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<article-title xml:lang="es"><![CDATA[Diagnóstico molecular de candidemia mediante PCR semianidada en pacientes críticos]]></article-title>
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<abstract abstract-type="short" xml:lang="en"><p><![CDATA[Objectives: to standardize a molecular test based on semi-nested PCR for diagnosis of candidemia. Methods: we developed a pilot study by means of optimizing the extraction protocol and use of ribosomal DNA, amplifying the complete ITS-2 region of Candida spp. And by semi-nested PCR reamplifying specific segments of nine clinically relevant Candida species. Clinical samples of plasma of critically ill patients with microbiologically proven candidemia from a third level hospital in Bogotá. Another sample of simulated candidemia was used with Candida strain form a urine sample. Results: we were able to standardize this technique and achieved from clinical samples of plasma a likely sensitivity of 90% and a theoretical specificity of 100%. The detection capability of this test is up to 1 cell per 200 &#956;l of plasma. Conclusion: a molecular test for detection of candidemia among critically ill patients was standardized (Acta Med Colomb 2011; 36: 135-140).]]></p></abstract>
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</front><body><![CDATA[  <font face="verdana" size="2">      <p><b>Trabajos Originales</b></p>      <p align="center"><font size="4"><b>Diagn&oacute;stico molecular de candidemia mediante PCR semianidada en pacientes cr&iacute;ticos</b></font></p>      <p align="center"><font size="4"><b>Molecular diagnosis of candidemia by seminested PCR in critically ill patients</b></font></p>      <p align="center">William Pascual Ospina<sup>(1)</sup>, Jorge Alberto Cort&eacute;s<sup>(2)</sup>,&bull; Bogot&aacute;, D.C. (Colombia)</p>      <p>(1) Departamento de Medicina, Facultad de Medicina, Universidad Nacional de Colombia    <br> (2) Departamento de Medicina, Grupo de Investigaci&oacute;n en Enfermedades Infecciosas, Facultad de Medicina, Universidad Nacional de Colombia. Bogot&aacute;, D.C. (Colombia).</p>      <p>Correspondencia: Dr. William Pascual Ospina. Bogot&aacute;, D.C. (Colombia).    <br>  E-mail: <a href="mailto:wipos@hotmail.com">wipos@hotmail.com</a></p>       <p>Recibido: 29/XI/2010 Aceptado: 28/VII/2011</p>  <hr>      ]]></body>
<body><![CDATA[<p><b><font size="3">Resumen</font></b></p>      <p><b>Objetivos: </b>estandarizar una prueba molecular basada en PCR semianidada para el diagn&oacute;stico de candidemia</p>      <p><b>Metodolog&iacute;a: </b>se desarroll&oacute; un estudio piloto en que se optimiz&oacute; el protocolo de extracci&oacute;n y utilizaci&oacute;n de ADN ribosomal, amplificando la regi&oacute;n ITS-2 completa de <i>Candida spp</i>. Y mediante PCR semianidada, reamplificando segmentos espec&iacute;ficos de nueve especies cl&iacute;nicamente relevantes de <i>Candida. </i>Se utilizaron muestras cl&iacute;nicas de plasma de pacientes cr&iacute;ticamente enfermos con candidemia documentada microbiol&oacute;gicamente del Hospital de la Samaritana en Bogot&aacute;. Se utiliz&oacute; una muestra de candidemia simulada utilizando una cepa de <i>Candida </i>obtenida de orina.</p>      <p><b>Resultados: </b>se logr&oacute; protocolizar dicha t&eacute;cnica y tener a partir de muestras cl&iacute;nicas de plasma una sensibilidad probable de 90% y especificidad te&oacute;rica cercana a 100%. La capacidad de detecci&oacute;n de este ensayo es hasta de una c&eacute;lula por 200 &#956;l de plasma.</p>      <p><b>Conclusiones: </b>se estandariz&oacute; una prueba molecular para detecci&oacute;n de candidemia en pacientes cr&iacute;ticamente enfermos <b>(Acta Med Colomb 2011; 36: 135-140)</b>.</p>      <p><b>Palabras clave: <i>(DeCS), </i></b><i>Candida, Candida/aislamiento &amp; purificaci&oacute;n, candidemia, candidemia/ diagn&oacute;stico, candidemia/microbiology, t&eacute;cnicas de diagn&oacute;stico molecular, reacci&oacute;n en cadena de la polimerasa.</i></p>  <hr>      <p><b><font size="3">Abstract</font></b></p>      <p><b>Objectives: </b>to standardize a molecular test based on semi-nested PCR for diagnosis of candidemia.</p>      <p><b>Methods: </b>we developed a pilot study by means of optimizing the extraction protocol and use of ribosomal DNA, amplifying the complete ITS-2 region of <i>Candida spp</i>. And by semi-nested PCR reamplifying specific segments of nine clinically relevant <i>Candida </i>species. Clinical samples of plasma of critically ill patients with microbiologically proven candidemia from a third level hospital in Bogot&aacute;. Another sample of simulated candidemia was used with <i>Candida </i>strain form a urine sample.</p>      <p><b>Results: </b>we were able to standardize this technique and achieved from clinical samples of plasma a likely sensitivity of 90% and a theoretical specificity of 100%. The detection capability of this test is up to 1 cell per 200 &#956;l of plasma.</p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<p><b>Conclusion: </b>a molecular test for detection of candidemia among critically ill patients was standardized <b>(Acta Med Colomb 2011; 36: 135-140)</b>.</p>      <p><b>Key words (MESH): </b><i>candida, candida/isolation &amp; purification, candidemia, candidemia/diagnosis, candidemia/microbiology, molecular diagnostic technology, polymerase chain reaction, nested PCR.</i></p>  <hr>      <p><b><font size="3">Introducci&oacute;n</font></b></p>      <p>Los adelantos t&eacute;cnicocient&iacute;ficos en medicina han logrado mejorar la supervivencia de pacientes con enfermedades graves; sin embargo, la exposici&oacute;n prolongada de dichos pacientes al medio hospitalario y una variedad de condiciones subyacentes propias del paciente predisponen a la colonizaci&oacute;n y posterior infecci&oacute;n por agentes oportunistas incluyendo diferentes especies de hongos. Las infecciones del torrente sangu&iacute;neo por <i>Candida </i>en los pacientes cr&iacute;ticamente enfermos determinan un factor de mortalidad que se puede elevar por encima de 50% (1). En Estados Unidos, <i>Candida spp. </i>es la cuarta causa m&aacute;s frecuente de infecci&oacute;n del torrente sangu&iacute;neo (2) y en Colombia es la quinta entre los pacientes en la unidad de cuidado intensivo (3).</p>      <p>El <i>gold standard </i>de infecci&oacute;n por <i>Candida spp. </i>Diseminada o invasiva lo constituyen los hemocultivos cuyo rendimiento para mejor los casos es del 50% (4); esto quiere decir que en m&aacute;s de la mitad de los pacientes infectados por <i>Candida spp. </i>no se lograr&aacute; documentar la infecci&oacute;n mic&oacute;tica o s&oacute;lo se identificar&aacute; en forma tard&iacute;a. La supervivencia de pacientes con candidiasis diseminada depende en gran medida del pronto inicio de antimic&oacute;ticos y de su actividad frente a la <i>Candida spp, </i>aislada (5). Se ha demostrado que un retardo en el inicio de antimic&oacute;ticos superior a 12 horas puede relacionarse con un aumento de la mortalidad de forma significativa. Sin embargo, los resultados de los hemocultivos tardan mucho m&aacute;s que aquellos para los agentes bacterianos (6).</p>      <p>Los m&eacute;todos de detecci&oacute;n basados en ADN ofrecen un medio potencialmente m&aacute;s sensible para el diagn&oacute;stico de infecciones con baja carga infecciosa. La presencia de ADN de diversos microorganismos pat&oacute;genos en la sangre de paciente infectados ha sido demostrada. La localizaci&oacute;n del microorganismo en la sangre es de valor cr&iacute;tico y un paso limitante para definir a partir de qu&eacute; tipo de muestra se debe trabajar; es decir, para microorganismos de localizaci&oacute;n intra-celular la muestra ideal inicial es sangre total y el material de trabajo ser&aacute; el concentrado de gl&oacute;bulos rojos y blancos, luego de centrifugaci&oacute;n y separaci&oacute;n del plasma. En el caso de las infecciones por <i>Candida spp., </i>no exist&iacute;a claridad acerca de la muestra de trabajo inicial para optimizar la localizaci&oacute;n y posterior purificaci&oacute;n de ADN mic&oacute;tico. Hasta el momento diversos protocolos de PCR realizados en l&iacute;quidos corporales para detectar ADN de <i>Candida </i>han producido resultados algunos satisfactorios y otros no tan alentadores (7). Los trabajos hasta el momento realizados que involucran la amplificaci&oacute;n de ADN por PCR se basan en el previo cultivo de sangre y no han probado su eficacia a partir de muestras cl&iacute;nicas directas. Adicionalmente debido al aumento de infecciones por <i>Candida spp. No albicans </i>cuyo perfil de susceptibilidad a los antimic&oacute;ticos es variable; se quiere disponer de un m&eacute;todo diagn&oacute;stico que sea completamente sensible y a la vez suficientemente espec&iacute;fico y que logre caracterizar a nivel de especie. El objetivo del presente estudio fue el de desarrollar una prueba de PCR para la identificaci&oacute;n de <i>Candida </i>en el torrente sangu&iacute;neo de pacientes con candidemia.</p>      <p><b><font size="3">Material y m&eacute;todos</font></b></p>      <p>Se trata de un estudio experimental de desarrollo y estandarizaci&oacute;n de una prueba molecular para aplicar en muestras de plasma.</p>      <p><b>Muestras</b></p>      <p>Se seleccionaron pacientes con hemocultivos positivos para especies de <i>Candida </i>que estaban cr&iacute;ticamente enfermos en el Hospital Universitario La Samaritana en Bogot&aacute;. Los hemocultivos eran solicitados por los m&eacute;dicos tratantes de acuerdo con su propia sospecha de infecci&oacute;n bacteriana o mic&oacute;tica del torrente sangu&iacute;neo. A los pacientes (o sus acudientes) con hemocultivos positivos para una levadura se les inform&oacute; de la posibilidad de participar en el estudio y se le solicit&oacute; consentimiento informado durante el segundo semestre de 2009. Se tomaron dos muestras de sangre total por venopunci&oacute;n simple de pacientes con candidemia diagnosticada, previo al inicio del antimic&oacute;tico.</p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<p>Tambi&eacute;n se utiliz&oacute; una cepa de <i>Candida spp., </i>obtenida a partir de un urocultivo.</p>      <p>Por conveniencia, se seleccionaron los diez primeros pacientes con hemocultivos positivos para realizar la extracci&oacute;n de ADN y la prueba molecular. los diagn&oacute;sticos microbiol&oacute;gicos del laboratorio de microbiolog&iacute;a se mantuvieron cegados a los investigadores hasta el final.</p>      <p><b>Aspectos &eacute;ticos</b></p>      <p>Se obtuvo la aprobaci&oacute;n por los comit&eacute;s cient&iacute;fico y &eacute;tico del Hospital de la Samaritana E.S.E. de Bogot&aacute; D.C. Cada paciente o su acudiente en casos en los que el paciente no estuviera en capacidad de dar su consentimiento fue informado del estudio y nuevas muestras de sangre fueron tomadas previo al inicio del antimic&oacute;tico.</p>      <p><b>Procedimientos de laboratorio</b></p>      <p>Se tomaron 10 mL de sangre en tubos de vac&iacute;o con EDTA. Estas muestras se llevan a centrifugaci&oacute;n a 1000 g/ min para separar la fase celular y de plasma. Se toma el sobrenadante con micropipeta evitando la fase celular y obteniendo muestras de plasma de estos pacientes de 4-6 mL de cada uno, dado que es la muestra que te&oacute;ricamente tiene mejor rendimiento de detecci&oacute;n de candidemia por PCR (8). Estas muestras se transportaron de forma independiente, debidamente rotuladas y refrigeradas al laboratorio de biolog&iacute;a molecular de la Fundaci&oacute;n Instituto de Inmunolog&iacute;a de Colombia, FIDIC, para su almacenamiento en frascos cerrados con rosca a -20&deg;C.</p>      <p>El almacenaje en promedio duro seis meses hasta el momento del an&aacute;lisis molecular de las 10 muestras recolectadas.</p>     <p>Los <i>primers </i>a utilizar son: dos <i>primers </i>universales CTSF (5'-TCGCATCGATGAAGAACGCAGC-3') y CTSR (5'-TCTTTTCCTCCGCTTATTGATATGC-3') para amplificar la regi&oacute;n ITS 2 entera. Luego se utilizar&aacute;n <i>primers </i>directos, espec&iacute;ficos para nueve especies de <i>Candida </i>anidados en el extremo 3' suministrados por la FIDIC, no mostrados.</p>      <p>Los resultados se consideran positivos con la aparici&oacute;n de una o varias bandas de ADN marcado, del tama&ntilde;o esperado y visualizado con luz ultravioleta en comparaci&oacute;n con marcadores de tama&ntilde;o molecular de 100 pares de bases de ADN.</p>      <p>La sensibilidad esperada seg&uacute;n los conceptos te&oacute;ricos debe superar 80% y la especificidad ser&aacute; cercana a 100% con la capacidad de identificar nueve especies de <i>Candida spp., </i>cl&iacute;nicamente relevantes.</p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<p>Simult&aacute;neamente se decide para efecto de control de calidad y estandarizaci&oacute;n, fabricar muestras de candidemia simulada (9), a partir de muestras de plasma (una) de los investigadores y cultivo de <i>Candida spp., </i>de aislamiento de orina suministrado tambi&eacute;n por el laboratorio de microbiolog&iacute;a del Hospital Universitario de La Samaritana. Este cultivo se transport&oacute; en fase s&oacute;lida al laboratorio de biolog&iacute;a molecular del Instituto, en donde se replica para cultivo l&iacute;quido el cual fue cuantificado por m&eacute;todo de est&aacute;ndares de turbidez de McFarland, para luego hacer diluciones seriadas y mezcla con el plasma de los investigadores hasta obtener candidemias simuladas del orden de 5 x 10<sup>5</sup> , 5 x 10<sup>3</sup>, 5 x10<sup>1 </sup>y 5 c&eacute;lulas por &#956;l de plasma. Estas candidemias simuladas sirvieron para estandarizar la t&eacute;cnica de extracci&oacute;n de ADN.</p>      <p>El protocolo de extracci&oacute;n final incluye:</p>      <p>1. Tomar 1.8 mL de plasma infectado en tubos de 2 mL y centrifugar a 10000 g/min a temperatura ambiente.</p>      <p>2. Descartar el sobrenadante y resuspender el pellet en 300 &#956;l de la soluci&oacute;n Microbead UltraClean&reg;Microbial ADN isolation Kit de (Mo bio laboratories inc.). Este kit se escogi&oacute; por incluir un paso de lisis celular qu&iacute;mico optimizado por el efecto mec&aacute;nico de microc&aacute;psulas. Continuar el protocolo seg&uacute;n el fabricante.</p>      <p>Es importante en el momento de utilizar SDS incubar la muestra a 65&deg;C durante 10 minutos antes de continuar. Al final del protocolo el filtro se desecha y quedamos con una muestra de aproximadamente 40-50 &#956;l de ADN en Tris 10 mM pH8 que no contiene EDTA el cual es guardado -20&deg;C.</p>      <p>Las condiciones de PCR inicial son:</p>      <p>Se utilizan los primers descritos previamente (10) CTSF y CTSR, directo y reverso, respectivamente a concentraciones finales de 10 pmol buffer 1X, MgCl2 1.5 mM, dNTPs 0.1 mM, taq ADN polimerasa a raz&oacute;n de 0.5 unidades por 10 &#956;l<i>, 2 </i>&#956;l de ADN extra&iacute;do en una reacci&oacute;n total de <i>10 </i>&#956;l con los siguientes ciclos: 94&deg;C 3 minutos por un ciclo; 35 ciclos de tres temperaturas as&iacute;: 94&deg;C un minuto, 60&deg;C 30 segundos y 72&deg;C un minuto y un ciclo final de 72&deg; C por 10 minutos. Ciclo final de seguridad a 4&deg;C.</p>      <p>La PCR semianidada se realiza con CTSR descrito y 9 <i>primers </i>directos de nueve especies cl&iacute;nicamente relevantes de <i>Candida spp. </i>a saber: <i>C. albicans, C. tropicalis, C. glabrata, C. parapsilosis, C. famata, C. krusei, C. guilliermondii, C. dubliniensis </i>and <i>C. lusitaniae </i>(10)( FIDIC). las condiciones fueron las siguientes: <i>primers </i>5 pM, buffer 1X, MgCl2 1,5 mM, dntPs 0.1 mM, taq Dna polimerasa 0.5 unidades, 1 &#956;l del amplificado de DNA inicial diluido 1:10, en un volumen total de 1<i>0 </i>&#956;l<i>, </i>realizando el siguiente ciclado: Un ciclo 94|C por 3 min; 20 ciclos de tres temperaturas asi: 94&deg;C un minuto, 60&deg;C 30 segundos y 72&deg;C un minuto; y un ciclo de final de extensi&oacute;n de 72&deg;C 10 minutos.</p>      <p><b><font size="3">Resultados</font></b></p>      <p>Al momento del primer gel de electroforesis en agarosa al 1% para ADN gen&oacute;mico, no logramos visualizar ADN de <i>Candida spp. </i>en las 10 muestras cl&iacute;nicas, pero se logra visualizar DNA gen&oacute;mico en las muestras de candidemia simulada (concentradas mediante Speedvac) del orden de 5 x 10<sup>5</sup> y 5 c&eacute;lulas/mL; sin lograr visualizar el mismo en las muestras de 5 x 10<sup>3</sup> y 5 x 10<sup>1</sup> suponiendo degradaci&oacute;n o p&eacute;rdida de DNA en estas &uacute;ltimas muestras.</p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<p>A pesar de este resultado negativo en el gel de electroforesis de ADN gen&oacute;mico de <i>Candida spp., </i>en muestra cl&iacute;nicas, se decide continuar con el protocolo para amplificaci&oacute;n del producto de ITS2 completo por PCR en las muestras cl&iacute;nicas dado que la concentraci&oacute;n probable esperada de ADN es m&iacute;nima tal como ocurre con las bajas candidemias habituales las cuales son positivas para hemocultivos s&oacute;lo en la mitad de los casos.</p>      <p>El resultado de este producto inicial de PCR amplificando la regi&oacute;n completa de ITS2 se logra visualizar en siete de las 10 muestras; sin embargo, la muestra identificada como #2 amplifica claramente dos bandas, lo cual se puede interpretar como inespecificidad de la prueba o la presencia de dos amplicones positivos de diferente tama&ntilde;o y provenientes de dos especies diferentes de <i>Candida spp</i>. Amplifican tambi&eacute;n con la primera PCR las muestras de candidemia simulada identificadas como #11 y #14 del orden de 5 x 10<sup>5 </sup>y 5 c&eacute;lulas/mL respectivamente. No amplifica la PCR de la muestra identificada como #13 de candidemia simulada por lo cual se decide descartar las muestras #12 y #13 del orden 5 x 10<sup>3</sup> y 5 x 10<sup>1</sup> respectivamente, confirmando la ausencia de ADN &iacute;ntegro en estas mismas. Los respectivos controles negativos no amplificaron (fotograf&iacute;a omitida por mala calidad, pero registrada).</p>      <p>Con este resultado tenemos una sensibilidad de la PCR a partir de sangre de pacientes con candidemia de 70% y para descartar la inespecificidad de la prueba se hace PCR semianidada de la muestra cl&iacute;nica #5, que fue el amplicon mejor visualizado y de la muestra cl&iacute;nica #2, que es la que presenta dos ampliaciones se realiza inicialmente la PCR seminidada para estas dos muestras.</p>      <p>El resultado de este ensayo con las muestras cl&iacute;nicas #2 y #5 inicial amplifica con los <i>primers </i>para <i>C. guilliermondii </i>(primer directo espec&iacute;fico) <i>y C. famata /guilliermondii </i>(este primer ampifica para ambas especies) en ambas muestras, lo cual corresponde a la presencia de <i>C. guilliermondii </i>en las dos muestras <a href="#fg1">(Figuras 1</a> y <a href="#fg2">2)</a>. Sin embargo, al tener la amplificaci&oacute;n inicial de la PCR con dos bandas en la segunda muestra y amplificar con los dos sets de <i>primers </i>se asume que se encuentran presentes las dos especies de <i>Candida </i>en la muestra dos.</p>      <p align="center"><a name="fg1"></a><img src="img/revistas/amc/v36n3/v36n3a05fg01.jpg"></p>      <p align="center"><a name="fg2"></a><img src="img/revistas/amc/v36n3/v36n3a05fg02.jpg"></p>      <p>Al descartar la posibilidad de inespecificidad de la prueba se procede entonces a realizar PCR semianidada de las ocho muestras cl&iacute;nicas restantes (1, 3, 4, 6, 7, 8, 9 y #10) y de las dos muestras de candidemia simulada &oacute;ptimas descritas (#11, #14), bajo las mismas condiciones anteriormente descritas y con sus respectivos controles negativos <a href="#fg3">(Figuras 3</a>, <a href="#fg4">4</a> y <a href="#fg5">5)</a>.</p>       <p align="center"><a name="fg3"></a><img src="img/revistas/amc/v36n3/v36n3a05fg03.jpg"></p>      <p align="center"><a name="fg4"></a><img src="img/revistas/amc/v36n3/v36n3a05fg04.jpg"></p>      <p align="center"><a name="fg5"></a><img src="img/revistas/amc/v36n3/v36n3a05fg05.jpg"></p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<p>El resultado de esta PCR es analizado de la siguiente manera: para <i>C. lusitaniae </i>amplifica la muestra cl&iacute;nica #8; para <i>C. guilliermondii </i>amplifican las muestras cl&iacute;nicas #4, #5, 7, 8, 9 y #10 y la candidemia simulada # 14; para <i>C. Famata/guilliermondii </i>amplifican las muestra cl&iacute;nicas #6, #7, 8, 9 y #10 y la candidemia simulada #14 nuevamente; no hay resultado de amplificaci&oacute;n para <i>C. krusei </i>ni para <i>C. glabrata</i>.</p>      <blockquote>     <p><i>C. dubliniensis </i>amplifica en las muestras #1 y #7.</p>     <p><i>C. parapsilosis </i>y <i>C. tropicalis </i>no tiene amplificados y curiosamente al contrario de lo ampliamente esperado no hay amplificaci&oacute;n para <i>C. albicans</i>.</p> </blockquote>      <p><a href="#t1">La tabla 1</a> muestra los resultados obtenidos por el laboratorio de microbiolog&iacute;a y por la t&eacute;cnica de PCR semianidada.</p>       <p align="center"><a name="t1"></a><img src="img/revistas/amc/v36n3/v36n3a05t01.jpg"></p>      <p><b><font size="3">Discusi&oacute;n</font></b></p>      <p>Las limitaciones de los sistemas de hemocultivo para la detecci&oacute;n de fungemia han llamado la necesidad de desarrollar m&eacute;todos alternativos de diagn&oacute;stico que sean r&aacute;pidos, sencillos y precisos. la PCR semianidada a partir de ADN extra&iacute;do por m&eacute;todos de lisis y purificado mediante precipitaci&oacute;n tiene la posibilidad de un mejor desempe&ntilde;o que los hemocultivos para candidemia y m&aacute;s a&uacute;n si se realiza a partir de plasma o suero, de esta manera logrando un diagn&oacute;stico acelerado a nivel de especie. Un estudio utilizando el sistema de hemocultivos BACT/Alert mostr&oacute; que el tiempo promedio de crecimiento de <i>Candida </i>vari&oacute; dependiendo de la especie entre 26.2 y 80 horas, con un tiempo promedio de reporte sin identificaci&oacute;n de especie entre 28.7 y 98 horas (6). Esto significar&iacute;a que una prueba molecular podr&iacute;a abreviar el tiempo de reporte a cerca de 24 horas (o menos) con un ahorro de hasta tres d&iacute;as.</p>      <p>Para nuestra prueba piloto podemos concluir que el diagn&oacute;stico molecular de candidemia lo podemos tener para la primera PCR alrededor de ocho horas posterior a la toma de la muestra, si se tiene implementado un laboratorio de biolog&iacute;a molecular y de procesamiento inmediato de la misma, con una sensibilidad inicial de al menos 70% sin dar resultados a nivel de especie. Esta sensibilidad es relativamente baja, si es comparada frente a 100%, que para este estudio corresponde al resultado de los hemocultivos, y debe ser evaluada en pacientes con factores de riesgo para candidemia y que tienen hemocultivos negativos en los cuales se espera mayor rendimiento de la prueba molecular y para quienes ser&iacute;a de la mayor utilidad cl&iacute;nica. Resultados similares con respecto a una menor sensibilidad cuando se trabaja a partir de resultados positivos de microbiolog&iacute;a se han obtenido en otros modelos experimentales como es el ejemplo de tuberculosis men&iacute;ngea (12). Una vez utilizada la metodolog&iacute;a semianidada se obtuvo una sensibilidad probable de 90% con la ventaja de la especificidad a nivel de especie y con una sensibilidad de detecci&oacute;n de hasta una c&eacute;lula /200 &#956;l de plasma.</p>      <p>La sensibilidad global de la PCR semianidada a partir de muestras de hemocultivo debe estar por encima de 90%. Se deben adelantar pruebas similares en pacientes con factores de riesgo para candidemia y determinar as&iacute; la sensibilidadclass=row&gt;real para el diagn&oacute;stico y compararla de manera independiente al resultado de los hemocultivos. La ventaja primordial de realizar el diagn&oacute;stico molecular de candidemia por PCR semianidada, radica en un diagn&oacute;stico temprano (aproximadamente 14 horas luego de tomada la muestra) y la determinaci&oacute;n temprana de la especie, lo cual brindar&aacute; una herramienta para guiar el tratamiento antimic&oacute;tico de la especie en particular de acuerdo con los lineamientos terap&eacute;uticos ya establecidos (13).</p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<p>Se encontr&oacute; discordancia entre los resultados del laboratorio de microbiolog&iacute;a y de la t&eacute;cnica molecular. Esto se puede explicar por varias razones: una ser&iacute;a la falta de especificidad de la prueba para la identificaci&oacute;n de las diversas especies por errores de la t&eacute;cnica microbiol&oacute;gica o de la t&eacute;cnica molecular (14); otra debido a errores en la interpretaci&oacute;n de los resultados obtenidos y de los patrones de amplificaci&oacute;n. Tambi&eacute;n existe la posibilidad de la presencia de un brote de <i>C. guilliermondii </i>en el interior de las unidades de cuidado intensivo estudiadas. Finalmente, estos resultados podr&iacute;an corresponder a contaminaci&oacute;n de la prueba con ADN de la cepa utilizada para la candidemia simulada, aunque esta &uacute;ltima es menos probable ya que los controles negativos se mantuvieron durante todos los ensayos.</p>      <p>Otra ventaja que claramente es evidente del an&aacute;lisis molecular, es el hecho de facilitar el diagn&oacute;stico de coinfecci&oacute;n por dos o m&aacute;s especies de <i>Candida</i>, lo cual se puede ver en 30% de los casos y ha sido reportado previamente (15), lo cual predice un probable foco abdominal, la necesidad de ampliar cubrimiento antimic&oacute;tico y de igual forma puede explicar el fallo terap&eacute;utico en algunas ocasiones.</p>      <p>La cantidad de muestras para este estudio nos permiti&oacute; estandarizar las condiciones para el estudio de biolog&iacute;a molecular a partir de muestras cl&iacute;nicas; sin embargo, es insuficiente para el c&aacute;lculo de medidas de precisi&oacute;n diagn&oacute;stica como sensibilidad, especificidad, valores predictivos, raz&oacute;n de probabilidad y medidas de correlaci&oacute;n con otras pruebas y de validez interna y externa. Para esto se requiere un estudio cl&iacute;nico de mayor magnitud cuya dificultad principal estriba en la construcci&oacute;n de est&aacute;ndar de oro apropiado.</p>      <p>Las unidades de alta tecnolog&iacute;a y de elevados costos como las unidades de cuidado intensivo deben considerar la utilizaci&oacute;n de pruebas de diagn&oacute;stico r&aacute;pido y certero como aquella potencialmente brindada por m&eacute;todos basados en la biolog&iacute;a molecular, especialmente en escenarios como el de candidemia con una alta morbilidad y mortalidad (16). se plantea dada la utilidad de la PCR a partir de muestras cl&iacute;nicas de esta t&eacute;cnica; hacer un esfuerzo por los grupos del pa&iacute;s con investigaci&oacute;n en <i>Candidemia </i>para hacer un estudio de diagn&oacute;stico en pacientes con factores de riesgo alto de candidemia en UCI y determinar la sensibilidad y especificidad de la prueba en este contexto.</p>      <p><b><font size="3">Agradecimientos</font></b></p>      <p>Queremos agradecer el apoyo t&eacute;cnico y cient&iacute;fico prestado por el doctor Manuel Alfonso Patarroyo y otros colaboradores de la Fundaci&oacute;n Instituto de Inmunolog&iacute;a de Colombia, FIDIC. Tambi&eacute;n el apoyo de la doctora Anita Monta&ntilde;ez, coordinadora del Grupo de Investigaci&oacute;n de la Facultad de Medicina.</p>      <p>Este estudio fue realizado en el Hospital Universitario de La Samaritana, gracias al apoyo y la labor t&eacute;cnica de la doctora Lucy Guzm&aacute;n.</p>      <p>Este proyecto se realiz&oacute; con apoyo financiero de la Universidad Nacional de Colombia a trav&eacute;s de la modalidad de apoyo a tesis de posgrado de la Convocatoria Nacional de Investigaci&oacute;n de 2009 (c&oacute;digo 9974).</p>      <p>No hay conflictos de inter&eacute;s que declarar por parte de los investigadores.</p>  <hr>      <p><b><font size="3">Referencias</font></b></p>      ]]></body>
<body><![CDATA[<!-- ref --><p>1. Prowle JR, Echeverri JE, Ligabo EV, Sherry N, Taori GC, Crozier TM, et al.  Acquired bloodstream infection in the intensive care unit: incidence and attributable mortality. <i>Crit Care </i>2011; 15: r100.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000083&pid=S0120-2448201100030000500001&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>2. Edmond MB, Wallace SE, McClish DK, Pfaller MA, Jones RN, Wenzel RP. Nosocomial bloodstream infections in United States hospitals: a three-year analysis. <i>Clin Infect Dis </i>1999; 29: 39-44.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000084&pid=S0120-2448201100030000500002&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>3. Cortes JA, Reyes P, Gomez C, Buitrago G, Leal AL. Fungal bloodstream infections in tertiary care hospitals in Colombia. <i>Rev Iberoam Micol </i>2011; 28: 74-8.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000085&pid=S0120-2448201100030000500003&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>4. Kami M, Machida U, Okuzumi K, Matsumura T, Mori Si S, Hori A, et al. Effect of fuconazole prophylaxis on fungal blood cultures: an autopsy-based study involving 720 patients with haematological malignancy. <i>Br J Haematol </i>2002; 117: 40-6.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000086&pid=S0120-2448201100030000500004&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>5. Patel GP, Simon D, Scheetz M, Crank CW, Lodise T, Patel N. The effect of time to antifungal therapy on mortality in Candidemia associated septic shock. <i>Am J Ther </i>2009; 16: 508-11.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000087&pid=S0120-2448201100030000500005&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>6. Fernandez J, Erstad BL, Petty W, Nix DE. Time to positive culture and identification for Candida blood stream infections. <i>Diagn Microbiol Infect Dis </i>2009; 64: 402-7.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000088&pid=S0120-2448201100030000500006&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>7. White PL, Barton R, Guiver M, Linton CJ, Wilson S, Smith M, et al. A consensus on fungal polymerase chain reaction diagnosis?: a United Kingdom-Ireland evaluation of polymerase chain reaction methods for detection of systemic fungal infections. <i>J Mol Diagn </i>2006; 8: 376-84.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000089&pid=S0120-2448201100030000500007&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>8. Bougnoux M, Dupont C, Mateo J, Saulnier P, Faivre V, Payen D, et al. Serum is more suitable than whole blood for diagnosis of systemic candidiasis by nested PCR. <i>J Clin Microbiol </i>1999; 37: 925-30.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000090&pid=S0120-2448201100030000500008&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>9. Maaroufi Y, De Bruyne JM, Duchateau V, Georgala A, Crokaert F. Early detection and identification of commonly encountered Candida species from simulated blood cultures by using a real-time PCR-based assay. <i>J Mol Diagn </i>2004; 6: 108-14.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000091&pid=S0120-2448201100030000500009&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>10. Ahmad S, Khan Z, Mustafa AS, Khan ZU. Seminested PCR for diagnosis of candidemia: comparison with culture, antigen detection, and biochemical methods for species identification. <i>J Clin Microbiol </i>2002; 40: 2483-9.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000092&pid=S0120-2448201100030000500010&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>11. Bougnoux ME, Kac G, Aegerter P, d'Enfert C, Fagon JY. Candidemia and candiduria in critically ill patients admitted to intensive care units in France: incidence, molecular diversity, management and outcome. <i>Intensive Care Med </i>2008; 34: 292-9.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000093&pid=S0120-2448201100030000500011&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>12. Dora JM, Geib G, Chakr R, Paris F, Mombach AB, Lutz L, et al. Polymerase chain reaction as a useful and simple tool for rapid diagnosis of tuberculous meningitis in a brazilian tertiary care hospital. <i>Braz J Infect Dis </i>2008; 12: 245-7.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000094&pid=S0120-2448201100030000500012&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>13. Pappas PG, Kauffman CA, Andes D, Benjamin DK, Jr., Calandra TF, Edwards JE, Jr, et al. Clinical practice guidelines for the management of candidiasis: 2009 update by the Infectious Diseases Society of America. <i>Clin Infect Dis </i>2009; 48: 503-35.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000095&pid=S0120-2448201100030000500013&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>14. Desnos-Ollivier M, Ragon M, Robert V, Raoux D, Gantier JC, Dromer F. Debaryomyces hansenii (Candida famata), a rare human fungal pathogen often misidentified as Pichia guilliermondii (Candida guilliermondii). <i>J Clin Microbiol </i>2008; 46: 3237-42.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000096&pid=S0120-2448201100030000500014&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>15. Ortega M, Marco F, Soriano A, Almela M, Martinez JA, Lopez J, et al. Candida species bloodstream infection: epidemiology and outcome in a single institution from 1991 to 2008. <i>J Hosp Infect </i>2011; 77: 157-61.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000097&pid=S0120-2448201100030000500015&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --><!-- ref --><p>16. Morgan J, Meltzer MI, Plikaytis BD, Sofair AN, Huie-White S, Wilcox S, et al. Excess mortality, hospital stay, and cost due to candidemia: a case-control study using data from population-based candidemia surveillance. <i>Infect Control Hosp Epidemiol </i>2005; 26: 540-7.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&#160;<a href="javascript:void(0);" onclick="javascript: window.open('/scielo.php?script=sci_nlinks&ref=000098&pid=S0120-2448201100030000500016&lng=','','width=640,height=500,resizable=yes,scrollbars=1,menubar=yes,');">Links</a>&#160;]<!-- end-ref --> ]]></body><back>
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<label>1</label><nlm-citation citation-type="journal">
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<surname><![CDATA[Prowle]]></surname>
<given-names><![CDATA[JR]]></given-names>
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<surname><![CDATA[Echeverri]]></surname>
<given-names><![CDATA[JE]]></given-names>
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