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Revista EIA

versão impressa ISSN 1794-1237

Resumo

BEDOYA, Óscar. DETECÇÃO DE HOMÓLOGOS REMOTOS USANDO PROPRIEDADES FISICOQUÍMICAS. Rev.EIA.Esc.Ing.Antioq [online]. 2017, n.27, pp.111-125. ISSN 1794-1237.

Neste artigo apresenta-se um novo método para a detecção de homólogos remotos em proteínas chamado CDA (Análises de Distribuição Característica). O método utiliza distribuições das propriedades fisicoquímicas dos aminoácidos. Dada uma família SCOP calcula-se sua correspondente distribuição característica promediando os valores das distribuições para as proteínas que a compõem. A hipótese nesta investigação é que cada família F tem uma distribuição característica que permite diferenciar as sequências em F do resto de proteínas. Ao existir muitas propriedades, ao redor de 554 no AAindex, selecionou-se um conjunto de 72 índices para criar as distribuições. Cada distribuição característica usa-se como um classificador de famílias SCOP. Por último, utiliza-se um classificador Bayesiano para combinar a informação dos classificadores individuais criados a partir das distribuições. O método CDA atinge uma taxa de acertos positivos de 0,793, uma taxa de falsos positivos de 0,005 e uma pontuação ROC de 0,918. O método proposto melhora a exatidão de algumas das estratégias existentes tais como SVM-PCD e SVM-RQA.

Palavras-chave : detecção de homólogos remotos; família SCOP; propriedades fisicoquímicas.

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