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Revista EIA

versão impressa ISSN 1794-1237

Resumo

BEDOYA, Óscar. DETECCIÓN DE HOMÓLOGOS REMOTOS USANDO PROPIEDADES FISICOQUÍMICAS. Rev.EIA.Esc.Ing.Antioq [online]. 2017, n.27, pp.111-125. ISSN 1794-1237.

En este artículo se presenta un nuevo método para la detección de homólogos remotos en proteínas llamado CDA (Análisis de Distribución Característica). El método utiliza distribuciones de las propiedades fisicoquímicas de los aminoácidos para cada proteína. Dada una familia SCOP se calcula su correspondiente distribución característica promediando los valores de las distribuciones para las proteínas que la componen. La hipótesis en está investigación es que cada familia F tiene una distribución característica que permite diferenciar las secuencias del resto de las proteínas en el conjunto de datos. Debido a que existen muchas propiedades, alrededor de 554 en el AAindex, se seleccionó un conjunto de 72 índices para crear las distribuciones. Cada distribución característica se usa como un clasificador de familias SCOP. Por último, se utiliza una clasificador Bayesiano para combinar la información de los clasificadores individuales creados a partir de las distribuciones para llegar a una mejor decisión. Encontramos que cada familia tiene un conjunto de propiedades físicoquímicas que permiten una mejor discriminación de sus secuencias. El método CDA alcanza una tasa de Aciertos Positivos (TP) de 0,793, una tasa de Falsos Positivos (FP) de 0,005 y un puntaje ROC de 0,918. El método propuesto mejora la exactitud de algunas de las estrategias existentes tales como SVM-PCD y SVM-RQA.

Palavras-chave : Detección de homólogos remotos; Propiedades Fisicoquímicas; Familia SCOP.

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