Abstract

HERRERA, Juan-Carlos et al. Identificación y distribución cromosómica de secuencias relacionadas con retrotransposones del tipo copia en el genoma del café (Coffea L.). Agron. colomb. [online]. 2013, vol.31, n.3, pp.269-278. ISSN 0120-9965.

La presencia de retroelementos del tipo copia fue investigada en siete especies de café (Coffea sp.) incluida la especie cultivada Coffea arabica. El dominio conservado de la enzima transcriptasa reversa (RT ) propia de estos retrotransposones fue amplificada mediante PCR usando cebadores degenerados. Los fragmentos de aproximadamente 300 pb fueron secuenciados, obteniéndose 36 clones, 19 de los cuales fueron de buena calidad. Estos fueron traducidos a su secuencia proteica y comparados entre sí mediante alineamiento múltiple. Los resultados mostraron la presencia de dos grupos definidos: CRTG1 y CRTG2. La identidad de las secuencias al interior de los grupos varió entre 52 y 60% para CRTG1 y entre 74 y 85% para CRTG2. El alineamiento múltiple con secuencias de otras especies reveló alta homología del CRTG1 con secuencias RT presentes en las especies como Brassica napus, Populus ciliata y Picea abis. La hibridación in situ fluorescente (FISH) realizada con el fin de localizar estas secuencias en el genoma de C. arabica y sus dos especies ancestrales, reveló una distribución dispersa a lo largo de los cromosomas, con algunas zonas de mayor concentración. Esta información constituye una nueva evidencia sobre la presencia, conservación y estabilidad de este tipo de retroelementos en el genoma del café

Keywords : retrotransposones LTR; transcriptasa reversa; secuencias repetidas; hibridación in situ fluorescente.

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