Introducción:

El desempeño de la RT-qPCR para detectar SARS-CoV-2 varía porque los SNP en los sitios de cebadores/ sondas y las estructuras secundarias del ARN (en particular, los bucles de tallo en las UTR 5'/3') pueden obstaculizar la hibridación y la elongación de la polimerasa, alterando el Ct y la fluorescencia. Una solución desnaturalizante (DS; compuesta por cloruro de tetrametilamonio y dimetilsulfóxido) puede alterar estas estructuras y mejorar la detección.

Objetivo:

Evaluar el efecto de la SD en la eficiencia de la RT-qPCR para la detección de SARS-CoV-2 en muestras de saliva individuales o agrupadas de pacientes diagnosticados con COVID-19.

Metodología:

Se determinó in silico el patrón de hibridación entre los cebadores y sondas autorizados por el CDC (Centers for Disease Control and Prevention) respecto a la región consenso del gen N de SARS-CoV-2, además de generar su estructura secundaria para definir las posiciones variables. La validación de las RT-qPCR individuales y agrupadas con la SD se realizó con ARN total en 20 de 40 muestras de saliva positivas a SARS-CoV-2.

Resultados:

La región consenso del gen N1 de las variantes de SARS-CoV-2: Alfa, Beta, Delta, Gamma, GH490R, Lambda, Mu y Ómicron del año 2021, presentó más variaciones respecto a la región N2, no obstante, se localizaron dentro de las burbujas adyacentes a un tallo y en la región espaciadora. Las RT-qPCR individuales para las regiones N1 y N2 con SD no mostraron Cts estadísticamente significativos, sin embargo, estos disminuyeron, con una diferencia notable en la señal de fluorescencia, para la región N1 en las reacciones de RT-qPCR agrupadas.

Conclusión:

El procedimiento confirma la ventaja de la inclusión de la SD en la RT-qPCR para detectar SARS-CoV-2 en muestras de saliva.