Infectio

In memoriam Dr Alvaro Moncayo Medina (1941- 2019)

Pandemic COVID-19: A reflection on the impact for preparedness on the control of infectious diseases in Colombia

Invasive infection by Candida spp. in immunocompromised patients: A description of clinical, diagnostics, therapeutic and follow up experience in high complexity healthcare center

Resumen Introducción: Candida spp. Es la principal causa de fungemia, cuya incidencia ha aumentado en los últimos años. Existen datos locales insuficientes sobre este tipo de infecciones. Materiales y métodos: Este fue un estudio observacional retrospectivo de 44 pacientes diagnosticados con candidiasis invasiva hospitalizados en la Fundación Valle del Lili, el cual es un centro de cuarto nivel afiliado a la Universidad Icesi en el Suroccidente Colombiano, entre los años 2012 a 2017. Resultados: Se identificaron 44 pacientes con candidiasis invasiva, 27 de ellos mujeres (61%). La mediana de edad fue de 56 años (36 - 70). Más del 50% tenían una enfermedad crónica subyacente, uso de antibióticos (84%), catéter venoso central (80%), ventilación mecánica (68%) y nutrición enteral (66%) El 80% requirió manejo en unidad de cuidados intensivos (UCI) donde debutaron con sepsis (68%) y falla respiratoria (61%). En el 90% de los casos se aisló alguna especie de Candida spp. A partir de hemocultivo y sólo al 22% se le realizó prueba de sensibilidad. El tratamiento de elección fue con fluconazol (80%), asociado a caspofungina (70%). La tasa de mortalidad fue del 49%, con una mediana de 33 (22-49,5) días desde el ingreso hasta el fallecimiento. C. albicans fue el principal microorganismo aislado. La resistencia a azoles en especies no albicans existe en nuestro medio. Conclusión: La candidiasis se presenta como candidemia asociada a infección bacteriana concomitante, que cobra mayor importancia en el contexto del paciente inmunosuprimido asociado a elevadas tasas de mortalidad.

Abstract Introduction: Candida spp. is the main cause of fungemia, whose incidence has increased in recent years. There are insufficient local data about this pathology. Materials and methods: This was an observational, retrospective chart review of 44 patients diagnosed with invasive candida who were hospitalized at Fundación Valle del Lili, which is a fourth level center affiliated to Icesi university between 2012 and 2017. Results: We identified 44 patients with invasive candidiasis, 27 of them women (61%). The median age was 56 years (36 - 70). More than 50% had an underlying chronic disease, use of antibiotics (84%), central venous catheter (80%), mechanical ventilation (68%) and enteral nutrition (66%). 80% required management in an intensive care unit. Sepsis (68%) and respiratory failure (61%) were the most common clinical presentation. Almost 90% of the cases, had positive blood cultures, but only 22% presented susceptibility tests. The treatment was mainly fluconazole (80%), associated with caspofungin (70%). The mortality rate was 49%, median of 33 (22-49.5) days from admission to death. Candida albicans was the main isolated organism. Azole resistance in non-albicans species was observed. Conclusion: Candidiasis presents as bacterial infection associated candidemia, which becomes more important in the context of the immunosuppressed patient with high mortality rates.

Overview of antimicrobial resistance in urinary tract isolates from adult patients in the emergency room service of Manizales, Caldas, in 2018.

Resumen Introducción: los servicios de urgencias requieren de la toma de medidas eficaces y oportunas en el manejo de los pacientes, esto incluye el uso adecuado de antibióticos. La resistencia antimicrobiana dificulta la instauración de terapias empíricas adecuadas, por lo que su vigilancia toma un papel fundamental en los programas de optimización de uso de antimicrobianos. Objetivo: describir el perfil microbiológico y la resistencia antibiótica de los aislamientos urinarios obtenidos de pacientes adultos de los servicios de urgencias de 7 instituciones de tercer nivel de la ciudad de Manizales, durante el año 2018. Resultados: se recolectaron 1991 aislamientos urinarios, el microorganismo más frecuentemente aislado fue Escherichia coli con un 62%. Se encontraron altas tasas de resistencia a cefazolina, trimetoprim/sulfametoxazol, ciprofloxacina y ampicilina/sulbactam. La resistencia a nitrofurantoína y fosfomicina al igual que a carbapenémicos es baja para Escherichia coli. Los aislamientos urinarios de Pseudomonas aeruginosa muestran niveles de resistencia superiores al promedio nacional. Conclusiones: es importante individualizar el manejo antibiótico empírico, teniendo en cuenta la estratificación por severidad, la presencia de factores de riesgo para bacterias multidrogorresistentes, y la epidemiología local; los análisis de cada institución y los resultados de este trabajo, pueden ser utilizados para establecer conductas terapéuticas más precisas en los casos de infecciones del tracto urinario, mejorando los desenlaces de estos pacientes y los costos derivados de la atención en salud.

Abstract Introduction: patient management in emergency rooms require swift and effective clinical decisions; this includes choosing antibiotics correctly. Antimicrobial resistance impairs the adequate choice of empirical therapy, making the surveillance of utmost importance for antimicrobial stewardship programs. Objective: we aimed to describe the microbiological and antimicrobial resistance profile of urinary isolates obtained from adult patients of the emergency services of seven tertiary institutions in the city of Manizales, during the year 2018. Results: from a total of 1991 urinary tract isolates, 62% corresponded to Escherichia coli, the most common bacteria cultured from the emergency room. Susceptibility analysis revealed high resistance levels to cefazolin, trimethoprim-sulfamethoxazole, and ciprofloxacin. Resistance to nitrofurantoin, fosfomycin, and carbapenems was low for Escherichia coli isolates. Pseudomonas aeruginosa showed antimicrobial resistance levels above national averages. Conclusions: empirical antibiotic therapy must be tailored on a patient by patient basis, taking into account the severity of the disease, risk factors for multi-drug resistance bacteria, the institutional and local epidemiology depicted in this work. By using these results, the adjustment of empirical antimicrobial regimens for urinary tract infections could improve clinical outcomes and reduce health care costs.

Lymphopenia and risk of nosocomial infections in elderly in a health institution of Bogotá, Colombia. Cases and controls study

Resumen Objetivo: La linfopenia se ha propuesto como un potencial factor asociado al riesgo de infecciones bacterianas nosocomiales (infección urinaria y neumonía), pero la magnitud y relevancia de este factor no ha sido evaluada formalmente. El objetivo de este estudio es determinar si existe asociación entre linfopenia e infecciones nosocomiales en ancianos hospitalizados en una institución de salud en Bogotá, Colombia. Métodos: Estudio de casos y controles, incluyendo personas mayores de 65 años hospitalizadas en el Hospital Universitario San Ignacio entre junio de 2016 y diciembre de 2017. Se consideraron casos aquellos con diagnóstico de infección nosocomial (neumonía, infección de vías urinarias, bacteriemia, infección de tejidos blandos) y se compararon con controles sin infección emparejados por edad y sexo. Se evaluó la asociación entre linfopenia e infección nosocomial mediante análisis bivariado y multivariado controlando por las variables de confusión. Resultados: Se incluyeron un total de 198 pacientes (99 casos y 99 controles). La prevalencia de linfopenia fue de 34.8%, sin encontrarse diferencia entre los dos grupos (p=0.88). La infección nosocomial se asoció a mayor incidencia de mortalidad (29.3 vs 10.1%, p>0.001) y mayor duración de estancia hospitalaria (Mediana 18 vs 9 días, p<0.01). Se encontró asociación entre infección nosocomial con enfermedad cardiovascular (OR = 2.87; IC 95% 1.37-6.00) y antecedente de cáncer (OR = 6.00; IC 95% 1.28-29.78), sin embargo, no hubo asociación con linfopenia (OR = 1.27; IC 95% 0.61-2.65). Conclusiones: Este estudio sugiere que no existe asociación entre linfopenia y el desarrollo de infecciones nosocomiales en pacientes ancianos.

Abstract Objective: Lymphopenia has been proposed as a potential factor associated with the risk of nosocomial bacterial infections (urinary tract infection and pneumonia), but the magnitude and relevance of this factor has not been formally evaluated. Objective is to determine the association between lymphopenia and nosocomial infections in elderly hospitalized in a health institution in Bogotá, Colombia. Methods: Case-control study, including people over 65 hospitalized in the University Hospital San Ignacio - Bogotá, during the period between June 2016 and December 2017. Cases with a diagnosis of nosocomial infection (pneumonia, urinary tract infection, bacteraemia, soft tissue infection) were considered and compared with controls without infection matched by age and sex. The association between lymphopenia and nosocomial infection was evaluated by bivariate and multivariate analysis, controlling for confounding variables. Results: A total of 198 patients (99 cases and 99 controls) were included. The prevalence of lymphopenia was 34.8%, with no difference between the two groups (p = 0.88). Nosocomial infection was associated with a higher incidence of mortality (29.3 vs. 10.1%, p> 0.001) and a longer duration of hospital stay (Median 18 vs. 9 days, p< 0.001). An association was found between nosocomial infection with cardiovascular disease (OR = 2.87; 95% CI 1.37-6.00) and a history of cancer (OR = 6.19; 95% CI 1.28-29.78), however, there was no association with lymphopenia (OR = 1.27 ; 95% CI 0.61-2.65). Conclusions: This study suggests that there is no association between lymphopenia and the development of nosocomial infections in elderly patients.

Mean platelet volume as a predictor of mortality in patients with sepsis: systematic review and meta-analysis

Resumen Introducción: El volumen medio plaquetario (VMP) es un biomarcador utilizado en el abordaje integral de la sepsis. Objetivo: Evaluar la asociación entre VMP con la mortalidad en pacientes con sepsis. Métodos: Se realizó una revisión sistemática de estudios observacionales en cinco bases de datos. Se analizó la mortalidad asociada con la sepsis; las intervenciones consideradas fueron VMP, APACHE y lactato sérico. Resultados: Respecto a la mortalidad asociada a sepsis, se encontró un valor significativo en la VMP a las 72 horas (200 fallecidos versus 654 no fallecidos; MD 0.83 IC95% 0.53-1.13, p=< 0.0001, I2 =72.9%); así como el valor de APACHE II (220 muertos frente a 604 no fallecidos; MD 0.81 IC95% 0.62-1.0, p= 0.0001, I2 =32%). No se encontró significancia estadística para las demás variables clínicas. Conclusiones: El aumento de la VMP se asocia con mayor riesgo de mortalidad en pacientes con sepsis, especialmente después de 72 horas de evolución de las características clínicas.

Abstract Introduction: Platelet mean volume (MVP) is a biomarker used in the integral approach to sepsis. Objective: To assess the association between MVP and mortality in patients with sepsis. Methods: A systematic review of observational studies in five databases was performed. Mortality associated with sepsis was analysed; interventions considered were MPV, APACHE and serum lactate. Results: Regarding mortality associated with sepsis, a significant value was found in the MVP at 72 hours (200 deceased versus 654 not deceased; MD 0.83 IC95% 0.53-1.13, p=<0.0001, I2 =72.9%); as well as the value of APACHE II (220 dead versus 604 not deceased; MD 0.81 IC95% 0.62-1.0, p= 0.0001, I2 =32%). No statistical significance was found for the other clinical variables. Conclusions: Increased MVP is associated with increased risk of mortality in patients with sepsis, especially after 72 hours of evolution of clinical features.

Compassional use of Intraventricular Tigecycline in ventriculitis caused by Enterococcus faecium. Six pediatric cases

Resumen Introducción: La Tigeciclina es un fármaco de uso restringido en pediatría. El uso de este antibiótico por vía intraventricular es una decisión de uso compasivo en casos de bacterias altamente resistentes, y para los casos en que no exista otra alternativa. Caso clínico: Se presenta seis casos de pacientes con diagnóstico de ventriculitis a Enterococcus faecium que recibieron tigeciclina intraventricular con evolución bacteriológica exitosa. Se discute las dosis utilizadas por vía endovenosa e intraventricular. Conclusiones: el uso de este antibiótico por vía intraventricular puede ser una alternativa exitosa en casos de gérmenes altamente resistentes y cuando no exista otra alternativa terapéutica.

Abstract Introduction: Tigecycline is a drug of restricted use in pediatrics. The use of this antibiotic intraventricularly is a decision of compassive use in cases of highly resistant bacteria, and in cases where there is no other alternative. Clinical case: We present six cases of patients with a diagnosis of ventriculitis caused by Enterococcus faecium, who received intraventricular tigecycline with successful microbiological evolution. The doses used intravenously and intraventricularly are discussed. Conclusions: the use of this antibiotic intraventricularly can be a successful alternative in cases of highly resistant germs, when there are not alternative options. Key words: ventriculitis, Enterococcus faecium, tigecycline, intraventricula

An appraisal of the isoniazid resistant tuberculosis in Colombia: a underestimated problem in Colombia?

Resumen Objetivo: Describir las características clínicas y desenlaces al tratamiento de los pacientes con tuberculosis resistente a isoniazida (Hr-TB) en una institución del suroccidente colombiano. Materiales y métodos: Se realizó un estudio observacional retrospectivo. Se incluyeron pacientes con confirmación diagnóstica, aislamiento microbiológico, pruebas de susceptibilidad a fármacos y evidencia de Hr-TB. Resultados: Se incluyeron 32 pacientes con Hr-TB entre 2006-2018 que corresponden al 6% (32/528) de resistencia del total de casos. El 78% (n=25) fueron casos nuevos, resistencia primaria, y el 22% (n=7) previamente tratados, resistencia adquirida. La comorbilidad más frecuente fue infección por VIH (n=9). El patrón de Hr-TB mostró en 23 (72%) casos con alto nivel, 4 (12%) de bajo nivel y 5 (16%) con bajo y alto nivel. El análisis de resultados al tratamiento se realizó a 22 pacientes, presentando el 50% cura, el 41% tratamiento completo y 9% muerte relacionada con la tuberculosis. Conclusiones: La Hr-TB predomina en los casos nuevos, lo que supone un obstáculo al tratamiento donde no se realizan las pruebas de susceptibilidad de forma rutinaria.

Abstract Objective: To describe the clinical characteristics and outcomes to the treatment of patients with isoniazid-resistant tuberculosis (Hr-TB) in an institution in southwest Colombia. Materials and methods: A retrospective observational study was conducted. Patients with diagnostic confirmation, microbiological isolation, drug susceptibility tests, and evidence of Hr-TB were included. Results: Thirty-two patients with Hr-TB were included between 2006-2018, corresponding to 6% (32/528) of resistance in total cases. 78% were new cases, primary resistance, and 22% previously treated, acquired resistance. The most frequent comorbidity was HIV infection (n = 9). The pattern of Hr-TB showed in 23 (72%) cases with high level, 4 (12%) of low level and 5 (16%) with low and high level. The analysis of treatment results was performed on 22 patients, presenting 50% cure, 41% completed treatment, and 9% death related to tuberculosis. Conclusions: Hr-TB predominates in new cases, which is an obstacle to treatment where susceptibility tests are not performed routinely.

Microbiological characteristics of infections in a group of colombian patients with oncological diagnosis, 2014 - 2016

Abstract Objective: We aimed to describe the microbiological characteristics of infections in patients from an oncological center during 2.014-2.016. Methods: In this cross-sectional descriptive study, a total of 7.837 cultures corresponding to 1.216 patients were included. Microbiological and sociodemographic data were taken from cancer diagnosed patients admitted to Oncólogos de Occidente S.A. in Pereira, Armenia, Manizales and Cartago from January 2.014 to December 2.016. The bacterial resistance profiles were defined according to the CLSI guideline. Culture foci were blood, urine, tissue biopsies, skin and soft tissues, mucous membranes and feces. Results: The culture-positive rate was 27,94%. Amongst 2.190 isolates, Escherichia coli (22,42%) was the most frequent, followed by Klebsiella pneumonia (21,27%), Pseudomona aeruginosa (13,83%) and Staphylococcus aureus (5,11%). The most common mechanisms of antimicrobial resistance in Gram-negatives were Extended-Spectrum β-Lactamase (45,45%) and AmpC-type β-lactamases (37,71%). Discussion: Up to nearly one-third of our participants’ cultures were positive and a vast majority were gram-negatives, provided with ESBLs or AmpCs which in oncological patients it is a catastrophic outcome. We recommend to establish antibiotic dispensing policies thus achieving a microbiological risk control and improve the epidemiological surveillance. Empirical use of beta-lactams with extended spectrum or cephalosporins of 1 to 3 generation is not recommended due to the high resistance found.

Resumen Objetivo: Describir las características microbiológicas de las infecciones en pacientes de un centro oncológico durante 2.014-2.016 Métodos: Estudio descriptivo, transversal. Incluyó 7.837 cultivos de 1.216 pacientes. Se recolectaron variables microbiológicas y sociodemográficas de pacientes diagnosticados con cáncer en las sedes de Pereira, Armenia, Manizales y Cartago de Oncólogos de Occidente S.A. durante 2.014 hasta 2.016. Los perfiles de resistencia bacteriana se definieron de acuerdo con la guía CLSI. Los focos de cultivo fueron sangre, orina, biopsias de tejidos, piel y tejidos blandos, membranas mucosas y heces. Resultados: La tasa de cultivo positivo fue del 27,94%. De 2.190 aislamientos, E. coli (22,42%) fue el más frecuente, seguido de K. pneumoniae (21,27%), P. aeruginosa (13,83%) y S. aureus (5,11%). Los principales mecanismos de resistencia identificados en Gram negativos fueron β-lactamasas de espectro extendido (45,45%) y β-lactamasa de tipo AmpC (37,71%). Discusión: Cerca de un tercio de los cultivos de los participantes fueron positivos y una vasta mayoría fueron gram negativos, provistos con ESBL o AmpC, lo que en pacientes oncológicos es un desenlace catastrófico. Recomendamos establecer políticas de dispensación de antibióticos, logrando así un control de riesgo microbiológico y mejorar la vigilancia epidemiológica. No se recomienda el uso empírico de betalactámicos con espectro extendido o cefalosporinas de 1 a 3 generación debido a la alta tasa de resistencia encontrada.

A new emerging zoonotic virus of concern: the 2019 novel Coronavirus (SARS CoV-2)

Abstract We review here the origin, outbreak characteristics and main epidemiological features of the novel Coronavirus (2019nCoV) responsible of a new coronavirus disease (COVID-19). Rapid global health authorities’ responses are now in course and international scientific collaboration is urgently need. Previous outbreaks experiences with similar viral agents have increased the capacity to containment and control of these recurrent health menaces.

Resumen Revisamos aquí el origen, características del brote y la epidemiología del nuevo Coronavirus (2019nCoV) responsable de una nueva enfermedad por coronavirus (COVID-19). Una rápida respuesta de las autoridades de salud mundiales está en marcha y se ha hecho un llamado urgente para colaboración científica internacional. Las lecciones aprendidas de brotes previos con agentes virales similares han aumentado las capacidades para contener y controlar estas amenazas recurrentes a la salud global.

Lactococcus garvieae bloodstream infections: first case in Colombia

Resumen Lactococcus garvieae es una causa inusual de bacteriemia. No existen guías diagnósticas y terapéuticas actuales disponibles para tratar las infecciones causadas por estos organismos. Con base en un informe de caso, proporcionamos una revisión de la literatura sobre bacteriemia causada por L. garvieae y destacamos los desafíos de diagnóstico y tratamiento de estas infecciones y las implicaciones para el manejo. Comunicamos el primer caso de bacteriemia por Lactococcus garvieae en Colombia.

Abstract Lactococcus garvieae is an unusual cause of bloodstreams infections. Currently, there are no diagnostic and therapeutic guides available to treat infections caused by these organisms. Based on a case report, we provide a literature review on bloodstreams caused by L. garvieae and highlighted the challenges for diagnose and treatment and direct implications for its management. We report the first case of bloodstream infections due to Lactococcus garvieae in Colombia.

Tuberculosis and a Gemella spp: An undesirable combination

Resumen El género Gemella spp corresponde a cocos gram positivos, anaerobios facultativos, catalasa negativos, no móviles y no formadores de esporas, usualmente comensales de la cavidad oral, que no suelen ser patógenos en pacientes inmunocompetentes. Sin embargo, puede comportarse como germen oportunista en pacientes inmunosuprimidos o con otros factores de riesgo como mala higiene dental, cirugía gastrointestinal, enfermedades metabólicas entre otras, y se asocia con endocarditis, meningitis y en menor medida compromiso pulmonar. La información respecto a la susceptibilidad antimicrobiana es limitada y se asemeja a la de S viridans, por lo que la penicilina y ampicilina son los medicamentos de elección, sin tener claridad en cuanto a duración del tratamiento, usualmente considerando llevar a 4 semanas o hasta el drenaje de la colección. Éste reporte de caso describe una paciente con tuberculosis en tratamiento, que desarrolla una infección invasiva con documentación de empiema y bacteriemia secundaria por Gemella morbillorum, representando la asociación poco común de ésta infección bacteriana con tuberculosis.

Abstract Gemella spp. corresponds to gram positive cocci, facultative anaerobes, negative catalase, non mobile and non spore producers, part of colonizing flora of the oral cavity that are not common pathogens in immunocompetent patients. Nevertheless it may behave as an opportunistic germ in immunosuppressed patients or with other risk factors that include bad dental hygiene, bowel surgery, and metabolic diseases among others. It’s associated with infections such as endocarditis, meningitis and less frecuently can implicate the lung. The information regarding antimicrobial susceptibility is limited and resembles S viridans, so penicillin and ampicillin are the medications of choice, without being clear about the duration of treatment, usually giving 4 weeks or until collection drain. This case report describes a patient with known tuberculosis diagnosis and under treatment, that develops an invasive infection with empyema and secondary bloodstream infection by Gemella morbillorum, depicting a previously uncommon but described association of this bacterial infection with tuberculosis.