Infectio

Antimicrobial resistance of Escherichia coli with extended spectrum beta -lactamase in a hospital at the Colombian Orinoquia

Objetivo. Analizar la resistencia de Escherichia coli a los antibióticos de acuerdo con la presencia de beta-lactamasas de espectro extendido (BLEE). Materiales y métodos. Estudio descriptivo y de corte transversal, en el Hospital Departamental de Villavicencio, centro de atención de mediana y alta complejidad. La población de estudio fueron los pacientes con cultivos positivos para E. coli. La variable de estudio fue la resistencia a ceftazidima, cefotaxima y clavulanato. Se confirmó la presencia de BLEE y la resistencia a otros antibióticos. Resultados. Se tamizaron 29.451 estudios de microbiología, de los cuales 26,7 % fueron positivos. Se identificaron 77,6 % como Gram negativos y 2.551 (41,8 %) como E. coli. De los cultivos, 65,1 % se obtuvieron de orina; 9,5 % fueron resistentes a ceftazidima y 8,7 % a cefotaxime. En los aislamientos de orina, la resistencia de E. coli a ceftazidima fue de 6,5 %, mientras que, en aspirados traqueales, fue de 35,0 % (OR=7,98; p<0,05). Se hicieron 315 pruebas confirmatorias para BLEE con equipo Vitek® y 506 con AutoScan®. La mayor cantidad de muestras se obtuvieron de la consulta externa (34,0 %) y, aunque allí se encontró un número significativo de BLEE (6,9 %), hubo mayor resistencia en la unidad neonatal (16,9 %). La resistencia a ampicilina, cefalotina, ciprofloxacina, gentamicina y trimetoprim-sulfametoxazol, fue alta. El 7,1 % de las pruebas confirmatorias con clavulanato fueron positivas para BLEE. Conclusiones. El estudio demostró una frecuencia de 7,1 % de BLEE en esta institución. Hubo servicios con mayor riesgo, como el de neonatos, aunque el fenómeno no se limitaba al ambiente hospitalario. También, se encontró un pequeño porcentaje que fue resistente a carbapenem.

Objective: To analyze antimicrobial resistance of Escherichia coli according to the presence of extended spectrum beta-lactamase. Design: A cross sectional descriptive study. Setting: Hospital Departamental de Villavicencio, a State center of second and tertiary care. Study population: Positive cultures for E. coli were analyzed between September 2005 and November 2009. Interventions: None. Study variable: Ceftazidime and cefotaxime resistance with and without clavulanate. Outcomes: Confirmation of ESBL test and resistance to other antimicrobials. Results: From the 29,451 microbiological samples that were screened, 26.7% were positive. 77.6% were identified as Gram negative and 2,551 (41.8%) were typified as E. coli. 65.1% isolations were from urine samples and 9.5 and 8.7% of them were resistant to ceftazidime and cefotaxime, respectively. 6.5% of urine samples were resistant to ceftazidime, but it raised to 35% for tracheal aspirate (OR 7.98 p<0.05). Three hundred and fifteen confirmatory tests for ESBL were performed with Vitek® and 506 with AutoScan®. Most samples were ambulatory patients (34.0%) and a significant number of them were positive for ESBL (6.9%), but it was higher at the newborn ward (16.9%). Resistance was high for antimicrobials commonly used for infections by this microorganism such as ampicillin, cephalothin, ciprofloxacin, gentamycin and trimethoprim-sulfamethoxazole. Confirmatory ESBL test was 7.1%. Conclusions: The study demonstrates a 7.1% frequency of ESBL at this hospital but the samples from newborn ward showed a higher frequency of ESBL; nevertheless, the issue is not restricted to hospitalized patients. We also found a small number of isolations resistant to carbapenem.

Gastrointestinal tract colonization in children after infection by extendedspectrum beta-lactamase producing bacteria and treatment with carbapenems: prospective study

Antecedentes. La colonización del tracto digestivo parece ser un factor de riesgo para presentar infección por microorganismos productores de betalactamasas de espectro extendido (BLEE), que puede persistir por un tiempo aún no determinado luego del tratamiento adecuado. Esta condición no ha sido suficientemente estudiada y su conocimiento es pobre. Objetivo. Determinar la persistencia de bacterias productoras de BLEE en el tracto digestivo después de un tratamiento antibiótico racional. Materiales y métodos. Se llevó a cabo un estudio prospectivo y descriptivo. En un periodo de 12 meses, se incluyeron todos los pacientes que habían presentado un cultivo positivo en cualquier muestra para Eschericia coli o Klebsiella pneumoniae productores de BLEE y que, además, habían recibido tratamiento con meropenem. Se tomaron coprocultivos de seguimiento a los 7, 14 y 30 días de iniciado el antibiótico. Resultados. De 80 pacientes con cultivo positivo para gérmenes BLEE, 47 tuvieron tratamiento con meropenem. De ellos, 10 (21,3 %) fueron positivos en coprocultivo a los siete días de iniciado el tratamiento, 4 (8,5 %) a los 14 días y ninguno a las cuatro semanas después del tratamiento. El germen más frecuente fue K. pneumoniae (60 %). Conclusiones. El tracto digestivo de los niños se comporta como un reservorio transitorio de gérmenes BLEE, y puede ser el foco de infección y contaminación para el personal asistencial y otros pacientes durante un periodo crítico de, al menos, dos semanas. La tasa de erradicación de la colonización al mes de tratamiento con meropenem, fue de 100 %.

Introduction: Gastrointestinal tract colonization seems to be a risk factor for acquiring an infection by extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) producing bacteria. Time colonization has not been established yet, this condition has not been analyzed enough, and evidence is poor. Objective: The aim of this study was to determine the incidence of gastrointestinal tract colonization after an antibiotic therapy. Patients and methods: This was a one-year prospective descriptive study of patients who had cultures with ESBL-producing enterobacteriaceae (Klebsiella pneumonia or Escherichia coli) and received treatment with meropenem. In order to detect potential reservoirs for ESBL producing bacteria, stool cultures were done on days 7, 14 and 30 after initiating the antibiotic treatment. Results: During the study period, we included 80 cases, of which 47 received meropenem, and stool cultures were performed in these cases. There was gastrointestinal tract colonization by ESBL-producing bacteria in 21.3% (10) on day 7 of treatment, 8.5% (4) on day 14, and none on day 30. K. pneumonia, being the most frequent, was found in 60% of cultures. Conclusions: The gastrointestinal tract in children acts as a temporary reservoir for ESBL-producing bacteria and could be an infection and contamination source to medical staff and other patients during a critical period of at least two weeks. 100% of gastrointestinal tract colonization was eradicated after treatment with meropenem.

Anti-Candida albicans activity, cytotoxicity and interaction with antifungal drugs of essential oils and extracts from aromatic and medicinal plants

Objective: To determine anti-Candida albicans activity, cytotoxicity and drug interaction of essential oils and extracts from plants collected in Colombia. Materials and methods: The antifungal activity was evaluated following the AFST-EUCAST protocol. With most active samples, the inhibition of the formation of germ tubes and budding, the in vitro pharmacodynamics, using time-kill assays, and the interaction with itraconazole and amphotericin B following the chequerboard technique were evaluated. The cytotoxicity assay for all samples was done using MTT. Results: Strong activity in 17.57% of the samples was found. The lowest MIC values were obtained with Piper bredemeyeri Jacq and Lippia origanoides Kunth (B) oils and Morinda royoc L extract. The three samples inhibited the formation of germ tubes and budding. P. bredemeyeri Jacq oil and M. royoc L extract samples showed fungicidal activity at 2xMIC. A synergistic effect was obtained with the combination of P. bredemeyeri Jacq oil and itraconazole, but not for the combination with amphotericin B. Active samples against C. albicans were not cytotoxic on Vero cells ATCC CCL-81, excluding P. bredemeyeri Jacq oil. Conclusions: The results of this study suggest that Colombian medicinal and aromatic plants represent an untapped source of compounds with anti-C. albicans activity that could be a resource in the development of new therapeutic natural products.

Objetivo. Determinar la actividad anti-Candida albicans, la citotoxicidad y la interacción con antifúngicos de aceites y extractos de plantas recolectadas en Colombia. Materiales y métodos. La actividad antifúngica fue evaluada siguiendo el protocolo Antifungal Susceptibility Testing Subcommittee of the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (AFST-EUCAST). Con las muestras más activas se evaluó la inhibición de la formación de tubo germinal y la gemación, la farmacodinamia mediante curvas de tiempo muerte y la interacción con itraconazol y anfotericina B. Se determinó la citotoxicidad mediante la técnica MTT. Resultados. Se encontró actividad en 17,57 % de las muestras. La mayor actividad se obtuvo con los aceites de Piper bredemeyeri Jacq y Lippia origanoides Kunth (B) y el extracto de Morinda royoc L. Las tres muestras inhibieron la formación de tubo germinal y la gemación. El aceite de P. bredemeyeri Jacq y el extracto de M. royoc L mostraron actividad fungicida con dos veces la concentración inhibitoria mínima. Se encontró un efecto sinérgico por la combinación del aceite de P. bredemeyeri Jacq e itraconazol, pero no con anfotericina B. Las muestras activas no fueron citotóxicas, excepto el aceite de P. bredemeyeri Jacq. Conclusión. Los resultados de este estudio sugieren que las plantas de Colombia son una fuente no explorada de compuestos con actividad anti-C. albicans, útiles para el desarrollo de nuevos productos terapéuticos.

Clinical, epidemiological and microbiological characteristics of onychomycosis in a reference laboratory in Manizales (Caldas), 2009

Objetivo. Establecer las características clínicas, epidemiológicas y microbiológicas de la onicomicosis en pacientes mayores de 16 años de Manizales. Método. Se llevó a cabo un estudio descriptivo y prospectivo de 232 pacientes con diagnóstico clínico de onicomicosis, remitidos de los diferentes centros de atención de Manizales en el año 2009. Se recolectaron las muestras y se hizo examen directo en KOH al 20 % y en dimetil-sulfóxido al 36 %, cultivo en agar Sabouraud y agar Sabouraud con antibióticos, en todos los casos. Se identificaron los 146 aislamientos obtenidos con métodos específicos para dermatofitos, levaduras y mohos. Resultados. La presentación más frecuente fue la forma distal de la enfermedad, la cual se asoció con mayor frecuencia a calzado oclusivo y predominio del sexo femenino; el número de casos de lesiones ungulares indicativas de onicomicosis fue menor en mayores de 70 años de edad; los agentes más frecuentemente aislados fueron Trichophyton rubrum (26,7 %), Fusarium spp. (14,4 %), T. mentagrophytes (11 %), Candida tropicalis (11 %), Candida krusei (6 %) y Geotrichum candidum (6 %). Conclusiones. La onicomicosis es más frecuente en las mujeres de Manizales. Hay una alta frecuencia de aislamientos de hongos no dermatofitos. Trichophyton rubrum fue el hongo dermatofito más frecuentemente aislado. La frecuencia de personas con examen directo o cultivo positivo es mayor de 70 % en todos los grupos de edad, y la edad no se encontró como un factor de riesgo para la enfermedad.

Introduction: Onychomycosis is the leading cause of nail disease and represents 30% of superficial fungal infections. The fungi that cause the condition vary according to geographic location and individual risk factors. Even with the identification of the causative agent, the treatment failure rate is high. Objective: To establish the clinical, epidemiological and microbiological causes of onychomycosis in patients over 16 years old in the city of Manizales. Materials and methods: A prospective descriptive study in 232 patients with clinical diagnosis of onychomycosis sent from different medical centers of Manizales in 2009. A sample collection, direct examination with KOH 20% and dimethyl sulfoxide 36%, culture in Saboreaud agar with antibiotics in all cases were performed. Identification was done for the 146 obtained isolates with specific methods for dermatophytes, yeasts and molds. Results: The most common presentation of the disease was the distal; the disease is more commonly associated with occlusive footwear, for females. The clinical manifestations was the type subungual distal in patients over 70 years old; the most frequently isolated agents were Trichophyton rubrum (26.7%), Fusarium spp (14.4%), T. mentagrophytes (11%), Candida tropicalis (11%), Candida krusei (6%) and Geotrichum candidum (6%). Conclusions: There was a female predominance of onychomycosis in Manizales and a the high frequency of non-dermatophyte fungi; T. rubrum was the most frequently isolated dermatophyte; the frequency of patients with KOH or positive culture is higher than 70% in all age groups. It was found that age is not a risk factor for the disease.

Diagnosis of pulmonary and extrapulmonary tuberculosis using an in-house PCR method in clinical samples from a middle-income resource setting

Introduction: PCR detection offers a good opportunity to obtain fast results which is a priority in tuberculosis control programs. Objectives: We assayed an in-house PCR method based on the detection of mycobaterial IS6110 gene in clinical samples of patients with pulmonary and extrapulmonary tuberculosis to demonstrate its usefulness and reliability in the setting of a middle-resource region with high tuberculosis prevalence. Materials and methods: Pulmonary (n=317) and extrapulmonary (n=41) samples were collected from 358 patients with clinical suspicion of tuberculosis. All samples were processed to detect acid-fast bacilli by microscopy, culture on solid media and PCR. To remove PCR inhibitors, three washing steps of the decontaminated pellet were included before mycobacterial cell lysis. Results: The overall sensitivity was 96% in clinical samples, and specificity was 100% for our in-house method in pulmonary and extrapulmonary samples. No inhibition was found among samples that were PCR negative, but culture positive for Mycobacterium tuberculosis. No false positives were found. Conclusions: In-house PCR in a middle-income setting region, with simple and strictly controlled methods, could efficiently complement conventional bacteriological tools for the rapid diagnosis of tuberculosis, especially in paucibacillary and extrapulmonary samples.

Introducción. La prueba de PCR ofrece la posibilidad de obtener resultados rápidos, una prioridad para los programas de control de la tuberculosis. Objetivos.Evaluar el método de PCR basado en la detección del gen IS6110 de las micobacterias en muestras clínicas de pacientes con tuberculosis pulmonar y extrapulmonar, para demostrar su utilidad y confiabilidad en un sitio de desarrollo medio con alta prevalencia de tuberculosis. Materiales y métodos. Se recolectaron 317 muestras pulmonares y 41 de origen extrapulmonar, de 358 pacientes con sospecha clínica de tuberculosis. Todas las muestras se procesaron para detectar bacilos ácido-alcohol resistentes por microscopía, cultivo en medio sólido y PCR. Para eliminar los inhibidores de la PCR se lavaron tres veces antes de realizar la lisis de la pared de la micobacteria. Resultados. La sensibilidad total fue de 96% y la especificidad de 100% para este método "casero" en muestras pulmonares y extrapulmonares. No se encontró inhibición entre las muestras que fueron negativas por PCR pero con cultivo positivo para Mycobacterium tuberculosis. No se hallaron falsos positivos. Conclusiones. La implementación de la PCR "casera" en regiones de desarrollo intermedio como método simple y estrictamente controlado, podría complementar eficientemente las herramientas bacteriológicas tradicionales para el diagnóstico rápido de la tuberculosis, especialmente en muestras paucibacilares y de origen extrapulmonar.

Establishing a primary cell line from Toxocara canis embryonated eggs

Introducción. Toxocara canis es el segundo nematelminto más prevalente en perros a nivel regional y entre los tres más frecuentes en algunos países de la región. Debido a que la fuente de contaminación es el perro, éste se convierte en un nematodo con gran potencial zoonótico. Por esta razón, consideramos importante disponer de una línea celular de este helminto para el estudio de los aspectos básicos, así como para el desarrollo de técnicas diagnósticas. Objetivo. Obtener una línea celular primaria a partir de huevos con embrión de T. canis. Métodos. Los parásitos se extrajeron del intestino delgado de perros menores de un año. Las células embrionarias se obtuvieron mediante la embriogénesis de los huevos de los nematodos adultos, en cuatro diferentes medios; dos ricos en sustancias nutritivas, el tercero con formol al 1 % y el cuarto con agua destilada. Las células se obtuvieron mediante disociación mecánica de los huevos con embrión mediante la utilización de jeringas 30G. Resultados. El tiempo estimado de obtención de la línea celular fue de 15 días, en los que siete eran utilizados en la embriogénesis de los huevos. Las células respondieron positivamente a los métodos de crioconservación luego de dos días, e inclusive dos meses después, permitiendo fases de replicación de cuatro pases. Conclusiones. Se logró obtener una línea celular de T. canis a partir de huevos con embrión de este helminto. Esta línea celular ayudará al entendimiento de las relaciones patógenas, posibles blancos terapéuticos y para el desarrollo de métodos diagnósticos.

Introduction: Toxocara canis is the second most prevalent nemathelminthes in dogs at regional level and among the three most frequent in some countries in the region. Due to the fact that the dog is the contamination source, it becomes a nematode with a high zoonotic potential, so we consider it important to be able to use the cell line of this helminth to study the basic aspects, as well as the development of diagnostic techniques. Objective: To obtain a primary cell line from embryonated eggs of T.canis. Methods: The parasites were extracted from the small intestines of dogs under one year old. Embryonic cells were obtained by embryogenesis of the eggs secreted by adult worms in four different media; two were rich in nutrients, one was 1% formaldehyde, and the other was distilled water. The cells were obtained by mechanical dissociation of embryonated eggs using 30G needles. Results: The estimated time for obtaining the cell line was fifteen days, from which seven were used for egg embryogenesis. The cells responded positively to the cryopreservation methods after two days or even two months, allowing a replication phase with four passes. Conclusions: We managed to obtain a cell line from T. canis embryonated eggs. This cell line will help the understanding of pathogenic relationships, potential therapeutic targets and for developing diagnostic methods.

Disseminated histoplasmosis in immunocompetent children: Two-case report and literature review

La histoplasmosis diseminada en niños inmunocompetentes afecta, principalmente, a los menores de dos años. Los síntomas aparecen entre 3 y 17 días después de la exposición y la presentación clínica es exclusivamente aguda, progresiva y, de no ser tratada, 100 % letal. La fiebre, la pérdida de peso y la hepatoesplenomegalia, son los síntomas y signos más comunes. El choque, el síndrome de dificultad respiratoria aguda, la falla renal, la falla hepática y la coagulación intravascular diseminada, son las complicaciones que pueden llevar a la muerte. Las coloraciones especiales, la histopatología, el cultivo, la serología y las técnicas moleculares hacen parte de las ayudas diagnósticas disponibles en nuestro medio. Cuando es diseminada, el esquema de tratamiento de la histoplasmosis difiere del indicado en otras presentaciones clínicas y el uso de itraconazol o anfotericina B también varía según la gravedad de la infección. Dado que la histoplasmosis es endémica en Colombia, la siguiente presentación de casos busca recordar la importancia de considerar esta infección como una posibilidad diagnóstica siempre que estemos ante niños con fiebre prolongada.

Disseminated histoplasmosis in immunocompetent children predominantly affects those under 2 years old. Symptoms usually appear 3 to 17 days after exposure and the clinical presentation is exclusively acute, progressive and becomes 100% deadly if untreated. Fever, weight loss and hepatosplenomegaly are the most common symptoms and signs. Shock, ARDS, renal and hepatic failure and DIC are the death leading complications. Histopathology, culturing, serology and molecular tests, among others, make part of the diagnostic workup available. When disseminated, the treatment for histoplasmosis differs from that of other clinical presentations and itraconazole and/or amphotericin B doses used in mild to moderate infections differ from the ones used in severe infections. Due to the fact that histoplasmosis is endemic in Colombia, the following presentation of cases seeks to emphasize the importance of considering this infection as a possible diagnosis whenever new cases of children with long-term fever show up.

Acute syphilitic meningitis

Se trata de un paciente de 28 años de sexo femenino, que presentó un cuadro clínico rápidamente progresivo de cambios en el comportamiento y deterioro del estado de conciencia. Ingresó con puntaje de Glasgow de 8/15 y requirió intubación traqueal. Tenía respuesta plantar extensora bilateral, pupila izquierda midriática de 5 mm, sin respuesta a la luz, ptosis palpebral del mismo lado y nistagmo con componente rápido hacia la izquierda. El contenido de proteínas del líquido cefalorraquídeo fue de 0,86 g/l con pleocitosis moderada de predominio linfocitario. Tres semanas antes del ingreso, presentó parto vaginal eutócico; no tuvo control prenatal durante el embarazo. En el recién nacido se demostró serología reactiva para sífilis y FTA-ABS positivo. La paciente también fue hallada reactiva para serología de sífilis en el líquido cefalorraquídeo, con diagnóstico de meningitis sifilítica aguda. La prueba ELISA para VIH fue negativa.

A 28 year-old woman presented with a rapidly progressive clinical picture of behavioral changes and altered level of consciousness. She was admitted with Glasgow Coma Score 8/15, 5 mm dilated non-reactive left pupil, right ptosis and nystagmus with left lateral gaze. Protein content at cerebrospinal fluid was 0,86 g/L with pleocytosis. Three weeks earlier, the patient underwent vaginal delivery of a pregnancy without prenatal care, and the newborn was found to be reactive to syphilis serology and positive on FTA-ABS test. The patient was found positive as well for syphilis on serologic tests for syphilis, corresponding yhe picture to neurosyphilis.HIV testing was negative in the patient.

Ocular Rhinosporidiosis. Report of three cases and review of scientific literature.

La rinosporidiosis ocular es una enfermedad muy poco común, causada por el parásito Rhinosporidium seeberi, la cual afecta diferentes órganos, entre ellos la conjuntiva. Debido a su poca frecuencia, es a menudo subdiagnosticada por oftalmólogos y patólogos. Se presentan tres casos que cumplieron con los criterios histológicos de la enfermedad y se revisan las características clínicas e histopatológicas de la misma.

Ocular rhinosporidiosis is a very rare disease, caused by the parasite Rhinosporidium seeberi, which affects different organs including the conjunctiva. Because of its rarity is often underdiagnosed by ophthalmologists and pathologists. We present three cases that fulfilled the histological criteria of the disease and reviewed its clinical and pathological characteristics.