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Ingeniería y competitividad

Print version ISSN 0123-3033

Abstract

BEDO, Oscar F.  and  TISCHER, Irene. Detección de homología remota de proteínas usando modelos 3D enriquecidos con propiedades fisicoquímicas. Ing. compet. [online]. 2015, vol.17, n.1, pp.75-84. ISSN 0123-3033.

En este artículo se presenta un nuevo método para la detección de homología remota llamado remote-3DP. El método remote-3DP se basa tanto en información 3D predicha como en las propiedades fisicoquímicas de los aminoácidos. El método considera tan sólo 10 modelos estructurales para representar una proteína y distinguir los homólogos remotos de los no remotos en 54 familias SCOP. La baja dimensionalidad de la representación permite usar diferentes técnicas de clasificación y descubrir cuál funciona mejor para cada familia. En este artículo, se muestra que al incluir una propiedad fisicoquímica junto con la información 3D en un elemento estructural local, de hecho mejora la exactitud de la detección de homología remota. El puntaje ROC para un conjunto de modelos que incluye el índice de hidropatía alcanza un puntaje de 0. 953 para el conjunto de datos SCOP 1.53. Además, se propone un modelo de ensamble que utiliza las salidas obtenidas para las 10 propiedades y así tomar una decisión consenso. La estrategia consenso alcanza un puntaje ROC de 0.963 sobre el conjunto de datos SCOP 1.53, sobrepasando los métodos actuales basados en la composición de la secuencia cuya exactitud varía de 0.87 a 0.92

Keywords : Clasificación; detección de homología remota; familia SCOP; modelos estructurales 3D propiedades fisicoquímicas.

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