries, and AIDS are the most susceptible to present tissue and vascular invasion by this fungus in the form of invasive aspergillosis (IA). The IA presents diagnostic difficulties in non-immunocompetent hosts; therefore using non-invasive diagnosis methods for this group of patients offers therapeutic approach guidance. Antifungal drugs such as azoles (voriconazole) and echinocandins (caspofungin), that have improved the AI group results, are available nowadays. This article updates the literature on AI diagnosis and treatment.

Detection and identification of the fungal pathogen Histoplasma capsulatum: from conventional to molecular methods

La histoplasmosis, micosis sistémica y endémica en una amplia zona de las Américas, es causada por el hongo dimórfico Histoplasma capsulatum. Tradicionalmente, el diagnóstico de esta entidad se realiza por métodos microbiológicos directos y biopsias que emplean una variedad de coloraciones especiales tales como Wright, Giemsa y plata metenamina, entre otras, así como por cultivo; este último representa el estándar de oro. Se emplean, igualmente, métodos indirectos que incluyen la detección de anticuerpos y antígenos. Los valores de sensibilidad y especificidad en ambos métodos son variables, y los resultados dependen, a su vez, de la forma clínica de la enfermedad que presente el paciente y de su estado inmune. Recientemente, la biología molecular ha permitido introducir nuevas herramientas que han sido utilizadas para la detección e identificación de H.capsulatum, una de ellas es la PCR anidada que se caracteriza por sus altos niveles de sensibilidad y especificidad. De igual forma, estas técnicas moleculares han permitido realizar análisis evolutivos, estudios de diversidad genética y un sinnúmero de estudios de epidemiología molecular, a partir de los cuales se ha logrado recopilar información valiosa sobre la variabilidad genética de este microorganismo. En esta revisión se describen los métodos de laboratorio convencionales y las técnicas moleculares más empleadas para el diagnóstico de la histoplasmosis; así como también algunas de sus aplicaciones en la epidemiología y biología molecular de este hongo.

Histoplasma capsulatum is the causative agent of histoplasmosis, a systemic and endemic mycosis widely distributed in the Americas. Diagnosis of histoplasmosis is traditionally accomplished by means of direct preparations and biopsies stained by especial methods, as well as by isolation of fungus in culture; the latter is considered the gold standard. Indirect methods, including immunological tests to detect antibodies and/or antigens, are also valuable; both direct and indirect methods present sensitivity and specificity ranges that vary depending on the clinical form of the disease and the immune status of the host. Recently, molecular biology has allowed implementing new tools to detect and identify H. capsulatum, and several molecular tests, such as nested-PCR, are being used for the diagnosis of histoplasmosis, and so provide high sensitivity and specificity values. In addition, these molecular techniques have made it possible to perform evolution analysis, genetic diversity research, and molecular epidemiology, thus compiling valuable information on the genetic variability of this microorganism. In this review, the conventional and molecular methods employed for the diagnosis of histoplasmosis have been described, as have some of the applications of these molecular techniques to this fungal pathogen's epidemiology and molecular biology.

Candida and candidiasis: the challenge continues for an early diagnosis

La candidiasis invasora representa el 75% de las infecciones por hongos en pacientes hospitalizados, con una mortalidad que alcanza cifras hasta del 78%. La frecuencia de estas infecciones varía de acuerdo con el servicio de hospitalización y los factores de riesgo de los pacientes. Paralelamente, se han venido observando cambios en la epidemiología de las especies de Candida, variaciones en su prevalencia y en la resistencia a los antimicóticos según su localización geográfica. Por todo lo anterior, es imperativo establecer un diagnóstico temprano que lleve a la identificación correcta de la especie implicada de manera que se instaure un pronto y adecuado tratamiento antimicótico. El diagnóstico de la candidiasis invasora continúa siendo un reto, en el cual combinar los diferentes métodos diagnósticos, los microbiológicos, los inmunológicos y los nuevos moleculares, aún en desarrollo y validación, es la mejor estrategia para lograr un dictamen oportuno. En esta revisión se describen los métodos disponibles, sus limitaciones y las perspectivas de los que están en etapa de desarrollo y validación. En la última década se cuenta con métodos de referencia para la medición de susceptibilidad in vitro a los antimicóticos, lo cual ha permitido conocer los perfiles de sensibilidad de las diferentes especies de Candida a escala mundial y local.

Invasive candidiasis represents 75% of fungal infections in hospitalized patients, with reported mortalities up to 78%. The frequency of these infections varies according to the hospital services and the risk factors of the patients. In parallel, changes in the epidemiology of the Candida species have been observed, in particular variations in their prevalence and in their resistance to antifungals according to geographic location. For these reasons it is crucial to establish an early diagnosis that identifies the pathogen to the species level in order to allow an appropriate therapeutic decision. The diagnosis of invasive candidiasis continues to be a challenge, where combining the different available methods (microbiologic, immunologic and new molecular approaches) is the best strategy to achieve a prompt and accurate diagnosis. We review the currently available assays for conventional and molecular diagnosis, their limitations, and the perspectives for assays that are now in development and validation. In the last decade, well established reference methods have become available for testing antifungal susceptibility and this has allowed worldwide and regional sensitivity profiles to be established for the different Candida species.

Candida yeast´s resistance to fluconazol

Las infecciones por levaduras del género Candida sp. son cada vez más prevalentes en pacientes hospitalizados, especialmente en grupos de mayor riesgo como pueden ser pacientes con neoplasia hematológica bajo tratamiento de quimioterapia y en cuidados intensivos. La resistencia de Candida sp. representa un reto terapéutico que deja un menor número de posibilidades para el tratamiento de estas infecciones que se caracterizan, a su vez, por una alta morbimortalidad. Esta revisión describe los mecanismos de resistencia de Candida sp. a fluconazol y los factores de riesgo para la adquisición de éstos.

Yeast infections of the genus Candida sp are becoming more prevalent in hospitalized patients, especially in high risk groups such as patients with hematologic malignancy undergoing chemotherapy and in intensive care units. Candida sp's resistance represents a therapeutic challenge that leaves fewer opportunities for the treatment of these infections which are characterized by high morbidity and mortality. This review describes Candida sp's resistance mechanisms to fluconazole and the risk factors for their acquisition.

Zigomicosis

Las zigomicosis son infecciones fúngicas graves e inusuales, causadas por hongos ubicuos pertenecientes a la clase Zigomicetos, los cuales están subdivididos en dos órdenes: Mucorales y Entomoftorales. Las infecciones causadas por los Mucorales se caracterizan por su rápida evolución, con destrucción tisular e invasión de vasos sanguíneos. Se presentan en hospederos con factores de riesgo definidos, entre los que se incluyen alteraciones funcionales o cuantitativas de los neutrófilos, acidosis metabólica o aumento en los niveles séricos de hierro. Sus manifestaciones clínicas se dividen en rinocerebral, pulmonar, cutánea, gastrointestinal y diseminada. El principal mecanismo de infección es la vía inhalatoria, seguida por la mecánica por lesiones dérmicas. Tienen un curso clínico agresivo y a su vez inespecífico que usualmente pone en peligro la vida del paciente, por lo que se debe tener un alto índice de sospecha en aquellas personas con cuadro clínico sugestivo y factores de riesgo, para iniciar tratamiento agresivo temprano con antifúngicos y cirugía.

Zygomycosis are severe and uncommon fungal infections caused by ubiquitous fungi members of the class zygomicetes, which are subdivided into two orders: Mucorales and Entomophtorales. Infections due to Mucorales are characterized by a rapid evolution along with a wide tissue destruction and direct invasion of blood vessels. These diseases are seen in individuals with clearly defined risk factors such as quantitative or qualitative neutrophil defects, metabolic acidosis, or elevated iron serum levels. The clinical forms of these diseases are divided into new categories: Rhinocerebral, pulmonary, cutaneous, gastrointestinal, and disseminated infections. The main mechanism of infection is by inhalation, but it is also possible to acquire the infection by direct inoculation into the dermis. The clinical course is aggressive but unspecified and usually threatens patients' survival; therefore, we must have a high index of suspicion in those cases with a suggestive clinical scenario and risk factors in order to perform a timely and aggressive intervention with antifungal therapy and surgery.

Emerging fungal infections: Sporobolomyces salmonicolor fungemia. Case Report

En los últimos años, la emergencia de infecciones por hongos se ha dado en parte por el aumento en las infecciones por microrganismos que normalmente no son patógenos. El siguiente reporte describe la fungemia y meningoencefalitis por Sporobolomyces salmonicolor, una levadura frecuente en el medio ambiente y las plantas, en un paciente sin factores de riesgo conocidos, con desenlace fatal a pesar del manejo con antifúngicos. Este caso nos recuerda que dentro de las infecciones micóticas emergentes se encuentra el S. salmonicolor y se debe tener en cuenta dentro del diagnóstico diferencial de levaduras en sangre, como causa infrecuente, potencialmente mortal.

The emergence of pathogens, mainly fungi, in recent years has been partly due to overappearance of organisms that normally are not pathogenic in humans. The following report describes Sporobolomyces salmonicolor fungaemia and proven meningoencephalitis in a patient not showing risk factors who suffers a fatal outcome despite management with antifungal agents. The said yeast lives mainly in tree environments and plants. This case reminds us that there is S. salmonicolor within the emerging fungal infections, and this fact should be taken into account in the differential diagnosis of yeasts in blood as a rare and lifethreatening cause.