Abstract

ARIAS-LOPEZ, Mauricio  and  VELASCO-MEDINA, Jaime. Implementação de hardware do algoritmo modificado Needleman-Wunsch usando uma arquitetura paralela. Rev. ing. biomed. [online]. 2018, vol.12, n.23, pp.53-62. ISSN 1909-9762.  https://doi.org/10.24050/19099762.n23.2018.1163.

Este artigo propõe um projeto de processador de alinhamento global de pares de cadeia de DNA. O bloco funcional principal do processador é uma matriz bidimensional paralela que permite cálculos simultâneos, reduzindo o tempo de processamento para a implementação do software. Neste trabalho, o hardware projetado executa o alinhamento de duas sequências de mais de 400 nucleótidos correspondente à proteína de transição 1 (Tnp1) do rato marrom e ao mouse comum. O algoritmo implementado é k-band, uma modificação do algoritmo de alinhamento global Needleman-Wunsch, onde os cálculos são feitos apenas nas diagonais da matriz, estabelecendo uma banda que pode ser de tamanho variável. As simulações do projeto proposto são realizadas usando K = 2, 4, 6, 8 e 10 bandas.

Keywords : Algoritmo Needleman-Wunsch; alinhamento global; matriz paralela; seqüências de DNA.

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