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Agronomía Colombiana

Print version ISSN 0120-9965

Abstract

GARCIA R, Ibonne Aydee; GONZALEZ S, Sandra Milena; MONTOYA C, Dolly  and  ARISTIZABAL, Fabio. Identificación in silico de marcadores SSR para genotipificar jardines clonales de Hevea sp. de Colombia. Agron. colomb. [online]. 2011, vol.29, n.3, pp.359-366. ISSN 0120-9965.

La rentabilidad del cultivo de caucho depende en gran medida de los genotipos establecidos en plantación, por lo tanto es necesario asegurar la identidad de los clones. Este trabajo tuvo como objetivo identificar clones comerciales de Hevea sp. mediante microsatélites. Se diseñaron primers a partir de secuencias reportadas en el Genbank con los programas Primer3, PrimerQuestSM y OlgoPerfectSM para amplificación por PCR de microsatélites. Los primers obtenidos se analizaron termodinámicamente mediante el programa Oligo Analizer 3.1 y se evaluaron experimentalmente sobre 12 clones de Hevea sp. Se seleccionaron 15 de 561 marcadores microsatélites con motivos de repetición de 2 y 3 pb y rangos de extensión entre 11 y 23 repeticiones. Los más informativos fueron: con siete alelos los microsatélites amplificados con lo primers SSRH103, SSRH134, SSRH510 y SSRH516, con ocho alelos los primers SSRH403. Cuatro marcadores micrlites fueron suficientes para discriminar diez de los 12 clones. El análisis de agrupamiento realizado con la totalidad de los marcadores sobre los clones evaluados, evidencia la estrecha base genética de los clones brasileños respecto a los asiáticos. Este trabajo aporta nuevos marcadores y se suma a los publicados por otros autores, para la identificación y estudios de diversidad de clones de caucho natural

Keywords : polimorfismo; marcadores moleculares; Hevea brasiliensis; SSR; clon; PCR; caucho natural.

        · abstract in English     · text in English     · English ( pdf )

 

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