Abstract

MUNOZ E, Daniel; GUTIERREZ S, Pablo  and  MARIN M, Mauricio. Detección y caracterización del genoma de aislamientos de Potato virus Y infectando papa (Solanum tuberosum L.) en La Unión (Antioquia, Colombia). Agron. colomb. [online]. 2016, vol.34, n.3, pp.317-328. ISSN 0120-9965.  https://doi.org/10.15446/agron.colomb.v34n3.59973.

El Potato virus Y (PVY) es uno de los virus más severos que afectan la producción de papa (Solanum tuberosum) en el mundo. Este trabajo presenta un análisis molecular detallado utilizando secuenciación de nueva generación (NGS), IC-RT-qPCR y RT-PCR, de aislamientos de PVY procedentes de tubérculo-semilla y tejido foliar de plantas de papa cv. Diacol-Capiro en el municipio de La Unión (Antioquia, Colombia). Las evaluaciones de incidencia de PVY utilizando IC-RT-qPCR en 15 muestras aleatorias de tres lotes, indican niveles vari ables de infección de este virus (13,4 a 80%), mientras que su ocurrencia fue muy alta (86,7%) en 15 muestras de brotes de tubérculo-semilla, con valores de Ct (ciclo umbral) tan bajos como 24,3. El ensamblaje del genoma viral obtenido a partir de una mezcla de muestras de tejido foliar, resultó en una secuencia consenso (PVY_LaUnionF) de 9.702 nt y 399 sitios polimórficos dentro del marco de lectura abierto (ORF) que codifica para la poliproteína. El genoma ensamblado a partir de la mezcla de brotes de tubérculo-semilla presentó un tamaño de 9.704 nt (PVY_LaUnionT) y tan sólo seis sitios polimórficos. Los análisis filogenéticos indican que los aislamientos procedentes de tejido foliar hacen parte del grupo recombinante de PVYNTN (porcentaje de identidad >99%), mientras que los aislamientos de brotes de tubérculos se ubicaron en el clado PVYN/NTN con porcentajes de identidad superiores al 95%. La secuenciación de Sanger de la cápside viral detectó una tercera variante re lacionada con PVYO, una raza con altos niveles de prevalencia en cultivos de papa del mundo.

Keywords : ELISA; genómica; potyvirus; virus de plantas; variantes..

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