Abstract

CHALARCA-VELEZ, Julia Rosa  and  GAVIRIA, Duverney. Modelamiento por homología in silico de la quinoproteína glucosa deshidrogenasa unida a membrana en Pseudomonas fluorescens. Rev. acad. colomb. cienc. exact. fis. nat. [online]. 2020, vol.44, n.173, pp.1099-1112.  Epub July 06, 2021. ISSN 0370-3908.  https://doi.org/10.18257/raccefyn.1154.

Entre las aplicaciones del modelamiento por homología están la predicción de ligandos, el análisis de mutaciones, y las actividades catalíticas. Normalmente, el uso de varios moldes produce modelos más precisos en la medida en que capturan mejor las variantes estructurales entre todas las posibles conformaciones de las proteínas de una familia. El modelamiento comparativo es una estrategia útil cuando no se tiene información en las bases de datos y se quiere hacer un ensayo experimental relacionado con la estructura y el funcionamiento de una proteína. En el presente trabajo se analizó estructural y funcionalmente la quinoproteína glucosa deshidrogenasa unida a la membrana (membrane-bound PQQ-dependent glucose dehydrogenase, mGDH, PQQ mGDH) en Pseudomonas fluorescens, reconocida como un microorganismo promotor del crecimiento vegetal y una de cuyas funciones es la solubilización de fosfatos inorgánicos catalizados mediante PQQ mGDH. Esta es la primera enzima que participa en la oxidación directa de la glucosa transformando la D-glucosa a D-gluconato, proceso que es el inicio en la producción de ácidos orgánicos implicados en la solubilización de fosfatos inorgánicos. A pesar de la gran cantidad de estudios con esta enzima, no se ha reportado la determinación de su estructura tridimensional de la enzima quinoproteína glucosa deshidrogenasa (PQQ-GDH) en la bacteria P. fluorescens. En este estudio se comparó la secuencia de la proteína con las reportadas en las bases de datos para otras especies del género Pseudomonas y se propuso un modelo tridimensional de la enzima PQQ mGDH en P. fluorescens mediante el modelamiento por homología para caracterizar su estructura secundaria, el dominio catalítico, y el sitio de unión al cofactor pirroloquinolina quinona (PQQ), así como los dominios funcionales presentes en la proteína.

Keywords : Bioinformática; Modelamiento por homología; Quinoproteina.

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