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<article-title xml:lang="es"><![CDATA[Análisis de transferencia horizontal de genes en ensayos de biorremediación con grasas recalcitrantes]]></article-title>
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<abstract abstract-type="short" xml:lang="en"><p><![CDATA[Using microorganisms as a tool for mineralising organic pollutants is a practice which has begun to gain strength due to its efficiency and low cost. Horizontal gene transfer (HGT) by conjugation is important for optimising bioremediation processes. The metabolic diversity of catabolic pathways must thus be studied; however, the microbial interactions occurring in bioremediation consortia must also be understood. This will lead to improving bioremediation in the field. This study was aimed at evaluating HGT potential in vitro and in soil microcosms from bacterial strains isolated from grease samples obtained from a disposal site situated in the Cerrejon coal mine. The isolates were initially grouped by selective markers: ampicillin, chloramphenicol, gentamicin, tetracycline and kanamycin. The Vlf4, Ot3, Ot6, Pgt4, Blf11 and Vlf13 strains’ HGT potential was evaluated in vitro on Luria-Bertani LB agar. New phenotypes were obtained from mating between Vlf13xOt6 and Pgt4xOt6. The new phenotype indicated resistance to both antibiotic markers and its morphology suggested that isolate Ogt6 was the receptor in both cases. Vlf13, Pgt4 and Ot6 parental strains were identified by RNAr 16S as being Pseudomonas sp. Pseudomonas sp. and Chryseobacterium sp., respectively; the transconjugants were identified as being Chryseobacterium sp. Soil microcosms were subsequently constructed with Vlf13xOt6 and Pgt4xOt6 and new phenotypes were detected at a lower rate but having the same possible receptor. These results suggested that the selected isolates had HGT potential which could lead to formulating a bacterial consortium having an adaptive advantage in future studies.]]></p></abstract>
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</front><body><![CDATA[   <font face="verdana" size="2">     <p align=right><font face="verdana" size="2"><b>ART&Iacute;CULO DE INVESTIGACI&Oacute;N</b></font></p>      <p><font size="3"><b>An&aacute;lisis de transferencia horizontal de genes en ensayos de biorremediaci&oacute;n con grasas recalcitrantes</b></font></p> </p>      <p><font size="2">Analysing horizontal gene transfer in bioremediation trials using recalcitrant grease</b></font></p>      <p><i>Catalina Rozo<sup>1</sup>, Jenny Duss&aacute;n<sup>2</sup></i></p> <hr>      <p><sup>1</sup>Microbi&oacute;loga, Centro de Investigaciones Microbiol&oacute;gicas (CIMIC), Universidad de los Andes, Bogot&aacute;,  Colombia.  <a href="mailto:cata-roz@uniandes.edu.co">cata-roz@uniandes.edu.co</a>      <p><sup>2</sup>Microbi&oacute;loga, M.Sc., Ph.D., Directora del Centro Investigaciones Microbiol&oacute;gicas, Profesora Asociada Departamento de Ciencias Biol&oacute;gicas, Universidad de los Andes, Bogot&aacute;, Colombia.  <a href="mailto:jdussan@uniandes.edu.co">jdussan@uniandes.edu.co</a>  Recibido: agosto 26 de 2009 Aprobado: junio 23 de 2010  <hr>      <p><b>Resumen</b></p>       <p>El empleo de microorganismos como herramienta para la mineralizaci&oacute;n de contaminantes org&aacute;nicos es una pr&aacute;ctica que ha tomado mucha fuerza gracias a su eficiencia y bajo costo. La transferencia horizontal v&iacute;a conjugaci&oacute;n de genes es un requerimiento b&aacute;sico para optimizar procesos de biorremediaci&oacute;n, por esta raz&oacute;n, adem&aacute;s de conocer la diversidad metab&oacute;lica es fundamental entender las interacciones que ocurren en una comunidad bacteriana para potenciar los procesos de biorremediaci&oacute;n en campo.</p>       <p>En este estudio se busca evaluar el potencial de transferencia horizontal (TH), tanto <i><i>in vitro</i></i> como en microcosmos de suelo, de aislamientos de bacterias obtenidas de un pasivo ambiental de grasas provenientes de la explotaci&oacute;n carbon&iacute;fera del Cerrej&oacute;n. Inicialmente se agruparon los aislamientos de acuerdo con sus patrones de resistencia a antibi&oacute;ticos: ampicilina, cloramfenicol, gentamicina, tetraciclina y kanamicina. El potencial de TH de las cepas Vlf4, Ot3, Ot6, Pgt4, Blf11 y Vlf13 fue evaluado <i>in vitro</i> en medio s&oacute;lido Luria-Bertani (LB) donde se obtuvieron nuevos fenotipos a partir de los cruces Vlf13xOt6 y Pgt4xOt6, el nuevo fenotipo indica resistencia a los dos marcadores (amp<sup>R</sup>, kan<sup>R</sup>) y su morfolog&iacute;a sugiere que el receptor, en los dos casos, es la cepa Ot6. Los parentales Vlf13, Pgt4 y Ot6 fueron identificados por amplificaci&oacute;n del gen RNAr 16S como <i><i>Pseudomonas sp</i>., <i>Pseudomonas sp</i>. y <i>Chryseobacterium sp</i>.</i>, respectivamente, y los transconjugantes como <i>Chryseobacterium sp</i>. Posteriormente, estos dos cruces fueron sometidos a ensayos de transferencia horizontal en microcosmos de suelos, donde se hizo evidente nuevamente la presencia de TH a una menor tasa.</p>       ]]></body>
<body><![CDATA[<p>Los resultados obtenidos indican la posibilidad de un potencial de transferencia horizontal de genes entre los aislamientos seleccionados, dando lugar a la probabilidad de formular en futuros estudios un consorcio de bacterias que demuestran tener esta ventaja adaptativa.</p>       <p><b>Palabras clave</b>: conjugaci&oacute;n, trasnconjugantes, replica plating.</p>       <p><b>Abstract</b></p>       <p>Using microorganisms as a tool for mineralising organic pollutants is a practice which has begun to gain strength due to its efficiency and low cost. Horizontal gene transfer (HGT) by conjugation is important for optimising bioremediation processes. The metabolic diversity of catabolic pathways must thus be studied; however, the microbial interactions occurring in bioremediation consortia must also be understood. This will lead to improving bioremediation in the field.</p>       <p>This study was aimed at evaluating HGT potential <i>in vitro</i> and in soil microcosms from bacterial strains isolated from grease samples obtained from a disposal site situated in the Cerrejon coal mine. The isolates were initially grouped by selective markers: ampicillin, chloramphenicol, gentamicin, tetracycline and kanamycin. The Vlf4, Ot3, Ot6, Pgt4, Blf11 and Vlf13 strains’ HGT potential was evaluated <i>in vitro</i> on Luria-Bertani LB agar. New phenotypes were obtained from mating between Vlf13xOt6 and Pgt4xOt6. The new phenotype indicated resistance to both antibiotic markers and its morphology suggested that isolate Ogt6 was the receptor in both cases. Vlf13, Pgt4 and Ot6 parental strains were identified by RNAr 16S as being <i>Pseudomonas sp</i>. <i>Pseudomonas sp</i>. and <i>Chryseobacterium sp</i>., respectively; the transconjugants were identified as being <i>Chryseobacterium sp</i>. Soil microcosms were subsequently constructed with Vlf13xOt6 and Pgt4xOt6 and new phenotypes were detected at a lower rate but having the same possible receptor.</p>       <p>These results suggested that the selected isolates had HGT potential which could lead to formulating a bacterial consortium having an adaptive advantage in future studies.</p>       <p><b>Key words</b>: Conjugation, transconjugant, replica plating.</p>  <hr>     <p><b>Introducci&oacute;n</b></p>       <p>Las bacterias consiguen un nivel adecuado de diversidad gen&eacute;tica empleando mecanismos de transferencia horizontal de genes. El <i>pool</i> de genes extracromosomales est&aacute; constantemente disponible para la poblaci&oacute;n de bacterias ambientales. Los genes pertenecientes a este <i>pool</i> se mantienen en pocas c&eacute;lulas dentro de la poblaci&oacute;n consumiendo de esta manera poca energ&iacute;a, y cuando que se presenta un cambio o una presi&oacute;n selectiva que favorece alg&uacute;n gen en particular este se extiende r&aacute;pidamente al resto de la poblaci&oacute;n (Sobecky y Coombs, 2009). Uno de los ejemplos m&aacute;s dram&aacute;ticos es el r&aacute;pido aumento en la resistencia a antibi&oacute;ticos. No obstante, existen casos en los que la transferencia horizontal puede ser utilizada para nuestro beneficio como en los genes que codifican para la degradaci&oacute;n de compuestos xenobi&oacute;ticos (Llosa y De la Cruz, 2005).</p>       <p>La transferencia horizontal de genes entre diferentes especies y g&eacute;neros de bacteria en ambientes naturales es muy com&uacute;n. Existen tres mecanismos de transferencia: transformaci&oacute;n, transducci&oacute;n y conjugaci&oacute;n. El mecanismo de transducci&oacute;n consiste en el intercambio de genes entre dos bacterias mediante un bacteri&oacute;fago. La transferencia por transformaci&oacute;n es el proceso mediante el cual las bacterias atrapan ADN libre, algunas son naturalmente transformables (Wolska, 2003). Aunque este mecanismo juega un papel importante en el ambiente no es tan com&uacute;n como la conjugaci&oacute;n. Esta &uacute;ltima es la m&aacute;s extensa y la que m&aacute;s contribuye al <i>pool</i> de transferencia horizontal en procariotas (Llosa y De la Cruz, 2005), y consiste en la transferencia de material gen&eacute;tico por contacto c&eacute;lulac&eacute;lula de una bacteria donante a una receptora mediante una maquinaria de conjugaci&oacute;n que usualmente esta codificada a nivel plasm&iacute;dico (Panicker <i>et al</i>., 1985). La conjugaci&oacute;n, adem&aacute;s de ser el mecanismo encargado de transferir genes de resistencia a antibi&oacute;ticos, tambi&eacute;n es responsable de la distribuci&oacute;n de genes para la degradaci&oacute;n de contaminantes org&aacute;nicos, es por eso que la presencia de donantes heter&oacute;logos eficientes en poblaciones bacterianas puede acelerar los procesos de transferencia de pl&aacute;smidos y asimismo el proceso de adaptaci&oacute;n bacteriana a los cambios ambientales llevando a tener tratamientos de biorremediaci&oacute;n m&aacute;s eficientes (Wolska, 2003).</p>       ]]></body>
<body><![CDATA[<p>El estudio de la TH de genes, ya sea por conjugaci&oacute;n o por otro mecanismo, en microcosmos de suelo es de gran importancia. La propagaci&oacute;n de organismos gen&eacute;ticamente modificados y la adquisici&oacute;n de resistencia a antibi&oacute;ticos han generado gran inter&eacute;s en la comunidad cient&iacute;fica dando lugar al estudio de las interacciones entre bacterias en diversos h&aacute;bitats. Asimismo, la TH de genes en suelos es un elemento clave para la evoluci&oacute;n y ecolog&iacute;a microbiana. En este orden de ideas, se torna interesante la posibilidad de aplicar genes catab&oacute;licos a suelos contaminados como estrategia de bioaumentaci&oacute;n para poder estimular el potencial de biodegradaci&oacute;n de &aacute;reas contaminadas. Los microcosmos son una alternativa para estudiar este tipo de interacciones ya que pueden ser f&aacute;cilmente elaborados y controlados en el laboratorio dando una aproximaci&oacute;n de lo que puede suceder in situ (Hill y Top, 1998).</p>       <p>Han pasado ya casi 30 a&ntilde;os desde que se empez&oacute; a investigar la degradaci&oacute;n de contaminantes org&aacute;nicos con bacterias capaces de metabolizar compuestos tales como tolueno y naftaleno (Springael y Top, 2004). A lo largo del tiempo la biorremediaci&oacute;n ha tomado cada vez m&aacute;s fuerza entre las t&eacute;cnicas de remoci&oacute;n de contaminantes de cuerpos de agua y de suelos, ya que ha mostrado ser la m&aacute;s eficiente, econ&oacute;mica y a la vez amigable con el ambiente (Diplock <i>et al</i>., 2009). Se han estudiado a fondo todos los factores que afectan los procesos de biorremediaci&oacute;n para poder potenciarlos y hacerlos m&aacute;s eficientes (Farhadian <i>et al</i>., 2008). Entre estos factores se han estudiado diversas rutas catab&oacute;licas y los pl&aacute;smidos en las que se ubican (Jussila <i>et al</i>., 2007). Sin embargo, poco se sabe sobre las interacciones microbianas que se dan en los biotratamientos y c&oacute;mo estas pueden mejorar el proceso. La posibilidad de estudiar la transferencia horizontal de genes y utilizarla como herramienta para potenciar los procesos de biorremediaci&oacute;n es muy prometedora. Es por eso que en este estudio se pretende detectar THG, empleando antibi&oacute;ticos como marcadores de selecci&oacute;n, tanto en ensayos <i>in vitro</i> como en microcosmos de tierra.</p>       <p><b>Materiales y m&eacute;todos</b></p>       <p><b>Soluciones y medios de cultivo</b></p>       <p>Las muestras fueron procesadas en medio m&iacute;nimo de sales (MMS) disuelto en agua destilada est&eacute;ril: KH2PO4 0,5 g/l, NH4Cl 1 g/l, Na2- SO4 2 g/l, KNO3 2 g/l, CaCl2·6H2O 0,001 g/l, MgSO4·7H2O 1 g/l, FeSO4 0.0004 g/l. Para las presiones de selecci&oacute;n tambi&eacute;n se utiliz&oacute; MMS m&aacute;s 1,5% de agar bacteriol&oacute;gico. Para la identificaci&oacute;n de morfotipos se utilizaron los medios <i>standard plate count</i> (SPC) y cetrimide. Para los ensayos de selecci&oacute;n por presi&oacute;n con solventes org&aacute;nicos se us&oacute; medio LB y para seleccionar los transconjugantes se agregaron 50 &micro;g/ml de ampicilina (Amp) y kanamicina (Kan).</p>       <p><b>Recolecci&oacute;n y procesamiento de las muestras</b></p>       <p>Se recolectaron muestras de material virgen de un pasivo ambiental de grasas quemadas provenientes de la maquinaria pesada de la mina de explotaci&oacute;n carbon&iacute;fera del Cerrej&oacute;n localizada en el departamento de La Guajira, Colombia. Se tomaron seis muestras directas de diferentes contenedores de grasa seleccionados al azar, cuatro muestras de suelos aleda&ntilde;os al &aacute;rea contaminada y, por &uacute;ltimo, cinco muestras de material que ya se encontraba en distintas etapas de biotratamiento (inicial I, inicial II, intermedio I, intermedio II y avanzado). Se agregaron 5 g de cada muestra a 45 ml de MMS, y se dejaron a 30&deg; C durante 12 h a 140 rpm (Heidolph unimax 1010, Inkubator 1000). Posteriormente, se hizo recuento discriminado de morfotipos en agar SPC y se hizo una diferenciaci&oacute;n de las bacterias pertenecientes al g&eacute;nero Pseudomonas en medio Cetrimide.</p>       <p><b>Presi&oacute;n de selecci&oacute;n</b></p>       <p>Se realizaron ensayos de replica plating para cada aislamiento previamente seleccionado. En el centro de una caja de Petri con agar MMS se dispuso una tapa met&aacute;lica de manera invertida (<a href="#f1">figura 1</a>) en la que se agreg&oacute; 1,5 ml de Tolueno 400 ppm (fuente de carbono). Se pic&oacute; un aislamiento en cada cuadrante para evitar la p&eacute;rdida de vapores, la caja se sell&oacute; con Parafilm&reg; M, y se incub&oacute; a 30&deg; C. Al cabo de siete d&iacute;as se hicieron pases a una nueva caja con las mismas condiciones, este procedimiento se repiti&oacute; cinco veces. De la misma manera, se realiz&oacute; con Fenol 400 ppm, ACPM y gasolina JP-4. Paralelamente, se realiz&oacute; un ensayo control en el cual no se agreg&oacute; ninguna presi&oacute;n. &uacute;nicamente los aislamientos que mostraron tener un crecimiento al final de los cinco pases consecutivos en las cuatro presiones fueron seleccionados para realizar el patr&oacute;n de sensibilidad a antibi&oacute;ticos.</p>       <p><b>Ensayo de sensibilidad a antibi&oacute;ticos</b></p>       ]]></body>
<body><![CDATA[<p>Para cada aislamiento se ejecutaron pruebas de <i>replica plating</i> en medio LB con cinco antibi&oacute;ticos diferentes y cada antibi&oacute;tico fue probado en cuatro concentraciones distintas que fueron seleccionadas seg&uacute;n los rangos establecidos por Sambrook & Russell (2001). Los antibi&oacute;ticos empleados fueron: ampicilina, kanamicina y tetraciclina en 20, 30, 40 y 50 &micro;g/ ml, cloramfenicol en 25, 50, 75 y 100 &micro;g/ml y Gentamicina en 15, 20, 25 y 30 &micro;g/ml. Con el fin de descartar falsos positivos o negativos se realizaron tres r&eacute;plicas por cada prueba. Los aislamientos que demostraron tener patrones de sensibilidad invertidos fueron seleccionados como parentales para los ensayos de conjugaci&oacute;n.</p>       <p><b>Ensayos de conjugaci&oacute;n</b></p>   <p<b>Conjugaci&oacute;n <i>in vitro</i></b></p>       <p>Para los ensayos de conjugaci&oacute;n se sigui&oacute; el protocolo de Kristich <i>et al</i>. (2007), con algunas modificaciones. De cada parental se hizo un cultivo <i>overnight</i> (ON) en caldo LB y a partir de cada ON se realiz&oacute; un subcultivo en 30 ml de LB. Para realizar los cruces se colect&oacute; 1 ml de cada parental en fase logar&iacute;tmica (A<sub>600</sub>= 0,6-0,7) y se mezclaron vigorosamente 100&micro;l de cada mezcla fue inoculada directamente en superficie de medio LB en el centro de una caja de 100 mm de di&aacute;metro. Al completar 48 h las c&eacute;lulas fueron recolectadas con un asa y se resuspendieron en una soluci&oacute;n de NaCl al 0,85% est&eacute;ril. Los transconjugantes fueron plaquedos directamente de la suspensi&oacute;n en medio LB con 50 &micro;g de Amp y 50 &micro;g de Kan. De manera simult&aacute;nea se hicieron ensayos control para cada parental por separado. Todos los ensayos se hicieron por triplicado.</p>       <p><b>Conjugaci&oacute;n en microcosmos de suelo</b></p>       <p>Para los microcosmos en suelo se dise&ntilde;aron dos tratamientos diferentes; uno con suelo est&eacute;ril y otro con suelo est&eacute;ril m&aacute;s 10% diesel (peso / volumen). En erlenmeyers de 100 ml se agregaron 20 g de suelo tra&iacute;do del Cerrej&oacute;n. Estos fueron autoclavados tres veces sucesivas a 125&deg; C (1kg/cm<sup>2</sup>), para confirmar la ausencia de microorganismos se realizaron pruebas de esterilidad a cuatro erlenmeyers seleccionados al azar, a cada uno se le agregaron 20 ml de soluci&oacute;n de NaCl al 0,85% est&eacute;ril, se agitaron a 200 rpm (Heidolph unimax 1010, Inkubator 1000) durante 30 min a 30&deg; C, se dejaron reposar por 30 min y por &uacute;ltimo se plaque&oacute; 100&micro;l de cada erlenmeyer en LB.</p>       <p>Se hizo un ON de cada parental en caldo LB, a partir de este se realiz&oacute; un subcultivo en 20 ml de LB fresco. Cuando los subcultivos alcanzaron fase logar&iacute;tmica (A<sub>600</sub> = 0,6-0,7) se mezclaron los parentales y se agitaron vigorosamente. La mezcla se centrifug&oacute; a 8000 g por 10 min (Sorvall&reg; Biofuge primoR) y se resuspendi&oacute; en 10 ml de una soluci&oacute;n de NaCl al 0,85% est&eacute;ril. Cada suspensi&oacute;n fue inoculada individualmente en un erlenmeyer y se llev&oacute; a incubar a 30&deg; C. Al cabo de siete d&iacute;as se proces&oacute; cada ensayo por separado. En cada erlenmeyer se agregaron 20 ml de NaCl 0,85%, se incub&oacute; a 30&deg; C a 200 rpm durante 30 min (Heidolph unimax 1010, Inkubator 1000) y se dej&oacute; decantar por 30 min. Se plaquearon las diluciones 10<sup>1</sup>, 10<sup>2</sup> y 10<sup>3</sup> en medio LB con 50 &micro;g/ml de Amp y Kan. Posteriormente, las muestras se enriquecieron con caldo LB m&aacute;s 50 &micro;g/ml de Amp y Kan y se volvi&oacute; a plaquear.</p>       <p><b>PCR del gen rRNA 16S</b></p>       <p>Se realiz&oacute; un ON en 3 ml de caldo LB a 30&deg; C, 130 rpm para cada parental (Ot6, Pgt4 y Vlf13) y para cada transconjugante. 25&micro;l de cada cultivo fue transferido a un tubo de 1,5 ml, los tubos se colocaron en agua hirviendo durante 15 min y luego fueron centrifugados a 14500 rpm durante un minuto. Se tomaron 0,9 ul del sobrenadante de cada muestra para utilizar como templado en las reacciones de PCR.</p>       <p>Se utilizaron los primers universales de la regi&oacute;n hipervariable V3-V5 del gen RNAr 16S, 341f*a (5’-CTACCGGGAGGCAGCAGCAGT- 3’) y 652ra (5’-CGAATTAAACCACATGCTCCA- 3’) obteniendo un fragmento de 622 pb. La reacci&oacute;n de PCR fue realizada en el iCycler thermocycler de Bio- Rad. Cada reacci&oacute;n conten&iacute;a 0,9 &micro;l de ADN templado, 1,5 U de Taq polimerasa (BIOLASETMDNA Polymerase), buffer a 1X, 2,5 mM de MgCl2, 0,2 &micro;M de desoxinucle&oacute;sidos trifosfato y 0,2 &micro;M de cada primer (volumen total 25 &micro;l). La reacci&oacute;n tuvo un primer ciclo (1 vez) a 94&deg; C por 5 min, un segundo ciclo (10 veces) a 94&deg; C por 30 seg, a 66&deg; C (con una disminuci&oacute;n de 0,5&deg; C cada ciclo) por 30 segundos, y a 72&deg; C por 1 min, un tercer ciclo (25 veces) a 94&deg; C por 30 seg, a 61&deg; C por 30 seg y a 72&deg; C por 1 min, y un cuarto ciclo (1 vez) a 72&deg; C por 10 min. El amplificado se evalu&oacute; en gel de agarosa al 1% en buffer TAE 1X con 0,5 ug/ml de bromuro de et&iacute;dio, y las im&aacute;genes se documentaron en el sistema GelDoc imaging (BioRad).</p>       <p><b>Purificaci&oacute;n, secuenciaci&oacute;n e identificaci&oacute;n</b></p>       ]]></body>
<body><![CDATA[<p>Los productos amplificados fueron purificados usando el kit Wizard&reg; SV Gel and PCR Clean-Up (Promega). De acuerdo con las instrucciones del kit los productos purificados fueron secuenciados usando los mismos primers de la regi&oacute;n V3-V5 con el kit BigDye&reg; Terminator v3.1 Cycle Sequencing kit (Applied Biosystems). La reacci&oacute;n se realiz&oacute; en el iCycler thermocycler de BioRad, tuvo un primer ciclo (1 vez) a 96 &deg;C por 1 min, un segundo ciclo (25 veces) a 96 &deg;C por 10 seg, a 50,0 &deg;C por 5 seg y a 60,0 &deg;C por 4 minutos. La reacci&oacute;n de secuencia se purific&oacute; seg&uacute;n las indicaciones de BigDye&reg; Terminator y los productos fueron analizados en el secuenciador autom&aacute;tico ABI Prism 310 Genetic Analyzer (Applied Biosystems). Usando el programa CLC Sequence Viewer 6 se editaron y ensamblaron manualmente las secuencias; para identificar el g&eacute;nero y la especie de cada aislamiento fueron comparadas en la base de datos de RDP (Ribosomal Database Project) por medio de la herramienta SeqMatch (<i>sequence match</i>) usando los par&aacute;metros por defecto.</p>       <p><b>Resultados y discusi&oacute;n</b></p>       <p><b>Muestreo y presi&oacute;n de selecci&oacute;n</b></p>       <p>De todas las muestras recolectadas se aislaron en total 45 morfotipos: 12 de las muestras de grasa (26,7%), 13 de los suelos aleda&ntilde;os (28,9%) y 20 de los biotratamientos (44,4%). Este resultado es un reflejo de c&oacute;mo las grasas y zonas aleda&ntilde;as afectadas por las mismas son un ambiente extremo para la microbiota. Despu&eacute;s de someter las 45 cepas a las cinco presiones de selecci&oacute;n consecutivas, solo 25 fueron capaces de utilizar los solventes como fuente de carbono para subsistir (<a href="#f1">figura 1</a>). El 100% de los aislamientos de las muestras de grasa toleraron las presiones, solo 46% y 35% de los aislamientos obtenidos a partir de los suelos aleda&ntilde;os y de los biotratamientos, respectivamente, fueron seleccionados (<a href="#f2">figura 2</a>). Estos resultados llevan a pensar que en las muestras de grasa ya se encontraban seleccionadas naturalmente las bacterias; contrariamente, en los biotratamientos hay m&aacute;s morfotipos pero menos selecci&oacute;n debido al bajo contenido de grasa.</p>      <p align="center"><a name="f1"><img src="img/revistas/biote/v12n1/v12n1a03f1.JPG">     <p align="center"><a name="f2"><img src="img/revistas/biote/v12n1/v12n1a03f2.JPG">       <p><b>Sensibilidad a antibi&oacute;ticos: marcadores de selecci&oacute;n</b></p>       <p>Utilizar antibi&oacute;ticos como marcadores de selecci&oacute;n es una t&eacute;cnica cl&aacute;sicamente usada para evidenciar transferencia horizontal de genes en microcosmos de suelos (Hurst <i>et al</i>., 1997). Con este fin se realizaron ensayos para poder determinar los patrones de sensibilidad. Entre los cinco antibi&oacute;ticos probados hubo prevalencia de bacterias resistentes a ampicilina, 76% de las 25 cepas mostraron ser resistentes a la concentraci&oacute;n m&aacute;s alta 50 &micro;g/ml de la misma. Tanto para kanamicina como para cloramfenicol, 60% del total presentaron resistencia, para gentamicina &uacute;nicamente 4% y, finalmente, para tetraciclina todas resultaron ser sensibles. Era necesario que los aislamientos elegidos como parentales para los ensayos de conjugaci&oacute;n presentaran perfiles inversos para poder evidenciar la adquisici&oacute;n de un nuevo perfil por transferencia horizontal de genes, por tanto, los aislamientos que no cumplieran con esta condici&oacute;n se descartaron. Finalmente se trabaj&oacute; con seis parentales, cinco de ellos resistentes a ampicilina y sensibles a los otros marcadores (Ot3, Pgt4, Vlf4, Vlf13 y Blf11), estos se denominaron como parental I. El sexto parental resistente a kanamicina y gentamicina, y sensible a los tres marcadores restantes, fue elegido como el parental II (<a href="#t1">Tabla 1</a>). Adicionalmente, como muestra la <a href="#t1">Tabla 1</a>, tanto Pgt4 como Vlf13 tambi&eacute;n presentaron crecimiento en cloramfenicol, sin embargo, el crecimiento fue muy pobre por lo cual este marcador fue descartado</p>       <p align="center"><a name="t1"><img src="img/revistas/biote/v12n1/v12n1a03t1.JPG">          <p><b>Ensayos de conjugaci&oacute;n <i>in vitro</i> y en microcosmos</b></p>       ]]></body>
<body><![CDATA[<p>Para los ensayos <i>in vitro</i> se realizaron un total de cinco montajes en los que se cruz&oacute; el parental II con cada uno de los parentales I (tabla 2). Con el fin de evidenciar la aparici&oacute;n de nuevos fenotipos de sensibilidad por transferencia horizontal de genes los ensayos de conjugaci&oacute;n fueron plaqueados en tres medios (Amp, Kan y Amp+Kan). Se detectaron nuevos fenotipos en cada una de las tres r&eacute;plicas, para los cruces Pgt4xOgt6 y Vlf13xOgt6 tal como se resume en la <a href="#t2">Tabla 2</a>. Estos resultados llevan a pensar que hubo una transferencia horizontal de genes por medio de la cual se generaron nuevos transconjugantes con el fenotipo AmpR KanR. Sin embargo, no se puede asegurar espec&iacute;ficamente qu&eacute; mecanismo de transferencia ocurri&oacute;. Existen dos posibilidades de transferencia: v&iacute;a conjugaci&oacute;n por contacto c&eacute;lula-c&eacute;lula o por recolecci&oacute;n de ADN libre mediante transformaci&oacute;n (Maier <i>et al</i>., 2009).</p>       <p align="center"><a name="t2"><img src="img/revistas/biote/v12n1/v12n1a03t2.JPG">       <p>La aparici&oacute;n de nuevos fenotipos puede darse como consecuencia de mutaciones espont&aacute;neas (Mart&iacute;nez y Baquero, 2000). Con el fin de descartar esta posibilidad se hicieron ensayos control con cada parental por separado (individual). As&iacute; como muestra la <a href="#t2">Tabla 2</a>, todos los parentales resultaron tener el mismo fenotipo original y no se detect&oacute; ning&uacute;n cambio con respecto a su fenotipo inicial. Esto permite verificar que s&iacute; ocurri&oacute; alg&uacute;n evento de transferencia horizontal de genes y no se gener&oacute; por mutantes al azar.</p>       <p>Cuando se plaque&oacute; el cruce Vlf4xOgt6 en LB con Amp no hubo crecimiento del parental I (Vlf4) como era de esperarse. De manera contraria, s&iacute; hubo crecimiento del parental II en Kan. Esto puede deberse a alg&uacute;n tipo de competencia entre los dos parentales llevando a que solo predomine Ogt6. Igual sucedi&oacute; para el cruce entre Ogt3 y Ogt6.</p>       <p>La morfolog&iacute;a de los transconjugantes corresponde a la misma morfolog&iacute;a del parental II (Ogt6) que se caracteriza por tener una pigmentaci&oacute;n amarilla muy intensa, a diferencia de los dem&aacute;s que no exhiben ning&uacute;n tipo de pigmento. Seg&uacute;n esto, se puede llegar a concluir que Ogt6 recibi&oacute; los genes de la resistencia a la ampicilina y as&iacute; adquiri&oacute; un nuevo fenotipo. Sin embargo, no se puede asegurar que este fue el receptor ya que el transconjugante pudo recibir genes que afectan su morfolog&iacute;a. Por esta raz&oacute;n se consider&oacute; importante realizar una identificaci&oacute;n del gen 16S tanto de los parentales como de los tranconjugantes para verificar este resultado. Al comparar las secuencias en la base de datos RDP utilizando la herramienta <i>seqmatch</i> &uacute;nicamente se pudieron identificar los aislamientos hasta g&eacute;nero, esto indica que podemos estar hablando de nuevas especies aun no identificadas. Los parentales Pgt4 y Vlf13 fueron identificados como <i>Pseudomonas sp</i>. y el parental Ogt6 fue identificado como <i>Chryseobacterium sp</i>. Al igual que el parental Ogt6 los transconjugantes fueron identificados como Chryseobacterium sp. Este resultado permiti&oacute; confirmar que el receptor del nuevo fenotipo fue Chryseobacterium sp. (Ogt6). Las bacterias del g&eacute;nero <i>Pseudomonas</i> son reconocidas por su capacidad degradativa y han sido constantemente utilizadas en tratamientos de biorremediaci&oacute;n. Vandamme <i>et al</i>. (1994) propusieron <i>Chryseobacterium sp</i>. como nuevo g&eacute;nero mediante la reclasificaci&oacute;n de miembros antiguamente pertenecientes al g&eacute;nero Flavobacterium. Aunque este g&eacute;nero ha sido poco estudiado, en el &aacute;rea de biorremediaci&oacute;n existen algunos reportes donde se han identificado bacterias del mismo g&eacute;nero capaces de degradar diesel y metil tert-butil &eacute;ter (MTBE) (Owsianiak <i>et al</i>., 2009; Zhang <i>et al</i>., 2007).</p>       <p>Con los resultados obtenidos en los ensayos de conjugaci&oacute;n <i>in vitro</i> se procedi&oacute; a realizar los microcosmos para poder confirmar si la transferencia que se present&oacute; <i>in vitro</i> tambi&eacute;n se daba en el suelo. Esta vez solo se probaron los cruces Pgt4xOgt6 y Vlf13xOgt6. En este caso se realizaron dos tratamientos, uno con 10% (p/v) de diesel y otro sin diesel. Esto se hizo para ver si el estr&eacute;s del diesel potenciaba la conjugaci&oacute;n. Inicialmente solo dos ensayos resultaron tener transconjugantes con el nuevo fenotipo: la r&eacute;plica 2 del cruce Pgt4xOgt6 sin diesel y la r&eacute;plica 3 del cruce Pgt4xOgt6 con diesel. Existe la posibilidad de que los transconjugantes en las otras r&eacute;plicas no se hayan detectado por baja eficiencia de transferencia y, por tanto, un n&uacute;mero muy bajo de transconjugantes en la muestra. Para confirmar que las otras r&eacute;plicas no fueran falsos negativos se enriqueci&oacute; cada ensayo con caldo LB m&aacute;s 50&micro;g/ ml de ampicilina y kanamicina. Al volver a plaquear se detectaron transconjugantes que no se hab&iacute;an evidenciado antes del enriquecimiento (<a href="#t3">Tabla 3</a>). Al observar los resultados se hace evidente que el diesel afecta la transferencia del cruce Vlf13xOgt6 ya que en presencia de diesel no se observa transferencia. De manera contraria, Pgt4xOgt6 no se inhibi&oacute; en los microcosmos con diesel.</p>     <p align="center"><a name="t3"><img src="img/revistas/biote/v12n1/v12n1a03t3.JPG">       <p><b>Conclusiones</b></p>       <p>De acuerdo con los resultados obtenidos es posible decir que s&iacute; hay alg&uacute;n tipo de transferencia horizontal de genes entre los aislamientos seleccionados. Aunque se deben seguir estudiando m&aacute;s a fondo los aislamientos para poder formular un consorcio que se ajuste adecuadamente al biotratamiento que se desea desarrollar, se sabe que las cepas Ogt6, Vlf13 y Pgt4 son de mucho inter&eacute;s ya que hacen un gran aporte en la transferencia horizontal de genes permitiendo que el material gen&eacute;tico est&eacute; disponible para el resto de los microorganismos seleccionados y de las bacterias nativas del suelo. Es decir, que pueden llevar a una r&aacute;pida adaptaci&oacute;n de la poblaci&oacute;n de bacterias al estr&eacute;s generado por las grasas.</p>       <p><b>Agradecimientos</b></p>       ]]></body>
<body><![CDATA[<p>Al Cerrej&oacute;n por su soporte en la recolecci&oacute;n de muestras y por abrir sus puertas a la investigaci&oacute;n cient&iacute;fica, y a la Facultad de Ciencias de la Universidad de los Andes por la financiaci&oacute;n.</p>       <p><b>Referencias bibliogr&aacute;ficas</b></p>       <!-- ref --><p>Diplock,, E. E., Mardlin D. P., Killham, K. S., Paton, G. I. 2009. Predicting bioremediation of hydrocarbons: Laboratory to field scale. Environmental Pollution 157 (6): 1831-1840.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000065&pid=S0123-3475201000010000300001&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>Farhadian, M., Vachelard, C., Duchez, D., Larroche, C. 2008. In situ bioremediation of monoaromatic pollutants in groundwater: A review. Bioresource Technology 99 (13): 5296-5308.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000066&pid=S0123-3475201000010000300002&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>Hill, K. E., Top, E. M. 1998. Gene transfer in soil systems using microcosms. FEMS Microbiology Ecology 25: 319-329.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000067&pid=S0123-3475201000010000300003&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>Hurst, C. J., Crawford, R., Kundsen, G., Mclnerney, M. 1997. Manual of Environmental Microbiology: Quantification of Gene Transfer in Soil and Rhizosphere. Washington, DC: American Society for Microbiology Press. p. 504.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000068&pid=S0123-3475201000010000300004&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>Jussila, M., Zhao, Ji., Suominen, L., Lindstrom, K. 2007. TOL plasmid transfer during bacterial conjugation in vitro and rhizoremediation of oil compounds in vivo. Environmental Pollution 146 (2): 510-524.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000069&pid=S0123-3475201000010000300005&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>Kristich, C. J., Chandler, J. R., Dunny, G. M. 2007. Development of a host-genotype-independent counterselectable marker and a high-frequency conjugative delivery system and their use in genetic analysis of Enterococcus faecalis. Plasmid 57 (2): 131-144.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000070&pid=S0123-3475201000010000300006&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>Llosa, M., De la Cruz, F. 2005. Bacterial Conjugation: a Potential Tool for Genomic engineering. Research in Microbiology 156 (1): 1-6.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000071&pid=S0123-3475201000010000300007&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>Maier, R. M., Pepper, I. L., Gerba, C. P. 2009. Environmental Microbiology. San Diego: Academic Press. p. 48.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000072&pid=S0123-3475201000010000300008&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>Mart&iacute;nez J. L., Baquero, F. 2000. Mutation Frequencies and Antibiotic Resistance. Antimicrobial Agents Chemotherapy 44 (7): 1771-1777.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000073&pid=S0123-3475201000010000300009&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>Owsianiak, M., Chrzanowski, L., Szulc, A., Staniewski, J., Olszanowski, A., Olejnik-Schmidt, A K., Heipieper, H J. 2009. Biodegradation of diesel/biodiesel blends by a consortium of hydrocarbon degraders: Effect of the type of blend and the addition of biosurfactants. Bioresource Technology 100 (3): 1497-1500.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000074&pid=S0123-3475201000010000300010&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>Panicker, M. M., Minkley, E. G. Jr. 1985. DNA Transfer Occurs During a Cell Surface Contact Stage of F Sex Factor-Mediated Bacterial Conjugation. Journal of Bacteriology 162 (2): 584-590&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000075&pid=S0123-3475201000010000300011&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>Sambrook, J., Russell, D. 2001. Molecular Cloning a Laboratory Manual. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. Apendix 2.6.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000076&pid=S0123-3475201000010000300012&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>Sobecky, P. A., Coombs, J. M. 2009. Horizontal gene transfer in metal and radionuclide contaminated soils. Methods in Molecular Biology 532: 455-72.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000077&pid=S0123-3475201000010000300013&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>Springael, D., Top, E. M. 2004. Horizontal gene transfer and microbial adaptation to xenobiotics: new types of mobile genetic elements and lessons from ecological studies. TRENDS in Microbiology 12 (2): 53-58.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000078&pid=S0123-3475201000010000300014&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>Vandamme, P., Bernardet, J. F., Segers, P., Kersters, K., Holmes, B. 1994. New Perspectives in the Classification of the Flavobacteria: Description of Chryseobacterium gen. nov., Bergeyella gen. nov., and Empedobacter norn. rev. International Journal of Systematic Bacteriologoy 44 (4): 827-831.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000079&pid=S0123-3475201000010000300015&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>Wolska, K. I. 2003. Horizontal DNA Transfer Between Bacteria in the Environment. Acta Microbiologica Polonica 52 (3): 233-243.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000080&pid=S0123-3475201000010000300016&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>Zhang, R. L., Huang, G. Q., Lian, J. Y., Li, X. G. 2007. Degradation of MTBE and TBA by a new isolate from MTBE-contaminated soil. Journal of Environmental Sciences 19 (9): 1120-1124.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000081&pid=S0123-3475201000010000300017&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --> ]]></body><back>
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