Infectio

Vaccines for COVID19: lessons from the triumph of the biomedical science

Seroprevalence and seroconversion rates to SARS-CoV-2 in interns, residents, and medical doctors in a University Hospital in Bogotá, Colombia

Abstract Objectives: To determine the prevalence of antibodies to SARS-CoV-2 and the incidence of seroconversion in the first month of follow-up among interns, residents, and medical doctors attending patients at a University Hospital in Bogota (Colombia). Design or methods: A cross-sectional and a prospective study were performed during June, July, and August 2020 to assess seroprevalence and seroconversion rates using CLIA IgG for SARS-CoV-2. LFA IgG and IgM and ELFA IgM were also determined to explore concordance with CLIA IgG. Results: At baseline, 8 (2.28% 95%CI 1.16-4.43%) participants were IgG positive for SARS-CoV-2 by CLIA. At the end of the study, 21 (5.98% 95%CI 3.94-8.97%) individuals seroconverted by CLIA IgG. In all, 29 individuals had IgG by CLIA and of these 11 (3.13% 95%CI 1.76-5.52%) were asymptomatic. No associations with risk factors for infection were identified. CLIA IgG had moderate concordance (>962 samples) with LFA IgG and ELFA IgM, but minimal with LFA IgM. Conclusions: Our report is the first in Latina America on seroprevalence and seroconversion rates in medical healthcare workers. The relatively high rate (>3%) of asymptomatic health care workers with evidence of previous SARS-CoV-2 infection underscores the need to screen this population for infection to prevent infection/disease spread.

Resumen Objetivos: Determinar la prevalencia de anticuerpos frente al SARS-CoV-2 y la incidencia de seroconversión en el primer mes de seguimiento en internos, residentes y médicos que atienden pacientes en un Hospital Universitario de Bogotá (Colombia). Diseño y métodos: Se realizó un estudio transversal y prospectivo durante junio, julio y agosto de 2020 para evaluar las tasas de seroprevalencia y seroconversión utilizando CLIA IgG para SARS-CoV-2. También se determinaron LFA IgG e IgM y ELFA IgM para explorar la concordancia con CLIA IgG. Resultados: Al inicio del estudio, 8 (2,28% IC del 95% 1,16-4,43%) participantes fueron IgG positivos para SARS-CoV-2 por CLIA. Al final del estudio, 21 (5,98% IC 95% 3,94-8,97%) individuos seroconvirtieron por CLIA IgG. En total, 29 individuos tenían IgG por CLIA y de estos 11 (3,13% 95% IC 1,76-5,52%) eran asintomáticos. No se identificaron asociaciones con factores de riesgo de infección. El CLIA IgG tuvo una concordancia moderada (> 962 muestras) con LFA IgG y ELFA IgM, pero mínima con el LFA IgM. Conclusiones: Nuestro informe es el primero en América Latina sobre tasas de seroprevalencia y seroconversión en trabajadores médicos de la salud. La tasa relativamente alta (> 3%) de trabajadores de la salud asintomáticos con evidencia de infección previa por SARS-CoV-2 resalta la necesidad de realizar pruebas de detección de infección en esta población para prevenir la propagación de la infección.

Utility of cytometric parameters and indices as predictors of mortality in patients with sepsis

Abstract Introduction: A comprehensive cytometry assessment in the critical ill patient shows modifications in cell lines that estimate severity and mortality in sepsis. The objective of this study is to determine the utility of different cytometric parameters and indices as predictors of mortality in septic patients. Materials and Methods: Retrospective cohort study of adults with sepsis (SEPSIS Criteria 3) hospitalized in an Intensive Unit Care (Quito, Ecuador). Patients with neoplasms or immunodeficiency states were excluded. Different cytometric parameters have been assessed and logistic regression models were used to stablish the predictive range of mortality for each parameter and areas under the curve (AUC) for sensitivity analysis. Results: Over 159 patients, the mortality was 25%. In non-survivors, the median of the APACHE II was 25.20 points, and the median of the SOFA was 11.18, 10.44, 10.15 points at the time of admission, 48, and 72 hours respectively. About the sensitivity analysis for mortality, the cut-off point of EDW was 14.5% (AUC 0.708), and it presented an adjusted OR of 5.25 (95%CI: 1.64-16.76, p: 0.005). The cut-off point of MPV was 8.45 fL (AUC 0.666), and it had an adjusted OR of 5.28 (95%CI: 1.72-16.21, p 0.004). Conclusions: EDW and MPV are independent predictors of mortality, and they must be used with scales or biomarkers to optimize the management and therapy of patients with sepsis. They would be an alternative in centers where only blood cytometry is available as an analytical test.

Resumen Introducción: Una evaluación completa de citometría en el paciente enfermo crítico muestra modificaciones en las líneas celulares que estiman la gravedad y la mortalidad en la sepsis. El objetivo de este estudio es determinar la utilidad de diferentes parámetros e índices citométricos como predictores de la mortalidad en pacientes sépticos. Materiales y métodos: Estudio retrospectivo de cohortes de adultos con sepsis (Criterio 3 de la SEPSIS) hospitalizados en una Unidad de Cuidados Intensivos (Quito,Ecuador). Se excluyeron los pacientes con neoplasias o estados de inmunodeficiencia. Se evaluaron diferentes parámetros citométricos y se utilizaron modelos de regresión logística para establecer el rango predictivo de la mortalidad para cada parámetro y las áreas bajo la curva (AUC) para el análisis de sensibilidad. Resultados: En más de 159 pacientes, la mortalidad fue del 25%. En los no supervivientes, la mediana del APACHE II fue de 25,20 puntos, y la mediana del SOFA fue de 11,18, 10,44 y 10,15 puntos en el momento del ingreso, 48 y 72 horas respectivamente. En cuanto al análisis de sensibilidad para la mortalidad, el punto de corte del EDW fue 14,5% (AUC 0,708), y presentó un OR ajustado de 5,25 (IC 95%: 1,64-16,76, p: 0,005). El punto de corte de MPV fue de 8,45 fL (AUC 0,666), y presentó un OR ajustado de 5,28 (95%CI: 1,72-16,21, p 0,004). Conclusiones. EDW y MPV son predictores independientes de mortalidad, y deben ser utilizados con escalas o biomarcadores para optimizar el manejo y la terapia de los pacientes con sepsis. Serían una alternativa en los centros donde sólo se dispone de citometría de sangre como prueba analítica.

Cryptococcus early antigenemia in HIV positive asymptomatic patients in Barranquilla, Colombia

Resumen La criptococosis meníngea presenta alta mortalidad mundial, especialmente en población VIH/sida. La OMS recomienda detectar el antígeno capsular de Crypto coccus como estrategia para un diagnóstico temprano y poder minimizar complicaciones. Objetivo: realizar antigenemia temprana de Cryptococcus mediante in munocromatografía/ensayo de flujo lateral en pacientes asintomáticos VIH+. Material y método: estudio descriptivo observacional; entre julio-2016 y mayo-2019 se procesaron mediante ensayo de flujo lateral, muestras de suero de 169 pacientes asintomáticos VIH+, con CD4 ≤120 cel/μL en Barranquilla, Colombia. Ante resultado positivo, se indicó profilaxis con fluconazol; se hizo seguimiento a todos los casos. Resultados: la antigenemia fue positiva en cinco pacientes (2,96%); uno falleció, cuatro recibieron profilaxis y la prueba se negativizó en dos. Los pacientes con resultado negativo inicial no desarrollaron durante el estudio sinto matología compatible con esta micosis. Discusión: el ensayo de flujo lateral de Cryptococcus está recomendado para el diagnóstico temprano de la criptococosis en población VIH/sida. Conclusión: detectar tempranamente el antígeno circulante de Cryptococcus mediante ensayo de flujo lateral en pacientes asintomáticos VIH+, permitió instaurar profilaxis oportuna, hacer seguimiento y control para reducir la mortalidad asociada con la criptococosis meníngea.

Abstract Meningeal cryptococcosis presents high levels of global mortality, especially in the HIV/AIDS population. The WHO recommends detecting the capsular antigen as an important strategy for early diagnosis and be able to minimize complications. Objective: Perform early cryptococcal antigenemia by immunochromatographic/ lateral flow assay in asymptomatic HIV+ patients. Material and method: descriptive observational study; between July-2016 and May-2019, serum samples from 169 asymptomatic HIV+ patients with CD4 ≤120 cells/μL were processed by lateral flow assay in Barranquilla, Colombia. Given a positive result, prophylaxis with fluconazole was indicated; all cases were followed up. Results: antigenemia was positive in five (2.96%) patients; one died; four received prophylaxis, and the test turned negative in two. The patients with an initial negative result, did not developed symptoms compatible with this mycosis during the study period. Discussion: lateral flow assay for Cryptococcus is recommended for the early diagnosis of cryptococcosis in the HIV/AIDS population. Conclusion: early detection of circulating Cryptococcus antigen by lateral flow assay in HIV+ patients allowed the establishment of timely prophylaxis, follow-up, and control to reduce mortality associated with meningeal cryptococcosis.

Burden and magnitude of risk in HIV/AIDS in the Colombian health system: a real-world data approach

Abstract Aim: To assess the epidemiological situation of people living with HIV and AIDS (PLWHA) in the municipalities and regions of Colombia in 2018. Materials and methods: A cross-sectional study was conducted with secondary data from the High-Cost Diseases Fund from February 1st, 2018 to January 31st, 2019. We included sociodemographic, clinical variables, and related to geographic location. We calculated incidence, prevalence, and mortality according to the Colombian geographical regions, department and municipality of residence. Crude and age-standardized rates were estimated. Results: By 2018, 10,930 new cases of PLWHA were reported, being more frequent in males, aged between 25 to 49 years. 39.32% were reported with AIDS and 35.27% had undetectable HIV viral load. During 2018, there are 109,056 PLWHA in Colombia. The highest age-standardized incidence and prevalence were reported in Florencia (Cauca) (354.28 per 100,000 and 3.32 per 100people, respectively). The age-standardized incidence rate was 22.12 per 100,000 population (95% CI 21.71-22.54). Age-standardized prevalence and mortality were 0.23 per 100 population (95% CI 0.22-0.23) and 3.78 per 100,000 population (95% CI 3.61-3.96), respectively. Conclusion: Different strategies should be implemented to improve the identification of risk factors in the population, especially in some regions of Colombia and prevent transmission.

Resumen Objetivo: Evaluar la situación epidemiológica de las personas que viven con el VIH y el SIDA (PVVS) en los municipios y regiones de Colombia en 2018. Materiales y métodos: Se realizó un estudio transversal con datos secundarios del Fondo Colombiano de Enfermedades de Alto Costo entre febrero 1 de 2018 al 31 de enero de 2019. Incluimos variables sociodemográficas, clínicas y relacionadas con la ubicación geográfica. Calculamos la incidencia, prevalencia y mortalidad según la región geográfica colombiana, el departamento de residencia y el municipio. Se estimaron tasas crudas y estandarizadas por edad. Resultados: Para el 2018, 10.930 nuevos casos de PVVS fueron reportados, siendo más frecuentes en hombres, en edades entre 25 a 49 años. 39.32% fueron reportados con SIDA y 35.27% tuvieron una carga viral de VIH indetectable. 109,056 PVVS en Colombia. Las incidencia y prevalencia ajustadas por edad más altas se informaron en Florencia (Cauca) (354.28 por 100,000 y 3.32 por 100 personas, respectivamente). La tasa de incidencia estandarizada por edad fue de 22.12 por 100,000 habitantes (IC 95% 21.71-22.54). La prevalencia y mortalidad ajustadas por edad fueron 0.23 por 100 habitantes (IC 95% 0.22-0.23) y 3.78 por 100.000 habitantes (IC 95% 3.61-3.96), respectivamente. Se deben implementar diferentes estrategias para mejorar la identificación de los factores de riesgo en la población, especialmente en algunas regiones geográficas de Colombia y prevenir la transmisión.

Quick test performance verification “AMP Rapid Test SARS-CoV-2 IgG/IgM- Cassettes”

Resumen Objetivo: Verificación del desempeño de las pruebas serológicas rápidas utilizadas en el departamento de Risaralda, Colombia. Métodos: Estudio analitico, de corte transversal. Incluyó muestras de sueros de trabajadores de la salud de la ciudad de Pereira, quienes tuvieron sospecha clínica y epidemiológica por SARS-CoV-2. El procesamiento y validación de las pruebas fue realizado en las instalaciones de la Universidad Tecnológica de Pereira. Se calculó sensibilidad y especificidad de las pruebas rápidas serológicas IgM/IgG usando como prueba de oro la RT-PCR. Resultados: Se incluyeron las muestras de 144 profesionales de la salud. Las pruebas serológicas rápidas evidenciaron ser útiles para identificar o descartar la presencia de anticuerpos IgM e IgG, especialmente en pacientes sintomáticos, en quienes el inicio de los síntomas es superior a 11 días. Discusión: El uso de pruebas rápidas se encuentra en aumento, no solo por la rapidez de sus resultados, sino también por los bajos costos asociados y la necesidad de identificar pacientes no susceptibles, quienes deben priorizar su retorno a actividades laborales en comunidad como parte de la reactivación económica de Colombia. Es necesario confirmar el desempeño de la prueba para aumentar la probabilidad de una adecuada clasificación antes de proceder a su uso rutinario.

Abstract Objective: We aimed to realize a verification of the performance of the rapid serological tests used in Risaralda department. Methods: Analytical, cross-sectional study. Serum samples from health workers in Pereira city, who had a clinical and epidemiological suspicion for SARS-CoV-2 were included. The processing and validation of the tests was carried out at Universidad Tecnológica de Pereira. Sensitivity and specificity of rapid IgM / IgG sero logical tests were calculated using RT-PCR as the gold standard test. Results: 144 samples of health professionals were included. Rapid serological tests useful to identify or rule out the presence of IgM and IgG antibodies, especially in symptomatic patients, in whom the onset of symptoms is longer than 11 days. Discussion: The use of rapid tests is increasing, not only due to the speed of their results, but also due to the low associated costs and the need to identify non-susceptible patients, who must prioritize their return to work activities in the community as part of the economic reactivation of Colombia. It is necessary to confirm the adequate performance of the test to increase the probability of an adequate classification before proceeding with the routine use of this test.

Analysis of COVID-19 Mortality and Survival in Colombia: A prospective Cohort Study

Abstract Objective: To determine the mortality and survival of COVID-19 cases in Colombia between March and July 2020. Materials and methods: A retrospective cohort study in the Colombian population between March 6 to July 8, 2020, with the data reported to the National Institute of Health. Survival analysis was performed considering the real-time PCR results, died or recovered, the onset of symptoms until the date of death, or the final time of the cohort. The actuarial variation and Long-Rank test were applied for survival. Risk factors were determined by Cox regression. Results: The overall survival rate was 100%, 98%, 97%, and 95% for day 1, 10, 20 and 30, respectively. Differences were found in survival in age, sex, region, and hospitaliza tion time spending (p <0.01), the 30-day survival rate was 96% and 95% for females and males, respectively. The region with the highest survival was Antioquia with 99% and the lower Barranquilla with 93%. The age group with the lowest survival was ≥80 years of age with 60%, and being hospitalized represented a survival rate of 68%. Conclusions: This study is one of the first to estimate survival in the Colombian population diagnosed with COVID-19.

Resumen Objetivo: determinar la mortalidad y supervivencia de casos de COVID-19 en Colombia entre marzo y julio de 2020. Materiales y métodos: Estudio de cohorte retrospectivo en población colombiana entre el 6 de marzo al 8 de julio de 2020, con los datos reportados al Instituto Nacional de Salud. El análisis de supervivencia se realizó considerando los resultados de la PCR en tiempo real, fallecido o recuperado, el inicio de los síntomas hasta la fecha del fallecimiento o el momento final de la cohorte. Para la supervivencia se aplicó la variación actuarial y la prueba de rango largo. Los factores de riesgo se determinaron mediante regresión de Cox. Resultados: La tasa de supervivencia general fue del 100%, 98%, 97% y 95% para los días 1, 10, 20 y 30, respectivamente. Se encontraron diferencias en la su pervivencia en cuanto a edad, sexo, región y tiempo de hospitalización (p <0,01), la tasa de supervivencia a 30 días fue del 96% y 95% para mujeres y hombres, respectivamente. La región con mayor supervivencia fue Antioquia con 99% y la Baja Barranquilla con 93%. El grupo de edad con menor supervivencia fue el ≥80 años con 60%, y la hospitalización representó una tasa de supervivencia del 68%. Conclusiones: Este estudio es uno de los primeros en estimar la supervivencia en la población colombiana diagnosticada con COVID-19.

COVID-19 and public transport: an overview and recommendations applicable to Latin America

Abstract The article presents a general overview on COVID-19 transmission in the context of public transport, particularly applicable to decision making in Latin America. Based on recent findings on COVID-19 transmission and the relative importance of each factor (droplets, fomites, and aerosol routes) in such transmission, we seek to update the discussion on the topic that has generally been based on social distance as the only parameter for reducing the risk of transmission and broadens the vision to integrate ventilation, users’ behavior (mask and eye protection use, silence while in the transport system) and travel distance. Recommendations to improve mobility conditions reducing the risk of COVID-19 contagion are provided.

Resumen El artículo presenta una revisión de transmisión de COVID-19 en el contexto de transporte público, con aplicación particular para toma de decisiones en América Latina. Con base en los hallazgos recientes sobre transmisión de Covid-19 y la importancia relativa de cada factor (gotículas, fómites y rutas de aerosoles) en dicha transmisión, buscamos actualizar la discusión sobre el tema que generalmente se ha basado en la “distancia social” como parámetro único de reducción de riesgo de transmisión y amplía esta visión para integrar la ventilación, el comportamiento de usuarios (uso de mascarilla, protección ocular, silencio), y la distancia de viaje. Se indican al final recomendaciones para mejorar las condiciones de movilidad en general sin aumentar el riesgo de contagio de Covid-19.

Disseminaded coccidiodomycosis presentig as acute respiratory distress syndrome in a liver postrasplant recipient

Abstract Acute respiratory distress syndrome (ARDS) is a respiratory process of acute onset, showing on X rays as bilateral pulmonary infiltrates and severe respiratory failure, Coccidiodomycosis is a unusual cause of acute respiratory distress syndrome, the incidence of coccidiomycosis in a solid organ trasplant recipientes ranges from 1.4% a 6.9%, inadecuancy of cellular inmunity is a well established risk factor for development of coccididomcosis, less than 1% of patients develop disseminaded infecction and carrying high mortality, the case that we are presenting add to the small list of reports documenting the ocasionally acute and agressive nature of the disseminated clinical form of coccidiodomycosis.

Resumen El síndrome de dificultad respiratoria aguda (SDRA) es un proceso respiratorio de inicio agudo, que se manifiesta en las radiografías como infiltrados pulmonares bilaterales, clinicamente como insuficiencia respiratoria grave, la coccidiodomicosis es una causa inusual de síndrome de dificultad respiratoria aguda, la incidencia de coccidiomicosis en receptores de trasplante de órgano sólido varía desde 1.4% a 6.9%, una inadecuada inmunidad celular es un factor de riesgo bien establecido para el desarrollo de coccidomicosis, menos del 1% de los pacientes desarrollan enfermedad diseminada y alta mortalidad, el caso que presentamos se suma a la pequeña lista de informes que documentan la naturaleza ocasionalmente aguda y agresiva de la forma clínica diseminada de coccidiodomicosis.

Rectal colonization by Enterobacterales producing multiple carbapenemases: a co-production case report

Resumen El constante aumento de Enterobacterales productores de carbapenemasas (CPE) se constituye en un problema de salud pública a nivel mundial, por el impacto generado en la mortalidad de los pacientes. El tracto gastrointestinal es el principal reservorio de este tipo de microorganismos, por lo cual, la colonización rectal se convierte en un importante factor de riesgo para el desarrollo de posteriores infecciones. Una de las estrategias de vigilancia epidemiológica activa, es la búsqueda de pacientes colonizados, a través de cultivos de tamización para detectar estos microrganismos multirresistentes. Reportamos el caso de un paciente, con historia de sepsis de origen pulmonar, colonizado por Klebsiella pneumoniae con coproducción de carbapenemasas NDM + KPC y Escherichia coli con carbapenemasa NDM. Este hallazgo es cada vez más frecuente, lo cual implica un reto en su detección y diagnóstico. Se describen características del paciente, procedimientos realizados y hallazgos microbiológicos.

Abstract The constant increase in carbapenemase-producing Enterobacterales (CPE) constitutes a public health problem worldwide, due to the impact generated on the mortality of patients. The gastrointestinal tract is the main reservoir for this microorganism, which is why, rectal colonization becomes an important risk factor for the development of subsequent infections. One of the active epidemiological surveillance strategies is the search for colonized patients through screening cultures, to detect these multi-resistant microorganisms. We report the case of a patient, with a history of sepsis of pulmonary origin, colonized by Klebsiella pneumoniae with co-production of NDM + KPC carbapenemases and NDM carbapenemase-producing Escherichia coli. This finding is more and more frequent, which implies a challenge in its detection and diagnosis. Patient characteristics, procedures performed and microbiological findings are described.

Mycetoma caused by Phellinus species: a rare case from Brazil

Abstract Mycetoma is a chronic and slow-developing granulomatous disease characterized by the triad of large painless tumour-like subcutaneous swellings, the formation of sinuses, and discharge that usually contains grains. Phellinus spp. are saprophytic wood-decaying filamentous basidiomycetes. They are an under-recognised cause of invasive fungal infections and are rarely reported worldwide. We report a 59-year-old male patient with mycetoma caused by Phellinus spp. The diagnosis was confirmed with clinical examination, magnetic resonance imaging (MRI) study, soft tissue and bone biopsy culture, and polymerase chain reaction. To the best of our knowledge, this is the first reported case of mycetoma due to Phellinus spp. without chronic granulomatous disease (CGD).

Resumen El micetoma es una enfermedad granulomatosa crónica y de lento desarrollo caracterizada por la tríada de grandes inflamaciones subcutáneas similares a tumores indoloras, la formación de los senos nasales y secreción que generalmente contiene granos. Phellinus spp. son basidiomicetos filamentosos saprofitos que descomponen la madera. Son un poco reconocido causa de infecciones fúngicas invasivas y rara vez se informan en todo el mundo. Presentamos un paciente masculino de 59 años con micetoma causado por Phellinus spp. El diagnostico se confirmó con examen clínico, estudio de resonancia magnética (RM), cultivo de biopsia de tejido blando y óseo y reacción en cadena de la polimerasa. A lo mejor que sepamos, este es el primer caso reportado de micetoma debido a Phellinus spp. sin enfermedad granulomatosa crónica (EGC).

An unexpected pathogen causing multiple intra-abdominal abscesses in an immunocompetent patient

Abstract Streptococcus constellatus is a member of the group now called Streptococcus anginosus. This microorganism is part of the normal oropharyngeal, gastrointestinal and genitourinary microbiota. However, it may cause serious infections such as pharyngitis, bacteremia and invasive pyogenic infections in immunocompromised patients. We report the first case in Colombia of an adult male with no relevant medical history and with an unusual presentation of infection by S. constellatus and whose laboratory results showed an important systemic inflammatory response and radiographic evidence of abdominal involvement with poor response to medical and surgical management. Since there are few reports in international medical journals about intra-abdominal infection by S. constellatus and taking into consideration the need of a multidisciplinary intervention, this report may be of interest for both clinical and surgical practitioners.

Resumen Streptococcus constellatus es un miembro del grupo ahora llamado Streptococcus anginosus. Este microorganismo es parte de la microbiota orofaríngea, gastrointestinal y genitourinaria normal. Sin embargo, puede causar infecciones graves como faringitis, bacteriemia e infecciones piógenas invasivas en pacientes inmunocomprometidos. Presentamos el primer caso en Colombia de un hombre adulto sin antecedentes médicos relevantes y con una presentación inusual de infección por S. constellatus, dada por una gran respuesta inflamatoria sistémica y evidencia radiográfica de afectación abdominal con mala respuesta al tratamiento médico y quirúrgico. Dado que hay pocos informes en revistas médicas internacionales sobre la infección intraabdominal por S. constellatus y teniendo en cuenta la necesidad de intervenciones multidisciplinarias, este reporte puede ser de interés tanto para los médicos clínicos como para los quirúrgicos.