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Estandarización interna y validación de un ensayo RT-PRC múltiple para la detección de 13 virus respiratorios

Background. Multiplex real time PCR is increasingly used to diagnose respiratory viruses and has shown to be superior to traditional methods, such as culture and antigen detection. Objective. Standardization and validation of a multiplex real-time PCR assay for the detection of 13 respiratory viruses. Methods. The assay was validated using RNA control targets and comparing results to single-target PCR's. Results. Using RNA controls the multiplex format was found to be as sensitive and specific as the single-target PCRs, and no competition was observed between targets. The efficiencies for most of the reactions were approximately 90%, but a lower efficiency was found for Parainfluenza 2 with a rate of amplification in each cycle of 86.63%. On the other hand, a higher efficiency was observed in respiratory syncytial virus A and respiratory syncytial virus B ((93.07% each). Conclusion: This multiplex RT-PCR format shows an adequate efficiency, demonstrating an excellent sensitivity, specificity and repeatability for all the studied respiratory viruses.

Antecedentes. PRC múltiple en tiempo real es usada cada vez más para el diagnóstico de virus respiratorios y ha mostrado ser superior a metodos tradicionales, como cultivo y detección de antígeno. Objetivo. Estandarizar y validar una PRC múltiple en tiempo real para la detección de 13 virus respiratorios. Metodos. El ensayo fue realizado usando blanco de RNA control y comparando los resultados a blancos únicos de PCR. Resultados. Usando el RNA control, el formato de multiplex era tan sensible y específico como la PCR. Las eficiencias para la mayoría de las reacciones de aproximadamente el 90%, pero una eficiencia baja fue encontrada para influenza 2 con una tasa de amplificación en cada ciclo de 86.63%. Por otra parte, una mayor eficiencia fue observada en virus sincitial respitario A y B (93, 67% cada uno). Conclusión. Este formato RT-PCR múltiple muestra una adecuada eficiencia, demostrando un excelente especificidad y reproducibilidad para todos los virus respiratorios estudiados.

**Detección de Chlamydia trachomatis en hombres que tienen sexo con hombres en Bogotá: un estudio piloto**

Objetivo. Optimizar una técnica PCR que permita evaluar la presencia de C. trachomatis en hisopados anorrectales provenientes de HSH. En Colombia se notifican anualmente más de 70.000 casos nuevos de ITS, de los cuales se estima que aproximadamente el 9.3% corresponde a uretritis entre las que se encuentran las causadas por C. trachomatis. Métodos. Uno de los problemas en el método de detección de C. trachomatis por PCR en muestras de hisopado anorrectal es la extracción de ADN, el uso de equipos automatizados dispuestos en el mercado resulta costoso y en muchos de los casos no están disponibles en el laboratorio clínico de rutina. En este estudio se realizó una PCR para detección de C. trachomatis, estableciendo un protocolo para la toma de muestra y extracción de ADN a partir de hisopos anorrectales. Resultados. Se procesaron 27 muestras correspondientes a HSH voluntarios pertenecientes al Grupo de apoyo y estudio de la Diversidad Sexual (GAEDS) de la Universidad Nacional de Colombia. Se encontraron 5 muestras positivas para C. trachomatis en hombres sintomáticos y asintomáticos relacionado con el riesgo de adquirir infección por sus prácticas sexuales.

Objective. optimize a PCR technique to evaluate the presence of C. trachomatis in anorectal swabs from MSM. In Colombia there are reported each year more than 70,000 new cases of STIs, of which it is estimated that approximately 9.3% is urethritis among which are those caused by C. trachomatis. Methods. DNA extraction is one of the problems in the method of detecting C. trachomatis by PCR anorectal swab samples. Besides, the use of automated equipment arranged on the market is expensive and in many cases the samples are not available in the clinical laboratory routine. In this study it was performed PCR for detection of C. trachomatis protocol establishing the sampling and DNA extraction from anorectal swabs. Results. 27 samples were processed corresponding HSH volunteers belonging to the Support group and study of Sexual Diversity (GAEDS) of the National University of Colombia. 5 samples positive for C. trachomatis associated with both symptomatic and asymptomatic men at high risk of acquiring infection because of their sexual practices were found.

**Inespecificidad persistente en amplificación isotérmica mediada por loop para diagnóstico de malaria**

Objetivo. Describir el ensayo realizado para la estandarización de la técnica de diagnóstico para malaria, denominada amplificación isotérmica mediada por loop (LAMP). Métodos. Se extrajeron 48 muestras divididas en 22 muestras para P. falciparum, 20 de P. vivax y 6 negativas para las mismas especies. Resultados. Se observaron falsos positivos, amplificaciones específicas que evidencian la inespecificidad de la técnica. Se propone estudiar los amplicones obtenidos por medio de restricción de fragmentos y secuenciación para elucidar el origen del problema.

Objetive. The present study describes the assay performed to standardize a malaria diagnostic DNA test, called loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Methods. Extractions from 48 Plasmodium-infected blood samples (22 P.falciparum-positive samples, 20 P. vivax-positive samples and 6 negative control samples). Results. The data show false positives, unspecific amplifications that demonstrate the low specificity of the test. We propose to study the amplicons obtained by restriction fragment and sequencing to investigate the underlying cause of the problem.

Enfermedad de Chagas y su seroprevalencia en tres departamentos de la Amazonia colombiana

Objetivo. Determinar la seroprevalencia de la enfermedad de Chagas en población general procedente de tres departamentos de la Amazonía colombiana: Vaupés, Amazonas y Guaviare y analizar variables de riesgo para la enfermedad. Métodos. Para determinar la seropositividad se analizaron 3429 muestras de suero obtenidas mediante previo consentimiento informado durante los años 2009 y 2010 a través de un muestreo probabilístico, de conglomerados, estratificado y trietápico para cada departamento, con probabilidades finales desiguales. Fueron analizadas en el Laboratorio de Parasitología del Instituto Nacional de Salud de Bogotá mediante dos técnicas de diagnóstico, Inmunoensayo enzimático (Elisa) e Inmunofluorescencia indirecta (IFI) empleando como antígeno una cepa de Trypanosoma cruzi colombiana previamente caracterizada como linaje TcI. Resultados. Se encontró una seroprevalencia general de 0,99%, 2,07% para el departamento del Guaviare, 0,79% para el departamento de Vaupés y 0,09% para el departamento de Amazonas. Estos resultados permitirán establecer una línea de base epidemiológica que contribuya a las estrategias de control de la enfermedad en esta zona.

Objective. To estimate the prevalence of Chagas disease in population from Vaupés, Amazonas and Guaviare, three departments of the Colombian amazon. Risk factors were also assessed. Methods. For estimating seroprevalence, 3429 serum samples were taken according to a three-stage conglomerate sampling for each department. Those samples were analyzed in the Parasitology Laboratory of the National Health Institute (INS), through ELISA and IFAT techniques. Results. The prevalence for Amazonas, Guaviare and Vaupés departments was 0,09%, 2,07% and 0,79%, respectively. Those results will allow health policy makers towards prevention of Chagas disease.

Evaluación del diagnóstico y notificación de Chikungunya en Ocaña, Colombia

Objetivo. Evaluar el cumplimiento de los criterios diagnósticos y notificación de Chikungunya en Ocaña. Métodos. Estudio descriptivo y retrospectivo. Se revisaron 137 historias clínicas y sus fichas de notificación de Chikungunya al SIVIGILA, entre septiembre de 2014 y junio de 2015. Resultados. El número de casos de Chikungunya registrados hasta la fecha es bajo comparado con otras zonas del país. La calidad del diagnóstico del evento Chikungunya en Ocaña es deficiente, en términos del cumplimiento de los marcadores de la calidad del proceso de diagnóstico y notificación del evento.

Objective. To assess the compliance of the diagnosis and reporting from the Chikungunya cases in Ocaña, Colombia. Methods. Descriptive and retrospective study. 137 medical records of Chikungunya were reviewed, as well as their notification records from the epidemiologic vigilance system "SIVIGILA", between September 2014 and June 2015. Results. The number of Chikungunya cases reported so far is low compared with other regions in the country. The quality of the diagnosis of the Chikungunya virus in Ocaña is deficient in terms of the compliance from the quality markers established for the diagnostic process as well as for the event reporting.

**Evaluación del crecimiento de cuatro especies del género Bacillus sp., primer paso para entender su efecto biocontrolador sobre Fusarium sp.**

Evaluar las condiciones de crecimiento de cuatro especies de Bacillus sp. nativas a escala de 10ml en Medio Mínimo de Sales (MMS) como primer paso para entender su acción biocontroladora contra Fusarium sp. Métodos. El procedimiento para evaluar el crecimiento de los aislamientos UCMC-TB1, UCMC-TB2, UCMC-TB3 y UCMC-TB4 se realizó utilizando espectrofotometría y recuento directo en placa y pruebas de antagonismo dual en placa para evaluar el efecto controlador contra Fusarium sp. Resultados. Se confirmó la identificación por pruebas bioquímicas de los cuatro aislamientos: Bacillus licheniformis, Bacillus subtilis, Bacillus pumilusy Bacillus cereus; todas las cepas presentaron antagonismo in vitro. El Bacillus subtilis fue la especie que demostró mayor capacidad antagónica (79,73%PICR) y las características más destacadas de esta cepa fueron su velocidad de crecimiento. El género Bacillus es uno de los más reportados para usar en el control biológico de hongos como Fusarium sp. el cual ataca un gran número de cultivos de interés económico para el sector agrícola en Colombia.

Objetive. Evaluate the conditions of growth of four species of native Bacillus sp. on the scale of in minimal medium 10ml Sales (MMS) as a first step to understand their biocontrol action against Fusarium sp. Methods. The procedure for evaluating the growth of UCMC-TB1, UCMC-TB2, UCMC-TB3 and TB4 UCMC-isolates was performed using spectrophotometry and direct plate count and dual antagonism tests to evaluate the effect against Fusarium sp. Results. Identification by biochemical tests of the four isolates were confirmed: Bacillus licheniformis, Bacillus subtilis, Bacillus pumilus and Bacillus cereus; all showed antagonism in vitro. Bacillus subtilis was the species that showed increased antagonistic capacity (79.73% PICR) and the main features of this strain were the speed of growth and death. The genus Bacillus is one of the most reported for use in the biological control of fungi such as Fusarium sp. It is attacking a large number of crops of economic interest to the agricultural sector in Colombia.

Tecnologías para ahorrar agua en el cultivo de arroz

El uso eficiente del agua determina el futuro del cultivo de arroz en Colombia frente a los tratados de libre comercio, ya que es un factor que condiciona el área sembrada, el rendimiento de la cosecha y los costos de producción, además de su sostenibilidad en el tiempo. Por lo tanto, se presenta una revisión de las tecnologías desarrolladas a nivel mundial enfocadas al ahorro del agua en el cultivo de arroz en condiciones aeróbicas y anaeróbicas. Se resaltan tecnologías alternativas que superan al sistema convencional en rendimiento y en la cantidad de arroz cosechado por metro cúbico de agua invertido. En la reflexión para Colombia, se destacan aspectos importantes para la construcción de la agenda de investigación y la apropiación social de las tecnologías alternativas con miras a la optimización del recurso hídrico en el cultivo de arroz; se recomienda priorizar el arroz aeróbico y la medición efectiva del consumo de agua, indispensable para controlar su uso, planear, dirigir y entender cómo estas tecnologías alternativas conducen a la recuperación de la inversión de los agricultores y a la rentabilidad del cultivo.

Water use efficiency, given that it conditions the sown areas, yield and production costs, as well as its sustainability, determines the future of rice production in Colombia against the FDA. This paper presents a review of the globally developed technologies for water saving in rice production under aerobic and anaerobic conditions. The authors highlight alternative technologies that surpass the conventional system in terms of yield and harvest per cubic meter of water used. In the reflection for Colombia, the authors highlight important features for the research agenda and the social appropriation of alternative technologies with a view to optimizing water resources usage for rice production. Recommendations include the prioritizing of aerobic rice and the effective measurement of water consumption, which is indispensable for its use, and for planning, directing, and understanding how these alternative technologies can lead to the recovery of the investment made by agricultural workers and crop profitability.

Comparación de la conducta de enfermedad en pacientes colombianos con hemofilia A, en una muestra con dolor crónico y sin dolor crónico

Objetivo. Identificar las variables de conducta de enfermedad en una muestra de pacientes colombianos con Hemofilia A y comparar los resultados de grupos (con dolor crónico y sin dolor crónico) para un análisis de relaciones entre variables. Método. El enfoque fue cuantitativo y su diseño transversal; la metodología empleada fue ex post facto de tipo retrospectiva. Para el análisis estadístico se hizo una comparación de grupos (sin dolor crónico y con dolor crónico). El factor de conducta de enfermedad se evaluó a través del Cuestionario de Conducta de Enfermedad de Ballester y Botella del año 1993. Los resultados obtenidos mediante la prueba T, la correlación de Spearman, la prueba U de Mann-Whitney y la Curva de ROC. Resultados. Se evaluaron veintisiete sujetos con diagnóstico de Hemofilia A con un rango de edad entre 19 y 55 años. Diecisiete sujetos conformaron el grupo con dolor crónico y diez sujetos el grupo sin dolor crónico. En conclusión se hallaron asociaciones significativas entre el dolor crónico y las variables relacionadas a inestabilidad emocional, así como correlaciones positivas con resultados de investigaciones previas sobre la caracterización de la población con hemofilia.

Objective. To Identify the variables of illness behavior in a sample of Colombian patients with hemophilia A and to compare the results of groups (with chronic pain and without chronic pain chronic) for an analysis of relationships between variables. Methods. The approach was quantitative and its cross-sectional design. The methodology used was ex post facto retrospective type. A comparison groups (without chronic pain and chronic pain) was done for the statistical analysis. The disease behavior factor was evaluated through the Ballester and Botella Disease Questionnaire Conduct of 1993. The results obtained by the T-test, the Spearman correlation, the Mann-Whitney U test and the ROC curve. Results. Twenty-seven subjects diagnosed with haemophilia A diagnosed with a age range between 19 and 55 years were evaluated. Seventeen subjects formed the group with chronic pain and ten subjects the group without chronic pain. In conclusion, we found significant associations between chronic pain and variables related to emotional instability, as well as positive correlations with results of previous research on the characterization of the population with hemophilia.

Anemias ferropénicas y subclínicas en indígenas muiscas de Bosa y Suba de Bogotá

Objetivo. Determinar la presencia del síndrome anémico en comunidades indígenas muiscas, en hombres y mujeres entre 18 y 50 años ubicadas en resguardos indígenas de Bosa y Suba en la ciudad de Bogotá. Métodos. Las pruebas de laboratorio consideradas para este estudio incluyeron la valoración del hemograma automatizado, estudio de sangre periférico, ferritina sérica, Proteína C Reactiva, proteínas totales y albúminas. Este estudio es de tipo no probabilístico descriptivo; y transversal, diseño muestral con un total de 80 muestras. Resultados. La población en estudio perteneciente a la comunidad Muisca ubicada en las localidades de Bosa y Suba de la ciudad de Bogotá, conformada por 12.5% (10/80) hombres y 87.5% (70/80) mujeres, presentó niveles de ferritina bajos en un 35.7% (25/70) en mujeres y 40 % (4/10) en hombres, lo que sugiere deficiencia de hierro; sin embargo, el 4.2%(3/70) de las mujeres y el 10% (1/10) de los hombres presentan anemia; 1 hombre y 1 mujer evidencian anemia ferropénica por tener tanto los niveles bajos de hemoglobina, hemoglobina corpuscular media, volumen corpuscular medio y ferritina; además de la presencia de deficiencia subclínica de hierro en un 34.3%(24/70) en mujeres y el 30%(3/10) en hombres, con una alta probabilidad de desarrollar anemia ferropénica si no se realiza el tratamiento adecuado , estos resultados fueron reportados al personal médico de la comunidad indígena con el fin de iniciar el estudio y los tratamientos pertinentes a esta deficiencia.

Objective. To investigate the presence of anemic syndrome in Muisca indigenous communities, men and women between 18 and 50 years, located in indigenous territories of Bosa and Suba in Bogotá. Methods. Laboratory tests considered for this study included the assessment of automated hemogram, study of peripheral blood, serum ferritin, C-reactive protein, total protein, and albuminas. This research study is non-random, descriptive and cross-sectional, whose sample design is layered with a total of 80 samples. Results. The Muisca population under study located in the towns of Bosa and Suba in Bogotá, population consist of 12.5% (10/80) men y 87.5% (70/80) women presented low ferritin levels in 35.7% (25/70) women and 40 % (4/10) men, which suggests iron deficiency, however 1 man and 1 woman, show iron-deficiency anaemia, for having both levels of hemoglobin, mean corpuscular volume, mean corpuscular hemoglobin and ferritin low, this suggests the presence of subclinical iron deficiency in a 34.4%(22/70) women and 30%(3/10) men, therefore the future possibility of iron-deficiency anaemia but the causes of iron deficiency are corrected.

Inmovilización microbiana en polímeros sintéticos para el tratamiento de aguas residuales

Objetivo. Evaluar la capacidad de inmovilización microbiana de algunos polímeros sintéticos, y establecer su desempeño durante la partida y operación de un reactor biológico híbrido (RBH), aplicado al tratamiento de aguas residuales domésticas. Métodos. Para la evaluación fueron seleccionados cinco polímeros: tereftalato de polietileno (PET), polibutadieno (BD), espuma de poliuretano (EPU), poliestireno expandido (EPS) y polietileno (P). Los materiales con mayor capacidad de inmovilización (expresado como la cantidad de unidades formadoras de colonias contenidas en un gramo de material, UFCg-1), fueron incorporados a un RBH, con volumen operacional de 10,4L, alimentado con agua residual sintética. La eficiencia del sistema fue establecida en términos de remoción de la materia orgánica contenida en el afluente durante 13 días de operación continua. Resultados. Los polímeros que presentaron mayor capacidad de inmovilización fueron: BD (2,2x10(7) UFCg-1) y EPU (4,6x10(7) UFCg-1). El RBH, sometido a una carga orgánica volumétrica de 2,7 Kg DQO m-3d-1, presentó estabilidad operativa en todos los tratamientos evaluados, alcanzando una remoción de materia orgánica de 78% y 94%, al emplear BD y EPU como soportes de inmovilización, respectivamente.

Objective. Evaluate the ability of microbial immobilization of several synthetic polymers, and establish its performance during the start-up and operation of a hybrid biological reactor (HBR), applied to domestic wastewater treatment. Methods. For evaluation we selected five polymers: polyethylene terephthalate (PET), polybutadiene (BD), polyurethane foam (PUF), expanded polystyrene (EPS) and polyethylene (PE). Materials with higher immobilization capacity (expressed as the number of colony forming units contained in one gram of material, CFUg-1) were added to a HBR, with operational volume of 10,4L, fed with synthetic wastewater. The efficiency of the system was established in terms of removal of organic matter contained in the effluent for 13 days of continuous operation. Results. Polymers showing the high immobilization capacity were: BD (2,2x10(7) CFUg-1) and PUF (4,6x10(7) CFUg-1). The HBR, subjected to organic loading rate of 2.7 kg COD m-3d-1, showed operational stability for the treatments evaluated, reaching a removal of organic matter of 78% and 94%, by using BD and PUF as immobilization supports, respectively.

Vigilancia por laboratorio de las enfermedades crónicas: una estrategia para las enfermedades metabólicas

Objetivo. Proponer una estrategia para la vigilancia por laboratorio de las enfermedades crónicas no transmisibles (ECNT), bajo la hipótesis de que los resultados de laboratorio de los analitos metabólicos se pueden distribuir en dos poblaciones con medias diferentes. Métodos. Estudio analítico, retrospectivo, con resultados de tamiz metabólico en 5241 recién nacidos, en los años 2014 y 2015, en cuatro hospitales, uno en Pereira, uno en Popayán, uno en Barranquilla y uno en Neiva, mediante Espectrometría de masas en Tándem, en un sistema TQD-Waters, kit Neobase™ para determinación de moléculas pequeñas en sangre. Por z-score se seleccionaron valores altos para construir la muestra anormal y los restantes datos constituyen la muestra normal. Se compararon las medias de las dos poblaciones para cada analito, con la prueba t, (p<0.05). Resultados. Las 5241 muestras se analizaron para 44 moléculas de aminoácidos y acilcarnitinas de ácidos orgánicos. Para cada analito se observaron del 3% al 5% de valores altos (z-score>3). Las medias de las dos poblaciones, anormal y normal, difieren a un nivel significativo (p<0.05). Discusión. Los estudios regionales con modelos planteados a nivel mundial para la vigilancia de ECNT, consideran factores socio-demográficos, somatometría y nutrición. El laboratorio clínico es una fuente de información, mediante el monitoreo de indicadores metabólicos. Se demostró que los resultados de análisis de una molécula se pueden agrupar y distribuir según una población anormal cuya media es un indicador objetivo. Conclusiones. Es posible utilizar los datos de laboratorio para monitoria de la variación de un analito, con el fin de aplicarlo para la vigilancia en salud pública de las ECNT.

Objective. propose a strategy for the surveillance by laboratory of chronical and not communicable diseases (CNCD), under the hypothesis that laboratory results for metabolic analytes can be distributed in two populations with different averages. Methods. analytical and retrospective study, with results for metabolic screening for 5241 newborns, collected during the years 2014 and 2015, in four hospitals from Barranquilla, Pereira, Popayan and Neiva by Mass Tandem Spectrometry in a Triple Quadrupole (TQD) system, with the Neobase™ kit for determination of small molecules in blood. Results. 5241 samples were analyzed for 44 acylcarnitines for amino acids and organic acids. For each analyte there was 3 to 5% high values (z-score > 3). The averages for both populations, normal and abnormal, differ to a significant level (p < 0.05). Discussion. Regional studies with models raised globally for the surveillance of CNCD, consider socio-demographic, somatometric and nutrition factors. The clinical laboratory is a source of information, through the monitoring of metabolic indicators. Demonstrated that the results of analysis of a molecule can be grouped and distributed according to an abnormal population whose average is an objective indicator. Conclusions. It is possible to use data from laboratory to monitor variation of an analyte, in order to apply it to the CNCD public health surveillance.

Determinación de la calidad bacteriológica del aire en un laboratorio de microbiología en la Universidad Distrital Francisco José de Caldas en Bogotá, Colombia

Objetivo. Determinar las bacterias del aire de un laboratorio de enseñanza de microbiología de la Universidad Distrital y así establecer la posibilidad de riesgo para la salud a la exponen los usuarios por la presencia de estos microorganismos. Métodos. Se tomaron muestras de aire por la técnica de sedimentación, se realizaron recuentos, y caracterización macroscópica y microscópica de las colonias. Después de aislamientos selectivos se llevó a cabo identificación por BD BBL Crystal. Resultados. Se obtuvo mayor recuento de bacterias Gram positivas que de Gram negativas. Se encontraron bacterias de los géneros Micrococcus, Staphylococcus, Leuconostoc, Bacillus, Corynebacterium, Pseudomonas, Yersinia, Serratia, Shigella, Klebsiella, Citrobacter y Acinetobacter. Los resultados mostraron que las bacterias identificadas no suponen riesgo elevado para la salud de los usuarios sanos, pero que es necesario implementar medidas para disminuir la carga bacteriana y disminuir posibles afecciones generales en la salud de sus ocupantes.

Objective. Determine airborne bacteria in a teaching laboratory of microbiology at the Distrital University and establish the bacteriological quality of air which users are exposed. Methods. Air samples were taken by sedimentation technique. The recovered colonies were counted, macroscopic and microscopic characterized and culture in selective media. The isolates were identifies by BD BBL Crystal. Results. It was found greater counts of gram-positive bacteria compared with Gram negative. It was identified bacteria of genus Micrococcus, Staphylococcus, Leuconostoc, Bacillus, Corynebacterium, Pseudomonas, Yersinia, Serratia, Shigella, Klebsiella, Citrobacter and Acinetobacter. The results showed that the bacteria identified do not present high risk to healthy of users, but it is necessary to implement measures to reduce the bacterial presence. Additionally, in this way decrease possible impact in general health of its occupants.