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<article-id pub-id-type="doi">10.15446/rev.colomb.biote.v18n1.51389</article-id>
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<article-title xml:lang="es"><![CDATA[Detección serológica y molecular del Potato virus X (PVX) en tubérculos-semilla de papa (Solanum tuberosum L. y Solanum phureja Juz. & Bukasov) en Antioquia, Colombia]]></article-title>
<article-title xml:lang="en"><![CDATA[Serological and molecular detection of Potato virus X (PVX) in seed potato tubers (Solanum tuberosum L. and Solanum phureja Juz. & Bukasov) from Antioquia, Colombia]]></article-title>
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<abstract abstract-type="short" xml:lang="en"><p><![CDATA[Potato virus X (PVX) is one of the most important virus affecting potato crops worldwide. The virus is only transmitted mechanically and through tuber-seeds. Control of PVX is based on the usage of certified tubers, which in turn depends on the availability of sensitive diagnostic tests that allow its direct detection on seeds. In this work, the prevalence of PVX in four different tuber tissues of Solanum tuberosum subsp. andigena var. Diacol-Capiro and S. phureja var. Criolla was evaluated using DAS-ELISA (128 subsamples) and RT-qPCR (4 subsamples per group). DAS-ELISA revealed the presence of PVX in 6.25 and 50% of Diacol-Capiro and Criolla Colombia subsamples; in contrast, RT-qPCR detected PVX in 93.75% of the samples independent of the potato variety or type of tissue. Ct values were in the 18.02 to 34.49 range with a mean value of 25.6. Melting curve analysis allowed the identification of two virus variants with Tm values of 79.5±1°C and 83.7±1°C. Sanger sequencing of the positive controls and two of the samples confirmed RT-qPCR amplicons to be PVX. These results reveal a high level of prevalence of PVX in potato tuber seeds used in Antioquia and the need to strengthen seed certification programs in Colombia through RT-qPCR detection assays.]]></p></abstract>
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</front><body><![CDATA[  <font size="2" face="Verdana">      <p>DOI: <a href="http://dx.doi.org/10.15446/rev.colomb.biote.v18n1.51389" target="_blank">http://dx.doi.org/10.15446/rev.colomb.biote.v18n1.51389</a></p>       <p align="right">ART&Iacute;CULO DE INVESTIGACI&Oacute;N</p>      <p align="center"><font size="4"><b>Detecci&oacute;n serol&oacute;gica y molecular del <i>Potato virus X</i> (PVX) en tub&eacute;rculos-semilla de papa (<i>Solanum tuberosum</i> L. y <i>Solanum </i><i>phureja</i> Juz. &amp; Bukasov) en Antioquia, Colombia</b></font></p>      <p align="center"><font size="3"><b>Serological and molecular detection of <i>Potato virus X</i> (PVX)  in seed potato tubers (<i>Solanum tuberosum</i> L. and <i>Solanum phureja</i> Juz. &amp; Bukasov) from Antioquia, Colombia</b></font></p>      <p><i><b>Daniela Garc&iacute;a Ru&iacute;z</b></i><Sup>*</Sup><i><b>, Manuel Andres Olarte Quintero</b></i><Sup>**</Sup><i><b>, Pablo Guti&eacute;rrez S&aacute;nchez</b></i><Sup>***</Sup><i><b>, Mauricio Mar&iacute;n Montoya</b></i><Sup>****</Sup></p>      <p><sup>*</sup> Ingeniera Biol&oacute;gica.  Laboratorio de Microbiolog&iacute;a Industrial, Facultad de Ciencias, Universidad Nacional de Colombia, Sede Medell&iacute;n, Medell&iacute;n, Colombia. <a href="mailto:dagarciaru@unal.edu.co">dagarciaru@unal.edu.co</a>    <br>  <sup>**</sup> Estudiante de Zootecnia. Laboratorio de Microbiolog&iacute;a Industrial, Facultad de Ciencias, Universidad Nacional de Colombia, Sede Medell&iacute;n, Medell&iacute;n, Colombia. <a href="mailto:maolarteq@unal.edu.co">maolarteq@unal.edu.co</a>    <br>  <sup>***</sup> Bi&oacute;logo, PhD, Profesor Asociado. Laboratorio de Microbiolog&iacute;a Industrial, Facultad de Ciencias, Universidad Nacional de Colombia, Sede Medell&iacute;n, Medell&iacute;n, Colombia. <a href="mailto:paguties@unal.edu.co">paguties@unal.edu.co</a>    <br>  <sup>****</sup> Ingeniero Agr&oacute;nomo, MSc., PhD, Profesor Asociado. Laboratorio de Biolog&iacute;a Celular y Molecular. Facultad de Ciencias, Universidad Nacional de Colombia, Sede Medell&iacute;n, Medell&iacute;n, Colombia. <a href="mailto:mamarinm@unal.edu.co">mamarinm@unal.edu.co</a></p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<p><b>Recibido: </b>noviembre 18 de 2015<b> Aprobado: </b>abril 30 de 2016</p>   <hr>      <p><b>Resumen</b></p>     <p> El <i>Potato virus X</i> (PVX) es uno de los virus m&aacute;s limitantes del cultivo de la papa en el mundo. Es transmitido solamente por contacto y por tub&eacute;rculo-semilla. Su control se fundamenta en la siembra de tub&eacute;rculos certificados por su sanidad viral y en la disponibilidad de metodolog&iacute;as de diagn&oacute;stico altamente sensibles. En este trabajo se evalu&oacute; la prevalencia del PVX en cuatro diferentes tejidos de tub&eacute;rculos de <i>Solanum tuberosum</i> subsp. andigena var. Diacol-Capiro y <i>S. phureja</i> var. Criolla Colombia utilizando pruebas de DAS-ELISA para 128 submuestras y de RT-qPCR para 32 grupos de submuestras (4 submuestras/grupo). Los resultados de las pruebas serol&oacute;gicas  indicaron la presencia de PVX en el 6,25 y 50% de las submuestras analizadas para la variedad Diacol-Capiro y Criolla Colombia, respectivamente; mientras que los niveles de prevalencia del PVX utilizando la detecci&oacute;n por RT-qPCR fueron del 93,75%, independientemente de la variedad de papa y del tejido evaluado. Los valores promedio del ciclo umbral (Ct) en las RT-qPCR fueron de 25,6 (Ct=18,02 a 34,49) y el an&aacute;lisis de las curvas de desnaturalizaci&oacute;n permiti&oacute; identificar dos variantes del virus con valores de Tm de 79,5&plusmn;1&deg;C y 83,7&plusmn;1&deg;C. La secuenciaci&oacute;n de los amplicones obtenidos por RT-qPCR para los controles positivos y para dos de las muestras, confirm&oacute; su naturaleza viral. Estos resultados se&ntilde;alan unos muy altos niveles de prevalencia de PVX en el material de siembra de papa en Antioquia y la necesidad de fortalecer los programas de certificaci&oacute;n de semilla con pruebas de detecci&oacute;n como RT-qPCR. </p>      <p><b>Palabras clave:</b> DAS-ELISA, <i>Potexvirus</i>, RT-qPCR, Solanaceae.</p>  <hr>      <p><b>Abstract</b></p>     <p> <i>Potato virus X</i> (PVX) is one of the most important virus affecting potato crops worldwide. The virus is only transmitted mechanically and through tuber-seeds. Control of PVX is based on the usage of certified tubers, which in turn depends on the availability of sensitive diagnostic tests that allow its direct detection on seeds. In this work, the prevalence of PVX in four different tuber tissues of <i>Solanum tuberosum</i> subsp. andigena var. Diacol-Capiro and <i>S. phureja</i> var. Criolla was evaluated using DAS-ELISA (128 subsamples) and RT-qPCR (4 subsamples per group). DAS-ELISA revealed the presence of PVX in 6.25 and 50% of Diacol-Capiro and Criolla Colombia subsamples; in contrast, RT-qPCR detected PVX in 93.75% of the samples independent of the potato variety or type of tissue. Ct values were in the 18.02 to 34.49 range with a mean value of 25.6. Melting curve analysis allowed the identification of two virus variants with Tm values of 79.5&plusmn;1&deg;C and 83.7&plusmn;1&deg;C. Sanger sequencing of the positive controls and two of the samples confirmed RT-qPCR amplicons to be PVX. These results reveal a high level of prevalence of PVX in potato tuber seeds used in Antioquia and the need to strengthen seed certification programs in Colombia through RT-qPCR detection assays.</p>       <p><b>Key words:</b> DAS-ELISA, <i>Potexvirus</i>, RT-qPCR, Solanaceae.</p>  <hr>      <p><b>Introducci&oacute;n</b></p>     <p> El cultivo de la papa (<i>Solanum tuberosum</i> L. y <i>Solanum </i><i>phureja</i> Juz. &amp; Bukasov) en Colombia ocupa cerca de 160.000 ha distribuidas en 14 departamentos. Antioquia, Boyac&aacute;, Cundinamarca y Nari&ntilde;o son responsables del 85 % de la producci&oacute;n, que asciende a cerca de 2,9 millones de t/a&ntilde;o y de la que dependen cerca de 69.000 familias del sector rural del pa&iacute;s (DANE, 2013). Las enfermedades virales se constituyen en uno de los problemas fitosanitarios m&aacute;s importantes para este cultivo en Colombia y otros pa&iacute;ses del mundo; siendo los virus m&aacute;s limitantes el <i>Potato virus Y</i> (PVY) (G&eacute;nero <i>Potyvirus</i>, Familia <i>Potyviridae</i>), <i>Potato virus S</i> (PVS) (G&eacute;nero <i>Carlavirus</i>, Familia <i>Betaflexiviridae</i>), <i>Po</i><i>tato leafroll virus</i> (PLRV) (G&eacute;nero <i>Polerovirus</i>, Familia <i>Luteoviridae</i>), <i>Potato yellow vein virus</i> (PYVV) (G&eacute;nero <i>Crinivirus</i>, Familia <i>Closteroviridae</i>) y <i>Potato virus X</i> (PVX) (G&eacute;nero <i>Potexvirus</i>, Familia <i>Alphaflexiviridae</i>) (Salazar, 2006; Kerlan, 2008).</p>      <p>Los viriones de PVX consisten de varillas flexuosas de  470-580 nm de longitud y 13 nm de di&aacute;metro, con un genoma de ARN de cadena sencilla positiva de 6435 nt (Accesi&oacute;n NC_011620), en cuyo extremo 5' se presenta una caperuza de m7G y en el 3' una cola de poli-A. Su genoma consiste de cinco marcos de lectura abiertos (ORFs); el ORF1 codifica para una replicasa viral (RdRp) (<i>RNA dependent RNA polymerase</i>), mientras que los ORFs 2 a 4, se presentan traslapados y son denominados como triple bloque de genes (TGB), que codifican para tres prote&iacute;nas,TGBp1, TGBp2 y TGBp3, involucradas en el movimiento c&eacute;lula a c&eacute;lula del virus; en adici&oacute;n se ha demostrado que TGBp1 tambi&eacute;n participa como supresor del mecanismo de defensa de las plantas mediado por silenciamiento de ARN (Bayne <i>et </i><i>al</i>., 2005; King <i>et al</i>., 2011). Finalmente, el ORF5 codifica para la prote&iacute;na de la c&aacute;pside viral (CP) de 21 kDa, que adem&aacute;s de cumplir funciones estructurales, es un inductor de la respuesta hipersensible en plantas con genes espec&iacute;ficos de resistencia a este virus (Verchot-Lubicz <i>et al.</i>, 2007; Kutnjak <i>et al.</i>, 2014). El ORF1 es traducido directamente del ARN gen&oacute;mico produciendo la replicasa viral de 165,7 kDa, con sus dominios funcionales de metil-transferasa, uni&oacute;n a nucle&oacute;tidos, helicasa y RdRp; por su parte, los ORFs 2 a 5 son expresados a partir de ARN subgen&oacute;micos (ARNsg) con extremos 3' co-terminales (King <i>et al.</i>, 2011).</p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<p>PVX es uno de los virus m&aacute;s ampliamente distribuidos en los cultivos de papa del mundo y en otras plantas solan&aacute;ceas incluyendo el tomate y tabaco; tambi&eacute;n infecta diversas especies indicadoras de las familias Chenopodiaceae, Amaranthaceae y Fabaceae. Recientemente, se ha reportado la infecci&oacute;n natural de PVX en plantas de uchuva (<i>Physalis peruviana</i>) en Colombia (Guti&eacute;rrez <i>et al.</i>, 2015), as&iacute; como de arveja (<i>Pisum sa</i><i>tivum</i>) en Ir&aacute;n (Esfandiari <i>et al.</i>, 2009) y de la arvense medicinal <i>Sanicula chinensis</i> (Apiaceae) en China (Cox y Jones, 2010), lo que es un claro indicativo que el rango de hospedantes de este virus es m&aacute;s amplio de lo que inicialmente se hab&iacute;a considerado. </p>      <p>En plantas de papa, PVX causa s&iacute;ntomas suaves que incluyen mosaicos intervenales y amarillamientos tenues en hojas j&oacute;venes; sin embargo en variedades altamente susceptibles puede inducir mosaicos severos, enanismos y p&eacute;rdidas en los rendimientos del 5 al 20 % (Moriera <i>et al</i>., 1980; Cox y Jones, 2010). Adicionalmente, se ha encontrado que la ocurrencia de infecciones mixtas de PVX con potyvirus como el <i>Potato </i><i>virus A</i> (PVA) y PVY resultan en mayores p&eacute;rdidas para los cultivos de papa, gracias al sinergismo entre estos virus (Nie y Singh, 2013). </p>      <p>En t&eacute;rminos biol&oacute;gicos, el PVX se ha subdividido en cuatro grupos de razas definidas por la respuesta a la inoculaci&oacute;n de los aislamientos en cultivares diferenciales de papa conteniendo los genes dominantes de respuesta hipersensible Nb y Nx (Moriera <i>et al</i>., 1980). De esta forma, la raza 1 se caracteriza por no sobrepasar ninguno de estos genes, mientras que las razas 2 y 3 lo hacen para Nx y Nb, respectivamente; y la raza 4 para ambos genes. Adicionalmente, el aislamiento andino HB, sobrepasa Nx y Nb y el gen de resistencia extrema Rx (Cox y Jones, 2010). An&aacute;lisis filogen&eacute;ticos basados tanto en la regi&oacute;n CP como en el genoma completo de PVX, han demostrado la presencia de dos linajes principales del virus en el mundo: I, tambi&eacute;n denominado como Euroasi&aacute;tico y II &oacute; Americano; dicha nomenclatura no excluye la ocurrencia de aislamientos de estas regiones en los otros clados, tal como ocurre con el subclado II-1 que siendo denominado como Americano, presenta aislamientos de Inglaterra (Cox y Jones, 2010; Mandal <i>et al.</i>, 2012).</p>      <p>En Colombia, la ocurrencia de PVX en papa se report&oacute; inicialmente en infecciones mixtas con PVY, PVS, PLRV y PYVV (Guerrero <i>et al.</i>, 1980) y, posteriormente, en la evaluaci&oacute;n mediante pruebas de DAS-ELISA de un grupo de 581 accesiones de papa de la Colecci&oacute;n Central Colombiana, se encontr&oacute; en el 13,9 % de las muestras (Guzm&aacute;n <i>et al.</i>, 2010). M&aacute;s recientemente, Gil <i>et al.</i> (2012) evaluaron la presencia de este virus mediante DAS-ELISA en 320 muestras foliares, representando diez zonas productoras de cuatro Departamentos de Colombia (Antioquia, Boyac&aacute;, Cundinamarca y Nari&ntilde;o), y determinaron un &iacute;ndice de detecci&oacute;n promedio del 8 %, siendo Nari&ntilde;o la regi&oacute;n con mayores niveles de detecci&oacute;n (15 %). En este mismo estudio se encontr&oacute; a partir de la secuenciaci&oacute;n de una regi&oacute;n de 562 pb de CP, la ocurrencia de aislamientos Colombianos de PVX relacionados filogen&eacute;ticamente tanto con el linaje Eurasi&aacute;tico (Clado I) como con el Americano (Clado II) y con niveles de variaci&oacute;n hasta del 23 % en la regi&oacute;n bajo estudio, lo que representa un amplio rango de diversidad gen&eacute;tica de este virus en el pa&iacute;s.</p>      <p>Ya que el PVX es transmitido por v&iacute;a mec&aacute;nica (ej. contacto de plantas, herramientas agr&iacute;colas) y por tub&eacute;rculos-semilla infectados, el desarrollo de metodolog&iacute;as de diagn&oacute;stico de este virus que permitan su detecci&oacute;n directamente a partir de tejidos de tub&eacute;rculos, es un aspecto fundamental para el manejo integrado de esta enfermedad. En este estudio se evalu&oacute; la prevalencia del PVX en cuatro tipos de tejidos de tub&eacute;rculos de <i>S. tuberosum</i> ssp. andigena var. Diacol-Capiro y<i> S. </i><i>phureja</i> var. Criolla Colombia utilizando pruebas de DAS-ELISA y de PCR cuantitativa con retro-transcripci&oacute;n previa (RT-qPCR). La presencia del PVX en estos tejidos, fue adem&aacute;s confirmada mediante secuenciaci&oacute;n de algunos de los amplicones obtenidos en las pruebas de RT-qPCR.</p>      <p><b>Materiales y m&eacute;todos</b></p> <b>     <p><i>Muestras</i></p> </b>     <p> Esta investigaci&oacute;n se realiz&oacute; con 16 muestras de tub&eacute;rculos-semilla de <i>S. tuberosum</i> subsp. andigena var. Diacol-Capiro y 16 de <i>S. phureja</i> var. Criolla Colombia, obtenidas directamente de campos de agricultores y comercializadores de semilla en los municipios de La Uni&oacute;n (Vereda Chuscalito y Cabecera urbana) y Yarumal (corregimiento de Llanos de Cuiv&aacute; y Cabecera urbana) (Antioquia). Cada uno de los tub&eacute;rculos se subdividi&oacute; en cuatro submuestras, correspondientes a porciones de 0,5 a 1 cm<Sup>2</Sup> de tejidos de piel, yemas no brotadas, base de brotes y &aacute;pice de brotes. </p>      <p><b><i>Pruebas de DAS-ELISA</i></b></p>      <p> En cada una de las 128 submuestras bajo estudio, se evalu&oacute; la presencia de PVX mediante pruebas de DAS-ELISA (<i>Double-Antibody Sandwich</i>) de la compa&ntilde;&iacute;a Agdia (Indiana, EEUU) que utilizan anticuerpos policlonales tanto para la captura como para el conjugado a fosfatasa alcalina utilizado en el revelado. Los resultados colorim&eacute;tricos fueron cuantificados en un equipo Multiscan (Labsystem, Finlandia), incluyendo en cada prueba dos controles positivos  consistentes de una muestra liofilizada de papa infectada con PVX (Agdia) y una muestra de tejido foliar de <i>S. phureja</i> con s&iacute;ntomas de mosaicos tenues obtenida en el municipio de La Uni&oacute;n (Antioquia). Como control negativo de la prueba de DAS-ELISA, se utiliz&oacute; una muestra liofilizada de tejido de papa libre de virus (Agdia). Los resultados de las pruebas de ELISA fueron analizados a partir del procedimiento estad&iacute;stico descrito por la compa&ntilde;&iacute;a serol&oacute;gica Bioreba (Suiza), que utiliza un histograma de distribuci&oacute;n de frecuencias, como base para la definici&oacute;n del sitio de corte (<i>Cut-off</i>) que diferencia las muestras negativas de aquellas positivas, utilizando la f&oacute;rmula:</p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<p><i>Cut - off = (promedio + 3 desviaciones est&aacute;ndar) x 1,1.	1)</i><i> </i></p>      <p>La naturaleza viral del control positivo local de <i>S. phu</i><i>reja</i> fue confirmada por RT-PCR convencional y secuenciaci&oacute;n Sanger siguiendo el protocolo reportado por Gil <i>et al.</i> (2012), con los cebadores PVXF (5'-TAG CAC AAC ACA GGC CAC AG-3') y PVXR (5'-GGC AGC ATT CAT TTC AGC TTC- 3') que se unen a las posiciones del genoma de PVX 5664-5683 y 6225-6205, respectivamente, y amplifican un producto de 562 pb de la regi&oacute;n CP (Nie y Singh, 2001). </p>      <p><b><i>Pruebas de RT-qPCR</i></b></p>      <p> Para la detecci&oacute;n de PVX utilizando RT-qPCR se utilizaron grupos (<i>bulks</i>) de cuatro submuestras correspondientes a cada tipo de tejido de los tub&eacute;rculos procedentes de cada localidad bajo estudio, para un total de 32 muestras bajo an&aacute;lisis (<a href="#tab1">tabla 1</a>). El ARN total se extrajo utilizando el kit GeneJET Plant RNA Purification (Thermo Fisher Scientific, EEUU), a partir de 100 mg del tejido macerado, siguiendo las instrucciones del fabricante. El ARN as&iacute; obtenido fue elu&iacute;do en 50 &mu;L de agua tratada con DEPC y determinada su concentraci&oacute;n y pureza por lecturas de absorbancia a 260 nm y 280 nm en un equipo Nanodrop 2000C (Thermo Fisher Scientific). </p>      <p align="center"><a name="tab1"><img src="img/revistas/biote/v18n1/v18n1a12t1.jpg"></a></p>      <p>Las reacciones de RT-qPCR se realizaron en dos pasos utilizando el sistema SYBR Green I y los cebadores PVX_101-2_FP: 5'AAG CCT GAG CAC AAA TTC GC 3') y PVX_101-2 RP: (5' GCT TCA GAC GGT GGC CG 3') que generan un amplicon de 101 pb correspondiente a la regi&oacute;n de CP ubicada entre las posiciones 6110 y 6211 del genoma de referencia de la accesi&oacute;n del GenBank M38480 (Agindotan <i>et al.</i>, 2007). La transcripci&oacute;n reversa se realiz&oacute; en 20 &micro;L con 200 U de la enzima Maxima Transcriptasa reversa (Thermo Fisher Scientific), 1X de buffer RT, 0,5 mM de dNTPs, 20 pmol del cebador reverso PVXR, 20 U de inhibidor de ribonucleasas (ARNasas) (RiboLock, Thermo Fisher Scientific) y 4 &micro;L del ARN total. Las reacciones se incubaron en un termociclador T3 (Biometra, Alemania) a 65 &deg;C por 5 min, seguido de 50 &deg;C por 30 min y 85 &deg;C por 5 min para desnaturalizar la enzima. Las reacciones de qPCR se realizaron en 25 &mu;L conteniendo 12,5 &mu;L del kit Maxima SYBR Green/ROX qPCR Master Mix (2X) (Thermo Fisher Scientific), 10 &mu;L de agua est&eacute;ril tratada con DEPC, 0,3 &mu;M de los cebadores PVX_101-2_FP y PVX_101-2 RP y 50-100 ng de ADN copia (ADNc). La amplificaci&oacute;n se adelant&oacute; en un equipo Rotor-Gene Q-5plex Platform (Qiagen) y consisti&oacute; de 95 &deg;C por 10 min para activar la Taq-polimerasa (<i>Hot-start</i>), seguido por 35 ciclos de 95 &deg;C por 10 s y 50 &deg;C por 45 s. La adquisici&oacute;n de fluorescencia se realiz&oacute; despu&eacute;s de cada ciclo de amplificaci&oacute;n y los valores de ciclo umbral (Ct) para cada muestra fueron definidos utilizando los valores por defecto del programa Rotor-Gene Q ver. 1.7., siendo consideradas como positivas aquellas muestras que superaron el Ct antes del ciclo 35 (Schena <i>et al.</i>, 2004). Posteriormente, los amplicones fueron sometidos a un an&aacute;lisis de desnaturalizaci&oacute;n utilizando la herramienta del equipo HRM (<i>High Resolution Mel</i><i>ting</i>) entre 50 y 99 &deg;C y comparados los valores de Tm (<i>melting temperature</i>) con respecto a los alcanzados para los controles positivos de <i>S. tuberosum </i>(Agdia), <i>S. phureja</i> y <i>S. peruviana</i>, infectados con PVX; este &uacute;ltimo corresponde a la muestra utilizada por Guti&eacute;rrez <i>et </i><i>al.</i> (2015) para obtener el primer reporte del genoma completo de este virus en Colombia. Todas las reacciones incluyeron adem&aacute;s una muestra blanco (libre de ADN copia).</p>      <p>Finalmente, cinco de los amplicones correspondientes a dos muestras de tejido de tub&eacute;rculo, al PVX de <i>S. </i><i>peruviana</i> y a los dos controles positivos, fueron secuenciados por el m&eacute;todo de Sanger, previa purificaci&oacute;n con el kit QIAquick Gel Extraction (Qiagen). Las secuencias fueron editadas con el software Mega 6.0 (Tamura <i>et al.,</i> 2013) y comparadas con GenBank mediante BLASTN (Altschul <i>et al</i>., 1990). </p>      <p><b>Resultados y discusi&oacute;n</b></p> <b>     <p><i>Pruebas de DAS-ELISA</i></p> </b>     <p> El PVX fue detectado utilizando las pruebas de DAS-ELISA con anticuerpos policlonales, en el 6,24 % y 50 % de las submuestras de tub&eacute;rculos de la variedad Diacol-Capiro y Criolla Colombia, respectivamente; en la primera variedad, PVX s&oacute;lo fue encontrado en tejidos de brotes (base y &aacute;pices), mientras que en Criolla-Colombia fue encontrado en los cuatro tipos de tejidos evaluados (<a href="#fig1">figura 1</a>). La validez de la prueba de DAS-ELISA fue confirmada por que se obtuvieron valores esperados tanto para los controles positivos (2,77 para Agdia y 2,88 para <i>S. phureja</i> foliar) como para los controles negativos (promedio=0,115; SD=0,025); defini&eacute;ndose en el histograma de frecuencias de absorbancias a 405 nm el nivel de 0,173, como el valor de corte del ensayo. La naturaleza viral del control positivo de <i>S. phureja</i> utilizado en el estudio, fue confirmada por secuenciaci&oacute;n Sanger del amplicon de 562 pb, que present&oacute; niveles de identidad del 99 % con respecto a diferentes accesiones de CP de PVX (Ej. X65015, HG518657 y HQ433257, valor e=0,0). La accesi&oacute;n HQ433257 corresponde a la regi&oacute;n CP de un aislamiento reportado por Gil <i>et al.</i> (2012) del municipio de la Ceja del Tambo (Antioquia). </p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<p align="center"><a name="fig1"><img src="img/revistas/biote/v18n1/v18n1a12f1.jpg"></a></p>      <p>Las diferencias evidentes encontradas entre los niveles de prevalencia de PVX detectados mediante pruebas de DAS-ELISA en los dos materiales de papa evaluados, deben registrarse con cautela, dados los niveles moderados de sensibilidad de esta prueba y los bajos rangos de t&iacute;tulo que alcanzan los virus en tejidos tub&eacute;rculos en dormancia (Mumford <i>et al.</i>, 2000; Agindotan <i>et al.</i>, 2007; Fageria <i>et al.</i>, 2013). Por esta raz&oacute;n, tambi&eacute;n se evalu&oacute; la infecci&oacute;n del PVX utilizando pruebas de RT-qPCR a partir de ARN total extra&iacute;do de <i>bulks</i> de tejidos constituidos a partir de las mismas submuestras utilizadas en las pruebas de DAS-ELISA. Reportes de literatura de detecci&oacute;n de virus en papa, dan cuenta de grandes diferencias entre los niveles de sensibilidad alcanzados en dichas pruebas. As&iacute; por ejemplo, Mumford <i>et al.</i> (2000), registran que el uso de RT-qPCR para detectar el <i>Potato mop-top virus</i> (PMTV) ofrec&iacute;a niveles de detecci&oacute;n superiores en 10<Sup>4</Sup> veces a los obtenidos con pruebas convencionales de ELISA; mientras que Kogovsek <i>et al.</i> (2008), en un estudio tendiente a dise&ntilde;ar pruebas de RT-qPCR para diferenciar aislamientos recombinantes de PVY<Sup>NTN</Sup>, encontraron que las pruebas en tiempo real presentaban niveles de sensibilidad superiores entre 10<Sup>5</Sup> y 10<Sup>7 </Sup>veces, con respecto a las pruebas de ELISA tradicionalmente empleadas para detectar este virus. </p>      <p><b><i>Pruebas de RT-qPCR</i></b></p>      <p> Utilizando pruebas de RT-qPCR con el sistema SYBR Green I y cebadores espec&iacute;ficos que amplifican un segmento de 101 pb de la regi&oacute;n CP, fue posible detectar el PVX en 30 de las 32 (93,75 %) muestras evaluadas de ambas variedades de papa, independientemente del tipo de tejido utilizado y de la localidad de procedencia de los tub&eacute;rculos. Los valores de ciclo umbral (Ct) encontrados para las muestras se presentaron en el rango de 18,02 a 34,49, con un promedio de 25,6, mientras que dichos valores fueron de 20,49, 20,06 y 26,8 para los controles positivos de <i>S. tuberosum</i> (Agdia), <i>S. phureja</i> y <i>P. peruviana</i>, respectivamente (<a href="#tab1">tabla 1</a>). El an&aacute;lisis de las curvas de desnaturalizaci&oacute;n, permiti&oacute; identificar dos grupos de valores de Tm entre las muestras analizadas: Tm<Sub>1</Sub>=79,5&plusmn;1&deg;C y Tm<Sub>2</Sub>=83,7&plusmn;1&deg;C, lo que representa la ocurrencia de al menos dos variantes de este virus en los cultivos de papa de Antioquia.  El amplicon generado para el control positivo de <i>P. peruviana</i> present&oacute; el Tm<Sub>1</Sub> (80,6&deg;C), mientras que aquellos de <i>S. tuberosum</i> y <i>S. phureja</i> correspond&iacute;an al Tm<Sub>2</Sub> (83,7&deg;C) (<a href="#fig2">figura 2</a>). Trabajos moleculares previos, realizados por Gil <i>et al.</i> (2012) a partir de an&aacute;lisis de secuencias de la c&aacute;pside viral de aislamientos de PVX procedentes de tejido foliar de papa de diferentes departamentos del pa&iacute;s, demostraron la ocurrencia de cepas asociadas filogen&eacute;ticamente a los dos linajes de este virus reportados en el mundo (I: Eurasi&aacute;tico y II: Americano). Adem&aacute;s, los an&aacute;lisis de identidad utilizando las secuencias de CP indicaban la presencia de niveles de disimilaridad de hasta el 23 % entre cepas colombianas de PVX, lo que se&ntilde;alaba un alto nivel de variaci&oacute;n de esta especie viral en el pa&iacute;s. </p>      <p align="center"><a name="fig2"><img src="img/revistas/biote/v18n1/v18n1a12f2.jpg"></a></p>      <p>La naturaleza viral de los amplicones obtenidos en las reacciones de RT-qPCR fue confirmada por secuenciaci&oacute;n Sanger, encontr&aacute;ndose un 100 % de identidad entre las secuencias de los controles positivos de <i>S. </i><i>tuberosum</i> y <i>S. phureja, </i>y de dos de las muestras de tub&eacute;rculos, con respecto a secuencias de aislamientos del clado de Eurasia de PVX (ej. KF568900 y GU144348, valor e= 4x10<Sup>-19</Sup>). Por su parte, la secuencia del control positivo de <i>P. peruviana</i> present&oacute; alta identidad con la accesi&oacute;n correspondiente al genoma completo de PVX (KM659859, valor e=2x10<Sup>-15</Sup>) reportada por Guti&eacute;rrez <i>et al.</i> (2015). </p>      <p>Los altos niveles de infecci&oacute;n de PVX detectados en este trabajo a partir de tub&eacute;rculos de las variedades Diacol-Capiro y Criolla Colombia no resultan sorpresivos, por cuanto trabajos previos realizados en Colombia utilizando t&eacute;cnicas menos sensibles que la RT-qPCR como ELISA (Guzm&aacute;n <i>et al.,</i> 2010; Gil <i>et al.</i>, 2012) e inmunoimpresi&oacute;n (Franco-Lara <i>et al.</i>, 2009) hab&iacute;an se&ntilde;alado la prevalencia de este virus en tejido foliar de diferentes variedades de papa en niveles de entre 8 y 20 %; mientras que en trabajos adelantados en otros pa&iacute;ses en desarrollo como China (Wang <i>et al.</i>, 2011), Pakist&aacute;n (Abbas <i>et al.</i>, 2012) y Camer&uacute;n (Njukeng <i>et al.</i>, 2013), los niveles reportados de infecci&oacute;n por PVX alcanzan valores de 12,4 % (en tejido foliar), 53,6 % (en tejido foliar) y 90 % (en tub&eacute;rculos), respectivamente. Estos hallazgos de infecci&oacute;n de PVX, son un indicador de los problemas que se tienen en Colombia y en otros pa&iacute;ses con respecto a los programas de manejo integrado de enfermedades virales y de certificaci&oacute;n por su sanidad viral de los tub&eacute;rculos-semilla de papa, pues se ha demostrado que virus como el PVX que no son transmitidos por &aacute;fidos u otros artr&oacute;podos, pueden ser efectivamente controlados a partir de la utilizaci&oacute;n de material de siembra libre de virus y pr&aacute;cticas culturales gen&eacute;ricas (ej. desinfecci&oacute;n de herramientas, restricci&oacute;n a ingreso de lotes, etc.) (Halterman <i>et al.</i>, 2012; Frost <i>et al.,</i> 2013). As&iacute; por ejemplo, en pa&iacute;ses como EEUU y Canad&aacute;, los niveles de detecci&oacute;n de este virus en los cultivos de papa son marginales, siendo reportado que a&uacute;n en grandes regiones cultivadoras como Wisconsin (EEUU), de 500.000 plantas evaluadas en el programa de certificaci&oacute;n de semilla entre los a&ntilde;os 1990 a 2000, ninguna result&oacute; positiva para la infecci&oacute;n de PVX; as&iacute; como tampoco se detect&oacute; este virus en evaluaciones realizadas en 2010 a partir de 2100 plantas procedentes de 20 lotes cultivados con nueve variedades de papa en este estado (Frost <i>et al.</i>, 2013). </p>      <p>Como se puede inferir de los resultados obtenidos en este estudio, los niveles de prevalencia de PVX en tub&eacute;rculos-semilla de las variedades Diacol-Capiro y Criolla-Colombia procedentes de diferentes localidades de Antioquia, son muy altos, por lo que es imperativo el fortalecimiento de los programas de certificaci&oacute;n de semilla de papa en el pa&iacute;s y la utilizaci&oacute;n de metodolog&iacute;as de detecci&oacute;n de virus altamente sensibles, como la RT-qPCR aqu&iacute; evaluada, para de esta forma garantizar la sanidad de los materiales de plantas madre <i>in vitro</i>, Super-Elite y Elite, utilizados como material para la obtenci&oacute;n de la semilla b&aacute;sica, registrada y certificada de papa que es comercializada en el pa&iacute;s. </p>      <p><b>Conclusiones</b></p>      <p> Utilizando pruebas de DAS-ELISA y RT-qPCR, en este trabajo se detectaron altos niveles de prevalencia del PVX en diferentes tejidos de tub&eacute;rculos-semilla de papa de las variedades Diacol-Capiro y Criolla Colombia, por lo que es necesario el fortalecimiento de los programas de certificaci&oacute;n de semilla de papa en Colombia y facilitar el acceso a dicho material por parte de los peque&ntilde;os agricultores de este tub&eacute;rculo en el pa&iacute;s. </p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<p>La t&eacute;cnica de RT-qPCR utilizando el sistema SYBR Green I y los cebadores espec&iacute;ficos PVX_101-2_FP y PVX_101-2 RP, permiti&oacute; la detecci&oacute;n del PVX en los cuatro diferentes tejidos de tub&eacute;rculos de papa evaluados (piel, yemas no brotadas, base de brotes y &aacute;pice de brotes); present&aacute;ndose amplificaciones positivas en valores de ciclo umbral (Ct) tan bajos como 18,02 y con un promedio de 25,6, lo que implica la ocurrencia de altos niveles de t&iacute;tulo viral en dichos tejidos. Con el uso de la herramienta de an&aacute;lisis de curvas de desnaturalizaci&oacute;n acoplada a esta prueba, se determin&oacute; la ocurrencia de al menos dos variantes de este virus en Colombia, diferenciados por valores de Tm de 79,5&plusmn;1&deg;C y 83,7&plusmn;1&deg;C. </p>      <p><b>Agradecimientos</b></p>      <p> Este trabajo fue financiado por la Vicerrector&iacute;a de Investigaci&oacute;n de la Universidad Nacional de Colombia a trav&eacute;s del proyecto 19438 de la Convocatoria: Nuevos proyectos de investigaci&oacute;n, creaci&oacute;n o innovaci&oacute;n (Modalidad 2). </p>  <hr>      <p><b>Referencias bibliogr&aacute;ficas</b></p>     <!-- ref --><p> Abbas, M. F., Hameed, S., Rauf, A., Nosheen, Q., Ghani, A., Qadir, A., &amp; Zakia, S. (2012). Incidence of six viruses in potato growing areas of Pakistan. <i>Pakistan Journal of Phytopathology, </i><i>24</i>(1), 44-47.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389903&pid=S0123-3475201600010001200001&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      <!-- ref --><p>Agindotan, B. O., Shiel, P. J., &amp; Berger, P. H. (2007). Simultaneous detection of potato viruses, PLRV, PVA, PVX and PVY from dormant potato tubers by TaqMan real-time RT-PCR. <i>Journal of </i><i>Virological Methods, 142</i>(1-2), 1-9.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389905&pid=S0123-3475201600010001200002&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --> </p>      <!-- ref --><p>Altschul, S. F., Gish, W., Miller, W., Myers, E. W., &amp; Lipman, D. J. 1990. Basic local alignment search tool. <i>Journal of  Molecular </i><i>Biology, 215</i>(3), 403-410.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389907&pid=S0123-3475201600010001200003&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<!-- ref --><p>Bayne E. H., Rakitina, D. V., Morozov, S. Y., &amp; Baulcombe, D. C. (2005). Cell-to-cell movement of potato potexvirus X is dependent on suppression of RNA silencing. <i>The Plant Journal, 44</i>(3), 471-482.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389909&pid=S0123-3475201600010001200004&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      <!-- ref --><p>Cox A., &amp; Jones, R. (2010). Genetic variability in the coat protein gene of <i>Potato virus X</i> and the current relationship between phylogenetic placement and resistance groupings. <i>Archives of </i><i>Virology, 155</i>(8), 1349-1356.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389911&pid=S0123-3475201600010001200005&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --> </p>      <!-- ref --><p>DANE. (2013). Encuesta Nacional Agropecuaria-ENA. En: Departamento Nacional de Estad&iacute;stica, <a href="http://www.dane.gov.co" target="_blank">http://www.dane.gov.co</a>. Consultado en: mayo 2015.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389913&pid=S0123-3475201600010001200006&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      <!-- ref --><p>Esfandiari, N., Kohi-Habibi, M., Hohn, T., &amp; Pooggin, M. M. (2009). Complete genome sequence of an Iranian isolate of <i>Potato vi</i><i>rus X</i> from the legume plant <i>Pisum sativum</i>. <i>Virus Genes, 39</i>(1), 141-145.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389915&pid=S0123-3475201600010001200007&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      <!-- ref --><p>Fageria, M. S., Singh, M., Nanayakkara, U., Pelletier, Y., Nie, X., &amp; Wattie, D. (2013). Monitoring current-season spread of <i>Potato </i><i>virus Y</i> in potato fields using ELISA and real-time RT-PCR. <i>Plant </i><i>Disease, 97</i>(5), 641-644.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389917&pid=S0123-3475201600010001200008&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --> </p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<!-- ref --><p>Franco-Lara, L., Soto, C. A., &amp; Guzm&aacute;n, M. (2009). Detecci&oacute;n de los virus PVX, PVS, PVY y PLRV en la Colecci&oacute;n Central Colombiana de papa por medio de la t&eacute;cnica de inmunoimpresi&oacute;n (IMI). <i>Revista Facultad de Ciencias B&aacute;sicas, 5</i>(1), 130-139.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389919&pid=S0123-3475201600010001200009&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      <!-- ref --><p>Frost, K., Groves, R. L., &amp; Charkowski, A. O. (2013). Integrated control of potato pathogens through seed potato certification and provision of clean seed potatoes. <i>Plant Disease, 97</i>(10), 1268-1280.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389921&pid=S0123-3475201600010001200010&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      <!-- ref --><p>Gil J. F., Cotes, J. M., &amp; Mar&iacute;n, M. (2012). Detecci&oacute;n y caracterizaci&oacute;n molecular del Virus X de la Papa (PVX) en regiones productoras de papa de Colombia. <i>Revista de Protecci&oacute;n Vegetal, </i><i>27</i>(2), 69-76.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389923&pid=S0123-3475201600010001200011&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      <!-- ref --><p>Guerrero, O., &amp; Mart&iacute;nez, G. (1980). Evaluaci&oacute;n de p&eacute;rdidas ocasionadas en la variedad de papa Purac&eacute; por los virus <i>Potato virus X</i>, <i>Potato virus Y</i> y <i>Potato leafroll virus</i>. <i>Fitopatolog&iacute;a Colombiana, </i><i>9</i>(1), 3-40.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389925&pid=S0123-3475201600010001200012&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --> </p>      <!-- ref --><p>Guti&eacute;rrez, P. A., Alzate, J. F., &amp; Mar&iacute;n, M. (2015). Complete genome sequence of an isolate of <i>Potato virus X</i> (PVX) infecting Cape gooseberry (<i>Physalis peruviana</i>) in Colombia. <i>Virus Genes, </i><i>50</i>(3), 518-522.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389927&pid=S0123-3475201600010001200013&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<!-- ref --><p>Guzm&aacute;n, M., Rom&aacute;n, V., Franco, L., &amp; Rodr&iacute;guez, P. (2010). Presencia de cuatro virus en algunas accesiones de la Colecci&oacute;n Central Colombiana de papa mantenida en campo. <i>Agronom&iacute;a </i><i>Colombiana, 28</i>(2), 225-233.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389929&pid=S0123-3475201600010001200014&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --> </p>      <!-- ref --><p>Halterman, D., Charkowski, A., &amp; Verchot, J. (2012). Potato, viruses, and seed certification in the USA to provide healthy propagated tubers. <i>Pest Technology, 6</i>(1), 1-14.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389931&pid=S0123-3475201600010001200015&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      <!-- ref --><p>Kerlan, C. (2008). Potato viruses. pp. 458-471. En: Mahy, B. W. y M. H. van Regenmortel (eds.). Desk encyclopedia of plant and fungal virology. Oxford, Reino Unido: Academic Press, p 632.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389933&pid=S0123-3475201600010001200016&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      <!-- ref --><p>King, A. M. Q., Adams, M. J., Carstens, E. B., &amp; Lefkowitz, E. J. (2011). Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses. Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. San Diego: Elsevier Academic Press, p 1327.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389935&pid=S0123-3475201600010001200017&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      <!-- ref --><p>Kogovsek P., Gow, L., Pompe-Novak, M., Gruden, K., Foster, G. D., Boonham, N., &amp; Ravnikar, M. (2008). Single-step RT real-time PCR for sensitive detection and discrimination of <i>Potato virus Y</i> isolates. <i>Journal of Virological Methods, 149</i>(1), 1-11.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389937&pid=S0123-3475201600010001200018&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<!-- ref --><p>Kutnjak D., Silvestre, R., Cuellar, W., P&eacute;rez, W., M&uuml;ller, G., Ravnikar, M., &amp; Kreuze, J. (2014). Complete genome sequences of new divergent potato virus X isolates and discrimination between strains in a mixed infection using small RNAs sequencing approach. <i>Virus Research, 191</i>(1), 45-50.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389939&pid=S0123-3475201600010001200019&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      <!-- ref --><p>Mandal, B., Kumar, A., Rani, P., &amp; Kumar, R. (2012). Complete genome sequence, phylogenetic relationships and molecular diagnosis of an Indian isolate of <i>Potato virus X</i>. <i>Journal of Phyto</i><i>pathology, 160</i>(1), 1-5.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389941&pid=S0123-3475201600010001200020&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      <!-- ref --><p>Moriera, A., Jones, R. A. C., y Fribourg, C. E. (1980). Properties of a resistance-breaking strain of potato virus X. <i>Annals of Applied </i><i>Biology, 95</i>(1), 93-103.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389943&pid=S0123-3475201600010001200021&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      <!-- ref --><p>Mumford, R. A., Walsh, K., Barker, I., &amp; Boonham, N. (2000). Detection of <i>Potato mop top virus </i>and <i>Tobacco rattle virus </i>using a multiplex real-time fluorescent reverse transcription polymerase chain reaction assay. <i>Phytopathology, 90</i>(5), 448-453.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389945&pid=S0123-3475201600010001200022&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      <!-- ref --><p>Nie X., &amp; Singh, R. P. (2001). A novel usage of random primers for multiplex RT-PCR detection of virus and viroid in aphids, leaves, and tubers. <i>Journal of Virological Methods, 91</i>(1), 37-49.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389947&pid=S0123-3475201600010001200023&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<!-- ref --><p>Nie X., &amp; Singh, M. (2013). Response of potato, tobacco and <i>Physa</i><i>lis floridana</i> plants to mixed infection with PVX, PVYNTN and PVY&deg; strains. <i>Canadian Journal of Plant Pathology, 35</i>(3): 390-401.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389949&pid=S0123-3475201600010001200024&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      <!-- ref --><p>Njukeng, P. A., Chewachong, G. M., Sakwe, P., Chofong, G., Nkeabeng, L. W., Demo, P., &amp; Njualem, K. D. (2013). Prevalence of six viruses in potato seed tubers produced in informal seed system in the North West region of Cameroon. <i>Cameroon Journal </i><i>of Experimental Biology, 9</i>(1), 44-49.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389951&pid=S0123-3475201600010001200025&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      <!-- ref --><p>Salazar, L. F. (2006). Emerging and re-emerging potato diseases in the Andes. <i>Potato Research, 49</i>(1), 43-47.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389953&pid=S0123-3475201600010001200026&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      <!-- ref --><p>Schena, L., Nigro, F., Ippolito, A., &amp; Gallitelli, D. (2004). Real-time quantitative PCR: a new technology to detect and study phytopathogenic and antagonistic fungi. <i>European Journal of Plant </i><i>Pathology, 110</i>(9), 893-908.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389955&pid=S0123-3475201600010001200027&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      <!-- ref --><p>Tamura, K, Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A., &amp; Kumar, S. (2013). MEGA6: Molecular evolutionary genetics analysis. <i>Molecular </i><i>Biology and Evolution, 30</i>(12), 2725-2729.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389957&pid=S0123-3475201600010001200028&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<!-- ref --><p>Verchot-Lubicz, J., Ye, C. M., &amp; Bamunusinghe, D. (2007). Molecular biology of potexviruses: recent advances. <i>Journal of General Vi</i><i>rology, 88</i>(6), 1643-1655.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389959&pid=S0123-3475201600010001200029&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p>      <!-- ref --><p>Wang, B., Ma, Y., Zhang, Z., Wu, Z., Wu, Y., Wang, Q., y Li, M. 2011. Potato viruses in China. <i>Crop Protection, 30</i>(9), 1117-1123.    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=2389961&pid=S0123-3475201600010001200030&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --></p> </font>      ]]></body><back>
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