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<article-title xml:lang="es"><![CDATA[Expansión clónica y caracterización genómica del proceso de integración del virus linfotrópico humano tipo I en la leucemia/linfoma de células T en adultos]]></article-title>
<article-title xml:lang="en"><![CDATA[Clonal expansion and genomic characterization of the human T-cell lymphotropic virus type I during the integration process in adult T-cell leukemia/lymphoma]]></article-title>
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<abstract abstract-type="short" xml:lang="en"><p><![CDATA[Introduction. Although the integration of human T-cell lymphotropic virus type I into the T-cells is not a random process, the mechanistic details are not understood. Objectives. The characteristics of the flanking host chromatin were evaluated at the integration sites in adult T-cell leukaemia/lymphoma (ATLL) patients infected with the virus. Materials and methods. From seven leukemic Colombian patients positive for the human T-cell lymphotropic virus type I (HTLV-I), lymphocyte DNA samples were extracted and amplified by inverse polymerase chain reaction (IPCR). Clonal expansion and human genome nucleotide composition in an extension of 50 bp was determined. To establish the characteristics of the human genome flanking provirus, 61 IPCR sequences from Colombian and Japanese ATLL patients, were analyzed in silico to obtain insights about the genomic structure, functions and nature of associated chromatin. Results. The clonal expansion of cell clones was predominantly oligoclonal. From 61 IPCR sequences, 155 alignments with homology higher than 95% (e-value <0.05) were screened. Seventy-five percent of those sequences corresponded to non coding elements that include repetitive and non-repetitive DNA. Fifty percent of the proviral integrations were associated with chromosomes of A and B groups. Viral DNA integration tended to favor exons of genes that replicated early, controlled the cell cycle, or were involved in signal transduction. Conclusions. The results indicated that HTLV-I integration was preferentially directed towards genomic environments with high C:G content, and toward genes that replicate early, regulate cell cycle or involved with signal transduction.]]></p></abstract>
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</front><body><![CDATA[   <font face="verdana" size="2">ART&Iacute;CULO ORIGINAL     <p><font size="4">    <center><b>Expansi&oacute;n cl&oacute;nica y caracterizaci&oacute;n gen&oacute;mica del proceso de integraci&oacute;n del virus linfotr&oacute;pico humano tipo I en la leucemia/linfoma de c&eacute;lulas T en adultos</b></center></font></p>     <p>    <center>Mercedes Salcedo-Cifuentes<sup>1</sup>, Jes&uacute;s Cabrera<sup>1,2</sup>, Yesid Cuesta-Astroz<sup>1</sup>, Edwin Carrascal<sup>3</sup>, Yoshito Eizuru<sup>4</sup>, Martha C. Dom&iacute;nguez<sup>1</sup>, Adalberto S&aacute;nchez<sup>1</sup>, Felipe Garc&iacute;a-Vallejo<sup>1</sup></center></p>     <p><sup>1</sup> Laboratorio de Biolog&iacute;a Molecular y Patog&eacute;nesis, Departamento de Ciencias Fisiol&oacute;gicas, Facultad de   Salud, Universidad del Valle, Cali, Colombia</p>     <p><sup>2 </sup>Facultad de Ciencias, Universidad de Nari&ntilde;o, Pasto, Colombia</p>     <p><sup>3  </sup>Departamento de Patolog&iacute;a, Facultad de Salud, Universidad del Valle, Cali, Colombia</p>     <p><sup>4  </sup>Center for Chronic Viral Diseases, Faculty of Medicine, Kagoshima University, Kagoshima, Japan</p>     <p>Recibido: 25/03/08; aceptado:11/12/08</p>   <hr size="1">     ]]></body>
<body><![CDATA[<p><b>Introducci&oacute;n.</b> Aunque la integraci&oacute;n del virus linfotr&oacute;pico humano tipo I no es al azar, se desconocen muchos de los detalles de este proceso.</p>     <p><b>Objetivo.</b> Evaluar las caracter&iacute;sticas de la cromatina celular adyacente a secuencias provirales en pacientes con leucemia/linfoma de c&eacute;lulas T en adultos asociada al virus.</p>     <p><b>Materiales y m&eacute;todos.</b> Se extrajo el ADN de biopsias de siete pacientes colombianos con leucemia/linfoma de c&eacute;lulas T en adultos y positivos para el virus linfotr&oacute;pico humano tipo I. &Eacute;ste se amplific&oacute; mediante reacci&oacute;n inversa en cadena de la polimerasa, para determinar el grado de expansi&oacute;n cl&oacute;nica y su composici&oacute;n de nucle&oacute;tidos. A partir de 61 secuencias de ADN humano adyacentes a provirus, provenientes de pacientes leuc&eacute;micos colombianos y japoneses, se efectu&oacute; un an&aacute;lisis <i>in silico</i> para obtener datos sobre su integraci&oacute;n, las caracter&iacute;sticas de la cromatina y sus funciones asociadas.</p>     <p><b>Resultados.</b> La expansi&oacute;n de clones celulares fue predominantemente oligocl&oacute;nica. De las 61 secuencias de ADN adyacente a provirus, se seleccionaron 155 alineamientos que cumplieron con los criterios de inclusi&oacute;n (homolog&iacute;as&ge;95%, e-value&le;0,05). De &eacute;stos, 74,84% fueron secuencias no codificantes repetidas y no repetidas. El<b> </b>45,95% de las integraciones provirales se localiz&oacute; en los cromosomas de los grupos A y B. Se observaron tendencias de integraci&oacute;n hacia exones de genes que se replican tempranamente, regulan el ciclo celular y participan en la transducci&oacute;n de se&ntilde;ales.</p>     <p><b>Conclusiones.</b> Los resultados permiten postular que la integraci&oacute;n del virus linfotr&oacute;pico humano tipo I se dirigir&iacute;a hacia un ambiente gen&oacute;mico caracterizado por elevado contenido de C:G, genes de replicaci&oacute;n temprana que regular&iacute;an el ciclo celular y la transducci&oacute;n de se&ntilde;ales.</p>     <p><b>Palabras clave:</b> integraci&oacute;n viral, virus linfotr&oacute;pico de c&eacute;lulas T humanas tipo 1, leucemia/linfoma de c&eacute;lulas T en adultos, reacci&oacute;n en cadena de la polimerasa, genoma humano, biolog&iacute;a computacional.</p>   <hr size="1">     <p><font size="3">    <center><b>Clonal expansion and genomic characterization of the human T-cell lymphotropic virus type I during the integration process in adult T-cell leukemia/lymphoma</b></center></font></p>     <p><b>Introduction.</b> Although the integration of human T-cell lymphotropic virus type I into the T-cells is not a random process, the mechanistic details are not understood.</p>     <p><b>Objectives. </b>The characteristics of the flanking host chromatin were evaluated at the integration sites in adult T-cell leukaemia/lymphoma (ATLL) patients infected with the virus.</p>     ]]></body>
<body><![CDATA[<p><b>Materials and methods.</b> From seven leukemic Colombian patients positive for the human T-cell lymphotropic virus type I (HTLV-I), lymphocyte DNA samples were extracted and amplified by inverse polymerase chain reaction (IPCR). Clonal expansion and human genome nucleotide composition in an extension of 50 bp was determined. To establish the characteristics of the human genome flanking provirus, 61 IPCR sequences from Colombian and Japanese ATLL patients, were analyzed in silico to obtain insights about the genomic structure, functions and nature of associated chromatin.</p>     <p><b>Results.</b> The clonal expansion of cell clones was predominantly oligoclonal. From 61 IPCR sequences, 155 alignments with homology higher than 95% (e-value &lt;0.05) were screened. Seventy-five percent of those sequences corresponded to non coding elements that include repetitive and non-repetitive DNA. Fifty percent of the proviral integrations were associated with chromosomes of A and B groups. Viral DNA integration tended to favor exons of genes that replicated early, controlled the cell cycle, or were involved in signal transduction.</p>     <p><b>Conclusions.</b> The results indicated that HTLV-I integration was preferentially directed towards genomic environments with high C:G content, and toward genes that replicate early, regulate cell cycle or involved with signal transduction.</p>     <p><b>Key words:</b> Virus integration, human T-lymphotropic virus 1; leukaemia-lymphoma, adult T-cell; polymerase chain reaction; genome, human; computational biology.     <BR> </p>   <hr size="1">     <p>El virus linfotr&oacute;pico humano tipo I (HTLV-I) fue el primer retrovirus humano descubierto (1) y su infecci&oacute;n es de distribuci&oacute;n mundial. Los datos epidemiol&oacute;gicos recientes muestran que hay, aproximadamente, 25 millones de personas infectadas, con focos end&eacute;micos en Jap&oacute;n, el Caribe, algunas zonas de &Aacute;frica Central, Centroam&eacute;rica y Suram&eacute;rica (2). En Colombia se registran seroprevalencias del 1% al 2%, aunque en algunas zonas del Pac&iacute;fico y de la regi&oacute;n Caribe alcanzan valores de 7,5% y 10%, respectivamente (2-4).</p>     <p>La infecci&oacute;n por este retrovirus se asocia con una amplia gama de manifestaciones cl&iacute;nicas que van desde infecciones asintom&aacute;ticas hasta alteraciones linfoproliferativas y neurol&oacute;gicas (1). Entre &eacute;stas se incluye un tipo de c&aacute;ncer poco com&uacute;n, conocido como leucemia/linfoma de c&eacute;lulas T en adultos (5). Esta hemopat&iacute;a maligna se caracteriza por una expansi&oacute;n de poblaciones de c&eacute;lulas T, cuyo fenotipo es CD3+, CD4+ y CD8-, CD25+, HLA-DR+ (5,6).</p>     <p>A pesar del gran volumen de evidencias experimentales sobre la participaci&oacute;n del virus en el proceso de transformaci&oacute;n maligna de c&eacute;lulas T, existen todav&iacute;a preguntas sin contestar, principalmente en lo que respecta a los mecanismos celulares y moleculares que contribuir&iacute;an a la g&eacute;nesis de la leucemia que se presenta despu&eacute;s de un largo periodo de latencia de la infecci&oacute;n viral. </p>     <p>En este sentido, los estudios recientes aportan datos de que el HTLV-I, en general, tiende a integrarse en regiones cromos&oacute;micas espec&iacute;ficas, sensibles al tratamiento con ADNasa, asociadas con zonas de cromatina interf&aacute;sica relajada (7), ricas en islas CpG (8-10), ubicadas en las bandas R (11,12), y que contienen una alta densidad de genes (13). Se postula que, como resultado de la interacci&oacute;n de las caracter&iacute;sticas gen&oacute;micas del hu&eacute;sped (7,14,15) y de factores virales (16), se seleccionar&iacute;an ambientes gen&oacute;-micos espec&iacute;ficos para la integraci&oacute;n, en donde cambios gen&eacute;ticos y epigen&eacute;ticos contribuir&iacute;an en el desarrollo de la leucemia (17).</p>     <p>Como otros virus, el HTLV-I tiene un gran potencial para dirigir la maquinaria de transcripci&oacute;n celular hacia su replicaci&oacute;n y la producci&oacute;n de su progenie viral (17). Se ha postulado que la prote&iacute;na Tax, producto de expresi&oacute;n viral con efecto oncog&eacute;nico, es necesaria pero no suficiente para la transformaci&oacute;n tumoral de los linfocitos T. Los estudios recientes indican que algunas prote&iacute;nas accesorias del genoma viral podr&iacute;an estar determinando la progresi&oacute;n del estado asintom&aacute;tico al sintom&aacute;tico, participando en una serie de etapas intermedias del proceso neopl&aacute;sico que alterar&iacute;an, entre otros, el ciclo celular de la c&eacute;lula hu&eacute;sped (16,18,19).</p>     ]]></body>
<body><![CDATA[<p>Aunque la infecci&oacute;n por HTLV-I es un importante problema de salud p&uacute;blica en Colombia, se desconoce la prevalencia de la leucemia/linfoma de c&eacute;lulas T en adultos asociada. Esto se debe a que no es rutinario, entre el grupo de cl&iacute;nicos, hacer un diagn&oacute;stico serol&oacute;gico para la infecci&oacute;n en los casos confirmados de leucemia/linfoma de c&eacute;lulas T en adultos (20). </p>     <p>En este estudio se analiz&oacute; la  presencia del provirus HTLV-I en biopsias ganglionares y en c&eacute;lulas mononucleares de sangre perif&eacute;rica de 75 pacientes colombianos con diagn&oacute;stico de leucemia, que ingresaron al Hospital Universitario del Valle &quot;Evaristo Garc&iacute;a&quot; entre 1998 y 2003. En las muestras positivas para el HTLV-I se logr&oacute; confirmar la expansi&oacute;n cl&oacute;nica. Se caracteriz&oacute; el ADN adyacente a las puntos de integraci&oacute;n del provirus del HTLV-I mediante un estudio <i>in silico</i> de 28 secuencias del genoma humano que se encuentran al lado de los sitios de integraci&oacute;n proviral, provenientes de pacientes con leucemia/linfoma colombianos y 33 secuencias de origen japon&eacute;s. </p>     <p>Los hallazgos corroboraron la presencia de clones de c&eacute;lulas tumorales y permitieron concluir que en esta enfermedad, la integraci&oacute;n del HTLV-I no es al azar. Las regiones blanco de integraci&oacute;n se asociaron con secuencias ricas en GC que definen un ambiente gen&oacute;mico rico en genes localizados en regiones de cromatina de replicaci&oacute;n temprana, que intervienen en el ciclo celular y la transducci&oacute;n de se&ntilde;ales de la c&eacute;lula hospedera.</p>     <p><b>Materiales y m&eacute;todos</b></p>     <p><b><i>Pacientes y muestras</i></b></p>     <p>Se incluyeron biopsias ganglionares de 73 pacientes que ingresaron al Hospital Universitario &quot;Evaristo Garc&iacute;a&quot; de Cali entre 1998 y 2003, con diagn&oacute;stico cl&iacute;nico de leucemia. Estas biopsias, embebidas en parafina, fueron remitidas al Departamento de Patolog&iacute;a de la Universidad del Valle, en Cali, para su revisi&oacute;n y diagn&oacute;stico histopatol&oacute;gico de leucemia/linfoma de c&eacute;lulas T en adultos. De las muestras incluidas, 66,7% eran de hombres y 33,3% de mujeres, con un rango de edades entre 5 y 88 a&ntilde;os (media=42,5). De cada uno de los casos, se obtuvieron datos relacionados con la condici&oacute;n patol&oacute;gica y pruebas de laboratorio, as&iacute; como el origen geogr&aacute;fico, los cuales se consignaron en la historia cl&iacute;nica existente. Adem&aacute;s, se estudiaron dos muestras de c&eacute;lulas mononucleares de sangre perif&eacute;rica de dos pacientes leuc&eacute;micos diagnosticados serol&oacute;gicamente como portadores del HTLV-I.</p>     <p>El acceso a las muestras de tejido y a las de sangre recolectadas a los individuos con diagn&oacute;stico de leucemia y serolog&iacute;a positiva para HTLV-I (leucemia/linfoma de c&eacute;lulas T en adultos/HTLV-I), se realiz&oacute;, luego, de la aprobaci&oacute;n por parte del Comit&eacute; de &Eacute;tica de la Universidad del Valle, as&iacute; como el del Hospital Universitario &quot;Evaristo Garc&iacute;a&quot; (21).</p>     <p><b><i>Extracci&oacute;n del ADN</i></b></p>     <p>El ADN de los tejidos embebidos en parafina se obtuvo siguiendo las instrucciones del estuche comercial EX-WAX<sup>&reg;</sup> especialmente dise&ntilde;ado para tejidos parafinados (<i>Chemicon Internacional</i>, Temecula, CA). Para dos casos de leucemia, a partir de sangre completa, mediante gradientes de Ficoll Hipaque, se obtuvieron c&eacute;lulas mononucleares de sangre perif&eacute;rica (22). El ADN se extrajo utilizando el estuche <i>WizardGenomic DNA Purification</i><sup>&reg;</sup> (Promega, Madison, WI). El grado de pureza y la concentraci&oacute;n del ADN extra&iacute;do se evalu&oacute; por espectrofotometr&iacute;a.</p>     <p><b><i>Hibridaci&oacute;n de ADN</i></b></p>     ]]></body>
<body><![CDATA[<p>Una al&iacute;cuota de 10 ng/ml de cada uno de los ADN extra&iacute;dos se inmoviliz&oacute; en membranas de nailon. Fueron colocados, de forma independiente en posiciones registrables sobre la membrana, con ayuda de un equipo para transferir por vac&iacute;o. El ADN se fij&oacute; a la membrana mediante irradiaci&oacute;n con luz ultravioleta en un aparato de entrecruzado de luz ultravioleta (<i>Stratalinker</i> <i>UV Crosslinker</i>&reg;, Stratagene, Santa Clara, CA), de acuerdo con las condiciones recomendadas por el fabricante. Posteriormente, las membranas, se incubaron durante 16 horas con la mezcla apropiada de hibridaci&oacute;n.</p>     <p>Como sonda se utiliz&oacute;  el pl&aacute;smido pMT2, el cual conten&iacute;a la secuencia de ADN completa del HTLV-I de la cepa de referencia MT2 (23). Esta sonda se marc&oacute; no radiactivamente con digoxigenina-dUTP, usando el estuche comercial <i>DIG DNA Labeling and Detection</i> (Boehringer Mannheim, Germany), siguiendo un protocolo ajustado en el laboratorio a partir del m&eacute;todo de Feinberg <i>et al.</i> (24). Despu&eacute;s de la hibridaci&oacute;n, la membrana se someti&oacute; a varios procesos de lavado y posterior revelado siguiendo el protocolo del estuche comercial; para ello se us&oacute; una pel&iacute;cula de rayos X de alto contraste (<i>Cronex</i>&reg; 10T, Agfa). &Eacute;sta se expuso en la oscuridad sobre la membrana hibridada durante tiempos variables. Despu&eacute;s del proceso de revelado, aquellas muestras que presentaban una mancha negra correspondiente a la se&ntilde;al de hibridaci&oacute;n en la pel&iacute;cula, se clasificaron como positivas para la presencia del ADN proviral del HTLV-I. Como control interno de hibridaci&oacute;n, se utiliz&oacute; una sonda comercial de b-globina.</p>     <p><b><i>Amplificaci&oacute;n del ADN de las secuencias LTR y del gen tax del HTLV-I </i></b></p>     <p>Los ADN de las diferentes muestras incluidas en este trabajo se sometieron a un proceso de PCR anidada con oligonucle&oacute;tidos cebadores espec&iacute;ficos para el gen<i> tax</i> y la regi&oacute;n LTR que fueron sintetizados a partir de las secuencias de nucle&oacute;tidos correspondientes de la cepa de referencia ATK1 (23). Los oligonucle&oacute;tidos cebadores corresponden a secuencias de nucle&oacute;tidos de tama&ntilde;o variable, sintetizadas qu&iacute;micamente. Todas las reacciones de la PCR anidada se realizaron siguiendo las condiciones de reacci&oacute;n previamente descritas (25). </p>     <p>El proceso completo incluy&oacute; una primera amplificaci&oacute;n de la regi&oacute;n del gen <i>tax</i> con los oligonucle&oacute;tidos cebadores externos PXO1+, 5&#39;-TCGAAACAGCCCTGCAGATA-3&#39;(7257-7276) y PXO2-, 5&#39;-TGAGCTTATAGATTTGTCTTCA-3&#39;(8447-8467). Un segundo ciclo de amplificaci&oacute;n se llev&oacute; a cabo con los cebadores internos PXI1+, 5&#39;-ATACAAAGTTAACCATGCTt-3&#39;(7274-7293) y PXI3 5&#39;-AGACGTCAGAGCCTTAGTCT-3 (8374-8393). Con el uso de los cebadores internos se buscaba incrementar la especificidad y la sensibilidad de la segunda amplificaci&oacute;n.</p>     <p>Para amplificar la regi&oacute;n LTR, se utilizaron los oligonucle&oacute;tidos cebadores externos LTRO1<sup>+</sup>,5&#39;-ACCATGAGCCCCAAATATCCCCC-3&#39;(9-31) Y LTRO2<sup>-</sup>, 5&#39;-TCGTATCCCGGACGAGCCCCCA-A-3&#39;(757-746) en una primera ronda de PCR; en la segunda ronda se emplearon los cebadores internos LTRI1<sup>+</sup> , 5&#39;-AGACTAAGGCTCTGACGT-CTCCC-3&#39;(97-119) y LTRI2<sup>-</sup>, 5&#39;-AATTTCTCT-CCTGAGAGTGCT-3&#39;(722-746). Las condiciones de amplificaci&oacute;n fueron similares a las aplicadas para la amplificaci&oacute;n de la regi&oacute;n Tax.</p>     <p><b><i>Amplificaci&oacute;n del ADN gen&oacute;mico por PCR inversa</i></b></p>     <p>La amplificaci&oacute;n de secuencias de ADN celular adyacentes el provirus HTLV-I se efectu&oacute;  siguiendo un protocolo ya descrito (26,27) con modificaciones menores (28). Todo el proceso incluy&oacute; las siguientes etapas: una digesti&oacute;n inicial del ADN extra&iacute;do con AluI, que reconoce los sitios de restricci&oacute;n localizados en la regi&oacute;n U5 de los LTR, uno interno dentro del gen <i>gag </i>del provirus, otro en la regi&oacute;n U5 del extremo 5&#39;LTR y otros externos localizados en el genoma del hospedero. Una segunda etapa incluy&oacute; un proceso de autoligaci&oacute;n de los extremos cohesivos de cada uno de los fragmentos obtenidos en la etapa anterior, usando la enzima ADN ligasa del fago T4. En una tercera etapa, los fragmentos autoligados se sometieron a digesti&oacute;n con SstII, endonucleasa de restricci&oacute;n que reconoce espec&iacute;ficamente un sitio de corte dentro del gen <i>gag</i> del provirus; mediante este tratamiento se conservaron los anillos de ADN que conten&iacute;an porciones de genoma del hu&eacute;sped m&aacute;s un fragmento de la regi&oacute;n U5 del LTR proviral. </p>     <p>Despu&eacute;s de una etapa de calentamiento a 93Â°C por 30 minutos, los c&iacute;rculos relajados fueron amplificados por PCR. Los oligonucle&oacute;tidos cebadores fueron sintetizados a partir de secuencias espec&iacute;ficas de la regi&oacute;n U5 del provirus HTLV-I. Previamente a los ciclos de amplificaci&oacute;n por PCR, la muestra fue sometida a desnaturalizaci&oacute;n t&eacute;rmica en las condiciones antes descritas. Como oligonucle&oacute;tidos cebadores de la PCR se emplearon el HTVL-009, 5&#39;-AAGCCGGCAGTCAGTCGTGA-3&#39; (8946-8927) y el HTLV-010, 5&#39;-AAGTACCGGCAACTCTG-CTG-3&#39; (8958-8977). El alineamiento de los cebadores se llev&oacute; a cabo a 52Â°C por 30 segundos, seguido de una etapa de extensi&oacute;n a 72Â°C por 90 segundos. El n&uacute;mero de ciclos de amplificaci&oacute;n PCR inversa fue de 35 en total.</p>     <p>Todos los productos de la PCR inversa se separaron, de acuerdo con su tama&ntilde;o molecular, en pares de bases, mediante electroforesis en geles de agarosa al 2%. La visualizaci&oacute;n de las bandas de ADN se registr&oacute; por la fluorescencia del bromuro de etidio unido al ADN. El grado de expansi&oacute;n cl&oacute;nica y el n&uacute;mero de clones se calcularon por conteo directo sobre el gel del n&uacute;mero de bandas de ADN de los amplicones IPCR; cada banda representaba un clon celular.</p>     ]]></body>
<body><![CDATA[<p><b><i>Protocolos de clonaci&oacute;n y secuenciaci&oacute;n</i></b></p>     <p>Los fragmentos de ADN obtenidos por PCR inversa, se eluyeron de los geles de agarosa usando el estuche comercial <i>QIAEX II Gel Extraction</i>&reg; (Qiagen, Valencia, CA). Los fragmentos de ADN eluidos se ligaron al sitio Hind III del pl&aacute;smido vector pCR2.1, previamente alineado con la misma enzima. Los pl&aacute;smidos recombinantes se transformaron en c&eacute;lulas de <i>Escherichia coli,</i> cepa DH5Î±, siguiendo las instrucciones del estuche comercial <i>TA Cloning System</i>&reg; (<i>In VitroGen</i>, Carisbad, CA). Los recombinantes obtenidos por extracci&oacute;n de ADN en lisis alcalina, se digirieron con EcoR I para liberar el fragmento de ADN celular clonado. En total, se obtuvieron 28 clones por PCR inversa del HTLV-I en los pacientes colombianos con diagn&oacute;stico de leucemia/linfoma. El ADN celular clonado se secuenci&oacute; empleando el m&eacute;todo de secuenciaci&oacute;n c&iacute;clica en un secuenciador ABI PRISM 310; (<i>PE Applied Biosystems</i>, Norwalk, CONN).</p>     <p><b><i>Obtenci&oacute;n de secuencias por PCR inversa de pacientes leucemia/linfoma de c&eacute;lulas T en adultos del Jap&oacute;n </i></b></p>     <p>Mediante b&uacute;squeda en la base mundial de datos <i>GenBank</i> (<A href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/" target=_blank>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/</A>), se seleccionaron 33 secuencias de PCR inversa, provenientes de pacientes japoneses con diagn&oacute;stico confirmado de leucemia/linfoma de c&eacute;lulas T en adultos/HTLV-I<sup>+</sup>, depositadas por Ozawa <i>et al.</i>, cuyos c&oacute;digos de acceso van del AB114357 al AB114390 (29).</p>     <p><b><i>Alineamientos y asignaci&oacute;n de secuencias por PCR inversa</i></b></p>     <p>Con el fin de eliminar la contaminaci&oacute;n de porciones de secuencias LTR virales, las 61 secuencias por PCR inversa incluidas en este trabajo se analizaron mediante el programa de Vector Screen de acceso p&uacute;blico (<A href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/vecscreer/vecscree.html).Las"  target=_blank>www.ncbi.nlm.nih.gov/vecscreer/vecscree.html).Las</A> secuencias de nucle&oacute;tidos ya editadas se alinearon, utilizando el programa Blast-N (<A href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/" target=_blank>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/</A>) con porciones de ADN humano. Para este estudio se utilizaron solamente aquellas secuencias con grados de homolog&iacute;a &ge;95% (e-value &le;0,05). Los tama&ntilde;os de &eacute;stas variaron de 50 a 1.000 pb.</p>     <p>La localizaci&oacute;n cromos&oacute;mica, los genes anotados, los elementos repetidos y otras caracter&iacute;sticas de la cromatina adyacente a los provirus HTLV-I (orientaci&oacute;n, proceso biol&oacute;gico en el que intervienen, funci&oacute;n molecular y ubicaci&oacute;n celular), se llevaron a cabo utilizando las herramientas computacionales disponibles en la p&aacute;gina web del <i>National Center for Biotechnology Information </i>(NCBI) de los Estados Unidos, y en la base de datos del <i>Genome Browser</i> de la Universidad de California en Santa Cruz (<A href="http://genome.ucsc.edu/"  target=_blank>http://genome.ucsc.edu/</A>).</p>     <p>Adem&aacute;s, se complement&oacute;  con informaci&oacute;n anotada en las bases de datos <i>Gencard</i> (<A  href="http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl"  target=_blank>http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl</A>); <i>Gene Entrez</i> (<A href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ncbi/gene-entrez"  target=_blank>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ncbi/gene-entrez</A>) y <i>Gene Ontology</i> (GO) (<A href="http://www.geneontology.org/index.shtml"  target=_blank>http://www.geneontology.org/index.shtml</A>).</p>     <p>Los an&aacute;lisis estad&iacute;sticos se realizaron utilizando el paquete Stata, versi&oacute;n 8.0 (30). Las diferencias entre la composici&oacute;n de nucle&oacute;tidos de las secuencias adyacentes a los sitios de integraci&oacute;n se establecieron mediante la prueba t de Student. Las diferencias estad&iacute;sticas entre el tipo de secuencia adyacente al ADN proviral y la frecuencia de estas secuencias en el genoma humano seg&uacute;n Venter <i>et al</i>. (31), y las del IHGSC-2001 (<i>International Human Genome Sequencing Consortium</i>) (32), se calcularon con la prueba de ji al cuadrado, en donde un valor de <i>p</i>&lt;0,05 fue considerado como estad&iacute;sticamente significante. La correlaci&oacute;n entre el tama&ntilde;o del cromosoma y el n&uacute;mero de integraciones se estableci&oacute; mediante el coeficiente ro de Spearman.<i> </i>La correlaci&oacute;n entre el n&uacute;mero de integraciones y la relaci&oacute;n del tiempo de replicaci&oacute;n, se determin&oacute; mediante un an&aacute;lisis de correlaci&oacute;n lineal R de acuerdo con los datos de obtenidos por Woodfine <i>et al</i>. (12) (<a href="#figura1">figura 1</a>).</p>     <p>    ]]></body>
<body><![CDATA[<center><a name="figura1"><img src="img/revistas/bio/v29n2/2a07g1.jpg"></a></center></p>     <p><b>Resultados</b></p>     <p><b><i>Casos colombianos de leucemia/linfoma de c&eacute;lulas T en adultos positivos para HTLV-I</i></b></p>     <p>Las caracter&iacute;sticas generales de los casos de leucemia/linfoma de c&eacute;lulas T en adultos/HTLV-I<sup>+</sup> seg&uacute;n los hallazgos del estudio se resumen en el cuadro 1. Los resultados de la hibridaci&oacute;n en Southern usando como sonda el pMT2 y los de la PCR anidada del gen <i>tax </i>y LTR del provirus, permitieron clasificar 8% (6/75) de las muestras como leucemia/linfoma de c&eacute;lulas T en adultos/HTLV-I<sup>+</sup> (<a href="#cuadro1">cuadro 1</a>). Solamente Col-leu-2189 no mostr&oacute; se&ntilde;al de hibridaci&oacute;n; sin embargo, en &eacute;sta se logr&oacute; amplificar tanto sus secuencias LTR como las del gen <i>tax</i>, por lo cual fue incluida como positiva para el virus en los estudios posteriores.</p>     <p><b><i>Expansi&oacute;n cl&oacute;nica y composici&oacute;n de nucle&oacute;tidos</i></b></p>     <p>    <center><a name="cuadro1"><img src="img/revistas/bio/v29n2/2a07t1.gif"></a></center></p>     <p>De los siete pacientes colombianos con leucemia/linfoma de c&eacute;lulas T en adultos/HTLV-I<sup>+</sup> estudiados en este trabajo, cinco mostraron un bajo nivel de expansi&oacute;n cl&oacute;nica que correspondi&oacute; a un n&uacute;mero de clones menor de 10 (<a href="#figura2">figura 2</a>). En dos casos, Col-leu-2189 y Col-leu-220, se observ&oacute; un patr&oacute;n de expansi&oacute;n monocl&oacute;nica (<a href="#figura2">figura 2</a>). El promedio del n&uacute;mero de amplicones por PCR inversa en los pacientes colombianos fue de 5,8, con un rango de 1 a 10, cuyos tama&ntilde;os variaron entre 50 y 1.000 pb.</p>     <p>    <center><a name="figura2"><img src="img/revistas/bio/v29n2/2a07i1.jpg"></a></center></p>     ]]></body>
<body><![CDATA[<p>El porcentaje de los cuatro nucle&oacute;tidos en una regi&oacute;n de 50 pb del ADN celular vecino a los sitios de integraci&oacute;n del provirus HTLV-I fue de 24,7% A, 19,6% T, 28,6% G y 2,5% C (<a href="#figura3">figura 3</a>). El promedio de contenido de G:C en el ADN celular de los flancos de los pacientes con leucemia/linfoma de c&eacute;lulas T en adultos/HTLV-I<sup>+</sup> fue 56,1&plusmn;12,9%; &eacute;ste fue estad&iacute;sticamente significativo con respecto al promedio tomado de 600 secuencias al azar del genoma humano (42,2&plusmn;6,3%) (p&lt;0,05).</p>     <p>    <center><a name="figura3"><img src="img/revistas/bio/v29n2/2a07g2.jpg"></a></center></p>     <p><b><i>Asignaci&oacute;n cromos&oacute;mica de las secuencias por PCR inversa</i></b></p>     <p>Los alineamientos de secuencias por PCR inversa con las bases de datos incluidas en este trabajo, se iniciaron en agosto y finalizaron en noviembre de 2007. Para los an&aacute;lisis posteriores, se consider&oacute; una ventana de apertura de 100 a 200 kpb. En estas condiciones, se obtuvieron 155 <i>hits</i> con homolog&iacute;as &ge;95%, que es consideraba como estad&iacute;sticamente significante (e-value &le;0,05). Los <i>hits</i> incluyeron secuencias de ADN codificantes (37/155) y secuencias repetitivas (116/155). El 45,95% (17/37) de las integraciones se localizaron en regiones del ex&oacute;n del genoma. En 21 de estos genes, la integraci&oacute;n, ocurri&oacute; en la cadena positiva, en la direcci&oacute;n correcta de transcripci&oacute;n.</p>     <p>Los resultados mostraron una mayor tendencia de eventos de integraci&oacute;n hacia cromosomas con relaciones de tiempos de replicaci&oacute;n mayores que 1,5 (los cuales se consideran como de replicaci&oacute;n temprana) (12) y en regiones cromos&oacute;micas con alto contenido C:G (<a href="#figura4">figura 4</a>). El mayor n&uacute;mero de eventos de integraci&oacute;n se registr&oacute; en los cromosomas grandes y medianos de los grupos A, B y C (ro de Spearman,<i> p&gt;0,05</i>). En las muestras incluidas<sup> </sup>en este trabajo, no se registraron provirus en los cromosomas 7, 9, 13, 15, 19, 21, X y Y (<a href="#figura3">figura 3</a>). La distribuci&oacute;n cromos&oacute;mica de estos provirus, mostr&oacute; una tendencia a concentrarse en regiones telom&eacute;ricas y subcentrom&eacute;ricas, sin diferencias significativas en esta distribuci&oacute;n, seg&uacute;n el tipo de secuencia codificante o no codificante (<a href="#figura4">figura 4</a>). Esta asignaci&oacute;n cromos&oacute;mica de provirus HTLV-I fue semejante en las secuencias tanto de pacientes colombianos como de japoneses (p&gt;0,05).</p>     <p>    <center><a name="figura4"><img src="img/revistas/bio/v29n2/2a07i2.jpg"></a></center></p>     <p><b><i>Ambiente gen&oacute;mico de las zonas adyacentes a los provirus</i></b></p>     <p>El 74,84% (116/155) de los alineamientos ocurrieron en porciones no codificantes del genoma humano, mientras que el 25,16% (39/155) correspondieron a genes anotados en las bases <i>Gene Entrez</i> y <i>Genecard</i> (<a href="#cuadro2">cuadro 2</a>).</p>     ]]></body>
<body><![CDATA[<p>    <center><a name="cuadro2"><img src="img/revistas/bio/v29n2/2a07t2.gif"></a></center></p>     <p>De acuerdo con el grado de repetici&oacute;n, 56,04% (65/116) correspondieron a secuencias SINE y transposones y elementos retrovirales (<a href="#figura5">figura 5</a>a). Al compararse el porcentaje de esta distribuci&oacute;n con aqu&eacute;llas reportadas por Venter <i>et al. </i>(31), y el <i>International Human Genome Sequencing Consortium</i> (IHGSC) (32) para el total del genoma humano, se observaron diferencias estad&iacute;sticamente significativas (p&lt;0,05) (<a href="#cuadro2">cuadro 2</a>). Adem&aacute;s, la comparaci&oacute;n del porcentaje del total de genes del genoma (31,32), en relaci&oacute;n con la frecuencia de aquellos genes localizados en los sitios de integraci&oacute;n proviral, tambi&eacute;n mostr&oacute; diferencias estad&iacute;sticamente significativas (p&lt;0,05).</p>     <p>Los genes identificados en los sitios de integraci&oacute;n, se clasificaron seg&uacute;n el proceso biol&oacute;gico en el que intervienen, la funci&oacute;n molecular y la ubicaci&oacute;n subcelular. En relaci&oacute;n con el proceso biol&oacute;gico, los m&aacute;s frecuentes (25/37) correspondieron a genes reguladores del ciclo celular, de transducci&oacute;n de se&ntilde;ales y de regulaci&oacute;n de la expresi&oacute;n de otros genes (<a href="#figura5">figura 5</a>b). De acuerdo con su funci&oacute;n celular, fueron m&aacute;s frecuentes los genes con funciones receptoras, de uni&oacute;n a mol&eacute;culas y factores de transcripci&oacute;n (<a href="#figura5">figura 5</a>c). En el 37,84% (14/37) de los genes identificados con el estudio <i>in silico, </i>sus productos g&eacute;nicos se localizan en el n&uacute;cleo (<a href="#figura5">figura 5</a>d).</p>     <p>    <center><a name="figura5"><img src="img/revistas/bio/v29n2/2a07g3.jpg"></a></center></p>     <p>Una caracterizaci&oacute;n m&aacute;s detallada que incluy&oacute; el <i>locus</i> cromos&oacute;mico, sitio exacto de integraci&oacute;n dentro del gen, y la orientaci&oacute;n de transcripci&oacute;n de la cadena, se presentan en el <a href="#cuadro3">cuadro 3</a>.</p>     <p>    <center><a name="cuadro3"><img src="img/revistas/bio/v29n2/2a07t3.gif"></a></center></p>     <p><b>Discusi&oacute;n</b></p>     ]]></body>
<body><![CDATA[<p>Aunque la infecci&oacute;n por el HTLV-I en Colombia es un problema importante de salud p&uacute;blica, su asociaci&oacute;n con hemopat&iacute;as ha sido poco explorada. Los datos de prevalencia obtenidos de la cohorte incluida en este estudio, proveniente de una instituci&oacute;n universitaria de salud de nivel 3, mostraron una prevalencia de 8,8% de positividad para el HTLV-I; &eacute;ste es el primer reporte epidemiol&oacute;gico en el suroccidente colombiano, en un tama&ntilde;o de muestra significativo, en donde se confirma, mediante estudios moleculares directamente efectuados sobre tejido tumoral y c&eacute;lulas mononucleares de sangre perif&eacute;rica, la presencia de secuencias provirales (LTR y tax) en pacientes con diagn&oacute;stico cl&iacute;nico de leucemia/linfoma. Solamente en un reporte previo se determin&oacute; la presencia del retrovirus a partir de muestras de linfocitos de sangre perif&eacute;rica en casos aislados de leucemia de pacientes colombianos (33).</p>     <p>La existencia de un bajo n&uacute;mero de expansi&oacute;n oligocl&oacute;nica en las muestras estudiadas, as&iacute; como un alto contenido de C:G en una regi&oacute;n de 50 pb del genoma humano adyacentes a provirus HTLV-I, concuerdan con resultados previos obtenidos por otros autores (34,35). Sin embargo, es importante destacar que este tipo de hallazgo ha sido muy frecuentemente reportado en muestras de sangre, a diferencia de los resultados obtenidos en este estudio en el que se efectu&oacute; tanto en sangre como en biopsias ganglionares.</p>     <p>Un aspecto interesante de este trabajo fue el haber determinado que el mayor n&uacute;mero de integraciones ocurri&oacute; en el 71,9% del total de la cromatina celular (31), involucrando los cromosomas de gran tama&ntilde;o; este resultado coincide con los de Doi <i>et al.</i> (36) y Hanai <i>et al.</i> (37), en los que se referencia la asignaci&oacute;n cromos&oacute;mica. Utilizando cromosomas artificiales con tama&ntilde;os variables (0,5 a 1,6 Mbp), se ha demostrado que cuando disminuye el tama&ntilde;o cromos&oacute;mico se incrementa la relaci&oacute;n de p&eacute;rdidas de ADN y, por lo tanto, se compromete la estabilidad del cromosoma (38). Con base en estas evidencias experimentales, y a la luz de los resultados obtenidos en este trabajo, se podr&iacute;a proponer que la integraci&oacute;n proviral del HTLV-I es favorecida por una estabilidad mit&oacute;tica, la cual ser&iacute;a dependiente del tama&ntilde;o del cromosoma blanco de integraci&oacute;n.</p>     <p>Las caracter&iacute;sticas de la composici&oacute;n de la cromatina adyacente a los sitios de integraci&oacute;n, se comportan como variables; el contenido de G:C (4,8-11,39,40), la densidad de islas CpG (11,13), la densidad de genes (13,15), los tiempos de replicaci&oacute;n (12,14,15) y eventos de recombinaci&oacute;n y mutaci&oacute;n (17,41,42) de porciones de cromatina que est&aacute;n constantemente sometidas a procesos de remodelaci&oacute;n por eventos epigen&eacute;ticos (17,42,43), constituyeron el microambiente gen&oacute;mico asociado con una mayor concentraci&oacute;n de integraciones provirales identificadas en este trabajo. Una posible explicaci&oacute;n a este hecho debe incluir el estado de conformaci&oacute;n de la cromatina en el momento de la integraci&oacute;n. Trabajos previos (44-47) han puesto de manifiesto la importancia de la estructura de la cromatina en la integraci&oacute;n retroviral, puesto que una conformaci&oacute;n m&aacute;s relajada aumentar&iacute;a la accesibilidad de los complejos remodeladores de la cromatina que regular&iacute;an la integraci&oacute;n retroviral (45).</p>     <p>Se ha identificado previamente que las secuencias SINE-Alu act&uacute;an como promotores alternos para la expresi&oacute;n de genes (42,48). La gran frecuencia de integraciones dentro de elementos repetidos tipo SINE, reportada en este trabajo, podr&iacute;a explicar las alteraciones en la expresi&oacute;n de genes asociados con el ciclo celular, la transducci&oacute;n de se&ntilde;ales y la regulaci&oacute;n de la expresi&oacute;n de genes, situaciones previamente reportadas en los procesos leucomog&eacute;nicos.</p>     <p>En general, los resultados de este trabajo presentan indicios muy s&oacute;lidos que sustentan una integraci&oacute;n retroviral, no al azar. Algunas caracter&iacute;sticas estructurales y funcionales, promover&iacute;an eventos de integraci&oacute;n preferencial hacia regiones de cromatina sometidas a un intenso proceso de remodelaci&oacute;n por mecanismos epigen&eacute;ticos; &eacute;stos condicionar&iacute;an la topolog&iacute;a del ambiente gen&oacute;mico apropiado para la integraci&oacute;n. Como efecto de este proceso se alterar&iacute;a la homeostasis celular, promoviendo el desarrollo de la neoplasia.</p>     <p>    <center><b>Agradecimientos</b></center></p>     <p>A todos los pacientes con leucemia/linfoma de c&eacute;lulas T en adultos/HTLV-I<sup>+</sup> incluidos en este estudio quienes, mediante su colaboraci&oacute;n, permitieron ampliar el conocimiento de la leucemia/linfoma de c&eacute;lulas T en adultos en el contexto de la infecci&oacute;n por HTLV-I en Colombia.</p>     <p>    ]]></body>
<body><![CDATA[<center><b>Conflictos de inter&eacute;s</b></center></p>     <p>Los investigadores declaran que no existe ning&uacute;n tipo de conflicto de intereses con respeto a los resultados de esta investigaci&oacute;n.</p>     <p>    <center><b>Financiaci&oacute;n</b></center></p>     <p>Este trabajo se realiz&oacute;  en el marco de un proyecto de Colciencias (contrato RC-542-2002), cofinanciado por la Universidad del Valle, el Ministerio de Cultura y Educaci&oacute;n del Jap&oacute;n y la Universidad de Kagoshima; adem&aacute;s, con recursos proporcionados por la Vicerrector&iacute;a de Investigaciones de la Universidad del Valle bajo el acta de trabajo y compromiso 1576 del 2008.</p>     <p>Correspondencia: Felipe Garc&iacute;a-Vallejo, Laboratorio de Biolog&iacute;a Molecular y Patog&eacute;nesis, Departamento de Ciencias Fisiol&oacute;gicas, Facultad de Salud, Universidad del Valle, Calle 4b No.36-00, Edificio de Microbiolog&iacute;a, oficina 226, Cali, Colombia. Tel&eacute;fono: (572) 518 5601; fax: (572) 5542468 <a href="mailto:labiomol@gmail.com">labiomol@gmail.com</a></p>     <p>    <center><b>Referencias</b></center></p>     <!-- ref --><p>1. <b>Poiesz BJ, Ruscetti FW, Gadzar AF, Bunn PA, Minna JD, Gallo RC.</b> Detection and isolation of type C retrovirus particles from fresh and cultured lymphocytes of a patient with cutaneous T-cell lymphoma. Proc Natl Acad Sci USA. 1980;77:7415-9.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000111&pid=S0120-4157200900020000700001&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>2. <b>Edlich RF, Arnette JA, Williams FM.</b> Global epidemic of human T-cell lymphotropic virus type-I (HTLV-I). J Emerg Med. 2000;18:109-19.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000112&pid=S0120-4157200900020000700002&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>3. <b>Quintana M, Villalobos J, Dom&iacute;nguez M, Tamayo O, Garc&iacute;a-Vallejo F.</b> Estudio de la seroprevalencia de la infecci&oacute;n por los virus linfotr&oacute;picos humanos (HTLV) I y II en poblaciones del departamento de C&oacute;rdoba, Colombia. Colombia M&eacute;dica. 2004;35:22-30.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000113&pid=S0120-4157200900020000700003&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>4. <b>Garc&iacute;a-Vallejo F.</b> Caracterizaci&oacute;n molecular y gen&oacute;mica del proceso de integraci&oacute;n del provirus del virus linfotropico humano (HTLV) tipo I. Rev Acad Colomb Cienc. 2006;30:155-70.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000114&pid=S0120-4157200900020000700004&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>5. <b>Yoshida M, Seiki M, Yamaguchi K, Takatsuki K.</b> Monoclonal integration of human T-cell leukemia provirus in all primary tumors of adult T-cell leukemia suggests causative role of human T-cell leukemia virus in the disease. Proc Natl Acad Sci USA.1984;81:2534-7.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000115&pid=S0120-4157200900020000700005&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>6. <b>Yoshida M.</b> Multiple viral strategies of HTLV-1 for dysregulation of cell growth control. Annu Rev Immunol. 2001;19:475-96.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000116&pid=S0120-4157200900020000700006&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>7. <b>Leclerq I, Mortreux F, Gabet AS, Jonson CB, Wattel E.</b> Basis of HTLV type I site selection. AIDS Res Hum Retroviruses. 2000;16:1653-9.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000117&pid=S0120-4157200900020000700007&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>8. <b>Zoubak S, Richardson J, Rynditch AV, Hollsberg P, Hafler DA, Boeri E, <i>et al</i>.</b> Regional specificity of HTLV-I proviral integration in the human genome. Gene. 1994;143:155-63.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000118&pid=S0120-4157200900020000700008&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>9. <b>Glukhova LA, Zoubak SV, Rynditch AV, Miller GG, Titova IV, Vorovyeva N, <i>et al</i>.</b> Localization of HTLV-1 and HIV-1 proviral sequences in chromosomes of persistently infected cells. Chromosome Res.1999;7:177-83.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000119&pid=S0120-4157200900020000700009&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>10. <b>Richarsond JH, Rose NJ, Mann S,</b> <b>Ferguson-Smith M,</b> <b>Lever AM.</b> Chromosomal positioning of human T-lymphotropic type I proviruses by fluorescent in situ hybridisation. J Virol Methods. 2001;93 65-74.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000120&pid=S0120-4157200900020000700010&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>11. <b>Saccone S, De Sario A, Wiegant J, Raap AK, Della-Valle G, Bernardi G. </b>Correlations between isochores and chromosomal bands in the human genome. Proc Natl Acad Sci USA. 1993;90:11929-33.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000121&pid=S0120-4157200900020000700011&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>12. <b>Woodfine K, Fiegler H, Beare DM, Collins JE, McCann OT, Young BD, <i>et al</i>.</b> Replication timing of the human genome. Hum Mol Genet. 2004;13:191-202.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000122&pid=S0120-4157200900020000700012&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>13. <b>Saccone S, CacciÃ² S, Kusuda J, Andreozzi L, Bernardi G.</b> Identification of the gene-richest bands in human chromosomes. Gene. 1996;174:85-94.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000123&pid=S0120-4157200900020000700013&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>14. <b>Kim MA, Johannsmann R, Grzeschik KH.</b> Giemsa staining of the sites replicating DNA early in human lymphocyte chromosomes. Cytogenet Cell Genet. 1975;15:363-71.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000124&pid=S0120-4157200900020000700014&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>15. <b>Federico C, Saccone S, Bernardi G.</b> The gene-richest bands of human chromosomes replicate at the onset of the S-phase. Cytogenet Cell Genet. 1998;80:83-8.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000125&pid=S0120-4157200900020000700015&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>16. <b>Albrecht B, Lairmore MD.</b> Critical role of human T-lymphotropic virus type 1 accessory proteins in viral replication and pathogenesis. Microbiol Mol Biol Rev. 2002;66:396-406.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000126&pid=S0120-4157200900020000700016&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>17. <b>Yasunaga JI, Matsuoka M.</b> Human T-cell leukemia virus type I induces adult T-cell leukemia: From clinical aspects to molecular mechanisms. Cancer Control. 2007;14:133-40.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000127&pid=S0120-4157200900020000700017&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>18. <b>Albrecht B, Collins ND, Burrinstom MT, Nisbet JW, Ratner L, Green PL, <i>et al</i>.</b> Human T-lymphotropic virus type I open reading frame I p12(I) is required for efficient viral infectivity in primary lymphocytes. J Virol. 2000;74:9828-35.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000128&pid=S0120-4157200900020000700018&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>19. <b>Bindhu M, Nair A, Lairmore MD. </b>Role of accessory proteins of HTLV-1 in viral replication, T cell activation, and cellular gene expression. Front Biosci. 2004;9: 2556-76.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000129&pid=S0120-4157200900020000700019&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>20. <b>Carrascal E, Cort&eacute;s A, Akiba S, Tamayo O, Qui&ntilde;&oacute;nez F, Flor&eacute;z L, <i>et al</i>.</b> Epidemiolog&iacute;a y patolog&iacute;a de la leucemia/linfoma de c&eacute;lulas T del adulto en Cali y el suroccidente colombiano. Colombia M&eacute;dica. 2004;35:12-7.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000130&pid=S0120-4157200900020000700020&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>21. <b>Rep&uacute;blica de Colombia. Ministerio de Salud.</b> Por la cual se establecen las normas cient&iacute;ficas, t&eacute;cnicas y administrativas para la investigaci&oacute;n en salud Resoluci&oacute;n No 008430 de octubre 4 de 1993. Bogot&aacute;: Ministerio de Salud; 1993.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000131&pid=S0120-4157200900020000700021&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>22. <b>Sambrook J, Fritzch EF, Maniatis T.</b> Molecular cloning. A laboratory manual. New York: Ed. Cold Spring Harbor Press; 1989.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000132&pid=S0120-4157200900020000700022&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>23. <b>Seiki M, Hattori S, Hirayama Y, Yoshida M.</b> Human adult T-cell leukemia virus: complete nucleotide sequence of the provirus genome integrated in leukemia cell DNA. Proc Natl Acad Sci USA. 1983;80:3618-22.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000133&pid=S0120-4157200900020000700023&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>24. <b>Feinberg AP, Vogelstein B.</b> Technique for radiolabeling of restriction endonuclease fragments. Anal Biochem. 1983;132:6-13.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000134&pid=S0120-4157200900020000700024&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>25. <b>Miyoshi I, Kubonishi I, Yoshimoto S, Akagi T, Ohtsuki Y, Shiraishi Y, <i>et al</i>.</b> Type C virus particles in a cord T-cell line derived by co-cultivating normal human cord leukocytes and human leukaemic T cells. Nature.1981;294:770-1.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000135&pid=S0120-4157200900020000700025&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>26. <b>Takemoto S, Matsuoka M, Yamaguchi K, Takatsuki K.</b> A novel diagnostic method of adult T-cell leukemia: Monoclonal integration of human T-cell lymphotropic virus type I provirus DNA detected by inverse polymerase chain reaction. Blood. 1994;84:3080-5.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000136&pid=S0120-4157200900020000700026&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>27. <b>Cavrois M, Gessain A, Wain-Hobson S, Wattel E.</b> Proliferation of HTLV-I infected circulating cells in vivo in all asymptomatic carries and patients with TSP/HAM. Oncogen. 1996;12:2419-23.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000137&pid=S0120-4157200900020000700027&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>28. <b>Cabrera J, Garc&iacute;a-Vallejo F.</b> Aumento del n&uacute;mero de amplicones obtenidos por IPCR en el ADN de personas seropositivas para HTLV-I afectadas con PET/HAM. Colombia M&eacute;dica. 2000;31:169-75.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000138&pid=S0120-4157200900020000700028&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>29. <b>Ozawa T, Itoyama T, Sadamori N, Yamada Y, Hata T, Tomonaga M, <i>et al</i>.</b> Rapid isolation of viral integration site reveals frequent integration of HTLV-1 into expressed loci. J Hum Genet. 2004;49:154-29.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000139&pid=S0120-4157200900020000700029&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>30. <b>STATA CORP.</b> Stata Statistical Software: Release 8.0. College Station TX: Stata Corporative; 2000.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000140&pid=S0120-4157200900020000700030&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>31. <b>Venter JC, Adams MD, Myers EW, Li PW, Mural RJ, Sutton GG, <i>et al</i>.</b> The sequence of the human genome. Science. 2001;291:1304-51.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000141&pid=S0120-4157200900020000700031&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>32. <b>International Human Genome Sequencing Consortium.</b> Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature. 2001;409:860-921.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000142&pid=S0120-4157200900020000700032&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>33. <b>Blank A.</b> Adult T-cell leukemia/lymphoma in southwest Colombia. En: HTLV, truths and questions. Cali: Edit Zaninovic; 1996. p. 266-71.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000143&pid=S0120-4157200900020000700033&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>34. <b>Wattel E, Vartanian JP, Pannetier CH, Wain-Hobson S.</b> Clonal expansi&oacute;n of human T-cell leukemia and symptomatic carries without malignancy. J. Virol. 1995;69:2863-8.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000144&pid=S0120-4157200900020000700034&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>35. <b>Wattel E, Cavrois, Gessain MA, Wain-Hobson S.</b> Clonal expansion of infected cells â€“a way of life for HTLV-I. J Acquir Immune Defic Syndr Hum Retrovirol. 1996;13(Supl.1):92-9.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000145&pid=S0120-4157200900020000700035&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>36. <b>Doi K, Wu X, Taniguchi Y, Yasunaga J, Satou Y, Okayama A, <i>et al</i>.</b> Preferential selection of human T-cell leukemia virus type I provirus integration sites in leukemic versus carrier status. Blood. 2005;106:1048-53.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000146&pid=S0120-4157200900020000700036&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>37. <b>Hanai S, Nitta T, Shoda M, Tanaka M</b>, <b>Iso N</b>, <b>Mizoguchi I, <i>et al</i>.</b> Integration of human T-cell leukemia virus type 1 in genes of leukemia cells of patients with adult T-cell leukemia. Cancer Sci. 2004;95:306-10.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000147&pid=S0120-4157200900020000700037&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>38. <b>Spence JM, Mills W, Mann K, Huxley C, Farr CJ.</b> Increased missegregation and chromosome loss with decreasing chromosome size in vertebrate cells. Chromosoma. 2006;115:60-74.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000148&pid=S0120-4157200900020000700038&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>39. <b>Leclercq I, Mortreux F, Cavrois M, Leroy A, Gessain A, Wain-Hobson S, <i>et al</i>.</b> Host sequences flanking the human T-cell leukemia virus type 1 provirus <i>in vivo</i>. J Virol. 2000;74:2305-12.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000149&pid=S0120-4157200900020000700039&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>40. <b>Oliver JL, Carpena P, Rom&aacute;n-Rolat&aacute;n R, Mata-Balaguer T, Mejias-Romero A, Hackenberg M, <i>et al</i>.</b> Isochore chromosome maps of the human genome. Gene. 2002;300:117-27.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000150&pid=S0120-4157200900020000700040&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>41. <b>Lengauer C, Kinzler KW, Vogelstein B.</b> Genetic instabilities in human cancers. Nature. 1998; 396:643-9.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000151&pid=S0120-4157200900020000700041&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>42. <b>Pavl&iacute;cek A, Jabbari K, Paces J, Paces V, Hejnar J, Bernardi G.</b> Similar integration but different stability of Alus and LINEs in the human genome. 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