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Tecnura

Print version ISSN 0123-921X

Abstract

CADAVID GUTIERREZ, Luis Fernando; PEREZ CASTILLO, José Nelson; ROJAS QUINTERO, Cristian Alejandro  and  VERA PARRA, Nelson Enrique. Automatización de la anotación funcional de genomas y transcriptomas. Tecnura [online]. 2014, vol.18, n.spe, pp.90-96. ISSN 0123-921X.  http://dx.doi.org/10.14483/udistrital.jour.tecnura.2014.DSE1.a08.

La anotación funcional es un medio para investigar y clasificar genes y transcritos de acuerdo con la función que realizan en un organismo dado. Este artículo presenta Massive Automatic Functional Annotation (MAFA - Web), la cual es una herramienta bioinformática libre y en línea que permite la automatización, unificación y automatización de los procesos de la anotación funcional, trabajando con grandes volúmenes de secuencias. MAFA incluye herramientas para la categorización y análisis estadístico de las asociaciones entre secuencias y su ontología correspondiente. Se ha evaluado el desempeño de MAFA con un set de datos tomado del transcriptoma de Diploria-Strigosa (usando un computador de 8 núcleos, específicamente un E7450 @ 2,40GHZ con 256GB de memoria RAM). Se encontraron tasas de procesamiento de 2,7 segundos por secuencia (usando la base de datos de Uniprot) y 50,0 segundos por secuencia (usando la base de datos Non-redundant de NCBI), junto con un patrón particular de uso de RAM que depende de la base de datos que es procesada (1GB para la base de datos Uniprot y 9GB para la base de datos Non-redundant). Disponibilidad: https://github.com/BioinfUD/MAFA.

Keywords : anotador; anotación funcional; ontología génica; secuenciación de alto rendimiento.

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